Result of FASTA (ccds) for pF1KB9520
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9520, 445 aa
  1>>>pF1KB9520 445 - 445 aa - 445 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6182+/-0.000833; mu= 11.0865+/- 0.051
 mean_var=236.6326+/-56.746, 0's: 0 Z-trim(115.9): 203  B-trim: 1765 in 2/51
 Lambda= 0.083375
 statistics sampled from 16210 (16507) to 16210 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.79), E-opt: 0.2 (0.507), width:  16
 Scan time:  3.770

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS13493.1 HRH3 gene_id:11255|Hs108|chr20         ( 445) 3043 378.5 7.3e-105
CCDS11887.1 HRH4 gene_id:59340|Hs108|chr18         ( 390)  635 88.8 1.1e-17
CCDS47004.1 ADRA2C gene_id:152|Hs108|chr4          ( 462)  624 87.6 2.9e-17
CCDS1616.1 CHRM3 gene_id:1131|Hs108|chr1           ( 590)  538 77.3 4.4e-14
CCDS10031.1 CHRM5 gene_id:1133|Hs108|chr15         ( 532)  522 75.4 1.6e-13
CCDS8040.1 CHRM1 gene_id:1128|Hs108|chr11          ( 460)  518 74.8   2e-13
CCDS44581.1 CHRM4 gene_id:1132|Hs108|chr11         ( 479)  502 72.9 7.8e-13
CCDS5843.1 CHRM2 gene_id:1129|Hs108|chr7           ( 466)  470 69.0 1.1e-11
CCDS7569.2 ADRA2A gene_id:150|Hs108|chr10          ( 465)  459 67.7 2.8e-11


>>CCDS13493.1 HRH3 gene_id:11255|Hs108|chr20              (445 aa)
 initn: 3043 init1: 3043 opt: 3043  Z-score: 1996.1  bits: 378.5 E(32554): 7.3e-105
Smith-Waterman score: 3043; 100.0% identity (100.0% similar) in 445 aa overlap (1-445:1-445)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MERAPPDGPLNASGALAGEAAAAGGARGFSAAWTAVLAALMALLIVATVLGNALVMLAFV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MERAPPDGPLNASGALAGEAAAAGGARGFSAAWTAVLAALMALLIVATVLGNALVMLAFV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 ADSSLRTQNNFFLLNLAISDFLVGAFCIPLYVPYVLTGRWTFGRGLCKLWLVVDYLLCTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ADSSLRTQNNFFLLNLAISDFLVGAFCIPLYVPYVLTGRWTFGRGLCKLWLVVDYLLCTS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 SAFNIVLISYDRFLSVTRAVSYRAQQGDTRRAVRKMLLVWVLAFLLYGPAILSWEYLSGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SAFNIVLISYDRFLSVTRAVSYRAQQGDTRRAVRKMLLVWVLAFLLYGPAILSWEYLSGG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 SSIPEGHCYAEFFYNWYFLITASTLEFFTPFLSVTFFNLSIYLNIQRRTRLRLDGAREAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SSIPEGHCYAEFFYNWYFLITASTLEFFTPFLSVTFFNLSIYLNIQRRTRLRLDGAREAA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 GPEPPPEAQPSPPPPPGCWGCWQKGHGEAMPLHRYGVGEAAVGAEAGEATLGGGGGGGSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GPEPPPEAQPSPPPPPGCWGCWQKGHGEAMPLHRYGVGEAAVGAEAGEATLGGGGGGGSV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 ASPTSSSGSSSRGTERPRSLKRGSKPSASSASLEKRMKMVSQSFTQRFRLSRDRKVAKSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ASPTSSSGSSSRGTERPRSLKRGSKPSASSASLEKRMKMVSQSFTQRFRLSRDRKVAKSL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 AVIVSIFGLCWAPYTLLMIIRAACHGHCVPDYWYETSFWLLWANSAVNPVLYPLCHHSFR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AVIVSIFGLCWAPYTLLMIIRAACHGHCVPDYWYETSFWLLWANSAVNPVLYPLCHHSFR
              370       380       390       400       410       420

              430       440     
pF1KB9 RAFTKLLCPQKLKIQPHSSLEHCWK
       :::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RAFTKLLCPQKLKIQPHSSLEHCWK
              430       440     

>>CCDS11887.1 HRH4 gene_id:59340|Hs108|chr18              (390 aa)
 initn: 961 init1: 312 opt: 635  Z-score: 431.3  bits: 88.8 E(32554): 1.1e-17
Smith-Waterman score: 896; 39.5% identity (63.6% similar) in 423 aa overlap (29-439:10-382)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MERAPPDGPLNASGALAGEAAAAGGARGFSAAWTAVLAALMALLIVATVLGNALVMLAFV
                                   .: .  ..:: .:.:.  : .::::::.::::
CCDS11                    MPDTNSTINLSLSTRVTLAFFMSLVAFAIMLGNALVILAFV
                                  10        20        30        40 

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 ADSSLRTQNNFFLLNLAISDFLVGAFCIPLYVPYVLTGRWTFGRGLCKLWLVVDYLLCTS
       .:..:: ....:.::::::::.::.. ::::.:..:  .: ::. .: .::..::::::.
CCDS11 VDKNLRHRSSYFFLNLAISDFFVGVISIPLYIPHTLF-EWDFGKEICVFWLTTDYLLCTA
              50        60        70         80        90       100

              130       140       150       160       170          
pF1KB9 SAFNIVLISYDRFLSVTRAVSYRAQQGDTRRAVRKMLLVWVLAFLLYGPAIL---SWEYL
       :..:::::::::.:::. :::::.:.  . . :  :. :::::::. :: ::   ::.  
CCDS11 SVYNIVLISYDRYLSVSNAVSYRTQHTGVLKIVTLMVAVWVLAFLVNGPMILVSESWK--
              110       120       130       140       150          

       180       190       200       210       220       230       
pF1KB9 SGGSSIPEGHCYAEFFYNWYFLITASTLEFFTPFLSVTFFNLSIYLNIQRRTRLRLDGAR
       . ::     .:   :: .::.:  .: :::  : . :..::..::               
CCDS11 DEGS-----ECEPGFFSEWYILAITSFLEFVIPVILVAYFNMNIY---------------
      160            170       180       190                       

       240       250       260       270       280        290      
pF1KB9 EAAGPEPPPEAQPSPPPPPGCWGCWQKGHGEAMPLHRYGVGEAAVGAEA-GEATLGGGGG
                            :. :.. :      :    : .::...  :..  :  ..
CCDS11 ---------------------WSLWKRDHLSRCQSHP---GLTAVSSNICGHSFRGRLSS
                           200       210          220       230    

        300        310       320       330       340               
pF1KB9 GGSVASPTSSSGS-SSRGTERPRSLKRGSKPSASSASLEKRMKMVSQS----FTQR--FR
         :... :   .:  :.  .:  ::  .:. . .: .. ..:   :::    . ::   .
CCDS11 RRSLSASTEVPASFHSERQRRKSSLMFSSRTKMNSNTIASKMGSFSQSDSVALHQREHVE
          240       250       260       270       280       290    

     350       360       370       380       390        400        
pF1KB9 LSRDRKVAKSLAVIVSIFGLCWAPYTLLMIIRAACHGHCVP-DYWYETSFWLLWANSAVN
       : : :..:::::.....:..:::::.:. :. .   .   : . ::. .::: : :: ::
CCDS11 LLRARRLAKSLAILLGVFAVCWAPYSLFTIVLSFYSSATGPKSVWYRIAFWLQWFNSFVN
          300       310       320       330       340       350    

      410       420       430       440       
pF1KB9 PVLYPLCHHSFRRAFTKLLCPQKLKIQPHSSLEHCWK  
       :.::::::. :..:: :..:   .: ::  :        
CCDS11 PLLYPLCHKRFQKAFLKIFC---IKKQPLPSQHSRSVSS
          360       370          380       390

>>CCDS47004.1 ADRA2C gene_id:152|Hs108|chr4               (462 aa)
 initn: 528 init1: 305 opt: 624  Z-score: 423.3  bits: 87.6 E(32554): 2.9e-17
Smith-Waterman score: 640; 31.5% identity (59.4% similar) in 451 aa overlap (4-427:13-452)

                        10           20              30        40  
pF1KB9          MERAPPDGPLNASGAL---AGEAAAAGGA-----RG-FSAAWTAVLAALMA
                   :   :: :::::    .: .: :.::     :: .::. .: :::...
CCDS47 MASPALAAALAVAAAAGP-NASGAGERGSGGVANASGASWGPPRGQYSAGAVAGLAAVVG
               10         20        30        40        50         

             50        60        70        80        90       100  
pF1KB9 LLIVATVLGNALVMLAFVADSSLRTQNNFFLLNLAISDFLVGAFCIPLYVPYVLTGRWTF
       .::: ::.::.::..: ... .::. .:.::..:: .:.::... .:. .   : . : :
CCDS47 FLIVFTVVGNVLVVIAVLTSRALRAPQNLFLVSLASADILVATLVMPFSLANELMAYWYF
      60        70        80        90       100       110         

            110       120       130       140       150       160  
pF1KB9 GRGLCKLWLVVDYLLCTSSAFNIVLISYDRFLSVTRAVSYRAQQGDTRRAVRKMLLVWVL
       :.  : ..:..: :.::::  ..  :: ::. :::.:: :  ..   ::.   .. ::..
CCDS47 GQVWCGVYLALDVLFCTSSIVHLCAISLDRYWSVTQAVEYNLKR-TPRRVKATIVAVWLI
     120       130       140       150       160        170        

            170       180       190       200       210       220  
pF1KB9 AFLLYGPAILSWEYLSGGSSIPEGHCYAEFFYNWYFLITASTLEFFTPFLSVTFFNLSIY
       . ..  : ..:      :.. :.     :   .::.: ..    ::.: : . .    .:
CCDS47 SAVISFPPLVSLYRQPDGAAYPQCGLNDE---TWYIL-SSCIGSFFAPCLIMGL----VY
      180       190       200          210        220           230

            230       240       250        260       270       280 
pF1KB9 LNIQRRTRLRLDGAREAAGPEPPPEAQPSPPPPPGCW-GCWQKGHGEAMPLHRYGVGEAA
         : : ..::     :  .:  :  :.:.     :   :  ..::  : :       :..
CCDS47 ARIYRVAKLRTRTLSEKRAPVGPDGASPTTENGLGAAAGAGENGHC-APPPADVEPDESS
              240       250       260       270        280         

                       290           300       310       320       
pF1KB9 VGAE----------AGEATLG--GGGGG--GSVASPTSSSGSSSRGTERPRSLKRGSKPS
       ..::          .:.   :  ::.::  :. :.: .. ...  ... :    : :. :
CCDS47 AAAERRRRRGALRRGGRRRAGAEGGAGGADGQGAGPGAAESGALTASRSPGPGGRLSRAS
     290       300       310       320       330       340         

       330         340       350       360       370       380     
pF1KB9 ASSAS--LEKRMKMVSQSFTQRFRLSRDRKVAKSLAVIVSIFGLCWAPYTLLMIIRAACH
       . :.   : .: .  :.   ..   .:... .  :::....: ::: :. . . . . :.
CCDS47 SRSVEFFLSRRRRARSSVCRRKVAQAREKRFTFVLAVVMGVFVLCWFPFFFSYSLYGICR
     350       360       370       380       390       400         

          390       400       410       420       430       440    
pF1KB9 GHC-VPDYWYETSFWLLWANSAVNPVLYPLCHHSFRRAFTKLLCPQKLKIQPHSSLEHCW
         : ::   ..  ::. . ::..:::.: . ...:::.: ..:                 
CCDS47 EACQVPGPLFKFFFWIGYCNSSLNPVIYTVFNQDFRRSFKHILFRRRRRGFRQ       
     410       420       430       440       450       460         

        
pF1KB9 K

>>CCDS1616.1 CHRM3 gene_id:1131|Hs108|chr1                (590 aa)
 initn: 506 init1: 342 opt: 538  Z-score: 366.2  bits: 77.3 E(32554): 4.4e-14
Smith-Waterman score: 538; 34.0% identity (70.4% similar) in 250 aa overlap (8-252:38-283)

                                      10        20            30   
pF1KB9                        MERAPPDGPLNASGALAGEAAAAGGAR----GFSAAW
                                     :  :.: : ::. ..  :.     :  ..:
CCDS16 TTSPLFPNISSSWIHSPSDAGLPPGTVTHFGSYNVSRA-AGNFSSPDGTTDDPLGGHTVW
        10        20        30        40         50        60      

            40         50        60        70        80        90  
pF1KB9 TAVLAALMA-LLIVATVLGNALVMLAFVADSSLRTQNNFFLLNLAISDFLVGAFCIPLYV
        .:. :... .: ..:..:: ::...: ....:.: ::.:::.:: .:...:.. . :..
CCDS16 QVVFIAFLTGILALVTIIGNILVIVSFKVNKQLKTVNNYFLLSLACADLIIGVISMNLFT
         70        80        90       100       110       120      

            100       110       120       130       140       150  
pF1KB9 PYVLTGRWTFGRGLCKLWLVVDYLLCTSSAFNIVLISYDRFLSVTRAVSYRAQQGDTRRA
        :.. .::..:   : :::..::.  ..:..:...::.::..:.:: ..:::..  :.::
CCDS16 TYIIMNRWALGNLACDLWLAIDYVASNASVMNLLVISFDRYFSITRPLTYRAKR-TTKRA
        130       140       150       160       170       180      

            160       170       180       190       200       210  
pF1KB9 VRKMLLVWVLAFLLYGPAILSWEYLSGGSSIPEGHCYAEFFYNWYFLITASTLEFFTPFL
          . :.::..:.:..:::: :.:. :  ..: :.:. .:. .  . . ..   :. :  
CCDS16 GVMIGLAWVISFVLWAPAILFWQYFVGKRTVPPGECFIQFLSEPTITFGTAIAAFYMPVT
         190       200       210       220       230       240     

            220       230       240       250       260       270  
pF1KB9 SVTFFNLSIYLNIQRRTRLRLDGAREAAGPEPPPEAQPSPPPPPGCWGCWQKGHGEAMPL
        .:..   :: . ..::. .: :  .:.: :   :    :                    
CCDS16 IMTILYWRIYKETEKRTK-ELAGL-QASGTEAETENFVHPTGSSRSCSSYELQQQSMKRS
         250       260         270       280       290       300   

            280       290       300       310       320       330  
pF1KB9 HRYGVGEAAVGAEAGEATLGGGGGGGSVASPTSSSGSSSRGTERPRSLKRGSKPSASSAS
                                                                   
CCDS16 NRRKYGRCHFWFTTKSWKPSSEQMDQDHSSSDSWNNNDAAASLENSASSDEEDIGSETRA
           310       320       330       340       350       360   

>>CCDS10031.1 CHRM5 gene_id:1133|Hs108|chr15              (532 aa)
 initn: 646 init1: 368 opt: 522  Z-score: 356.3  bits: 75.4 E(32554): 1.6e-13
Smith-Waterman score: 522; 36.7% identity (73.9% similar) in 199 aa overlap (33-230:28-225)

             10        20        30         40        50        60 
pF1KB9 RAPPDGPLNASGALAGEAAAAGGARGFSAAWTAV-LAALMALLIVATVLGNALVMLAFVA
                                     : .. .::. :.. . :..::.:::..: .
CCDS10    MEGDSYHNATTVNGTPVNHQPLERHRLWEVITIAAVTAVVSLITIVGNVLVMISFKV
                  10        20        30        40        50       

              70        80        90       100       110       120 
pF1KB9 DSSLRTQNNFFLLNLAISDFLVGAFCIPLYVPYVLTGRWTFGRGLCKLWLVVDYLLCTSS
       .:.:.: ::..::.:: .:...: : . ::. :.: :::..:   : :::..::.  ..:
CCDS10 NSQLKTVNNYYLLSLACADLIIGIFSMNLYTTYILMGRWALGSLACDLWLALDYVASNAS
        60        70        80        90       100       110       

             130       140       150       160       170       180 
pF1KB9 AFNIVLISYDRFLSVTRAVSYRAQQGDTRRAVRKMLLVWVLAFLLYGPAILSWEYLSGGS
       ..:...::.::..:.:: ..:::..   .::   . :.:...:.:..:::: :.:: :  
CCDS10 VMNLLVISFDRYFSITRPLTYRAKR-TPKRAGIMIGLAWLISFILWAPAILCWQYLVGKR
       120       130       140        150       160       170      

             190       200       210       220       230       240 
pF1KB9 SIPEGHCYAEFFYNWYFLITASTLEFFTPFLSVTFFNLSIYLNIQRRTRLRLDGAREAAG
       ..:  .:  .:. .  . . ..   :. :   .:..   :: . ..::.           
CCDS10 TVPLDECQIQFLSEPTITFGTAIAAFYIPVSVMTILYCRIYRETEKRTKDLADLQGSDSV
        180       190       200       210       220       230      

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pF1KB9 PEPPPEAQPSPPPPPGCWGCWQKGHGEAMPLHRYGVGEAAVGAEAGEATLGGGGGGGSVA
                                                                   
CCDS10 TKAEKRKPAHRALFRSCLRCPRPTLAQRERNQASWSSSRRSTSTTGKPSQATGPSANWAK
        240       250       260       270       280       290      

>>CCDS8040.1 CHRM1 gene_id:1128|Hs108|chr11               (460 aa)
 initn: 535 init1: 362 opt: 518  Z-score: 354.5  bits: 74.8 E(32554): 2e-13
Smith-Waterman score: 754; 32.0% identity (64.0% similar) in 419 aa overlap (33-428:23-435)

             10        20        30         40        50        60 
pF1KB9 RAPPDGPLNASGALAGEAAAAGGARGFSAAW-TAVLAALMALLIVATVLGNALVMLAFVA
                                     : .: ..   .:: .::: :: ::...: .
CCDS80         MNTSAPPAVSPNITVLAPGKGPWQVAFIGITTGLLSLATVTGNLLVLISFKV
                       10        20        30        40        50  

              70        80        90       100       110       120 
pF1KB9 DSSLRTQNNFFLLNLAISDFLVGAFCIPLYVPYVLTGRWTFGRGLCKLWLVVDYLLCTSS
       .. :.: ::.:::.:: .:...:.: . ::. :.: :.:..:   : :::..::.  ..:
CCDS80 NTELKTVNNYFLLSLACADLIIGTFSMNLYTTYLLMGHWALGTLACDLWLALDYVASNAS
             60        70        80        90       100       110  

             130       140       150       160       170       180 
pF1KB9 AFNIVLISYDRFLSVTRAVSYRAQQGDTRRAVRKMLLVWVLAFLLYGPAILSWEYLSGGS
       ..:..:::.::..:::: .::::..   :::.  . :.:...:.:..:::: :.:: :  
CCDS80 VMNLLLISFDRYFSVTRPLSYRAKR-TPRRAALMIGLAWLVSFVLWAPAILFWQYLVGER
            120       130        140       150       160       170 

             190       200       210       220       230           
pF1KB9 SIPEGHCYAEFFYNWYFLITASTLEFFTPFLSVTFFNLSIYLNIQRRTR--LRLDGARE-
       ..  :.:: .:. .  . . ..   :. :   .  .   :: . . :.:    :.:..  
CCDS80 TVLAGQCYIQFLSQPIITFGTAMAAFYLPVTVMCTLYWRIYRETENRARELAALQGSETP
             180       190       200       210       220       230 

             240       250        260       270       280       290
pF1KB9 -------AAGPEPPPEAQPSPPPPPG-CWGCWQKGHGEAMPLHRYGVGEAAVGAEAGEAT
              ... .  : :. ::  ::: :  : .  .     :. :.  :     :..  .
CCDS80 GKGGGSSSSSERSQPGAEGSPETPPGRCCRCCRAPRL----LQAYSWKEEEEEDEGSMES
             240       250       260           270       280       

                       300       310       320       330       340 
pF1KB9 LGGGGG--GGS-------VASPTSSSGSSSRGTERPRSLKRGSKPSASSASLEKRMKMVS
       : .. :   ::       ...: ... ...     : ..:: .: . . :.  .. .   
CCDS80 LTSSEGEEPGSEVVIKMPMVDPEAQAPTKQPPRSSPNTVKRPTKKGRDRAGKGQKPRGKE
       290       300       310       320       330       340       

              350       360       370       380       390       400
pF1KB9 QSFTQR-FRLSRDRKVAKSLAVIVSIFGLCWAPYTLLMIIRAACHGHCVPDYWYETSFWL
       :   .. : : ...:.:..:..:.  : : :.::...... . :.  :::.  .: ..::
CCDS80 QLAKRKTFSLVKEKKAARTLSAILLAFILTWTPYNIMVLVSTFCKD-CVPETLWELGYWL
       350       360       370       380       390        400      

              410       420        430       440             
pF1KB9 LWANSAVNPVLYPLCHHSFRRAFTKLL-CPQKLKIQPHSSLEHCWK        
        ..::..::. : ::...:: .:  :: :                         
CCDS80 CYVNSTINPMCYALCNKAFRDTFRLLLLCRWDKRRWRKIPKRPGSVHRTPSRQC
        410       420       430       440       450       460

>>CCDS44581.1 CHRM4 gene_id:1132|Hs108|chr11              (479 aa)
 initn: 617 init1: 319 opt: 502  Z-score: 343.9  bits: 72.9 E(32554): 7.8e-13
Smith-Waterman score: 662; 26.7% identity (61.0% similar) in 472 aa overlap (9-431:6-473)

               10         20        30        40        50         
pF1KB9 MERAPPDGPLN-ASGALAGEAAAAGGARGFSAAWTAVLAALMALLIVATVLGNALVMLAF
               :.: .::  . . .....   . ..  . .:.. . : ..::.:: ::::..
CCDS44    MANFTPVNGSSGNQSVRLVTSSSHNRYETVEMVFIATVTGSLSLVTVVGNILVMLSI
                  10        20        30        40        50       

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB9 VADSSLRTQNNFFLLNLAISDFLVGAFCIPLYVPYVLTGRWTFGRGLCKLWLVVDYLLCT
        .. .:.: ::.::..:: .:...::: . ::. :.. : : .:  .: :::..::.. .
CCDS44 KVNRQLQTVNNYFLFSLACADLIIGAFSMNLYTVYIIKGYWPLGAVVCDLWLALDYVVSN
        60        70        80        90       100       110       

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB9 SSAFNIVLISYDRFLSVTRAVSYRAQQGDTRRAVRKMLLVWVLAFLLYGPAILSWEYLSG
       .:..:...::.::.. ::. ..: :..  :. :   .  .:::.:.:..:::: :... :
CCDS44 ASVMNLLIISFDRYFCVTKPLTYPARR-TTKMAGLMIAAAWVLSFVLWAPAILFWQFVVG
       120       130       140        150       160       170      

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB9 GSSIPEGHCYAEFFYNWYFLITASTLEFFTPFLSVTFFNLSIYLNIQRRTRL---RLDGA
         ..:...:. .:. :    . ..   :. : . .:   : :....  :.:.   : .: 
CCDS44 KRTVPDNQCFIQFLSNPAVTFGTAIAAFYLPVVIMTV--LYIHISLASRSRVHKHRPEGP
        180       190       200       210         220       230    

        240            250              260       270       280    
pF1KB9 REAAGP-----EPPPEAQPSPPPPPGCW-------GCWQKGHGEAMPLHRYGVGEAAVGA
       .:  .      . :   :    ::::         :  ...   :.:     :..  .. 
CCDS44 KEKKAKTLAFLKSPLMKQSVKKPPPGEAAREELRNGKLEEAPPPALPPPPRPVADKDTSN
          240       250       260       270       280       290    

            290       300       310        320                     
pF1KB9 EA--GEATLGGGGGGGSVASPTSSSGSSSRGTE-RPRSLKRGSK----------------
       :.  : :: .     ..  : : ..  .  .   .::.:. .:.                
CCDS44 ESSSGSATQNTKERPATELSTTEATTPAMPAPPLQPRALNPASRWSKIQIVTKQTGNECV
          300       310       320       330       340       350    

               330            340       350         360       370  
pF1KB9 ------PSASS-----ASLEKRMKMVSQSFTQRFRL--SRDRKVAKSLAVIVSIFGLCWA
             :.. .     :.. ...  .... ... :   .:.:::.... .:.  : : :.
CCDS44 TAIEIVPATPAGMRPAANVARKFASIARNQVRKKRQMAARERKVTRTIFAILLAFILTWT
          360       370       380       390       400       410    

            380       390       400       410       420        430 
pF1KB9 PYTLLMIIRAACHGHCVPDYWYETSFWLLWANSAVNPVLYPLCHHSFRRAFTKLL-CPQK
       ::...... . :.. :.::  .  ..:: ..::..::. : ::. .:...: .:: :  .
CCDS44 PYNVMVLVNTFCQS-CIPDTVWSIGYWLCYVNSTINPACYALCNATFKKTFRHLLLCQYR
          420        430       440       450       460       470   

             440     
pF1KB9 LKIQPHSSLEHCWK
                     
CCDS44 NIGTAR        
                     

>>CCDS5843.1 CHRM2 gene_id:1129|Hs108|chr7                (466 aa)
 initn: 618 init1: 294 opt: 470  Z-score: 323.2  bits: 69.0 E(32554): 1.1e-11
Smith-Waterman score: 636; 26.7% identity (60.5% similar) in 468 aa overlap (11-431:3-460)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MERAPPDGPLNASGALAGEAAAAGGARGFSAAWTAVLAALMALLIVATVLGNALVMLAFV
                 :....  .  : ..  . : ... ...:. ..:.   :..:: :::... 
CCDS58         MNNSTNSSNNSLALTSPYKTFEVVFIVLVAGSLSLV---TIIGNILVMVSIK
                       10        20        30           40         

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 ADSSLRTQNNFFLLNLAISDFLVGAFCIPLYVPYVLTGRWTFGRGLCKLWLVVDYLLCTS
       ..  :.: ::.::..:: .:...:.: . ::. :.. : : .:  .: :::..::.. ..
CCDS58 VNRHLQTVNNYFLFSLACADLIIGVFSMNLYTLYTVIGYWPLGPVVCDLWLALDYVVSNA
      50        60        70        80        90       100         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 SAFNIVLISYDRFLSVTRAVSYRAQQGDTRRAVRKMLLVWVLAFLLYGPAILSWEYLSGG
       :..:...::.::.. ::. ..: ...  :. :   .  .:::.:.:..:::: :... : 
CCDS58 SVMNLLIISFDRYFCVTKPLTYPVKR-TTKMAGMMIAAAWVLSFILWAPAILFWQFIVGV
     110       120       130        140       150       160        

              190       200       210       220         230        
pF1KB9 SSIPEGHCYAEFFYNWYFLITASTLEFFTPFLSVTFFNLSIYLNIQR--RTRLRLDGARE
        .. .:.:: .:: :    . ..   :. : . .:     .: .:.:  ..:.. :  . 
CCDS58 RTVEDGECYIQFFSNAAVTFGTAIAAFYLPVIIMTV----LYWHISRASKSRIKKDKKEP
      170       180       190       200           210       220    

      240              250       260       270       280       290 
pF1KB9 AAGPEP--PPEAQ-----PSPPPPPGCWGCWQKGHGEAMPLHRYGVGEAAVGAEAGEATL
       .:. .:  :  .:     :.    :.     .... .     :  : :  : .:  :.. 
CCDS58 VANQDPVSPSLVQGRIVKPNNNNMPSSDDGLEHNKIQNGKAPRDPVTENCVQGEEKESS-
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       . . . ..:::              ..: : :.  . .   .. :.:        :. ..
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       . .         ::.       .::..:   ..   ::..::.... .:.  : . ::::
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CCDS75 PAGPRDTDALDLEESSSSDHAERPPGPRRPERGPRGKGKARASQVKPGDSLPRRGPGATG
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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