FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
../query/mKIAA0600.ptfa, 917 aa
vs ./tmplib.26680 library
1768100 residues in 2168 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3554+/-0.00773; mu= 3.1514+/- 0.510
mean_var=288.5312+/-69.544, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 153 in 1/35
Lambda= 0.0755
FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(2168)
mKIAA0744 ( 573 res) mbg11691 ( 573) 2250 259 1.4e-69
mFLJ00062 ( 852 res) mpm11169 ( 852) 1455 172 2.1e-43
>>mKIAA0744 ( 573 res) mbg11691 (573 aa)
initn: 2239 init1: 2061 opt: 2250 Z-score: 1341.5 bits: 258.8 E(): 1.4e-69
Smith-Waterman score: 2250; 59.259% identity (62.411% ungapped) in 594 aa overlap (333-917:1-573)
310 320 330 340 350 360
mKIAA0 QLVMQQQHQQFLEKQKQQQMQLGKILTKTGELSRQPTTHPEETEEELTEQQEALLGEGAL
: .:: .: ::.:::: .:
mKIAA0 EQLKQPGSHLEEAEEEL---------QGDQ
10 20
370 380 390 400 410 420
mKIAA0 TIPREGSTESESTQEDLEEEEEEEEEEEEEDCIQVKDEDGESGPDEGPDLEESSAGYKKL
.. .......:.. : :. . ..::.: .: :: ...: : .
mKIAA0 SMEDRAASKDNSARSD--SSACVEDTLGQVGAVKVKEEPVDS--DEDAQIQEMECGEQAA
30 40 50 60 70
430 440 450 460 470
mKIAA0 FA------DAQQLQPLQVYQAPLSLAT---VPHQALGRTQSSPAAPGSMKSPTDQPTVVK
: .... . :.:.:. ...: : :.::.::::: : . .: : .
mKIAA0 FMQQPPLLESSRARSLSVHQTLAAVGTDGLEKHGLLSRTHSSPAASMSPHPAADCPR--Q
80 90 100 110 120 130
480 490 500 510 520 530
mKIAA0 HLFTTGVVYDTFMLKHQCMCGNTHVHPEHAGRIQSIWSRLQETGLLGKCERIRGRKATLD
.::..:: .::::::.::.. .:::::::::::::::::::::.:::::.::::.:.
mKIAA0 PSSATGIAYDPLMLKHQCICGSSTTHPEHAGRIQSIWSRLQETGLLSKCERIQGRKASLE
140 150 160 170 180 190
540 550 560 570 580 590
mKIAA0 EIQTVHSEYHTLLYGTSPLNRQKLDSKKLLGPISQKMYAMLPCGGIGVDSDTVWNEMHSS
::: ::::.:.::::::::. :::: . ::: :.:... :::::.::::::.:::.:::
mKIAA0 EIQLVHSEHHSLLYGTSPLDGQKLDPRTLLGDDSRKFFSSLPCGGLGVDSDTIWNELHSS
200 210 220 230 240 250
600 610 620 630 640 650
mKIAA0 SAVRMAVGCLVELAFKVAAGELKNGFAIIRPPGHHAEESTAMGFCFFNSVAITAKLLQQK
.:.::::::..::: :::.::::::::..::::::::::.::::::::::::::: :...
mKIAA0 GAARMAVGCVIELASKVASGELKNGFAVVRPPGHHAEESAAMGFCFFNSVAITAKYLRDQ
260 270 280 290 300 310
660 670 680 690 700 710
mKIAA0 LSVGKVLIVDWDIHHGNGTQQAFYNDPSVLYISLHRYDNGNFFPGSGAPEEVGGGPGVGY
:...:.:::: :.::::::::::: :::.:::::::::.::::::::::.::: : : ::
mKIAA0 LNISKILIVDLDVHHGNGTQQAFYADPSILYISLHRYDEGNFFPGSGAPNEVGVGLGEGY
320 330 340 350 360 370
720 730 740 750 760 770
mKIAA0 NVNVAWTGGVDPPIGDVEYLTAFRTVVMPIAQEFSPDVVLVSAGFDAVEGHLSPLGGYSV
:::.:::::.:::.:::::: ::::::::.:.::.::.:::::::::.::: :::::.:
mKIAA0 NVNIAWTGGLDPPMGDVEYLEAFRTVVMPVAREFDPDMVLVSAGFDALEGHTPPLGGYKV
380 390 400 410 420 430
780 790 800 810 820 830
mKIAA0 TARCFGHLTRQLMTLAGGRVVLALEGGHDLTAICDASEACVSALLSVELQPLDEAVLQQK
::.::::::.::::::.:::.:::::::::::::::::::..:::. : ::.: .:.:.
mKIAA0 TAKCFGHLTKQLMTLANGRVALALEGGHDLTAICDASEACINALLGNEPGPLEEDALHQS
440 450 460 470 480 490
840 850 860 870 880 890
mKIAA0 PSVNAVATLEKVIEIQSKHWSCVQRFAAGLGCSLREAQTGEKEEAETVSAMALLSVGAEQ
..::.:.:.:.:.::::.:. .. ::. : .: .: .::.:::::.: :.: .::
mKIAA0 VNTNAAASLQKTIDIQSKYWKSIKMVAAARGGALPASQL--QEETETVSALASLTVDVEQ
500 510 520 530 540 550
900 910
mKIAA0 AQAVATQEHSPRPAEEPMEQEPAL
: :: . : : ::::.::::
mKIAA0 PFA---QEDG-RTAGEPMEEEPAL
560 570
>>mFLJ00062 ( 852 res) mpm11169 (852 aa)
initn: 1707 init1: 1415 opt: 1455 Z-score: 871.5 bits: 172.4 E(): 2.1e-43
Smith-Waterman score: 1592; 39.278% identity (51.101% ungapped) in 886 aa overlap (28-911:168-850)
10 20 30 40 50
mKIAA0 PQHPKCWGAHHASLDQSSPPQSGPPGTPPSYKLPLLGPYDSRDDFPLRKTASEPNLK
:: .:: : . ::::::.::::::
mFLJ00 VHPSSPSIPYRTLEPLDTEGAARSVLSSFLPPVPSLPTEPP----EHFPLRKTVSEPNLK
140 150 160 170 180 190
60 70 80 90 100 110
mKIAA0 VRSRLKQKVAERRSSPLLRRKDGTVISTFKKRAVEITGTGPGVSSVCNSAPGSGPSSPNS
.: . :... :::..::::.... ....: .: : . :: :.:.:: ::::.
mFLJ00 LRYKPKKSL-ERRKNPLLRKESAP--PSLRRRPAETLGDSSPSSS---STPASGCSSPND
200 210 220 230 240
120 130 140 150 160 170
mKIAA0 SHSTIAENGFTGSVPNIPTEMIPQHRALPLDSSPNQFSLYTSPSLPNISLGLQATVTVTN
: :.: ::
mFLJ00 S-----EHG-----PN--------------------------------------------
250
180 190 200 210 220 230
mKIAA0 SHLTASPKLSTQQEAERQALQSLRQGGTLTGKFMSTSSIPGCLLGVALEGDTSPHGHASL
: :... ...:.. ..: : . :. . . : : : : : :
mFLJ00 ------PALGSEADGDRRTHSTLGPRGPVLGNPHAPLFLHHGLEPEA--GGTLP----SR
260 270 280 290 300
240 250 260 270 280 290
mKIAA0 LQHVLLLEQARQQSTLIAVPLHGQSPLVTGERVATSMRTVGKLPRHRPLSRTQSSPLPQS
:: .:::. . ... : .:: : :. .. . :. : :. ::::.::.: ::: :
mFLJ00 LQPILLLDPSVSHAPLWTVPGLGPLPFHFAQPLLTTERLSGS-GLHRPLNRTRSEPLPPS
310 320 330 340 350 360
300 310 320 330 340 350
mKIAA0 PQALQQLVMQQQHQQFLEKQKQQQMQLGKILTKTGELSRQPTTHPEETEEELTEQQEALL
: :. : .:. : . ..:: : . . .:. .:. . .:. :.
mFLJ00 ATASPLLAPLQPRQDRL----KPHVQLIKPAISPPQRPAKPSEKPRLRQIPSAEDLETD-
370 380 390 400 410
360 370 380 390 400 410
mKIAA0 GEGALTIPREGSTESESTQEDLEEEEEEEEEEEEEDCIQVKDEDGESGPDEGPDLEESSA
: :. . .: ::..: . : . :...... . : :.
mFLJ00 GGGVGPMANDG----------LEHRESGRGPPEGRGSISLQQHQ------QVPPWEQ---
420 430 440 450
420 430 440 450 460 470
mKIAA0 GYKKLFADAQQLQPLQVYQAPLSLATVPHQALGRTQSSPAAPGSMKSPTDQPTVVKHLFT
..: . .: .: . :: : : :. :.::::::::: :. :: .::
mFLJ00 --QHLAGRLSQGSPGDSVLIPL--AQVGHRPLSRTQSSPAAPVSLLSP--EPT-------
460 470 480 490 500
480 490 500 510 520 530
mKIAA0 TGVVYDTFMLKHQCMCGNTHVHPEHAGRIQSIWSRLQETGLLGKCERIRGRKATLDEIQT
:. :.: ..: :. :::.
mFLJ00 -------------CQ---TQV-------LNS--SETPATGLV------------------
510 520
540 550 560 570 580 590
mKIAA0 VHSEYHTLLYGTSPLNRQKLDSKKLLGPISQKMYAMLPCGGIGVDSDTVWNEMHSSSAVR
:: ::.::.:::.:::.:.:
mFLJ00 -------------------YDS---------------------VDTDTIWNELHSSNAAR
530 540
600 610 620 630 640 650
mKIAA0 MAVGCLVELAFKVAAGELKNGFAIIRPPGHHAEESTAMGFCFFNSVAITAKLLQQKLSVG
:.: ...::::::. :::::::..:::::::..::::::::::::::. . :::. ...
mFLJ00 WAAGSVTDLAFKVASRELKNGFAVVRPPGHHADHSTAMGFCFFNSVAIACRQLQQHGKAS
550 560 570 580 590 600
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mKIAA0 KVLIVDWDIHHGNGTQQAFYNDPSVLYISLHRYDNGNFFPGSGAPEEVGGGPGVGYNVNV
:.::::::.::::::::.::.:::::::::::.:.::::::::: .::: : : :.::::
mFLJ00 KILIVDWDVHHGNGTQQTFYQDPSVLYISLHRHDDGNFFPGSGAVDEVGTGSGEGFNVNV
610 620 630 640 650 660
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mKIAA0 AWTGGVDPPIGDVEYLTAFRTVVMPIAQEFSPDVVLVSAGFDAVEGHLSPLGGYSVTARC
::.::.:::.:: :::.::: ::::::.::.::.:::::::::.::: .::::: :.:.:
mFLJ00 AWAGGLDPPMGDPEYLAAFRIVVMPIAREFAPDLVLVSAGFDAAEGHPAPLGGYHVSAKC
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::..:.:::.:::: ::::::::::::::::::::::.:::. ...::.: .:::...
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730 740 750 760 770 780
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:. .:: :.... :.:.:.::.:. : .. : :.:.:.:.: :::: .
mFLJ00 AIRSLEAVVRVHRKYWGCMQRLASCPDSWLPRVP-GADAEVEAVTALASLSVGI-----L
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: .. : : ::::.
mFLJ00 AEDRPSERLVEEEEPMNL
840 850
917 residues in 1 query sequences
1768100 residues in 2168 library sequences
Scomplib [34t11]
start: Mon Mar 27 10:24:02 2006 done: Mon Mar 27 10:24:04 2006
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Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]