FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
../query/mKIAA0257.ptfa, 1749 aa
vs ./tmplib.26680 library
1767268 residues in 2168 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.9987+/-0.00805; mu= -9.6963+/- 0.531
mean_var=397.6223+/-96.482, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 4 in 1/35
Lambda= 0.0643
FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(2168)
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>>mKIAA0922 ( 1346 res) mpm05283 (1346 aa)
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Smith-Waterman score: 987; 27.094% identity (31.605% ungapped) in 1170 aa overlap (605-1741:302-1337)
580 590 600 610 620 630
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.: ... :. .:: : ..: ::.:
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:. . ....... :: : . ..:.. : : . . : :.. .. . :. ...
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.:. : :. : : :.: : :. . . ..::. :: .:..::.:: : . : .:
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. .. . . ..: : :::. ..: : :. . .:. :.. :. : . : :
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::: :.::::::.: ::::: .::.. :: :.::..::.::: :::..: :.:: ...
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. .: :.. . .. : : ..: : :. .. .... : . . ..
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. :. :. .:.:.:..:.. :. . .. :.. .:.. . ... : .. :
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.. :... : : ...: :. . .:. : . : . . . . :
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. : . : . . :: : :.. :: .: . ::. ... : .: .:. :.
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... . :: . . :.:: . :. . . . :::.. . : :. :. :.
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mKIAA0 AKKEIPTDVKGSSFELPYT---PSLENKQRRNLPTKIPLPTTLASGSKSRNP-PKTKGTN
..: ::. : .. : .::.: ::.. : .: :. .. .
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.:: . . .... . : . : :.: : . :: .. : .
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..:. : . :: :. :. :.. : ... .: :. ::.
mKIAA0 SSTDVSVLPEFTESPCPGLPATPAGA------GEEKGLYPPGG------LWPSQPVCLTS
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mKIAA0 RDSSYCGNM
1340
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Scomplib [34t11]
start: Mon Mar 27 10:15:57 2006 done: Mon Mar 27 10:15:59 2006
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Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]