# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbg02428.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0858.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0858, 1625 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7909375 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5689+/-0.000207; mu= 10.1425+/- 0.011 mean_var=146.2418+/-27.809, 0's: 36 Z-trim: 75 B-trim: 49 in 1/66 Lambda= 0.106057 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|157311641|ref|NP_963287.2| LIM domain only 7 [M (1699) 10338 1595.0 0 gi|118132885|gb|ABK60217.1| LIM domain only 7 [Mus (1699) 10327 1593.3 0 gi|46811856|gb|AAT02180.1| LMO7a [Rattus norvegicu (1729) 5062 787.7 0 gi|148668156|gb|EDL00486.1| mCG113790 [Mus musculu (1632) 4908 764.1 0 gi|46811858|gb|AAT02181.1| LMO7b [Rattus norvegicu (1395) 4545 708.5 9.2e-201 gi|114650091|ref|XP_001139990.1| PREDICTED: LIM do (1631) 4355 679.5 5.8e-192 gi|114650087|ref|XP_001139733.1| PREDICTED: LIM do (1683) 4355 679.5 5.9e-192 gi|45477156|sp|Q8WWI1.2|LMO7_HUMAN RecName: Full=L (1683) 4342 677.6 2.3e-191 gi|73989374|ref|XP_534148.2| PREDICTED: similar to (1597) 4277 667.6 2.2e-188 gi|126337608|ref|XP_001366575.1| PREDICTED: simila (1655) 3796 594.0 3.3e-166 gi|219521293|gb|AAI45012.1| Unknown (protein for M (1159) 3424 536.9 3.5e-149 gi|221316634|ref|NP_056667.2| LIM domain only 7 is (1385) 3368 528.4 1.5e-146 gi|168269496|dbj|BAG09875.1| LIM domain only prote (1385) 3359 527.1 3.9e-146 gi|74226140|dbj|BAE25281.1| unnamed protein produc ( 471) 3257 511.0 9.1e-142 gi|157743222|gb|AAI49005.1| LMO7 protein [Bos taur (1380) 3198 502.4 1e-138 gi|118084759|ref|XP_417010.2| PREDICTED: similar t (1650) 3121 490.7 4e-135 gi|149050118|gb|EDM02442.1| rCG36856 [Rattus norve (1662) 2829 446.1 1.1e-121 gi|119600957|gb|EAW80551.1| LIM domain 7, isoform (1336) 2503 396.1 1e-106 gi|114650095|ref|XP_001139328.1| PREDICTED: LIM do (1580) 2503 396.1 1.1e-106 gi|114650105|ref|XP_509684.2| PREDICTED: LIM domai (1287) 2489 393.9 4.4e-106 gi|55957794|emb|CAI12422.1| LIM domain 7 [Homo sap (1349) 2488 393.8 5e-106 gi|119600960|gb|EAW80554.1| LIM domain 7, isoform (1349) 2487 393.6 5.6e-106 gi|17225574|gb|AAL37480.1|AF330045_1 LIM domain on (1349) 2487 393.6 5.6e-106 gi|114650103|ref|XP_001139905.1| PREDICTED: LIM do (1297) 2486 393.5 6e-106 gi|114650089|ref|XP_001139492.1| PREDICTED: LIM do (1349) 2486 393.5 6.2e-106 gi|194221959|ref|XP_001488329.2| PREDICTED: simila (1474) 2426 384.3 3.8e-103 gi|4929268|gb|AAD33924.1| LOMP protein [Homo sapie ( 797) 2395 379.3 6.7e-102 gi|114650099|ref|XP_001139175.1| PREDICTED: LIM do (1561) 2392 379.2 1.5e-101 gi|114650101|ref|XP_001139253.1| PREDICTED: LIM do (1534) 2390 378.8 1.8e-101 gi|114650093|ref|XP_001140069.1| PREDICTED: LIM do (1537) 2390 378.8 1.8e-101 gi|114650097|ref|XP_001139563.1| PREDICTED: LIM do (1553) 2390 378.9 1.8e-101 gi|122889104|emb|CAI39479.2| LIM domain 7 [Homo sa (1055) 2386 378.1 2.1e-101 gi|6164743|gb|AAF04521.1|AF174600_1 F-box protein ( 255) 1602 257.5 1e-65 gi|119600958|gb|EAW80552.1| LIM domain 7, isoform ( 873) 1466 237.2 4.4e-59 gi|55733498|emb|CAH93427.1| hypothetical protein [ ( 664) 1462 236.5 5.5e-59 gi|119600961|gb|EAW80555.1| LIM domain 7, isoform (1307) 1466 237.4 5.8e-59 gi|119600955|gb|EAW80549.1| LIM domain 7, isoform (1363) 1466 237.4 6e-59 gi|119600956|gb|EAW80550.1| LIM domain 7, isoform (1376) 1466 237.4 6e-59 gi|221044844|dbj|BAH14099.1| unnamed protein produ (1275) 1462 236.8 8.7e-59 gi|47680274|gb|AAT37112.1| P100 LMO7 variant prote ( 670) 1300 211.7 1.6e-51 gi|119600959|gb|EAW80553.1| LIM domain 7, isoform ( 190) 1195 195.1 4.6e-47 gi|2624922|gb|AAB86592.1| zinc-finger domain-conta ( 341) 1195 195.3 6.9e-47 gi|224043492|ref|XP_002197300.1| PREDICTED: LIM do (1326) 1159 190.4 8.1e-45 gi|197245638|gb|AAI68559.1| Unknown (protein for M (1303) 1125 185.2 2.9e-43 gi|124481697|gb|AAI33204.1| LOC100037140 protein [ (1322) 1104 182.0 2.8e-42 gi|197245593|gb|AAI68520.1| Unknown (protein for M (1274) 1101 181.5 3.7e-42 gi|149552279|ref|XP_001519447.1| PREDICTED: simila ( 386) 1001 165.7 6.5e-38 gi|169158615|emb|CAQ14441.1| novel protein similar (1826) 988 164.4 7.6e-37 gi|47220169|emb|CAG07310.1| unnamed protein produc ( 466) 824 138.7 1e-29 gi|163310745|ref|NP_001106189.1| LIM and calponin (1056) 765 130.0 9.7e-27 >>gi|157311641|ref|NP_963287.2| LIM domain only 7 [Mus m (1699 aa) initn: 10334 init1: 10334 opt: 10338 Z-score: 8549.9 bits: 1595.0 E(): 0 Smith-Waterman score: 10338; 99.680% identity (99.680% similar) in 1561 aa overlap (10-1569:71-1631) 10 20 30 mKIAA0 AITFQFFSQDNINVFLRACEQIGLKEAQLFHPGDLQDLS :::::::::::::::::::::::::::::: gi|157 NGVLLCDLINKLKPGVVKKINRLSTPIAGLDNINVFLRACEQIGLKEAQLFHPGDLQDLS 50 60 70 80 90 100 40 50 60 70 80 90 mKIAA0 NRVTVKQEETDRRLKNVLITLYWLGRKAQSNPYYNGPYLNLKAFETLLGQALTKALEDSS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|157 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