# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbg02458.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0023.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0023, 2112 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7891060 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6787+/-0.000216; mu= 5.8429+/- 0.012 mean_var=207.4278+/-39.215, 0's: 49 Z-trim: 146 B-trim: 0 in 0/65 Lambda= 0.089051 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 43, opt: 31, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|206558312|sp|Q80U93.2|NU214_MOUSE RecName: Full (2085) 13564 1757.2 0 gi|148676574|gb|EDL08521.1| mCG130465, isoform CRA (1666) 10177 1322.0 0 gi|148676575|gb|EDL08522.1| mCG130465, isoform CRA (1667) 10165 1320.4 0 gi|112180518|gb|AAH39282.2| Nup214 protein [Mus mu (1529) 9843 1279.0 0 gi|119608367|gb|EAW87961.1| nucleoporin 214kDa, is (2131) 9191 1195.4 0 gi|114627247|ref|XP_001166820.1| PREDICTED: nucleo (2121) 9148 1189.9 0 gi|205831380|sp|P35658.2|NU214_HUMAN RecName: Full (2090) 9130 1187.6 0 gi|60688059|gb|AAH45620.2| Nucleoporin 214kDa [Hom (2090) 9119 1186.2 0 gi|114627249|ref|XP_001166914.1| PREDICTED: nucleo (2174) 9107 1184.6 0 gi|29653|emb|CAA45535.1| putative oncogene [Homo s (2090) 9106 1184.5 0 gi|114627243|ref|XP_520324.2| PREDICTED: nucleopor (2184) 8836 1149.8 0 gi|194225945|ref|XP_001917308.1| PREDICTED: nucleo (2087) 8559 1114.2 0 gi|114627259|ref|XP_001166854.1| PREDICTED: nucleo (2053) 8228 1071.7 0 gi|109110012|ref|XP_001118571.1| PREDICTED: simila (2240) 8168 1064.0 0 gi|114627255|ref|XP_001166785.1| PREDICTED: nucleo (1983) 8110 1056.5 0 gi|194671761|ref|XP_001252593.2| PREDICTED: simila (2087) 8014 1044.2 0 gi|76779204|gb|AAI05999.1| NUP214 protein [Homo sa (2080) 7977 1039.4 0 gi|114627257|ref|XP_001166752.1| PREDICTED: nucleo (1907) 7826 1020.0 0 gi|126297778|ref|XP_001364829.1| PREDICTED: simila (2089) 7645 996.8 0 gi|114627245|ref|XP_001167010.1| PREDICTED: nucleo (2173) 7635 995.5 0 gi|114627253|ref|XP_001166949.1| PREDICTED: 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..::.: gi|205 AEATPATTGVPDARTEAVPPASSFSVPGQTAVTAAAISSAGPVAVETSSTPIASSTTSIV 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1660 1670 1680 1690 1700 1710 mKIAA0 SPTSATETAVFGTATSGSSVFTQPPAASSSSAFSQLSSNTATAPSATPVFGQVAASIT-- .: ..:.:.:::.:::::::.:::::::::::.::..:::::::::::::::::: . gi|205 APGPSAEAAAFGTVTSGSSVFAQPPAASSSSAFNQLTNNTATAPSATPVFGQVAASTAPS 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1720 1730 1740 1750 1760 mKIAA0 ----------STAAATPQASSSGFGSPAFGASAPGVFGQTAFGQTPAFGQATSSPASGFS ::::::::.:::::.:::::..::::::::.:::. .:::..:: :: :: gi|205 LFGQQTGSTASTAAATPQVSSSGFSSPAFGTTAPGVFGQTTFGQASVFGQSASSAASVFS 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1770 1780 1790 1800 1810 1820 mKIAA0 FSQPGFSSVPAFGQSVSSTPASTSANVFGATSSTSSPGSFSFGQASTNTGGTLFGQNNPP :::::::::::::: .::::.:::..::::.::::: .::::::.: :::: ::::.: : gi|205 FSQPGFSSVPAFGQPASSTPTSTSGSVFGAASSTSSSSSFSFGQSSPNTGGGLFGQSNAP 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1830 1840 1850 1860 1870 1880 mKIAA0 AFGQSPGFGQGSSVFGGTSATTSTAAPSGFSFCQASGFGSSNTGSVFGQAANTGGSVFGQ :::::::::::.::::::::.:.::: 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