FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
../query/mKIAA0434.ptfa, 1170 aa
vs ./tmplib.26680 library
1767847 residues in 2168 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.7361+/-0.0117; mu= -26.7181+/- 0.775
mean_var=748.8523+/-183.885, 0's: 0 Z-trim: 12 B-trim: 0 in 0/36
Lambda= 0.0469
FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(2168)
mKIAA0559 ( 1592 res) mbg01260 (1592) 754 67 2.5e-11
>>mKIAA0559 ( 1592 res) mbg01260 (1592 aa)
initn: 1079 init1: 341 opt: 754 Z-score: 295.6 bits: 67.1 E(): 2.5e-11
Smith-Waterman score: 1337; 31.974% identity (36.392% ungapped) in 1079 aa overlap (80-1076:311-1340)
50 60 70 80 90 100
mKIAA0 ALGRFEKKKPDPLEIGYQAHLPPESLSQLVSRQPPKSPQVLYSPVSPLSPH-RLLDTSFA
.. : : .: . :. .: . . : : .
mKIAA0 EDQDEWDMPSRSRRKARTGKYGDSTAEGDKTKPPSKVSSVAVQTVAEISVQTEPLGTIRT
290 300 310 320 330 340
110 120 130 140 150 160
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: :.. .. .: .:::::::.:::::: . : . .:: .: .
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350 360 370 380 390
170 180 190 200 210 220
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.:. ..:..:...::.: :::.::.::::::::::::::::::::.:::.::..:::.
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230 240 250 260 270 280
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: :.: :. :.:..: :::.::::... : . . : .. : .: : :
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290 300 310 320 330
mKIAA0 --PSGPTAFQQPRFPPAAP--QYTAGSSG-PTQNGFPAHQAPTYTGPSTYPAPTYPPGTG
:. : : ::..: :: .: . ::: : : . . : . : :
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:. .. .. .: : .. .:::.:. : .: : . .::::::.: :: :. .
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400 410 420 430 440 450
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.:::: . . .. . .. : ::: . .. . : .:::...:: . .::
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630 640 650 660 670
460 470 480 490 500
mKIAA0 HYTSLEQNVPRNYVMIDDISELTKDSTPTAS-------ESQRLEPLGPGGVSGRPGKDPG
:....... ::::.::::...:: .. .: . .. . : . : .
mKIAA0 FYADIDHHTSRNYVLIDDIGDITKGTAALSSAFSLHEKDLSKTDRLLRTTETRRSQEVTD
680 690 700 710 720 730
510 520 530 540 550 560
mKIAA0 EPAVLEGPTLPCCYGRGEEESEEDSYDPRG-----KSGHHRSMESNGRPS--THYY-GDS
: :. . : ..::.: :: :. . :. .:. :: . . .::: .:.
mKIAA0 FLAPLQTSSRLHSYVKAEEDSMEDPYELKLLKHQIKQEFRRGTESLDHLAGLSHYYHADT
740 750 760 770 780 790
570 580 590 600 610
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.::: ...::. . . :. .:.: : . .:.:::.: .. :.::::::.:..:.:
mKIAA0 SYRHFPKSEKYSISRLTLEKQAAKQLPAAILYQKQSKHKKALIDPKMSKFSPIQESRDLE
800 810 820 830 840 850
620 630 640 650 660
mKIAA0 SDLASYPPPTVSS--SLTSRGRKFQDEITYGLKKNVYEQQRYYGVSS-----------RD
: .: ..:: ...::.: .::.::.::.::. .::...: : :.
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860 870 880 890 900 910
670 680 690 700 710
mKIAA0 A-AEEDERMYGSSSRSRMASAYS---GEKLS-SHDYSS---RGKGYERER-DTA--ERLQ
: .: .. :.:.:::: .: : : :: ..: :: : :. : : :.. . .
mKIAA0 ALQDEADKPYSSGSRSRPSSRPSSVYGLDLSIKRDSSSSSLRLKAQEAEALDVSFGHSSS
920 930 940 950 960 970
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.: .::.:: ....:.: :. .: ::::::.::.:.: : :.: ::: .:: ::
mKIAA0 SARTKPTSLPISQSRGRIPIVAQNSEEESPLSPVGQPMGMARAAAGPLPPISADTRDQFG
980 990 1000 1010 1020 1030
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mKIAA0 SSHSMPDVQEHVKDGPRAHAYKREEGYMLDDSHCVVSDSE-------------AYHLGQE
::::.:.::.:... :...: :. ....:: . ..:::: :::: .:
mKIAA0 SSHSLPEVQQHMREESRTRGYDRDIAFIMDDFQHAMSDSEVAVAMYDVSLVPKAYHLRRE
1040 1050 1060 1070 1080 1090
820 830 840 850 860 870
mKIAA0 ETDWFDKPRDARSDRFRHHGGHTVSSSQKRGPAR--HSYHDYDEPPEEGLWPHDEGGPG-
:::::::::..: . .:: .. .. : : :: . .. :. : . .
mKIAA0 ETDWFDKPRESRLE-----NGHGLD---RKLPERLVHS-RPLSQHQEQILQMNGKTMHYI
1100 1110 1120 1130 1140
880 890 900 910 920 930
mKIAA0 -RHTSAKEHRHHSDHGRHSGRHAGEEP-GRRAAKPHARDMGRHEARPHPQASPAPAMQKK
:. : : .:: :: : . : . :. ..: . :. : .: ...
mKIAA0 FPHARIKITRDSKDHTV-SGNGLGIRIVGGKEIPGHSGEIGAYIAKILPGGSA----EHS
1150 1160 1170 1180 1190 1200
940 950 960 970 980 990
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:. . . . . : . . : .. : ..: . . . : . . .. :
mKIAA0 GK--LIEGMQVLEWNGIPLTSKTYEEVQSIINQ-QSGEAEICVRLDLNMLSDSENPQHL-
1210 1220 1230 1240 1250
1000 1010 1020 1030 1040
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. .::. . ...: .. .: . :. ::.: : . . .: ::
mKIAA0 --ELHEPPKVVDK-----AKSPGVDPKQLAAELQKVSLQQSPLVMSSVVEKGAHAHSGPT
1260 1270 1280 1290 1300 1310
1050 1060 1070 1080 1090 1100
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. :.. :. .:: :.:. . : .:.
mKIAA0 SAGSSSVPSPGQP-GSPSVSKKKHGGSKPTDVSKTASHPITGEIQLQINYDLGNLIIHIL
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1170 residues in 1 query sequences
1767847 residues in 2168 library sequences
Scomplib [34t11]
start: Mon Mar 27 10:20:38 2006 done: Mon Mar 27 10:20:39 2006
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Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]