Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4192
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4192, 493 aa
1>>>pF1KB4192 493 - 493 aa - 493 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4674+/-0.000736; mu= 13.4748+/- 0.045
mean_var=86.9551+/-17.596, 0's: 0 Z-trim(111.4): 65 B-trim: 431 in 1/51
Lambda= 0.137539
statistics sampled from 12299 (12364) to 12299 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.713), E-opt: 0.2 (0.38), width: 16
Scan time: 3.600
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17 ( 493) 3294 663.1 1.9e-190
CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2 ( 517) 1407 288.7 1e-77
CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 517) 1308 269.0 8.5e-72
CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 502) 1132 234.1 2.7e-61
CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17 ( 501) 1103 228.4 1.5e-59
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 557 120.0 6e-27
CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 ( 502) 552 119.0 1.2e-26
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 545 117.6 3.1e-26
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 529) 536 115.9 1.1e-25
CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 ( 627) 514 111.5 2.7e-24
CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8 ( 458) 504 109.5 8.1e-24
CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 489) 504 109.5 8.6e-24
CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 505) 504 109.5 8.8e-24
CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 468) 486 105.9 9.8e-23
CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 457) 475 103.7 4.4e-22
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 463 101.4 2.4e-21
CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11 ( 450) 451 99.0 1.2e-20
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 449 98.6 1.6e-20
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 448 98.4 1.8e-20
CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 516) 448 98.4 2e-20
CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 514) 446 98.0 2.6e-20
CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 502) 428 94.4 3e-19
CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 531) 417 92.2 1.5e-18
CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 479) 412 91.2 2.6e-18
CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11 ( 441) 381 85.1 1.7e-16
CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 441) 360 80.9 3.1e-15
CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 360 80.9 3.2e-15
CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 321) 354 79.7 5.4e-15
CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 412) 354 79.7 6.7e-15
CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 482) 354 79.7 7.7e-15
CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 471) 340 76.9 5.2e-14
CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 338 76.5 6.6e-14
CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3 ( 447) 336 76.1 8.6e-14
CCDS58871.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 482) 312 71.4 2.5e-12
CCDS76786.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 160) 295 67.8 9.7e-12
CCDS58392.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 231) 295 67.9 1.3e-11
>>CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17 (493 aa)
initn: 3294 init1: 3294 opt: 3294 Z-score: 3532.5 bits: 663.1 E(32554): 1.9e-190
Smith-Waterman score: 3294; 100.0% identity (100.0% similar) in 493 aa overlap (1-493:1-493)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNEELRLYHHLFNNYDPGSRPVREPEDTVTISLKVTLTNL
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CCDS11 MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNEELRLYHHLFNNYDPGSRPVREPEDTVTISLKVTLTNL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 ISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENNIDGQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENNIDGQF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 GVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNAEEVEFTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNAEEVEFTF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 AVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGETDVIYSLIIRRKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGETDVIYSLIIRRKP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 LFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQKIPETSLS
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CCDS11 LFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQKIPETSLS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 VPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRLLGSPPPP
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CCDS11 VPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRLLGSPPPP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 EAPRAASPPRRASSVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWTAAFCQSLGAAAPEV
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CCDS11 EAPRAASPPRRASSVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWTAAFCQSLGAAAPEV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 RCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICFWAALVLFSVGSSLIFLGAYFN
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CCDS11 RCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICFWAALVLFSVGSSLIFLGAYFN
430 440 450 460 470 480
490
pF1KB4 RVPDLPYAPCIQP
:::::::::::::
CCDS11 RVPDLPYAPCIQP
490
>>CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2 (517 aa)
initn: 1608 init1: 695 opt: 1407 Z-score: 1508.6 bits: 288.7 E(32554): 1e-77
Smith-Waterman score: 1601; 50.7% identity (74.7% similar) in 509 aa overlap (3-493:5-511)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNEELRLYHHLFNNYDPGSRPVREPEDTVTISLKVTLT
..:: .::::.. . :.:.: :: :..::::. ::... :.:..:::.:::
CCDS33 MHGGQGPLLLLLLLAVCLGAQGRNQEERLLADLMQNYDPNLRPAERDSDVVNVSLKLTLT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 NLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENNIDG
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CCDS33 NLISLNEREEALTTNVWIEMQWCDYRLRWDPRDYEGLWVLRVPSTMVWRPDIVLENNVDG
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 QFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNAEEVEF
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CCDS33 VFEVALYCNVLVSPDGCIYWLPPAIFRSACSISVTYFPFDWQNCSLIFQSQTYSTNEIDL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 TFAVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGETDVIYSLIIRR
.. ..::.::. : :: ::.::::::::. :. . .. .. :. :.. :.:.:
CCDS33 QLS-QEDGQTIEWIFIDPEAFTENGEWAIQHRPAKMLLDPAAPAQEAGHQKVVFYLLIQR
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 KPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQKIPETS
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CCDS33 KPLFYVINIIAPCVLISSVAILIHFLPAKAGGQKCTVAINVLLAQTVFLFLVAKKVPETS
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 LSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRLLGSPP
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CCDS33 QAVPLISKYLTFLLVVTILIVVNAVVVLNVSLRSPHTHSMARGVRKVFLRLLPQLLRMHV
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KB4 PPEAPRAASPPR---RASSVGL-LLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWTAA------
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CCDS33 RPLAPAAVQDTQSRLQNGSSGWSITTGEEVALCLPRSELLFQ-QWQRQGLVAAALEKLEK
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB4 --------FCQSLGAAAPEVRCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICFW
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CCDS33 GPELGLSQFCGSLKQAAPAIQACVEACNLIACARHQQSHFDNGNEEWFLVGRVLDRVCFL
420 430 440 450 460 470
470 480 490
pF1KB4 AALVLFSVGSSLIFLGAYFNRVPDLPYAPCIQP
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CCDS33 AMLSLFICGTAGIFLMAHYNRVPALPFPGDPRPYLPSPD
480 490 500 510
>>CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 (517 aa)
initn: 1424 init1: 582 opt: 1308 Z-score: 1402.4 bits: 269.0 E(32554): 8.5e-72
Smith-Waterman score: 1432; 46.1% identity (73.8% similar) in 497 aa overlap (6-487:8-502)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNEELRLYHHLFNN--YDPGSRPVREPEDTVTISLKVT
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CCDS24 MEGPVLTLGLLAALAVCG-SWGLNEEERLIRHLFQEKGYNKELRPVAHKEESVDVALALT
10 20 30 40 50
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pF1KB4 LTNLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENNI
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CCDS24 LSNLISLKEVEETLTTNVWIEHGWTDNRLKWNAEEFGNISVLRLPPDMVWLPEIVLENNN
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120 130 140 150 160 170
pF1KB4 DGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNAEEV
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CCDS24 DGSFQISYSCNVLVYHYGFVYWLPPAIFRSSCPISVTYFPFDWQNCSLKFSSLKYTAKEI
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180 190 200 210 220 230
pF1KB4 EFTFAVD-NDGKT--INKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGETDVIYS
... : ....: .. : :: :..:::::: : :. . . :.:.. :. .
CCDS24 TLSLKQDAKENRTYPVEWIIIDPEGFTENGEWEIVHRPARVNVDPRAPLDSPSRQDITFY
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 LIIRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQK
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CCDS24 LIIRRKPLFYIINILVPCVLISFMVNLVFYLPADSG-EKTSVAISVLLAQSVFLLLISKR
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 IPETSLSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRL
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CCDS24 LPATSMAIPLIGKFLLFGMVLVTMVVVICVIVLNIHFRTPSTHVLSEGVKKLFLETLPEL
300 310 320 330 340 350
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pF1KB4 LG-SPPPPEAPRAASPPRRASSVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWT------
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CCDS24 LHMSRPAEDGPSPGALVRRSSSLGYISKAEEYFLLKSRSDLMFEKQSERHGLARRLTTAR
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pF1KB4 ---AAFCQSLGAAAPEVRCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICFWAAL
:. :. :.. ::..::... :::. .:: ..: :.. ..: .:....
CCDS24 RPPASSEQAQQELFNELKPAVDGANFIVNHMRDQNNYNEEKDSWNRVARTVDRLCLFVVT
420 430 440 450 460 470
470 480 490
pF1KB4 VLFSVGSSLIFLGAYFNRVPDLPYAPCIQP
.. ::.. ::: . .:. : :.
CCDS24 PVMVVGTAWIFLQGVYNQPPPQPFPGDPYSYNVQDKRFI
480 490 500 510
>>CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 (502 aa)
initn: 1304 init1: 462 opt: 1132 Z-score: 1213.9 bits: 234.1 E(32554): 2.7e-61
Smith-Waterman score: 1339; 44.1% identity (71.6% similar) in 497 aa overlap (6-487:8-487)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNEELRLYHHLFNN--YDPGSRPVREPEDTVTISLKVT
::.: :.. : . : ::: :: .:::.. :. ::: . :..: ..: .:
CCDS58 MEGPVLTLGLLAALAVCG-SWGLNEEERLIRHLFQEKGYNKELRPVAHKEESVDVALALT
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 LTNLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENNI
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CCDS58 LSNLISLG---------------WTDNRLKWNAEEFGNISVLRLPPDMVWLPEIVLENNN
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 DGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNAEEV
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CCDS58 DGSFQISYSCNVLVYHYGFVYWLPPAIFRSSCPISVTYFPFDWQNCSLKFSSLKYTAKEI
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 EFTFAVD-NDGKT--INKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGETDVIYS
... : ....: .. : :: :..:::::: : :. . . :.:.. :. .
CCDS58 TLSLKQDAKENRTYPVEWIIIDPEGFTENGEWEIVHRPARVNVDPRAPLDSPSRQDITFY
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 LIIRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQK
::::::::::.:::.::::::: .: :...:::..: .: .:.:.:::::.:::.::...
CCDS58 LIIRRKPLFYIINILVPCVLISFMVNLVFYLPADSG-EKTSVAISVLLAQSVFLLLISKR
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 IPETSLSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRL
.: ::...::.:.::.: ::..:..:. ::::::. :::.::..: .....:: ::.:
CCDS58 LPATSMAIPLIGKFLLFGMVLVTMVVVICVIVLNIHFRTPSTHVLSEGVKKLFLETLPEL
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KB4 LG-SPPPPEAPRAASPPRRASSVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWT------
: : : ..: .. ::.::.: . .::: .: : ::.:.:: : .:.:
CCDS58 LHMSRPAEDGPSPGALVRRSSSLGYISKAEEYFLLKSRSDLMFEKQSERHGLARRLTTAR
350 360 370 380 390 400
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pF1KB4 ---AAFCQSLGAAAPEVRCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICFWAAL
:. :. :.. ::..::... :::. .:: ..: :.. ..: .:....
CCDS58 RPPASSEQAQQELFNELKPAVDGANFIVNHMRDQNNYNEEKDSWNRVARTVDRLCLFVVT
410 420 430 440 450 460
470 480 490
pF1KB4 VLFSVGSSLIFLGAYFNRVPDLPYAPCIQP
.. ::.. ::: . .:. : :.
CCDS58 PVMVVGTAWIFLQGVYNQPPPQPFPGDPYSYNVQDKRFI
470 480 490 500
>>CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17 (501 aa)
initn: 986 init1: 625 opt: 1103 Z-score: 1182.8 bits: 228.4 E(32554): 1.5e-59
Smith-Waterman score: 1217; 39.9% identity (69.3% similar) in 499 aa overlap (5-487:3-500)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MARAPLGVLLLLGLLGR----GV-GKNEELRLYHHLFNNYDPGSRPVREPEDTVTISLKV
: ..:.::: :: :: :.. : :: ..::..:: . ::.:: : : .:. .
CCDS11 MTPGALLMLLGALGAPLAPGVRGSEAEGRLREKLFSGYDSSVRPAREVGDRVRVSVGL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 TLTNLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENN
:..:::::::.: ..:.:.. ..: ::::... . ::..::. .: ::::..:: ::
CCDS11 ILAQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAESVWLPDVVLLNN
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pF1KB4 IDGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNAEE
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CCDS11 NDGNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCTMVFSSYSYDSSE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 VEFTFAVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDG-PGET-DVIYS
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CCDS11 VSLQTGLGPDGQGHQEIHIHEGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRGGREGQRQEVIFY
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pF1KB4 LIIRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQK
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CCDS11 LIIRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAG-EKMGLSIFALLTLTVFLLLLADK
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pF1KB4 IPETSLSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRL
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CCDS11 VPETSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWVRQIFIHKLPLY
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pF1KB4 LG-SPPPPEAPRAASPPRRAS-SVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWTAA---
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CCDS11 LRLKRPKPERDLMPEPPHCSSPGSGWGRGTDEYFIRKPPSDFLFPKPNRFQPELSAPDLR
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pF1KB4 -FCQSLGAAA---PEVRCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICFWAALV
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CCDS11 RFIDGPNRAVALLPELREVVSSISYIARQLQEQEDHDALKEDWQFVAMVVDRLFLWTFII
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pF1KB4 LFSVGSSLIFLGAYFNRVPDLPYAPCIQP
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CCDS11 FTSVGTLVIFLDATYHLPPPDPFP
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pF1KB4 TLTNLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENN
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CCDS10 SLAQLISVNEREQIMTTNVWLKQEWTDYRLTWNSSRYEGVNILRIPAKRIWLPDIVLYNN
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CCDS10 ADGTYEVSVYTNLIVRSNGSVLWLPPAIYKSACKIEVKYFPFDQQNCTLKFRSWTYDHTE
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..... . . . . .: .::: : :: :. . : :. .:: :..:
CCDS10 IDMVLMTPT---------ASMDDFTPSGEWDIVALPG---RRTVNPQD-PSYVDVTYDFI
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pF1KB4 IRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQKIP
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CCDS10 IKRKPLFYTINLIIPCVLTTLLAILVFYLPSDCG-EKMTLCISVLLALTFFLLLISKIVP
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pF1KB4 ETSLSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRLL-
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CCDS10 PTSLDVPLIGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPSTHTMAPWVKRCFLHKLPTFLF
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CCDS10 MKRPGPDSSPARAFPPSKSCVTKPEATATSTSPSNFYGNSMYFVNPASA----ASKSPAG
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pF1KB4 TWTAA-----FCQSLGAAAPEVRCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNIC
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pF1KB4 FWAALVLFSVGSSLIFLGAYFNR--VPDLPYAPCIQP
.:. . . .:. .:: :. . . :::
CCDS10 LWVFMFVCVLGTVGLFLPPLFQTHAASEGPYAAQRD
470 480 490
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pF1KB4 MAR--APLGVLLLLGLLG--RGV-GKNEELRLYHHLFN--NYDPGSRPVREPEDTVTISL
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CCDS10 MVSLAQLISVHEREQIMTTNVWLTQEWEDYRLTWKPEEFDNMKKVRLPSKHIWLPDVVLY
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pF1KB4 NNIDGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNA
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CCDS10 NNADGMYEVSFYSNAVVSYDGSIFWLPPAIYKSACKIEVKHFPFDQQNCTMKFRSWTYDR
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pF1KB4 EEVEFTFAVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGETDVIYS
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CCDS10 TEIDLVLKSE-----VASLD-D---FTPSGEWDIVALPG--RRNEN--PDDSTYVDITYD
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pF1KB4 LIIRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQK
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CCDS10 FIIRRKPLFYTINLIIPCVLITSLAILVFYLPSDCG-EKMTLCISVLLALTVFLLLISKI
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pF1KB4 IPETSLSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRL
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CCDS10 VPPTSLDVPLVGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPTTHTMAPWVKVVFLEKLPAL
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pF1KB4 LGSPPPP-----EAPRAASPPRRASSVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWTAA
: : . : :. ..: :. : : : .. :: :
CCDS10 LFMQQPRHHCARQRLRLRRRQREREGAGALFFREA---PGADSCTCFVNRASVQGLAGAF
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pF1KB4 FCQSLGAAAPE---------VRCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICF
. .:.: .: ::.: :.:. :... :: .. ..: . .
CCDS10 GAEPAPVAGPGRSGEPCGCGLREAVDGVRFIADHMRSEDDDQSVSEDWKYVAMVIDRLFL
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pF1KB4 WAALVLFSVGSSLIFLGAYFNRVPDLPYAPCIQP
: . . :. .:: :
CCDS10 WIFVFVCVFGTIGMFLQPLFQNYTTTTFLHSDHSAPSSK
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CCDS61 VHFEVAITQLANVDEVNQIMETNLWLRHIWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKPDI
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pF1KB4 VLENNIDGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQT
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CCDS61 VLYNNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGSWT
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CCDS61 YDKAEIDLLII----G---SKVDMND--FWENSEWEIIDASGY---KHDIKYNCCEEIYT
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pF1KB4 DVIYSLIIRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLF
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CCDS61 DITYSFYIRRLPMFYTINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCG-EKVTLCISVLLSLTVFLL
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pF1KB4 LIAQKIPETSLSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPR-LRHVLL
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CCDS61 VITETIPSTSLVVPLVGEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTM-PRWVKTVFL
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pF1KB4 ELLPRLLGSPPPPEAPRA----ASP---PRRASSVGLLLRAEELILKK-----PRSELVF
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CCDS61 KLLPQVLLMRWPLDKTRGTGSDAVPRGLARRPAKGKLASHGEPRHLKECFHCHKSNELAT
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pF1KB4 EGQR--HRQGTWTAAFCQSLGAAAPEVRCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNA
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CCDS61 SKRRLSHQPLQWVVENSEH----SPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMV
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pF1KB4 LDNICFWAALVLFSVGSSLIFLGAYFNRVPDLPYAPCIQP
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CCDS61 VDRVFLWVFIIVCVFGTAGLFLQPLLGNTGKS
470 480 490
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pF1KB4 MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNEELRLYHHLFNNYDPGSRPVREPED
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pF1KB4 TVTISLKVTLTNLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWL
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CCDS60 VVIVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWLKQEWSDYKLRWNPTDFGNITSLRVPSEMIWI
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pF1KB4 PEIVLENNIDGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFR
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CCDS60 PDIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCKMKFG
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pF1KB4 SQTYNAEEVEFTFAVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVI--RRHHGGATDGP
: ::. .. : . ... .: . : :.::::: :. ... : :
CCDS60 SWTYDKAKI--------DLEQMEQT-VDLKDYWESGEWAIVNATGTYNSKKYDCCAEIYP
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pF1KB4 GETDVIYSLIIRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTV
:: :...::: ::::.::.:.::.::: :..:...::.. : .: :. :.:::. ::
CCDS60 ---DVTYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCG-EKITLCISVLLSLTV
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pF1KB4 FLFLIAQKIPETSLSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHV
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CCDS60 FLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPSTHTMPHWVRGA
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pF1KB4 LLELLPR--LLGSPPPPEA---P-RAA-SPPRRASSVGLLLRAEELILKK----------
:: .:: :.. :::: : : :: . .. . .:.....
CCDS60 LLGCVPRWLLMNRPPPPVELCHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDRWACAGHV
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pF1KB4 -PR-SELVFEGQRHR--QGTWTAAFCQSLGAA--APEVRCCVDAVNFVAESTRDQEATGE
: . : .:. : .: . :. : : .:... ...:...:. :...: .
CCDS60 APSVGTLCSHGHLHSGASGPKAEALLQE-GELLLSPHMQKALEGVHYIADHLRSEDADSS
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pF1KB4 EVSDWVRMGNALDNICFWAALVLFSVGSSLIFLGAYFNRVPDLPYAPCIQP
:: .. ..: : .: ... .:. .:: ..
CCDS60 VKEDWKYVAMVIDRIFLWLFIIVCFLGTIGLFLPPFLAGMI
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>>CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 (627 aa)
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pF1KB4 MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNE-----ELRLYHHLFNNYDPGSRPVREPE
:: .:: ::: :. .. : : :: ..::..:. :::: .
CCDS13 MELGGPGAPRLLPPLLLLLGTGLL-RASSHVETRAHAEERLLKKLFSGYNKWSRPVANIS
10 20 30 40 50
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pF1KB4 DTVTISLKVTLTNLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVW
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CCDS13 DVVLVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWVKQEWHDYKLRWDPADYENVTSIRIPSELIW
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pF1KB4 LPEIVLENNIDGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIF
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CCDS13 RPDIVLYNNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCTMKF
120 130 140 150 160 170
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pF1KB4 RSQTYNAEEVEFTFAVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVI--RRHHGGATDG
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CCDS13 GSWTYDKAKIDLV----NMHSRVDQLD-----FWESGEWVIVDAVGTYNTRKYECCAEIY
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pF1KB4 PGETDVIYSLIIRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQT
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CCDS13 P---DITYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSECG-EKITLCISVLLSLT
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pF1KB4 VFLFLIAQKIPETSLSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRH
:::.::.. :: ::: .::.:..:.:.:. .:: .. :.:::: .:.: ::.: .:.
CCDS13 VFLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPRTHTMPTWVRR
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pF1KB4 VLLELLPRLLGSPPPPEAPRAASPPRRASSVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGT
:.:...::::
CCDS13 VFLDIVPRLLLMKRPSVVKDNCRRLIESMHKMASAPRFWPEPEGEPPATSGTQSLHPPSP
350 360 370 380 390 400
493 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 13:58:04 2016 done: Sun Nov 6 13:58:04 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]