Result of FASTA (ccds) for pF1KE1054
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE1054, 537 aa
  1>>>pF1KE1054 537 - 537 aa - 537 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6855+/-0.00114; mu= 12.0606+/- 0.067
 mean_var=126.5231+/-26.228, 0's: 0 Z-trim(105.7): 130  B-trim: 8 in 3/50
 Lambda= 0.114022
 statistics sampled from 8444 (8583) to 8444 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.634), E-opt: 0.2 (0.264), width:  16
 Scan time:  3.060

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS35052.1 NTRK2 gene_id:4915|Hs108|chr9          ( 537) 3691 619.2 3.9e-177
CCDS35050.1 NTRK2 gene_id:4915|Hs108|chr9          ( 822) 3621 607.8 1.6e-173
CCDS35053.1 NTRK2 gene_id:4915|Hs108|chr9          ( 477) 3209 539.8 2.6e-153
CCDS35051.1 NTRK2 gene_id:4915|Hs108|chr9          ( 553) 3204 539.1 5.1e-153
CCDS6671.1 NTRK2 gene_id:4915|Hs108|chr9           ( 838) 3204 539.2 7.1e-153
CCDS1161.1 NTRK1 gene_id:4914|Hs108|chr1           ( 796)  834 149.3 1.6e-35
CCDS30891.1 NTRK1 gene_id:4914|Hs108|chr1          ( 790)  817 146.5 1.1e-34
CCDS30890.1 NTRK1 gene_id:4914|Hs108|chr1          ( 760)  754 136.1 1.4e-31
CCDS58399.1 NTRK3 gene_id:4916|Hs108|chr15         ( 817)  446 85.5 2.6e-16
CCDS32323.1 NTRK3 gene_id:4916|Hs108|chr15         ( 612)  429 82.6 1.4e-15
CCDS10340.1 NTRK3 gene_id:4916|Hs108|chr15         ( 825)  416 80.6   8e-15
CCDS32322.1 NTRK3 gene_id:4916|Hs108|chr15         ( 839)  416 80.6 8.1e-15
CCDS81916.1 NTRK3 gene_id:4916|Hs108|chr15         ( 617)  372 73.2 9.7e-13


>>CCDS35052.1 NTRK2 gene_id:4915|Hs108|chr9               (537 aa)
 initn: 3691 init1: 3691 opt: 3691  Z-score: 3293.7  bits: 619.2 E(32554): 3.9e-177
Smith-Waterman score: 3691; 100.0% identity (100.0% similar) in 537 aa overlap (1-537:1-537)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE1 MSSWIRWHGPAMARLWGFCWLVVGFWRAAFACPTSCKCSASRIWCSDPSPGIVAFPRLEP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MSSWIRWHGPAMARLWGFCWLVVGFWRAAFACPTSCKCSASRIWCSDPSPGIVAFPRLEP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE1 NSVDPENITEIFIANQKRLEIINEDDVEAYVGLRNLTIVDSGLKFVAHKAFLKNSNLQHI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 NSVDPENITEIFIANQKRLEIINEDDVEAYVGLRNLTIVDSGLKFVAHKAFLKNSNLQHI
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE1 NFTRNKLTSLSRKHFRHLDLSELILVGNPFTCSCDIMWIKTLQEAKSSPDTQDLYCLNES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 NFTRNKLTSLSRKHFRHLDLSELILVGNPFTCSCDIMWIKTLQEAKSSPDTQDLYCLNES
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE1 SKNIPLANLQIPNCGLPSANLAAPNLTVEEGKSITLSCSVAGDPVPNMYWDVGNLVSKHM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SKNIPLANLQIPNCGLPSANLAAPNLTVEEGKSITLSCSVAGDPVPNMYWDVGNLVSKHM
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE1 NETSHTQGSLRITNISSDDSGKQISCVAENLVGEDQDSVNLTVHFAPTITFLESPTSDHH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 NETSHTQGSLRITNISSDDSGKQISCVAENLVGEDQDSVNLTVHFAPTITFLESPTSDHH
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE1 WCIPFTVKGNPKPALQWFYNGAILNESKYICTKIHVTNHTEYHGCLQLDNPTHMNNGDYT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 WCIPFTVKGNPKPALQWFYNGAILNESKYICTKIHVTNHTEYHGCLQLDNPTHMNNGDYT
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE1 LIAKNEYGKDEKQISAHFMGWPGIDDGANPNYPDVIYEDYGTAANDIGDTTNRSNEIPST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 LIAKNEYGKDEKQISAHFMGWPGIDDGANPNYPDVIYEDYGTAANDIGDTTNRSNEIPST
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE1 DVTDKTGREHLSVYAVVVIASVVGFCLLVMLFLLKLARHSKFGMKGPASVISNDDDSASP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 DVTDKTGREHLSVYAVVVIASVVGFCLLVMLFLLKLARHSKFGMKGPASVISNDDDSASP
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       
pF1KE1 LHHISNGSNTPSSSEGGPDAVIIGMTKIPVIENPQYFGITNSQLKPDTWPRGSPKTA
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 LHHISNGSNTPSSSEGGPDAVIIGMTKIPVIENPQYFGITNSQLKPDTWPRGSPKTA
              490       500       510       520       530       

>>CCDS35050.1 NTRK2 gene_id:4915|Hs108|chr9               (822 aa)
 initn: 3649 init1: 3621 opt: 3621  Z-score: 3228.9  bits: 607.8 E(32554): 1.6e-173
Smith-Waterman score: 3621; 99.8% identity (100.0% similar) in 529 aa overlap (1-529:1-529)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE1 MSSWIRWHGPAMARLWGFCWLVVGFWRAAFACPTSCKCSASRIWCSDPSPGIVAFPRLEP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MSSWIRWHGPAMARLWGFCWLVVGFWRAAFACPTSCKCSASRIWCSDPSPGIVAFPRLEP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE1 NSVDPENITEIFIANQKRLEIINEDDVEAYVGLRNLTIVDSGLKFVAHKAFLKNSNLQHI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 NSVDPENITEIFIANQKRLEIINEDDVEAYVGLRNLTIVDSGLKFVAHKAFLKNSNLQHI
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE1 NFTRNKLTSLSRKHFRHLDLSELILVGNPFTCSCDIMWIKTLQEAKSSPDTQDLYCLNES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 NFTRNKLTSLSRKHFRHLDLSELILVGNPFTCSCDIMWIKTLQEAKSSPDTQDLYCLNES
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE1 SKNIPLANLQIPNCGLPSANLAAPNLTVEEGKSITLSCSVAGDPVPNMYWDVGNLVSKHM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SKNIPLANLQIPNCGLPSANLAAPNLTVEEGKSITLSCSVAGDPVPNMYWDVGNLVSKHM
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE1 NETSHTQGSLRITNISSDDSGKQISCVAENLVGEDQDSVNLTVHFAPTITFLESPTSDHH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 NETSHTQGSLRITNISSDDSGKQISCVAENLVGEDQDSVNLTVHFAPTITFLESPTSDHH
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE1 WCIPFTVKGNPKPALQWFYNGAILNESKYICTKIHVTNHTEYHGCLQLDNPTHMNNGDYT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 WCIPFTVKGNPKPALQWFYNGAILNESKYICTKIHVTNHTEYHGCLQLDNPTHMNNGDYT
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE1 LIAKNEYGKDEKQISAHFMGWPGIDDGANPNYPDVIYEDYGTAANDIGDTTNRSNEIPST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 LIAKNEYGKDEKQISAHFMGWPGIDDGANPNYPDVIYEDYGTAANDIGDTTNRSNEIPST
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE1 DVTDKTGREHLSVYAVVVIASVVGFCLLVMLFLLKLARHSKFGMKGPASVISNDDDSASP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 DVTDKTGREHLSVYAVVVIASVVGFCLLVMLFLLKLARHSKFGMKGPASVISNDDDSASP
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530          
pF1KE1 LHHISNGSNTPSSSEGGPDAVIIGMTKIPVIENPQYFGITNSQLKPDTWPRGSPKTA   
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.           
CCDS35 LHHISNGSNTPSSSEGGPDAVIIGMTKIPVIENPQYFGITNSQLKPDTFVQHIKRHNIVL
              490       500       510       520       530       540

CCDS35 KRELGEGAFGKVFLAECYNLCPEQDKILVAVKTLKDASDNARKDFHREAELLTNLQHEHI
              550       560       570       580       590       600

>>CCDS35053.1 NTRK2 gene_id:4915|Hs108|chr9               (477 aa)
 initn: 3209 init1: 3209 opt: 3209  Z-score: 2865.9  bits: 539.8 E(32554): 2.6e-153
Smith-Waterman score: 3209; 100.0% identity (100.0% similar) in 466 aa overlap (1-466:1-466)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE1 MSSWIRWHGPAMARLWGFCWLVVGFWRAAFACPTSCKCSASRIWCSDPSPGIVAFPRLEP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MSSWIRWHGPAMARLWGFCWLVVGFWRAAFACPTSCKCSASRIWCSDPSPGIVAFPRLEP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE1 NSVDPENITEIFIANQKRLEIINEDDVEAYVGLRNLTIVDSGLKFVAHKAFLKNSNLQHI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 NSVDPENITEIFIANQKRLEIINEDDVEAYVGLRNLTIVDSGLKFVAHKAFLKNSNLQHI
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE1 NFTRNKLTSLSRKHFRHLDLSELILVGNPFTCSCDIMWIKTLQEAKSSPDTQDLYCLNES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 NFTRNKLTSLSRKHFRHLDLSELILVGNPFTCSCDIMWIKTLQEAKSSPDTQDLYCLNES
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE1 SKNIPLANLQIPNCGLPSANLAAPNLTVEEGKSITLSCSVAGDPVPNMYWDVGNLVSKHM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SKNIPLANLQIPNCGLPSANLAAPNLTVEEGKSITLSCSVAGDPVPNMYWDVGNLVSKHM
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE1 NETSHTQGSLRITNISSDDSGKQISCVAENLVGEDQDSVNLTVHFAPTITFLESPTSDHH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 NETSHTQGSLRITNISSDDSGKQISCVAENLVGEDQDSVNLTVHFAPTITFLESPTSDHH
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE1 WCIPFTVKGNPKPALQWFYNGAILNESKYICTKIHVTNHTEYHGCLQLDNPTHMNNGDYT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 WCIPFTVKGNPKPALQWFYNGAILNESKYICTKIHVTNHTEYHGCLQLDNPTHMNNGDYT
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE1 LIAKNEYGKDEKQISAHFMGWPGIDDGANPNYPDVIYEDYGTAANDIGDTTNRSNEIPST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 LIAKNEYGKDEKQISAHFMGWPGIDDGANPNYPDVIYEDYGTAANDIGDTTNRSNEIPST
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE1 DVTDKTGREHLSVYAVVVIASVVGFCLLVMLFLLKLARHSKFGMKGPASVISNDDDSASP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::              
CCDS35 DVTDKTGREHLSVYAVVVIASVVGFCLLVMLFLLKLARHSKFGMKGFVLFHKIPLDG   
              430       440       450       460       470          

              490       500       510       520       530       
pF1KE1 LHHISNGSNTPSSSEGGPDAVIIGMTKIPVIENPQYFGITNSQLKPDTWPRGSPKTA

>>CCDS35051.1 NTRK2 gene_id:4915|Hs108|chr9               (553 aa)
 initn: 3677 init1: 3201 opt: 3204  Z-score: 2860.6  bits: 539.1 E(32554): 5.1e-153
Smith-Waterman score: 3649; 97.1% identity (97.1% similar) in 553 aa overlap (1-537:1-553)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE1 MSSWIRWHGPAMARLWGFCWLVVGFWRAAFACPTSCKCSASRIWCSDPSPGIVAFPRLEP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MSSWIRWHGPAMARLWGFCWLVVGFWRAAFACPTSCKCSASRIWCSDPSPGIVAFPRLEP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE1 NSVDPENITEIFIANQKRLEIINEDDVEAYVGLRNLTIVDSGLKFVAHKAFLKNSNLQHI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 NSVDPENITEIFIANQKRLEIINEDDVEAYVGLRNLTIVDSGLKFVAHKAFLKNSNLQHI
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE1 NFTRNKLTSLSRKHFRHLDLSELILVGNPFTCSCDIMWIKTLQEAKSSPDTQDLYCLNES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 NFTRNKLTSLSRKHFRHLDLSELILVGNPFTCSCDIMWIKTLQEAKSSPDTQDLYCLNES
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE1 SKNIPLANLQIPNCGLPSANLAAPNLTVEEGKSITLSCSVAGDPVPNMYWDVGNLVSKHM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SKNIPLANLQIPNCGLPSANLAAPNLTVEEGKSITLSCSVAGDPVPNMYWDVGNLVSKHM
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE1 NETSHTQGSLRITNISSDDSGKQISCVAENLVGEDQDSVNLTVHFAPTITFLESPTSDHH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 NETSHTQGSLRITNISSDDSGKQISCVAENLVGEDQDSVNLTVHFAPTITFLESPTSDHH
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE1 WCIPFTVKGNPKPALQWFYNGAILNESKYICTKIHVTNHTEYHGCLQLDNPTHMNNGDYT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 WCIPFTVKGNPKPALQWFYNGAILNESKYICTKIHVTNHTEYHGCLQLDNPTHMNNGDYT
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE1 LIAKNEYGKDEKQISAHFMGWPGIDDGANPNYPDVIYEDYGTAANDIGDTTNRSNEIPST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 LIAKNEYGKDEKQISAHFMGWPGIDDGANPNYPDVIYEDYGTAANDIGDTTNRSNEIPST
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460                    
pF1KE1 DVTDKTGREHLSVYAVVVIASVVGFCLLVMLFLLKLARHSKFGMK---------------
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::               
CCDS35 DVTDKTGREHLSVYAVVVIASVVGFCLLVMLFLLKLARHSKFGMKDFSWFGFGKVKSRQG
              430       440       450       460       470       480

          470       480       490       500       510       520    
pF1KE1 -GPASVISNDDDSASPLHHISNGSNTPSSSEGGPDAVIIGMTKIPVIENPQYFGITNSQL
        :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 VGPASVISNDDDSASPLHHISNGSNTPSSSEGGPDAVIIGMTKIPVIENPQYFGITNSQL
              490       500       510       520       530       540

          530       
pF1KE1 KPDTWPRGSPKTA
       :::::::::::::
CCDS35 KPDTWPRGSPKTA
              550   

>>CCDS6671.1 NTRK2 gene_id:4915|Hs108|chr9                (838 aa)
 initn: 3607 init1: 3201 opt: 3204  Z-score: 2858.1  bits: 539.2 E(32554): 7.1e-153
Smith-Waterman score: 3579; 96.9% identity (97.1% similar) in 545 aa overlap (1-529:1-545)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE1 MSSWIRWHGPAMARLWGFCWLVVGFWRAAFACPTSCKCSASRIWCSDPSPGIVAFPRLEP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 MSSWIRWHGPAMARLWGFCWLVVGFWRAAFACPTSCKCSASRIWCSDPSPGIVAFPRLEP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE1 NSVDPENITEIFIANQKRLEIINEDDVEAYVGLRNLTIVDSGLKFVAHKAFLKNSNLQHI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 NSVDPENITEIFIANQKRLEIINEDDVEAYVGLRNLTIVDSGLKFVAHKAFLKNSNLQHI
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE1 NFTRNKLTSLSRKHFRHLDLSELILVGNPFTCSCDIMWIKTLQEAKSSPDTQDLYCLNES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 NFTRNKLTSLSRKHFRHLDLSELILVGNPFTCSCDIMWIKTLQEAKSSPDTQDLYCLNES
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE1 SKNIPLANLQIPNCGLPSANLAAPNLTVEEGKSITLSCSVAGDPVPNMYWDVGNLVSKHM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 SKNIPLANLQIPNCGLPSANLAAPNLTVEEGKSITLSCSVAGDPVPNMYWDVGNLVSKHM
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE1 NETSHTQGSLRITNISSDDSGKQISCVAENLVGEDQDSVNLTVHFAPTITFLESPTSDHH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 NETSHTQGSLRITNISSDDSGKQISCVAENLVGEDQDSVNLTVHFAPTITFLESPTSDHH
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE1 WCIPFTVKGNPKPALQWFYNGAILNESKYICTKIHVTNHTEYHGCLQLDNPTHMNNGDYT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 WCIPFTVKGNPKPALQWFYNGAILNESKYICTKIHVTNHTEYHGCLQLDNPTHMNNGDYT
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE1 LIAKNEYGKDEKQISAHFMGWPGIDDGANPNYPDVIYEDYGTAANDIGDTTNRSNEIPST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 LIAKNEYGKDEKQISAHFMGWPGIDDGANPNYPDVIYEDYGTAANDIGDTTNRSNEIPST
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460                    
pF1KE1 DVTDKTGREHLSVYAVVVIASVVGFCLLVMLFLLKLARHSKFGMK---------------
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::               
CCDS66 DVTDKTGREHLSVYAVVVIASVVGFCLLVMLFLLKLARHSKFGMKDFSWFGFGKVKSRQG
              430       440       450       460       470       480

          470       480       490       500       510       520    
pF1KE1 -GPASVISNDDDSASPLHHISNGSNTPSSSEGGPDAVIIGMTKIPVIENPQYFGITNSQL
        :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 VGPASVISNDDDSASPLHHISNGSNTPSSSEGGPDAVIIGMTKIPVIENPQYFGITNSQL
              490       500       510       520       530       540

          530                                                      
pF1KE1 KPDTWPRGSPKTA                                               
       ::::.                                                       
CCDS66 KPDTFVQHIKRHNIVLKRELGEGAFGKVFLAECYNLCPEQDKILVAVKTLKDASDNARKD
              550       560       570       580       590       600

>>CCDS1161.1 NTRK1 gene_id:4914|Hs108|chr1                (796 aa)
 initn: 740 init1: 274 opt: 834  Z-score: 751.4  bits: 149.3 E(32554): 1.6e-35
Smith-Waterman score: 936; 35.2% identity (63.5% similar) in 520 aa overlap (7-517:12-497)

                    10        20        30          40        50   
pF1KE1      MSSWIRWHGPAMARLWGFCWLVVGFWRAAFACPTSCKC--SASRIWCSDPSPGIV
                  ::. : .    . ::...   ::  :: .: :  ..: . :.    : .
CCDS11 MLRGGRRGQLGWHSWAAGPGSLLAWLILASAGAA-PCPDAC-CPHGSSGLRCT--RDGAL
               10        20        30         40         50        

            60        70        80        90       100       110   
pF1KE1 AFPRLEPNSVDPENITEIFIANQKRLEIINEDDVEAYVGLRNLTIVDSGLKFVAHKAFLK
          .  :..   ::.::..: ::..:. ..  :...   ::::::: :::.:::  ::  
CCDS11 DSLHHLPGA---ENLTELYIENQQHLQHLELRDLRGLGELRNLTIVKSGLRFVAPDAFHF
         60           70        80        90       100       110   

           120       130       140       150       160         170 
pF1KE1 NSNLQHINFTRNKLTSLSRKHFRHLDLSELILVGNPFTCSCDIMWIKTLQEAK--SSPDT
       .  :...:.. : : ::: :  . :.:.::.: :::. ::: . :..  .:    . :. 
CCDS11 TPRLSRLNLSFNALESLSWKTVQGLSLQELVLSGNPLHCSCALRWLQRWEEEGLGGVPE-
           120       130       140       150       160       170   

             180       190       200       210       220       230 
pF1KE1 QDLYCLNESSKNIPLANLQIPNCGLPSANLAAPNLTVEEGKSITLSCSVAGDPVPNMYWD
       : : : ...    :::..   .::.:. .. .:: .:. : .. : :.: :  . .  : 
CCDS11 QKLQCHGQG----PLAHMPNASCGVPTLKVQVPNASVDVGDDVLLRCQVEGRGLEQAGWI
            180           190       200       210       220        

             240       250         260       270       280         
pF1KE1 VGNLVSKHMNETSHTQGSLRIT--NISSDDSGKQISCVAENLVGEDQDSVNLTVHFAPTI
       . .: ..     :    :: .:  :..:: . :...: ::: ::. . ::...: : :. 
CCDS11 LTELEQSATVMKSGGLPSLGLTLANVTSDLNRKNVTCWAENDVGRAEVSVQVNVSF-PAS
      230       240       250       260       270       280        

     290       300       310       320       330         340       
pF1KE1 TFLESPTSDHHWCIPFTVKGNPKPALQWFYNGAILNESKYICTKI--HVTNHTEYHGCLQ
       . :.. .  :::::::.: :.: :.:.:..::..:::...: :..   ..:.:  ::::.
CCDS11 VQLHTAVEMHHWCIPFSVDGQPAPSLRWLFNGSVLNETSFIFTEFLEPAANETVRHGCLR
       290       300       310       320       330       340       

       350       360       370       380       390        400      
pF1KE1 LDNPTHMNNGDYTLIAKNEYGKDEKQISAHFMGWPGIDDGANPNYP-DVIYEDYGTAAND
       :..:::.:::.:::.: : .:.   .: : ::  :      ::. :  : .    : ...
CCDS11 LNQPTHVNNGNYTLLAANPFGQASASIMAAFMDNPF---EFNPEDPIPVSFSPVDTNSTS
       350       360       370       380          390       400    

        410       420       430       440       450       460      
pF1KE1 IGDTTNRSNEIPSTDVTDKTGREHLSVYAVVVIASVVGFCLLVMLFLLKLARHSKFGMKG
        :: .....: :   :.  .:   :.:.: . ....       .: : : .:..:::.. 
CCDS11 -GDPVEKKDETP-FGVSVAVG---LAVFACLFLSTL-------LLVLNKCGRRNKFGINR
           410        420          430              440       450  

        470       480       490       500       510       520      
pF1KE1 PASVISNDDDSASPLHHISNGSNTPSSSEGGPDAVIIGMTKIPVIENPQYFGITNSQLKP
       :: :.. .:  :  :: .. :... : .::  ...     .  .:::::::         
CCDS11 PA-VLAPEDGLAMSLHFMTLGGSSLSPTEGKGSGL-----QGHIIENPQYFSDACVHHIK
             460       470       480            490       500      

        530                                                        
pF1KE1 DTWPRGSPKTA                                                 
                                                                   
CCDS11 RRDIVLKWELGEGAFGKVFLAECHNLLPEQDKMLVAVKALKEASESARQDFQREAELLTM
        510       520       530       540       550       560      

>>CCDS30891.1 NTRK1 gene_id:4914|Hs108|chr1               (790 aa)
 initn: 740 init1: 274 opt: 817  Z-score: 736.4  bits: 146.5 E(32554): 1.1e-34
Smith-Waterman score: 929; 35.1% identity (63.4% similar) in 519 aa overlap (7-517:12-491)

                    10        20        30          40        50   
pF1KE1      MSSWIRWHGPAMARLWGFCWLVVGFWRAAFACPTSCKC--SASRIWCSDPSPGIV
                  ::. : .    . ::...   ::  :: .: :  ..: . :.    : .
CCDS30 MLRGGRRGQLGWHSWAAGPGSLLAWLILASAGAA-PCPDAC-CPHGSSGLRCT--RDGAL
               10        20        30         40         50        

            60        70        80        90       100       110   
pF1KE1 AFPRLEPNSVDPENITEIFIANQKRLEIINEDDVEAYVGLRNLTIVDSGLKFVAHKAFLK
          .  :..   ::.::..: ::..:. ..  :...   ::::::: :::.:::  ::  
CCDS30 DSLHHLPGA---ENLTELYIENQQHLQHLELRDLRGLGELRNLTIVKSGLRFVAPDAFHF
         60           70        80        90       100       110   

           120       130       140       150       160         170 
pF1KE1 NSNLQHINFTRNKLTSLSRKHFRHLDLSELILVGNPFTCSCDIMWIKTLQEAK--SSPDT
       .  :...:.. : : ::: :  . :.:.::.: :::. ::: . :..  .:    . :. 
CCDS30 TPRLSRLNLSFNALESLSWKTVQGLSLQELVLSGNPLHCSCALRWLQRWEEEGLGGVPE-
           120       130       140       150       160       170   

             180       190       200       210       220       230 
pF1KE1 QDLYCLNESSKNIPLANLQIPNCGLPSANLAAPNLTVEEGKSITLSCSVAGDPVPNMYWD
       : : : ...    :::..   .::.:. .. .:: .:. : .. : :.: :  . .  : 
CCDS30 QKLQCHGQG----PLAHMPNASCGVPTLKVQVPNASVDVGDDVLLRCQVEGRGLEQAGWI
            180           190       200       210       220        

             240       250         260       270       280         
pF1KE1 VGNLVSKHMNETSHTQGSLRIT--NISSDDSGKQISCVAENLVGEDQDSVNLTVHFAPTI
       . .: ..     :    :: .:  :..:: . :...: ::: ::. . ::...: : :. 
CCDS30 LTELEQSATVMKSGGLPSLGLTLANVTSDLNRKNVTCWAENDVGRAEVSVQVNVSF-PAS
      230       240       250       260       270       280        

     290       300       310       320       330         340       
pF1KE1 TFLESPTSDHHWCIPFTVKGNPKPALQWFYNGAILNESKYICTKI--HVTNHTEYHGCLQ
       . :.. .  :::::::.: :.: :.:.:..::..:::...: :..   ..:.:  ::::.
CCDS30 VQLHTAVEMHHWCIPFSVDGQPAPSLRWLFNGSVLNETSFIFTEFLEPAANETVRHGCLR
       290       300       310       320       330       340       

       350       360       370       380       390       400       
pF1KE1 LDNPTHMNNGDYTLIAKNEYGKDEKQISAHFMGWPGIDDGANPNYPDVIYEDYGTAANDI
       :..:::.:::.:::.: : .:.   .: : ::     :.  . :  : : .  .:.    
CCDS30 LNQPTHVNNGNYTLLAANPFGQASASIMAAFM-----DNPFEFNPEDPIPDTNSTS----
       350       360       370            380       390            

       410       420       430       440       450       460       
pF1KE1 GDTTNRSNEIPSTDVTDKTGREHLSVYAVVVIASVVGFCLLVMLFLLKLARHSKFGMKGP
       :: .....: :   :.  .:   :.:.: . ....       .: : : .:..:::.. :
CCDS30 GDPVEKKDETP-FGVSVAVG---LAVFACLFLSTL-------LLVLNKCGRRNKFGINRP
      400        410          420              430       440       

       470       480       490       500       510       520       
pF1KE1 ASVISNDDDSASPLHHISNGSNTPSSSEGGPDAVIIGMTKIPVIENPQYFGITNSQLKPD
       : :.. .:  :  :: .. :... : .::  ...     .  .:::::::          
CCDS30 A-VLAPEDGLAMSLHFMTLGGSSLSPTEGKGSGL-----QGHIIENPQYFSDACVHHIKR
        450       460       470       480            490       500 

       530                                                         
pF1KE1 TWPRGSPKTA                                                  
                                                                   
CCDS30 RDIVLKWELGEGAFGKVFLAECHNLLPEQDKMLVAVKALKEASESARQDFQREAELLTML
             510       520       530       540       550       560 

>>CCDS30890.1 NTRK1 gene_id:4914|Hs108|chr1               (760 aa)
 initn: 675 init1: 246 opt: 754  Z-score: 680.6  bits: 136.1 E(32554): 1.4e-31
Smith-Waterman score: 866; 36.1% identity (64.4% similar) in 452 aa overlap (72-517:42-461)

              50        60        70        80        90       100 
pF1KE1 RIWCSDPSPGIVAFPRLEPNSVDPENITEIFIANQKRLEIINEDDVEAYVGLRNLTIVDS
                                     .: ::..:. ..  :...   ::::::: :
CCDS30 SVPPILTVKSWDTMQLRAARSRCTNLLAASYIENQQHLQHLELRDLRGLGELRNLTIVKS
              20        30        40        50        60        70 

             110       120       130       140       150       160 
pF1KE1 GLKFVAHKAFLKNSNLQHINFTRNKLTSLSRKHFRHLDLSELILVGNPFTCSCDIMWIKT
       ::.:::  ::  .  :...:.. : : ::: :  . :.:.::.: :::. ::: . :.. 
CCDS30 GLRFVAPDAFHFTPRLSRLNLSFNALESLSWKTVQGLSLQELVLSGNPLHCSCALRWLQR
              80        90       100       110       120       130 

               170       180       190       200       210         
pF1KE1 LQEAK--SSPDTQDLYCLNESSKNIPLANLQIPNCGLPSANLAAPNLTVEEGKSITLSCS
        .:    . :. : : : ...    :::..   .::.:. .. .:: .:. : .. : :.
CCDS30 WEEEGLGGVPE-QKLQCHGQG----PLAHMPNASCGVPTLKVQVPNASVDVGDDVLLRCQ
             140        150           160       170       180      

     220       230       240       250         260       270       
pF1KE1 VAGDPVPNMYWDVGNLVSKHMNETSHTQGSLRIT--NISSDDSGKQISCVAENLVGEDQD
       : :  . .  : . .: ..     :    :: .:  :..:: . :...: ::: ::. . 
CCDS30 VEGRGLEQAGWILTELEQSATVMKSGGLPSLGLTLANVTSDLNRKNVTCWAENDVGRAEV
        190       200       210       220       230       240      

       280       290       300       310       320       330       
pF1KE1 SVNLTVHFAPTITFLESPTSDHHWCIPFTVKGNPKPALQWFYNGAILNESKYICTKI--H
       ::...: : :. . :.. .  :::::::.: :.: :.:.:..::..:::...: :..   
CCDS30 SVQVNVSF-PASVQLHTAVEMHHWCIPFSVDGQPAPSLRWLFNGSVLNETSFIFTEFLEP
        250        260       270       280       290       300     

         340       350       360       370       380       390     
pF1KE1 VTNHTEYHGCLQLDNPTHMNNGDYTLIAKNEYGKDEKQISAHFMGWPGIDDGANPNYPDV
       ..:.:  ::::.:..:::.:::.:::.: : .:.   .: : ::  :   .  .:  ::.
CCDS30 AANETVRHGCLRLNQPTHVNNGNYTLLAANPFGQASASIMAAFMDNPFEFNPEDP-IPDT
         310       320       330       340       350       360     

         400       410       420       430       440       450     
pF1KE1 IYEDYGTAANDIGDTTNRSNEIPSTDVTDKTGREHLSVYAVVVIASVVGFCLLVMLFLLK
                .  :: .....: :   :.  .:   :.:.: . ....       .: : :
CCDS30 --------NSTSGDPVEKKDETP-FGVSVAVG---LAVFACLFLSTL-------LLVLNK
                  370        380          390              400     

         460       470       480       490       500       510     
pF1KE1 LARHSKFGMKGPASVISNDDDSASPLHHISNGSNTPSSSEGGPDAVIIGMTKIPVIENPQ
        .:..:::.. :: :.. .:  :  :: .. :... : .::  .    :. .  .:::::
CCDS30 CGRRNKFGINRPA-VLAPEDGLAMSLHFMTLGGSSLSPTEGKGS----GL-QGHIIENPQ
         410        420       430       440           450          

         520       530                                             
pF1KE1 YFGITNSQLKPDTWPRGSPKTA                                      
       ::                                                          
CCDS30 YFSDACVHHIKRRDIVLKWELGEGAFGKVFLAECHNLLPEQDKMLVAVKALKEASESARQ
     460       470       480       490       500       510         

>>CCDS58399.1 NTRK3 gene_id:4916|Hs108|chr15              (817 aa)
 initn: 1165 init1: 325 opt: 446  Z-score: 406.3  bits: 85.5 E(32554): 2.6e-16
Smith-Waterman score: 1243; 40.5% identity (66.2% similar) in 551 aa overlap (10-529:7-521)

               10             20         30        40        50    
pF1KE1 MSSWIRWHGPAMARLW-----GFCWL-VVGFWRAAFACPTSCKCSASRIWCSDPSPGIVA
                ::   .:     :  ::  ::   ...:::..: :: ..: :  :. : . 
CCDS58    MDVSLCPAKCSFWRIFLLGSVWLDYVG---SVLACPANCVCSKTEINCRRPDDGNL-
                  10        20           30        40        50    

           60                     70        80        90       100 
pF1KE1 FPRLEP------------NSVD-PENITEIFIANQKRLEIINEDDVEAYVGLRNLTIVDS
       :: ::             : .:  .::: : : : . :. .:  :.: :.::..::: .:
CCDS58 FPLLEGQDSGNSNGNASINITDISRNITSIHIENWRSLHTLNAVDMELYTGLQKLTIKNS
            60        70        80        90       100       110   

             110       120       130       140       150       160 
pF1KE1 GLKFVAHKAFLKNSNLQHINFTRNKLTSLSRKHFRHLDLSELILVGNPFTCSCDIMWIKT
       ::. .  .:: :: .:..::.. :.::.:: . :. :.: :: :  : :.::::: :.. 
CCDS58 GLRSIQPRAFAKNPHLRYINLSSNRLTTLSWQLFQTLSLRELQLEQNFFNCSCDIRWMQL
           120       130       140       150       160       170   

              170       180       190       200       210       220
pF1KE1 LQE-AKSSPDTQDLYCLNESSKNIPLANLQIPNCGLPSANLAAPNLTVEEGKSITLSCSV
        :: .... ..:.:::.: .....::  ..: .: ::  ...  ::::.:: . ...:. 
CCDS58 WQEQGEAKLNSQNLYCINADGSQLPLFRMNISQCDLPEISVSHVNLTVREGDNAVITCNG
           180       190       200       210       220       230   

              230            240       250       260       270     
pF1KE1 AGDPVPNMYWDVGNL--VSKH---MNETSHTQGSLRITNISSDDSGKQISCVAENLVGED
       .:.:.:.. : : .:  .. :   .: :.    .: ..:..:.:.:  ..:.:::.:: .
CCDS58 SGSPLPDVDWIVTGLQSINTHQTNLNWTNVHAINLTLVNVTSEDNGFTLTCIAENVVGMS
           240       250       260       270       280       290   

         280       290       300       310       320       330     
pF1KE1 QDSVNLTVHFAPTITFLESPTSDHHWCIPFTVKGNPKPALQWFYNGAILNESKYICTKIH
       . :: :::.. : .. :: :    . :: :.:.::: :.:.:..::  : :::     ::
CCDS58 NASVALTVYYPPRVVSLEEPELRLEHCIEFVVRGNPPPTLHWLHNGQPLRESKI----IH
           300       310       320       330       340             

         340          350       360       370       380       390  
pF1KE1 VTNHTE---YHGCLQLDNPTHMNNGDYTLIAKNEYGKDEKQISAHFMGWPGIDDGANPNY
       :  . :    .::: ...:::.:::.:::::::  :  .. :..::.  :         .
CCDS58 VEYYQEGEISEGCLLFNKPTHYNNGNYTLIAKNPLGTANQTINGHFLKEP---------F
     350       360       370       380       390                400

            400       410       420       430       440        450 
pF1KE1 PDVIYEDYGTAANDIGDTTNRSNEIPSTDVTDKTGREHLSVYAVVVIASVVGFC-LLVML
       :          ..... :       :   :: :  .. ..:  .: .:. .  : :::.:
CCDS58 P----------VDEVSPT-------PPITVTHKPEEDTFGVSIAVGLAAFA--CVLLVVL
                               410       420       430         440 

               460       470       480       490       500         
pF1KE1 FLL--KLARHSKFGMKGPASVISNDDDSASPLHHISNGSNTPSSSEGGPDAVIIGMTKIP
       :..  : .:.::::::::..:::...:::::::::..: .:::: ..:::.:.::::.::
CCDS58 FVMINKYGRRSKFGMKGPVAVISGEEDSASPLHHINHGITTPSSLDAGPDTVVIGMTRIP
             450       460       470       480       490       500 

     510       520       530                                       
pF1KE1 VIENPQYFGITNSQLKPDTWPRGSPKTA                                
       ::::::::   ..  ::::.                                        
CCDS58 VIENPQYFRQGHNCHKPDTYVQHIKRRDIVLKRELGEGAFGKVFLAECYNLSPTKDKMLV
             510       520       530       540       550       560 

>>CCDS32323.1 NTRK3 gene_id:4916|Hs108|chr15              (612 aa)
 initn: 1192 init1: 352 opt: 429  Z-score: 392.9  bits: 82.6 E(32554): 1.4e-15
Smith-Waterman score: 1267; 40.8% identity (66.4% similar) in 551 aa overlap (10-529:7-529)

               10             20         30        40        50    
pF1KE1 MSSWIRWHGPAMARLW-----GFCWL-VVGFWRAAFACPTSCKCSASRIWCSDPSPGIVA
                ::   .:     :  ::  ::   ...:::..: :: ..: :  :. : . 
CCDS32    MDVSLCPAKCSFWRIFLLGSVWLDYVG---SVLACPANCVCSKTEINCRRPDDGNL-
                  10        20           30        40        50    

           60                     70        80        90       100 
pF1KE1 FPRLEP------------NSVD-PENITEIFIANQKRLEIINEDDVEAYVGLRNLTIVDS
       :: ::             : .:  .::: : : : . :. .:  :.: :.::..::: .:
CCDS32 FPLLEGQDSGNSNGNASINITDISRNITSIHIENWRSLHTLNAVDMELYTGLQKLTIKNS
            60        70        80        90       100       110   

             110       120       130       140       150       160 
pF1KE1 GLKFVAHKAFLKNSNLQHINFTRNKLTSLSRKHFRHLDLSELILVGNPFTCSCDIMWIKT
       ::. .  .:: :: .:..::.. :.::.:: . :. :.: :: :  : :.::::: :.. 
CCDS32 GLRSIQPRAFAKNPHLRYINLSSNRLTTLSWQLFQTLSLRELQLEQNFFNCSCDIRWMQL
           120       130       140       150       160       170   

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       :  . :    .::: ...:::.:::.:::::::  :  .. :..::.  :         .
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