Result of FASTA (omim) for pF1KB9659
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9659, 488 aa
  1>>>pF1KB9659 488 - 488 aa - 488 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0418+/-0.00106; mu= 11.6545+/- 0.065
 mean_var=343.7347+/-74.487, 0's: 0 Z-trim(106.2): 2126  B-trim: 45 in 1/50
 Lambda= 0.069177
 statistics sampled from 11970 (14292) to 11970 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.424), E-opt: 0.2 (0.168), width:  16
 Scan time:  7.810

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 2050 220.5 1.1e-56
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 2050 220.5 1.1e-56
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 2050 220.5 1.1e-56
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 2050 220.6 1.1e-56
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 2050 220.6 1.1e-56
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 2050 220.6 1.1e-56
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 2050 220.6 1.1e-56
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 2050 220.6 1.1e-56
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 2050 220.6 1.1e-56
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 2050 220.6 1.1e-56
NP_001291422 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 2024 217.9 6.2e-56
NP_001291423 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 2024 217.9 6.2e-56
NP_666016 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 is ( 643) 2024 218.0 6.5e-56
NP_001291421 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 643) 2024 218.0 6.5e-56
XP_011513163 (OMIM: 602277) PREDICTED: zinc finger ( 675) 2001 215.7 3.3e-55
NP_001305822 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 675) 2001 215.7 3.3e-55
NP_001305820 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 2001 215.8 3.5e-55
NP_009080 (OMIM: 602277) zinc finger protein 184 i ( 751) 2001 215.8 3.5e-55
NP_001305821 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 2001 215.8 3.5e-55
XP_016882723 (OMIM: 603899) PREDICTED: zinc finger ( 518) 1969 212.3 2.6e-54
NP_001243102 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 ( 531) 1969 212.3 2.7e-54
XP_011526566 (OMIM: 603899) PREDICTED: zinc finger ( 536) 1969 212.3 2.7e-54
NP_003420 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 is ( 595) 1969 212.4 2.8e-54
NP_001243100 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 ( 625) 1969 212.5 2.9e-54
XP_011526565 (OMIM: 603899) PREDICTED: zinc finger ( 640) 1969 212.5 2.9e-54
NP_001243580 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 744) 1970 212.7 2.9e-54
NP_001243583 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 744) 1970 212.7 2.9e-54
NP_001243578 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
XP_016882697 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
XP_016882703 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
XP_016882698 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
XP_016882704 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
XP_011526561 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
XP_016882696 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
NP_001243577 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
XP_016882699 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
XP_016882700 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
XP_016882702 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
XP_016882701 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
XP_016882705 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
NP_001243579 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
XP_011526559 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
NP_003414 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 is ( 809) 1970 212.7 3.1e-54
NP_001243582 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 818) 1970 212.7 3.1e-54
XP_016882746 (OMIM: 603977) PREDICTED: zinc finger (1168) 1972 213.2 3.2e-54
NP_009084 (OMIM: 603977) zinc finger protein 208 i (1280) 1972 213.3 3.3e-54
XP_006722943 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 1967 212.7 4.4e-54
XP_011526568 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 1967 212.7 4.4e-54
XP_016882725 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1118) 1967 212.7 4.4e-54
XP_016882724 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 1967 212.7 4.5e-54


>>NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 is  (616 aa)
 initn: 4030 init1: 2026 opt: 2050  Z-score: 1139.0  bits: 220.5 E(85289): 1.1e-56
Smith-Waterman score: 2050; 62.5% identity (84.8% similar) in 429 aa overlap (50-478:188-616)

      20        30        40        50        60        70         
pF1KB9 CKNQFERKQGSQEGHFSEMIFTPEDMPTFSIQHQRIHTDEKLLECKECGKDFSFVSVLVR
                                     :.:.: :: :.  ::.:: : :   :.:..
NP_001 DLNVLQKTCVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTK
       160       170       180       190       200       210       

      80        90       100       110       120       130         
pF1KB9 HQRIHTGEKPYECKECGKAFGSGANLAYHQRIHTGEKPFECKECGKAFGSGSNLTHHQRI
       :::::::::::.: .::..:.. : :  ::: ::::::.::.::::.:.  :....:.: 
NP_001 HQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERT
       220       230       240       250       260       270       

     140       150       160       170       180       190         
pF1KB9 HTGEKPYECKECGKAFSFGSGLIRHQIIHSGEKPYECKECGKSFSFESALIRHHRIHTGE
       :::::::::.::::::  .  : .:  ::.:::::.: ::::.::  :.: .:.::::::
NP_001 HTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGE
       280       290       300       310       320       330       

     200       210       220       230       240       250         
pF1KB9 KPYECIDCGKAFGSGSNLTQHRRIHTGEKPYECKACGMAFSSGSALTRHQRIHTGEKPYI
       ::::: .::::: . . : ::.: :::::::::  :: :::... ::.:.::::::::: 
NP_001 KPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYG
       340       350       360       370       380       390       

     260       270       280       290       300       310         
pF1KB9 CNECGKAFSFGSALTRHQRIHTGEKPYVCKECGKAFNSGSDLTQHQRIHTGEKPYECKEC
       ::::::.:: .:.:..:.: ::::::: :..::::: ... ::::::::::::::::..:
NP_001 CNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDC
       400       410       420       430       440       450       

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pF1KB9 EKAFRSGSKLIQHQRMHTGEKPYECKECGKTFSSGSDLTQHHRIHTGEKPYECKECGKAF
        :::  .:.: .:::.:::::::::..::..::. . : ::.:::::::::::..::.::
NP_001 GKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAF
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pF1KB9 GSGSKLIQHQLIHTGERPYECKECGKSFSSGSALNRHQRIHTGEKPYECKECGKAFYSGS
       ...: ::.:: ::: :.:: :.::::::: .:.:..:.: :::::::::..:::.: ...
NP_001 SQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQST
       520       530       540       550       560       570       

     440       450       460       470       480        
pF1KB9 SLTQHQRIHTGEKLYECKNCGKAYGRDSEFQQHKKSHNGKKLCELETIN
        ::::.::::::: : :..::::. ..: . .:...:.:          
NP_001 HLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG          
       580       590       600       610                

>>XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro  (621 aa)
 initn: 4030 init1: 2026 opt: 2050  Z-score: 1138.9  bits: 220.5 E(85289): 1.1e-56
Smith-Waterman score: 2050; 62.5% identity (84.8% similar) in 429 aa overlap (50-478:193-621)

      20        30        40        50        60        70         
pF1KB9 CKNQFERKQGSQEGHFSEMIFTPEDMPTFSIQHQRIHTDEKLLECKECGKDFSFVSVLVR
                                     :.:.: :: :.  ::.:: : :   :.:..
XP_016 DLNVLQKTCVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTK
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      80        90       100       110       120       130         
pF1KB9 HQRIHTGEKPYECKECGKAFGSGANLAYHQRIHTGEKPFECKECGKAFGSGSNLTHHQRI
       :::::::::::.: .::..:.. : :  ::: ::::::.::.::::.:.  :....:.: 
XP_016 HQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERT
            230       240       250       260       270       280  

     140       150       160       170       180       190         
pF1KB9 HTGEKPYECKECGKAFSFGSGLIRHQIIHSGEKPYECKECGKSFSFESALIRHHRIHTGE
       :::::::::.::::::  .  : .:  ::.:::::.: ::::.::  :.: .:.::::::
XP_016 HTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGE
            290       300       310       320       330       340  

     200       210       220       230       240       250         
pF1KB9 KPYECIDCGKAFGSGSNLTQHRRIHTGEKPYECKACGMAFSSGSALTRHQRIHTGEKPYI
       ::::: .::::: . . : ::.: :::::::::  :: :::... ::.:.::::::::: 
XP_016 KPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYG
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pF1KB9 CNECGKAFSFGSALTRHQRIHTGEKPYVCKECGKAFNSGSDLTQHQRIHTGEKPYECKEC
       ::::::.:: .:.:..:.: ::::::: :..::::: ... ::::::::::::::::..:
XP_016 CNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDC
            410       420       430       440       450       460  

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pF1KB9 EKAFRSGSKLIQHQRMHTGEKPYECKECGKTFSSGSDLTQHHRIHTGEKPYECKECGKAF
        :::  .:.: .:::.:::::::::..::..::. . : ::.:::::::::::..::.::
XP_016 GKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAF
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pF1KB9 GSGSKLIQHQLIHTGERPYECKECGKSFSSGSALNRHQRIHTGEKPYECKECGKAFYSGS
       ...: ::.:: ::: :.:: :.::::::: .:.:..:.: :::::::::..:::.: ...
XP_016 SQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQST
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pF1KB9 SLTQHQRIHTGEKLYECKNCGKAYGRDSEFQQHKKSHNGKKLCELETIN
        ::::.::::::: : :..::::. ..: . .:...:.:          
XP_016 HLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG          
            590       600       610       620           

>>XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro  (628 aa)
 initn: 4030 init1: 2026 opt: 2050  Z-score: 1138.9  bits: 220.5 E(85289): 1.1e-56
Smith-Waterman score: 2050; 62.5% identity (84.8% similar) in 429 aa overlap (50-478:200-628)

      20        30        40        50        60        70         
pF1KB9 CKNQFERKQGSQEGHFSEMIFTPEDMPTFSIQHQRIHTDEKLLECKECGKDFSFVSVLVR
                                     :.:.: :: :.  ::.:: : :   :.:..
XP_016 DLNVLQKTCVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTK
     170       180       190       200       210       220         

      80        90       100       110       120       130         
pF1KB9 HQRIHTGEKPYECKECGKAFGSGANLAYHQRIHTGEKPFECKECGKAFGSGSNLTHHQRI
       :::::::::::.: .::..:.. : :  ::: ::::::.::.::::.:.  :....:.: 
XP_016 HQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERT
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       :::::::::.::::::  .  : .:  ::.:::::.: ::::.::  :.: .:.::::::
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       ::::: .::::: . . : ::.: :::::::::  :: :::... ::.:.::::::::: 
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       ::::::.:: .:.:..:.: ::::::: :..::::: ... ::::::::::::::::..:
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        :::  .:.: .:::.:::::::::..::..::. . : ::.:::::::::::..::.::
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       ...: ::.:: ::: :.:: :.::::::: .:.:..:.: :::::::::..:::.: ...
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        ::::.::::::: : :..::::. ..: . .:...:.:          
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>>XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro  (658 aa)
 initn: 4030 init1: 2026 opt: 2050  Z-score: 1138.7  bits: 220.6 E(85289): 1.1e-56
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       :::::::::::.: .::..:.. : :  ::: ::::::.::.::::.:.  :....:.: 
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pF1KB9 CNECGKAFSFGSALTRHQRIHTGEKPYVCKECGKAFNSGSDLTQHQRIHTGEKPYECKEC
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pF1KB9 SLTQHQRIHTGEKLYECKNCGKAYGRDSEFQQHKKSHNGKKLCELETIN
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NP_001 DLNVLQKTCVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTK
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       :::::::::::.: .::..:.. : :  ::: ::::::.::.::::.:.  :....:.: 
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       ::::::.:: .:.:..:.: ::::::: :..::::: ... ::::::::::::::::..:
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pF1KB9 EKAFRSGSKLIQHQRMHTGEKPYECKECGKTFSSGSDLTQHHRIHTGEKPYECKECGKAF
        :::  .:.: .:::.:::::::::..::..::. . : ::.:::::::::::..::.::
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       ...: ::.:: ::: :.:: :.::::::: .:.:..:.: :::::::::..:::.: ...
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pF1KB9 SLTQHQRIHTGEKLYECKNCGKAYGRDSEFQQHKKSHNGKKLCELETIN
        ::::.::::::: : :..::::. ..: . .:...:.:          
NP_001 HLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG          
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>>NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 isofo  (670 aa)
 initn: 4030 init1: 2026 opt: 2050  Z-score: 1138.6  bits: 220.6 E(85289): 1.1e-56
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pF1KB9 CKNQFERKQGSQEGHFSEMIFTPEDMPTFSIQHQRIHTDEKLLECKECGKDFSFVSVLVR
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NP_003 DLNVLQKTCVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTK
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pF1KB9 HQRIHTGEKPYECKECGKAFGSGANLAYHQRIHTGEKPFECKECGKAFGSGSNLTHHQRI
       :::::::::::.: .::..:.. : :  ::: ::::::.::.::::.:.  :....:.: 
NP_003 HQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERT
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pF1KB9 HTGEKPYECKECGKAFSFGSGLIRHQIIHSGEKPYECKECGKSFSFESALIRHHRIHTGE
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NP_003 HTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGE
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pF1KB9 KPYECIDCGKAFGSGSNLTQHRRIHTGEKPYECKACGMAFSSGSALTRHQRIHTGEKPYI
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NP_003 KPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYG
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pF1KB9 CNECGKAFSFGSALTRHQRIHTGEKPYVCKECGKAFNSGSDLTQHQRIHTGEKPYECKEC
       ::::::.:: .:.:..:.: ::::::: :..::::: ... ::::::::::::::::..:
NP_003 CNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDC
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pF1KB9 EKAFRSGSKLIQHQRMHTGEKPYECKECGKTFSSGSDLTQHHRIHTGEKPYECKECGKAF
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NP_003 GKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAF
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pF1KB9 GSGSKLIQHQLIHTGERPYECKECGKSFSSGSALNRHQRIHTGEKPYECKECGKAFYSGS
       ...: ::.:: ::: :.:: :.::::::: .:.:..:.: :::::::::..:::.: ...
NP_003 SQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQST
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pF1KB9 SLTQHQRIHTGEKLYECKNCGKAYGRDSEFQQHKKSHNGKKLCELETIN
        ::::.::::::: : :..::::. ..: . .:...:.:          
NP_003 HLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG          
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>>XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro  (670 aa)
 initn: 4030 init1: 2026 opt: 2050  Z-score: 1138.6  bits: 220.6 E(85289): 1.1e-56
Smith-Waterman score: 2050; 62.5% identity (84.8% similar) in 429 aa overlap (50-478:242-670)

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       :::::::::::.: .::..:.. : :  ::: ::::::.::.::::.:.  :....:.: 
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       ::::::.:: .:.:..:.: ::::::: :..::::: ... ::::::::::::::::..:
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>>XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro  (670 aa)
 initn: 4030 init1: 2026 opt: 2050  Z-score: 1138.6  bits: 220.6 E(85289): 1.1e-56
Smith-Waterman score: 2050; 62.5% identity (84.8% similar) in 429 aa overlap (50-478:242-670)

      20        30        40        50        60        70         
pF1KB9 CKNQFERKQGSQEGHFSEMIFTPEDMPTFSIQHQRIHTDEKLLECKECGKDFSFVSVLVR
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>>XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro  (670 aa)
 initn: 4030 init1: 2026 opt: 2050  Z-score: 1138.6  bits: 220.6 E(85289): 1.1e-56
Smith-Waterman score: 2050; 62.5% identity (84.8% similar) in 429 aa overlap (50-478:242-670)

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pF1KB9 CKNQFERKQGSQEGHFSEMIFTPEDMPTFSIQHQRIHTDEKLLECKECGKDFSFVSVLVR
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XP_005 SQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQST
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>>NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 isofo  (682 aa)
 initn: 4030 init1: 2026 opt: 2050  Z-score: 1138.6  bits: 220.6 E(85289): 1.1e-56
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NP_009 DLNVLQKTCVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTK
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pF1KB9 HQRIHTGEKPYECKECGKAFGSGANLAYHQRIHTGEKPFECKECGKAFGSGSNLTHHQRI
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NP_009 HQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERT
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pF1KB9 HTGEKPYECKECGKAFSFGSGLIRHQIIHSGEKPYECKECGKSFSFESALIRHHRIHTGE
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pF1KB9 KPYECIDCGKAFGSGSNLTQHRRIHTGEKPYECKACGMAFSSGSALTRHQRIHTGEKPYI
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NP_009 KPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYG
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pF1KB9 CNECGKAFSFGSALTRHQRIHTGEKPYVCKECGKAFNSGSDLTQHQRIHTGEKPYECKEC
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pF1KB9 EKAFRSGSKLIQHQRMHTGEKPYECKECGKTFSSGSDLTQHHRIHTGEKPYECKECGKAF
        :::  .:.: .:::.:::::::::..::..::. . : ::.:::::::::::..::.::
NP_009 GKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAF
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