# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mbe00768.fasta.nr -Q ../query/mKIAA1377.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA1377, 1004 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7919782 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7696+/-0.000189; mu= 11.0438+/- 0.011 mean_var=94.8743+/-18.261, 0's: 37 Z-trim: 43 B-trim: 82 in 1/65 Lambda= 0.131674 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|148693007|gb|EDL24954.1| mCG121542 [Mus musculu (1108) 6604 1265.7 0 gi|149259487|ref|XP_001475067.1| PREDICTED: simila (1118) 6604 1265.7 0 gi|109483054|ref|XP_235805.4| PREDICTED: similar t (1332) 5323 1022.4 0 gi|114640039|ref|XP_001150420.1| PREDICTED: hypoth (1068) 3436 663.8 1.2e-187 gi|114640037|ref|XP_001150291.1| PREDICTED: hypoth (1101) 3436 663.9 1.3e-187 gi|114640035|ref|XP_508716.2| PREDICTED: hypotheti (1112) 3436 663.9 1.3e-187 gi|109108430|ref|XP_001095649.1| PREDICTED: hypoth (1116) 3292 636.5 2.2e-179 gi|73955242|ref|XP_546552.2| PREDICTED: hypothetic (1114) 3196 618.3 6.8e-174 gi|193787767|dbj|BAG52970.1| unnamed protein produ (1073) 2973 575.9 3.7e-161 gi|194382954|dbj|BAG59033.1| unnamed protein produ ( 918) 2461 478.6 6.3e-132 gi|157422834|gb|AAI53359.1| LOC100127586 protein [ ( 573) 409 88.6 9.7e-15 gi|157888661|emb|CAP09556.1| novel protein [Danio (1060) 401 87.3 4.4e-14 gi|224043592|ref|XP_002200017.1| PREDICTED: hypoth ( 192) 258 59.5 1.8e-06 gi|210121855|gb|EEA69565.1| hypothetical protein B (1225) 209 50.9 0.0047 >>gi|148693007|gb|EDL24954.1| mCG121542 [Mus musculus] (1108 aa) initn: 6604 init1: 6604 opt: 6604 Z-score: 6777.2 bits: 1265.7 E(): 0 Smith-Waterman score: 6604; 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