Result of FASTA (ccds) for pF1KB4334
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4334, 473 aa
  1>>>pF1KB4334 473 - 473 aa - 473 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8945+/-0.00106; mu= 13.9429+/- 0.064
 mean_var=64.5813+/-12.855, 0's: 0 Z-trim(102.4): 74  B-trim: 4 in 1/51
 Lambda= 0.159596
 statistics sampled from 6846 (6920) to 6846 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.568), E-opt: 0.2 (0.213), width:  16
 Scan time:  2.410

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 473) 3163 737.5 6.9e-213
CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 473) 2979 695.2 3.9e-200
CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 402) 2613 610.9 7.9e-175
CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 388) 2582 603.8 1.1e-172
CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5          ( 474) 2552 596.9 1.5e-170
CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4          ( 474) 2461 575.9 3.1e-164
CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5          ( 512) 2088 490.0 2.4e-138
CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX         ( 632) 1218 289.7 5.9e-78
CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1             ( 452) 1077 257.2 2.5e-68
CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6         ( 462) 1039 248.5 1.1e-65
CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6          ( 479) 1039 248.5 1.2e-65
CCDS59028.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6         ( 392) 1028 245.9 5.5e-65
CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6          ( 465) 1028 246.0 6.5e-65
CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5           ( 440) 1009 241.6 1.3e-63
CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3       ( 467) 1000 239.5 5.7e-63
CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX          ( 452)  959 230.1 3.8e-60
CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX          ( 452)  957 229.6 5.3e-60
CCDS43283.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4          ( 449)  940 225.7 7.9e-59
CCDS3822.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4           ( 464)  940 225.7 8.2e-59
CCDS4320.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5           ( 449)  935 224.5 1.8e-58
CCDS54942.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5          ( 457)  926 222.5 7.5e-58
CCDS43980.2 GLRA4 gene_id:441509|Hs108|chrX        ( 417)  920 221.1 1.8e-57
CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5          ( 467)  920 221.1   2e-57
CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4            ( 497)  916 220.2   4e-57
CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5          ( 475)  915 219.9 4.5e-57
CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4          ( 465)  889 214.0 2.8e-55
CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15        ( 462)  877 211.2 1.9e-54
CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15        ( 467)  876 211.0 2.2e-54
CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4          ( 451)  872 210.0 4.1e-54
CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4         ( 511)  872 210.1 4.6e-54
CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX         ( 492)  865 208.4 1.4e-53
CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4          ( 554)  852 205.5 1.2e-52
CCDS75368.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5          ( 289)  847 204.2 1.5e-52
CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5          ( 453)  844 203.6 3.6e-52
CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5          ( 456)  836 201.8 1.3e-51
CCDS55371.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX          ( 363)  834 201.3 1.4e-51
CCDS14703.1 GABRE gene_id:2564|Hs108|chrX          ( 506)  821 198.3 1.6e-50
CCDS54813.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4           ( 303)  660 161.2 1.4e-39
CCDS47333.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5         ( 515)  476 118.9 1.3e-26
CCDS59251.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15        ( 253)  465 116.3 3.9e-26
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11         ( 463)  321 83.2 6.5e-16
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11          ( 484)  321 83.2 6.8e-16
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4         ( 479)  318 82.5 1.1e-15
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8          ( 494)  318 82.5 1.1e-15
CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15        ( 489)  304 79.3   1e-14
CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15        ( 505)  304 79.3 1.1e-14
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8          ( 529)  293 76.7 6.5e-14
CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8          ( 458)  289 75.8 1.1e-13
CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20        ( 627)  285 74.9 2.7e-13
CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11          ( 516)  283 74.4 3.1e-13


>>CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15             (473 aa)
 initn: 3163 init1: 3163 opt: 3163  Z-score: 3935.5  bits: 737.5 E(32554): 6.9e-213
Smith-Waterman score: 3163; 100.0% identity (100.0% similar) in 473 aa overlap (1-473:1-473)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MWGLAGGRLFGIFSAPVLVAVVCCAQSVNDPGNMSFVKETVDKLLKGYDIRLRPDFGGPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MWGLAGGRLFGIFSAPVLVAVVCCAQSVNDPGNMSFVKETVDKLLKGYDIRLRPDFGGPP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 VCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 SYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSLSFRLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSLSFRLK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 PYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSKSESNR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSKSESNR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 VDAHGNILLTSLEVHNEMNEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPREGHGRFLGDRS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VDAHGNILLTSLEVHNEMNEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPREGHGRFLGDRS
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470   
pF1KB4 LPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYYVN
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYYVN
              430       440       450       460       470   

>>CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15             (473 aa)
 initn: 2979 init1: 2979 opt: 2979  Z-score: 3706.5  bits: 695.2 E(32554): 3.9e-200
Smith-Waterman score: 2979; 99.8% identity (100.0% similar) in 448 aa overlap (26-473:26-473)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MWGLAGGRLFGIFSAPVLVAVVCCAQSVNDPGNMSFVKETVDKLLKGYDIRLRPDFGGPP
                                .::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MCSGLLELLLPIWLSWTLGTRGSEPRSVNDPGNMSFVKETVDKLLKGYDIRLRPDFGGPP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 VCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 SYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSLSFRLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSLSFRLK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 PYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSKSESNR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSKSESNR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 VDAHGNILLTSLEVHNEMNEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPREGHGRFLGDRS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VDAHGNILLTSLEVHNEMNEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPREGHGRFLGDRS
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470   
pF1KB4 LPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYYVN
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYYVN
              430       440       450       460       470   

>>CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15             (402 aa)
 initn: 2613 init1: 2613 opt: 2613  Z-score: 3252.3  bits: 610.9 E(32554): 7.9e-175
Smith-Waterman score: 2613; 100.0% identity (100.0% similar) in 393 aa overlap (81-473:10-402)

               60        70        80        90       100       110
pF1KB4 RLRPDFGGPPVCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDN
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53                      MWATYQTEEDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDN
                                    10        20        30         

              120       130       140       150       160       170
pF1KB4 RVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPL
      40        50        60        70        80        90         

              180       190       200       210       220       230
pF1KB4 DEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 DEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAY
     100       110       120       130       140       150         

              240       250       260       270       280       290
pF1KB4 PRLSLSFRLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTIN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PRLSLSFRLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTIN
     160       170       180       190       200       210         

              300       310       320       330       340       350
pF1KB4 THLRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 THLRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAK
     220       230       240       250       260       270         

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pF1KB4 NDRSKSESNRVDAHGNILLTSLEVHNEMNEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPRE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 NDRSKSESNRVDAHGNILLTSLEVHNEMNEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPRE
     280       290       300       310       320       330         

              420       430       440       450       460       470
pF1KB4 GHGRFLGDRSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GHGRFLGDRSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLY
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pF1KB4 YVN
       :::
CCDS53 YVN
     400  

>>CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15             (388 aa)
 initn: 2582 init1: 2582 opt: 2582  Z-score: 3213.9  bits: 603.8 E(32554): 1.1e-172
Smith-Waterman score: 2582; 100.0% identity (100.0% similar) in 388 aa overlap (86-473:1-388)

          60        70        80        90       100       110     
pF1KB4 FGGPPVCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQ
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53                               MYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQ
                                             10        20        30

         120       130       140       150       160       170     
pF1KB4 LWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNC
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pF1KB4 TLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 TLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSL
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pF1KB4 SFRLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SFRLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRE
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pF1KB4 TLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 TLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSK
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pF1KB4 SESNRVDAHGNILLTSLEVHNEMNEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPREGHGRF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SESNRVDAHGNILLTSLEVHNEMNEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPREGHGRF
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pF1KB4 LGDRSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYYVN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LGDRSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYYVN
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>>CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5               (474 aa)
 initn: 2120 init1: 2120 opt: 2552  Z-score: 3175.1  bits: 596.9 E(32554): 1.5e-170
Smith-Waterman score: 2552; 79.8% identity (92.4% similar) in 475 aa overlap (1-473:1-474)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MWGLAGGRLFGIFSAPVLVAVVCCAQSVNDPGNMSFVKETVDKLLKGYDIRLRPDFGGPP
       :: .     :::.: :...:.:: :::::::.:::.::::::.:::::::::::::::::
CCDS43 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVC-AQSVNDPSNMSLVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
               10        20         30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 VCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
       : :::::::::::::::::::::::::::: ::::::.:. :::::::::::::::::::
CCDS43 VAVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQLWVPD
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
     120       130       140       150       160       170         

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 SYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSLSFRLK
       ::::::::::::::: :.::::: .:::::::::...:....:::.::.::::::::.::
CCDS43 SYGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSLSFKLK
     180       190       200       210       220       230         

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pF1KB4 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
     240       250       260       270       280       290         

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pF1KB4 PYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSKSESNR
       ::::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::: :::.:.:.:.. . . :.
CCDS43 PYVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNK
     300       310       320       330       340       350         

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pF1KB4 VDAHGNILLTSLEVHNEM--NEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPREGHGRFLGD
       .: : ::::..::..:::  .:.  :.:: :.. ...: :.::::: ..::.. ::   .
CCDS43 MDPHENILLSTLEIKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNALE
     360       370       380       390       400       410         

      420       430       440       450       460       470   
pF1KB4 RSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYYVN
       : . .::..::::.::::: :::::::::::::::: :: .::.::.::::::::
CCDS43 RHVAQKKSRLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
     420       430       440       450       460       470    

>>CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4               (474 aa)
 initn: 2454 init1: 2090 opt: 2461  Z-score: 3061.9  bits: 575.9 E(32554): 3.1e-164
Smith-Waterman score: 2461; 76.9% identity (91.2% similar) in 477 aa overlap (1-473:1-474)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MWGLAGGRLFGIFSAPVLVAVVCCAQSVNDPGNMSFVKETVDKLLKGYDIRLRPDFGGPP
       :: . . . .:..: ::....::::.:.:.:.:::.::::::.:::::::::::::::::
CCDS34 MWTVQNRESLGLLSFPVMITMVCCAHSTNEPSNMSYVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 VCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
       : ::: ::.::::::::::::::::::::: :.::::.::::::::::::::::::::::
CCDS34 VDVGMRIDVASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 SYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSLSFRLK
       ::::::::::::: ::. :::::..:::::::::....::..: :.::::::::::::::
CCDS34 SYGYTTDDIEFYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEFTTGAYPRLSLSFRLK
              190       200       210       220       230       240

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pF1KB4 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
       :::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS34 RNIGYFILQTYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTISTHLRETLPKI
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 PYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSKSESNR
       :::::::.:::::::::::::::::::::::::.:::  :: : :  .. :...: : :.
CCDS34 PYVKAIDIYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQ--KKGASKQDQSANEKNKLEMNK
              310       320       330         340       350        

                370         380       390       400       410      
pF1KB4 V--DAHGNILLTSLEVHNEMN--EVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPREGHGRFL
       :  ::::::::..::..:: .  ::  ...: . .  :.:...:::::    ::..:: :
CCDS34 VQVDAHGNILLSTLEIRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPLSSREAYGRAL
      360       370       380       390       400       410        

        420       430       440       450       460       470   
pF1KB4 GDRSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYYVN
         ...: .: ..:::.::::.:::::::::.::.:::. ::.::::::.:::::::.
CCDS34 DRHGVP-SKGRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVVYWLYYVH
      420        430       440       450       460       470    

>>CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5               (512 aa)
 initn: 2489 init1: 2040 opt: 2088  Z-score: 2597.2  bits: 490.0 E(32554): 2.4e-138
Smith-Waterman score: 2408; 73.5% identity (85.3% similar) in 505 aa overlap (1-465:1-504)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MWGLAGGRLFGIFSAPVLVAVVCCAQSVNDPGNMSFVKETVDKLLKGYDIRLRPDFGGPP
       :: .     :::.: :...:.:: :::::::.:::.::::::.:::::::::::::::::
CCDS43 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVC-AQSVNDPSNMSLVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
               10        20         30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 VCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
       : :::::::::::::::::::::::::::: ::::::.:. :::::::::::::::::::
CCDS43 VAVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQLWVPD
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
     120       130       140       150       160       170         

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 SYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSLSFRLK
       ::::::::::::::: :.::::: .:::::::::...:....:::.::.::::::::.::
CCDS43 SYGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSLSFKLK
     180       190       200       210       220       230         

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
     240       250       260       270       280       290         

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 PYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSKSESNR
       ::::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::: :::.:.:.:.. . . :.
CCDS43 PYVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNK
     300       310       320       330       340       350         

                                                    370         380
pF1KB4 V--------------------------------------DAHGNILLTSLEVHNEM--NE
       .                                      : : ::::..::..:::  .:
CCDS43 IFYKDIKQNGTQYRSLWDPTGNLSPTRRTTNYDFSLYTMDPHENILLSTLEIKNEMATSE
     360       370       380       390       400       410         

              390       400       410       420       430       440
pF1KB4 VSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPREGHGRFLGDRSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIP
       .  :.:: :.. ...: :.::::: ..::.. ::   .: . .::..::::.::::: ::
CCDS43 AVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNALERHVAQKKSRLRRRASQLKITIP
     420       430       440       450       460       470         

              450       460       470   
pF1KB4 DLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYYVN
       :::::::::::::: :: .::.::.        
CCDS43 DLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
     480       490       500       510  

>>CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX              (632 aa)
 initn: 1329 init1: 1190 opt: 1218  Z-score: 1513.1  bits: 289.7 E(32554): 5.9e-78
Smith-Waterman score: 1218; 50.5% identity (83.7% similar) in 325 aa overlap (17-341:43-363)

                             10        20        30        40      
pF1KB4               MWGLAGGRLFGIFSAPVLVAVVCCAQSVNDPGNMSFVKETVDKLLK
                                     :.. .  : . .:.    . :.. .:..:.
CCDS14 LLLIRTWLAEGNYPSPIPKFHFEFSSAVPEVVLNLFNCKNCANE----AVVQKILDRVLS
             20        30        40        50            60        

         50        60        70        80        90       100      
pF1KB4 GYDIRLRPDFGGPPVCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNL
        ::.::::.::: :: : ..: ..::...::.:::::.::.:.: :.:.::::    :::
CCDS14 RYDVRLRPNFGGAPVPVRISIYVTSIEQISEMNMDYTITMFFHQTWKDSRLAYYETTLNL
       70        80        90       100       110       120        

        110       120       130       140       150       160      
pF1KB4 TLDNRVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLR
       ::: :. ..::::: ::::.: .::: :::.::...::::::: ::.:.:::::: .::.
CCDS14 TLDYRMHEKLWVPDCYFLNSKDAFVHDVTVENRVFQLHPDGTVRYGIRLTTTAACSLDLH
      130       140       150       160       170       180        

        170       180       190       200       210       220      
pF1KB4 RYPLDEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFA
       ..:.:.: :.: .::::::..:: ..:  . .:.  .:....:::... . ..:..: : 
CCDS14 KFPMDKQACNLVVESYGYTVEDIILFWDDNGNAIHMTEELHIPQFTFLGRTITSKEVYFY
      190       200       210       220       230       240        

        230       240       250       260       270       280      
pF1KB4 TGAYPRLSLSFRLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTM
       ::.: :: :.:...:... ...:.: :..: :: ::.:::.:::.:::::..:.:..: .
CCDS14 TGSYIRLILKFQVQREVNSYLVQVYWPTVLTTITSWISFWMNYDSSAARVTIGLTSMLIL
      250       260       270       280       290       300        

        290       300       310       320       330       340      
pF1KB4 TTINTHLRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKT
       :::..:::. ::.:  .::::.:.. :. ::::.::::...::.:..:::.:: .     
CCDS14 TTIDSHLRDKLPNISCIKAIDIYILVCLFFVFLSLLEYVYINYLFYSRGPRRQPRRHRRP
      310       320       330       340       350       360        

        350       360       370       380       390       400      
pF1KB4 AKAKNDRSKSESNRVDAHGNILLTSLEVHNEMNEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQS
                                                                   
CCDS14 RRVIARYRYQQVVVGNVQDGLINVEDGVSSLPITPAQAPLASPESLGSLTSTSEQAQLAT
      370       380       390       400       410       420        

>>CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1                  (452 aa)
 initn: 1137 init1: 657 opt: 1077  Z-score: 1340.1  bits: 257.2 E(32554): 2.5e-68
Smith-Waterman score: 1158; 40.6% identity (70.3% similar) in 475 aa overlap (15-471:9-450)

               10        20              30               40       
pF1KB4 MWGLAGGRLFGIFSAPVLVAVVCCAQ------SVNDPGN-------MSFVKETVDKLLKG
                     ::.:   . :::      ..:: :.       .:.. . .: :. :
CCDS36       MDAPARLLAPLL---LLCAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPN-LDGLIAG
                     10           20        30        40         50

        50        60        70        80        90       100       
pF1KB4 YDIRLRPDFGGPPVCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLT
       :   .:: .::::: :.. ...:::: .::.::.::.:....: :::.::.:.    .: 
CCDS36 YARNFRPGIGGPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLG
               60        70        80        90       100       110

       110       120       130       140       150       160       
pF1KB4 LDNRVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRR
       ::.: .:.::.:::...: :... : :::.:..:::.:::..::..:::.:.:: ::: .
CCDS36 LDSRFVDKLWLPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAK
              120       130       140       150       160       170

       170       180       190       200       210       220       
pF1KB4 YPLDEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFAT
       ::.:::.: :..:::::...:: .::  ... . :.....: ::.:. .:.... . : .
CCDS36 YPMDEQECMLDLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKS
              180       190       200       210       220       230

        230       240       250       260       270       280      
pF1KB4 -GAYPRLSLSFRLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTM
        : .::::: :.:.:: : .:.:.::::.:.. .:::::::.  :  :::.:::::::::
CCDS36 AGQFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTM
              240       250       260       270       280       290

        290       300       310       320       330       340      
pF1KB4 TTINTHLRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKT
       ::. .  : .::.   .::.:.:.  :.:::: ::.::::...     .  :.:.     
CCDS36 TTLMVSARSSLPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAHF----NADYRKKQ----K
              300       310       320       330           340      

        350       360       370       380       390       400      
pF1KB4 AKAKNDRSKSESNRVDAHGNILLTSLEVHNEMNEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQS
       ::.: .: ..:   .:... :.: ::          .. : :.. :::        :.. 
CCDS36 AKVKVSRPRAE---MDVRNAIVLFSL----------SAAGVTQELAIS-------RRQRR
            350          360                 370              380  

        410         420       430         440       450       460  
pF1KB4 MPRE--GHGRFLGDRSLPHKKTHLRRRSSQ--LKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSL
       .: .  :  : .: ..   ::    : ..:  .. ..  . :...:: ..: ::: .:. 
CCDS36 VPGNLMGSYRSVGVETGETKKEGAARSGGQGGIRARLRPI-DADTIDIYARAVFPAAFAA
            390       400       410       420        430       440 

            470   
pF1KB4 FNLVYWLYYVN
        :..::  :  
CCDS36 VNVIYWAAYAM
             450  

>>CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6              (462 aa)
 initn: 759 init1: 438 opt: 1039  Z-score: 1292.6  bits: 248.5 E(32554): 1.1e-65
Smith-Waterman score: 1124; 41.8% identity (71.2% similar) in 431 aa overlap (42-468:59-458)

              20        30        40          50        60         
pF1KB4 IFSAPVLVAVVCCAQSVNDPGNMSFVKETVDKLLK--GYDIRLRPDFGGPPVCVGMNIDI
                                     ..::.   .:. .:: :::: . ::.....
CCDS59 PGREVHEMSKKGSPILRRSPDITKSPLTKSEQLLRIDDHDFSMRPGFGGPAIPVGVDVQV
       30        40        50        60        70        80        

      70        80        90        100       110       120        
pF1KB4 ASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAY-SGIPLNLTLDNRVADQLWVPDTYFLNDKK
        :.: .:::.::.:.:.:...::.:.::.. :   :..:.:.:.. ..:::: .:...:.
CCDS59 ESLDSISEVDMDFTMTLYLRHYWKDERLSFPSTNNLSMTFDGRLVKKIWVPDMFFVHSKR
       90       100       110       120       130       140        

      130       140       150       160       170       180        
pF1KB4 SFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIESYGYTTDD
       ::.: .:. : :.:..::: :::.::.:.:: : ::. :.::: :.:.::::::.:: ::
CCDS59 SFIHDTTTDNVMLRVQPDGKVLYSLRVTVTAMCNMDFSRFPLDTQTCSLEIESYAYTEDD
      150       160       170       180       190       200        

      190       200       210       220        230       240       
pF1KB4 IEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFA-TGAYPRLSLSFRLKRNIGYFI
       . .::. :. ..   ::: : :: : : . ... . .. :: : :: ..: :.:.: .:.
CCDS59 LMLYWKKGNDSLKTDERISLSQFLIQEFHTTTKLAFYSSTGWYNRLYINFTLRRHIFFFL
      210       220       230       240       250       260        

       250       260       270       280       290       300       
pF1KB4 LQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKIPYVKAID
       ::::.:. :...::::::::.  :  ::: :::::::::.:: : .  ..:.. :.::.:
CCDS59 LQTYFPATLMVMLSWVSFWIDRRAVPARVPLGITTVLTMSTIITGVNASMPRVSYIKAVD
      270       280       290       300       310       320        

       310       320       330       340       350       360       
pF1KB4 MYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSKSESNRVDAHGNI
       .::   ::::::..:::: :::.   .  ....:: ::     .     ..  .:  :: 
CCDS59 IYLWVSFVFVFLSVLEYAAVNYLTTVQ-ERKEQKLREKLP-CTSGLPPPRTAMLD--GNY
      330       340       350        360        370       380      

       370       380       390       400       410       420       
pF1KB4 LLTSLEVHNEMNEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPREGHGRFLGDRSLPHKKTH
               .:.:.... . .. ..    :   .:    :           .:: :..:..
CCDS59 ------SDGEVNDLDNYMPENGEKP---DRMMVQLTLAS-----------ERSSPQRKSQ
                390       400          410                  420    

       430       440       450       460       470   
pF1KB4 LRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYYVN
          ::: ....:    :..:::..:::.:: .. ::::.::     
CCDS59 ---RSSYVSMRI----DTHAIDKYSRIIFPAAYILFNLIYWSIFS 
             430           440       450       460   




473 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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