Result of FASTA (ccds) for pF1KB3282
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3282, 740 aa
  1>>>pF1KB3282 740 - 740 aa - 740 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0364+/-0.00121; mu= 15.9623+/- 0.072
 mean_var=74.6295+/-14.798, 0's: 0 Z-trim(101.9): 69  B-trim: 26 in 1/49
 Lambda= 0.148463
 statistics sampled from 6648 (6714) to 6648 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.557), E-opt: 0.2 (0.206), width:  16
 Scan time:  3.740

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS8734.1 ABCD2 gene_id:225|Hs108|chr12           ( 740) 4839 1046.7       0
CCDS14728.1 ABCD1 gene_id:215|Hs108|chrX           ( 745) 1826 401.3 2.8e-111
CCDS749.1 ABCD3 gene_id:5825|Hs108|chr1            ( 659) 1041 233.2   1e-60
CCDS9828.1 ABCD4 gene_id:5826|Hs108|chr14          ( 606)  524 122.4 2.1e-27
CCDS44175.1 ABCD3 gene_id:5825|Hs108|chr1          ( 236)  402 96.1 6.5e-20


>>CCDS8734.1 ABCD2 gene_id:225|Hs108|chr12                (740 aa)
 initn: 4839 init1: 4839 opt: 4839  Z-score: 5599.1  bits: 1046.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4839; 100.0% identity (100.0% similar) in 740 aa overlap (1-740:1-740)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MTHMLNAAADRVKWTRSSAAKRAACLVAAAYALKTLYPIIGKRLKQSGHGKKKAAAYPAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 MTHMLNAAADRVKWTRSSAAKRAACLVAAAYALKTLYPIIGKRLKQSGHGKKKAAAYPAA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 ENTEILHCTETICEKPSPGVNADFFKQLLELRKILFPKLVTTETGWLCLHSVALISRTFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 ENTEILHCTETICEKPSPGVNADFFKQLLELRKILFPKLVTTETGWLCLHSVALISRTFL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 SIYVAGLDGKIVKSIVEKKPRTFIIKLIKWLMIAIPATFVNSAIRYLECKLALAFRTRLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 SIYVAGLDGKIVKSIVEKKPRTFIIKLIKWLMIAIPATFVNSAIRYLECKLALAFRTRLV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 DHAYETYFTNQTYYKVINMDGRLANPDQSLTEDIMMFSQSVAHLYSNLTKPILDVMLTSY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 DHAYETYFTNQTYYKVINMDGRLANPDQSLTEDIMMFSQSVAHLYSNLTKPILDVMLTSY
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 TLIQTATSRGASPIGPTLLAGLVVYATAKVLKACSPKFGKLVAEEAHRKGYLRYVHSRII
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 TLIQTATSRGASPIGPTLLAGLVVYATAKVLKACSPKFGKLVAEEAHRKGYLRYVHSRII
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 ANVEEIAFYRGHKVEMKQLQKSYKALADQMNLILSKRLWYIMIEQFLMKYVWSSSGLIMV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 ANVEEIAFYRGHKVEMKQLQKSYKALADQMNLILSKRLWYIMIEQFLMKYVWSSSGLIMV
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 AIPIITATGFADGEDGQKQVMVSERTEAFTTARNLLASGADAIERIMSSYKEVTELAGYT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 AIPIITATGFADGEDGQKQVMVSERTEAFTTARNLLASGADAIERIMSSYKEVTELAGYT
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 ARVYNMFWVFDEVKRGIYKRTAVIQESESHSKNGAKVELPLSDTLAIKGKVIDVDHGIIC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 ARVYNMFWVFDEVKRGIYKRTAVIQESESHSKNGAKVELPLSDTLAIKGKVIDVDHGIIC
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 ENVPIITPAGEVVASRLNFKVEEGMHLLITGPNGCGKSSLFRILSGLWPVYEGVLYKPPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 ENVPIITPAGEVVASRLNFKVEEGMHLLITGPNGCGKSSLFRILSGLWPVYEGVLYKPPP
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 QHMFYIPQRPYMSLGSLRDQVIYPDSVDDMHDKGYTDQDLERILHNVHLYHIVQREGGWD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 QHMFYIPQRPYMSLGSLRDQVIYPDSVDDMHDKGYTDQDLERILHNVHLYHIVQREGGWD
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 AVMDWKDVLSGGEKQRMGMARMFYHKPKYALLDECTSAVSIDVEGKIFQAAKGAGISLLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 AVMDWKDVLSGGEKQRMGMARMFYHKPKYALLDECTSAVSIDVEGKIFQAAKGAGISLLS
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 ITHRPSLWKYHTHLLQFDGEGGWRFEQLDTAIRLTLSEEKQKLESQLAGIPKMQQRLNEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 ITHRPSLWKYHTHLLQFDGEGGWRFEQLDTAIRLTLSEEKQKLESQLAGIPKMQQRLNEL
              670       680       690       700       710       720

              730       740
pF1KB3 CKILGEDSVLKTIKNEDETS
       ::::::::::::::::::::
CCDS87 CKILGEDSVLKTIKNEDETS
              730       740

>>CCDS14728.1 ABCD1 gene_id:215|Hs108|chrX                (745 aa)
 initn: 3099 init1: 1816 opt: 1826  Z-score: 2111.3  bits: 401.3 E(32554): 2.8e-111
Smith-Waterman score: 3151; 65.7% identity (86.0% similar) in 727 aa overlap (14-726:10-722)

               10        20         30        40        50         
pF1KB3 MTHMLNAAADRVKWTRSSAAKRAACLVA-AAYALKTLYPIIGKRLKQSGHGKKKAAAYPA
                    : :... ::.: :.: :::. . .::.. . :  . .: .  :. :.
CCDS14     MPVLSRPRPW-RGNTLKRTAVLLALAAYGAHKVYPLVRQCLAPA-RGLQAPAGEPT
                   10         20        30        40         50    

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB3 AENTEILHCTETICEKPSPGVNADFFKQLLELRKILFPKLVTTETGWLCLHSVALISRTF
        : . .           . :.:  :...:: : ..:::...  ::: : :::.::.::::
CCDS14 QEASGV--------AAAKAGMNRVFLQRLLWLLRLLFPRVLCRETGLLALHSAALVSRTF
           60                70        80        90       100      

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB3 LSIYVAGLDGKIVKSIVEKKPRTFIIKLIKWLMIAIPATFVNSAIRYLECKLALAFRTRL
       ::.::: :::.... ::.: ::.:  .:..::.::.::::::::::::: .:::.::.::
CCDS14 LSVYVARLDGRLARCIVRKDPRAFGWQLLQWLLIALPATFVNSAIRYLEGQLALSFRSRL
        110       120       130       140       150       160      

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB3 VDHAYETYFTNQTYYKVINMDGRLANPDQSLTEDIMMFSQSVAHLYSNLTKPILDVMLTS
       : :::. ::..::::.: :::::: :::::::::.. :. ::::::::::::.::: .::
CCDS14 VAHAYRLYFSQQTYYRVSNMDGRLRNPDQSLTEDVVAFAASVAHLYSNLTKPLLDVAVTS
        170       180       190       200       210       220      

     240       250       260       270       280       290         
pF1KB3 YTLIQTATSRGASPIGPTLLAGLVVYATAKVLKACSPKFGKLVAEEAHRKGYLRYVHSRI
       :::...: ::::.   :. .:::::. ::.::.: :::::.::::::.::: :::.:::.
CCDS14 YTLLRAARSRGAGTAWPSAIAGLVVFLTANVLRAFSPKFGELVAEEARRKGELRYMHSRV
        230       240       250       260       270       280      

     300       310       320       330       340       350         
pF1KB3 IANVEEIAFYRGHKVEMKQLQKSYKALADQMNLILSKRLWYIMIEQFLMKYVWSSSGLIM
       .:: :::::: ::.::.  ::.::. ::.:.:::: .::::.:.::::::::::.:::.:
CCDS14 VANSEEIAFYGGHEVELALLQRSYQDLASQINLILLERLWYVMLEQFLMKYVWSASGLLM
        290       300       310       320       330       340      

     360       370                380       390       400       410
pF1KB3 VAIPIITATGFADGE---------DGQKQVMVSERTEAFTTARNLLASGADAIERIMSSY
       ::.:::::::.....         . ... .::::::::: :::::...:::::::::::
CCDS14 VAVPIITATGYSESDAEAVKKAALEKKEEELVSERTEAFTIARNLLTAAADAIERIMSSY
        350       360       370       380       390       400      

              420       430       440       450           460      
pF1KB3 KEVTELAGYTARVYNMFWVFDEVKRGIYKRTAVIQESESHS----KNGAKVELPLSDTLA
       :::::::::::::..:: ::..:.:  .::   ...... :    ..:..:: ::.    
CCDS14 KEVTELAGYTARVHEMFQVFEDVQRCHFKRPRELEDAQAGSGTIGRSGVRVEGPLK----
        410       420       430       440       450       460      

        470       480       490       500       510       520      
pF1KB3 IKGKVIDVDHGIICENVPIITPAGEVVASRLNFKVEEGMHLLITGPNGCGKSSLFRILSG
       :.:.:.::..::::::.::.::.::::.. ::..::::::::::::::::::::::::.:
CCDS14 IRGQVVDVEQGIICENIPIVTPSGEVVVASLNIRVEEGMHLLITGPNGCGKSSLFRILGG
            470       480       490       500       510       520  

        530       540       550       560       570       580      
pF1KB3 LWPVYEGVLYKPPPQHMFYIPQRPYMSLGSLRDQVIYPDSVDDMHDKGYTDQDLERILHN
       :::.: :::::::::.:::::::::::.:::::::::::::.::. :::..:::: ::  
CCDS14 LWPTYGGVLYKPPPQRMFYIPQRPYMSVGSLRDQVIYPDSVEDMQRKGYSEQDLEAILDV
            530       540       550       560       570       580  

        590       600       610       620       630       640      
pF1KB3 VHLYHIVQREGGWDAVMDWKDVLSGGEKQRMGMARMFYHKPKYALLDECTSAVSIDVEGK
       :::.::.::::::.:. :::::::::::::.::::::::.::::::::::::::::::::
CCDS14 VHLHHILQREGGWEAMCDWKDVLSGGEKQRIGMARMFYHRPKYALLDECTSAVSIDVEGK
            590       600       610       620       630       640  

        650       660       670       680       690       700      
pF1KB3 IFQAAKGAGISLLSITHRPSLWKYHTHLLQFDGEGGWRFEQLDTAIRLTLSEEKQKLESQ
       :::::: :::.::::::::::::::::::::::::::.::.::.: ::.:.::::.::.:
CCDS14 IFQAAKDAGIALLSITHRPSLWKYHTHLLQFDGEGGWKFEKLDSAARLSLTEEKQRLEQQ
            650       660       670       680       690       700  

        710       720       730       740         
pF1KB3 LAGIPKMQQRLNELCKILGEDSVLKTIKNEDETS         
       ::::::::.::.:::.::::                       
CCDS14 LAGIPKMQRRLQELCQILGEAVAPAHVPAPSPQGPGGLQGAST
            710       720       730       740     

>>CCDS749.1 ABCD3 gene_id:5825|Hs108|chr1                 (659 aa)
 initn: 1539 init1: 906 opt: 1041  Z-score: 1203.5  bits: 233.2 E(32554): 1e-60
Smith-Waterman score: 1579; 40.3% identity (70.1% similar) in 670 aa overlap (22-688:11-650)

               10        20        30        40         50         
pF1KB3 MTHMLNAAADRVKWTRSSAAKRAACLVAAAYALKTLYPIIGKRLKQSG-HGKKKAAAYPA
                            : . :..::. :  :   . :: .  : ::::  .. : 
CCDS74            MAAFSKYLTARNSSLAGAAFLLLCL---LHKRRRALGLHGKK--SGKPP
                          10        20           30          40    

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB3 AENTEILHCTETICEKPSPGVNADFFKQLLELRKILFPKLVTTETGWLCLHSVALISRTF
        .:.:     :   :.    :.  ::..:... ::. :.    :::.: : .: :.:::.
CCDS74 LQNNE----KEGKKERAV--VDKVFFSRLIQILKIMVPRTFCKETGYLVLIAVMLVSRTY
               50          60        70        80        90        

     120       130       140       150        160       170        
pF1KB3 LSIYVAGLDGKIVKSIVEKKPRTFIIKLIKWLMIAIP-ATFVNSAIRYLECKLALAFRTR
        ....   .: ...: .  . :  . . .  .. :.:  ..::. ..:   .: : ::.:
CCDS74 CDVWMIQ-NGTLIESGIIGRSRKDFKRYLLNFIAAMPLISLVNNFLKYGLNELKLCFRVR
      100        110       120       130       140       150       

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB3 LVDHAYETYFTNQTYYKVINMDGRLANPDQSLTEDIMMFSQSVAHLYSNLTKPILDVMLT
       :. . :: :.   ::::. :.:.:.::::: ::.:.  : .::. :::::.::.::..: 
CCDS74 LTKYLYEEYLQAFTYYKMGNLDNRIANPDQLLTQDVEKFCNSVVDLYSNLSKPFLDIVLY
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        . :   ... ::.  :: ...: :::  ..  :      .::..  : . .:  :::.:
CCDS74 IFKL---TSAIGAQ--GPASMMAYLVV--SGLFLTRLRRPIGKMTITEQKYEGEYRYVNS
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pF1KB3 RIIANVEEIAFYRGHKVEMKQLQKSYKALADQMNLILSKRLWYIMIEQFLMKYVWSSSGL
       :.:.: :::::: :.: : . ... .. :..... ..  :. . .:.... ::. .  : 
CCDS74 RLITNSEEIAFYNGNKREKQTVHSVFRKLVEHLHNFILFRFSMGFIDSIIAKYLATVVGY
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pF1KB3 IMVAIPIITATGFADGEDGQKQVMVSERTEAFTTARNLLASGADAIERIMSSYKEVTELA
       ..:. :..  .     .  . .   ::  : .  .  .:   ..:. ::. . .:.:.::
CCDS74 LVVSRPFLDLS-----HPRHLKSTHSELLEDYYQSGRMLLRMSQALGRIVLAGREMTRLA
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pF1KB3 GYTARVYNMFWVFDEVKRGIYKRTAVIQESESHSKNGAKVELPLSDTLAIKGKVIDVDHG
       :.:::. ... :. ....: :.:: : :. ..   .:..: .::   .   :..: .:. 
CCDS74 GFTARITELMQVLKDLNHGKYERTMVSQQEKG--IEGVQV-IPL---IPGAGEIIIADNI
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       :::.:.:: :::::::::::.:::.:::::..:.:::::::::.:::: :..  . .::.
CCDS74 GWDSVQDWMDVLSGGEKQRMAMARLFYHKPQFAILDECTSAVSVDVEGYIYSHCRKVGIT
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       :....:: ::::.: . :..::.:...:.:.                             
CCDS74 LFTVSHRKSLWKHHEYYLHMDGRGNYEFKQITEDTVEFGS                    
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pF1KB3 NELCKILGEDSVLKTIKNEDETS

>>CCDS9828.1 ABCD4 gene_id:5826|Hs108|chr14               (606 aa)
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CCDS98                          MAVAGPAPGAGARPRLDLQFLQRFLQILKVLFPSW
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        ..... . :  . :     . :: .::  .   ... .:     .. .: : ..:.   
CCDS98 -SSQNALMFLTLLCLTLLEQFVIYQVGLIPSQYYGVLGNKD----LEGFKTLTFLAVMLI
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pF1KB3 FVNSAIRYLE---CKLA-LAFRTRLVDHAYETYFTNQTYYKVINMDGRLANPDQSLTEDI
        .::... ..   :.:  ...:  :..: .. :: ...:: .  .   . :::: ...:.
CCDS98 VLNSTLKSFDQFTCNLLYVSWRKDLTEHLHRLYFRGRAYYTLNVLRDDIDNPDQRISQDV
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         : .... . :.:   :.. .   :   :   : :   .::. . :  . .:.      
CCDS98 ERFCRQLSSMASKL---IISPFTLVYYTYQCFQSTGW--LGPVSIFGYFILGTVVNKTLM
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       .:   ::: .: . .: .:. : .: .:.:  ::::. .::  . ..  . : . .  ..
CCDS98 GPIVMKLVHQE-KLEGDFRFKHMQIRVNAEPAAFYRAGHVEHMRTDRRLQRLLQTQRELM
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       ::.:: :: :. :   :. :  . ...::::.... ..:   .. ...::.  .::.   
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        :..  .. :.  .:.   ....:::: :.        .... .   .   :. :  ...
CCDS98 -LISCFTQLID--LST--TLSDVAGYTHRI-------GQLRETLLDMSLKSQDCEILGES
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pF1KB3 NGCGKSSLFRILSGLWPVYEG---VLYKPPPQHMFYIPQRPYMSLGSLRDQVIYPDSVDD
       .: ::.::.:.:.:::   .:   .:    :. ....::.:... :.::.::::: . . 
CCDS98 TGTGKTSLLRVLGGLWTSTRGSVQMLTDFGPHGVLFLPQKPFFTDGTLREQVIYPLK-EV
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       . :.: .:.. . :.:. . : ..: :  : :  .::.  :::: :: ::...::.:: .
CCDS98 YPDSGSADDERILRFLELAGLSNLVARTEGLDQQVDWNWYDVLSPGEMQRLSFARLFYLQ
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pF1KB3 PKYALLDECTSAVSIDVEGKIFQAAKGAGISLLSITHRPSLWKYHTHLLQFDGEGGWRFE
       ::::.::: :::.. .::..... ..  :....:. :: :: :.:. .:.. : : :.. 
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pF1KB3 QLDTAIRLTLSEEKQKLESQLAGIPKMQQRLNELCKILGEDSVLKTIKNEDETS
       ..                                                    
CCDS98 RIKVE                                                 
                                                             

>>CCDS44175.1 ABCD3 gene_id:5825|Hs108|chr1               (236 aa)
 initn: 394 init1: 368 opt: 402  Z-score: 471.0  bits: 96.1 E(32554): 6.5e-20
Smith-Waterman score: 413; 35.6% identity (63.6% similar) in 239 aa overlap (22-258:11-234)

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CCDS44            MAAFSKYLTARNSSLAGAAFLLLCL---LHKRRRALGLHGKKSGK--PP
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pF1KB3 AENTEILHCTETICEKPSPGVNADFFKQLLELRKILFPKLVTTETGWLCLHSVALISRTF
        .:.:     :   .:    :.  ::..:... ::. :.    :::.: : .: :.:::.
CCDS44 LQNNE----KEG--KKERAVVDKVFFSRLIQILKIMVPRTFCKETGYLVLIAVMLVSRTY
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        ....   .: ...: .  . :  . . .  .. :.:  ..::. ..:   .: : ::.:
CCDS44 CDVWMIQ-NGTLIESGIIGRSRKDFKRYLLNFIAAMPLISLVNNFLKYGLNELKLCFRVR
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CCDS44 IFKL---TSAIGAQVLGKILWH                                      
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740 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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