# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbg02196.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0803.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0803, 1814 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7898204 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6978+/-0.000202; mu= 8.7914+/- 0.011 mean_var=144.6358+/-28.009, 0's: 29 Z-trim: 131 B-trim: 375 in 1/65 Lambda= 0.106644 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|148682679|gb|EDL14626.1| A kinase (PRKA) anchor (3811) 9301 1444.7 0 gi|125661048|ref|NP_919444.2| A kinase (PRKA) anch (3779) 9295 1443.8 0 gi|34786919|emb|CAE46960.1| A-kinase anchor protei (3779) 9228 1433.5 0 gi|7512962|pir||T00637 hypothetical protein H_GS54 (1922) 5466 854.4 0 gi|148682678|gb|EDL14625.1| A kinase (PRKA) anchor (3843) 5324 832.8 0 gi|78057970|gb|ABB17352.1| GABA-B receptor-interac (1115) 4331 679.5 4.4e-192 gi|149029060|gb|EDL84354.1| rCG41048, isoform CRA_ 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.:::::::::::::.::::.:::::::::: ::: :: .. ::::::.::..:.::::: gi|751 EEKRQQVYKLDLEGQRLQGIMQEFQKQELEREEKRESRRILYQNLNEPTTWSLTSDRTRN 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1410 1420 1430 1440 1450 1460 mKIAA0 WVLQQKM-GEAKDRNFTKLIEINGGELDHNHDLEMIRQTLQHVASKLQHVAQKACSRLQF ::::::. ::.:. :..::::.::: ::.:::::: :: :::::: . ::: :::: gi|751 WVLQQKIEGETKESNYAKLIEMNGGGTGCNHELEMIRQKLQCVASKLQVLPQKASERLQF 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1470 1480 1490 1500 mKIAA0 ETAGDD-------------------TGQPGDEHSLGPPSSSCGSLTESLMRQNTELTRLI ::: :. ::: :.: :: ::.::::::: :.:::.::: : gi|751 ETADDEDFIWVQENIDEIILQLQKLTGQQGEEPSLVSPSTSCGSLTERLLRQNAELTGHI 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1510 1520 1530 1540 1550 1560 mKIAA0 NQLTEEKNTLRSIVIKLEELNRCYWHTGASRDCCSRFSFIDPADIEAIIASEKEVWNREK .::::::: ::..:.:::: : : .:::.:: ::::. :.:::::::::::::::: gi|751 SQLTEEKNDLRNMVMKLEEQIRWYRQTGAGRDNSSRFSLNGGANIEAIIASEKEVWNREK 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1570 1580 1590 1600 1610 1620 mKIAA0 LSLQKALKRAEAKVYKLKAELRNDALLRNLGPDTDHAALQKIYNKYLRASSFRKALIYQK 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:::::. ..::::: ::::.::::..:::.::::::::::::::::::::::.: gi|119 ESEKPSQELLEYNIQQKQSQMLEMQVELSSMKDRATELQEQLSSEKMVVAELKSELAQTK 3110 3120 3130 3140 3150 3160 1100 1110 1120 1130 1140 1150 mKIAA0 LELGTTLKAQHKRLKELEAFRSEVKEKTDEIHFLSDTLAREQKNSLELQWALEKEKARSG ::: ::::::::.:::::::: :::.::::.:.:.:::: :::.: :::::::::::. : gi|119 LELETTLKAQHKHLKELEAFRLEVKDKTDEVHLLNDTLASEQKKSRELQWALEKEKAKLG 3170 3180 3190 3200 3210 3220 1160 1170 1180 1190 1200 1210 mKIAA0 HHEEREKEELEDLKFSLEDQKRRNTQLNLLLEQQKQLLNESQQKIESQKMLHDAQLSEEQ . :::.::::::::::::.::.:: :::::::::::::::::::::::.::.:::::::: gi|119 RSEERDKEELEDLKFSLESQKQRNLQLNLLLEQQKQLLNESQQKIESQRMLYDAQLSEEQ 3230 3240 3250 3260 3270 3280 1220 1230 1240 1250 1260 1270 mKIAA0 GRNLGLQALLESEQVRIQEMKSTLDKERELYAQLQSREDGGQPPPALPSEDLLKELQKQL :::: ::.:::::.:::.::.::::.::::.::::: . :: : :::::::::::::: gi|119 GRNLELQVLLESEKVRIREMSSTLDRERELHAQLQSSDGTGQSRPPLPSEDLLKELQKQL 3290 3300 3310 3320 3330 3340 1280 1290 1300 1310 1320 1330 mKIAA0 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:.:.:.:.:..:::::::::::::::: :::.::.:::::.::: .:: ::: gi|109 SSEEVTEIISQFTEKIEKMQELHAAEILDMESRHISETETLKREHYVAVQLLKEECGTLK 2810 2820 2830 2840 2850 2860 820 830 840 850 860 mKIAA0 EMTQCLRCKEGSSIPELADSVAYQSREVYSSDSESDWGQ------SQGFDTAIEGR-EEG . : :: ::::.::::. : :::.::. :::: ::::: ::::::: ::. ::. gi|109 AVIQRLRSKEGSAIPELTHSDAYQTREICSSDSGSDWGQGIYLTHSQGFDTASEGQGEES 2870 2880 2890 2900 2910 2920 870 880 890 900 910 920 mKIAA0 ETSADLFPKKIKGLVKAVHSEGMQVLSLSSPLCDDGEDRSIQQLSESWLKERQAYLNTIS :...: ::::::::..:::.::::::::. .::::.::::.:::::.::.:::.::: gi|109 ESATDSFPKKIKGLLRAVHNEGMQVLSLTESPYNDGEDHSIQQISESWLEERKAYLSTIS 2930 2940 2950 2960 2970 2980 930 940 950 960 970 980 mKIAA0 SLKDLISKMQVRRETEVYD--RCH--LSDWRGELLLACQRVFIKERSVLLATFQTELTSL ::.:::.:::..::.:::: . : .:::::::::: :.::..:::::::.:.::::.: gi|109 SLQDLITKMQLQREAEVYDSSQSHESFSDWRGELLLALQQVFLEERSVLLAAFRTELTAL 2990 3000 3010 3020 3030 3040 990 1000 1010 1020 1030 1040 mKIAA0 STRDVDGLLNSLEQRIQEQGIEYHTAMDCLQKADRRSLLAEIEDLRAQINGGKMTLEREQ .: :. :::: 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