# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbg04270.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0343.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0343, 1202 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7910193 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4132+/-0.000189; mu= 13.5553+/- 0.011 mean_var=78.8274+/-15.484, 0's: 39 Z-trim: 101 B-trim: 2852 in 1/65 Lambda= 0.144456 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|73981715|ref|XP_533088.2| PREDICTED: similar to (1183) 7490 1571.4 0 gi|81158224|ref|NP_005001.3| neuronal cell adhesio (1183) 7489 1571.2 0 gi|31874098|emb|CAD97960.1| hypothetical protein [ (1183) 7479 1569.1 0 gi|51095143|gb|EAL24386.1| neuronal cell adhesion (1183) 7478 1568.9 0 gi|76615098|ref|XP_881363.1| PREDICTED: neuronal c (1183) 7437 1560.4 0 gi|109067861|ref|XP_001096098.1| PREDICTED: simila (1173) 7298 1531.4 0 gi|126340549|ref|XP_001362992.1| PREDICTED: simila (1183) 6840 1436.0 0 gi|49117906|gb|AAH72835.1| MGC80200 protein [Xenop (1177) 5947 1249.9 0 gi|73981717|ref|XP_856963.1| PREDICTED: similar to (1164) 5840 1227.6 0 gi|149051180|gb|EDM03353.1| rCG62174, isoform CRA_ (1250) 5623 1182.3 0 gi|46369977|gb|AAS89824.1| neuronal cell adhesion (1194) 4888 1029.2 0 gi|73981713|ref|XP_856880.1| PREDICTED: similar to (1193) 4823 1015.6 0 gi|68534652|gb|AAH98401.1| NRCAM protein [Homo sap ( 771) 4774 1005.3 0 gi|55251198|emb|CAH69053.1| novel protein similar (1285) 4273 901.0 0 gi|38372441|sp|Q810U4.2|NRCAM_MOUSE RecName: Full= (1256) 4224 890.8 0 gi|29466306|emb|CAD65848.1| NrCAM protein [Mus mus (1251) 4194 884.5 0 gi|16903210|gb|AAL27854.1| neurofascin 155 kDa iso (1174) 4123 869.7 0 gi|149058632|gb|EDM09789.1| neurofascin, isoform C (1174) 4112 867.4 0 gi|149051179|gb|EDM03352.1| rCG62174, isoform CRA_ (1205) 4108 866.6 0 gi|74005856|ref|XP_856076.1| PREDICTED: similar to (1278) 4094 863.7 0 gi|149051181|gb|EDM03354.1| rCG62174, isoform CRA_ ( 880) 4088 862.3 0 gi|55959399|emb|CAI14658.1| neurofascin homolog (c (1174) 4077 860.1 0 gi|38372401|sp|P97686.2|NRCAM_RAT RecName: Full=Ne (1214) 4077 860.1 0 gi|1842431|gb|AAB47755.1| ankyrin binding cell adh (1215) 4070 858.7 0 gi|46369971|gb|AAS89821.1| neuronal cell adhesion (1197) 4062 857.0 0 gi|46369973|gb|AAS89822.1| neuronal cell adhesion (1198) 4062 857.0 0 gi|46369975|gb|AAS89823.1| neuronal cell adhesion (1206) 4062 857.0 0 gi|46369969|gb|AAS89820.1| neuronal cell adhesion (1209) 4062 857.0 0 gi|46369979|gb|AAS89825.1| neuronal cell adhesion (1299) 4062 857.0 0 gi|73981709|ref|XP_856799.1| PREDICTED: similar to (1197) 3967 837.2 0 gi|73981711|ref|XP_856837.1| PREDICTED: similar to (1205) 3967 837.2 0 gi|73981719|ref|XP_848767.1| PREDICTED: similar to (1214) 3945 832.6 0 gi|194209478|ref|XP_001491938.2| PREDICTED: simila (1286) 3933 830.2 0 gi|119603834|gb|EAW83428.1| neuronal cell adhesion (1305) 3933 830.2 0 gi|6651381|gb|AAF22283.1|AF172277_2 NgCAM-related (1236) 3922 827.8 0 gi|215274127|sp|Q92823.3|NRCAM_HUMAN RecName: Full (1304) 3922 827.9 0 gi|6651380|gb|AAF22282.1|AF172277_1 NgCAM-related (1308) 3922 827.9 0 gi|221042958|dbj|BAH13156.1| unnamed protein produ (1153) 3911 825.5 0 gi|76615102|ref|XP_614286.2| PREDICTED: neuronal c (1302) 3909 825.2 0 gi|2511666|emb|CAA04507.1| NrCAM protein [Homo sap (1299) 3888 820.8 0 gi|114572034|ref|XP_514129.2| PREDICTED: neurofasc (1329) 3771 796.4 0 gi|168273078|dbj|BAG10378.1| neurofascin precursor (1169) 3766 795.3 0 gi|109018713|ref|XP_001097065.1| PREDICTED: simila (1242) 3662 773.7 0 gi|1621283|gb|AAC50765.1| hBRAVO/Nr-CAM precursor (1299) 3631 767.2 0 gi|189536334|ref|XP_001923328.1| PREDICTED: sc:d02 (1173) 3623 765.5 0 gi|109731501|gb|AAI14571.1| NRCAM protein [Homo sa (1180) 3566 753.6 1.5e-214 gi|56122350|gb|AAV74326.1| neuronal cell adhesion (1180) 3566 753.6 1.5e-214 gi|119603836|gb|EAW83430.1| neuronal cell adhesion (1084) 3561 752.6 2.9e-214 gi|168278575|dbj|BAG11167.1| neuronal cell adhesio (1180) 3560 752.4 3.6e-214 gi|56122260|gb|AAV74281.1| neuronal cell adhesion (1180) 3547 749.7 2.4e-213 >>gi|73981715|ref|XP_533088.2| PREDICTED: similar to neu (1183 aa) initn: 6507 init1: 6507 opt: 7490 Z-score: 8427.7 bits: 1571.4 E(): 0 Smith-Waterman score: 7490; 92.749% identity (97.892% similar) in 1186 aa overlap (17-1202:1-1183) 10 20 30 40 50 60 mKIAA0 EKKRKFRAWVSAGVQLMQLKIMPKKKHLSAGGVPLILFLCQMISALDVPLDLVQPPTITQ ::::::::::.:::::.:::::::::::::.::::::::::::: gi|739 MQLKIMPKKKRLSAGGAPLILFLCQMISALEVPLDLVQPPTITQ 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 mKIAA0 QSPKDYIIDPRENIVIQCEAKGKPPPSFSWTRNGTHFDIDKDPLVTMKPGSGTLVINIMS ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::: gi|739 QSPKDYIIDPRENIVIQCEAKGKPPPSFSWTRNGTHFDIDKDPLVTMKPGSGTLTINIMS 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 mKIAA0 EGKAETYEGVYQCTARNERGAAVSNNIVVRPSRSPLWTKERLEPIVLQNGQSLVLPCRPP ::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::.::::.:.:::::.:::::: gi|739 EGKAETYEGVYQCTARNERGAAISNNIVVRPSRSPLWTKEKLEPITLRNGQSLILPCRPP 110 120 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