# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbg01566.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0254.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0254, 1031 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7919913 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6516+/-0.000188; mu= 12.3875+/- 0.011 mean_var=85.3580+/-16.706, 0's: 37 Z-trim: 44 B-trim: 569 in 2/63 Lambda= 0.138820 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|38649129|gb|AAH63262.1| Sorting nexin 19 [Mus m ( 997) 6571 1326.5 0 gi|148693382|gb|EDL25329.1| sorting nexin 19, isof ( 950) 6272 1266.6 0 gi|149027864|gb|EDL83324.1| sorting nexin 19 (pred ( 890) 5503 1112.6 0 gi|157502171|ref|NP_055573.2| sorting nexin 19 [Ho ( 992) 5271 1066.2 0 gi|2495726|sp|Q92543.1|SNX19_HUMAN RecName: Full=S ( 992) 5266 1065.2 0 gi|119588198|gb|EAW67794.1| sorting nexin 19 [Homo ( 992) 5265 1065.0 0 gi|158258346|dbj|BAF85146.1| unnamed protein produ ( 992) 5260 1064.0 0 gi|114641320|ref|XP_508865.2| PREDICTED: sorting n ( 992) 5246 1061.1 0 gi|109109303|ref|XP_001113851.1| PREDICTED: sortin ( 990) 5230 1057.9 0 gi|73954733|ref|XP_536529.2| PREDICTED: similar to ( 999) 5108 1033.5 0 gi|194212996|ref|XP_001917963.1| PREDICTED: sortin ( 997) 5055 1022.9 0 gi|76672879|ref|XP_580805.2| PREDICTED: similar to (1000) 4903 992.5 0 gi|114641324|ref|XP_001156457.1| PREDICTED: sortin ( 880) 4510 913.7 0 gi|114641322|ref|XP_001156626.1| PREDICTED: sortin ( 907) 4510 913.7 0 gi|114641326|ref|XP_001156399.1| PREDICTED: sortin ( 858) 4508 913.3 0 gi|109109305|ref|XP_001113777.1| PREDICTED: sortin ( 856) 4507 913.1 0 gi|126327488|ref|XP_001373931.1| PREDICTED: simila (1017) 4489 909.5 0 gi|114641328|ref|XP_001156340.1| PREDICTED: sortin ( 820) 4251 861.8 0 gi|22749591|gb|AAH31620.1| SNX19 protein [Homo sap ( 803) 4051 821.8 0 gi|114641330|ref|XP_001156279.1| PREDICTED: sortin ( 803) 4026 816.7 0 gi|13435518|gb|AAH04635.1| Snx19-pending protein [ ( 567) 3712 753.8 5.8e-215 gi|148693381|gb|EDL25328.1| sorting nexin 19, isof ( 399) 2522 515.3 2.4e-143 gi|194388350|dbj|BAG65559.1| unnamed protein produ ( 435) 2432 497.3 7e-138 gi|74202857|dbj|BAE37501.1| unnamed protein produc ( 348) 2312 473.2 1e-130 gi|224083604|ref|XP_002193023.1| PREDICTED: sortin ( 943) 2204 451.9 7.1e-124 gi|221046216|dbj|BAH14785.1| unnamed protein produ ( 372) 2035 417.8 5.3e-114 gi|74213749|dbj|BAC27706.2| unnamed protein produc ( 289) 1872 385.0 2.9e-104 gi|12852204|dbj|BAB29315.1| unnamed protein produc ( 225) 1496 309.7 1.1e-81 gi|49118298|gb|AAH73306.1| LOC443640 protein [Xeno ( 794) 1331 277.0 2.7e-71 gi|114692445|ref|XP_001149899.1| PREDICTED: simila ( 257) 1278 266.0 1.7e-68 gi|194378256|dbj|BAG57878.1| unnamed protein produ ( 232) 1204 251.2 4.6e-64 gi|149411837|ref|XP_001507904.1| PREDICTED: simila ( 695) 1155 241.7 9.8e-61 gi|114672062|ref|XP_001173589.1| PREDICTED: simila ( 222) 1139 238.2 3.7e-60 gi|47222515|emb|CAG02880.1| unnamed protein produc ( 864) 855 181.7 1.4e-42 gi|123208197|emb|CAM15157.1| novel protein similar ( 883) 838 178.3 1.5e-41 gi|190337146|gb|AAI63640.1| Snx19a protein [Danio ( 913) 838 178.3 1.6e-41 gi|189519094|ref|XP_694297.3| PREDICTED: similar t ( 913) 838 178.3 1.6e-41 gi|210105712|gb|EEA53717.1| hypothetical protein B (1259) 827 176.2 9.3e-41 gi|194380678|dbj|BAG58492.1| unnamed protein produ ( 160) 745 159.1 1.6e-36 gi|114672060|ref|XP_001173580.1| PREDICTED: simila ( 179) 636 137.3 6.6e-30 gi|114692447|ref|XP_001149963.1| PREDICTED: simila ( 179) 626 135.3 2.6e-29 gi|198424915|ref|XP_002125820.1| PREDICTED: simila ( 893) 520 114.6 2.3e-22 gi|47224914|emb|CAG06484.1| unnamed protein produc ( 994) 493 109.2 1.1e-20 gi|210079153|gb|EEA29314.1| hypothetical protein B ( 150) 352 80.4 7.6e-13 gi|212507842|gb|EEB11704.1| hypothetical protein P (1042) 282 67.0 5.8e-08 gi|210120116|gb|EEA67837.1| hypothetical protein B ( 154) 269 63.8 7.8e-08 gi|156224669|gb|EDO45493.1| predicted protein [Nem (1707) 280 66.8 1.1e-07 gi|12224938|emb|CAC21700.1| hypothetical protein [ ( 62) 244 58.5 1.2e-06 gi|210115325|gb|EEA63078.1| hypothetical protein B ( 994) 255 61.6 2.4e-06 gi|210101150|gb|EEA49219.1| hypothetical protein B ( 886) 248 60.1 5.7e-06 >>gi|38649129|gb|AAH63262.1| Sorting nexin 19 [Mus muscu (997 aa) initn: 6571 init1: 6571 opt: 6571 Z-score: 7106.6 bits: 1326.5 E(): 0 Smith-Waterman score: 6571; 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