Result of FASTA (ccds) for pF1KB7986
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7986, 325 aa
  1>>>pF1KB7986 325 - 325 aa - 325 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0419+/-0.000794; mu= 7.9806+/- 0.048
 mean_var=109.5141+/-21.509, 0's: 0 Z-trim(111.2): 18  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.122557
 statistics sampled from 12196 (12214) to 12196 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.753), E-opt: 0.2 (0.375), width:  16
 Scan time:  2.860

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS4155.1 IRF1 gene_id:3659|Hs108|chr5            ( 325) 2245 407.3 8.6e-114
CCDS3835.1 IRF2 gene_id:3660|Hs108|chr4            ( 349)  722 138.0 1.1e-32
CCDS10956.1 IRF8 gene_id:3394|Hs108|chr16          ( 426)  395 80.2 3.2e-15
CCDS4469.1 IRF4 gene_id:3662|Hs108|chr6            ( 451)  382 77.9 1.7e-14
CCDS43645.1 IRF5 gene_id:3663|Hs108|chr7           ( 514)  382 78.0 1.9e-14
CCDS56512.1 IRF5 gene_id:3663|Hs108|chr7           ( 412)  377 77.0 2.8e-14
CCDS5808.1 IRF5 gene_id:3663|Hs108|chr7            ( 498)  377 77.1 3.3e-14
CCDS1492.1 IRF6 gene_id:3664|Hs108|chr1            ( 467)  360 74.0 2.5e-13
CCDS9615.1 IRF9 gene_id:10379|Hs108|chr14          ( 393)  350 72.2 7.4e-13


>>CCDS4155.1 IRF1 gene_id:3659|Hs108|chr5                 (325 aa)
 initn: 2245 init1: 2245 opt: 2245  Z-score: 2156.4  bits: 407.3 E(32554): 8.6e-114
Smith-Waterman score: 2245; 100.0% identity (100.0% similar) in 325 aa overlap (1-325:1-325)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MPITRMRMRPWLEMQINSNQIPGLIWINKEEMIFQIPWKHAAKHGWDINKDACLFRSWAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MPITRMRMRPWLEMQINSNQIPGLIWINKEEMIFQIPWKHAAKHGWDINKDACLFRSWAI
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 HTGRYKAGEKEPDPKTWKANFRCAMNSLPDIEEVKDQSRNKGSSAVRVYRMLPPLTKNQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 HTGRYKAGEKEPDPKTWKANFRCAMNSLPDIEEVKDQSRNKGSSAVRVYRMLPPLTKNQR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 KERKSKSSRDAKSKAKRKSCGDSSPDTFSDGLSSSTLPDDHSSYTVPGYMQDLEVEQALT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KERKSKSSRDAKSKAKRKSCGDSSPDTFSDGLSSSTLPDDHSSYTVPGYMQDLEVEQALT
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 PALSPCAVSSTLPDWHIPVEVVPDSTSDLYNFQVSPMPSTSEATTDEDEEGKLPEDIMKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 PALSPCAVSSTLPDWHIPVEVVPDSTSDLYNFQVSPMPSTSEATTDEDEEGKLPEDIMKL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 LEQSEWQPTNVDGKGYLLNEPGVQPTSVYGDFSCKEEPEIDSPGGDIGLSLQRVFTDLKN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LEQSEWQPTNVDGKGYLLNEPGVQPTSVYGDFSCKEEPEIDSPGGDIGLSLQRVFTDLKN
              250       260       270       280       290       300

              310       320     
pF1KB7 MDATWLDSLLTPVRLPSIQAIPCAP
       :::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MDATWLDSLLTPVRLPSIQAIPCAP
              310       320     

>>CCDS3835.1 IRF2 gene_id:3660|Hs108|chr4                 (349 aa)
 initn: 718 init1: 675 opt: 722  Z-score: 700.5  bits: 138.0 E(32554): 1.1e-32
Smith-Waterman score: 760; 46.7% identity (67.6% similar) in 272 aa overlap (1-259:1-265)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MPITRMRMRPWLEMQINSNQIPGLIWINKEEMIFQIPWKHAAKHGWDINKDACLFRSWAI
       ::. ::::::::: ::::: :::: :.:::. :::::: :::.::::..::: :::.:::
CCDS38 MPVERMRMRPWLEEQINSNTIPGLKWLNKEKKIFQIPWMHAARHGWDVEKDAPLFRNWAI
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 HTGRYKAGEKEPDPKTWKANFRCAMNSLPDIEEVKDQSRNKGSSAVRVYRMLPPLTKNQR
       :::... :  .:::::::::::::::::::::::::.: .::..: :::::::   . ..
CCDS38 HTGKHQPGVDKPDPKTWKANFRCAMNSLPDIEEVKDKSIKKGNNAFRVYRMLPLSERPSK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160             170    
pF1KB7 KERKSKSSRDAKSKAKRKSCGDSSPDTFSDGLSSSTLPDDHSSYT------VPGYMQDLE
       : .: :. .. : :  ..   .::   .:.:.:.  :  ...  :      : . .. . 
CCDS38 KGKKPKTEKEDKVKHIKQEPVESSLG-LSNGVSD--LSPEYAVLTSTIKNEVDSTVNIIV
              130       140        150         160       170       

           180       190       200             210       220       
pF1KB7 VEQA-LTPALSPCAVSSTLPDWHIPVEVV------PDSTSDLYNFQVSPMPSTSEATTDE
       : :. :   .    . .. ::    :::.      : : :.:: .:.::. : .:. : .
CCDS38 VGQSHLDSNIENQEIVTNPPDICQVVEVTTESDEQPVSMSELYPLQISPVSSYAESETTD
       180       190       200       210       220       230       

       230       240       250       260       270       280       
pF1KB7 DEEGKLPEDIMKLLEQSEWQPTNVDGKGYLLNEPGVQPTSVYGDFSCKEEPEIDSPGGDI
       .    .: :  .   . .:.  :..:: :: :                            
CCDS38 S----VPSDEESAEGRPHWRKRNIEGKQYLSNMGTRGSYLLPGMASFVTSNKPDLQVTIK
           240       250       260       270       280       290   

       290       300       310       320                       
pF1KB7 GLSLQRVFTDLKNMDATWLDSLLTPVRLPSIQAIPCAP                  
                                                               
CCDS38 EESNPVPYNSSWPPFQDLPLSSSMTPASSSSRPDRETRASVIKKTSDITQARVKSC
           300       310       320       330       340         

>>CCDS10956.1 IRF8 gene_id:3394|Hs108|chr16               (426 aa)
 initn: 455 init1: 235 opt: 395  Z-score: 386.7  bits: 80.2 E(32554): 3.2e-15
Smith-Waterman score: 408; 31.2% identity (57.5% similar) in 266 aa overlap (7-270:9-243)

                 10        20        30        40        50        
pF1KB7   MPITRMRMRPWLEMQINSNQIPGLIWINKEEMIFQIPWKHAAKHGWDINKDACLFRSW
               :.: ::  ::.:.. ::::: :.:. .:.::::::.:. .. . :: .:..:
CCDS10 MCDRNGGRRLRQWLIEQIDSSMYPGLIWENEEKSMFRIPWKHAGKQDYNQEVDASIFKAW
               10        20        30        40        50        60

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB7 AIHTGRYKAGEKEPDPKTWKANFRCAMNSLPDIEEVKDQSRNKGSSAVRVYRMLPPLTKN
       :.  :..: :.:  .: :::. .:::.:. ::.::: :.:.   :   .:::..:   ..
CCDS10 AVFKGKFKEGDKA-EPATWKTRLRCALNKSPDFEEVTDRSQLDISEPYKVYRIVP---EE
               70         80        90       100       110         

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB7 QRKERKSKSSRDAKSKAKRKSCGDSSPDTFSDGLSSSTLPDDHSSYTVPGYMQDLEVEQA
       ..: . . ..    ... .  :: :  : .   ..  .. :         ::    ....
CCDS10 EQKCKLGVATAGCVNEVTEMECGRSEIDEL---IKEPSVDD---------YMG--MIKRS
        120       130       140          150                  160  

      180       190         200       210       220       230      
pF1KB7 LTPALSPCAVSSTLPDW--HIPVEVVPDSTSDLYNFQVSPMPSTSEATTDEDEEGKLPED
        .:    :  :. ::::  . :   ::  :.  :.   .   . :. . .    :::   
CCDS10 PSPP-EACR-SQLLPDWWAQQPSTGVPLVTG--YTTYDAHHSAFSQMVISFYYGGKLV--
             170        180       190         200       210        

        240       250       260       270       280       290      
pF1KB7 IMKLLEQSEWQPTNVDGKGYLLNEPGVQPTSVYGDFSCKEEPEIDSPGGDIGLSLQRVFT
              ..   :  .:    :..::.  :..::                          
CCDS10 -------GQATTTCPEGCRLSLSQPGLPGTKLYGPEGLELVRFPPADAIPSERQRQVTRK
               220       230       240       250       260         

        300       310       320                                    
pF1KB7 DLKNMDATWLDSLLTPVRLPSIQAIPCAP                               
                                                                   
CCDS10 LFGHLERGVLLHSSRQGVFVKRLCQGRVFCSGNAVVCKGRPNKLERDEVVQVFDTSQFFR
     270       280       290       300       310       320         

>>CCDS4469.1 IRF4 gene_id:3662|Hs108|chr6                 (451 aa)
 initn: 406 init1: 382 opt: 382  Z-score: 373.9  bits: 77.9 E(32554): 1.7e-14
Smith-Waterman score: 382; 43.1% identity (75.9% similar) in 116 aa overlap (7-122:23-138)

                               10        20        30        40    
pF1KB7                 MPITRMRMRPWLEMQINSNQIPGLIWINKEEMIFQIPWKHAAKH
                             ..: ::  ::.:.. :::.: :.:. ::.::::::.:.
CCDS44 MNLEGGGRGGEFGMSAVSCGNGKLRQWLIDQIDSGKYPGLVWENEEKSIFRIPWKHAGKQ
               10        20        30        40        50        60

           50        60        70        80        90       100    
pF1KB7 GWDINKDACLFRSWAIHTGRYKAGEKEPDPKTWKANFRCAMNSLPDIEEVKDQSRNKGSS
        .. ..:: ::..::.  :... :  .::: :::. .:::.:.  :.::. ..:.   :.
CCDS44 DYNREEDAALFKAWALFKGKFREGIDKPDPPTWKTRLRCALNKSNDFEELVERSQLDISD
               70        80        90       100       110       120

          110       120       130       140       150       160    
pF1KB7 AVRVYRMLPPLTKNQRKERKSKSSRDAKSKAKRKSCGDSSPDTFSDGLSSSTLPDDHSSY
         .:::..:  .:.  :.                                          
CCDS44 PYKVYRIVPEGAKKGAKQLTLEDPQMSMSHPYTMTTPYPSLPAQQVHNYMMPPLDRSWRD
              130       140       150       160       170       180

>>CCDS43645.1 IRF5 gene_id:3663|Hs108|chr7                (514 aa)
 initn: 376 init1: 324 opt: 382  Z-score: 373.0  bits: 78.0 E(32554): 1.9e-14
Smith-Waterman score: 385; 28.7% identity (52.5% similar) in 341 aa overlap (2-322:11-322)

                        10        20        30        40        50 
pF1KB7          MPITRMRMRPWLEMQINSNQIPGLIWINKEEMIFQIPWKHAAKHGWDINKD
                 :  :.:..:::  :.:: : ::: :.: :. .: :::.::..:: . . :
CCDS43 MNQSIPVAPTPPRRVRLKPWLVAQVNSCQYPGLQWVNGEKKLFCIPWRHATRHGPSQDGD
               10        20        30        40        50        60

              60        70        80        90       100       110 
pF1KB7 ACLFRSWAIHTGRYKAGEKEPDPKTWKANFRCAMNSLPDIEEVKDQSRNKGSSAVRVYRM
         .:..:: .::.:  :  : ::  ::::.:::.:.  :.. . :  :.   .  ..:..
CCDS43 NTIFKAWAKETGKYTEGVDEADPAKWKANLRCALNKSRDFRLIYDGPRDMPPQPYKIYEV
               70        80        90       100       110       120

             120       130       140       150       160           
pF1KB7 LPPLTKNQRKERKSKSSRDAKSKAKRKSCGDSSPDTFSDGLSSSTLPDDHSS--YTVPGY
            .:      :.  .: .  : ..   .   . ..  : : .: :  .:  . .:  
CCDS43 ----CSNGPAPTDSQPPEDYSFGAGEE---EEEEEELQRMLPSLSLTDAVQSGPHMTPYS
                  130       140          150       160       170   

     170         180        190       200       210       220      
pF1KB7 M--QDLEVEQALTP-ALSPCAVSSTLPDWHIPVEVVPDSTSDLYNFQVSPMPSTS----E
       .  .:..   .: : .: : ...   :  . :: . : . .      ..: :..     :
CCDS43 LLKEDVKWPPTLQPPTLRPPTLQP--PTLQPPVVLGPPAPDP---SPLAPPPGNPAGFRE
           180       190         200       210          220        

            230       240       250       260        270           
pF1KB7 ATTDEDEEGKLPEDIMKLLEQSEWQPTNVDGKGYLLNEPGVQP-TSVYGDFSCKEEPE--
         ..  : : :: ..    ::    :        ::  : . : :..   :. . .:   
CCDS43 LLSEVLEPGPLPASLPPAGEQ--LLPD-------LLISPHMLPLTDLEIKFQYRGRPPRA
      230       240         250              260       270         

       280       290       300        310            320           
pF1KB7 --IDSPGGDIGLSLQRVFTDLKNMDATWLD-SLLTP-----VRLPSIQAIPCAP      
         :..: :       :.:   ....::  .  :. :     ::.:: . ::         
CCDS43 LTISNPHG------CRLF--YSQLEATQEQVELFGPISLEQVRFPSPEDIPSDKQRFYTN
     280             290         300       310       320       330 

CCDS43 QLLDVLDRGLILQLQGQDLYAIRLCQCKVFWSGPCASAHDSCPNPIQREVKTKLFSLEHF
             340       350       360       370       380       390 

>>CCDS56512.1 IRF5 gene_id:3663|Hs108|chr7                (412 aa)
 initn: 374 init1: 324 opt: 377  Z-score: 369.8  bits: 77.0 E(32554): 2.8e-14
Smith-Waterman score: 377; 40.9% identity (64.6% similar) in 127 aa overlap (2-125:11-137)

                        10        20        30        40        50 
pF1KB7          MPITRMRMRPWLEMQINSNQIPGLIWINKEEMIFQIPWKHAAKHGWDINKD
                 :  :.:..:::  :.:: : ::: :.: :. .: :::.::..:: . . :
CCDS56 MNQSIPVAPTPPRRVRLKPWLVAQVNSCQYPGLQWVNGEKKLFCIPWRHATRHGPSQDGD
               10        20        30        40        50        60

              60        70        80        90       100       110 
pF1KB7 ACLFRSWAIHTGRYKAGEKEPDPKTWKANFRCAMNSLPDIEEVKDQSRNKGSSAVRVYRM
         .:..:: .::.:  :  : ::  ::::.:::.:.  :.. . :  :.   .  ..:..
CCDS56 NTIFKAWAKETGKYTEGVDEADPAKWKANLRCALNKSRDFRLIYDGPRDMPPQPYKIYEV
               70        80        90       100       110       120

                120       130       140       150       160        
pF1KB7 L---PPLTKNQRKERKSKSSRDAKSKAKRKSCGDSSPDTFSDGLSSSTLPDDHSSYTVPG
           :  : .:  :  :                                           
CCDS56 CSNGPAPTDSQPPEDYSFGAGEEEEEEEELQRMLPSLSLTVTDLEIKFQYRGRPPRALTI
              130       140       150       160       170       180

>>CCDS5808.1 IRF5 gene_id:3663|Hs108|chr7                 (498 aa)
 initn: 427 init1: 375 opt: 377  Z-score: 368.5  bits: 77.1 E(32554): 3.3e-14
Smith-Waterman score: 377; 40.9% identity (64.6% similar) in 127 aa overlap (2-125:11-137)

                        10        20        30        40        50 
pF1KB7          MPITRMRMRPWLEMQINSNQIPGLIWINKEEMIFQIPWKHAAKHGWDINKD
                 :  :.:..:::  :.:: : ::: :.: :. .: :::.::..:: . . :
CCDS58 MNQSIPVAPTPPRRVRLKPWLVAQVNSCQYPGLQWVNGEKKLFCIPWRHATRHGPSQDGD
               10        20        30        40        50        60

              60        70        80        90       100       110 
pF1KB7 ACLFRSWAIHTGRYKAGEKEPDPKTWKANFRCAMNSLPDIEEVKDQSRNKGSSAVRVYRM
         .:..:: .::.:  :  : ::  ::::.:::.:.  :.. . :  :.   .  ..:..
CCDS58 NTIFKAWAKETGKYTEGVDEADPAKWKANLRCALNKSRDFRLIYDGPRDMPPQPYKIYEV
               70        80        90       100       110       120

                120       130       140       150       160        
pF1KB7 L---PPLTKNQRKERKSKSSRDAKSKAKRKSCGDSSPDTFSDGLSSSTLPDDHSSYTVPG
           :  : .:  :  :                                           
CCDS58 CSNGPAPTDSQPPEDYSFGAGEEEEEEEELQRMLPSLSLTEDVKWPPTLQPPTLRPPTLQ
              130       140       150       160       170       180

>>CCDS1492.1 IRF6 gene_id:3664|Hs108|chr1                 (467 aa)
 initn: 366 init1: 315 opt: 360  Z-score: 352.7  bits: 74.0 E(32554): 2.5e-13
Smith-Waterman score: 372; 28.1% identity (56.0% similar) in 352 aa overlap (5-325:7-329)

                 10        20        30        40        50        
pF1KB7   MPITRMRMRPWLEMQINSNQIPGLIWINKEEMIFQIPWKHAAKHGWDINKDACLFRSW
             :.:..:::  :..:.  :::::....   ::::::::..:. . ...  .:..:
CCDS14 MALHPRRVRLKPWLVAQVDSGLYPGLIWLHRDSKRFQIPWKHATRHSPQQEEENTIFKAW
               10        20        30        40        50        60

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB7 AIHTGRYKAGEKEPDPKTWKANFRCAMNSLPDIEEVKDQSRNKGSSAVRVYRMLPPLTKN
       :..::.:. :  .:::  :::..:::.:.  ... . : ...   . :..:..   . . 
CCDS14 AVETGKYQEGVDDPDPAKWKAQLRCALNKSREFNLMYDGTKEVPMNPVKIYQVCD-IPQP
               70        80        90       100       110          

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB7 QRKERKSKSSRDAKSKAKRKSCGDSSPDTFSDGLSSSTLPDDHSSYTVPGYMQD----LE
       : .  .  :. .:    : .   : . .   : :       :.:.. ::  .::    :.
CCDS14 QGSIINPGSTGSAPWDEKDN---DVDEEDEEDEL-------DQSQHHVP--IQDTFPFLN
     120       130          140       150                160       

           180        190           200        210        220      
pF1KB7 VEQA-LTPA-LSPCAVSSTLPD--WHI--PVEV-VPDSTSDLYNFQVSP-MPSTSEATTD
       .. . ..:: .. :.:..  :.  :    :.:. ::..   .  :  :: .  .:   ::
CCDS14 INGSPMAPASVGNCSVGNCSPEAVWPKTEPLEMEVPQAP--IQPFYSSPELWISSLPMTD
       170       180       190       200         210       220     

            230       240       250       260         270       280
pF1KB7 ED----EEGKLPEDIMKLLEQSEWQPTNVDGKGYLLNEPGVQPTS--VYGDFSCKEEPEI
        :     .::   . : .        .: .:   . .. : .: .  ..:  : ..   .
CCDS14 LDIKFQYRGKEYGQTMTV--------SNPQGCRLFYGDLGPMPDQEELFGPVSLEQ---V
         230       240               250       260       270       

               290       300        310       320                  
pF1KB7 DSPGGD-IGLSLQRVFTDLKNMDATWLD-SLLTPVRLPSIQAI-----------PCAP  
         :: . :    :..::. : .:.  .: .:.  :   .: ::           ::::  
CCDS14 KFPGPEHITNEKQKLFTS-KLLDV--MDRGLILEVSGHAIYAIRLCQCKVYWSGPCAPSL
          280       290          300       310       320       330 

CCDS14 VAPNLIERQKKVKLFCLETFLSDLIAHQKGQIEKQPPFEIYLCFGEEWPDGKPLERKLIL
             340       350       360       370       380       390 

>>CCDS9615.1 IRF9 gene_id:10379|Hs108|chr14               (393 aa)
 initn: 306 init1: 177 opt: 350  Z-score: 344.3  bits: 72.2 E(32554): 7.4e-13
Smith-Waterman score: 350; 34.0% identity (69.9% similar) in 156 aa overlap (7-154:11-165)

                   10        20        30        40        50      
pF1KB7     MPITRMRMRPWLEMQINSNQIPGLIWINKEEMIFQIPWKHAAKHGWDINKDACLFR
                 ..: :.  :..:.:.::. : .  . .:.::::::.:. .  ..:: .:.
CCDS96 MASGRARCTRKLRNWVVEQVESGQFPGVCWDDTAKTMFRIPWKHAGKQDFREDQDAAFFK
               10        20        30        40        50        60

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB7 SWAIHTGRYKAGEKEPDPKTWKANFRCAMNSLPDIEEVKDQSRNKGSSAVRVYRMLPP-L
       .:::  :.:: :.    : .::. .:::.:.  ...:: ...:   .   .::..::: .
CCDS96 AWAIFKGKYKEGDT-GGPAVWKTRLRCALNKSSEFKEVPERGRMDVAEPYKVYQLLPPGI
               70         80        90       100       110         

         120       130        140             150       160        
pF1KB7 TKNQRKERKSKSSRDAKS-KAKRKSCGDS------SPDTFSDGLSSSTLPDDHSSYTVPG
       ...:   .:  :.:. .: ...::   :.      ::....:.:..              
CCDS96 VSGQPGTQKVPSKRQHSSVSSERKEEEDAMQNCTLSPSVLQDSLNNEEEGASGGAVHSDI
     120       130       140       150       160       170         

      170       180       190       200       210       220        
pF1KB7 YMQDLEVEQALTPALSPCAVSSTLPDWHIPVEVVPDSTSDLYNFQVSPMPSTSEATTDED
                                                                   
CCDS96 GSSSSSSSPEPQEVTDTTEAPFQGDQRSLEFLLPPEPDYSLLLTFIYNGRVVGEAQVQSL
     180       190       200       210       220       230         




325 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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