# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbg01921.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0637.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
mKIAA0637, 1165 aa
vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library
2727779818 residues in 7921681 sequences
statistics sampled from 60000 to 7919990 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5239+/-0.00019; mu= 13.1280+/- 0.011
mean_var=85.1825+/-16.642, 0's: 40 Z-trim: 42 B-trim: 434 in 1/65
Lambda= 0.138963
FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(7921681)
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gi|56208592|emb|CAI20716.1| novel protein similar (1249) 3335 679.4 3.5e-192
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gi|109466518|ref|XP_001068713.1| PREDICTED: simila ( 189) 1234 257.5 5.2e-66
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gi|125806365|ref|XP_001344986.1| PREDICTED: simila ( 666) 766 164.1 2.4e-37
gi|193083081|ref|NP_001122373.1| BED finger protei ( 637) 738 158.5 1.1e-35
gi|198422534|ref|XP_002124057.1| PREDICTED: BED fi ( 608) 726 156.1 5.8e-35
gi|93003242|tpd|FAA00204.1| TPA: zinc finger prote ( 592) 712 153.3 4e-34
gi|198422047|ref|XP_002120999.1| PREDICTED: simila ( 639) 639 138.7 1.1e-29
gi|221118009|ref|XP_002155542.1| PREDICTED: simila (1006) 624 135.8 1.2e-28
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gi|74201474|dbj|BAE26165.1| unnamed protein produc ( 980) 610 133.0 8.4e-28
gi|109497889|ref|XP_001062820.1| PREDICTED: simila ( 983) 605 132.0 1.7e-27
gi|74005835|ref|XP_848319.1| PREDICTED: similar to ( 983) 603 131.6 2.2e-27
gi|221121172|ref|XP_002161906.1| PREDICTED: simila (1401) 598 130.7 5.8e-27
gi|194210200|ref|XP_001915410.1| PREDICTED: simila ( 981) 596 130.2 5.9e-27
gi|26355459|dbj|BAC41160.1| unnamed protein produc ( 554) 591 129.0 7.6e-27
gi|221120023|ref|XP_002154729.1| PREDICTED: simila ( 582) 564 123.6 3.3e-25
gi|194673946|ref|XP_001790011.1| PREDICTED: simila ( 980) 554 121.8 2e-24
gi|15929151|gb|AAH15030.1| ZBED1 protein [Homo sap ( 694) 520 114.8 1.7e-22
gi|224043050|ref|XP_002198339.1| PREDICTED: zinc f ( 695) 519 114.6 2e-22
gi|41018380|sp|O96006.1|ZBED1_HUMAN RecName: Full= ( 694) 518 114.4 2.3e-22
gi|72085963|ref|XP_792872.1| PREDICTED: similar to ( 652) 517 114.2 2.5e-22
gi|74006953|ref|XP_548835.2| PREDICTED: similar to ( 709) 498 110.4 3.7e-21
gi|198142512|gb|EDY71248.1| GA25633 [Drosophila ps ( 534) 482 107.1 2.8e-20
gi|193620339|ref|XP_001947526.1| PREDICTED: simila ( 558) 469 104.5 1.8e-19
gi|42600943|gb|AAS21248.1| transposase [Anopheles ( 603) 468 104.4 2.1e-19
gi|194227636|ref|XP_001916820.1| PREDICTED: simila ( 774) 466 104.0 3.4e-19
gi|73978963|ref|XP_539906.2| PREDICTED: similar to (1043) 465 103.9 4.9e-19
gi|221110563|ref|XP_002156144.1| PREDICTED: simila ( 505) 445 99.7 4.6e-18
gi|221112673|ref|XP_002158345.1| PREDICTED: simila ( 505) 426 95.9 6.4e-17
>>gi|30353907|gb|AAH52174.1| Zinc finger, BED domain con (1168 aa)
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|303 QADIRAASCACQPSGKFLAAESEDDYGSLFSQYSSTLYSVAMEAVTQSLLSSRHISSRKK
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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gi|303 DAGSFGQPRLMMEHFEKLIFLKVNLPLICFQY
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>>gi|149234328|ref|XP_001480230.1| PREDICTED: similar to (1169 aa)
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Smith-Waterman score: 7702; 99.059% identity (99.059% similar) in 1169 aa overlap (5-1165:1-1169)
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|149 TSCLLRHLQRFHGHVLKNDVSEATLPRSPGIRRPLGIELSGPSSFRDSTEKFYDSHPVAK
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|149 KITSLIAEMIALDLQPYSLVDNVGFNRLLEYLKPQYSLPSPSYFSRTAIPGMYDNVKQII
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::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|149 CDYSGNSIQKQLECWWEAWVTSIGLQIGITVTDNPSIGKMLSEGEHSSVQCFSHTVNLIV
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mKIAA0 SEAIKSQRMVQNLLSIARKLCERVHRSPRAREKLAELQKEYELPQHQLIQDVPSKWSTSF
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:.:: . ::.:: :::::::::::::::::::: :::
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:.: . ...:.:.: ::.:.::::::::.::::::::::.::::::::::::::..::::
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:: ::: :::::::::::.:::::.:::..::::.: ::::::.: ::::.::::::.:
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:::::.::::::.:.:.: :: : :.:::::::::.:: :::.:: :::: :::. .:
gi|657 PTLLPSLLPPEGELSSVSSSPVKPVRESPSASSSPDRLTEDLQSHLNPGDGLMEDVAAFS
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gi|657 SSKLTDLPTVVTKNNQVMFPVNSKKTSKLWNHFSICSADSTKVVCLHCGRTISRGKKPTN
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mKIAA0 DVSVTEKYSREEALAGSSPNLSMLHYDDASETMADRNLSLPKSTSGSRRRSAVWKHFYLS
:.:..:::..::::. :::.: .::.. :..:.... .::::::::::::::::::::
gi|126 DLSISEKYNKEEALVVSSPHLPSAQYDEVVENVAEKTVPVPKSTSGSRRRSAVWKHFYLS
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
mKIAA0 PLDSSKAVCVHCMNEFSRGKNGKDLGTSCLIRHMWRAHRSIVLQENGGNTGIPPLYPMPP
:::.:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.::::: ::
gi|126 PLDNSKAVCIHCMNEFSRGKNGKDLGTSCLIRHMWRAHRSIVLQENGGGTSIPPLYSAPP
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370 380 390 400 410 420
mKIAA0 TLLPALLPPEGDLNSASLSPGKQVKESPSASSSPERLPEDLSSHTNPGDVSREDVSMLSS
::::.::: ::::::.: :::: :::::::::::.:: :.. .: ::::. ::::.:::
gi|126 TLLPSLLPSEGDLNSVSSSPGKLVKESPSASSSPDRLTEEIHAHLNPGDALMEDVSVLSS
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:::.::::.::::::: . :: :::::::::.:.::::::::::::.: :.::::
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::::::.:::::::::::::::::::::::::.::::.:. ::::::::::::::: :::
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::: ...: .::..::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|126 KLTDLPTMVSNDNQVIFPVSSKKTSKLWNHFSICSADSTKVVCLHCGRTISRGKKPTNLG
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mKIAA0 TSCLLRHLQRFHGHVLKNDVSEATLSRSPGIRRPLGIELSGPSSFRDSTEKFYDSHPVAK
::::::::::::..:::::.::..: . :: ::. :: . ::: ...::: :::::::
gi|126 TSCLLRHLQRFHSNVLKNDASETVLPSTAEIRVPLSTELLASSSFDETNEKFCDSHPVAK
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:::::.::::::::::::.:::.:::::::::.::::::::::::::::: :::::::::
gi|126 KITSLVAEMIALDLQPYSFVDNIGFNRLLEYLQPQYSLPSPSYFSRTAIPDMYDNVKQII
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mKIAA0 MSHLKEAESGVVHFTSGIWMSSQTREYPTLTAHWVTFASAVRPHCEDHHCSALLDVSQID
.::::::::::.::::::::::::::: ::::::::: :.:::::::.::::::.:::.:
gi|126 VSHLKEAESGVIHFTSGIWMSSQTREYLTLTAHWVTFESSVRPHCEDYHCSALLNVSQVD
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mKIAA0 CDYSGNSIQKQLECWWEAWVTSIGLQIGITVTDNPSIGKMLSEGEHSSVQCFSHTVNLIV
::::: :.::::: ::::::::.::::::::::: :::: :.::::::: ::.::.::::
gi|126 CDYSGVSVQKQLEYWWEAWVTSVGLQIGITVTDNQSIGKTLNEGEHSSVPCFGHTINLIV
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mKIAA0 SEAIKSQRMVQNLLSIARKLCERVHRSPRAREKLAELQKEYELPQHQLIQDVPSKWSTSF
.::::::::::::::::::.::::::: .:.:::::::::::::::.:::::::::::::
gi|126 NEAIKSQRMVQNLLSIARKICERVHRSAKAKEKLAELQKEYELPQHHLIQDVPSKWSTSF
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::::::::::::..:.::::.::: ::::::::::::::.:.::.:::::::.:.:::::
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::::::::.::.:::: ::::::::::::::::.::::.:::::::::::::::::::::
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:::::::::.::::::::::.:::.: .::::: ::: .. .:.::::: : .:. :
gi|126 FTEEEAEQYKQDLIRELEILSSTSDDKPVSNGCDIGSPSTNSVAEDSLWSLMAKLKKKDL
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..: :::.:::::::::::::.::::::::::::.:: :. ::::::::::: ::::.:
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10 20 30
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:: :::..::: :. :..:::::.::: ::
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.:: : : ::: :.::.: . : ...: .:. :. : :: ::..:..::::
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.:. :.:: :::::::::::::::::::::::.:::::.:::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::: .:.:: : :::::::: ::.:: .:.: :::: :.::::
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:::::.:: :::. : . ::. ::.: ::: ::.::::..::::: : ..: . : :
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.:::::::::.:::::::.:::::::::::::::.:.:.:::::.:::::::::::::::
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::.::.::: :::.::::::::::::::::. .:::.: .::.:::::::::
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:..: ::. .::: ::: :..:::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::
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:::::::::::::::::::::::::::::::..::::::::::.:::::::::.:::::
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:::::::::::..::.::::::::::::::.:::::::::.::::::::::::: :::::
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::::::::::: :::::..:::::::::::.::::::::::::::::::::.::::::::
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.:.:::::::::::::::.:::::::::.:::::::::::::::.::.::::::::::::
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1260
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10 20 30 40 50
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:::.:: .: .:.: ::...:.:::::::::::::::::.::::::::::::::.:::::
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:: ::.: :: ::::::::::.:.:::..:::::: :::: ::. ::::.::::::.:
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::::::::::::::. :::.:: ...: ::::: ::. :::: ::: :..:::::::::
gi|194 LGTSCLLRHLQRFHSGVLKTDVPQTALPASPGIRVPLSTELSGASSFDDTSEKFYDSHPV
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::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|194 AKKITSLIAEMIALDLQPYSFVDNVGFNRLLEYLKPQYSLPSPSYFSRTAIPGMYDNVKQ
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gi|194 IDCDYSGNSIQKQLECWWEAWVTSTGLQIGITVTDNASIGKTLNEGEHSSVQCFSHTVNL
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gi|194 IVSEAIKSQRMVQNLLSIARKICERVHRSPKAKEKLAELQKEYELPPHHLIQDVPSKWNT
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