Miyakogusa Predicted Gene
- Lj4g3v2265030.1
BLASTN 2.2.25 [Feb-01-2011]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= Lj4g3v2265030.1 tr|A1IIA2|A1IIA2_LOTJA Phytochrome OS=Lotus
japonicus GN=phyb PE=2 SV=1,100,0,PHYTOCHROME,Phytochrome;
His_kin_homodim,Signal transduction histidine kinase, homodimeric;
PAS,PAS ,NODE_28984_length_3818_cov_128.845734.path1.1
(3435 letters)
Database: LJGI
47,486 sequences; 32,788,469 total letters
Searching..................................................done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
gnl|LJGI|TC69456 UniRef100_A1IIA2 Cluster: Phytochrome b; n=1; L... 6564 0.0
gnl|LJGI|AV780756 UniRef100_A1IIA2 Cluster: Phytochrome b; n=1; ... 109 1e-22
>gnl|LJGI|TC69456 UniRef100_A1IIA2 Cluster: Phytochrome b; n=1; Lotus japonicus|Rep:
Phytochrome b - Lotus japonicus, complete
Length = 4160
Score = 6564 bits (3311), Expect = 0.0
Identities = 3318/3319 (99%), Gaps = 1/3319 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 118 tcggttatgatgcggaaagccatcgcacagtacaccgaagacgcgaggcttcacgccgtg 177
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 178 tcggttatgatgcggaaagccatcgcacagtacaccgaagacgcgaggcttcacgccgtg 237
Query: 178 tacgagcagtccggcgagtcttttgactactcccactcgcttcgtgtcacggtggagtcc 237
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 238 tacgagcagtccggcgagtcttttgactactcccactcgcttcgtgtcacggtggagtcc 297
Query: 238 gtcccggagcagcagataaccgcttatcttgctagaattcagcgcggtggttacatccag 297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 298 gtcccggagcagcagataaccgcttatcttgctagaattcagcgcggtggttacatccag 357
Query: 298 ccgtttggttgcatgatcgccgttgacgacccgtccttccgcctccttgcttactccgat 357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 358 ccgtttggttgcatgatcgccgttgacgacccgtccttccgcctccttgcttactccgat 417
Query: 358 aacgcccgtgacatgctcgggataactccgcagtcggttccttccattgatgacgactcg 417
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 418 aacgcccgtgacatgctcgggataactccgcagtcggttccttccattgatgacgactcg 477
Query: 418 tcgtcttcgtcgttcgcgctcggcaccgatgttcgttccttgttctctccctcctccgcg 477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 478 tcgtcttcgtcgttcgcgctcggcaccgatgttcgttccttgttctctccctcctccgcg 537
Query: 478 gtgcttctcgacaaggcgttcgccgcccgtgagatcagcctcatgaaccctctctggatc 537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 538 gtgcttctcgacaaggcgttcgccgcccgtgagatcagcctcatgaaccctctctggatc 597
Query: 538 cactctcgaacctccggtaggcctttctacggtatcctccaccgcgttgatgtcggtgtt 597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 598 cactctcgaacctccggtaggcctttctacggtatcctccaccgcgttgatgtcggtgtt 657
Query: 598 gttatcgatttggagcctgctaggtcagacgaccctgcgctctccatcgccggtgccgta 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 658 gttatcgatttggagcctgctaggtcagacgaccctgcgctctccatcgccggtgccgta 717
Query: 658 cagtctcagaagctcgccgttcgcgcgatctctcagctacagtcgcttcccggcggtgat 717
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 718 cagtctcagaagctcgccgttcgcgcgatctctcagctacagtcgcttcccggcggtgat 777
Query: 718 gtgaagctactatgtgacgcggttgtgcagagtgtccgggagcttactggctacgacagg 777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 778 gtgaagctactatgtgacgcggttgtgcagagtgtccgggagcttactggctacgacagg 837
Query: 778 gtgatggtttacaagttccatgaggatgagcacggcgaggttgtggcggagagcaagagg 837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 838 gtgatggtttacaagttccatgaggatgagcacggcgaggttgtggcggagagcaagagg 897
Query: 838 gcagatttggagccgtacatgggtttgcattaccctgccacggacatccctcaggcttcg 897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 898 gcagatttggagccgtacatgggtttgcattaccctgccacggacatccctcaggcttcg 957
Query: 898 aggtttttgttcaagcagaatagggttaggatgattgtggattgtcatgctagtcctgtg 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 958 aggtttttgttcaagcagaatagggttaggatgattgtggattgtcatgctagtcctgtg 1017
Query: 958 ggtgtggttcaggatgaggctctgatgcagcctctgtgtctggtggggtccacgctccgt 1017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1018 ggtgtggttcaggatgaggctctgatgcagcctctgtgtctggtggggtccacgctccgt 1077
Query: 1018 gctcctcacggttgccatgctcagtacatggccaacatgggttctatcgcgtcgttggtg 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1078 gctcctcacggttgccatgctcagtacatggccaacatgggttctatcgcgtcgttggtg 1137
Query: 1078 atggcggttatcatcaatgggaatgatgatgacgcggttggggttggtggccggagctcg 1137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1138 atggcggttatcatcaatgggaatgatgatgacgcggttggggttggtggccggagctcg 1197
Query: 1138 atgaggctgtgggggcttgttgtttgtcaccacacctctgctaggtgtatcccttttccg 1197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1198 atgaggctgtgggggcttgttgtttgtcaccacacctctgctaggtgtatcccttttccg 1257
Query: 1198 ttgaggtatgcttgtgagttcctcatgcaggcttttgggctgcagctgaacatggagctt 1257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1258 ttgaggtatgcttgtgagttcctcatgcaggcttttgggctgcagctgaacatggagctt 1317
Query: 1258 cagatggcggcgcagtcattggagaagcgagttttgaggacgcagaccctgttgtgtgac 1317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1318 cagatggcggcgcagtcattggagaagcgagttttgaggacgcagaccctgttgtgtgac 1377
Query: 1318 atgcttctcagggactctcctgctgggattgttactcagagtcctagtattatggacctg 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1378 atgcttctcagggactctcctgctgggattgttactcagagtcctagtattatggacctg 1437
Query: 1378 gttaagtgtgatggcgctgcgttgtattgccaagggagctactaccctttgggtgtcacc 1437
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1438 gttaagtgtgatggcgctgcgttgtattgccaagggagctactaccctttgggtgtcacc 1497
Query: 1438 ccgagtgagtctcagataagggatatcattgattggttgttggcctttcatggtgattcc 1497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1498 ccgagtgagtctcagataagggatatcattgattggttgttggcctttcatggtgattcc 1557
Query: 1498 acgggtttgagtactgatagtttggctgatgctgggtaccctggggcttcttcacttggg 1557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1558 acgggtttgagtactgatagtttggctgatgctgggtaccctggggcttcttcacttggg 1617
Query: 1558 gatgcggtttgtggcatggctgttgcttatataacggagaaggattttcttttctggttc 1617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1618 gatgcggtttgtggcatggctgttgcttatataacggagaaggattttcttttctggttc 1677
Query: 1618 agatcacacacggcgaaggaaataaaatggggtggtgcaaagcatcacccggaggataag 1677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1678 agatcacacacggcgaaggaaataaaatggggtggtgcaaagcatcacccggaggataag 1737
Query: 1678 gatgatgggcagcggatgcatccccgttcttccttcaaggcatttttagaagtggtgaag 1737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1738 gatgatgggcagcggatgcatccccgttcttccttcaaggcatttttagaagtggtgaag 1797
Query: 1738 agccgtagttcgccgtgggataatgcggagatggatgcaattcactctttgcagcttatc 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1798 agccgtagttcgccgtgggataatgcggagatggatgcaattcactctttgcagcttatc 1857
Query: 1798 ctgcgggactcattcaaggaggatgaacatagcgattctaaggctgttgtgaacacccat 1857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1858 ctgcgggactcattcaaggaggatgaacatagcgattctaaggctgttgtgaacacccat 1917
Query: 1858 ctggctgagctagagttgcaaggggtggatgaactgagttccgtggctagagagatggtt 1917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1918 ctggctgagctagagttgcaaggggtggatgaactgagttccgtggctagagagatggtt 1977
Query: 1918 aggttgatagaaactgccactgctcccatatttgccgttgatgttgagggccacataaat 1977
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1978 aggttgatagaaactgccactgctcccatatttgccgttgatgttgagggccacataaat 2037
Query: 1978 gggtggaatgcaaaagtttcagaattgacaggtctcccagttgaagaggctatggggaag 2037
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2038 gggtggaatgcaaaagtttcagaattgacaggtctcccagttgaagaggctatggggaag 2097
Query: 2038 tccttggttcgtgatcttgtgtataaggagtctgaagaaactgtggacaggcttctttct 2097
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2098 tccttggttcgtgatcttgtgtataaggagtctgaagaaactgtggacaggcttctttct 2157
Query: 2098 cgtgctttaaaaggtgaagaagataagaatgttgagataaaattgaggacatttggccca 2157
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2158 cgtgctttaaaaggtgaagaagataagaatgttgagataaaattgaggacatttggccca 2217
Query: 2158 gaacatcaagataaggcagtttatgtagtggtgaatgcttgctccagcaaggattataca 2217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2218 gaacatcaagataaggcagtttatgtagtggtgaatgcttgctccagcaaggattataca 2277
Query: 2218 aataatatagttggggtgtgctttgttggtcaggatgtcactggtcaaaaagttgtaatg 2277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2278 aataatatagttggggtgtgctttgttggtcaggatgtcactggtcaaaaagttgtaatg 2337
Query: 2278 gacaaattcattaacatacaaggtgactataaagctattgtacacagcccaaatccactg 2337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2338 gacaaattcattaacatacaaggtgactataaagctattgtacacagcccaaatccactg 2397
Query: 2338 atccctcccatttttgcatcggatgataacacatgttgcttagagtggaacaatgccatg 2397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2398 atccctcccatttttgcatcggatgataacacatgttgcttagagtggaacaatgccatg 2457
Query: 2398 gaaaagctcactggttggggtcgtgcagatgtcattggaaaattgttagtaggagaggtt 2457
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2458 gaaaagctcactggttggggtcgtgcagatgtcattggaaaattgttagtaggagaggtt 2517
Query: 2458 tttggcagctgctgtcagttaaagggttcagatgctataacaaagtttatgattgtcttg 2517
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2518 tttggcagctgctgtcagttaaagggttcagatgctataacaaagtttatgattgtcttg 2577
Query: 2518 cacaatgcgcttggtggacaagatacagataaattccctttttcatttctcgaccggcat 2577
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2578 cacaatgcgcttggtggacaagatacagataaattccctttttcatttctcgaccggcat 2637
Query: 2578 ggaaaatatgtgcaaactttcttgactgcaaataagagggttagcatagatggtcagatc 2637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2638 ggaaaatatgtgcaaactttcttgactgcaaataagagggttagcatagatggtcagatc 2697
Query: 2638 attggggctttttgctttttgcaaattgtgagtcctgaacttcaacaggctctgaaggtc 2697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2698 attggggctttttgctttttgcaaattgtgagtcctgaacttcaacaggctctgaaggtc 2757
Query: 2698 cagaaacaacaagagaagaattgctttgctaggatgaaagagttagcttatatttgtcaa 2757
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2758 cagaaacaacaagagaagaattgctttgctaggatgaaagagttagcttatatttgtcaa 2817
Query: 2758 gaagtaaaaaatcccttgagcgggatacgctttacaaactctctt-ttggaggctacagg 2816
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct: 2818 gaagtaaaaaatcccttgagcgggatacgctttacaaactctcttcttggaggctacagg 2877
Query: 2817 cttgacggatgagcaaaaacagtttcttgagactagtgctgcttgtgagaagcaaatgtt 2876
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2878 cttgacggatgagcaaaaacagtttcttgagactagtgctgcttgtgagaagcaaatgtt 2937
Query: 2877 aaagataatacgggacgttgatctggaaagcatcgaggatgggtccctggagcttgaaag 2936
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2938 aaagataatacgggacgttgatctggaaagcatcgaggatgggtccctggagcttgaaag 2997
Query: 2937 gggagaattcttgcttgggaatgtcataaatgcagtagttagtcaagtaatggtcttgct 2996
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2998 gggagaattcttgcttgggaatgtcataaatgcagtagttagtcaagtaatggtcttgct 3057
Query: 2997 aagagaaagaaatctacagttgattcgtgatattcctgaagaaatcaaaacattggctgt 3056
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 3058 aagagaaagaaatctacagttgattcgtgatattcctgaagaaatcaaaacattggctgt 3117
Query: 3057 ttatggtgatcagttgaggattcaacaagtattggctgatttcttatcaaatgttgtgcg 3116
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 3118 ttatggtgatcagttgaggattcaacaagtattggctgatttcttatcaaatgttgtgcg 3177
Query: 3117 gtatgcaccatctccagatggctgggtagagattcatgtatacccaaaaataaagcaaat 3176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 3178 gtatgcaccatctccagatggctgggtagagattcatgtatacccaaaaataaagcaaat 3237
Query: 3177 ttcagacgggctcacccttctccatgctgaatttcggttggtatgccctggtgaaggtct 3236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 3238 ttcagacgggctcacccttctccatgctgaatttcggttggtatgccctggtgaaggtct 3297
Query: 3237 tccttctgaattggttcaagacatgtttcataacagtcggtgggtgactcaagaaggcct 3296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 3298 tccttctgaattggttcaagacatgtttcataacagtcggtgggtgactcaagaaggcct 3357
Query: 3297 agggctatgcatgagcaggaagattctgaagttaatgaacggcgaagtccaatacatcag 3356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 3358 agggctatgcatgagcaggaagattctgaagttaatgaacggcgaagtccaatacatcag 3417
Query: 3357 ggaggcagaacggtgctacttctttgttctacttgaactaccggtgacacgcagaagctc 3416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 3418 ggaggcagaacggtgctacttctttgttctacttgaactaccggtgacacgcagaagctc 3477
Query: 3417 taaaggtgttaactaggta 3435
|||||||||||||||||||
Sbjct: 3478 taaaggtgttaactaggta 3496
>gnl|LJGI|AV780756 UniRef100_A1IIA2 Cluster: Phytochrome b; n=1; Lotus japonicus|Rep:
Phytochrome b - Lotus japonicus, partial (1%)
Length = 511
Score = 109 bits (55), Expect = 1e-22
Identities = 61/63 (96%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3290 aaggcctagggctatgcatgagcaggaagattctgaagttaatgaacggcgaagtccaat 3349
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct: 511 aaggcttagggctatgcatgagcaggaagattctgaagttaatgaacggcgaggtccaat 452
Query: 3350 aca 3352
|||
Sbjct: 451 aca 449