Miyakogusa Predicted Gene
- Lj6g3v2006660.1
BLASTN 2.2.25 [Feb-01-2011]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= Lj6g3v2006660.1 tr|D7MG39|D7MG39_ARALL EMB1025 OS=Arabidopsis
lyrata subsp. lyrata GN=ARALYDRAFT_492862 PE=4
SV=1,30.56,2e-18,PPR_2,Pentatricopeptide repeat; PPR,Pentatricopeptide
repeat; PPR: pentatricopeptide repeat domain,P,CUFF.60482.1
(1441 letters)
Database: LJGI
47,486 sequences; 32,788,469 total letters
Searching..................................................done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
gnl|LJGI|TC71404 similar to UniRef100_A2Q513 Cluster: Pentatrico... 1473 0.0
gnl|LJGI|TC60619 similar to UniRef100_A2Q513 Cluster: Pentatrico... 1193 0.0
>gnl|LJGI|TC71404 similar to UniRef100_A2Q513 Cluster: Pentatricopeptide repeat; n=1;
Medicago truncatula|Rep: Pentatricopeptide repeat -
Medicago truncatula (Barrel medic), partial (53%)
Length = 1042
Score = 1473 bits (743), Expect = 0.0
Identities = 759/767 (98%)
Strand = Plus / Plus
Query: 675 tgttgttacctatactagtttgatacatggaatgtgtcagtcggataatttgggtgaagc 734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1 tgttgttacctatactagtttgatacatggaatgtgtcagtcggataatttgggtgaagc 60
Query: 735 tataagattgcttgaagagatgnnnnnnnntggcattgagccaaatgtttttacgtacag 794
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 61 tataagattgcttgaagagatgaaaaaaaatggcattgagccaaatgtttttacgtacag 120
Query: 795 tactttaatggatggtttatgtaaaggtggtcattcattacaagcaatggaattgttaga 854
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 121 tactttaatggatggtttatgtaaaggtggtcattcattacaagcaatggaattgttaga 180
Query: 855 aatgatggttacaaaacataatcggcctaacatggtcacttatggtactttaatcaatgg 914
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 181 aatgatggttacaaaacataatcggcctaacatggtcacttatggtactttaatcaatgg 240
Query: 915 gctgtgtaaagaaggaaaatttagtgaagctgtcgagattcttgacaggatgaggcttca 974
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 241 gctgtgtaaagaaggaaaatttagtgaagctgtcgagattcttgacaggatgaggcttca 300
Query: 975 aggtttgaaaccaaatgcagggttgtatgggaaaatcataagtggcttctgtgctgcatc 1034
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 301 aggtttgaaaccaaatgcagggttgtatgggaaaatcataagtggcttctgtgctgcatc 360
Query: 1035 cagctatcaagatgctgcaaactttattgatgagatggtgcttggcggtatctcaccgag 1094
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 361 cagctatcaagatgctgcaaactttattgatgagatggtgcttggcggtatctcaccgag 420
Query: 1095 tcgagcaacttggagccttcatgttagaatgcataacacggtggtccaaggtctttgtag 1154
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 421 tcgagcaacttggagccttcatgttagaatgcataacacggtggtccaaggtctttgtag 480
Query: 1155 taatgttgattctcctcgagcatttcagttgtatcttagcatgcgtactaggggtatctc 1214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 481 taatgttgattctcctcgagcatttcagttgtatcttagcatgcgtactaggggtatctc 540
Query: 1215 tattgaaattgacacttttgactgtttaatcaaatgtttttgcaagcgaggggacctcaa 1274
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 541 tattgaaattgacacttttgactgtttaatcaaatgtttttgcaagcgaggggacctcaa 600
Query: 1275 caaagctgctcgaattcttgaagagatgatatcagacggctgcgttccagataagggtat 1334
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 601 caaagctgctcgaattcttgaagagatgatatcagacggctgcgttccagataagggtat 660
Query: 1335 atgggatgtagtaatgggtgggctctgggatcggaaaaaagtgagagaagccactgaact 1394
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 661 atgggatgtagtaatgggtgggctctgggatcggaaaaaagtgagagaagccactgaact 720
Query: 1395 attgctggctgagctggagaaaaagtttgttgatgctgaaagttgaa 1441
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 721 attgctggctgagctggagaaaaagtttgttgatgctgaaagttgaa 767
>gnl|LJGI|TC60619 similar to UniRef100_A2Q513 Cluster: Pentatricopeptide repeat; n=1;
Medicago truncatula|Rep: Pentatricopeptide repeat -
Medicago truncatula (Barrel medic), partial (42%)
Length = 795
Score = 1193 bits (602), Expect = 0.0
Identities = 605/606 (99%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 atgggtagtagaactttgtttaagtggccaaagcaaattacaagttccttagtggagcag 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 190 atgggtagtagaactttgtttaagtggccaaagcaaattacaagttccttagtggagcag 249
Query: 61 ttgataaaagcagaaaaggatataaacaaagctgttcttatgtttgattctgccacagct 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 250 ttgataaaagcagaaaaggatataaacaaagctgttcttatgtttgattctgccacagct 309
Query: 121 gagtacagtaatgggtttcgtcatgatcacacgacctttggtgtcatgatctcgaggtta 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 310 gagtacagtaatgggtttcgtcatgatcacacgacctttggtgtcatgatctcgaggtta 369
Query: 181 gtcgctgcgaatcagttcaggtcagcggaagggttgttggagagaatgaagcaagaaaat 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 370 gtcgctgcgaatcagttcaggtcagcggaagggttgttggagagaatgaagcaagaaaat 429
Query: 241 tgtgttgttacagaagacatacttttaactatatgcaggggttatggacgtgtgcatagg 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 430 tgtgttgttacagaagacatacttttaactatatgcaggggttatggacgtgtgcatagg 489
Query: 301 ccacttgatgccatcagggtttttcataagatggaagattttcagctgaagttcactcag 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 490 ccacttgatgccatcagggtttttcataagatggaagattttcagctgaagttcactcag 549
Query: 361 aaatcttaccttacagtcattgatatccttgtggaggagaaccatgtaaaaagggctatt 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 550 aaatcttaccttacagtcattgatatccttgtggaggagaaccatgtaaaaagggctatt 609
Query: 421 gctttttacagggagatgaggaaaatgggcattccgcccagtgttgtttccctcaatatt 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 610 gctttttacagggagatgaggaaaatgggcattccgcccagtgttgtttccctcaatatt 669
Query: 481 ttgatcaaggcactctgcaaaaacaaggaaactattgattctgctttacagatatttcat 540
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 670 ttgatcaaggccctctgcaaaaacaaggaaactattgattctgctttacagatatttcat 729
Query: 541 gagatgcccaaccgtggatgccaacctgattcatatacgtacggtacattgattaatggg 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 730 gagatgcccaaccgtggatgccaacctgattcatatacgtacggtacattgattaatggg 789
Query: 601 ctgtgc 606
||||||
Sbjct: 790 ctgtgc 795