Result of FASTA (ccds) for pF1KE1079
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE1079, 1072 aa
  1>>>pF1KE1079 1072 - 1072 aa - 1072 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3732+/-0.000986; mu= 12.1123+/- 0.060
 mean_var=111.1340+/-21.958, 0's: 0 Z-trim(107.5): 24  B-trim: 51 in 1/51
 Lambda= 0.121661
 statistics sampled from 9593 (9604) to 9593 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.651), E-opt: 0.2 (0.295), width:  16
 Scan time:  4.200

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS43265.1 USP53 gene_id:54532|Hs108|chr4         (1073) 7301 1293.0       0
CCDS7329.2 USP54 gene_id:159195|Hs108|chr10        (1684) 1769 322.1 6.3e-87


>>CCDS43265.1 USP53 gene_id:54532|Hs108|chr4              (1073 aa)
 initn: 6010 init1: 6010 opt: 7301  Z-score: 6924.8  bits: 1293.0 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 7301; 99.9% identity (99.9% similar) in 1073 aa overlap (1-1072:1-1073)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE1 MAWVKFLRKPGGNLGKVYQPGSMLSLAPTKGLLNEPGQNSCFLNSAVQVLWQLDIFRRSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MAWVKFLRKPGGNLGKVYQPGSMLSLAPTKGLLNEPGQNSCFLNSAVQVLWQLDIFRRSL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE1 RVLTGHVCQGDACIFCALKTIFAQFQHSREKALPSDNIRHALAESFKDEQRFQLGLMDDA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 RVLTGHVCQGDACIFCALKTIFAQFQHSREKALPSDNIRHALAESFKDEQRFQLGLMDDA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE1 AECFENMLERIHFHIVPSRDADMCTSKSCITHQKFAMTLYEQCVCRSCGASSDPLPFTEF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 AECFENMLERIHFHIVPSRDADMCTSKSCITHQKFAMTLYEQCVCRSCGASSDPLPFTEF
              130       140       150       160       170       180

               190       200       210       220       230         
pF1KE1 VRYISTTAL-NEVERMLERHERFKPEMFAELLQAANTTDDYRKCPSNCGQKIKIRRVLMN
       ::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VRYISTTALCNEVERMLERHERFKPEMFAELLQAANTTDDYRKCPSNCGQKIKIRRVLMN
              190       200       210       220       230       240

     240       250       260       270       280       290         
pF1KE1 CPEIVTIGLVWDSEHSDLTEAVVRNLATHLYLPGLFYRVTDENAKNSELNLVGMICYTSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 CPEIVTIGLVWDSEHSDLTEAVVRNLATHLYLPGLFYRVTDENAKNSELNLVGMICYTSQ
              250       260       270       280       290       300

     300       310       320       330       340       350         
pF1KE1 HYCAFAFHTKSSKWVFFDDANVKEIGTRWKDVVSKCIRCHFQPLLLFYANPDGTAVSTED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 HYCAFAFHTKSSKWVFFDDANVKEIGTRWKDVVSKCIRCHFQPLLLFYANPDGTAVSTED
              310       320       330       340       350       360

     360       370       380       390       400       410         
pF1KE1 ALRQVISWSHYKSVAENMGCEKPVIHKSDNLKENGFGDQAKQRENQKFPTDNISSSNRSH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 ALRQVISWSHYKSVAENMGCEKPVIHKSDNLKENGFGDQAKQRENQKFPTDNISSSNRSH
              370       380       390       400       410       420

     420       430       440       450       460       470         
pF1KE1 SHTGVGKGPAKLSHIDQREKIKDISRECALKAIEQKNLLSSQRKDLEKGQRKDLGRHRDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 SHTGVGKGPAKLSHIDQREKIKDISRECALKAIEQKNLLSSQRKDLEKGQRKDLGRHRDL
              430       440       450       460       470       480

     480       490       500       510       520       530         
pF1KE1 VDEDLSHFQSGSPPAPNGFKQHGNPHLYHSQGKGSYKHDRVVPQSRASAQIISSSKSQIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VDEDLSHFQSGSPPAPNGFKQHGNPHLYHSQGKGSYKHDRVVPQSRASAQIISSSKSQIL
              490       500       510       520       530       540

     540       550       560       570       580       590         
pF1KE1 APGEKITGKVKSDNGTGYDTDSSQDSRDRGNSCDSSSKSRNRGWKPMRETLNVDSIFSES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 APGEKITGKVKSDNGTGYDTDSSQDSRDRGNSCDSSSKSRNRGWKPMRETLNVDSIFSES
              550       560       570       580       590       600

     600       610       620       630       640       650         
pF1KE1 EKRQHSPRHKPNISNKPKSSKDPSFSNWPKENPKQKGLMTIYEDEMKQEIGSRSSLESNG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 EKRQHSPRHKPNISNKPKSSKDPSFSNWPKENPKQKGLMTIYEDEMKQEIGSRSSLESNG
              610       620       630       640       650       660

     660       670       680       690       700       710         
pF1KE1 KGAEKNKGLVEGKVHGDNWQMQRTESGYESSDHISNGSTNLDSPVIDGNGTVMDISGVKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 KGAEKNKGLVEGKVHGDNWQMQRTESGYESSDHISNGSTNLDSPVIDGNGTVMDISGVKE
              670       680       690       700       710       720

     720       730       740       750       760       770         
pF1KE1 TVCFSDQITTSNLNKERGDCTSLQSQHHLEGFRKELRNLEAGYKSHEFHPESHLQIKNHL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TVCFSDQITTSNLNKERGDCTSLQSQHHLEGFRKELRNLEAGYKSHEFHPESHLQIKNHL
              730       740       750       760       770       780

     780       790       800       810       820       830         
pF1KE1 IKRSHVHEDNGKLFPSSSLQIPKDHNAREHIHQSDEQKLEKPNECKFSEWLNIENSERTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 IKRSHVHEDNGKLFPSSSLQIPKDHNAREHIHQSDEQKLEKPNECKFSEWLNIENSERTG
              790       800       810       820       830       840

     840       850       860       870       880       890         
pF1KE1 LPFHVDNSASGKRVNSNEPSSLWSSHLRTVGLKPETAPLIQQQNIMDQCYFENSLSTECI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LPFHVDNSASGKRVNSNEPSSLWSSHLRTVGLKPETAPLIQQQNIMDQCYFENSLSTECI
              850       860       870       880       890       900

     900       910       920       930       940       950         
pF1KE1 IRSASRSDGCQMPKLFCQNLPPPLPPKKYAITSVPQSEKSESTPDVKLTEVFKATSHLPK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 IRSASRSDGCQMPKLFCQNLPPPLPPKKYAITSVPQSEKSESTPDVKLTEVFKATSHLPK
              910       920       930       940       950       960

     960       970       980       990      1000      1010         
pF1KE1 HSLSTASEPSLEVSTHMNDERHKETFQVRECFGNTPNCPSSSSTNDFQANSGAIDAFCQP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 HSLSTASEPSLEVSTHMNDERHKETFQVRECFGNTPNCPSSSSTNDFQANSGAIDAFCQP
              970       980       990      1000      1010      1020

    1020      1030      1040      1050      1060      1070  
pF1KE1 ELDSISTCPNETVSLTTYFSVDSCMTDTYRLKYHQRPKLSFPESSGFCNNSLS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 ELDSISTCPNETVSLTTYFSVDSCMTDTYRLKYHQRPKLSFPESSGFCNNSLS
             1030      1040      1050      1060      1070   

>>CCDS7329.2 USP54 gene_id:159195|Hs108|chr10             (1684 aa)
 initn: 1802 init1: 891 opt: 1769  Z-score: 1674.1  bits: 322.1 E(32554): 6.3e-87
Smith-Waterman score: 1804; 37.3% identity (63.1% similar) in 994 aa overlap (1-966:1-940)

               10         20        30        40        50         
pF1KE1 MAWVKFLRKPG-GNLGKVYQPGSMLSLAPTKGLLNEPGQNSCFLNSAVQVLWQLDIFRRS
       :.: .   . : :..  .. : :  :.::.::: :::::::::::::.::::.:::::::
CCDS73 MSWKRNYFSGGRGSVQGMFAPRSSTSIAPSKGLSNEPGQNSCFLNSALQVLWHLDIFRRS
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KE1 LRVLTGHVCQGDACIFCALKTIFAQFQHSREKALPSDNIRHALAESFKDEQRFQLGLMDD
       .: :: : :.::.::::::: :: ::: : ::.::::..: :::..:.::::::::.:::
CCDS73 FRQLTTHKCMGDSCIFCALKGIFNQFQCSSEKVLPSDTLRSALAKTFQDEQRFQLGIMDD
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KE1 AAECFENMLERIHFHIVPSRDADMCTSKSCITHQKFAMTLYEQCVCRSCGASSDPLPFTE
       :::::::.: ::::::.     :.::.. ::.::::::::.::::: ::::.:::::: .
CCDS73 AAECFENLLMRIHFHIADETKEDICTAQHCISHQKFAMTLFEQCVCTSCGATSDPLPFIQ
              130       140       150       160       170       180

     180        190       200       210       220       230        
pF1KE1 FVRYISTTAL-NEVERMLERHERFKPEMFAELLQAANTTDDYRKCPSNCGQKIKIRRVLM
       .:.:::::.: :..  ::::.:. .: ::.:::: :.:  : :.::::::..:.::::::
CCDS73 MVHYISTTSLCNQAICMLERREKPSPSMFGELLQNASTMGDLRNCPSNCGERIRIRRVLM
              190       200       210       220       230       240

      240       250       260       270       280       290        
pF1KE1 NCPEIVTIGLVWDSEHSDLTEAVVRNLATHLYLPGLFYRVTDENAKNSELNLVGMICYTS
       : :.:.::::::::.::::.: :...:.: : :  ::.::::. ::.::: ::::::: .
CCDS73 NAPQIITIGLVWDSDHSDLAEDVIHSLGTCLKLGDLFFRVTDDRAKQSELYLVGMICYYG
              250       260       270       280       290       300

      300       310       320       330       340       350        
pF1KE1 QHYCAFAFHTKSSKWVFFDDANVKEIGTRWKDVVSKCIRCHFQPLLLFYANPDGTAVSTE
       .:: .: :.::  ::..::::.::::: .:::::.:::. :.:::::.::.:.:: :::.
CCDS73 KHYSTFFFQTKIRKWMYFDDAHVKEIGPKWKDVVTKCIKGHYQPLLLLYADPQGTPVSTQ
              310       320       330       340       350       360

      360       370         380       390       400       410      
pF1KE1 DALRQVISWSHYKSV--AENMGCEKPVIHKSDNLKENGFGDQAKQRENQKFPTDNISSSN
       :   :.   :. ..   .:. : : : : .::.  ...  .   .. ...  ....::..
CCDS73 DLPPQAEFQSYSRTCYDSEDSGRE-PSI-SSDTRTDSSTESYPYKHSHHESVVSHFSSDS
              370       380         390       400       410        

        420       430       440       450       460       470      
pF1KE1 RSHSHTGVGKGPAKLSHIDQREKIKDISRECALKAIEQKNLLSSQRKDLEKGQRKDLGRH
       ..    .: .   . :   .:.  .  . ::  :   .:. :      .:.  ... :: 
CCDS73 QGTVIYNVENDSMSQS---SRDTGHLTDSECNQKHTSKKGSL------IER--KRSSGRV
      420       430          440       450             460         

        480       490       500       510       520       530      
pF1KE1 RDLVDEDLSHFQSGSPPAPNGFKQHGNPHLYHSQGKGSYKHDRVVPQSRASAQIISSSKS
       :   ::  .   ::     . .:..  :.   . .: : . .:.   ... ...: .  :
CCDS73 RRKGDEPQA---SGYHSEGETLKEKQAPR---NASKPSSSTNRLRDFKETVSNMIHNRPS
       470          480       490          500       510       520 

        540       550       560                570       580       
pF1KE1 QILAPGEKITGKVKSDNGTGYDTDSSQD----SRD-----RGNSCDSSSKSRNRG-WKPM
         ::   .. .. .. .:   :    .     :::      ..   :::.:. :  :.: 
CCDS73 --LASQTNVGSHCRGRGGDQPDKKPPRTLPLHSRDWEIESTSSESKSSSSSKYRPTWRPK
               530       540       550       560       570         

        590       600       610       620       630       640      
pF1KE1 RETLNVDSIFSESEKRQHSPRHKPNISNKPKSSKDPSFSNWPKENPKQKGLMTIYEDEMK
       ::.::.:::::. .::.:    .  .:   ..:    . . :.. :.          ..:
CCDS73 RESLNIDSIFSK-DKRKHCGYTQ--LSPFSEDSAKEFIPDEPSKPPSY---------DIK
     580       590        600         610       620                

        650       660       670       680       690       700      
pF1KE1 QEIGSRSSLESNGKGAEKNKGLVEGKVHGDNWQMQRTESGYESSDHISNGSTNLDSPVID
         .:. :   .    :. .. :.: . .     .:: :::::::.. :.. ..::. . .
CCDS73 --FGGPSPQYKRWGPARPGSHLLEQHPR----LIQRMESGYESSERNSSSPVSLDAALPE
         630       640       650           660       670       680 

        710       720       730       740          750         760 
pF1KE1 GNGTVMDISGVKETVCFSDQITTSNLNKERGDCTSL---QSQHHLEGFRKE--LRNLEAG
       ....  : :. .     :  .. :  .  ..  .:.   .:   . :. :   . . : .
CCDS73 SSNVYRDPSAKR-----SAGLVPSWRHIPKSHSSSILEVDSTASMGGWTKSQPFSGEEIS
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pF1KE1 YKSH--EFHPESHLQIKNHLIKRSHVHE-DNGKLF-PSSSLQIPKDHNAREHIHQSDEQK
        ::.  :.. :   . ... ..:.. .: . .: : :  :  .  :.   .   .. :..
CCDS73 SKSELDELQEEVARRAQEQELRRKREKELEAAKGFNPHPSRFMDLDELQNQGRSDGFERS
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       :..  :  : : :..:..   .  . . : : .: :.  .  :   :.: :..  :    
CCDS73 LQEA-ESVFEESLHLEQKGDCAAALALCNEAISKLRLALHGASC--STHSRALVDKKLQI
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pF1KE1 PLIQQQNIMDQCYFENSLSTECIIRSASRSDGCQMPKLFCQNLPPPLPPKKYAITSVPQS
        . . ....:.   ..:       .. :. ..:   .    . :    :    .  . : 
CCDS73 SIRKARSLQDRMQQQQS------PQQPSQPSACLPTQAGTLSQPTSEQPIPLQVL-LSQE
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CCDS73 AQLESGMDTEFGASSFFHSPASCHESHSSLSPESSAPQHSSPSRSALKLLTSVEVDNIEP
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