Result of FASTA (ccds) for pF1KB7770
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7770, 477 aa
  1>>>pF1KB7770 477 - 477 aa - 477 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1915+/-0.00104; mu= 14.0574+/- 0.063
 mean_var=86.2562+/-17.961, 0's: 0 Z-trim(105.2): 126  B-trim: 74 in 1/51
 Lambda= 0.138095
 statistics sampled from 8152 (8279) to 8152 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.623), E-opt: 0.2 (0.254), width:  16
 Scan time:  3.060

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS2610.2 PPARG gene_id:5468|Hs108|chr3           ( 477) 3162 640.2 1.5e-183
CCDS2609.1 PPARG gene_id:5468|Hs108|chr3           ( 505) 3162 640.2 1.5e-183
CCDS54994.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6          ( 402) 1724 353.6 2.2e-97
CCDS4803.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6           ( 441) 1724 353.7 2.4e-97
CCDS33669.1 PPARA gene_id:5465|Hs108|chr22         ( 468) 1714 351.7   1e-96
CCDS4804.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6           ( 361) 1342 277.5 1.6e-74
CCDS54995.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6          ( 343) 1257 260.6   2e-69
CCDS73750.1 NR2E3 gene_id:10002|Hs108|chr15        ( 410)  498 109.4 7.5e-24
CCDS11361.1 NR1D1 gene_id:9572|Hs108|chr17         ( 614)  468 103.5 6.7e-22
CCDS73751.1 NR2E3 gene_id:10002|Hs108|chr15        ( 367)  430 95.8 8.2e-20
CCDS10177.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 523)  414 92.7   1e-18
CCDS69165.1 NR2E1 gene_id:7101|Hs108|chr6          ( 422)  405 90.9 2.9e-18
CCDS1004.1 RORC gene_id:6097|Hs108|chr1            ( 518)  403 90.5 4.6e-18
CCDS30856.1 RORC gene_id:6097|Hs108|chr1           ( 497)  400 89.9 6.7e-18
CCDS10179.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 556)  396 89.1 1.3e-17
CCDS5063.1 NR2E1 gene_id:7101|Hs108|chr6           ( 385)  393 88.4 1.4e-17
CCDS6646.1 RORB gene_id:6096|Hs108|chr9            ( 459)  392 88.3 1.9e-17
CCDS45271.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 468)  389 87.7 2.9e-17
CCDS10178.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 548)  389 87.7 3.3e-17
CCDS33718.1 NR1D2 gene_id:9975|Hs108|chr3          ( 579)  388 87.5   4e-17
CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12           ( 454)  384 86.7 5.7e-17
CCDS41790.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 443)  380 85.9 9.6e-17
CCDS58236.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 382)  378 85.5 1.1e-16
CCDS42317.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 457)  377 85.3 1.5e-16
CCDS42593.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19         ( 460)  371 84.1 3.4e-16
CCDS2642.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3            ( 448)  370 83.9 3.9e-16
CCDS35172.1 RXRA gene_id:6256|Hs108|chr9           ( 462)  370 83.9   4e-16
CCDS72970.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1           ( 340)  367 83.2 4.6e-16
CCDS11366.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 462)  368 83.5 5.2e-16
CCDS1248.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1            ( 463)  367 83.3   6e-16
CCDS12352.1 NR2F6 gene_id:2063|Hs108|chr19         ( 404)  363 82.5 9.3e-16
CCDS4068.1 NR2F1 gene_id:7025|Hs108|chr5           ( 423)  363 82.5 9.7e-16
CCDS41821.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12         ( 467)  357 81.3 2.4e-15
CCDS44953.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12         ( 483)  357 81.3 2.5e-15
CCDS9051.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12          ( 603)  357 81.4   3e-15
CCDS10375.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15         ( 414)  354 80.7 3.3e-15
CCDS6744.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9           ( 443)  352 80.3 4.6e-15
CCDS6743.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9           ( 626)  352 80.4 6.2e-15
CCDS6742.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9           ( 637)  352 80.4 6.3e-15
CCDS4768.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6            ( 533)  349 79.7 8.1e-15
CCDS59007.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6           ( 537)  349 79.8 8.2e-15
CCDS44585.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11        ( 402)  344 78.7 1.3e-14
CCDS7929.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11         ( 447)  344 78.7 1.4e-14
CCDS73285.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11        ( 453)  344 78.7 1.4e-14
CCDS55340.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9          ( 475)  341 78.1 2.2e-14
CCDS65127.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9          ( 476)  341 78.1 2.2e-14
CCDS35137.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9          ( 480)  341 78.1 2.2e-14
CCDS2201.1 NR4A2 gene_id:4929|Hs108|chr2           ( 598)  330 76.0 1.2e-13
CCDS74905.1 NR2C2 gene_id:7182|Hs108|chr3          ( 596)  328 75.6 1.6e-13
CCDS2621.1 NR2C2 gene_id:7182|Hs108|chr3           ( 615)  328 75.6 1.7e-13


>>CCDS2610.2 PPARG gene_id:5468|Hs108|chr3                (477 aa)
 initn: 3162 init1: 3162 opt: 3162  Z-score: 3409.0  bits: 640.2 E(32554): 1.5e-183
Smith-Waterman score: 3162; 100.0% identity (100.0% similar) in 477 aa overlap (1-477:1-477)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MTMVDTEMPFWPTNFGISSVDLSVMEDHSHSFDIKPFTTVDFSSISTPHYEDIPFTRTDP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 MTMVDTEMPFWPTNFGISSVDLSVMEDHSHSFDIKPFTTVDFSSISTPHYEDIPFTRTDP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 VVADYKYDLKLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKTQLYNKPHEEPSNSLMAIECRVCGDKASG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 VVADYKYDLKLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKTQLYNKPHEEPSNSLMAIECRVCGDKASG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 FHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLNCRIHKKSRNKCQYCRFQKCLAVGMSHNAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 FHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLNCRIHKKSRNKCQYCRFQKCLAVGMSHNAI
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 RFGRMPQAEKEKLLAEISSDIDQLNPESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTKAKARAILTGK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 RFGRMPQAEKEKLLAEISSDIDQLNPESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTKAKARAILTGK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 TTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSVEAVQEITEYA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 TTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSVEAVQEITEYA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 KSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLASLMNKDGVLISEGQGFMTREFLKSLRKPF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 KSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLASLMNKDGVLISEGQGFMTREFLKSLRKPF
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 GDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQDNLLQALELQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 GDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQDNLLQALELQ
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       
pF1KB7 LKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQEIYKDLY
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 LKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQEIYKDLY
              430       440       450       460       470       

>>CCDS2609.1 PPARG gene_id:5468|Hs108|chr3                (505 aa)
 initn: 3162 init1: 3162 opt: 3162  Z-score: 3408.6  bits: 640.2 E(32554): 1.5e-183
Smith-Waterman score: 3162; 100.0% identity (100.0% similar) in 477 aa overlap (1-477:29-505)

                                           10        20        30  
pF1KB7                             MTMVDTEMPFWPTNFGISSVDLSVMEDHSHSF
                                   ::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 MGETLGDSPIDPESDSFTDTLSANISQEMTMVDTEMPFWPTNFGISSVDLSVMEDHSHSF
               10        20        30        40        50        60

             40        50        60        70        80        90  
pF1KB7 DIKPFTTVDFSSISTPHYEDIPFTRTDPVVADYKYDLKLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 DIKPFTTVDFSSISTPHYEDIPFTRTDPVVADYKYDLKLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKT
               70        80        90       100       110       120

            100       110       120       130       140       150  
pF1KB7 QLYNKPHEEPSNSLMAIECRVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLNC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 QLYNKPHEEPSNSLMAIECRVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLNC
              130       140       150       160       170       180

            160       170       180       190       200       210  
pF1KB7 RIHKKSRNKCQYCRFQKCLAVGMSHNAIRFGRMPQAEKEKLLAEISSDIDQLNPESADLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 RIHKKSRNKCQYCRFQKCLAVGMSHNAIRFGRMPQAEKEKLLAEISSDIDQLNPESADLR
              190       200       210       220       230       240

            220       230       240       250       260       270  
pF1KB7 ALAKHLYDSYIKSFPLTKAKARAILTGKTTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 ALAKHLYDSYIKSFPLTKAKARAILTGKTTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQE
              250       260       270       280       290       300

            280       290       300       310       320       330  
pF1KB7 QSKEVAIRIFQGCQFRSVEAVQEITEYAKSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 QSKEVAIRIFQGCQFRSVEAVQEITEYAKSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLAS
              310       320       330       340       350       360

            340       350       360       370       380       390  
pF1KB7 LMNKDGVLISEGQGFMTREFLKSLRKPFGDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVII
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 LMNKDGVLISEGQGFMTREFLKSLRKPFGDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVII
              370       380       390       400       410       420

            400       410       420       430       440       450  
pF1KB7 LSGDRPGLLNVKPIEDIQDNLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 LSGDRPGLLNVKPIEDIQDNLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQL
              430       440       450       460       470       480

            460       470       
pF1KB7 LQVIKKTETDMSLHPLLQEIYKDLY
       :::::::::::::::::::::::::
CCDS26 LQVIKKTETDMSLHPLLQEIYKDLY
              490       500     

>>CCDS54994.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6               (402 aa)
 initn: 1706 init1: 1163 opt: 1724  Z-score: 1861.8  bits: 353.6 E(32554): 2.2e-97
Smith-Waterman score: 1724; 62.9% identity (87.1% similar) in 396 aa overlap (83-477:10-402)

             60        70        80        90       100       110  
pF1KB7 IPFTRTDPVVADYKYDLKLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKTQLYNKPHEEPSNSLMAIECR
                                     .:::   .. :.     .  : . . .:::
CCDS54                      MHQRDLSRSSSPPSLLDQLQM---GCDGASCGSLNMECR
                                    10        20           30      

            120       130       140       150       160       170  
pF1KB7 VCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLNCRIHKKSRNKCQYCRFQKCLA
       ::::::::::::::::::::::::::::.:: :..:. .:.:.::.::::::::::::::
CCDS54 VCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRMKLEYEKCERSCKIQKKNRNKCQYCRFQKCLA
         40        50        60        70        80        90      

            180       190       200        210       220       230 
pF1KB7 VGMSHNAIRFGRMPQAEKEKLLAEISSDI-DQLNPESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTKA
       .:::::::::::::.:::.::.: ....  .: ::. :::.:..::.:..:.:.: .:: 
CCDS54 LGMSHNAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQYNPQVADLKAFSKHIYNAYLKNFNMTKK
        100       110       120       130       140       150      

             240       250       260       270       280       290 
pF1KB7 KARAILTGKTTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSVE
       :::.:::::..  .::::.:...: ..:  . .:...      ::.....:  ::  .::
CCDS54 KARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKEISVHVFYRCQCTTVE
        160       170       180       190       200       210      

             300       310       320       330       340       350 
pF1KB7 AVQEITEYAKSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLASLMNKDGVLISEGQGFMTRE
       .:.:.::.:::::.: .: :::::::::::::: :..::::..::::.:...:.::.:::
CCDS54 TVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNKDGLLVANGSGFVTRE
        220       230       240       250       260       270      

             360       370       380       390       400       410 
pF1KB7 FLKSLRKPFGDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQD
       ::.::::::.:..:::::::::::::::::::::.:::.::: ::::::.::  .: :::
CCDS54 FLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGDRPGLMNVPRVEAIQD
        280       290       300       310       320       330      

             420       430       440       450       460       470 
pF1KB7 NLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQE
       ..:.:::..:. :::... :: ::::::.::::.::::.:..: ::::::. ::::::::
CCDS54 TILRALEFHLQANHPDAQYLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQMMQRIKKTETETSLHPLLQE
        340       350       360       370       380       390      

             
pF1KB7 IYKDLY
       ::::.:
CCDS54 IYKDMY
        400  

>>CCDS4803.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6                (441 aa)
 initn: 1706 init1: 1163 opt: 1724  Z-score: 1861.2  bits: 353.7 E(32554): 2.4e-97
Smith-Waterman score: 1724; 62.9% identity (87.1% similar) in 396 aa overlap (83-477:49-441)

             60        70        80        90       100       110  
pF1KB7 IPFTRTDPVVADYKYDLKLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKTQLYNKPHEEPSNSLMAIECR
                                     .:::   .. :.     .  : . . .:::
CCDS48 EVAEAEGAPELNGGPQHALPSSSYTDLSRSSSPPSLLDQLQM---GCDGASCGSLNMECR
       20        30        40        50        60           70     

            120       130       140       150       160       170  
pF1KB7 VCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLNCRIHKKSRNKCQYCRFQKCLA
       ::::::::::::::::::::::::::::.:: :..:. .:.:.::.::::::::::::::
CCDS48 VCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRMKLEYEKCERSCKIQKKNRNKCQYCRFQKCLA
          80        90       100       110       120       130     

            180       190       200        210       220       230 
pF1KB7 VGMSHNAIRFGRMPQAEKEKLLAEISSDI-DQLNPESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTKA
       .:::::::::::::.:::.::.: ....  .: ::. :::.:..::.:..:.:.: .:: 
CCDS48 LGMSHNAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQYNPQVADLKAFSKHIYNAYLKNFNMTKK
         140       150       160       170       180       190     

             240       250       260       270       280       290 
pF1KB7 KARAILTGKTTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSVE
       :::.:::::..  .::::.:...: ..:  . .:...      ::.....:  ::  .::
CCDS48 KARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKEISVHVFYRCQCTTVE
         200       210       220       230       240       250     

             300       310       320       330       340       350 
pF1KB7 AVQEITEYAKSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLASLMNKDGVLISEGQGFMTRE
       .:.:.::.:::::.: .: :::::::::::::: :..::::..::::.:...:.::.:::
CCDS48 TVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNKDGLLVANGSGFVTRE
         260       270       280       290       300       310     

             360       370       380       390       400       410 
pF1KB7 FLKSLRKPFGDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQD
       ::.::::::.:..:::::::::::::::::::::.:::.::: ::::::.::  .: :::
CCDS48 FLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGDRPGLMNVPRVEAIQD
         320       330       340       350       360       370     

             420       430       440       450       460       470 
pF1KB7 NLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQE
       ..:.:::..:. :::... :: ::::::.::::.::::.:..: ::::::. ::::::::
CCDS48 TILRALEFHLQANHPDAQYLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQMMQRIKKTETETSLHPLLQE
         380       390       400       410       420       430     

             
pF1KB7 IYKDLY
       ::::.:
CCDS48 IYKDMY
         440 

>>CCDS33669.1 PPARA gene_id:5465|Hs108|chr22              (468 aa)
 initn: 1653 init1: 1448 opt: 1714  Z-score: 1850.1  bits: 351.7 E(32554): 1e-96
Smith-Waterman score: 1714; 63.2% identity (86.6% similar) in 397 aa overlap (82-477:74-468)

              60        70        80        90       100       110 
pF1KB7 DIPFTRTDPVVADYKYDLKLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKTQLYNKPHEEPSNSLMAIEC
                                     ::: :       . ..  : ::..:  :::
CCDS33 DSSGSFGFTEYQYLGSCPGSDGSVITDTLSPASSPSSVTYPVVPGSVDESPSGAL-NIEC
            50        60        70        80        90        100  

             120       130       140       150       160       170 
pF1KB7 RVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLNCRIHKKSRNKCQYCRFQKCL
       :.:::::::.::::::::::::::::::::::.::.:: .:.:.::.:::::::::.:::
CCDS33 RICGDKASGYHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLVYDKCDRSCKIQKKNRNKCQYCRFHKCL
            110       120       130       140       150       160  

             180       190        200       210       220       230
pF1KB7 AVGMSHNAIRFGRMPQAEKEKLLAEI-SSDIDQLNPESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTK
       .::::::::::::::..:: :: ::: . . :  . :.:::..:::..:..:.:.: ..:
CCDS33 SVGMSHNAIRFGRMPRSEKAKLKAEILTCEHDIEDSETADLKSLAKRIYEAYLKNFNMNK
            170       180       190       200       210       220  

              240       250       260       270       280       290
pF1KB7 AKARAILTGKTTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSV
       .:::.::.::.... ::::.::..: :.:  .  : ..    :.::. .:::. ::  ::
CCDS33 VKARVILSGKASNNPPFVIHDMETLCMAEKTLVAKLVAN-GIQNKEAEVRIFHCCQCTSV
            230       240       250       260        270       280 

              300       310       320       330       340       350
pF1KB7 EAVQEITEYAKSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLASLMNKDGVLISEGQGFMTR
       :.: :.::.::.::::.:::::::::::::::.: :..::.:.:::::.:.. :.::.::
CCDS33 ETVTELTEFAKAIPGFANLDLNDQVTLLKYGVYEAIFAMLSSVMNKDGMLVAYGNGFITR
             290       300       310       320       330       340 

              360       370       380       390       400       410
pF1KB7 EFLKSLRKPFGDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQ
       :::::::::: :.:::::.::.:::::::::::...:.:.::  :::::::::  :: .:
CCDS33 EFLKSLRKPFCDIMEPKFDFAMKFNALELDDSDISLFVAAIICCGDRPGLLNVGHIEKMQ
             350       360       370       380       390       400 

              420       430       440       450       460       470
pF1KB7 DNLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQ
       ......:.:.:. :::..  :: ::::::.::::.::::.::.:.:::::.: .::::::
CCDS33 EGIVHVLRLHLQSNHPDDIFLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQLVQIIKKTESDAALHPLLQ
             410       420       430       440       450       460 

              
pF1KB7 EIYKDLY
       :::.:.:
CCDS33 EIYRDMY
              

>>CCDS4804.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6                (361 aa)
 initn: 1324 init1: 781 opt: 1342  Z-score: 1451.2  bits: 277.5 E(32554): 1.6e-74
Smith-Waterman score: 1342; 61.5% identity (86.3% similar) in 314 aa overlap (83-395:49-359)

             60        70        80        90       100       110  
pF1KB7 IPFTRTDPVVADYKYDLKLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKTQLYNKPHEEPSNSLMAIECR
                                     .:::   .. :.     .  : . . .:::
CCDS48 EVAEAEGAPELNGGPQHALPSSSYTDLSRSSSPPSLLDQLQMGC---DGASCGSLNMECR
       20        30        40        50        60           70     

            120       130       140       150       160       170  
pF1KB7 VCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLNCRIHKKSRNKCQYCRFQKCLA
       ::::::::::::::::::::::::::::.:: :..:. .:.:.::.::::::::::::::
CCDS48 VCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRMKLEYEKCERSCKIQKKNRNKCQYCRFQKCLA
          80        90       100       110       120       130     

            180       190       200        210       220       230 
pF1KB7 VGMSHNAIRFGRMPQAEKEKLLAEISSDI-DQLNPESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTKA
       .:::::::::::::.:::.::.: ....  .: ::. :::.:..::.:..:.:.: .:: 
CCDS48 LGMSHNAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQYNPQVADLKAFSKHIYNAYLKNFNMTKK
         140       150       160       170       180       190     

             240       250       260       270       280       290 
pF1KB7 KARAILTGKTTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSVE
       :::.:::::..  .::::.:...: ..:  . .:...      ::.....:  ::  .::
CCDS48 KARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKEISVHVFYRCQCTTVE
         200       210       220       230       240       250     

             300       310       320       330       340       350 
pF1KB7 AVQEITEYAKSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLASLMNKDGVLISEGQGFMTRE
       .:.:.::.:::::.: .: :::::::::::::: :..::::..::::.:...:.::.:::
CCDS48 TVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNKDGLLVANGSGFVTRE
         260       270       280       290       300       310     

             360       370       380       390       400       410 
pF1KB7 FLKSLRKPFGDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQD
       ::.::::::.:..:::::::::::::::::::::.:::.::: :                
CCDS48 FLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGGE              
         320       330       340       350       360               

             420       430       440       450       460       470 
pF1KB7 NLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQE

>>CCDS54995.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6               (343 aa)
 initn: 1246 init1: 1163 opt: 1257  Z-score: 1360.1  bits: 260.6 E(32554): 2e-69
Smith-Waterman score: 1257; 61.7% identity (88.4% similar) in 303 aa overlap (176-477:41-343)

         150       160       170       180       190       200     
pF1KB7 DRCDLNCRIHKKSRNKCQYCRFQKCLAVGMSHNAIRFGRMPQAEKEKLLAEISSDI-DQL
                                     :..::::::::.:::.::.: ....  .: 
CCDS54 VREEEEKEEVAEAEGAPELNGGPQHALPSSSYTAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQY
               20        30        40        50        60        70

          210       220       230       240       250       260    
pF1KB7 NPESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTKAKARAILTGKTTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKF
       ::. :::.:..::.:..:.:.: .:: :::.:::::..  .::::.:...: ..:  . .
CCDS54 NPQVADLKAFSKHIYNAYLKNFNMTKKKARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVW
               80        90       100       110       120       130

          270       280       290       300       310       320    
pF1KB7 KHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSVEAVQEITEYAKSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHE
       :...      ::.....:  ::  .::.:.:.::.:::::.: .: ::::::::::::::
CCDS54 KQLVNGLPPYKEISVHVFYRCQCTTVETVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHE
              140       150       160       170       180       190

          330       340       350       360       370       380    
pF1KB7 IIYTMLASLMNKDGVLISEGQGFMTREFLKSLRKPFGDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDL
        :..::::..::::.:...:.::.:::::.::::::.:..::::::::::::::::::::
CCDS54 AIFAMLASIVNKDGLLVANGSGFVTREFLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDL
              200       210       220       230       240       250

          390       400       410       420       430       440    
pF1KB7 AIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQDNLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQ
       :.:::.::: ::::::.::  .: :::..:.:::..:. :::... :: ::::::.::::
CCDS54 ALFIAAIILCGDRPGLMNVPRVEAIQDTILRALEFHLQANHPDAQYLFPKLLQKMADLRQ
              260       270       280       290       300       310

          450       460       470       
pF1KB7 IVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQEIYKDLY
       .::::.:..: ::::::. ::::::::::::.:
CCDS54 LVTEHAQMMQRIKKTETETSLHPLLQEIYKDMY
              320       330       340   

>>CCDS73750.1 NR2E3 gene_id:10002|Hs108|chr15             (410 aa)
 initn: 398 init1: 217 opt: 498  Z-score: 541.6  bits: 109.4 E(32554): 7.5e-24
Smith-Waterman score: 498; 29.7% identity (58.4% similar) in 394 aa overlap (100-475:36-410)

      70        80        90       100       110       120         
pF1KB7 KLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKTQLYNKPHEEPSNSLMAIECRVCGDKASGFHYGVHACE
                                     :.:..   ...::::::..:: :::..::.
CCDS73 TALMSSTVAAAAPAAGAASRKESPGRWGLGEDPTGVSPSLQCRVCGDSSSGKHYGIYACN
          10        20        30        40        50        60     

     130       140       150          160       170       180      
pF1KB7 GCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLN---CRIHKKSRNKCQYCRFQKCLAVGMSHNAIRFGRMP
       ::.:::.:..: .::: ::...   : . :  ::.:: ::..::: .::...:..  :.:
CCDS73 GCSGFFKRSVRRRLIY-RCQVGAGMCPVDKAHRNQCQACRLKKCLQAGMNQDAVQNERQP
          70        80         90       100       110       120    

        190       200       210       220       230             240
pF1KB7 QAEKEKLLAEISSDIDQLNPESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTKAKA------RAILTGK
       ..  .  :  . :. ..  :::  : :       :     :.. :.:       ...:..
CCDS73 RSTAQVHLDSMESNTES-RPES--LVAPPAPAGRSPRGPTPMSAARALGHHFMASLITAE
          130       140          150       160       170       180 

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 TTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSVEAVQEITEYA
       :  :      : :  . ..:  .:   .: . .:      : .     :.. .   ...:
CCDS73 TCAKLEPEDADENIDVTSNDP-EFPS-SPYSSSSPCGLDSIHE----TSARLLFMAVKWA
             190       200         210       220           230     

              310       320         330        340           350   
pF1KB7 KSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIY--TMLASL-MNKDGVLI----SEGQGFMTREFL
       :..: : .: . ::: ::. .  :..   ..  :: ...  .:     : . : . :  :
CCDS73 KNLPVFSSLPFRDQVILLEEAWSELFLLGAIQWSLPLDSCPLLAPPEASAAGGAQGRLTL
         240       250       260       270       280       290     

           360         370       380       390       400       410 
pF1KB7 KSLRKPFGDFMEPKF--EFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQD
        :        :: .   :   .: :: .: ...: . :..... .  :: . . .: .::
CCDS73 AS--------METRVLQETISRFRALAVDPTEFACMKALVLFKPETRGLKDPEHVEALQD
                 300       310       320       330       340       

             420       430       440       450       460       470 
pF1KB7 NLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQE
       .    :  . : .:: .   :.:::  . .:: :..:...::  ..::  .  .. :: .
CCDS73 QSQVMLSQHSKAHHPSQPVRFGKLLLLLPSLRFITAERIELL-FFRKTIGNTPMEKLLCD
       350       360       370       380        390       400      

             
pF1KB7 IYKDLY
       ..:.  
CCDS73 MFKN  
        410  

>>CCDS11361.1 NR1D1 gene_id:9572|Hs108|chr17              (614 aa)
 initn: 806 init1: 241 opt: 468  Z-score: 506.6  bits: 103.5 E(32554): 6.7e-22
Smith-Waterman score: 468; 50.8% identity (75.0% similar) in 132 aa overlap (84-205:98-228)

            60        70        80        90       100             
pF1KB7 PFTRTDPVVADYKYDLKLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKTQLYNKPHEEPSNSL-------
                                     :::  : .. . .. .  ::.:        
CCDS11 FGSIPPSLSDDGSPSSSSSSSSSSSSFYNGSPPG-SLQVAMEDSSRVSPSKSTSNITKLN
        70        80        90       100        110       120      

         110       120       130       140         150       160   
pF1KB7 -MAIECRVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLIYDRC--DLNCRIHKKSRNKCQ
        :.. :.:::: ::::::::::::::::::::.:. .. : ::  . :: : . .::.::
CCDS11 GMVLLCKVCGDVASGFHYGVHACEGCKGFFRRSIQQNIQYKRCLKNENCSIVRINRNRCQ
        130       140       150       160       170       180      

           170       180       190       200       210       220   
pF1KB7 YCRFQKCLAVGMSHNAIRFGRMPQAEKEKLLAEISSDIDQLNPESADLRALAKHLYDSYI
        :::.:::.::::..:.::::.:. ::...:::..: ..  :                  
CCDS11 QCRFKKCLSVGMSRDAVRFGRIPKREKQRMLAEMQSAMNLANNQLSSQCPLETSPTQHPT
        190       200       210       220       230       240      

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pF1KB7 KSFPLTKAKARAILTGKTTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQ
                                                                   
CCDS11 PGPMGPSPPPAPVPSPLVGFSQFPQQLTPPRSPSPEPTVEDVISQVARAHREIFTYAHDK
        250       260       270       280       290       300      

>--
 initn: 355 init1: 215 opt: 360  Z-score: 390.4  bits: 82.0 E(32554): 2e-15
Smith-Waterman score: 360; 35.2% identity (71.4% similar) in 182 aa overlap (273-453:427-606)

            250       260       270       280       290       300  
pF1KB7 DKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSVEAVQEITEYAKS
                                     .: ... .:..  ..  . ::.:..:.:: 
CCDS11 PEGKAPANSPRQGNSKNVLLACPMNMYPHGRSGRTVQEIWEDFSMSFTPAVREVVEFAKH
        400       410       420       430       440       450      

            310       320       330        340       350       360 
pF1KB7 IPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLASLMN-KDGVLISEGQGFMTREFLKSLRKPFG
       :::: .:. .::::::: :. :.... .:::.: :: ...  ..  .. . : ..   .:
CCDS11 IPGFRDLSQHDQVTLLKAGTFEVLMVRFASLFNVKDQTVMFLSRTTYSLQELGAM--GMG
        460       470       480       490       500       510      

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pF1KB7 DFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQDNLLQALELQL
       :..   :.:. :.:.: : . .:..: ::...:.:: :. :   .:..:..::.::.  .
CCDS11 DLLSAMFDFSEKLNSLALTEEELGLFTAVVLVSADRSGMENSASVEQLQETLLRALRALV
          520       530       540       550       560       570    

             430       440       450       460       470       
pF1KB7 KLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQEIYKDLY
         :.:  .. :.::: :. ::: . . : . :                        
CCDS11 LKNRPLETSRFTKLLLKLPDLRTLNNMHSEKLLSFRVDAQ                
          580       590       600       610                    

>>CCDS73751.1 NR2E3 gene_id:10002|Hs108|chr15             (367 aa)
 initn: 398 init1: 217 opt: 430  Z-score: 469.2  bits: 95.8 E(32554): 8.2e-20
Smith-Waterman score: 430; 29.6% identity (57.1% similar) in 345 aa overlap (100-426:36-362)

      70        80        90       100       110       120         
pF1KB7 KLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKTQLYNKPHEEPSNSLMAIECRVCGDKASGFHYGVHACE
                                     :.:..   ...::::::..:: :::..::.
CCDS73 TALMSSTVAAAAPAAGAASRKESPGRWGLGEDPTGVSPSLQCRVCGDSSSGKHYGIYACN
          10        20        30        40        50        60     

     130       140       150          160       170       180      
pF1KB7 GCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLN---CRIHKKSRNKCQYCRFQKCLAVGMSHNAIRFGRMP
       ::.:::.:..: .::: ::...   : . :  ::.:: ::..::: .::...:..  :.:
CCDS73 GCSGFFKRSVRRRLIY-RCQVGAGMCPVDKAHRNQCQACRLKKCLQAGMNQDAVQNERQP
          70        80         90       100       110       120    

        190       200       210       220       230             240
pF1KB7 QAEKEKLLAEISSDIDQLNPESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTKAKA------RAILTGK
       ..  .  :  . :. ..  :::  : :       :     :.. :.:       ...:..
CCDS73 RSTAQVHLDSMESNTES-RPES--LVAPPAPAGRSPRGPTPMSAARALGHHFMASLITAE
          130       140          150       160       170       180 

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pF1KB7 TTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSVEAVQEITEYA
       :  :      : :  . ..:  .:   .: . .:      : .     :.. .   ...:
CCDS73 TCAKLEPEDADENIDVTSNDP-EFPS-SPYSSSSPCGLDSIHE----TSARLLFMAVKWA
             190       200         210       220           230     

              310       320         330        340           350   
pF1KB7 KSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIY--TMLASL-MNKDGVLI----SEGQGFMTREFL
       :..: : .: . ::: ::. .  :..   ..  :: ...  .:     : . : . :  :
CCDS73 KNLPVFSSLPFRDQVILLEEAWSELFLLGAIQWSLPLDSCPLLAPPEASAAGGAQGRLTL
         240       250       260       270       280       290     

           360         370       380       390       400       410 
pF1KB7 KSLRKPFGDFMEPKF--EFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQD
        :        :: .   :   .: :: .: ...: . :..... .  :: . . .: .::
CCDS73 AS--------METRVLQETISRFRALAVDPTEFACMKALVLFKPETRGLKDPEHVEALQD
                 300       310       320       330       340       

             420       430       440       450       460       470 
pF1KB7 NLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQE
       .    :  . : .::                                             
CCDS73 QSQVMLSQHSKAHHPSQPVR                                        
       350       360                                               




477 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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