Result of FASTA (ccds) for pF1KB3091
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3091, 934 aa
  1>>>pF1KB3091 934 - 934 aa - 934 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2950+/-0.00139; mu= 16.0279+/- 0.083
 mean_var=77.0764+/-14.973, 0's: 0 Z-trim(99.3): 40  B-trim: 0 in 0/49
 Lambda= 0.146088
 statistics sampled from 5652 (5673) to 5652 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.509), E-opt: 0.2 (0.174), width:  16
 Scan time:  3.730

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS1834.1 MSH2 gene_id:4436|Hs108|chr2            ( 934) 6015 1278.4       0
CCDS58709.1 MSH2 gene_id:4436|Hs108|chr2           ( 868) 5587 1188.1       0
CCDS34195.1 MSH3 gene_id:4437|Hs108|chr5           (1137)  778 174.6 9.3e-43
CCDS670.1 MSH4 gene_id:4438|Hs108|chr1             ( 936)  752 169.1 3.5e-41
CCDS62907.1 MSH6 gene_id:2956|Hs108|chr2           (1058)  590 135.0 7.4e-31
CCDS62906.1 MSH6 gene_id:2956|Hs108|chr2           (1230)  590 135.0 8.5e-31
CCDS1836.1 MSH6 gene_id:2956|Hs108|chr2            (1360)  590 135.0 9.3e-31
CCDS4720.1 MSH5 gene_id:4439|Hs108|chr6            ( 834)  554 127.4 1.1e-28
CCDS34410.1 MSH5 gene_id:4439|Hs108|chr6           ( 835)  544 125.3 4.9e-28
CCDS34409.2 MSH5 gene_id:4439|Hs108|chr6           ( 822)  500 116.0   3e-25


>>CCDS1834.1 MSH2 gene_id:4436|Hs108|chr2                 (934 aa)
 initn: 6015 init1: 6015 opt: 6015  Z-score: 6847.7  bits: 1278.4 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6015; 100.0% identity (100.0% similar) in 934 aa overlap (1-934:1-934)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MAVQPKETLQLESAAEVGFVRFFQGMPEKPTTTVRLFDRGDFYTAHGEDALLAAREVFKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 MAVQPKETLQLESAAEVGFVRFFQGMPEKPTTTVRLFDRGDFYTAHGEDALLAAREVFKT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 QGVIKYMGPAGAKNLQSVVLSKMNFESFVKDLLLVRQYRVEVYKNRAGNKASKENDWYLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 QGVIKYMGPAGAKNLQSVVLSKMNFESFVKDLLLVRQYRVEVYKNRAGNKASKENDWYLA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 YKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 YKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPD
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 NDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITERKKADFSTKDIYQD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 NDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITERKKADFSTKDIYQD
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 LNRLLKGKKGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFSQYM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 LNRLLKGKKGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFSQYM
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 KLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 KLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 NLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQRQAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 NLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQRQAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 LEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLDMDQVENHEFLVKPSFDPNLSE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 LEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLDMDQVENHEFLVKPSFDPNLSE
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 LREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVTCKEEKVLRNNKNFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 LREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVTCKEEKVLRNNKNFS
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 TVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 TVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLA
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 QLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 QLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKD
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 KQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDCILARVGAGDSQLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 KQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDCILARVGAGDSQLK
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB3 GVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 GVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMF
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB3 ATHFHELTALANQIPTVNNLHVTALTTEETLTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 ATHFHELTALANQIPTVNNLHVTALTTEETLTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHV
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB3 IECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLEREQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 IECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLEREQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMS
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930    
pF1KB3 EENITIKLKQLKAEVIAKNNSFVNEIISRIKVTT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 EENITIKLKQLKAEVIAKNNSFVNEIISRIKVTT
              910       920       930    

>>CCDS58709.1 MSH2 gene_id:4436|Hs108|chr2                (868 aa)
 initn: 5587 init1: 5587 opt: 5587  Z-score: 6360.7  bits: 1188.1 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5587; 100.0% identity (100.0% similar) in 868 aa overlap (67-934:1-868)

         40        50        60        70        80        90      
pF1KB3 FDRGDFYTAHGEDALLAAREVFKTQGVIKYMGPAGAKNLQSVVLSKMNFESFVKDLLLVR
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58                               MGPAGAKNLQSVVLSKMNFESFVKDLLLVR
                                             10        20        30

        100       110       120       130       140       150      
pF1KB3 QYRVEVYKNRAGNKASKENDWYLAYKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 QYRVEVYKNRAGNKASKENDWYLAYKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVD
               40        50        60        70        80        90

        160       170       180       190       200       210      
pF1KB3 GQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPDNDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPDNDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQI
              100       110       120       130       140       150

        220       230       240       250       260       270      
pF1KB3 IQRGGILITERKKADFSTKDIYQDLNRLLKGKKGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 IQRGGILITERKKADFSTKDIYQDLNRLLKGKKGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKF
              160       170       180       190       200       210

        280       290       300       310       320       330      
pF1KB3 LELLSDDSNFGQFELTTFDFSQYMKLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LELLSDDSNFGQFELTTFDFSQYMKLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTP
              220       230       240       250       260       270

        340       350       360       370       380       390      
pF1KB3 QGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERLNLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 QGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERLNLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQR
              280       290       300       310       320       330

        400       410       420       430       440       450      
pF1KB3 QAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQALEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 QAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQALEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIET
              340       350       360       370       380       390

        460       470       480       490       500       510      
pF1KB3 TLDMDQVENHEFLVKPSFDPNLSELREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TLDMDQVENHEFLVKPSFDPNLSELREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSS
              400       410       420       430       440       450

        520       530       540       550       560       570      
pF1KB3 AQFGYYFRVTCKEEKVLRNNKNFSTVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 AQFGYYFRVTCKEEKVLRNNKNFSTVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDA
              460       470       480       490       500       510

        580       590       600       610       620       630      
pF1KB3 IVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLAQLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 IVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLAQLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKA
              520       530       540       550       560       570

        640       650       660       670       680       690      
pF1KB3 SRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKDKQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKDKQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVP
              580       590       600       610       620       630

        700       710       720       730       740       750      
pF1KB3 CESAEVSIVDCILARVGAGDSQLKGVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 CESAEVSIVDCILARVGAGDSQLKGVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTST
              640       650       660       670       680       690

        760       770       780       790       800       810      
pF1KB3 YDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMFATHFHELTALANQIPTVNNLHVTALTTEETLTMLYQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 YDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMFATHFHELTALANQIPTVNNLHVTALTTEETLTMLYQ
              700       710       720       730       740       750

        820       830       840       850       860       870      
pF1KB3 VKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHVIECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 VKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHVIECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLE
              760       770       780       790       800       810

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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 REQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMSEENITIKLKQLKAEVIAKNNSFVNEIISRIKVTT
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CCDS34 EIMTDTSTSYLLCISENKENVRDKKKGNIFIGIVGVQPATGEVVFDSFQDSASRSELETR
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       . .. : : .::..   .: . . .  .. .:   : . .  .  :  .  .: ....  
CCDS34 MSSLQPVELLLPSALSEQTEALIHRATSVSVQDDRIRVERMDNIYFEYSHAFQAVTEFYA
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pF1KB3 GK----KGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFLE------LLSDDSNFGQFELTTFDF
             :: :. :... ..:. : . ::.:.::.:.      .::   :: :.  . ..:
CCDS34 KDTVDIKGSQIISGIV-NLEKPV-ICSLAAIIKYLKEFNLEKMLSKPENFKQLS-SKMEF
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pF1KB3 SQYMKLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRI
          : .. ...: :...:... :   . ::  .:.. ::  :.: ...:. :::.   .:
CCDS34 ---MTINGTTLRNLEILQNQT-DMKTKGSLLWVLDHTKTSFGRRKLKKWVTQPLLKLREI
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       . ::. :   ...        :. ::..::..:   .. ..  . :. . . . . .: .
CCDS34 NARLDAVSEVLHSESSVFGQIENHLRKLPDIERGLCSIYHKKCSTQEFFLIVKTLYHLKS
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pF1KB3 VIQALEKHEGKH-QKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLDMDQVENHEFLVKPSFD
        .::.    ..: :. :: . .  . .: :   .. ....   .  .: ..  : :    
CCDS34 EFQAIIPAVNSHIQSDLLRTVILEIPELLSPVEHYLKILNE--QAAKVGDKTELFK----
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pF1KB3 PNLSELREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVTCKEEKVLRN
        .::..  ...  . ..:. .:.  : . :.  ..:  . :::.     :: . .. . .
CCDS34 -DLSDF-PLIKKRKDEIQG-VIDEIR-MHLQEIRKILKNPSAQY-----VTVSGQEFMIE
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pF1KB3 NKNFSTVDIQKNGVKFTNSKLTS-LNEEY-TKNKTEYEEAQDAIV----KEIVNISSGYV
        :: ..  :  . ::  ..: .: ..  . ..:  . .. .. .:     : ...   . 
CCDS34 IKNSAVSCIPTDWVKVGSTKAVSRFHSPFIVENYRHLNQLREQLVLDCSAEWLDFLEKFS
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pF1KB3 EPMQTLNDV---LAQLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEV--
       : ...:  .   :: .: . :.:.:.. .   : ::.. :  . .:..: .::  ..:  
CCDS34 EHYHSLCKAVHHLATVDCIFSLAKVAKQGD--YCRPTVQE--ERKIVIKNGRHPVIDVLL
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pF1KB3 --QDEIAFIPNDVYFEKDKQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEV
         ::.  ..::.. . .:..   :::::::::::.::.:...:..::::: .:: : : .
CCDS34 GEQDQ--YVPNNTDLSEDSERVMIITGPNMGGKSSYIKQVALITIMAQIGSYVPAEEATI
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pF1KB3 SIVDCILARVGAGDSQLKGVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGL
       .::: :..:.::.:.  :: :::: :. .:: :.:.::..::.:.:::::::::.::...
CCDS34 GIVDGIFTRMGAADNIYKGQSTFMEELTDTAEIIRKATSQSLVILDELGRGTSTHDGIAI
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pF1KB3 AWAISEYIATKIGAFCMFATHFHELTALA-NQIPTVNNLHVTALTTEET-----------
       :.:  ::.   . .. .:.::.  .  :  :    :.: :.  :..:.            
CCDS34 AYATLEYFIRDVKSLTLFVTHYPPVCELEKNYSHQVGNYHMGFLVSEDESKLDPGAAEQV
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pF1KB3 ---LTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHVIECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIME
          .:.:::. .:.  .:.:..::.::. : .... : .:. :::               
CCDS34 PDFVTFLYQITRGIAARSYGLNVAKLADVPGEILKKAAHKSKELEGLINTKRKRLKYFAK
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pF1KB3 PAAKKCYLEREQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMSEENITIKLKQLKAEVIAKNNSFVNEII
                                                                   
CCDS34 LWTMHNAQDLQKWTEEFNMEETQTSLLH                                
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>>CCDS670.1 MSH4 gene_id:4438|Hs108|chr1                  (936 aa)
 initn: 564 init1: 329 opt: 752  Z-score: 852.9  bits: 169.1 E(32554): 3.5e-41
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CCDS67 GYSASSSSAISAHSPSVIVAVVEGRGLARGEIGMASIDLKNPQIILSQFADNTTYAKVIT
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pF1KB3 LLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITER-KKADFSTKDIYQDLNRLLKGK
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CCDS67 KLKILSPLEIIM--SNTACAVGNSTKLFT----LITENFKNVNFTT--IQRKYFNETKGL
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pF1KB3 KG-EQMN----SAVLPEMENQV-AVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFS-QYMK
       .  ::.     :.:: :....   .....:..:..:.....    .     :. : :   
CCDS67 EYIEQLCIAEFSTVLMEVQSKYYCLAAVAALLKYVEFIQNSVYAPKSLKICFQGSEQTAM
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pF1KB3 LDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERLN
       .: .... :.:. .. .:  ....: ..::  ::: :.: . . : .::.: . :. ::.
CCDS67 IDSSSAQNLELLINN-QDYRNNHTLFGVLNYTKTPGGSRRLRSNILEPLVDIETINMRLD
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pF1KB3 LVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAK---KFQRQ----AANLQDCYRLYQGINQL
        :. ...: ::   :: ... :: : ..: .   .. .:    ::. .    .:  ... 
CCDS67 CVQELLQDEELFFGLQ-SVISRFLDTEQLLSVLVQIPKQDTVNAAESKITNLIY--LKHT
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pF1KB3 PNVIQALEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLD-----MDQVENHEFL
        .... :.    . .  :: ..   : : :  :. . : :.:...     :    : .  
CCDS67 LELVDPLKIAMKNCNTPLLRAYYGSLEDKR--FGIILEKIKTVINDDARYMKGCLNMRTQ
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pF1KB3 VKPSFDPNLSELREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVT--C
          .   :..:. .:      .. . . .   .::   .  .. . :.  :.....:  :
CCDS67 KCYAVRSNINEFLDIARRTYTEIVDDIAGMISQLGEKYSLPLRTSFSSARGFFIQMTTDC
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pF1KB3 KEEKVLRNNKNFSTVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIVNISSG
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CCDS67 IALPSDQLPSEFIKISKVKNSYSFTSADLIKMNERCQESLREIYHMTYMIVCKLLSEIYE
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pF1KB3 YVEPMQTLNDVLAQLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEVQDE
       ... .  :.:....:: ..::::. . .   :::: . .     . .: . :  .:  . 
CCDS67 HIHCLYKLSDTVSMLDMLLSFAHACTLS--DYVRPEFTDT----LAIKQGWHPILEKISA
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pF1KB3 IAFIPNDVYFEKDKQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDC
          : :..:  . .. : :::::::.:::::..: ..  .::::: .:: : .   :.  
CCDS67 EKPIANNTYVTEGSN-FLIITGPNMSGKSTYLKQIALCQIMAQIGSYVPAEYSSFRIAKQ
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pF1KB3 ILARVGAGDSQLKGVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAIS
       :..:... :.   . :::: :: : : ::..:.  :::.::::::::.: .:.:. .:. 
CCDS67 IFTRISTDDDIETNSSTFMKEMKEIAYILHNANDKSLILIDELGRGTNTEEGIGICYAVC
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pF1KB3 EYIATKIGAFCMFATHFHELTALANQIPTVNNLHVTAL------TTEETLTMLYQVKKGV
       ::. . . :: .::::: ::  .    :.:.:.:  .        ..:.. . :...::.
CCDS67 EYLLS-LKAFTLFATHFLELCHIDALYPNVENMHFEVQHVKNTSRNKEAILYTYKLSKGL
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pF1KB3 CDQ-SFGIHVAELANFPKHVIECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLEREQG
        .. ..:...::....:  ..  ::.                                  
CCDS67 TEEKNYGLKAAEVSSLPPSIVLDAKEITTQITRQILQNQRSTPEMERQRAVYHLATRLVQ
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>>CCDS62907.1 MSH6 gene_id:2956|Hs108|chr2                (1058 aa)
 initn: 678 init1: 428 opt: 590  Z-score: 667.5  bits: 135.0 E(32554): 7.4e-31
Smith-Waterman score: 833; 27.8% identity (57.7% similar) in 823 aa overlap (129-853:219-1023)

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pF1KB3 RVEVYKNRAGNKASKENDWYLAYKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQ
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CCDS62 MMEARCRKMAHISKYDRVVRREICRIITKGTQTYSVLEGDPSENYSKYLLSLKEKEEDSS
      190       200       210       220       230       240        

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pF1KB3 ---RQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPDNDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDM-----
          :  :: .::.   :. . .: :. . : ...:. .  : . ..  :. . .      
CCDS62 GHTRAYGVCFVDTSLGKFFIGQFSDDRHCSRFRTLVAHYPPVQVLFEKGNLSKETKTILK
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pF1KB3 GKLRQIIQRGGILITERKKADFSTKDIYQD--------------LNRLLKGKKGEQMNSA
       ..:   .:.: :  ..   :. . . . ..              : ..:::  .:. . .
CCDS18 SSLSCSLQEGLIPGSQFWDASKTLRTLLEEEYFREKLSDGIGVMLPQVLKGMTSESDSIG
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pF1KB3 VLPEMENQVAVSSLSAVIKFL-------ELLSDDSNFGQFELTTFD----------FS--
       . :  ....:.:.:.. . .:       ::::  .:: ..     :          :.  
CCDS18 LTPGEKSELALSALGGCVFYLKKCLIDQELLSM-ANFEEYIPLDSDTVSTTRSGAIFTKA
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pF1KB3 -QYMKLDIAAVRALNLF-QGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNR
        : : :: ...  :..: .:.  .: :.  :   .. :.:: :.::..::.  :: ..  
CCDS18 YQRMVLDAVTLNNLEIFLNGTNGSTEGT--LLERVDTCHTPFGKRLLKQWLCAPLCNHYA
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pF1KB3 IEERLNLVEAF-VEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQRQAANLQDCYRLYQGINQL
       :..::. .: . :   .. ...  .::...:::.:: .:..  .. :..        .. 
CCDS18 INDRLDAIEDLMVVPDKISEVV--ELLKKLPDLERLLSKIHNVGSPLKS--------QNH
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pF1KB3 PNVIQALEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLD------MDQVENHEF
       :.  .:.  .:  ..:  .  :.. :  ..  . :.  ..: . :      . :: . . 
CCDS18 PDS-RAIMYEETTYSKKKIIDFLSALEGFKV-MCKIIGIMEEVADGFKSKILKQVISLQT
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pF1KB3 LVKPSFDPNLS-ELR--EIMNDLEKKMQSTLIS--AARDLGLDPG-KQIKLDSSAQFGYY
           .  :.:. ::   .   : ::  .. ::.  :. :   : .  .:. . .. . : 
CCDS18 KNPEGRFPDLTVELNRWDTAFDHEKARKTGLITPKAGFDSDYDQALADIRENEQSLLEYL
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pF1KB3 F----RVTCKE---EKVLRNN------KNFSTVDIQ-----KNGVKFTNSKLTSLNEEYT
            :. :.      . ::       .::.: ..      :.  :  .   :.  :.  
CCDS18 EKQRNRIGCRTIVYWGIGRNRYQLEIPENFTTRNLPEEYELKSTKKGCKRYWTKTIEKKL
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pF1KB3 KNKTEYEEAQDAIVKEIV-----NISSGYVEPMQTLNDVLAQLDAVVSFAHVSNGAPVPY
        :  . :: .:. .:. .     :....: .  :.  . .: ::... .:. : :.  :.
CCDS18 ANLINAEERRDVSLKDCMRRLFYNFDKNY-KDWQSAVECIAVLDVLLCLANYSRGGDGPM
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pF1KB3 VRPAIL--EKGQGRIILKASRHACVE---VQDEIAFIPNDVYF-------EKDKQMFHII
        ::.::  :     . ::.::: :.      :.  :::::. .       :. : .  ..
CCDS18 CRPVILLPEDTPPFLELKGSRHPCITKTFFGDD--FIPNDILIGCEEEEQENGKAYCVLV
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pF1KB3 TGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDCILARVGAGDSQLKGVSTFMA
       :::::::::: .::.:....:::.::.:: :  ... .: ...:.::.:  ..: :::..
CCDS18 TGPNMGGKSTLMRQAGLLAVMAQMGCYVPAEVCRLTPIDRVFTRLGASDRIMSGESTFFV
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pF1KB3 EMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMFATHFHEL
       :. ::::::  ::  ::...:::::::.:.:: ..: :. . .:  :    .:.::.: :
CCDS18 ELSETASILMHATAHSLVLVDELGRGTATFDGTAIANAVVKELAETIKCRTLFSTHYHSL
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pF1KB3 TALANQIPTVNNLHVTALT-------TEETLTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHV
       .   .:  .:   :.. ..       ..::.:.::.  ::.: .:.:...:.:::.:..:
CCDS18 VEDYSQNVAVRLGHMACMVENECEDPSQETITFLYKFIKGACPKSYGFNAARLANLPEEV
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pF1KB3 IECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLEREQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMS
       :. ...:: :.:.                                               
CCDS18 IQKGHRKAREFEKMNQSLRLFREVCLASERSTVDAEAVHKLLTLIKEL            
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>>CCDS4720.1 MSH5 gene_id:4439|Hs108|chr6                 (834 aa)
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CCDS47 PGPREAEEEEVEEEEELAEIHLCVLWNSGYLGIAYYDTSDSTIHFMPDAPDHESLKLLQR
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pF1KB3 LLIQIGPKECVLPGGETAGD---MGKLRQIIQRGGIL--ITERKKADFSTKDIYQDLNRL
       .: .:.:.  :  . .  .    .::: .  .:      :    ..::. .   :   ::
CCDS47 VLDEINPQSVVTSAKQDENMTRFLGKLASQEHREPKRPEIIFLPSVDFGLEISKQ---RL
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pF1KB3 LKGKKG---EQMN--------SAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFL-------ELLSDDSNF
       :.:. .   . :.        :...: ..  ..: .:....:::       :: . . . 
CCDS47 LSGNYSFIPDAMTATEKILFLSSIIP-FDCLLTVRALGGLLKFLGRRRIGVELEDYNVSV
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pF1KB3 GQFELTTFDFSQYMKLDIAAVRALNLFQGSVEDT-----TGSQ---SLAALLNKCKTPQG
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CCDS47 PILGFKKFMLTHLVNIDQDTYSVLQIFKSESHPSVYKVASGLKEGLSLFGILNRCHCKWG
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pF1KB3 QRLVNQWIKQPLMDKNRIEERLNLVEAFV--EDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQR
       ..:.  :. .:  : ...  ::.... :.  .. .. : :.. :: .. ..  . :... 
CCDS47 EKLLRLWFTRPTHDLGELSSRLDVIQFFLLPQNLDMAQMLHR-LLGHIKNVPLILKRMKL
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pF1KB3 QAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQALEKHEG-KHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIE
       . ....:   ::.      .: .::  ... .     . .:     .. .:. ..  .: 
CCDS47 SHTKVSDWQVLYK------TVYSALGLRDACRSLPQSIQLFRDIAQEFSDDLHHIASLIG
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pF1KB3 TTLDMD-QVENHEFLVKPSFDPNLSEL-REIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKL
        ..:.. .. ...: : :..::...:  :..:.     . : :  .::    .  ..:  
CCDS47 KVVDFEGSLAENRFTVLPNIDPEIDEKKRRLMG-----LPSFLTEVARKELENLDSRIPS
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pF1KB3 DSSAQF---GYYFRVTCKEEKVLRNNKNFSTVD---IQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNK
        :   .   :. . .      :  .. ... .:   .... ... ...   :.      .
CCDS47 CSVIYIPLIGFLLSIPRLPSMVEASDFEINGLDFMFLSEEKLHYRSARTKELDALLGDLH
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pF1KB3 TEYEEAQDAIVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLAQLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEK
        : .. .  .. ..     . .  .  . :. ..::.....:  : .    : ::    .
CCDS47 CEIRDQETLLMYQLQCQVLARAAVLTRVLDLASRLDVLLALA--SAARDYGYSRPRYSPQ
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pF1KB3 GQGRIILKASRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKDKQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVL
         : . .. .::  .:.  . .:.::..    ::   ..::::: .::: :..:.:.:..
CCDS47 VLG-VRIQNGRHPLMELCAR-TFVPNSTECGGDKGRVKVITGPNSSGKSIYLKQVGLITF
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pF1KB3 MAQIGCFVPCESAEVSIVDCILARVGAGDSQLKGVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIII
       :: .: ::: : ::.. :: :..:. . .:   :.:::: .. ..:. . .:: .::..:
CCDS47 MALVGSFVPAEEAEIGAVDAIFTRIHSCESISLGLSTFMIDLNQVAKAVNNATAQSLVLI
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pF1KB3 DELGRGTSTYDGFGLAWAISEYIATKIGAFC--MF-ATHFHELTALA--NQIPTVNNLHV
       ::.:.::.: ::..:  :. ..  .. :  :  .: ::.:  :. :    : : :. : .
CCDS47 DEFGKGTNTVDGLALLAAVLRHWLAR-GPTCPHIFVATNFLSLVQLQLLPQGPLVQYLTM
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pF1KB3 TALTTEETLTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHVIECAKQKALELEEFQYIGESQG
        .    . :...::: .::   : . :.:  :..: ...  .:.                
CCDS47 ETCEDGNDLVFFYQVCEGVAKASHASHTAAQAGLPDKLVARGKEVSDLIRSGKPIKPVKD
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pF1KB3 YDIMEPAAKKCYLEREQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMSEENITIKLKQLKAEVIAKNNSF
                                                                   
CCDS47 LLKKNQMENCQTLVDKFMKLDLEDPNLDLNVFMSQEVLPAATSIL               
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>>CCDS34410.1 MSH5 gene_id:4439|Hs108|chr6                (835 aa)
 initn: 382 init1: 242 opt: 544  Z-score: 616.8  bits: 125.3 E(32554): 4.9e-28
Smith-Waterman score: 571; 23.4% identity (57.7% similar) in 735 aa overlap (161-846:61-774)

              140       150       160       170        180         
pF1KB3 FEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLC-EFPDNDQFSNLEA
                                     .:..: :. .  . .  . ::..... :. 
CCDS34 PGPREAEEEEVEEEEELAEIHLCVLWNSGYLGIAYYDTSDSTIHFMPDAPDHESLKLLQR
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pF1KB3 LLIQIGPKECVLPGGETAGD---MGKLRQIIQRGGIL--ITERKKADFSTKDIYQDLNRL
       .: .:.:.  :  . .  .    .::: .  .:      :    ..::. .   :   ::
CCDS34 VLDEINPQSVVTSAKQDENMTRFLGKLASQEHREPKRPEIIFLPSVDFGLEISKQ---RL
              100       110       120       130       140          

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pF1KB3 LKGKKG---EQMN--------SAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFL-------ELLSDDSNF
       :.:. .   . :.        :...: ..  ..: .:....:::       :: . . . 
CCDS34 LSGNYSFIPDAMTATEKILFLSSIIP-FDCLLTVRALGGLLKFLGRRRIGVELEDYNVSV
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pF1KB3 GQFELTTFDFSQYMKLDIAAVRALNLFQGSVEDT-----TGSQ---SLAALLNKCKTPQG
         . .  : ... ...:  .  .:..:..  . .     .: .   :: ..::.:.   :
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CCDS34 EKLLRLWFTRPTHDLGELSSRLDVIQFFLLPQNLDMAQMLHR-LLGHIKNVPLILKRMKL
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       . ....:   ::.      .: .::  ... .     . .:     .. .:. ..  .: 
CCDS34 SHTKVSDWQVLYK------TVYSALGLRDACRSLPQSIQLFRDIAQEFSDDLHHIASLIG
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CCDS34 KVVDFEGSLAENRFTVLPNIDPEIDEKKRRLMG-----LPSFLTEVARKELENLDSRIPS
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CCDS34 CSVIYIPLIGFLLSIPRLPSMVEASDFEINGLDFMFLSEEKLHYRSARTKELDALLGDLH
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CCDS34 CEIRDQETLLMYQLQCQVLARAAVLTRVLDLASRLDVLLALA--SAARDYGYSRPRYSPQ
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         : . .. .::  .:.  . .:.::..    ::   ..::::: .::: :..:.:.:..
CCDS34 VLG-VRIQNGRHPLMELCAR-TFVPNSTECGGDKGRVKVITGPNSSGKSIYLKQVGLITF
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pF1KB3 MAQIGCFVPCESAEVSIVDCILARVGAGDSQLKGVSTFMAEM-LETASILRSATKDSLII
       :: .: ::: : ::.. :: :..:. . .:   :.:::: ..  ..:. . .:: .::..
CCDS34 MALVGSFVPAEEAEIGAVDAIFTRIHSCESISLGLSTFMIDLNQQVAKAVNNATAQSLVL
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pF1KB3 IDELGRGTSTYDGFGLAWAISEYIATKIGAFC--MF-ATHFHELTALA--NQIPTVNNLH
       :::.:.::.: ::..:  :. ..  .. :  :  .: ::.:  :. :    : : :. : 
CCDS34 IDEFGKGTNTVDGLALLAAVLRHWLAR-GPTCPHIFVATNFLSLVQLQLLPQGPLVQYLT
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       . .    . :...::: .::   : . :.:  :..: ...  .:.               
CCDS34 METCEDGNDLVFFYQVCEGVAKASHASHTAAQAGLPDKLVARGKEVSDLIRSGKPIKPVK
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CCDS34 DLLKKNQMENCQTLVDKFMKLDLEDPNLDLNVFMSQEVLPAATSIL              
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CCDS34 FLSSIIPFDCLLTPPGDLRFTPIPLLIPSQVRALGGLLKFLGRRRIGVELEDYNVSVPIL
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CCDS34 DFEGSLAENRFTVLPNIDPEIDEKKRRLMG-----LPSFLTEVARKELENLDSRIPSCSV
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CCDS34 IYIPLIGFLLSIPRLPSMVEASDFEINGLDFMFLSEEKLHYRSARTKELDALLGDLHCEI
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CCDS34 RDQETLLMYQLQCQVLARAAVLTRVLDLASRLDVLLALA--SAARDYGYSRPRYSPQVLG
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pF1KB3 RIILKASRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKDKQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQ
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CCDS34 -VRIQNGRHPLMELCAR-TFVPNSTECGGDKGRVKVITGPNSSGKSIYLKQVGLITFMAL
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pF1KB3 IGCFVPCESAEVSIVDCILARVGAGDSQLKGVSTFMAEM-LETASILRSATKDSLIIIDE
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CCDS34 VGSFVPAEEAEIGAVDAIFTRIHSCESISLGLSTFMIDLNQQVAKAVNNATAQSLVLIDE
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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