Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4741
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4741, 1145 aa
1>>>pF1KB4741 1145 - 1145 aa - 1145 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8897+/-0.00106; mu= 13.8464+/- 0.065
mean_var=97.3829+/-18.467, 0's: 0 Z-trim(105.6): 105 B-trim: 34 in 1/52
Lambda= 0.129967
statistics sampled from 8405 (8513) to 8405 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.616), E-opt: 0.2 (0.262), width: 16
Scan time: 4.880
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1398.2 PTPRC gene_id:5788|Hs108|chr1 (1145) 7726 1460.0 0
CCDS1397.2 PTPRC gene_id:5788|Hs108|chr1 (1306) 7510 1419.6 0
CCDS13039.1 PTPRA gene_id:5786|Hs108|chr20 ( 793) 1069 211.8 5.2e-54
CCDS13038.1 PTPRA gene_id:5786|Hs108|chr20 ( 802) 1069 211.8 5.3e-54
CCDS7658.1 PTPRE gene_id:5791|Hs108|chr10 ( 642) 992 197.3 9.6e-50
CCDS7657.1 PTPRE gene_id:5791|Hs108|chr10 ( 700) 992 197.3 1e-49
CCDS490.2 PTPRF gene_id:5792|Hs108|chr1 (1898) 943 188.3 1.5e-46
CCDS489.2 PTPRF gene_id:5792|Hs108|chr1 (1907) 943 188.3 1.5e-46
CCDS12139.1 PTPRS gene_id:5802|Hs108|chr19 (1501) 930 185.8 6.5e-46
CCDS74265.1 PTPRS gene_id:5802|Hs108|chr19 (1505) 930 185.8 6.5e-46
CCDS45930.1 PTPRS gene_id:5802|Hs108|chr19 (1948) 931 186.0 7.2e-46
CCDS12140.1 PTPRS gene_id:5802|Hs108|chr19 (1910) 930 185.8 8.1e-46
CCDS75813.1 PTPRD gene_id:5789|Hs108|chr9 (1496) 921 184.1 2.1e-45
CCDS55288.1 PTPRD gene_id:5789|Hs108|chr9 (1502) 921 184.1 2.1e-45
CCDS55289.1 PTPRD gene_id:5789|Hs108|chr9 (1505) 921 184.1 2.1e-45
CCDS6472.2 PTPRD gene_id:5789|Hs108|chr9 (1505) 921 184.1 2.1e-45
CCDS55290.1 PTPRD gene_id:5789|Hs108|chr9 (1506) 921 184.1 2.1e-45
CCDS43786.1 PTPRD gene_id:5789|Hs108|chr9 (1912) 921 184.2 2.6e-45
CCDS42874.1 PTPRT gene_id:11122|Hs108|chr20 (1441) 868 174.2 2e-42
CCDS68127.1 PTPRT gene_id:11122|Hs108|chr20 (1460) 868 174.2 2e-42
CCDS11840.1 PTPRM gene_id:5797|Hs108|chr18 (1452) 841 169.1 6.7e-41
CCDS58613.1 PTPRM gene_id:5797|Hs108|chr18 (1465) 838 168.6 9.9e-41
CCDS56505.1 PTPRZ1 gene_id:5803|Hs108|chr7 (1448) 815 164.2 1.9e-39
CCDS34740.1 PTPRZ1 gene_id:5803|Hs108|chr7 (2315) 815 164.3 3e-39
CCDS75517.1 PTPRK gene_id:5796|Hs108|chr6 (1439) 803 162.0 9.2e-39
CCDS5137.1 PTPRK gene_id:5796|Hs108|chr6 (1440) 803 162.0 9.2e-39
CCDS55845.1 PTPRB gene_id:5787|Hs108|chr12 (1907) 787 159.0 9.5e-38
CCDS55846.1 PTPRB gene_id:5787|Hs108|chr12 (1907) 787 159.0 9.5e-38
CCDS44944.1 PTPRB gene_id:5787|Hs108|chr12 (1997) 787 159.0 9.9e-38
CCDS81713.1 PTPRB gene_id:5787|Hs108|chr12 (2127) 787 159.1 1e-37
CCDS44943.1 PTPRB gene_id:5787|Hs108|chr12 (2215) 787 159.1 1.1e-37
CCDS78179.1 PTPRK gene_id:5796|Hs108|chr6 (1462) 782 158.1 1.4e-37
CCDS47473.1 PTPRK gene_id:5796|Hs108|chr6 (1446) 781 157.9 1.6e-37
CCDS335.1 PTPRU gene_id:10076|Hs108|chr1 (1436) 764 154.7 1.5e-36
CCDS334.1 PTPRU gene_id:10076|Hs108|chr1 (1446) 764 154.7 1.5e-36
CCDS44098.2 PTPRU gene_id:10076|Hs108|chr1 (1440) 762 154.3 1.9e-36
CCDS53290.1 PTPRU gene_id:10076|Hs108|chr1 (1433) 745 151.1 1.7e-35
CCDS53754.1 PTPRO gene_id:5800|Hs108|chr12 ( 377) 731 148.3 3.2e-35
CCDS44837.1 PTPRO gene_id:5800|Hs108|chr12 ( 405) 731 148.3 3.4e-35
CCDS7945.1 PTPRJ gene_id:5795|Hs108|chr11 (1337) 737 149.6 4.6e-35
CCDS8674.1 PTPRO gene_id:5800|Hs108|chr12 (1188) 731 148.5 9e-35
CCDS8675.1 PTPRO gene_id:5800|Hs108|chr12 (1216) 731 148.5 9.2e-35
CCDS73501.1 PTPRQ gene_id:374462|Hs108|chr12 (2299) 720 146.5 6.8e-34
CCDS54321.1 PTPRH gene_id:5794|Hs108|chr19 ( 937) 706 143.7 1.9e-33
CCDS33110.1 PTPRH gene_id:5794|Hs108|chr19 (1115) 706 143.8 2.2e-33
CCDS863.1 PTPN22 gene_id:26191|Hs108|chr1 ( 807) 690 140.7 1.3e-32
CCDS2895.1 PTPRG gene_id:5793|Hs108|chr3 (1445) 684 139.7 4.8e-32
CCDS1422.1 PTPN7 gene_id:5778|Hs108|chr1 ( 399) 647 132.6 1.9e-30
CCDS1423.2 PTPN7 gene_id:5778|Hs108|chr1 ( 465) 647 132.6 2.1e-30
CCDS44820.1 PTPN6 gene_id:5777|Hs108|chr12 ( 595) 633 130.0 1.6e-29
>>CCDS1398.2 PTPRC gene_id:5788|Hs108|chr1 (1145 aa)
initn: 7726 init1: 7726 opt: 7726 Z-score: 7826.4 bits: 1460.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7726; 100.0% identity (100.0% similar) in 1145 aa overlap (1-1145:1-1145)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MTMYLWLKLLAFGFAFLDTEVFVTGQSPTPSPTDAYLNASETTTLSPSGSAVISTTTIAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MTMYLWLKLLAFGFAFLDTEVFVTGQSPTPSPTDAYLNASETTTLSPSGSAVISTTTIAT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 TPSKPTCDEKYANITVDYLYNKETKLFTAKLNVNENVECGNNTCTNNEVHNLTECKNASV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TPSKPTCDEKYANITVDYLYNKETKLFTAKLNVNENVECGNNTCTNNEVHNLTECKNASV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 SISHNSCTAPDKTLILDVPPGVEKFQLHDCTQVEKADTTICLKWKNIETFTCDTQNITYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SISHNSCTAPDKTLILDVPPGVEKFQLHDCTQVEKADTTICLKWKNIETFTCDTQNITYR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 FQCGNMIFDNKEIKLENLEPEHEYKCDSEILYNNHKFTNASKIIKTDFGSPGEPQIIFCR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FQCGNMIFDNKEIKLENLEPEHEYKCDSEILYNNHKFTNASKIIKTDFGSPGEPQIIFCR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 SEAAHQGVITWNPPQRSFHNFTLCYIKETEKDCLNLDKNLIKYDLQNLKPYTKYVLSLHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SEAAHQGVITWNPPQRSFHNFTLCYIKETEKDCLNLDKNLIKYDLQNLKPYTKYVLSLHA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 YIIAKVQRNGSAAMCHFTTKSAPPSQVWNMTVSMTSDNSMHVKCRPPRDRNGPHERYHLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 YIIAKVQRNGSAAMCHFTTKSAPPSQVWNMTVSMTSDNSMHVKCRPPRDRNGPHERYHLE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 VEAGNTLVRNESHKNCDFRVKDLQYSTDYTFKAYFHNGDYPGEPFILHHSTSYNSKALIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VEAGNTLVRNESHKNCDFRVKDLQYSTDYTFKAYFHNGDYPGEPFILHHSTSYNSKALIA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 FLAFLIIVTSIALLVVLYKIYDLHKKRSCNLDEQQELVERDDEKQLMNVEPIHADILLET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FLAFLIIVTSIALLVVLYKIYDLHKKRSCNLDEQQELVERDDEKQLMNVEPIHADILLET
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 YKRKIADEGRLFLAEFQSIPRVFSKFPIKEARKPFNQNKNRYVDILPYDYNRVELSEING
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 YKRKIADEGRLFLAEFQSIPRVFSKFPIKEARKPFNQNKNRYVDILPYDYNRVELSEING
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 DAGSNYINASYIDGFKEPRKYIAAQGPRDETVDDFWRMIWEQKATVIVMVTRCEEGNRNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DAGSNYINASYIDGFKEPRKYIAAQGPRDETVDDFWRMIWEQKATVIVMVTRCEEGNRNK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 CAEYWPSMEEGTRAFGDVVVKINQHKRCPDYIIQKLNIVNKKEKATGREVTHIQFTSWPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 CAEYWPSMEEGTRAFGDVVVKINQHKRCPDYIIQKLNIVNKKEKATGREVTHIQFTSWPD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 HGVPEDPHLLLKLRRRVNAFSNFFSGPIVVHCSAGVGRTGTYIGIDAMLEGLEAENKVDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 HGVPEDPHLLLKLRRRVNAFSNFFSGPIVVHCSAGVGRTGTYIGIDAMLEGLEAENKVDV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 YGYVVKLRRQRCLMVQVEAQYILIHQALVEYNQFGETEVNLSELHPYLHNMKKRDPPSEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 YGYVVKLRRQRCLMVQVEAQYILIHQALVEYNQFGETEVNLSELHPYLHNMKKRDPPSEP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 SPLEAEFQRLPSYRSWRTQHIGNQEENKSKNRNSNVIPYDYNRVPLKHELEMSKESEHDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SPLEAEFQRLPSYRSWRTQHIGNQEENKSKNRNSNVIPYDYNRVPLKHELEMSKESEHDS
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 DESSDDDSDSEEPSKYINASFIMSYWKPEVMIAAQGPLKETIGDFWQMIFQRKVKVIVML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DESSDDDSDSEEPSKYINASFIMSYWKPEVMIAAQGPLKETIGDFWQMIFQRKVKVIVML
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB4 TELKHGDQEICAQYWGEGKQTYGDIEVDLKDTDKSSTYTLRVFELRHSKRKDSRTVYQYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TELKHGDQEICAQYWGEGKQTYGDIEVDLKDTDKSSTYTLRVFELRHSKRKDSRTVYQYQ
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB4 YTNWSVEQLPAEPKELISMIQVVKQKLPQKNSSEGNKHHKSTPLLIHCRDGSQQTGIFCA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 YTNWSVEQLPAEPKELISMIQVVKQKLPQKNSSEGNKHHKSTPLLIHCRDGSQQTGIFCA
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB4 LLNLLESAETEEVVDIFQVVKALRKARPGMVSTFEQYQFLYDVIASTYPAQNGQVKKNNH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LLNLLESAETEEVVDIFQVVKALRKARPGMVSTFEQYQFLYDVIASTYPAQNGQVKKNNH
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB4 QEDKIEFDNEVDKVKQDANCVNPLGAPEKLPEAKEQAEGSEPTSGTEGPEHSVNGPASPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 QEDKIEFDNEVDKVKQDANCVNPLGAPEKLPEAKEQAEGSEPTSGTEGPEHSVNGPASPA
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB4 LNQGS
:::::
CCDS13 LNQGS
>>CCDS1397.2 PTPRC gene_id:5788|Hs108|chr1 (1306 aa)
initn: 7510 init1: 7510 opt: 7510 Z-score: 7606.6 bits: 1419.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7510; 99.6% identity (99.8% similar) in 1117 aa overlap (29-1145:190-1306)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MTMYLWLKLLAFGFAFLDTEVFVTGQSPTPSPTDAYLNASETTTLSPSGSAVISTTTI
: . .:::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TDPVSPLTTTLSLAHHSSAALPARTSNTTITANTSDAYLNASETTTLSPSGSAVISTTTI
160 170 180 190 200 210
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 ATTPSKPTCDEKYANITVDYLYNKETKLFTAKLNVNENVECGNNTCTNNEVHNLTECKNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ATTPSKPTCDEKYANITVDYLYNKETKLFTAKLNVNENVECGNNTCTNNEVHNLTECKNA
220 230 240 250 260 270
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 SVSISHNSCTAPDKTLILDVPPGVEKFQLHDCTQVEKADTTICLKWKNIETFTCDTQNIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SVSISHNSCTAPDKTLILDVPPGVEKFQLHDCTQVEKADTTICLKWKNIETFTCDTQNIT
280 290 300 310 320 330
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 YRFQCGNMIFDNKEIKLENLEPEHEYKCDSEILYNNHKFTNASKIIKTDFGSPGEPQIIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 YRFQCGNMIFDNKEIKLENLEPEHEYKCDSEILYNNHKFTNASKIIKTDFGSPGEPQIIF
340 350 360 370 380 390
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 CRSEAAHQGVITWNPPQRSFHNFTLCYIKETEKDCLNLDKNLIKYDLQNLKPYTKYVLSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 CRSEAAHQGVITWNPPQRSFHNFTLCYIKETEKDCLNLDKNLIKYDLQNLKPYTKYVLSL
400 410 420 430 440 450
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 HAYIIAKVQRNGSAAMCHFTTKSAPPSQVWNMTVSMTSDNSMHVKCRPPRDRNGPHERYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 HAYIIAKVQRNGSAAMCHFTTKSAPPSQVWNMTVSMTSDNSMHVKCRPPRDRNGPHERYH
460 470 480 490 500 510
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 LEVEAGNTLVRNESHKNCDFRVKDLQYSTDYTFKAYFHNGDYPGEPFILHHSTSYNSKAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LEVEAGNTLVRNESHKNCDFRVKDLQYSTDYTFKAYFHNGDYPGEPFILHHSTSYNSKAL
520 530 540 550 560 570
420 430 440 450 460 470
pF1KB4 IAFLAFLIIVTSIALLVVLYKIYDLHKKRSCNLDEQQELVERDDEKQLMNVEPIHADILL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IAFLAFLIIVTSIALLVVLYKIYDLHKKRSCNLDEQQELVERDDEKQLMNVEPIHADILL
580 590 600 610 620 630
480 490 500 510 520 530
pF1KB4 ETYKRKIADEGRLFLAEFQSIPRVFSKFPIKEARKPFNQNKNRYVDILPYDYNRVELSEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ETYKRKIADEGRLFLAEFQSIPRVFSKFPIKEARKPFNQNKNRYVDILPYDYNRVELSEI
640 650 660 670 680 690
540 550 560 570 580 590
pF1KB4 NGDAGSNYINASYIDGFKEPRKYIAAQGPRDETVDDFWRMIWEQKATVIVMVTRCEEGNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NGDAGSNYINASYIDGFKEPRKYIAAQGPRDETVDDFWRMIWEQKATVIVMVTRCEEGNR
700 710 720 730 740 750
600 610 620 630 640 650
pF1KB4 NKCAEYWPSMEEGTRAFGDVVVKINQHKRCPDYIIQKLNIVNKKEKATGREVTHIQFTSW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NKCAEYWPSMEEGTRAFGDVVVKINQHKRCPDYIIQKLNIVNKKEKATGREVTHIQFTSW
760 770 780 790 800 810
660 670 680 690 700 710
pF1KB4 PDHGVPEDPHLLLKLRRRVNAFSNFFSGPIVVHCSAGVGRTGTYIGIDAMLEGLEAENKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PDHGVPEDPHLLLKLRRRVNAFSNFFSGPIVVHCSAGVGRTGTYIGIDAMLEGLEAENKV
820 830 840 850 860 870
720 730 740 750 760 770
pF1KB4 DVYGYVVKLRRQRCLMVQVEAQYILIHQALVEYNQFGETEVNLSELHPYLHNMKKRDPPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DVYGYVVKLRRQRCLMVQVEAQYILIHQALVEYNQFGETEVNLSELHPYLHNMKKRDPPS
880 890 900 910 920 930
780 790 800 810 820 830
pF1KB4 EPSPLEAEFQRLPSYRSWRTQHIGNQEENKSKNRNSNVIPYDYNRVPLKHELEMSKESEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 EPSPLEAEFQRLPSYRSWRTQHIGNQEENKSKNRNSNVIPYDYNRVPLKHELEMSKESEH
940 950 960 970 980 990
840 850 860 870 880 890
pF1KB4 DSDESSDDDSDSEEPSKYINASFIMSYWKPEVMIAAQGPLKETIGDFWQMIFQRKVKVIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DSDESSDDDSDSEEPSKYINASFIMSYWKPEVMIAAQGPLKETIGDFWQMIFQRKVKVIV
1000 1010 1020 1030 1040 1050
900 910 920 930 940 950
pF1KB4 MLTELKHGDQEICAQYWGEGKQTYGDIEVDLKDTDKSSTYTLRVFELRHSKRKDSRTVYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MLTELKHGDQEICAQYWGEGKQTYGDIEVDLKDTDKSSTYTLRVFELRHSKRKDSRTVYQ
1060 1070 1080 1090 1100 1110
960 970 980 990 1000 1010
pF1KB4 YQYTNWSVEQLPAEPKELISMIQVVKQKLPQKNSSEGNKHHKSTPLLIHCRDGSQQTGIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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CCDS74 FISANLPCNKFKNRLVNIMPYESTRVCLQ-------------------PIRGVEGSDYIN
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CCDS74 ASFIDGYRQQKAYIATQGPLAETTEDFWRMLWENNSTIVVMLTKLREMGREKCHQYWPAE
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pF1KB4 GKQTYGDIEVDLKDTDKSSTYTLRVFELRHSKRKDSRTVYQYQYTNWSVEQLPAEPKELI
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CCDS74 RSARYQYFVVDPMAEYNMPQYILREFKVTDARDGQSRTVRQFQFTDWPEQGVPKSGEGFI
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CCDS74 DFIGQV-HKTKEQFGQDG-------PISVHCSAGVGRTGVFITLSIVLERMRYEGVVDIF
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CCDS74 QTVKMLRTQRPAMVQTEDEYQFCYQAALEYLGSFDHYAT
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]