Miyakogusa Predicted Gene
- Lj3g3v3337450.1
BLASTN 2.2.25 [Feb-01-2011]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= Lj3g3v3337450.1 tr|B9H901|B9H901_POPTR Predicted protein
(Fragment) OS=Populus trichocarpa GN=POPTRDRAFT_415759
PE=4,24.45,0.000000002,WD_REPEATS_2,WD40 repeat;
WD_REPEATS_REGION,WD40-repeat-containing domain; WD40
repeat-like,WD40-rep,CUFF.45618.1
(3822 letters)
Database: LJGI
47,486 sequences; 32,788,469 total letters
Searching..................................................done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
gnl|LJGI|TC58300 1287 0.0
gnl|LJGI|GO005386 640 0.0
>gnl|LJGI|TC58300
Length = 947
Score = 1287 bits (649), Expect = 0.0
Identities = 689/709 (97%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3003 agataatcaagttggcaccaacagcaagcaacaagcgaatgccaatccaaatagcagcag 3062
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Sbjct: 946 agataatcaagttggcaccaacagcaagcaacaagcgaatgccaatccaaatagcagcag 887
Query: 3063 caacaatcaaagtcttccctctaaaagcggaggaaatgtcaatgggaaagacaatcaagc 3122
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Sbjct: 886 caacaatcaaagtcttccctctaaaagcggaggaaatgtcaatgggaaagacaatcaagc 827
Query: 3123 tgctaacaagagcaatcaacaagcgaatgtcaatccatatagcagcagtaacaatcaaag 3182
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Sbjct: 826 tgctaacaagagcaatcaacaagcgaatgtcaatccatatagcagcagtaacaatcaaag 767
Query: 3183 ccttccctctaaaagtgaaggaaatggcaatgggaaagacaatcaagctggcaacaacag 3242
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Sbjct: 766 ccttccctctaaaagtgaaggaaatggcaatgggaaagacaatcaagctggcaacaacag 707
Query: 3243 caaccaacaagggagtggcaataagaatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctaagtgt 3302
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Sbjct: 706 caaccaacaagggagtggcaataagaataccagcagcagcagcagcagcaatctaagtgt 647
Query: 3303 tcggtctgtaagaggaggaactggcaatcaaactgccagccaaaacagcaacagtcaaca 3362
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Sbjct: 646 tcggtctgtaagaggaggaactggcaatcaaactgccagccaaaacagcaacagtcaaca 587
Query: 3363 agggaaccataatcggaataccagcagcaataatcaaagtgttcagtctaaaagtggagg 3422
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Sbjct: 586 agggaaccataatcggaataccagcagcaataatcaaagtgttcagtctaaaagtggagg 527
Query: 3423 aaatgtcaatcaaactggcagcagcaacagcaacaatcaacaagggaatgccaatcagaa 3482
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Sbjct: 526 aaatgtcaatcaaactggcagcagcaacagcaacaatcaacaagggaatgccaatcagaa 467
Query: 3483 ttccagcagcaagaatcaaagccttttgcctaaaagcagtggaaacaataatgggaatgg 3542
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Sbjct: 466 ttccagcagcaagaatcaaagccttttgcctaaaagcagtggaaacaataatgggaatgg 407
Query: 3543 cagcaacaatcaacaaggcaatgataagaggaatgacagcaaaagcaatccaactctgtc 3602
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Sbjct: 406 cagcaacaatcaacaaggcaatgataagaggaatgacagcaaaagcaatccaactctgtc 347
Query: 3603 atcaacaagtggaggagatagcaatttgaatgttaatcgtggtagcgccaacaagaagca 3662
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Sbjct: 346 atcaacaagtggaggagatagcaatttgaatgttaatcgtggtagcgccaacaagaagca 287
Query: 3663 aggcattttgtcagctaatgaaggaagtggcagtggcaacatgaacaac 3711
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Sbjct: 286 aggcattttgtcagctaatgaaggaagtggcagtggcaacatgaacaac 238
Score = 234 bits (118), Expect = 3e-60
Identities = 181/202 (89%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2944 aataacagcagcaacaatcaaagtcttccatctaaaagcggaggaaatgtcagtgggaaa 3003
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Sbjct: 897 aatagcagcagcaacaatcaaagtcttccctctaaaagcggaggaaatgtcaatgggaaa 838
Query: 3004 gataatcaagttggcaccaacagcaagcaacaagcgaatgccaatccaaatagcagcagc 3063
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Sbjct: 837 gacaatcaagctgctaacaagagcaatcaacaagcgaatgtcaatccatatagcagcagt 778
Query: 3064 aacaatcaaagtcttccctctaaaagcggaggaaatgtcaatgggaaagacaatcaagct 3123
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Sbjct: 777 aacaatcaaagccttccctctaaaagtgaaggaaatggcaatgggaaagacaatcaagct 718
Query: 3124 gctaacaagagcaatcaacaag 3145
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Sbjct: 717 ggcaacaacagcaaccaacaag 696
Score = 85.7 bits (43), Expect = 2e-15
Identities = 43/43 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3780 tgattcccaaaataggaacaacagggtgcagttgcaaaaatag 3822
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Sbjct: 169 tgattcccaaaataggaacaacagggtgcagttgcaaaaatag 127
Score = 65.9 bits (33), Expect = 2e-09
Identities = 60/69 (86%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2445 cagcaaaaatcaacaagggaatgacaatctgaataccaccaacaagaatcaaagcccttt 2504
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Sbjct: 499 cagcaacaatcaacaagggaatgccaatcagaattccagcagcaagaatcaaagcctttt 440
Query: 2505 ctctaaaag 2513
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Sbjct: 439 gcctaaaag 431
Score = 60.0 bits (30), Expect = 1e-07
Identities = 48/54 (88%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2942 ggaataacagcagcaacaatcaaagtcttccatctaaaagcggaggaaatgtca 2995
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Sbjct: 572 ggaataccagcagcaataatcaaagtgttcagtctaaaagtggaggaaatgtca 519
>gnl|LJGI|GO005386
Length = 328
Score = 640 bits (323), Expect = 0.0
Identities = 326/327 (99%)
Strand = Plus / Plus
Query: 2945 ataacagcagcaacaatcaaagtcttccatctaaaagcggaggaaatgtcagtgggaaag 3004
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Sbjct: 2 ataacagcagcaacaatcaaagtcttccatctaaaagcggaggaaatgtcagtgggaaag 61
Query: 3005 ataatcaagttggcaccaacagcaagcaacaagcgaatgccaatccaaatagcagcagca 3064
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Sbjct: 62 ataatcaagttggcaccaacagcaagcaacaagcgaatgccaatccaaatagcagcagca 121
Query: 3065 acaatcaaagtcttccctctaaaagcggaggaaatgtcaatgggaaagacaatcaagctg 3124
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Sbjct: 122 acaatcaaagtcttccctctaaaagcggaggaaatgtcaatgggaaagacaatcaagctg 181
Query: 3125 ctaacaagagcaatcaacaagcgaatgtcaatccatatagcagcagtaacaatcaaagcc 3184
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Sbjct: 182 ctaacaagagcaatcaacaagcgaatgtcaatccatatagcagcagcaacaatcaaagcc 241
Query: 3185 ttccctctaaaagtgaaggaaatggcaatgggaaagacaatcaagctggcaacaacagca 3244
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Sbjct: 242 ttccctctaaaagtgaaggaaatggcaatgggaaagacaatcaagctggcaacaacagca 301
Query: 3245 accaacaagggagtggcaataagaata 3271
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Sbjct: 302 accaacaagggagtggcaataagaata 328
Score = 242 bits (122), Expect = 1e-62
Identities = 182/202 (90%)
Strand = Plus / Plus
Query: 2944 aataacagcagcaacaatcaaagtcttccatctaaaagcggaggaaatgtcagtgggaaa 3003
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Sbjct: 109 aatagcagcagcaacaatcaaagtcttccctctaaaagcggaggaaatgtcaatgggaaa 168
Query: 3004 gataatcaagttggcaccaacagcaagcaacaagcgaatgccaatccaaatagcagcagc 3063
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Sbjct: 169 gacaatcaagctgctaacaagagcaatcaacaagcgaatgtcaatccatatagcagcagc 228
Query: 3064 aacaatcaaagtcttccctctaaaagcggaggaaatgtcaatgggaaagacaatcaagct 3123
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Sbjct: 229 aacaatcaaagccttccctctaaaagtgaaggaaatggcaatgggaaagacaatcaagct 288
Query: 3124 gctaacaagagcaatcaacaag 3145
| ||||| ||||| |||||||
Sbjct: 289 ggcaacaacagcaaccaacaag 310
Score = 60.0 bits (30), Expect = 1e-07
Identities = 48/54 (88%)
Strand = Plus / Plus
Query: 3379 aataccagcagcaataatcaaagtgttcagtctaaaagtggaggaaatgtcaat 3432
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Sbjct: 109 aatagcagcagcaacaatcaaagtcttccctctaaaagcggaggaaatgtcaat 162
Score = 54.0 bits (27), Expect = 7e-06
Identities = 42/47 (89%)
Strand = Plus / Plus
Query: 3384 cagcagcaataatcaaagtgttcagtctaaaagtggaggaaatgtca 3430
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Sbjct: 6 cagcagcaacaatcaaagtcttccatctaaaagcggaggaaatgtca 52