FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA0701.ptfa, 1470 aa vs ./tmplib.26680 library 1767547 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0481+/-0.00537; mu= 7.5864+/- 0.360 mean_var=139.1963+/-33.423, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 143 in 1/35 Lambda= 0.1087 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA4127 ( 1510 res) mia18005 (1510) 3067 494 1.2e-139 >>mKIAA4127 ( 1510 res) mia18005 (1510 aa) initn: 3249 init1: 1397 opt: 3067 Z-score: 2599.4 bits: 493.6 E(): 1.2e-139 Smith-Waterman score: 3312; 40.040% identity (43.632% ungapped) in 1506 aa overlap (8-1467:76-1503) 10 20 30 mKIAA0 GATRERRSSPAGTMAGIIKKQILKHLSRFTKNLSPDK ..:. .:::::::::::::::::::::::: mKIAA4 GSRCPRRGEVRGRLFSTTEEATAARLPAFHAGPGCSMAGIIKKQILKHLSRFTKNLSPDK 50 60 70 80 90 100 40 50 60 70 80 90 mKIAA0 INLSTLKGEGELKNLELDEEVLQNMLDLPTWLAISKVFCNKASIRIPWTKLKTQPICLSL ::::::::::.: 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