FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
../query/mKIAA1115.ptfa, 774 aa
vs ./tmplib.26680 library
1768243 residues in 2168 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.1950+/-0.00802; mu= -13.6415+/- 0.530
mean_var=375.6424+/-92.272, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 0 in 0/36
Lambda= 0.0662
FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(2168)
mKIAA1558 ( 502 res) mbg17170 ( 502) 1321 140 5.4e-34
mKIAA0685 ( 814 res) mid13080 ( 814) 614 73 1.6e-13
>>mKIAA1558 ( 502 res) mbg17170 (502 aa)
initn: 1573 init1: 1318 opt: 1321 Z-score: 702.7 bits: 140.2 E(): 5.4e-34
Smith-Waterman score: 1427; 48.310% identity (62.148% ungapped) in 503 aa overlap (10-412:1-491)
10 20 30 40 50 60
mKIAA1 APSARSRRPPAQGAMFWKFDLHTSSHLDTLLEKEDLSLPELLDEEDVLQECKVVNRKLLD
: .::::::::.:::.:::::.::..: ::.::::::::::. ::::..
mKIAA1 PCFQSMFWKFDLHSSSHIDTLLEREDVTLKELMDEEDVLQECKAQNRKLIE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
mKIAA1 FLLQPSHLQAMVAWVTQEPPASGEERLRYKYPSVACEILTSDVPQINDALGADESLLNRL
:::. :. .:... .::: . .:..:::::...::.::::: :.:: :: ::::: .:
mKIAA1 FLLKAECLEDLVSFIIEEPPQDMDEKIRYKYPNISCELLTSDVSQMNDRLGEDESLLMKL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
mKIAA1 YGFLQSGDSLNPLLASFFSKVMGILINRKTDQLVSFLRKKDDFVDLLLRHIGTSAIMDLL
:.:: . . ::::::::::::..:::.:: .:.:.::.:: :::::...:::::::::::
mKIAA1 YSFLLNESPLNPLLASFFSKVLSILISRKPEQIVDFLKKKRDFVDLIIKHIGTSAIMDLL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
mKIAA1 LRLLTCVERPQLRQDVFNWLNEEKIVQRLIEQIHPSKDDNQHSNASQSLCDIIRLSREQM
::::::.: :: ::::.::::::.:.:::.: .:::.....:::::::::.:.::::.::
mKIAA1 LRLLTCIEPPQPRQDVLNWLNEERIIQRLVEIVHPSQEEDRHSNASQSLCEIVRLSRDQM
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
mKIAA1 IQGQDSPEPDQLLATLEKQETIEQLLSNMFEGEQCQSVIVSGIQVLLTLLEPRRPRSDSV
.: :.: ::: ::::::::: :::::::.:. :. .:.:::.::.:::::: :::
mKIAA1 LQVQNSTEPDPLLATLEKQEIIEQLLSNIFHKEKNESAIVSAIQILLTLLETRRP-----
240 250 260 270 280
310 320 330 340 350
mKIAA1 TMNNFFSSVDGQLELLAQGALDNALS-SMGALHALRPRLDRFHQLLLEPPK---------
. .:..:. : .: : . ..:.:.: :: ::.:::::::
mKIAA1 -------TFEGHIEICPPGMSHSACSVNKSVLEAIRGRLGSFHELLLEPPKKSVMKTTWG
290 300 310 320 330
mKIAA1 --------------------VQ--------------------------------------
.:
mKIAA1 ILDPPVGNTRLNVIRLISSLLQTNTSSINGDLMELNSIGVILDMFFKYTWNNFLHTQVEI
340 350 360 370 380 390
360 370 380
mKIAA1 --------------------------------LLQHCRLVERILASWEENDRVQSGGGPR
:.:.:.:.:::: .:. :.. :. :: :
mKIAA1 CIALILASPFENAENGTITDQDSTGDNLLLKHLFQKCQLIERILEAWDTNEKKQAEGGRR
400 410 420 430 440 450
390 400 410 420 430 440
mKIAA1 KGYMGHLTRVANAVVQNAEQGPNAEQLGQLLKELPEEQQQRWEAFVSGPLAETNKKNTVD
.::::::::.:: .:.....:::. . ::.:
mKIAA1 HGYMGHLTRIANCIVHSTDKGPNSALVQQLIKGKLVNNLITCV
460 470 480 490 500
450 460 470 480 490 500
mKIAA1 LVNTHHLHSSSDDEDDRLKEFNFPEEAVLQQAFMDFQMQRMTSAFIDHFGFNDEEFGEQE
>>mKIAA0685 ( 814 res) mid13080 (814 aa)
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Smith-Waterman score: 1291; 37.206% identity (48.061% ungapped) in 766 aa overlap (152-771:2-740)
130 140 150 160 170 180
mKIAA1 GFLQSGDSLNPLLASFFSKVMGILINRKTDQLVSFLRKKDDFVDLLLRHIGTSAIMDLLL
:.. ::.::. :.. ::.::::::.:::::
mKIAA0 LQVIMFLKKKEKFISQLLKHIGTSALMDLLL
10 20 30
190 200 210 220 230 240
mKIAA1 RLLTCVERPQLRQDVFNWLNEEKIVQRLIEQIHPSKDDNQHSNASQSLCDIIRLSREQMI
::..::: :::.:..:::::::.::.. ::: .:....:::::.:::::::.:.:
mKIAA0 RLVSCVEPVGLRQEVLHWLNEEKIIQRIVALIHPHQDEDRQSNASQALCDIIRLGRDQGS
40 50 60 70 80 90
250 260 270 280 290
mKIAA1 QGQDSPEPDQLLATLEKQETIEQLLSNMFEGEQCQSVIVSGIQVLLTLLEPRR-------
: :.. ::: :: :::.:. .::::.:::.:.: .: .:::.::::.::::::
mKIAA0 QLQETVEPDPLLITLESQDCVEQLLKNMFDGDQTESCLVSGMQVLLALLEPRRVGTEGLV
100 110 120 130 140 150
300 310 320 330
mKIAA1 -------PRSDSVT----------MNNF----FSSVDGQLELLAQGALDNALSSM---GA
:: ::. ..:: .. . : . :.:.. :.. ::
mKIAA0 DSFSQGLERSHSVSSSILRGIEPWLKNFHQLLLNPPKKKAILTTIGVLEEPLGNARLHGA
160 170 180 190 200 210
340
mKIAA1 ------LHALRP-------RLDRFHQLL--------------------------------
::. : ::. . ::
mKIAA0 RLMAALLHTNTPGINQELCRLNTMDLLLDLFFKYTWNNFLHLQVELCIAAILSHAAREEQ
220 230 240 250 260 270
350 360 370
mKIAA1 ----------------------LE-------PPK----VQLLQHCRLVERILASWEENDR
:: ::. ..:.:.: ::.::: .:: ::.
mKIAA0 AEASGSDGKVEPLQGSGDGNGKLETTPSITSPPENTMVTHLFQKCCLVQRILEAWEANDH
280 290 300 310 320 330
380 390 400 410 420 430
mKIAA1 VQSGGGPRKGYMGHLTRVANAVVQNAEQGPNAEQLGQLLKELPEEQQQRWEAFVSGPLAE
.:..:: :.: ::::::.::::::: :::: ....... :: . . :::.:: : :
mKIAA0 TQAAGGMRRGNMGHLTRIANAVVQNLEQGPVQAHISEVIRGLPADCRGRWESFVEETLME
340 350 360 370 380 390
440 450 460 470 480 490
mKIAA1 TNKKNTVDLVNTHHLHSSSDDEDDRLKEFNFPEEAVLQQAFMDFQMQRMTSAFIDHFGFN
::..::::::.::::::::.::: : .::.: ::::: ..:.:.::. :.:.::::
mKIAA0 TNRRNTVDLVSTHHLHSSSEDED---IEGTFPNELSLQQAFSEYQIQQMTANFVDQFGFN
400 410 420 430 440
500 510 520 530 540 550
mKIAA1 DEEFGEQEESVNAPFDKTANITFSLNADDENPNANLLEICYKDRIQQFDDEEEEEEEGQG
::::..:....:::::. :.:.:...::...:.: :.: : .:::: :::.:::.
mKIAA0 DEEFADQDDNINAPFDRIAEINFNIEADEDSPSAALFEACCSDRIQPFDDDEEED-----
450 460 470 480 490 500
560 570 580 590 600 610
mKIAA1 SAESDGEYGAWQGSQPVRASQASQPPGVRSGGSTDSEEEDEEEDEEEDEGGAACGRTSPS
:.: : . : : : : .. : .. :. .. . :.: .:. :.
mKIAA0 IWEDDETRCAAR----VMARARFGAPHVSDNYSKNALEHGGQDRKT----GSAVARNVPG
510 520 530 540 550
620 630 640 650
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. :: :: :: .:::.:: . :..: : ..... :. ::
mKIAA0 LAAPSSPTQKEGPRSESDSAGTTWTAVFDEPVNPLSAT--PGAARDVGSSAWAAGPSVVE
560 570 580 590 600 610
660 670 680 690 700
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.: .. . .: : : :.: .. :. :. : .:: : :.
mKIAA0 EKGWAKFTDFQPFCCSETGPRCSSPVDMDHSNAEGGQSPGPEKTFGPTSPCAWNVCVT--
620 630 640 650 660 670
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:.:: . ::.. : : : :: . ... :: :: . .
mKIAA0 -------RKAPLVASDSSSSGGSDSEDDEKAAGAVEAVCTGHTGKVSPPPRTAEAAVGRA
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: :.... :. : :
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730 740 750 760 770 780
774 residues in 1 query sequences
1768243 residues in 2168 library sequences
Scomplib [34t11]
start: Mon Mar 27 10:36:31 2006 done: Mon Mar 27 10:36:32 2006
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Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]