Result of FASTA (ccds) for pF1KE3637
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE3637, 518 aa
  1>>>pF1KE3637 518 - 518 aa - 518 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5402+/-0.000936; mu= 9.2535+/- 0.057
 mean_var=148.5123+/-28.618, 0's: 0 Z-trim(111.2): 121  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.105243
 statistics sampled from 12108 (12230) to 12108 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.73), E-opt: 0.2 (0.376), width:  16
 Scan time:  3.120

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS1004.1 RORC gene_id:6097|Hs108|chr1            ( 518) 3535 548.4 6.9e-156
CCDS30856.1 RORC gene_id:6097|Hs108|chr1           ( 497) 3382 525.2 6.6e-149
CCDS45271.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 468)  950 155.9 9.1e-38
CCDS10177.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 523)  950 156.0 9.9e-38
CCDS10178.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 548)  950 156.0   1e-37
CCDS10179.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 556)  950 156.0   1e-37
CCDS6646.1 RORB gene_id:6096|Hs108|chr9            ( 459)  877 144.8 1.9e-34
CCDS11361.1 NR1D1 gene_id:9572|Hs108|chr17         ( 614)  434 77.7 4.3e-14
CCDS33718.1 NR1D2 gene_id:9975|Hs108|chr3          ( 579)  421 75.7 1.6e-13
CCDS41790.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 443)  410 73.9 4.2e-13
CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12           ( 454)  410 73.9 4.3e-13
CCDS58236.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 382)  403 72.8 7.7e-13
CCDS2610.2 PPARG gene_id:5468|Hs108|chr3           ( 477)  403 72.9 9.2e-13
CCDS2609.1 PPARG gene_id:5468|Hs108|chr3           ( 505)  403 72.9 9.7e-13
CCDS2642.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3            ( 448)  398 72.1 1.5e-12
CCDS4768.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6            ( 533)  393 71.4 2.9e-12
CCDS59007.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6           ( 537)  393 71.4 2.9e-12
CCDS35172.1 RXRA gene_id:6256|Hs108|chr9           ( 462)  391 71.1 3.2e-12
CCDS9051.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12          ( 603)  393 71.4 3.2e-12
CCDS10375.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15         ( 414)  389 70.7 3.6e-12
CCDS42317.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 457)  388 70.6 4.3e-12
CCDS11366.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 462)  388 70.6 4.4e-12
CCDS4068.1 NR2F1 gene_id:7025|Hs108|chr5           ( 423)  386 70.3   5e-12
CCDS6744.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9           ( 443)  386 70.3 5.2e-12
CCDS33669.1 PPARA gene_id:5465|Hs108|chr22         ( 468)  384 70.0 6.7e-12
CCDS6743.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9           ( 626)  386 70.4 6.9e-12
CCDS6742.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9           ( 637)  386 70.4   7e-12
CCDS4804.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6           ( 361)  377 68.9 1.1e-11
CCDS54994.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6          ( 402)  377 68.9 1.2e-11
CCDS4803.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6           ( 441)  377 68.9 1.3e-11
CCDS72970.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1           ( 340)  375 68.5 1.3e-11
CCDS6856.1 NR5A1 gene_id:2516|Hs108|chr9           ( 461)  377 68.9 1.4e-11
CCDS5063.1 NR2E1 gene_id:7101|Hs108|chr6           ( 385)  375 68.6 1.5e-11
CCDS41821.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12         ( 467)  376 68.8 1.6e-11
CCDS44953.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12         ( 483)  376 68.8 1.6e-11
CCDS1248.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1            ( 463)  375 68.6 1.7e-11
CCDS74905.1 NR2C2 gene_id:7182|Hs108|chr3          ( 596)  372 68.2 2.9e-11
CCDS2621.1 NR2C2 gene_id:7182|Hs108|chr3           ( 615)  372 68.3   3e-11
CCDS55340.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9          ( 475)  369 67.7 3.3e-11
CCDS65127.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9          ( 476)  369 67.7 3.3e-11
CCDS60383.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1          ( 469)  368 67.6 3.6e-11
CCDS1400.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1           ( 495)  368 67.6 3.8e-11
CCDS1401.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1           ( 541)  368 67.6 4.1e-11
CCDS69165.1 NR2E1 gene_id:7101|Hs108|chr6          ( 422)  366 67.2 4.1e-11
CCDS35137.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9          ( 480)  363 66.8 6.3e-11
CCDS12352.1 NR2F6 gene_id:2063|Hs108|chr19         ( 404)  361 66.5 6.7e-11


>>CCDS1004.1 RORC gene_id:6097|Hs108|chr1                 (518 aa)
 initn: 3535 init1: 3535 opt: 3535  Z-score: 2912.1  bits: 548.4 E(32554): 6.9e-156
Smith-Waterman score: 3535; 100.0% identity (100.0% similar) in 518 aa overlap (1-518:1-518)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE3 MDRAPQRQHRASRELLAAKKTHTSQIEVIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGCKGFFRRSQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MDRAPQRQHRASRELLAAKKTHTSQIEVIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGCKGFFRRSQR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE3 CNAAYSCTRQQNCPIDRTSRNRCQHCRLQKCLALGMSRDAVKFGRMSKKQRDSLHAEVQK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 CNAAYSCTRQQNCPIDRTSRNRCQHCRLQKCLALGMSRDAVKFGRMSKKQRDSLHAEVQK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE3 QLQQRQQQQQEPVVKTPPAGAQGADTLTYTLGLPDGQLPLGSSPDLPEASACPPGLLKAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 QLQQRQQQQQEPVVKTPPAGAQGADTLTYTLGLPDGQLPLGSSPDLPEASACPPGLLKAS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE3 GSGPSYSNNLAKAGLNGASCHLEYSPERGKAEGRESFYSTGSQLTPDRCGLRFEEHRHPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GSGPSYSNNLAKAGLNGASCHLEYSPERGKAEGRESFYSTGSQLTPDRCGLRFEEHRHPG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE3 LGELGQGPDSYGSPSFRSTPEAPYASLTEIEHLVQSVCKSYRETCQLRLEDLLRQRSNIF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LGELGQGPDSYGSPSFRSTPEAPYASLTEIEHLVQSVCKSYRETCQLRLEDLLRQRSNIF
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE3 SREEVTGYQRKSMWEMWERCAHHLTEAIQYVVEFAKRLSGFMELCQNDQIVLLKAGAMEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SREEVTGYQRKSMWEMWERCAHHLTEAIQYVVEFAKRLSGFMELCQNDQIVLLKAGAMEV
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE3 VLVRMCRAYNADNRTVFFEGKYGGMELFRALGCSELISSIFDFSHSLSALHFSEDEIALY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VLVRMCRAYNADNRTVFFEGKYGGMELFRALGCSELISSIFDFSHSLSALHFSEDEIALY
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE3 TALVLINAHRPGLQEKRKVEQLQYNLELAFHHHLCKTHRQSILAKLPPKGKLRSLCSQHV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TALVLINAHRPGLQEKRKVEQLQYNLELAFHHHLCKTHRQSILAKLPPKGKLRSLCSQHV
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510        
pF1KE3 ERLQIFQHLHPIVVQAAFPPLYKELFSTETESPVGLSK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ERLQIFQHLHPIVVQAAFPPLYKELFSTETESPVGLSK
              490       500       510        

>>CCDS30856.1 RORC gene_id:6097|Hs108|chr1                (497 aa)
 initn: 3382 init1: 3382 opt: 3382  Z-score: 2786.8  bits: 525.2 E(32554): 6.6e-149
Smith-Waterman score: 3382; 99.8% identity (100.0% similar) in 495 aa overlap (24-518:3-497)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE3 MDRAPQRQHRASRELLAAKKTHTSQIEVIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGCKGFFRRSQR
                              .::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30                      MRTQIEVIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGCKGFFRRSQR
                                    10        20        30         

               70        80        90       100       110       120
pF1KE3 CNAAYSCTRQQNCPIDRTSRNRCQHCRLQKCLALGMSRDAVKFGRMSKKQRDSLHAEVQK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 CNAAYSCTRQQNCPIDRTSRNRCQHCRLQKCLALGMSRDAVKFGRMSKKQRDSLHAEVQK
      40        50        60        70        80        90         

              130       140       150       160       170       180
pF1KE3 QLQQRQQQQQEPVVKTPPAGAQGADTLTYTLGLPDGQLPLGSSPDLPEASACPPGLLKAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 QLQQRQQQQQEPVVKTPPAGAQGADTLTYTLGLPDGQLPLGSSPDLPEASACPPGLLKAS
     100       110       120       130       140       150         

              190       200       210       220       230       240
pF1KE3 GSGPSYSNNLAKAGLNGASCHLEYSPERGKAEGRESFYSTGSQLTPDRCGLRFEEHRHPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 GSGPSYSNNLAKAGLNGASCHLEYSPERGKAEGRESFYSTGSQLTPDRCGLRFEEHRHPG
     160       170       180       190       200       210         

              250       260       270       280       290       300
pF1KE3 LGELGQGPDSYGSPSFRSTPEAPYASLTEIEHLVQSVCKSYRETCQLRLEDLLRQRSNIF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 LGELGQGPDSYGSPSFRSTPEAPYASLTEIEHLVQSVCKSYRETCQLRLEDLLRQRSNIF
     220       230       240       250       260       270         

              310       320       330       340       350       360
pF1KE3 SREEVTGYQRKSMWEMWERCAHHLTEAIQYVVEFAKRLSGFMELCQNDQIVLLKAGAMEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 SREEVTGYQRKSMWEMWERCAHHLTEAIQYVVEFAKRLSGFMELCQNDQIVLLKAGAMEV
     280       290       300       310       320       330         

              370       380       390       400       410       420
pF1KE3 VLVRMCRAYNADNRTVFFEGKYGGMELFRALGCSELISSIFDFSHSLSALHFSEDEIALY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 VLVRMCRAYNADNRTVFFEGKYGGMELFRALGCSELISSIFDFSHSLSALHFSEDEIALY
     340       350       360       370       380       390         

              430       440       450       460       470       480
pF1KE3 TALVLINAHRPGLQEKRKVEQLQYNLELAFHHHLCKTHRQSILAKLPPKGKLRSLCSQHV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 TALVLINAHRPGLQEKRKVEQLQYNLELAFHHHLCKTHRQSILAKLPPKGKLRSLCSQHV
     400       410       420       430       440       450         

              490       500       510        
pF1KE3 ERLQIFQHLHPIVVQAAFPPLYKELFSTETESPVGLSK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 ERLQIFQHLHPIVVQAAFPPLYKELFSTETESPVGLSK
     460       470       480       490       

>>CCDS45271.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15               (468 aa)
 initn: 1625 init1: 785 opt: 950  Z-score: 791.5  bits: 155.9 E(32554): 9.1e-38
Smith-Waterman score: 1531; 49.3% identity (72.5% similar) in 499 aa overlap (15-511:5-461)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE3 MDRAPQRQHRASRELLAAKKTHTSQIEVIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGCKGFFRRSQR
                     ..:: :   .:::.:::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS45           MMYFVIAAMK---AQIEIIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGCKGFFRRSQQ
                         10           20        30        40       

               70        80        90       100       110       120
pF1KE3 CNAAYSCTRQQNCPIDRTSRNRCQHCRLQKCLALGMSRDAVKFGRMSKKQRDSLHAEVQK
        ::.::: ::.:: :::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::.:::::
CCDS45 SNATYSCPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGRMSKKQRDSLYAEVQK
        50        60        70        80        90       100       

              130       140       150       160       170       180
pF1KE3 QLQQRQQQQQEPVVKTPPAGAQGADTLTYTLGLPDGQLPLGSSPDLPEASACPPGLLKAS
       . .:.::....                         : :  . :  :  .    :: .  
CCDS45 HRMQQQQRDHQ-------------------------QQPGEAEPLTPTYNISANGLTELH
       110                                120       130       140  

              190       200       210       220       230       240
pF1KE3 GSGPSYSNNLAKAGLNGASCHLEYSPERGKAEGRESFYSTGSQLTPDRCGLRFEEHRHPG
        .  .:        ..:      ..:: .::..  : .    : .::. :: ..  .   
CCDS45 DDLSNY--------IDG------HTPEGSKADSAVSSFYLDIQPSPDQSGLDINGIKPEP
                    150             160       170       180        

              250       260       270       280       290       300
pF1KE3 LGELGQGPDSYGSPSFRSTPEAPYASLTEIEHLVQSVCKSYRETCQLRLEDLLRQRSNIF
       . .   .   .   :: .   .: .:..:.:::.:.. ::. ::::   :.: .   . :
CCDS45 ICDYTPASGFFPYCSFTNGETSPTVSMAELEHLAQNISKSHLETCQYLREELQQITWQTF
      190       200       210       220       230       240        

              310       320       330       340       350       360
pF1KE3 SREEVTGYQRKSMWEMWERCAHHLTEAIQYVVEFAKRLSGFMELCQNDQIVLLKAGAMEV
        .::. .:: :.   ::. :: ..:::::::::::::..:::::::::::::::::..::
CCDS45 LQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKITEAIQYVVEFAKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEV
      250       260       270       280       290       300        

              370       380       390       400       410       420
pF1KE3 VLVRMCRAYNADNRTVFFEGKYGGMELFRALGCSELISSIFDFSHSLSALHFSEDEIALY
       :..:::::....: ::.:.:::.. ..:..::: ..:: .:.:..:: ..:..::::::.
CCDS45 VFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYASPDVFKSLGCEDFISFVFEFGKSLCSMHLTEDEIALF
      310       320       330       340       350       360        

              430       440       450       460         470        
pF1KE3 TALVLINAHRPGLQEKRKVEQLQYNLELAFHHHLCKTHRQS-ILAKLPPK-GKLRSLCSQ
       .:.::..: :  :::: :.:.:: ...::..: : :.::.. ::.::  : . ::.::..
CCDS45 SAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQKIQLALQHVLQKNHREDGILTKLICKVSTLRALCGR
      370       380       390       400       410       420        

      480       490       500       510        
pF1KE3 HVERLQIFQHLHPIVVQAAFPPLYKELFSTETESPVGLSK
       :.:.:. :. ..: .:.  :::::::::..: :       
CCDS45 HTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLYKELFTSEFEPAMQIDG
      430       440       450       460        

>>CCDS10177.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15               (523 aa)
 initn: 1672 init1: 785 opt: 950  Z-score: 790.9  bits: 156.0 E(32554): 9.9e-38
Smith-Waterman score: 1578; 49.5% identity (72.7% similar) in 513 aa overlap (4-511:43-516)

                                          10           20        30
pF1KE3                            MDRAPQRQHR---ASRELLAAKKTHTSQIEVIP
                                     :: :..    .:: . ..:::::::::.::
CCDS10 SEPGSSGADAAAGSRETPLNQESARKSEPPAPVRRQSYSSTSRGISVTKKTHTSQIEIIP
             20        30        40        50        60        70  

               40        50        60        70        80        90
pF1KE3 CKICGDKSSGIHYGVITCEGCKGFFRRSQRCNAAYSCTRQQNCPIDRTSRNRCQHCRLQK
       :::::::::::::::::::::::::::::. ::.::: ::.:: ::::::::::::::::
CCDS10 CKICGDKSSGIHYGVITCEGCKGFFRRSQQSNATYSCPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQK
             80        90       100       110       120       130  

              100       110       120       130       140       150
pF1KE3 CLALGMSRDAVKFGRMSKKQRDSLHAEVQKQLQQRQQQQQEPVVKTPPAGAQGADTLTYT
       :::.::::::::::::::::::::.:::::. .:.::....                   
CCDS10 CLAVGMSRDAVKFGRMSKKQRDSLYAEVQKHRMQQQQRDHQ-------------------
            140       150       160       170                      

              160       170       180       190       200       210
pF1KE3 LGLPDGQLPLGSSPDLPEASACPPGLLKASGSGPSYSNNLAKAGLNGASCHLEYSPERGK
             : :  . :  :  .    :: .   .  .:        ..:      ..:: .:
CCDS10 ------QQPGEAEPLTPTYNISANGLTELHDDLSNY--------IDG------HTPEGSK
                 180       190       200                     210   

              220       230       240       250       260       270
pF1KE3 AEGRESFYSTGSQLTPDRCGLRFEEHRHPGLGELGQGPDSYGSPSFRSTPEAPYASLTEI
       :..  : .    : .::. :: ..  .   . .   .   .   :: .   .: .:..:.
CCDS10 ADSAVSSFYLDIQPSPDQSGLDINGIKPEPICDYTPASGFFPYCSFTNGETSPTVSMAEL
           220       230       240       250       260       270   

              280       290       300       310       320       330
pF1KE3 EHLVQSVCKSYRETCQLRLEDLLRQRSNIFSREEVTGYQRKSMWEMWERCAHHLTEAIQY
       :::.:.. ::. ::::   :.: .   . : .::. .:: :.   ::. :: ..::::::
CCDS10 EHLAQNISKSHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKITEAIQY
           280       290       300       310       320       330   

              340       350       360       370       380       390
pF1KE3 VVEFAKRLSGFMELCQNDQIVLLKAGAMEVVLVRMCRAYNADNRTVFFEGKYGGMELFRA
       :::::::..:::::::::::::::::..:::..:::::....: ::.:.:::.. ..:..
CCDS10 VVEFAKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYASPDVFKS
           340       350       360       370       380       390   

              400       410       420       430       440       450
pF1KE3 LGCSELISSIFDFSHSLSALHFSEDEIALYTALVLINAHRPGLQEKRKVEQLQYNLELAF
       ::: ..:: .:.:..:: ..:..::::::..:.::..: :  :::: :.:.:: ...::.
CCDS10 LGCEDFISFVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQKIQLAL
           400       410       420       430       440       450   

              460         470       480       490       500        
pF1KE3 HHHLCKTHRQS-ILAKLPPK-GKLRSLCSQHVERLQIFQHLHPIVVQAAFPPLYKELFST
       .: : :.::.. ::.::  : . ::.::..:.:.:. :. ..: .:.  :::::::::..
CCDS10 QHVLQKNHREDGILTKLICKVSTLRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLYKELFTS
           460       470       480       490       500       510   

      510        
pF1KE3 ETESPVGLSK
       : :       
CCDS10 EFEPAMQIDG
           520   

>>CCDS10178.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15               (548 aa)
 initn: 1625 init1: 785 opt: 950  Z-score: 790.6  bits: 156.0 E(32554): 1e-37
Smith-Waterman score: 1530; 49.6% identity (72.9% similar) in 490 aa overlap (24-511:91-541)

                      10        20        30        40        50   
pF1KE3        MDRAPQRQHRASRELLAAKKTHTSQIEVIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGCKG
                                     .:::.:::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LEHINWDGATAKNFINLREFFSFLLPALRKAQIEIIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGCKG
               70        80        90       100       110       120

            60        70        80        90       100       110   
pF1KE3 FFRRSQRCNAAYSCTRQQNCPIDRTSRNRCQHCRLQKCLALGMSRDAVKFGRMSKKQRDS
       ::::::. ::.::: ::.:: :::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::
CCDS10 FFRRSQQSNATYSCPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGRMSKKQRDS
              130       140       150       160       170       180

           120       130       140       150       160       170   
pF1KE3 LHAEVQKQLQQRQQQQQEPVVKTPPAGAQGADTLTYTLGLPDGQLPLGSSPDLPEASACP
       :.:::::. .:.::....                         : :  . :  :  .   
CCDS10 LYAEVQKHRMQQQQRDHQ-------------------------QQPGEAEPLTPTYNISA
              190                                200       210     

           180       190       200       210       220       230   
pF1KE3 PGLLKASGSGPSYSNNLAKAGLNGASCHLEYSPERGKAEGRESFYSTGSQLTPDRCGLRF
        :: .   .  .:        ..:      ..:: .::..  : .    : .::. :: .
CCDS10 NGLTELHDDLSNY--------IDG------HTPEGSKADSAVSSFYLDIQPSPDQSGLDI
         220               230             240       250       260 

           240       250       260       270       280       290   
pF1KE3 EEHRHPGLGELGQGPDSYGSPSFRSTPEAPYASLTEIEHLVQSVCKSYRETCQLRLEDLL
       .  .   . .   .   .   :: .   .: .:..:.:::.:.. ::. ::::   :.: 
CCDS10 NGIKPEPICDYTPASGFFPYCSFTNGETSPTVSMAELEHLAQNISKSHLETCQYLREELQ
             270       280       290       300       310       320 

           300       310       320       330       340       350   
pF1KE3 RQRSNIFSREEVTGYQRKSMWEMWERCAHHLTEAIQYVVEFAKRLSGFMELCQNDQIVLL
       .   . : .::. .:: :.   ::. :: ..:::::::::::::..::::::::::::::
CCDS10 QITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKITEAIQYVVEFAKRIDGFMELCQNDQIVLL
             330       340       350       360       370       380 

           360       370       380       390       400       410   
pF1KE3 KAGAMEVVLVRMCRAYNADNRTVFFEGKYGGMELFRALGCSELISSIFDFSHSLSALHFS
       :::..:::..:::::....: ::.:.:::.. ..:..::: ..:: .:.:..:: ..:..
CCDS10 KAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYASPDVFKSLGCEDFISFVFEFGKSLCSMHLT
             390       400       410       420       430       440 

           420       430       440       450       460         470 
pF1KE3 EDEIALYTALVLINAHRPGLQEKRKVEQLQYNLELAFHHHLCKTHRQS-ILAKLPPK-GK
       ::::::..:.::..: :  :::: :.:.:: ...::..: : :.::.. ::.::  : . 
CCDS10 EDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQKIQLALQHVLQKNHREDGILTKLICKVST
             450       460       470       480       490       500 

             480       490       500       510        
pF1KE3 LRSLCSQHVERLQIFQHLHPIVVQAAFPPLYKELFSTETESPVGLSK
       ::.::..:.:.:. :. ..: .:.  :::::::::..: :       
CCDS10 LRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLYKELFTSEFEPAMQIDG
             510       520       530       540        

>>CCDS10179.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15               (556 aa)
 initn: 1625 init1: 785 opt: 950  Z-score: 790.5  bits: 156.0 E(32554): 1e-37
Smith-Waterman score: 1532; 48.1% identity (72.3% similar) in 509 aa overlap (5-511:82-549)

                                         10        20        30    
pF1KE3                           MDRAPQRQHRASRELLAAKKTHTSQIEVIPCKIC
                                     :  ... ..:. ..    ..:::.::::::
CCDS10 ILQILHQCILSSGDAFVLTGVCCSWRQNGKPPYSQKEDKEVQTGY--MNAQIEIIPCKIC
              60        70        80        90         100         

           40        50        60        70        80        90    
pF1KE3 GDKSSGIHYGVITCEGCKGFFRRSQRCNAAYSCTRQQNCPIDRTSRNRCQHCRLQKCLAL
       :::::::::::::::::::::::::. ::.::: ::.:: :::::::::::::::::::.
CCDS10 GDKSSGIHYGVITCEGCKGFFRRSQQSNATYSCPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAV
     110       120       130       140       150       160         

          100       110       120       130       140       150    
pF1KE3 GMSRDAVKFGRMSKKQRDSLHAEVQKQLQQRQQQQQEPVVKTPPAGAQGADTLTYTLGLP
       ::::::::::::::::::::.:::::. .:.::....                       
CCDS10 GMSRDAVKFGRMSKKQRDSLYAEVQKHRMQQQQRDHQ-----------------------
     170       180       190       200                             

          160       170       180       190       200       210    
pF1KE3 DGQLPLGSSPDLPEASACPPGLLKASGSGPSYSNNLAKAGLNGASCHLEYSPERGKAEGR
         : :  . :  :  .    :: .   .  .:        ..:      ..:: .::.. 
CCDS10 --QQPGEAEPLTPTYNISANGLTELHDDLSNY--------IDG------HTPEGSKADSA
          210       220       230                     240       250

          220       230       240       250       260       270    
pF1KE3 ESFYSTGSQLTPDRCGLRFEEHRHPGLGELGQGPDSYGSPSFRSTPEAPYASLTEIEHLV
        : .    : .::. :: ..  .   . .   .   .   :: .   .: .:..:.:::.
CCDS10 VSSFYLDIQPSPDQSGLDINGIKPEPICDYTPASGFFPYCSFTNGETSPTVSMAELEHLA
              260       270       280       290       300       310

          280       290       300       310       320       330    
pF1KE3 QSVCKSYRETCQLRLEDLLRQRSNIFSREEVTGYQRKSMWEMWERCAHHLTEAIQYVVEF
       :.. ::. ::::   :.: .   . : .::. .:: :.   ::. :: ..::::::::::
CCDS10 QNISKSHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKITEAIQYVVEF
              320       330       340       350       360       370

          340       350       360       370       380       390    
pF1KE3 AKRLSGFMELCQNDQIVLLKAGAMEVVLVRMCRAYNADNRTVFFEGKYGGMELFRALGCS
       :::..:::::::::::::::::..:::..:::::....: ::.:.:::.. ..:..::: 
CCDS10 AKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYASPDVFKSLGCE
              380       390       400       410       420       430

          400       410       420       430       440       450    
pF1KE3 ELISSIFDFSHSLSALHFSEDEIALYTALVLINAHRPGLQEKRKVEQLQYNLELAFHHHL
       ..:: .:.:..:: ..:..::::::..:.::..: :  :::: :.:.:: ...::..: :
CCDS10 DFISFVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQKIQLALQHVL
              440       450       460       470       480       490

          460         470       480       490       500       510  
pF1KE3 CKTHRQS-ILAKLPPK-GKLRSLCSQHVERLQIFQHLHPIVVQAAFPPLYKELFSTETES
        :.::.. ::.::  : . ::.::..:.:.:. :. ..: .:.  :::::::::..: : 
CCDS10 QKNHREDGILTKLICKVSTLRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLYKELFTSEFEP
              500       510       520       530       540       550

             
pF1KE3 PVGLSK
             
CCDS10 AMQIDG
             

>>CCDS6646.1 RORB gene_id:6096|Hs108|chr9                 (459 aa)
 initn: 1471 init1: 692 opt: 877  Z-score: 731.8  bits: 144.8 E(32554): 1.9e-34
Smith-Waterman score: 1471; 49.2% identity (72.6% similar) in 492 aa overlap (24-509:3-453)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE3 MDRAPQRQHRASRELLAAKKTHTSQIEVIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGCKGFFRRSQR
                              .:::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS66                      MRAQIEVIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGCKGFFRRSQQ
                                    10        20        30         

               70        80        90       100       110       120
pF1KE3 CNAAYSCTRQQNCPIDRTSRNRCQHCRLQKCLALGMSRDAVKFGRMSKKQRDSLHAEVQK
        ::.::: ::.:: ::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::
CCDS66 NNASYSCPRQRNCLIDRTNRNRCQHCRLQKCLALGMSRDAVKFGRMSKKQRDSLYAEVQK
      40        50        60        70        80        90         

              130       140       150       160       170       180
pF1KE3 QLQQRQQQQQEPVVKTPPAGAQGADTLTYTLGLPDGQLPLGSSPDLPEASACPPGLLKAS
       . :. :.:.:.       .:   : . .:. .. .:   :..               ..:
CCDS66 HQQRLQEQRQQQ------SGEAEALARVYSSSISNGLSNLNN---------------ETS
     100       110             120       130                       

              190       200       210       220        230         
pF1KE3 GSGPSYSNNLAKAGLNGASCHLEYSPERGKAEGRESFYSTGS-QLTPDRCGLRF---EEH
       :.   :.:.           :.   :   :.::   .:.. : : .::. :: .   .. 
CCDS66 GT---YANG-----------HVIDLP---KSEG---YYNVDSGQPSPDQSGLDMTGIKQI
      140                     150             160       170        

        240       250       260       270       280       290      
pF1KE3 RHPGLGELGQGPDSYGSPSFRSTPEAPYASLTEIEHLVQSVCKSYRETCQLRLEDLLRQR
       ..  . .: . :. .   :: .   ::  ..:::....:.. ::. ::::  .:.: .  
CCDS66 KQEPIYDLTSVPNLFTYSSFNNGQLAPGITMTEIDRIAQNIIKSHLETCQYTMEELHQLA
      180       190       200       210       220       230        

        300       310       320       330       340       350      
pF1KE3 SNIFSREEVTGYQRKSMWEMWERCAHHLTEAIQYVVEFAKRLSGFMELCQNDQIVLLKAG
        .  . ::. .:: ::   .:..:: ..:.:::::::::::..:::::::::::.:::.:
CCDS66 WQTHTYEEIKAYQSKSREALWQQCAIQITHAIQYVVEFAKRITGFMELCQNDQILLLKSG
      240       250       260       270       280       290        

        360       370       380       390       400       410      
pF1KE3 AMEVVLVRMCRAYNADNRTVFFEGKYGGMELFRALGCSELISSIFDFSHSLSALHFSEDE
        .::::::::::.:  : ::.::::::::..:.::: ..:..  :::...: .:...:.:
CCDS66 CLEVVLVRMCRAFNPLNNTVLFEGKYGGMQMFKALGSDDLVNEAFDFAKNLCSLQLTEEE
      300       310       320       330       340       350        

        420       430       440       450       460         470    
pF1KE3 IALYTALVLINAHRPGLQEKRKVEQLQYNLELAFHHHLCKTHRQS-ILAKLPPK-GKLRS
       :::... :::.  :  : : :::..:: .. .:..: . :.: ..  ::::  :   . .
CCDS66 IALFSSAVLISPDRAWLIEPRKVQKLQEKIYFALQHVIQKNHLDDETLAKLIAKIPTITA
      360       370       380       390       400       410        

          480       490       500       510        
pF1KE3 LCSQHVERLQIFQHLHPIVVQAAFPPLYKELFSTETESPVGLSK
       .:. : :.::.:.. :: .:.. :::::::::. .         
CCDS66 VCNLHGEKLQVFKQSHPEIVNTLFPPLYKELFNPDCATGCK   
      420       430       440       450            

>>CCDS11361.1 NR1D1 gene_id:9572|Hs108|chr17              (614 aa)
 initn: 757 init1: 244 opt: 434  Z-score: 366.4  bits: 77.7 E(32554): 4.3e-14
Smith-Waterman score: 804; 34.2% identity (64.0% similar) in 494 aa overlap (28-487:129-610)

                  10        20        30        40        50       
pF1KE3    MDRAPQRQHRASRELLAAKKTHTSQIEVIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGCKGFFRR
                                     :. ::.::: .::.:::: .::::::::::
CCDS11 PPGSLQVAMEDSSRVSPSKSTSNITKLNGMVLLCKVCGDVASGFHYGVHACEGCKGFFRR
      100       110       120       130       140       150        

        60         70        80        90       100       110      
pF1KE3 SQRCNAAYS-CTRQQNCPIDRTSRNRCQHCRLQKCLALGMSRDAVKFGRMSKKQRDSLHA
       : . :  :. : ...:: : : .:::::.::..:::..:::::::.:::. :.... . :
CCDS11 SIQQNIQYKRCLKNENCSIVRINRNRCQQCRFKKCLSVGMSRDAVRFGRIPKREKQRMLA
      160       170       180       190       200       210        

        120         130           140            150           160 
pF1KE3 EVQK--QLQQRQQQQQEPVVKTP---PA-GAQG-----ADTLTYTLGLPD--GQL--PLG
       :.:.  .: . : ..: :.  .:   :. : .:     : . .  .:. .   ::  : .
CCDS11 EMQSAMNLANNQLSSQCPLETSPTQHPTPGPMGPSPPPAPVPSPLVGFSQFPQQLTPPRS
      220       230       240       250       260       270        

             170       180        190       200       210       220
pF1KE3 SSPDLPEASACPPGLLKASGSGPSYSNN-LAKAGLNGASCHLEYSPERGKAEGRESFYST
        ::. : .      . .:     .:... :...  :  . :   ::    :   . . . 
CCDS11 PSPE-PTVEDVISQVARAHREIFTYAHDKLGSSPGNFNANHASGSPP---ATTPHRWENQ
      280        290       300       310       320          330    

              230       240       250       260        270         
pF1KE3 GSQLTPDRCGLRFEEHRHPGLGELGQGPDSYGSPSFRSTPEAP-YASLTEIEHLVQSVCK
       :   .:.  .    .... .:. : :.:.::  :..   : .: . :  . .   . .: 
CCDS11 GCPPAPNDNNTLAAQRHNEALNGLRQAPSSY-PPTW---PPGPAHHSCHQSNSNGHRLCP
          340       350       360           370       380       390

     280         290         300       310           320       330 
pF1KE3 S--YRETCQLRLEDLLRQ--RSNIFSREEVTGYQR----KSMWEMWERCAHHLTEAIQYV
       .  :         .  ::   .:..    .. : .    ... :.::  .  .: :.. :
CCDS11 THVYAAPEGKAPANSPRQGNSKNVLLACPMNMYPHGRSGRTVQEIWEDFSMSFTPAVREV
              400       410       420       430       440       450

             340       350       360       370       380           
pF1KE3 VEFAKRLSGFMELCQNDQIVLLKAGAMEVVLVRMCRAYNADNRTVFFEGK--YGGMELFR
       :::::.. :: .: :.::..:::::..::..::.   .:. ..::.: ..  :. .::  
CCDS11 VEFAKHIPGFRDLSQHDQVTLLKAGTFEVLMVRFASLFNVKDQTVMFLSRTTYSLQEL-G
              460       470       480       490       500          

     390       400       410       420       430       440         
pF1KE3 ALGCSELISSIFDFSHSLSALHFSEDEIALYTALVLINAHRPGLQEKRKVEQLQYNL---
       :.: ..:.:..::::..:..: ..:.:..:.::.::..: : :.... .::::: .:   
CCDS11 AMGMGDLLSAMFDFSEKLNSLALTEEELGLFTAVVLVSADRSGMENSASVEQLQETLLRA
     510       520       530       540       550       560         

          450        460       470       480       490       500   
pF1KE3 --ELAFHHHLCKTHR-QSILAKLPPKGKLRSLCSQHVERLQIFQHLHPIVVQAAFPPLYK
          :.....  .: :  ..: :::    ::.: ..: :.:  :.                
CCDS11 LRALVLKNRPLETSRFTKLLLKLPD---LRTLNNMHSEKLLSFRVDAQ            
     570       580       590          600       610                

           510        
pF1KE3 ELFSTETESPVGLSK

>>CCDS33718.1 NR1D2 gene_id:9975|Hs108|chr3               (579 aa)
 initn: 603 init1: 224 opt: 421  Z-score: 356.1  bits: 75.7 E(32554): 1.6e-13
Smith-Waterman score: 800; 34.4% identity (61.9% similar) in 491 aa overlap (28-491:100-579)

                  10        20        30        40        50       
pF1KE3    MDRAPQRQHRASRELLAAKKTHTSQIEVIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGCKGFFRR
                                     :. ::.::: .::.:::: .::::::::::
CCDS33 DRIDCSMKTSKSSAPGMTKSHSGVTKFSGMVLLCKVCGDVASGFHYGVHACEGCKGFFRR
      70        80        90       100       110       120         

        60         70        80        90       100       110      
pF1KE3 SQRCNAAYS-CTRQQNCPIDRTSRNRCQHCRLQKCLALGMSRDAVKFGRMSKKQRDSLHA
       : . :  :. : ...:: : : .:::::.::..:::..:::::::.:::. :.... .  
CCDS33 SIQQNIQYKKCLKNENCSIMRMNRNRCQQCRFKKCLSVGMSRDAVRFGRIPKREKQRMLI
     130       140       150       160       170       180         

        120       130       140          150       160          170
pF1KE3 EVQKQLQQRQQQQQEPVVKTPPAGAQGADTLTY---TLGLPDGQLPLGSSPDLPEA---S
       :.:. ..  ...:         .:    :::.      .:: .:  :  .:.: .    :
CCDS33 EMQSAMKTMMNSQF--------SGHLQNDTLVEHHEQTALP-AQEQLRPKPQLEQENIKS
     190       200               210       220        230       240

              180       190       200       210       220          
pF1KE3 ACPPGLLKASGSGPSYSNNLAKAGLNGASCHLEYSPERGKAEGRESFYSTGSQ--LTPDR
       . ::.   :.    .. .   :  .   . . : : :  . .  : . ..  :  :. :.
CCDS33 SSPPSSDFAKEEVIGMVTRAHKDTFMYNQEQQENSAESMQPQRGERIPKNMEQYNLNHDH
              250       260       270       280       290       300

      230            240       250       260       270             
pF1KE3 CGLRFEEH-----RHPGLGELGQGPDSYGSPSFRSTPEAPYASLTEIEHLVQSVCK----
       ::  .  :      .  :.   .: . .  :. ..   :    ..  .  .: ::     
CCDS33 CGNGLSSHFPCSESQQHLNGQFKGRNIMHYPNGHAICIANGHCMNFSNAYTQRVCDRVPI
              310       320       330       340       350       360

        280       290       300         310       320       330    
pF1KE3 ---SYRETCQLRLEDLLRQRSNIFSREEVTGY--QRKSMWEMWERCAHHLTEAIQYVVEF
          :  :. .  : .    : ..      . :   .::  :.::. .  .: :.. ::::
CCDS33 DGFSQNENKNSYLCNT-GGRMHLVCPMSKSPYVDPHKSGHEIWEEFSMSFTPAVKEVVEF
              370        380       390       400       410         

          340       350       360       370        380       390   
pF1KE3 AKRLSGFMELCQNDQIVLLKAGAMEVVLVRMCRAYNADNRTV-FFEGKYGGMELFRALGC
       :::. :: .: :.::. :::::..::..::.   ..: .::: :. ::  ... ....: 
CCDS33 AKRIPGFRDLSQHDQVNLLKAGTFEVLMVRFASLFDAKERTVTFLSGKKYSVDDLHSMGA
     420       430       440       450       460       470         

           400       410       420       430       440       450   
pF1KE3 SELISSIFDFSHSLSALHFSEDEIALYTALVLINAHRPGLQEKRKVEQLQYNLELAFHHH
       ..:..:.:.::..:.::..:..:..:.::.::..: : :...  .:: :: .:  :..  
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       . :.:  . ::..::  :   :::: ..: :.:  :. .::                   
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       :.      ::.: :       . :.:           ::       :            .
CCDS41 DSYE---LSPQLEEL------ITKVS-----------KA-------H------------Q
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       :.:                     :.: .::.                 :.. .  .: :
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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