# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbg02158.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0978.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0978, 1579 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7915145 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3370+/-0.000206; mu= 11.6112+/- 0.011 mean_var=139.8954+/-27.377, 0's: 43 Z-trim: 47 B-trim: 396 in 2/63 Lambda= 0.108436 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|30172771|sp|P59598.1|ASXL1_MOUSE RecName: Full= (1514) 10092 1591.7 0 gi|148674078|gb|EDL06025.1| mCG10478 [Mus musculus (1411) 9040 1427.1 0 gi|23094400|emb|CAD27708.1| additional sex combs-l (1541) 4529 721.5 1.3e-204 gi|30172872|sp|Q8IXJ9.2|ASXL1_HUMAN RecName: Full= (1541) 4524 720.7 2.2e-204 gi|57162101|emb|CAI40414.1| additional sex combs l (1541) 4524 720.7 2.2e-204 gi|119596784|gb|EAW76378.1| additional sex combs l (1540) 4505 717.7 1.7e-203 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(1368) 2953 474.9 1.9e-130 gi|52545557|emb|CAB56029.2| hypothetical protein [ ( 659) 2439 394.1 1.9e-106 gi|119621713|gb|EAX01308.1| hCG2042958, isoform CR (1811) 1434 237.4 8e-59 gi|119621709|gb|EAX01304.1| hCG2042958, isoform CR (1816) 1343 223.1 1.5e-54 gi|23270893|gb|AAH33284.1| Unknown (protein for IM ( 249) 1301 215.7 3.7e-53 gi|149269915|ref|XP_140204.7| PREDICTED: similar t (1802) 1313 218.4 4e-53 gi|149269676|ref|XP_001474952.1| PREDICTED: additi (1791) 1223 204.3 6.8e-49 gi|149411260|ref|XP_001515168.1| PREDICTED: simila (1882) 1167 195.6 3.1e-46 gi|224118874|ref|XP_002198921.1| PREDICTED: simila ( 780) 1136 190.4 4.8e-45 gi|109121904|ref|XP_001101677.1| PREDICTED: simila (2250) 1120 188.3 5.7e-44 gi|109121902|ref|XP_001101495.1| PREDICTED: simila (2249) 1105 186.0 2.9e-43 gi|172046234|sp|Q9C0F0.3|ASXL3_HUMAN RecName: Full (2248) 1095 184.4 8.5e-43 gi|182671626|sp|Q8C4A5.3|ASXL3_MOUSE RecName: Full (2259) 1087 183.2 2e-42 gi|194214600|ref|XP_001916322.1| PREDICTED: additi (2340) 1027 173.8 1.4e-39 gi|194678044|ref|XP_879654.3| PREDICTED: similar t (2356) 1021 172.9 2.7e-39 gi|34785500|gb|AAH57750.1| MGC69124 protein [Xenop ( 913) 907 154.6 3.3e-34 gi|49899096|gb|AAH76831.1| Asxl1-prov protein [Xen ( 738) 902 153.7 4.9e-34 gi|148664555|gb|EDK96971.1| mCG142752, isoform CRA (2111) 905 154.7 7.2e-34 gi|109121906|ref|XP_001101584.1| PREDICTED: simila (2193) 846 145.5 4.5e-31 >>gi|30172771|sp|P59598.1|ASXL1_MOUSE RecName: Full=Puta (1514 aa) initn: 10092 init1: 10092 opt: 10092 Z-score: 8533.4 bits: 1591.7 E(): 0 Smith-Waterman score: 10092; 100.000% identity (100.000% similar) in 1514 aa overlap (66-1579:1-1514) 40 50 60 70 80 90 mKIAA0 PPPQPRAATAPVRPARRTRVEPPPPPRRRRMKDKQKRKKERTWAEAARLVLENYSDAPMT :::::::::::::::::::::::::::::: gi|301 MKDKQKRKKERTWAEAARLVLENYSDAPMT 10 20 30 100 110 120 130 140 150 mKIAA0 PKQILQVIEAEGLKEMRSGTSPLACLNAMLHSNSRGGEGLFYKLPGRISLFTLKKDAVQW :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|301 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QTLKESILAQSYGASAGLVRAMASKAPAMSQKIAKMVTSLDSQHPETELTPSSGNLEEID ..::: .: .: ...::.: :..::. :: : : :.:: :: :. :: .:::.: gi|571 RALKEPLLPDSCETGTGLARIEATQAPGAPQKNCKAVPSFDSLHPVTNPITSSRKLEEMD 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1270 1280 1290 1300 1310 1320 mKIAA0 SKEHLSSFLCEEQKEGHSLSQGSDPGAAPGQCLGDHTTSKVPCFSSTNVSLSFGSEQTDG :::..::: ::.::: ...:: :. .::::. :: :::..: ::: :: .::: ::: gi|571 SKEQFSSFSCEDQKEVRAMSQDSNSNAAPGKSPGDLTTSRTPRFSSPNV-ISFGPEQTGR 1240 1250 1260 1270 1280 1330 1340 1350 1360 1370 1380 mKIAA0 TLSDQNNAGGHEKKLFGPGNTVTTLQCPRSEEQTPLPAEVPPVFPSRKIEPSKNSVSGGV .:.::.:. :. ::::: ::...::: :: . :::::.:::::: :. :: ::.:::: gi|571 ALGDQSNVTGQGKKLFGSGNVAATLQRPRPADPMPLPAEIPPVFPSGKLGPSTNSMSGGV 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1390 1400 1410 1420 1430 1440 mKIAA0 QTTRENRMPKPPPVSADSIKTEQTFLRDPIKADAENRKAAGYSSLELVGHLQGMPFVVDL :: ::. ::: . :.:.:.::. :.::.::::::.:.: :::::::.:::::.:: gi|571 QTPREDWAPKPHAF-VGSVKNEKTFVGGPLKANAENRKATGHSPLELVGHLEGMPFVMDL 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1450 1460 1470 1480 1490 1500 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