Result of FASTA (omim) for pF1KB6694
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6694, 462 aa
  1>>>pF1KB6694 462 - 462 aa - 462 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3523+/-0.000421; mu= 17.5442+/- 0.026
 mean_var=67.8721+/-13.506, 0's: 0 Z-trim(111.4): 66  B-trim: 174 in 1/51
 Lambda= 0.155678
 statistics sampled from 19928 (19994) to 19928 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.604), E-opt: 0.2 (0.234), width:  16
 Scan time:  7.740

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
XP_011533816 (OMIM: 130590) PREDICTED: elongation  ( 462) 3055 695.5 8.1e-200
NP_001393 (OMIM: 130590) elongation factor 1-alpha ( 462) 3055 695.5 8.1e-200
NP_001949 (OMIM: 602959,616393,616409) elongation  ( 463) 2858 651.2 1.7e-186
NP_001138630 (OMIM: 612450) HBS1-like protein isof ( 642)  745 176.7 1.6e-43
NP_006611 (OMIM: 612450) HBS1-like protein isoform ( 684)  745 176.7 1.7e-43
NP_001123479 (OMIM: 139259) eukaryotic peptide cha ( 499)  707 168.1 4.8e-41
NP_001123478 (OMIM: 139259) eukaryotic peptide cha ( 636)  707 168.2 5.9e-41
NP_002085 (OMIM: 139259) eukaryotic peptide chain  ( 637)  707 168.2 5.9e-41
NP_060564 (OMIM: 300418) eukaryotic peptide chain  ( 628)  692 164.8   6e-40
XP_011544230 (OMIM: 602389,610678) PREDICTED: elon ( 427)  271 70.2 1.3e-11
XP_016879108 (OMIM: 602389,610678) PREDICTED: elon ( 455)  271 70.2 1.3e-11
NP_003312 (OMIM: 602389,610678) elongation factor  ( 455)  271 70.2 1.3e-11
NP_001273145 (OMIM: 607434) GTP-binding protein 2  ( 514)  232 61.4 6.5e-09
NP_061969 (OMIM: 607434) GTP-binding protein 2 iso ( 602)  232 61.5 7.4e-09
XP_016866465 (OMIM: 607434) PREDICTED: GTP-binding ( 493)  182 50.2 1.5e-05
XP_016862469 (OMIM: 607695) PREDICTED: selenocyste ( 491)  162 45.7 0.00034
XP_016862468 (OMIM: 607695) PREDICTED: selenocyste ( 525)  162 45.7 0.00035
XP_016862467 (OMIM: 607695) PREDICTED: selenocyste ( 536)  162 45.7 0.00036
XP_016862466 (OMIM: 607695) PREDICTED: selenocyste ( 553)  162 45.7 0.00037
XP_016862465 (OMIM: 607695) PREDICTED: selenocyste ( 571)  162 45.7 0.00038
XP_016862464 (OMIM: 607695) PREDICTED: selenocyste ( 575)  162 45.8 0.00038
NP_068756 (OMIM: 607695) selenocysteine-specific e ( 596)  162 45.8 0.00039
NP_001406 (OMIM: 300161,300987) eukaryotic transla ( 472)  151 43.2  0.0018
XP_006713858 (OMIM: 606639,609060) PREDICTED: elon ( 712)  149 42.9  0.0035
XP_016884592 (OMIM: 602245) PREDICTED: GTP-binding ( 614)  147 42.4  0.0042
NP_004277 (OMIM: 602245) GTP-binding protein 1 [Ho ( 669)  147 42.4  0.0045
XP_016884589 (OMIM: 602245) PREDICTED: GTP-binding ( 726)  147 42.4  0.0048
XP_016884591 (OMIM: 602245) PREDICTED: GTP-binding ( 622)  144 41.7  0.0067
XP_016884590 (OMIM: 602245) PREDICTED: GTP-binding ( 684)  144 41.7  0.0073
XP_011528839 (OMIM: 602245) PREDICTED: GTP-binding ( 703)  144 41.8  0.0075
NP_001952 (OMIM: 130610,609306) elongation factor  ( 858)  145 42.0  0.0075
XP_016884588 (OMIM: 602245) PREDICTED: GTP-binding ( 734)  144 41.8  0.0077


>>XP_011533816 (OMIM: 130590) PREDICTED: elongation fact  (462 aa)
 initn: 3055 init1: 3055 opt: 3055  Z-score: 3708.4  bits: 695.5 E(85289): 8.1e-200
Smith-Waterman score: 3055; 100.0% identity (100.0% similar) in 462 aa overlap (1-462:1-462)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 DKLKAERERGITIDISLWKFETSKYYVTIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DKLKAERERGITIDISLWKFETSKYYVTIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 GEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVNKMDSTEPPYSQKRYEEIVKEVSTYIKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVNKMDSTEPPYSQKRYEEIVKEVSTYIKK
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 IGYNPDTVAFVPISGWNGDNMLEPSANMPWFKGWKVTRKDGNASGTTLLEALDCILPPTR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IGYNPDTVAFVPISGWNGDNMLEPSANMPWFKGWKVTRKDGNASGTTLLEALDCILPPTR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 PTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGVLKPGMVVTFAPVNVTTEVKSVEMHHEALS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGVLKPGMVVTFAPVNVTTEVKSVEMHHEALS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 EALPGDNVGFNVKNVSVKDVRRGNVAGDSKNDPPMEAAGFTAQVIILNHPGQISAGYAPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EALPGDNVGFNVKNVSVKDVRRGNVAGDSKNDPPMEAAGFTAQVIILNHPGQISAGYAPV
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB6 LDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDGPKFLKSGDAAIVDMVPGKPMCVESFSDYPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDGPKFLKSGDAAIVDMVPGKPMCVESFSDYPP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460  
pF1KB6 LGRFAVRDMRQTVAVGVIKAVDKKAAGAGKVTKSAQKAQKAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LGRFAVRDMRQTVAVGVIKAVDKKAAGAGKVTKSAQKAQKAK
              430       440       450       460  

>>NP_001393 (OMIM: 130590) elongation factor 1-alpha 1 [  (462 aa)
 initn: 3055 init1: 3055 opt: 3055  Z-score: 3708.4  bits: 695.5 E(85289): 8.1e-200
Smith-Waterman score: 3055; 100.0% identity (100.0% similar) in 462 aa overlap (1-462:1-462)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 DKLKAERERGITIDISLWKFETSKYYVTIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DKLKAERERGITIDISLWKFETSKYYVTIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 GEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVNKMDSTEPPYSQKRYEEIVKEVSTYIKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVNKMDSTEPPYSQKRYEEIVKEVSTYIKK
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 IGYNPDTVAFVPISGWNGDNMLEPSANMPWFKGWKVTRKDGNASGTTLLEALDCILPPTR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IGYNPDTVAFVPISGWNGDNMLEPSANMPWFKGWKVTRKDGNASGTTLLEALDCILPPTR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 PTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGVLKPGMVVTFAPVNVTTEVKSVEMHHEALS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGVLKPGMVVTFAPVNVTTEVKSVEMHHEALS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 EALPGDNVGFNVKNVSVKDVRRGNVAGDSKNDPPMEAAGFTAQVIILNHPGQISAGYAPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EALPGDNVGFNVKNVSVKDVRRGNVAGDSKNDPPMEAAGFTAQVIILNHPGQISAGYAPV
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB6 LDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDGPKFLKSGDAAIVDMVPGKPMCVESFSDYPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDGPKFLKSGDAAIVDMVPGKPMCVESFSDYPP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460  
pF1KB6 LGRFAVRDMRQTVAVGVIKAVDKKAAGAGKVTKSAQKAQKAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LGRFAVRDMRQTVAVGVIKAVDKKAAGAGKVTKSAQKAQKAK
              430       440       450       460  

>>NP_001949 (OMIM: 602959,616393,616409) elongation fact  (463 aa)
 initn: 2858 init1: 2858 opt: 2858  Z-score: 3469.2  bits: 651.2 E(85289): 1.7e-186
Smith-Waterman score: 2858; 92.6% identity (97.8% similar) in 461 aa overlap (1-461:1-461)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 DKLKAERERGITIDISLWKFETSKYYVTIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGV
       ::::::::::::::::::::::.:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DKLKAERERGITIDISLWKFETTKYYITIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 GEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVNKMDSTEPPYSQKRYEEIVKEVSTYIKK
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::.:::.:::::::.::::
NP_001 GEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVNKMDSTEPAYSEKRYDEIVKEVSAYIKK
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 IGYNPDTVAFVPISGWNGDNMLEPSANMPWFKGWKVTRKDGNASGTTLLEALDCILPPTR
       ::::: :: :::::::.:::::::: :::::::::: ::.:::::..:::::: ::::::
NP_001 IGYNPATVPFVPISGWHGDNMLEPSPNMPWFKGWKVERKEGNASGVSLLEALDTILPPTR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 PTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGVLKPGMVVTFAPVNVTTEVKSVEMHHEALS
       ::::::::::::::::::::::::::::::.:.:::::::::::.:::::::::::::::
NP_001 PTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGILRPGMVVTFAPVNITTEVKSVEMHHEALS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 EALPGDNVGFNVKNVSVKDVRRGNVAGDSKNDPPMEAAGFTAQVIILNHPGQISAGYAPV
       :::::::::::::::::::.::::: ::::.:::.::: ::.:::::::::::::::.::
NP_001 EALPGDNVGFNVKNVSVKDIRRGNVCGDSKSDPPQEAAQFTSQVIILNHPGQISAGYSPV
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB6 LDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDGPKFLKSGDAAIVDMVPGKPMCVESFSDYPP
       .::::::::::::::::::::::::::::.:: :::::::::.:::::::::::::.:::
NP_001 IDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDNPKSLKSGDAAIVEMVPGKPMCVESFSQYPP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460   
pF1KB6 LGRFAVRDMRQTVAVGVIKAVDKKAAGAGKVTKSAQKAQKAK 
       ::::::::::::::::::: :.::..:::::::::::::::  
NP_001 LGRFAVRDMRQTVAVGVIKNVEKKSGGAGKVTKSAQKAQKAGK
              430       440       450       460   

>>NP_001138630 (OMIM: 612450) HBS1-like protein isoform   (642 aa)
 initn: 945 init1: 628 opt: 745  Z-score: 902.3  bits: 176.7 E(85289): 1.6e-43
Smith-Waterman score: 1083; 39.7% identity (68.5% similar) in 438 aa overlap (5-441:216-640)

                                         10        20        30    
pF1KB6                           MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGI
                                     :  .:.:::::::.::::  ::..:  :.:
NP_001 QSSTPAPVKKSGKLRQQIDVKAELEKRQGGKQLLNLVVIGHVDAGKSTLMGHMLYLLGNI
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pF1KB6 DKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVLDKLKAERERGITIDISLWKFETSKYYVTIIDAPG
       .:::..:.:.:. . ::.:: ::::::.   :::::.:.:... ::::.   .:..::::
NP_001 NKRTMHKYEQESKKAGKASFAYAWVLDETGEERERGVTMDVGMTKFETTTKVITLMDAPG
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pF1KB6 HRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGVGEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVNK
       :.::: :::::..::: :::.: :. ::::::.  .::::::.::. .::: :: :.:::
NP_001 HKDFIPNMITGAAQADVAVLVVDASRGEFEAGFETGGQTREHGLLVRSLGVTQLAVAVNK
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pF1KB6 MDSTEPPYSQKRYEEIVKEVSTYIKKIGYNPDTVAFVPISGWNGDNMLEPSANMPWFKGW
       ::...  ..:.:..::. ... ..:. :.. . :.:.: :: .:.:..  : .    : .
NP_001 MDQVN--WQQERFQEITGKLGHFLKQAGFKESDVGFIPTSGLSGENLITRSQSSELTKWY
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       :         :  ::: .: . :: :  :::.:: ..::.:  : :   .:..:.: .. 
NP_001 K---------GLCLLEQIDSFKPPQRSIDKPFRLCVSDVFKDQGSGFCITGKIEAGYIQT
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       :  .   : : :  ::.. .: : .. :  ::.:.... ....  .  : .    :   :
NP_001 GDRLLAMPPNETCTVKGITLHDEPVDWAAAGDHVSLTLVGMDIIKINVGCIFCGPK--VP
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pF1KB6 MEAAG-FTAQVIILNHPGQISAGYAPVLDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDGPKF
       ..:   : :...:.:    :. :.  .:  .:.     . .:   ... .:.  .  :::
NP_001 IKACTRFRARILIFNIEIPITKGFPVLLHYQTVSEPAVIKRLISVLNKSTGEVTKKKPKF
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pF1KB6 LKSGDAAIVDMVPGKPMCVESFSDYPPLGRFAVRDMRQTVAVGVIKAVDKKAAGAGKVTK
       : .:. :.:..   .:. .: ..:.  :::: .:   .:.:.::.  .            
NP_001 LTKGQNALVELQTQRPIALELYKDFKELGRFMLRYGGSTIAAGVVTEIKE          
            600       610       620       630       640            

           460  
pF1KB6 SAQKAQKAK

>>NP_006611 (OMIM: 612450) HBS1-like protein isoform 1 [  (684 aa)
 initn: 945 init1: 628 opt: 745  Z-score: 901.9  bits: 176.7 E(85289): 1.7e-43
Smith-Waterman score: 1083; 39.7% identity (68.5% similar) in 438 aa overlap (5-441:258-682)

                                         10        20        30    
pF1KB6                           MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGI
                                     :  .:.:::::::.::::  ::..:  :.:
NP_006 QSSTPAPVKKSGKLRQQIDVKAELEKRQGGKQLLNLVVIGHVDAGKSTLMGHMLYLLGNI
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pF1KB6 DKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVLDKLKAERERGITIDISLWKFETSKYYVTIIDAPG
       .:::..:.:.:. . ::.:: ::::::.   :::::.:.:... ::::.   .:..::::
NP_006 NKRTMHKYEQESKKAGKASFAYAWVLDETGEERERGVTMDVGMTKFETTTKVITLMDAPG
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pF1KB6 HRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGVGEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVNK
       :.::: :::::..::: :::.: :. ::::::.  .::::::.::. .::: :: :.:::
NP_006 HKDFIPNMITGAAQADVAVLVVDASRGEFEAGFETGGQTREHGLLVRSLGVTQLAVAVNK
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pF1KB6 MDSTEPPYSQKRYEEIVKEVSTYIKKIGYNPDTVAFVPISGWNGDNMLEPSANMPWFKGW
       ::...  ..:.:..::. ... ..:. :.. . :.:.: :: .:.:..  : .    : .
NP_006 MDQVN--WQQERFQEITGKLGHFLKQAGFKESDVGFIPTSGLSGENLITRSQSSELTKWY
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pF1KB6 KVTRKDGNASGTTLLEALDCILPPTRPTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGVLKP
       :         :  ::: .: . :: :  :::.:: ..::.:  : :   .:..:.: .. 
NP_006 K---------GLCLLEQIDSFKPPQRSIDKPFRLCVSDVFKDQGSGFCITGKIEAGYIQT
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pF1KB6 GMVVTFAPVNVTTEVKSVEMHHEALSEALPGDNVGFNVKNVSVKDVRRGNVAGDSKNDPP
       :  .   : : :  ::.. .: : .. :  ::.:.... ....  .  : .    :   :
NP_006 GDRLLAMPPNETCTVKGITLHDEPVDWAAAGDHVSLTLVGMDIIKINVGCIFCGPK--VP
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pF1KB6 MEAAG-FTAQVIILNHPGQISAGYAPVLDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDGPKF
       ..:   : :...:.:    :. :.  .:  .:.     . .:   ... .:.  .  :::
NP_006 IKACTRFRARILIFNIEIPITKGFPVLLHYQTVSEPAVIKRLISVLNKSTGEVTKKKPKF
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pF1KB6 LKSGDAAIVDMVPGKPMCVESFSDYPPLGRFAVRDMRQTVAVGVIKAVDKKAAGAGKVTK
       : .:. :.:..   .:. .: ..:.  :::: .:   .:.:.::.  .            
NP_006 LTKGQNALVELQTQRPIALELYKDFKELGRFMLRYGGSTIAAGVVTEIKE          
          640       650       660       670       680              

           460  
pF1KB6 SAQKAQKAK

>>NP_001123479 (OMIM: 139259) eukaryotic peptide chain r  (499 aa)
 initn: 909 init1: 642 opt: 707  Z-score: 857.8  bits: 168.1 E(85289): 4.8e-41
Smith-Waterman score: 1046; 38.4% identity (66.7% similar) in 445 aa overlap (4-444:71-498)

                                          10        20        30   
pF1KB6                            MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGG
                                     .: :.:.: :::::.::::  :...:  : 
NP_001 RPPEESAHEMMEEEEEIPKPKSVVAPPGAPKKEHVNVVFIGHVDAGKSTIGGQIMYLTGM
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pF1KB6 IDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVLDKLKAERERGITIDISLWKFETSKYYVTIIDAP
       .::::.::.:.:: : .. ..  .:.::  . ::..: :....   ::: : . ::.:::
NP_001 VDKRTLEKYEREAKEKNRETWYLSWALDTNQEERDKGKTVEVGRAYFETEKKHFTILDAP
              110       120       130       140       150       160

           100       110       120       130       140       150   
pF1KB6 GHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGVGEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVN
       ::..:. ::: :.:::: :::...:  ::::.:. :.:::::::.:: : :::.::: .:
NP_001 GHKSFVPNMIGGASQADLAVLVISARKGEFETGFEKGGQTREHAMLAKTAGVKHLIVLIN
              170       180       190       200       210       220

           160       170       180        190       200       210  
pF1KB6 KMDSTEPPYSQKRYEEIVKEVSTYIKKIGYNPDT-VAFVPISGWNGDNMLEPSANMPWFK
       :::.    .:..::::  ...  ..::.:.::   . :.: :: .: :. : :   ::. 
NP_001 KMDDPTVNWSNERYEECKEKLVPFLKKVGFNPKKDIHFMPCSGLTGANLKEQSDFCPWY-
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            220       230       240       250       260       270  
pF1KB6 GWKVTRKDGNASGTTLLEALDCILPPTRPTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGVL
                   :  ..  :: .   .: .: :.:::. : ::   .::: .:..:.: .
NP_001 -----------IGLPFIPYLDNLPNFNRSVDGPIRLPIVDKYK--DMGTVVLGKLESGSI
                280       290       300       310         320      

            280       290       300       310       320       330  
pF1KB6 KPGMVVTFAPVNVTTEVKSVEMHHEALSEALPGDNVGFNVKNVSVKDVRRGNVAGDSKND
         :. ... : . ..:: ..       . . ::.:. . .:..  ...  : .  : .: 
NP_001 CKGQQLVMMPNKHNVEVLGILSDDVETDTVAPGENLKIRLKGIEEEEILPGFILCDPNN-
        330       340       350       360       370       380      

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pF1KB6 PPMEAAG--FTAQVIILNHPGQISAGYAPVLDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDG
         .  .:  : ::..:..: . :  ::  ::  ::     ... :   .:..::.: .  
NP_001 --LCHSGRTFDAQIVIIEHKSIICPGYNAVLHIHTCIEEVEITALICLVDKKSGEKSKTR
           390       400       410       420       430       440   

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pF1KB6 PKFLKSGDAAIVDMVPGKPMCVESFSDYPPLGRFAVRDMRQTVAVG-VIKAVDKKAAGAG
       :.:.:. .. :. .  .  .:.:.:.:.: .:::..::  .:.:.: :.: : .:     
NP_001 PRFVKQDQVCIARLRTAGTICLETFKDFPQMGRFTLRDEGKTIAIGKVLKLVPEKD    
           450       460       470       480       490             

     450       460  
pF1KB6 KVTKSAQKAQKAK

>>NP_001123478 (OMIM: 139259) eukaryotic peptide chain r  (636 aa)
 initn: 909 init1: 642 opt: 707  Z-score: 856.2  bits: 168.2 E(85289): 5.9e-41
Smith-Waterman score: 1046; 38.4% identity (66.7% similar) in 445 aa overlap (4-444:208-635)

                                          10        20        30   
pF1KB6                            MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGG
                                     .: :.:.: :::::.::::  :...:  : 
NP_001 RPPEESAHEMMEEEEEIPKPKSVVAPPGAPKKEHVNVVFIGHVDAGKSTIGGQIMYLTGM
       180       190       200       210       220       230       

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pF1KB6 IDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVLDKLKAERERGITIDISLWKFETSKYYVTIIDAP
       .::::.::.:.:: : .. ..  .:.::  . ::..: :....   ::: : . ::.:::
NP_001 VDKRTLEKYEREAKEKNRETWYLSWALDTNQEERDKGKTVEVGRAYFETEKKHFTILDAP
       240       250       260       270       280       290       

           100       110       120       130       140       150   
pF1KB6 GHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGVGEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVN
       ::..:. ::: :.:::: :::...:  ::::.:. :.:::::::.:: : :::.::: .:
NP_001 GHKSFVPNMIGGASQADLAVLVISARKGEFETGFEKGGQTREHAMLAKTAGVKHLIVLIN
       300       310       320       330       340       350       

           160       170       180        190       200       210  
pF1KB6 KMDSTEPPYSQKRYEEIVKEVSTYIKKIGYNPDT-VAFVPISGWNGDNMLEPSANMPWFK
       :::.    .:..::::  ...  ..::.:.::   . :.: :: .: :. : :   ::. 
NP_001 KMDDPTVNWSNERYEECKEKLVPFLKKVGFNPKKDIHFMPCSGLTGANLKEQSDFCPWY-
       360       370       380       390       400       410       

            220       230       240       250       260       270  
pF1KB6 GWKVTRKDGNASGTTLLEALDCILPPTRPTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGVL
                   :  ..  :: .   .: .: :.:::. : ::   .::: .:..:.: .
NP_001 -----------IGLPFIPYLDNLPNFNRSVDGPIRLPIVDKYK--DMGTVVLGKLESGSI
                   420       430       440         450       460   

            280       290       300       310       320       330  
pF1KB6 KPGMVVTFAPVNVTTEVKSVEMHHEALSEALPGDNVGFNVKNVSVKDVRRGNVAGDSKND
         :. ... : . ..:: ..       . . ::.:. . .:..  ...  : .  : .: 
NP_001 CKGQQLVMMPNKHNVEVLGILSDDVETDTVAPGENLKIRLKGIEEEEILPGFILCDPNN-
           470       480       490       500       510       520   

              340       350       360       370       380       390
pF1KB6 PPMEAAG--FTAQVIILNHPGQISAGYAPVLDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDG
         .  .:  : ::..:..: . :  ::  ::  ::     ... :   .:..::.: .  
NP_001 --LCHSGRTFDAQIVIIEHKSIICPGYNAVLHIHTCIEEVEITALICLVDKKSGEKSKTR
              530       540       550       560       570       580

              400       410       420       430        440         
pF1KB6 PKFLKSGDAAIVDMVPGKPMCVESFSDYPPLGRFAVRDMRQTVAVG-VIKAVDKKAAGAG
       :.:.:. .. :. .  .  .:.:.:.:.: .:::..::  .:.:.: :.: : .:     
NP_001 PRFVKQDQVCIARLRTAGTICLETFKDFPQMGRFTLRDEGKTIAIGKVLKLVPEKD    
              590       600       610       620       630          

     450       460  
pF1KB6 KVTKSAQKAQKAK

>>NP_002085 (OMIM: 139259) eukaryotic peptide chain rele  (637 aa)
 initn: 909 init1: 642 opt: 707  Z-score: 856.2  bits: 168.2 E(85289): 5.9e-41
Smith-Waterman score: 1046; 38.4% identity (66.7% similar) in 445 aa overlap (4-444:209-636)

                                          10        20        30   
pF1KB6                            MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGG
                                     .: :.:.: :::::.::::  :...:  : 
NP_002 RPPEESAHEMMEEEEEIPKPKSVVAPPGAPKKEHVNVVFIGHVDAGKSTIGGQIMYLTGM
      180       190       200       210       220       230        

            40        50        60        70        80        90   
pF1KB6 IDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVLDKLKAERERGITIDISLWKFETSKYYVTIIDAP
       .::::.::.:.:: : .. ..  .:.::  . ::..: :....   ::: : . ::.:::
NP_002 VDKRTLEKYEREAKEKNRETWYLSWALDTNQEERDKGKTVEVGRAYFETEKKHFTILDAP
      240       250       260       270       280       290        

           100       110       120       130       140       150   
pF1KB6 GHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGVGEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVN
       ::..:. ::: :.:::: :::...:  ::::.:. :.:::::::.:: : :::.::: .:
NP_002 GHKSFVPNMIGGASQADLAVLVISARKGEFETGFEKGGQTREHAMLAKTAGVKHLIVLIN
      300       310       320       330       340       350        

           160       170       180        190       200       210  
pF1KB6 KMDSTEPPYSQKRYEEIVKEVSTYIKKIGYNPDT-VAFVPISGWNGDNMLEPSANMPWFK
       :::.    .:..::::  ...  ..::.:.::   . :.: :: .: :. : :   ::. 
NP_002 KMDDPTVNWSNERYEECKEKLVPFLKKVGFNPKKDIHFMPCSGLTGANLKEQSDFCPWY-
      360       370       380       390       400       410        

            220       230       240       250       260       270  
pF1KB6 GWKVTRKDGNASGTTLLEALDCILPPTRPTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGVL
                   :  ..  :: .   .: .: :.:::. : ::   .::: .:..:.: .
NP_002 -----------IGLPFIPYLDNLPNFNRSVDGPIRLPIVDKYK--DMGTVVLGKLESGSI
                  420       430       440         450       460    

            280       290       300       310       320       330  
pF1KB6 KPGMVVTFAPVNVTTEVKSVEMHHEALSEALPGDNVGFNVKNVSVKDVRRGNVAGDSKND
         :. ... : . ..:: ..       . . ::.:. . .:..  ...  : .  : .: 
NP_002 CKGQQLVMMPNKHNVEVLGILSDDVETDTVAPGENLKIRLKGIEEEEILPGFILCDPNN-
          470       480       490       500       510       520    

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pF1KB6 PPMEAAG--FTAQVIILNHPGQISAGYAPVLDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDG
         .  .:  : ::..:..: . :  ::  ::  ::     ... :   .:..::.: .  
NP_002 --LCHSGRTFDAQIVIIEHKSIICPGYNAVLHIHTCIEEVEITALICLVDKKSGEKSKTR
             530       540       550       560       570       580 

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pF1KB6 PKFLKSGDAAIVDMVPGKPMCVESFSDYPPLGRFAVRDMRQTVAVG-VIKAVDKKAAGAG
       :.:.:. .. :. .  .  .:.:.:.:.: .:::..::  .:.:.: :.: : .:     
NP_002 PRFVKQDQVCIARLRTAGTICLETFKDFPQMGRFTLRDEGKTIAIGKVLKLVPEKD    
             590       600       610       620       630           

     450       460  
pF1KB6 KVTKSAQKAQKAK

>>NP_060564 (OMIM: 300418) eukaryotic peptide chain rele  (628 aa)
 initn: 856 init1: 591 opt: 692  Z-score: 838.1  bits: 164.8 E(85289): 6e-40
Smith-Waterman score: 1029; 37.5% identity (66.5% similar) in 445 aa overlap (4-444:200-627)

                                          10        20        30   
pF1KB6                            MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGG
                                     .: :.:.: :::::.::::  :....  : 
NP_060 GPPEESGQEMMEEKEEIRKSKSVIVPSGAPKKEHVNVVFIGHVDAGKSTIGGQIMFLTGM
     170       180       190       200       210       220         

            40        50        60        70        80        90   
pF1KB6 IDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVLDKLKAERERGITIDISLWKFETSKYYVTIIDAP
       .::::.::.:.:: : .. ..  .:.::  . ::..: :....   ::: . . ::.:::
NP_060 VDKRTLEKYEREAKEKNRETWYLSWALDTNQEERDKGKTVEVGRAYFETERKHFTILDAP
     230       240       250       260       270       280         

           100       110       120       130       140       150   
pF1KB6 GHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGVGEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVN
       ::..:. ::: :.:::: :::...:  ::::.:. :.:::::::.:: : :::.::: .:
NP_060 GHKSFVPNMIGGASQADLAVLVISARKGEFETGFEKGGQTREHAMLAKTAGVKHLIVLIN
     290       300       310       320       330       340         

           160       170       180        190       200       210  
pF1KB6 KMDSTEPPYSQKRYEEIVKEVSTYIKKIGYNPDT-VAFVPISGWNGDNMLEPSANMPWFK
       :::.    .: .::::  ...  ..::.:..:   . :.: :: .: :. : :   ::. 
NP_060 KMDDPTVNWSIERYEECKEKLVPFLKKVGFSPKKDIHFMPCSGLTGANIKEQSDFCPWY-
     350       360       370       380       390       400         

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pF1KB6 GWKVTRKDGNASGTTLLEALDCILPPTRPTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGVL
                  .:  ..  :: .   .:  : :.:::. : ::   .::: .:..:.: .
NP_060 -----------TGLPFIPYLDNLPNFNRSIDGPIRLPIVDKYK--DMGTVVLGKLESGSI
                 410       420       430       440         450     

            280       290       300       310       320       330  
pF1KB6 KPGMVVTFAPVNVTTEVKSVEMHHEALSEALPGDNVGFNVKNVSVKDVRRGNVAGDSKND
         :. ... : . ..:: ..       . . ::.:. . .:..  ...  : .  : .: 
NP_060 FKGQQLVMMPNKHNVEVLGILSDDTETDFVAPGENLKIRLKGIEEEEILPGFILCDPSN-
         460       470       480       490       500       510     

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pF1KB6 PPMEAAG--FTAQVIILNHPGQISAGYAPVLDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDG
         .  .:  : .:..:..: . :  ::  ::  ::     ... :   .:..::.: .  
NP_060 --LCHSGRTFDVQIVIIEHKSIICPGYNAVLHIHTCIEEVEITALISLVDKKSGEKSKTR
            520       530       540       550       560       570  

              400       410       420       430        440         
pF1KB6 PKFLKSGDAAIVDMVPGKPMCVESFSDYPPLGRFAVRDMRQTVAVG-VIKAVDKKAAGAG
       :.:.:. .. :. .  .  .:.:.:.:.: .:::..::  .:.:.: :.: : .:     
NP_060 PRFVKQDQVCIARLRTAGTICLETFKDFPQMGRFTLRDEGKTIAIGKVLKLVPEKD    
            580       590       600       610       620            

     450       460  
pF1KB6 KVTKSAQKAQKAK

>>XP_011544230 (OMIM: 602389,610678) PREDICTED: elongati  (427 aa)
 initn: 467 init1: 192 opt: 271  Z-score: 329.6  bits: 70.2 E(85289): 1.3e-11
Smith-Waterman score: 475; 29.3% identity (51.9% similar) in 443 aa overlap (3-438:56-411)

                                           10        20        30  
pF1KB6                             MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCG
                                     ..: :.:. .::::: ::.: :. .     
XP_011 LLQGLLRLLKAPALPLLCRGLAVEAKKTYVRDKPHVNVGTIGHVDHGKTTLTAAIT----
          30        40        50        60        70        80     

             40        50        60        70        80        90  
pF1KB6 GIDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVLDKLKAERERGITIDISLWKFETSKYYVTIIDA
                  :  :: : ..::    .:.   :: :::::. .  .. :.  . .  : 
XP_011 -----------KILAEGGGAKFKKYEEIDNAPEERARGITINAAHVEYSTAARHYAHTDC
                         90       100       110       120       130

            100       110       120       130       140       150  
pF1KB6 PGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGVGEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGV
       ::: :..:::::::.  :  .:.:::. : .        ::::: :::  .::....: :
XP_011 PGHADYVKNMITGTAPLDGCILVVAANDGPMP-------QTREHLLLARQIGVEHVVVYV
              140       150       160              170       180   

            160       170       180       190       200       210  
pF1KB6 NKMDSTEPPYSQKRYEEIVKEVSTYIKKIGYNPDTVAFVPISGWNGDNMLEPSANMPWFK
       :: :...   ...  : .  :.   . ..::. . .  .  :.  . .  .:        
XP_011 NKADAVQ---DSEMVELVELEIRELLTEFGYKGEETPVIVGSALCALEGRDPEL------
           190          200       210       220       230          

            220       230        240       250       260       270 
pF1KB6 GWKVTRKDGNASGTTLLEALDCILP-PTRPTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGV
       : : ..:        ::.:.:  .: :.:  .::. ::.. ::.. : ::: .:      
XP_011 GLKSVQK--------LLDAVDTYIPVPARDLEKPFLLPVEAVYSVPGRGTVVTG------
          240               250       260       270       280      

             280       290       300       310       320       330 
pF1KB6 LKPGMVVTFAPVNVTTEVKSVEMHHEALSEALPGDNVGFNVKNVSVKDVRRGNVAGDSKN
                           .:: :..: .:  :::.:  :.... .:.::: :     .
XP_011 --------------------IEMFHKSLERAEAGDNLGALVRGLKREDLRRGLVMVKPGS
                                  290       300       310       320

             340             350       360       370       380     
pF1KB6 DPPMEAAGFTAQVIILN------HPGQISAGYAPVLDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGK
         : . .   ::: ::.      :   .:  . ::.   :  .::..    ::     :.
XP_011 IKPHQKV--EAQVYILSKEEGGRHKPFVSH-FMPVMFSLTWDMACRIILPPEKELAMPGE
                330       340        350       360       370       

         390       400       410       420       430       440     
pF1KB6 KLEDGPKFLKSGDAAIVDMVPGKPMCVESFSDYPPLGRFAVRDMRQTVAVGVIKAVDKKA
        :    ::         ...  .:: .:. .      ::..::  .:...:..       
XP_011 DL----KF---------NLILRQPMILEKGQ------RFTLRDGNRTIGTGLVTNTLAMT
           380                390             400       410        

         450       460  
pF1KB6 AGAGKVTKSAQKAQKAK
                        
XP_011 EEEKNIKWG        
      420               




462 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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