Result of FASTA (ccds) for pF1KB6949
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6949, 211 aa
  1>>>pF1KB6949 211 - 211 aa - 211 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9147+/-0.000794; mu= 15.4973+/- 0.048
 mean_var=59.3690+/-12.013, 0's: 0 Z-trim(107.5): 41  B-trim: 0 in 0/49
 Lambda= 0.166454
 statistics sampled from 9577 (9617) to 9577 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.661), E-opt: 0.2 (0.295), width:  16
 Scan time:  1.750

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS11096.1 CLDN7 gene_id:1366|Hs108|chr17         ( 211) 1414 347.6 3.4e-96
CCDS3295.1 CLDN1 gene_id:9076|Hs108|chr3           ( 211)  925 230.1 7.7e-61
CCDS54081.1 CLDN7 gene_id:1366|Hs108|chr17         ( 145)  864 215.4 1.5e-56
CCDS44125.1 CLDN19 gene_id:149461|Hs108|chr1       ( 211)  841 210.0 9.1e-55
CCDS471.1 CLDN19 gene_id:149461|Hs108|chr1         ( 224)  830 207.3   6e-54
CCDS5560.1 CLDN4 gene_id:1364|Hs108|chr7           ( 209)  714 179.5 1.4e-45
CCDS5559.1 CLDN3 gene_id:1365|Hs108|chr7           ( 220)  710 178.5 2.8e-45
CCDS10487.1 CLDN9 gene_id:9080|Hs108|chr16         ( 217)  700 176.1 1.4e-44
CCDS10488.1 CLDN6 gene_id:9074|Hs108|chr16         ( 220)  685 172.5 1.8e-43
CCDS13763.2 CLDN5 gene_id:7122|Hs108|chr22         ( 303)  663 167.3   9e-42
CCDS13645.1 CLDN14 gene_id:23562|Hs108|chr21       ( 239)  625 158.1 4.1e-39
CCDS13587.1 CLDN8 gene_id:9073|Hs108|chr21         ( 225)  624 157.9 4.7e-39
CCDS53306.1 CLDN19 gene_id:149461|Hs108|chr1       ( 218)  611 154.7 3.9e-38
CCDS13586.1 CLDN17 gene_id:26285|Hs108|chr21       ( 224)  584 148.3 3.6e-36
CCDS14524.1 CLDN2 gene_id:9075|Hs108|chrX          ( 230)  561 142.7 1.7e-34
CCDS5249.1 CLDN20 gene_id:49861|Hs108|chr6         ( 219)  549 139.8 1.2e-33
CCDS5717.1 CLDN15 gene_id:24146|Hs108|chr7         ( 228)  536 136.7 1.1e-32
CCDS9476.1 CLDN10 gene_id:9071|Hs108|chr13         ( 228)  530 135.3 2.9e-32
CCDS9475.1 CLDN10 gene_id:9071|Hs108|chr13         ( 226)  493 126.4 1.4e-29
CCDS54824.1 CLDN24 gene_id:100132463|Hs108|chr4    ( 220)  445 114.9   4e-26
CCDS43286.1 CLDN22 gene_id:53842|Hs108|chr4        ( 220)  438 113.2 1.3e-25
CCDS33862.1 CLDN18 gene_id:51208|Hs108|chr3        ( 261)  388 101.2   6e-22
CCDS3095.1 CLDN18 gene_id:51208|Hs108|chr3         ( 261)  381 99.5 1.9e-21
CCDS44736.1 CLDN25 gene_id:644672|Hs108|chr11      ( 229)  366 95.9 2.1e-20
CCDS3213.1 CLDN11 gene_id:5010|Hs108|chr3          ( 207)  357 93.7 8.7e-20
CCDS3296.1 CLDN16 gene_id:10686|Hs108|chr3         ( 305)  293 78.5 5.1e-15
CCDS55195.1 CLDN23 gene_id:137075|Hs108|chr8       ( 292)  250 68.1 6.3e-12


>>CCDS11096.1 CLDN7 gene_id:1366|Hs108|chr17              (211 aa)
 initn: 1414 init1: 1414 opt: 1414  Z-score: 1840.4  bits: 347.6 E(32554): 3.4e-96
Smith-Waterman score: 1414; 99.5% identity (100.0% similar) in 211 aa overlap (1-211:1-211)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MANSGLQLLGFSMALLGWVGLVACTAIPQWQMSSYAGDNIITAQAMYKGLWMDCVTQSTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MANSGLQLLGFSMALLGWVGLVACTAIPQWQMSSYAGDNIITAQAMYKGLWMDCVTQSTG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 MMSCKMYDSVLALSAALQATRALMVVSLVLGFLAMFVATMGMKCTRCGGDDKVKKARIAM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MMSCKMYDSVLALSAALQATRALMVVSLVLGFLAMFVATMGMKCTRCGGDDKVKKARIAM
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 GGGIIFIVAGLAALVACSWYGHQIVTDFYNPLIPTNIKYEFGPAIFIGWAGSALVILGGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GGGIIFIVAGLAALVACSWYGHQIVTDFYNPLIPTNIKYEFGPAIFIGWAGSALVILGGA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210 
pF1KB6 LLSCSCPGNESKAGYRAPRSYPKSNSSKEYV
       ::::::::::::::::.::::::::::::::
CCDS11 LLSCSCPGNESKAGYRVPRSYPKSNSSKEYV
              190       200       210 

>>CCDS3295.1 CLDN1 gene_id:9076|Hs108|chr3                (211 aa)
 initn: 911 init1: 911 opt: 925  Z-score: 1205.8  bits: 230.1 E(32554): 7.7e-61
Smith-Waterman score: 925; 60.6% identity (86.4% similar) in 213 aa overlap (1-211:1-211)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MANSGLQLLGFSMALLGWVGLVACTAIPQWQMSSYAGDNIITAQAMYKGLWMDCVTQSTG
       :::.::::::: .:.:::.: .. ::.:::.. :::::::.::::::.::::.::.::::
CCDS32 MANAGLQLLGFILAFLGWIGAIVSTALPQWRIYSYAGDNIVTAQAMYEGLWMSCVSQSTG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 MMSCKMYDSVLALSAALQATRALMVVSLVLGFLAMFVATMGMKCTRCGGDDKVKKARIAM
       ...::..::.: ::..::::::::::...:: .:.::::.:::: .:  ::.:.: :.:.
CCDS32 QIQCKVFDSLLNLSSTLQATRALMVVGILLGVIAIFVATVGMKCMKCLEDDEVQKMRMAV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 GGGIIFIVAGLAALVACSWYGHQIVTDFYNPLIPTNIKYEFGPAIFIGWAGSALVILGGA
        :: ::..:::: ::: .:::..:: .::.:. :.: .:::: :.: :::...: .::::
CCDS32 IGGAIFLLAGLAILVATAWYGNRIVQEFYDPMTPVNARYEFGQALFTGWAAASLCLLGGA
              130       140       150       160       170       180

              190       200         210 
pF1KB6 LLSCSCPGNESKAGYRAPRSYPKS--NSSKEYV
       :: ::::  .. ..: .:: :::   .:.:.::
CCDS32 LLCCSCP--RKTTSYPTPRPYPKPAPSSGKDYV
                190       200       210 

>>CCDS54081.1 CLDN7 gene_id:1366|Hs108|chr17              (145 aa)
 initn: 878 init1: 864 opt: 864  Z-score: 1129.0  bits: 215.4 E(32554): 1.5e-56
Smith-Waterman score: 864; 98.5% identity (100.0% similar) in 132 aa overlap (1-132:1-132)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MANSGLQLLGFSMALLGWVGLVACTAIPQWQMSSYAGDNIITAQAMYKGLWMDCVTQSTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MANSGLQLLGFSMALLGWVGLVACTAIPQWQMSSYAGDNIITAQAMYKGLWMDCVTQSTG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 MMSCKMYDSVLALSAALQATRALMVVSLVLGFLAMFVATMGMKCTRCGGDDKVKKARIAM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MMSCKMYDSVLALSAALQATRALMVVSLVLGFLAMFVATMGMKCTRCGGDDKVKKARIAM
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 GGGIIFIVAGLAALVACSWYGHQIVTDFYNPLIPTNIKYEFGPAIFIGWAGSALVILGGA
       ::::::::::..                                                
CCDS54 GGGIIFIVAGMSLALPSLLAGQGLP                                   
              130       140                                        

>>CCDS44125.1 CLDN19 gene_id:149461|Hs108|chr1            (211 aa)
 initn: 841 init1: 841 opt: 841  Z-score: 1096.7  bits: 210.0 E(32554): 9.1e-55
Smith-Waterman score: 841; 53.6% identity (83.4% similar) in 211 aa overlap (1-211:1-211)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MANSGLQLLGFSMALLGWVGLVACTAIPQWQMSSYAGDNIITAQAMYKGLWMDCVTQSTG
       ::::::::::. .:: ::::..: ::.:::..:::::: :::: ..:.::::.:..::::
CCDS44 MANSGLQLLGYFLALGGWVGIIASTALPQWKQSSYAGDAIITAVGLYEGLWMSCASQSTG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 MMSCKMYDSVLALSAALQATRALMVVSLVLGFLAMFVATMGMKCTRCGGDDKVKKARIAM
       ...::.:::.:::.. .:..::::::...:::.:: ....:::::: : .. . :.:.:.
CCDS44 QVQCKLYDSLLALDGHIQSARALMVVAVLLGFVAMVLSVVGMKCTRVGDSNPIAKGRVAI
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 GGGIIFIVAGLAALVACSWYGHQIVTDFYNPLIPTNIKYEFGPAIFIGWAGSALVILGGA
       .:: .::.::: .:.: :::.  .. .:.::  :.: .::::::.:.:::...:..:::.
CCDS44 AGGALFILAGLCTLTAVSWYATLVTQEFFNPSTPVNARYEFGPALFVGWASAGLAVLGGS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210 
pF1KB6 LLSCSCPGNESKAGYRAPRSYPKSNSSKEYV
       .: :.::  :   .   :     : ...:::
CCDS44 FLCCTCPEPERPNSSPQPYRPGPSAAAREYV
              190       200       210 

>>CCDS471.1 CLDN19 gene_id:149461|Hs108|chr1              (224 aa)
 initn: 819 init1: 819 opt: 830  Z-score: 1082.1  bits: 207.3 E(32554): 6e-54
Smith-Waterman score: 830; 53.1% identity (82.9% similar) in 211 aa overlap (1-211:1-211)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MANSGLQLLGFSMALLGWVGLVACTAIPQWQMSSYAGDNIITAQAMYKGLWMDCVTQSTG
       ::::::::::. .:: ::::..: ::.:::..:::::: :::: ..:.::::.:..::::
CCDS47 MANSGLQLLGYFLALGGWVGIIASTALPQWKQSSYAGDAIITAVGLYEGLWMSCASQSTG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 MMSCKMYDSVLALSAALQATRALMVVSLVLGFLAMFVATMGMKCTRCGGDDKVKKARIAM
       ...::.:::.:::.. .:..::::::...:::.:: ....:::::: : .. . :.:.:.
CCDS47 QVQCKLYDSLLALDGHIQSARALMVVAVLLGFVAMVLSVVGMKCTRVGDSNPIAKGRVAI
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 GGGIIFIVAGLAALVACSWYGHQIVTDFYNPLIPTNIKYEFGPAIFIGWAGSALVILGGA
       .:: .::.::: .:.: :::.  .. .:.::  :.: .::::::.:.:::...:..:::.
CCDS47 AGGALFILAGLCTLTAVSWYATLVTQEFFNPSTPVNARYEFGPALFVGWASAGLAVLGGS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210              
pF1KB6 LLSCSCPGNESKAGYRAPRSYPKSNSSKEYV             
       .: :.::  :   .   :     : ...: :             
CCDS47 FLCCTCPEPERPNSSPQPYRPGPSAAAREPVVKLPASAKGPLGV
              190       200       210       220    

>>CCDS5560.1 CLDN4 gene_id:1364|Hs108|chr7                (209 aa)
 initn: 744 init1: 438 opt: 714  Z-score: 932.0  bits: 179.5 E(32554): 1.4e-45
Smith-Waterman score: 714; 44.1% identity (82.0% similar) in 211 aa overlap (1-211:1-209)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MANSGLQLLGFSMALLGWVGLVACTAIPQWQMSSYAGDNIITAQAMYKGLWMDCVTQSTG
       ::. :::..:...:.:::.... : :.:.:..... :.::.:.:....::::.::.::::
CCDS55 MASMGLQVMGIALAVLGWLAVMLCCALPMWRVTAFIGSNIVTSQTIWEGLWMNCVVQSTG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 MMSCKMYDSVLALSAALQATRALMVVSLVLGFLAMFVATMGMKCTRCGGDDKVKKARIAM
       .:.::.:::.:::   :::.:::...:.... :.......: ::: :  .:.  ::.  .
CCDS55 QMQCKVYDSLLALPQDLQAARALVIISIIVAALGVLLSVVGGKCTNCL-EDESAKAKTMI
               70        80        90       100        110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 GGGIIFIVAGLAALVACSWYGHQIVTDFYNPLIPTNIKYEFGPAIFIGWAGSALVILGGA
        .:..:..::: ..:  :: .:.:. ::::::. .. : :.: ....:::.:.:..:::.
CCDS55 VAGVVFLLAGLMVIVPVSWTAHNIIQDFYNPLVASGQKREMGASLYVGWAASGLLLLGGG
     120       130       140       150       160       170         

              190       200       210 
pF1KB6 LLSCSCPGNESKAGYRAPRSYPKSNSSKEYV
       :: :.::   .:  : :  :  .: ....::
CCDS55 LLCCNCPPRTDKP-YSAKYSAARSAAASNYV
     180       190        200         

>>CCDS5559.1 CLDN3 gene_id:1365|Hs108|chr7                (220 aa)
 initn: 726 init1: 430 opt: 710  Z-score: 926.5  bits: 178.5 E(32554): 2.8e-45
Smith-Waterman score: 710; 48.8% identity (80.1% similar) in 201 aa overlap (5-200:4-203)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MANSGLQLLGFSMALLGWVGLVACTAIPQWQMSSYAGDNIITAQAMYKGLWMDCVTQSTG
           ::.. : ..:.:::.: ..: :.:.:..:.. :.::::.: ...::::.::.::::
CCDS55  MSMGLEITGTALAVLGWLGTIVCCALPMWRVSAFIGSNIITSQNIWEGLWMNCVVQSTG
                10        20        30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 MMSCKMYDSVLALSAALQATRALMVVSLVLGFLAMFVATMGMKCTRCGGDDKVKKARIAM
       .:.::.:::.:::   :::.:::.::...:. ....:: .: .:: :  :: .: :.:..
CCDS55 QMQCKVYDSLLALPQDLQAARALIVVAILLAAFGLLVALVGAQCTNCVQDDTAK-AKITI
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 GGGIIFIVAGLAALVACSWYGHQIVTDFYNPLIPTNIKYEFGPAIFIGWAGSALVILGGA
        .:..:..:.: .::  :: .. :. :::::..:   : :.: ....:::..:: .::::
CCDS55 VAGVLFLLAALLTLVPVSWSANTIIRDFYNPVVPEAQKREMGAGLYVGWAAAALQLLGGA
      120       130       140       150       160       170        

              190            200       210       
pF1KB6 LLSCSCPGNE-----SKAGYRAPRSYPKSNSSKEYV      
       :: ::::  :     .:. : ::::                 
CCDS55 LLCCSCPPREKKYTATKVVYSAPRSTGPGASLGTGYDRKDYV
      180       190       200       210       220

>>CCDS10487.1 CLDN9 gene_id:9080|Hs108|chr16              (217 aa)
 initn: 443 init1: 443 opt: 700  Z-score: 913.6  bits: 176.1 E(32554): 1.4e-44
Smith-Waterman score: 700; 45.2% identity (79.0% similar) in 219 aa overlap (1-211:1-217)

               10        20         30        40        50         
pF1KB6 MANSGLQLLGFSMALLGWVG-LVACTAIPQWQMSSYAGDNIITAQAMYKGLWMDCVTQST
       ::..::.:::...:.:::.: ::.: :.: :..... :..:..::....::::.::.:::
CCDS10 MASTGLELLGMTLAVLGWLGTLVSC-ALPLWKVTAFIGNSIVVAQVVWEGLWMSCVVQST
               10        20         30        40        50         

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB6 GMMSCKMYDSVLALSAALQATRALMVVSLVLGFLAMFVATMGMKCTRCGGDDKVKKARIA
       :.:.::.:::.:::   :::.::: :..:.:..:...::  : .:: :  .:.  ::::.
CCDS10 GQMQCKVYDSLLALPQDLQAARALCVIALLLALLGLLVAITGAQCTTCV-EDEGAKARIV
      60        70        80        90       100        110        

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB6 MGGGIIFIVAGLAALVACSWYGHQIVTDFYNPLIPTNIKYEFGPAIFIGWAGSALVILGG
       . .:.:...::. .:.   : .: :. ::::::.   .: :.: ....:::..::..:::
CCDS10 LTAGVILLLAGILVLIPVCWTAHAIIQDFYNPLVAEALKRELGASLYLGWAAAALLMLGG
      120       130       140       150       160       170        

     180       190              200       210 
pF1KB6 ALLSCSCPGNE------SKAGYRAP-RSYPKSNSSKEYV
       .:: :.::  .       . ::  : ::  .. ....::
CCDS10 GLLCCTCPPPQVERPRGPRLGYSIPSRSGASGLDKRDYV
      180       190       200       210       

>>CCDS10488.1 CLDN6 gene_id:9074|Hs108|chr16              (220 aa)
 initn: 676 init1: 407 opt: 685  Z-score: 894.0  bits: 172.5 E(32554): 1.8e-43
Smith-Waterman score: 685; 44.9% identity (78.7% similar) in 216 aa overlap (1-210:1-214)

               10         20        30        40        50         
pF1KB6 MANSGLQLLGFSMALLGWV-GLVACTAIPQWQMSSYAGDNIITAQAMYKGLWMDCVTQST
       ::..:.:.::  ..::::: :::.: :.:.:..... :..:..::....::::.::.:::
CCDS10 MASAGMQILGVVLTLLGWVNGLVSC-ALPMWKVTAFIGNSIVVAQVVWEGLWMSCVVQST
               10        20         30        40        50         

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB6 GMMSCKMYDSVLALSAALQATRALMVVSLVLGFLAMFVATMGMKCTRCGGDDKVKKARIA
       :.:.::.:::.:::   :::.::: :..:........:   : ::: :  ..: .:::..
CCDS10 GQMQCKVYDSLLALPQDLQAARALCVIALLVALFGLLVYLAGAKCTTCV-EEKDSKARLV
      60        70        80        90       100        110        

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB6 MGGGIIFIVAGLAALVACSWYGHQIVTDFYNPLIPTNIKYEFGPAIFIGWAGSALVILGG
       . .::.:...:. .:.   : .: :. ::::::.    : :.: ....:::.:.:..:::
CCDS10 LTSGIVFVISGVLTLIPVCWTAHAIIRDFYNPLVAEAQKRELGASLYLGWAASGLLLLGG
      120       130       140       150       160       170        

     180         190         200        210      
pF1KB6 ALLSCSCP--GNESKAGY--RAPRSYPK-SNSSKEYV     
       .:: :.::  :... . :  :   : :  : . .::      
CCDS10 GLLCCTCPSGGSQGPSHYMARYSTSAPAISRGPSEYPTKNYV
      180       190       200       210       220

>>CCDS13763.2 CLDN5 gene_id:7122|Hs108|chr22              (303 aa)
 initn: 663 init1: 412 opt: 663  Z-score: 863.4  bits: 167.3 E(32554): 9e-42
Smith-Waterman score: 663; 43.8% identity (74.9% similar) in 219 aa overlap (1-211:86-303)

                                             10        20        30
pF1KB6                               MANSGLQLLGFSMALLGWVGLVACTAIPQW
                                     :....:..::. . :.:: ::.   ..:.:
CCDS13 GAKAPGPAQGAAQHGLGGSAGLRVRVSPLAMGSAALEILGLVLCLVGWGGLILACGLPMW
          60        70        80        90       100       110     

               40        50        60        70        80        90
pF1KB6 QMSSYAGDNIITAQAMYKGLWMDCVTQSTGMMSCKMYDSVLALSAALQATRALMVVSLVL
       :....   ::.:::. .:::::.::.:::: :.::.::::::::. .::.::: : ...:
CCDS13 QVTAFLDHNIVTAQTTWKGLWMSCVVQSTGHMQCKVYDSVLALSTEVQAARALTVSAVLL
         120       130       140       150       160       170     

              100       110       120       130       140       150
pF1KB6 GFLAMFVATMGMKCTRCGGDDKVKKARIAMGGGIIFIVAGLAALVACSWYGHQIVTDFYN
       .:.:.::.  : .:: : .   .: ::.:. ::....  :: :::   :... .: .::.
CCDS13 AFVALFVTLAGAQCTTCVAPGPAK-ARVALTGGVLYLFCGLLALVPLCWFANIVVREFYD
         180       190        200       210       220       230    

              160       170       180          190          200    
pF1KB6 PLIPTNIKYEFGPAIFIGWAGSALVILGGALLSCS---CPGNES---KAGYRAPRSYPKS
       : .:.. :::.: :..::::..::...:: :: :.   : :  .    . : :::    .
CCDS13 PSVPVSQKYELGAALYIGWAATALLMVGGCLLCCGAWVCTGRPDLSFPVKYSAPRRPTAT
          240       250       260       270       280       290    

            210 
pF1KB6 NS--SKEYV
       ..  .:.::
CCDS13 GDYDKKNYV
          300   




211 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Fri Nov  4 11:30:50 2016 done: Fri Nov  4 11:30:51 2016
 Total Scan time:  1.750 Total Display time: -0.010

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com