seq1 = pF1KB6562.tfa, 1197 bp
seq2 = pF1KB6562/gi568815581f_11954888.tfa (gi568815581f:11954888_12241257), 286370 bp

>pF1KB6562 1197
>gi568815581f:11954888_12241257 (Chr17)

1-115  (66000-66114)   100% ->
116-218  (100002-100104)   100% ->
219-393  (126469-126643)   100% ->
394-513  (140688-140807)   100% ->
514-633  (152903-153022)   100% ->
634-685  (155488-155539)   100% ->
686-813  (158346-158473)   100% ->
814-891  (170407-170484)   100% ->
892-1040  (174252-174400)   100% ->
1041-1086  (184952-184997)   100% ->
1087-1197  (186260-186370)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCTCCGAGCCCGAGCGGCGGCGGCGGCTCCGGGGGCGGCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  66000 ATGGCGGCTCCGAGCCCGAGCGGCGGCGGCGGCTCCGGGGGCGGCAGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCGGCACCCCCGGCCCCGTAGGGTCCCCGGCGCCAGGCCACCCGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  66050 CAGCGGCACCCCCGGCCCCGTAGGGTCCCCGGCGCCAGGCCACCCGGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAGCAGCATGCAGG         GTAAACGCAAAGCACTGAAGTTGAAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
  66100 TCAGCAGCATGCAGGGTA...CAGGTAAACGCAAAGCACTGAAGTTGAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTGCAAATCCACCTTTCAAATCTACAGCAAGGTTTACTCTGAATCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100028 TTTGCAAATCCACCTTTCAAATCTACAGCAAGGTTTACTCTGAATCCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCCTACAGGAGTTCAAAACCCACACAT         AGAGAGACTGAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100078 TCCTACAGGAGTTCAAAACCCACACATGTG...CAGAGAGAGACTGAGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CACACAGCATTGAGTCATCAGGAAAACTGAAGATCTCCCCTGAACAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126483 CACACAGCATTGAGTCATCAGGAAAACTGAAGATCTCCCCTGAACAACAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGGGATTTCACTGCAGAGGACTTGAAAGACCTTGGAGAAATTGGACGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126533 TGGGATTTCACTGCAGAGGACTTGAAAGACCTTGGAGAAATTGGACGAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGCTTATGGTTCTGTCAACAAAATGGTCCACAAACCAAGTGGGCAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126583 AGCTTATGGTTCTGTCAACAAAATGGTCCACAAACCAAGTGGGCAAATAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGCAGTTAAA         AGAATTCGGTCAACAGTGGATGAAAAAGAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 126633 TGGCAGTTAAAGTA...CAGAGAATTCGGTCAACAGTGGATGAAAAAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAAAAACAACTTCTTATGGATTTGGATGTAGTAATGCGGAGTAGTGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140718 CAAAAACAACTTCTTATGGATTTGGATGTAGTAATGCGGAGTAGTGATTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCCATACATTGTTCAGTTTTATGGTGCACTCTTCAGAGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 140768 CCCATACATTGTTCAGTTTTATGGTGCACTCTTCAGAGAGGTA...TAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTGACTGTTGGATCTGTATGGAACTCATGTCTACCTCGTTTGATAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152904 GTGACTGTTGGATCTGTATGGAACTCATGTCTACCTCGTTTGATAAGTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TACAAATATGTATATAGTGTATTAGATGATGTTATTCCAGAAGAAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152954 TACAAATATGTATATAGTGTATTAGATGATGTTATTCCAGAAGAAATTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGGCAAAATCACTTTAGCA         ACTGTGAAAGCACTAAACCACT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 153004 AGGCAAAATCACTTTAGCAGTA...TAGACTGTGAAAGCACTAAACCACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TAAAAGAAAACTTGAAAATTATTCACAGAG         ATATCAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 155510 TAAAAGAAAACTTGAAAATTATTCACAGAGGTG...CAGATATCAAACCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCCAATATTCTTCTGGACAGAAGTGGAAATATTAAGCTCTGTGACTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158357 TCCAATATTCTTCTGGACAGAAGTGGAAATATTAAGCTCTGTGACTTCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CATCAGTGGACAGCTTGTGGACTCTATTGCCAAGACAAGAGATGCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158407 CATCAGTGGACAGCTTGTGGACTCTATTGCCAAGACAAGAGATGCTGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTAGGCCATACATGGCA         CCTGAAAGAATAGACCCAAGCGCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 158457 GTAGGCCATACATGGCAGTA...CAGCCTGAAAGAATAGACCCAAGCGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TCACGACAAGGATATGATGTCCGCTCTGATGTCTGGAGTTTGGGGATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170431 TCACGACAAGGATATGATGTCCGCTCTGATGTCTGGAGTTTGGGGATCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ATTG         TATGAGTTGGCCACAGGCCGATTTCCTTATCCAAAGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170481 ATTGGTA...TAGTATGAGTTGGCCACAGGCCGATTTCCTTATCCAAAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GGAATAGTGTATTTGATCAACTAACACAAGTCGTGAAAGGAGATCCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174289 GGAATAGTGTATTTGATCAACTAACACAAGTCGTGAAAGGAGATCCTCCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CAGCTGAGTAATTCTGAGGAAAGGGAATTCTCCCCGAGTTTCATCAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174339 CAGCTGAGTAATTCTGAGGAAAGGGAATTCTCCCCGAGTTTCATCAACTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGTCAACTTGTG         CCTTACGAAGGATGAATCCAAAAGGCCAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 174389 TGTCAACTTGTGGTG...TAGCCTTACGAAGGATGAATCCAAAAGGCCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGTATAAAGAGCTTCTG         AAACATCCCTTTATTTTGATGTAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 184981 AGTATAAAGAGCTTCTGGTG...CAGAAACATCCCTTTATTTTGATGTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GAAGAACGTGCCGTTGAGGTCGCATGCTATGTTTGTAAAATCCTGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186284 GAAGAACGTGCCGTTGAGGTCGCATGCTATGTTTGTAAAATCCTGGATCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .
   1161 AATGCCAGCTACTCCCAGCTCTCCCATGTATGTCGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186334 AATGCCAGCTACTCCCAGCTCTCCCATGTATGTCGAT