FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA0324.ptfa, 1754 aa vs ./tmplib.26680 library 1767263 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.5249+/-0.00929; mu= -19.8452+/- 0.608 mean_var=865.5502+/-208.041, 0's: 0 Z-trim: 13 B-trim: 0 in 0/36 Lambda= 0.0436 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA1019 ( 480 res) mbg02982 ( 480) 422 43 0.00026 mFLJ00034 ( 1255 res) mfj27008 (1255) 372 40 0.0043 >>mKIAA1019 ( 480 res) mbg02982 (480 aa) initn: 457 init1: 248 opt: 422 Z-score: 169.7 bits: 42.7 E(): 0.00026 Smith-Waterman score: 488; 48.031% identity (61.616% ungapped) in 254 aa overlap (786-1026:3-213) 760 770 780 790 800 810 mKIAA0 SSPRTKTTSRRGRSPSPKPRGLQRSRSRSRREKTRTTRRRDRSGSSQSTSRRRQRSRSRS :..: .: : :. ::.: :.: : .:::: mKIAA1 KSRKRTSESRSRARKRSSKSKSHRSQ-TRSRS 10 20 30 820 830 840 850 860 870 mKIAA0 RVTRRRRGGSGYHSRSPTRQESSRTSSRRRRGRSRTPLTSRKRSRSRTSPAPWKRSRSRA : ::::. ::: ..... :. :...: :: : ..::.:: .:.:.:. mKIAA1 RSRRRRRS-----SRSRSKSRGRRSVSKEKRKRS--P---KHRSKSR------ERKRKRS 40 50 60 70 880 890 900 910 920 mKIAA0 SPATHR---RSRSRTPLISRRRSRSRTSPVSRRRSRSVNRRRSRSRASPVSRRRS---RS : .: :.::::: :::::.: : :::::::.:::: : :: : :. :: mKIAA1 SSRDNRKAARARSRTP---SRRSRSHT-PSRRRRSRSVGRRRSFS-ISPSRRSRTPSRRS 80 90 100 110 120 130 930 940 950 960 970 980 mKIAA0 RTPPVTRRRS---RSRTPTRRRSRSRTPPVTRRRSRSRTPPVTRRRSRSRTSPVTRRRSR ::: : :. :::::.:: :::: ::::. : :::::: ..:::: mKIAA1 RTPS-RRSRTPSRRSRTPSRR---SRTPS---RRSRT---PSRRRRSRS----AVRRRSF 140 150 160 170 990 1000 1010 1020 1030 1040 mKIAA0 SRTSPVTRRRSRSRTSPVTRRRSRSRTSPVTRRRSRS----RTPPAIRRRSRSRTPLLPR : ::: ::::. :. :: ::: :. :.:::: :.: mKIAA1 S-ISPVRLRRSRT---PLRRRFSRS---PIRRKRSRSSERGRSPKRLTDLDKAQLLEIAK 180 190 200 210 220 1050 1060 1070 1080 1090 1100 mKIAA0 KRSRSRSPLAIRRRSRSRTPRAARGKRSLTRSPPAIRRRSASGSSSDRSRSATPPATRNH mKIAA1 ANAAAMCAKAGVPLPPNLKPAPPPTIEEKVAKKSGGATIEELTEKCKQIAQSKEDDDVIV 230 240 250 260 270 280 >>mFLJ00034 ( 1255 res) mfj27008 (1255 aa) initn: 285 init1: 162 opt: 372 Z-score: 148.0 bits: 40.0 E(): 0.0043 Smith-Waterman score: 511; 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