Result of FASTA (ccds) for pF1KB7752
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7752, 490 aa
  1>>>pF1KB7752 490 - 490 aa - 490 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8510+/-0.000806; mu= 16.8495+/- 0.049
 mean_var=94.3966+/-18.980, 0's: 0 Z-trim(110.5): 123  B-trim: 371 in 1/50
 Lambda= 0.132007
 statistics sampled from 11537 (11662) to 11537 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.721), E-opt: 0.2 (0.358), width:  16
 Scan time:  3.010

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS11360.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17          ( 490) 3328 643.9 1.2e-184
CCDS58546.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17          ( 451) 2532 492.3 4.7e-139
CCDS42316.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17          ( 410) 2527 491.3 8.5e-139
CCDS2641.1 THRB gene_id:7068|Hs108|chr3            ( 461) 1918 375.3 7.6e-104
CCDS44585.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11        ( 402)  656 134.9 1.5e-31
CCDS7929.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11         ( 447)  656 135.0 1.7e-31
CCDS73285.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11        ( 453)  656 135.0 1.7e-31
CCDS55873.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12         ( 476)  542 113.3   6e-25
CCDS55876.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12         ( 486)  542 113.3 6.1e-25
CCDS9078.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12          ( 472)  530 111.0 2.9e-24
CCDS55875.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12         ( 482)  530 111.0 2.9e-24
CCDS54627.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3          ( 397)  521 109.2 8.3e-24
CCDS46775.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3           ( 336)  450 95.7 8.6e-20
CCDS2642.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3            ( 448)  450 95.7 1.1e-19
CCDS58236.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 382)  446 94.9 1.6e-19
CCDS58237.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 432)  446 95.0 1.8e-19
CCDS41790.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 443)  446 95.0 1.8e-19
CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12           ( 454)  446 95.0 1.8e-19
CCDS42317.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 457)  442 94.2 3.1e-19
CCDS11366.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 462)  442 94.2 3.2e-19
CCDS45671.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 365)  437 93.2 5.1e-19
CCDS3772.1 NR3C2 gene_id:4306|Hs108|chr4           ( 984)  394 85.3 3.2e-16
CCDS5234.1 ESR1 gene_id:2099|Hs108|chr6            ( 595)  384 83.3 8.1e-16
CCDS55820.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12           ( 477)  375 81.5 2.3e-15
CCDS41429.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 357)  371 80.6 3.1e-15
CCDS8757.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12            ( 427)  368 80.1 5.2e-15
CCDS10179.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 556)  369 80.4 5.6e-15
CCDS73751.1 NR2E3 gene_id:10002|Hs108|chr15        ( 367)  364 79.3 7.9e-15
CCDS10177.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 523)  366 79.8 7.9e-15
CCDS73750.1 NR2E3 gene_id:10002|Hs108|chr15        ( 410)  364 79.3 8.6e-15
CCDS45271.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 468)  361 78.8 1.4e-14
CCDS10178.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 548)  361 78.9 1.6e-14
CCDS6856.1 NR5A1 gene_id:2516|Hs108|chr9           ( 461)  358 78.2 2.1e-14
CCDS1400.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1           ( 495)  356 77.9 2.8e-14
CCDS74905.1 NR2C2 gene_id:7182|Hs108|chr3          ( 596)  356 77.9 3.3e-14
CCDS2621.1 NR2C2 gene_id:7182|Hs108|chr3           ( 615)  356 77.9 3.4e-14
CCDS1401.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1           ( 541)  353 77.3 4.5e-14
CCDS60383.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1          ( 469)  352 77.1 4.6e-14
CCDS53405.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 296)  349 76.4 4.8e-14
CCDS44262.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 309)  349 76.4   5e-14
CCDS41428.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 314)  349 76.4   5e-14
CCDS44260.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 339)  349 76.4 5.3e-14
CCDS44261.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 340)  349 76.4 5.4e-14
CCDS1228.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1           ( 348)  349 76.4 5.5e-14
CCDS41430.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 352)  349 76.4 5.5e-14
CCDS41821.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12         ( 467)  349 76.5 6.8e-14
CCDS68131.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 395)  348 76.3 6.9e-14
CCDS44953.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12         ( 483)  349 76.5   7e-14
CCDS46604.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 442)  348 76.3 7.5e-14
CCDS42876.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 452)  348 76.3 7.6e-14


>>CCDS11360.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17               (490 aa)
 initn: 3328 init1: 3328 opt: 3328  Z-score: 3428.7  bits: 643.9 E(32554): 1.2e-184
Smith-Waterman score: 3328; 100.0% identity (100.0% similar) in 490 aa overlap (1-490:1-490)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MEQKPSKVECGSDPEENSARSPDGKRKRKNGQCSLKTSMSGYIPSYLDKDEQCVVCGDKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MEQKPSKVECGSDPEENSARSPDGKRKRKNGQCSLKTSMSGYIPSYLDKDEQCVVCGDKA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 TGYHYRCITCEGCKGFFRRTIQKNLHPTYSCKYDSCCVIDKITRNQCQLCRFKKCIAVGM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TGYHYRCITCEGCKGFFRRTIQKNLHPTYSCKYDSCCVIDKITRNQCQLCRFKKCIAVGM
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 AMDLVLDDSKRVAKRKLIEQNRERRRKEEMIRSLQQRPEPTPEEWDLIHIATEAHRSTNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AMDLVLDDSKRVAKRKLIEQNRERRRKEEMIRSLQQRPEPTPEEWDLIHIATEAHRSTNA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 QGSHWKQRRKFLPDDIGQSPIVSMPDGDKVDLEAFSEFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 QGSHWKQRRKFLPDDIGQSPIVSMPDGDKVDLEAFSEFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 ELPCEDQIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESDTLTLSGEMAVKREQLKNGGLGVVSDAIF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ELPCEDQIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESDTLTLSGEMAVKREQLKNGGLGVVSDAIF
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 ELGKSLSAFNLDDTEVALLQAVLLMSTDRSGLLCVDKIEKSQEAYLLAFEHYVNHRKHNI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ELGKSLSAFNLDDTEVALLQAVLLMSTDRSGLLCVDKIEKSQEAYLLAFEHYVNHRKHNI
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 PHFWPKLLMKEREVQSSILYKGAAAEGRPGGSLGVHPEGQQLLGMHVVQGPQVRQLEQQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PHFWPKLLMKEREVQSSILYKGAAAEGRPGGSLGVHPEGQQLLGMHVVQGPQVRQLEQQL
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB7 GEAGSLQGPVLQHQSPKSPQQRLLELLHRSGILHARAVCGEDDSSEADSPSSSEEEPEVC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GEAGSLQGPVLQHQSPKSPQQRLLELLHRSGILHARAVCGEDDSSEADSPSSSEEEPEVC
              430       440       450       460       470       480

              490
pF1KB7 EDLAGNAASP
       ::::::::::
CCDS11 EDLAGNAASP
              490

>>CCDS58546.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17               (451 aa)
 initn: 2529 init1: 2529 opt: 2532  Z-score: 2609.9  bits: 492.3 E(32554): 4.7e-139
Smith-Waterman score: 2982; 92.0% identity (92.0% similar) in 490 aa overlap (1-490:1-451)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MEQKPSKVECGSDPEENSARSPDGKRKRKNGQCSLKTSMSGYIPSYLDKDEQCVVCGDKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MEQKPSKVECGSDPEENSARSPDGKRKRKNGQCSLKTSMSGYIPSYLDKDEQCVVCGDKA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 TGYHYRCITCEGCKGFFRRTIQKNLHPTYSCKYDSCCVIDKITRNQCQLCRFKKCIAVGM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TGYHYRCITCEGCKGFFRRTIQKNLHPTYSCKYDSCCVIDKITRNQCQLCRFKKCIAVGM
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 AMDLVLDDSKRVAKRKLIEQNRERRRKEEMIRSLQQRPEPTPEEWDLIHIATEAHRSTNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 AMDLVLDDSKRVAKRKLIEQNRERRRKEEMIRSLQQRPEPTPEEWDLIHIATEAHRSTNA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 QGSHWKQRRKFLPDDIGQSPIVSMPDGDKVDLEAFSEFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 QGSHWKQRRKFLPDDIGQSPIVSMPDGDKVDLEAFSEFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 ELPCEDQIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESDTLTLSGEMAVKREQLKNGGLGVVSDAIF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ELPCEDQIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESDTLTLSGEMAVKREQLKNGGLGVVSDAIF
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 ELGKSLSAFNLDDTEVALLQAVLLMSTDRSGLLCVDKIEKSQEAYLLAFEHYVNHRKHNI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ELGKSLSAFNLDDTEVALLQAVLLMSTDRSGLLCVDKIEKSQEAYLLAFEHYVNHRKHNI
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 PHFWPKLLMKEREVQSSILYKGAAAEGRPGGSLGVHPEGQQLLGMHVVQGPQVRQLEQQL
       ::::::::::                                       :::::::::::
CCDS58 PHFWPKLLMK---------------------------------------GPQVRQLEQQL
              370                                              380 

              430       440       450       460       470       480
pF1KB7 GEAGSLQGPVLQHQSPKSPQQRLLELLHRSGILHARAVCGEDDSSEADSPSSSEEEPEVC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GEAGSLQGPVLQHQSPKSPQQRLLELLHRSGILHARAVCGEDDSSEADSPSSSEEEPEVC
             390       400       410       420       430       440 

              490
pF1KB7 EDLAGNAASP
       ::::::::::
CCDS58 EDLAGNAASP
             450 

>>CCDS42316.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17               (410 aa)
 initn: 2527 init1: 2527 opt: 2527  Z-score: 2605.4  bits: 491.3 E(32554): 8.5e-139
Smith-Waterman score: 2527; 100.0% identity (100.0% similar) in 370 aa overlap (1-370:1-370)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MEQKPSKVECGSDPEENSARSPDGKRKRKNGQCSLKTSMSGYIPSYLDKDEQCVVCGDKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MEQKPSKVECGSDPEENSARSPDGKRKRKNGQCSLKTSMSGYIPSYLDKDEQCVVCGDKA
               10        20        30        40        50        60

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pF1KB7 TGYHYRCITCEGCKGFFRRTIQKNLHPTYSCKYDSCCVIDKITRNQCQLCRFKKCIAVGM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TGYHYRCITCEGCKGFFRRTIQKNLHPTYSCKYDSCCVIDKITRNQCQLCRFKKCIAVGM
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 AMDLVLDDSKRVAKRKLIEQNRERRRKEEMIRSLQQRPEPTPEEWDLIHIATEAHRSTNA
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pF1KB7 QGSHWKQRRKFLPDDIGQSPIVSMPDGDKVDLEAFSEFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 QGSHWKQRRKFLPDDIGQSPIVSMPDGDKVDLEAFSEFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFS
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pF1KB7 ELPCEDQIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESDTLTLSGEMAVKREQLKNGGLGVVSDAIF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ELPCEDQIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESDTLTLSGEMAVKREQLKNGGLGVVSDAIF
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ELGKSLSAFNLDDTEVALLQAVLLMSTDRSGLLCVDKIEKSQEAYLLAFEHYVNHRKHNI
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       ::::::::::                                                  
CCDS42 PHFWPKLLMKVTDLRMIGACHASRFLHMKVECPTELFPPLFLEVFEDQEV          
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>>CCDS2641.1 THRB gene_id:7068|Hs108|chr3                 (461 aa)
 initn: 1918 init1: 1918 opt: 1918  Z-score: 1977.8  bits: 375.3 E(32554): 7.6e-104
Smith-Waterman score: 1918; 82.7% identity (93.9% similar) in 330 aa overlap (41-370:95-424)

               20        30        40        50        60        70
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CCDS26 SSIFHLDHDDVNDQSVSSAQTFQTEEKKCKGYIPSYLDKDELCVVCGDKATGYHYRCITC
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pF1KB7 EGCKGFFRRTIQKNLHPTYSCKYDSCCVIDKITRNQCQLCRFKKCIAVGMAMDLVLDDSK
       :::::::::::::::::.:::::.. :::::.:::::: ::::::: :::: ::::::::
CCDS26 EGCKGFFRRTIQKNLHPSYSCKYEGKCVIDKVTRNQCQECRFKKCIYVGMATDLVLDDSK
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pF1KB7 RVAKRKLIEQNRERRRKEEMIRSLQQRPEPTPEEWDLIHIATEAHRSTNAQGSHWKQRRK
       :.:::::::.:::.::.::. .:. ..:::: :::.::. .:::: .::::::::::.::
CCDS26 RLAKRKLIEENREKRRREELQKSIGHKPEPTDEEWELIKTVTEAHVATNAQGSHWKQKRK
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       :::.::::.:::. :.: ::::::::.:::::::::::::::::::::: ::::::::::
CCDS26 FLPEDIGQAPIVNAPEGGKVDLEAFSHFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFCELPCEDQIIL
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pF1KB7 LKGCCMEIMSLRAAVRYDPESDTLTLSGEMAVKREQLKNGGLGVVSDAIFELGKSLSAFN
       :::::::::::::::::::::.::::.::::: : :::::::::::::::.:: :::.::
CCDS26 LKGCCMEIMSLRAAVRYDPESETLTLNGEMAVTRGQLKNGGLGVVSDAIFDLGMSLSSFN
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pF1KB7 LDDTEVALLQAVLLMSTDRSGLLCVDKIEKSQEAYLLAFEHYVNHRKHNIPHFWPKLLMK
       ::::::::::::::::.:: :: ::..::: :...:::::::.:.:::.. :::::::::
CCDS26 LDDTEVALLQAVLLMSSDRPGLACVERIEKYQDSFLLAFEHYINYRKHHVTHFWPKLLMK
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pF1KB7 EREVQSSILYKGAAAEGRPGGSLGVHPEGQQLLGMHVVQGPQVRQLEQQLGEAGSLQGPV
                                                                   
CCDS26 VTDLRMIGACHASRFLHMKVECPTELFPPLFLEVFED                       
          430       440       450       460                        

>>CCDS44585.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11             (402 aa)
 initn: 573 init1: 195 opt: 656  Z-score: 679.7  bits: 134.9 E(32554): 1.5e-31
Smith-Waterman score: 656; 34.2% identity (67.0% similar) in 336 aa overlap (41-370:42-365)

               20        30        40        50        60        70
pF1KB7 GSDPEENSARSPDGKRKRKNGQCSLKTSMSGYIPSYLDKDEQCVVCGDKATGYHYRCITC
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CCDS44 GLEAAEPTALLTRAEPPSEPTEIRPQKRKKGPAPKMLG-NELCSVCGDKASGFHYNVLSC
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pF1KB7 EGCKGFFRRTIQKNLHPTYSCKYDSCCVIDKITRNQCQLCRFKKCIAVGMAMDLVLDDSK
       :::::::::.. :. :  : :.  . : .:   : .:: ::..::  .::  . ::.. .
CCDS44 EGCKGFFRRSVIKGAH--YICHSGGHCPMDTYMRRKCQECRLRKCRQAGMREECVLSE-E
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pF1KB7 RVAKRKLIEQNRERRRKEEMI-RSL---QQRPEPTPEEWDLIHIATEAHRSTNAQGSHWK
       ..  .:: .:..:. .   .  :.    :  :. .::.  .:.  . :... : ..  ..
CCDS44 QIRLKKLKRQEEEQAHATSLPPRASSPPQILPQLSPEQLGMIEKLVAAQQQCNRRS--FS
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pF1KB7 QRRKFLPDDIGQSPIVSMPDGDKVDLEAFSEFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFSELPCED
       .: .  :      :..  : . ..  . :..::..   .. ..:::::.:: : .:  ::
CCDS44 DRLRVTP-----WPMAPDPHSREARQQRFAHFTELAIVSVQEIVDFAKQLPGFLQLSRED
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pF1KB7 QIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESDTLTLSGEMAVKREQLKNGGLGV-VSDAIFELGKS
       :: :::   .:.: :... ::.: :...:.  ... .::.. ..:: :   . :::....
CCDS44 QIALLKTSAIEVMLLETSRRYNPGSESITFLKDFSYNREDFAKAGLQVEFINPIFEFSRA
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pF1KB7 LSAFNLDDTEVALLQAVLLMSTDRSGLLCVDKIEKSQEAYLLAFEHYVN-HRKHNIPHFW
       .. ..:.:.: ::: :. ..:.:: ..    ..:. :..:. :.. ::. :. :.   : 
CCDS44 MNELQLNDAEFALLIAISIFSADRPNVQDQLQVERLQHTYVEALHAYVSIHHPHDRLMF-
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pF1KB7 PKLLMKEREVQSSILYKGAAAEGRPGGSLGVHPEGQQLLGMHVVQGPQVRQLEQQLGEAG
       :..:::                                                      
CCDS44 PRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE                 
     360       370       380       390       400                   

>>CCDS7929.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11              (447 aa)
 initn: 551 init1: 195 opt: 656  Z-score: 679.1  bits: 135.0 E(32554): 1.7e-31
Smith-Waterman score: 656; 34.2% identity (67.0% similar) in 336 aa overlap (41-370:87-410)

               20        30        40        50        60        70
pF1KB7 GSDPEENSARSPDGKRKRKNGQCSLKTSMSGYIPSYLDKDEQCVVCGDKATGYHYRCITC
                                     :  :..:  .: : ::::::.:.::  ..:
CCDS79 GLEAAEPTALLTRAEPPSEPTEIRPQKRKKGPAPKMLG-NELCSVCGDKASGFHYNVLSC
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pF1KB7 EGCKGFFRRTIQKNLHPTYSCKYDSCCVIDKITRNQCQLCRFKKCIAVGMAMDLVLDDSK
       :::::::::.. :. :  : :.  . : .:   : .:: ::..::  .::  . ::.. .
CCDS79 EGCKGFFRRSVIKGAH--YICHSGGHCPMDTYMRRKCQECRLRKCRQAGMREECVLSE-E
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pF1KB7 RVAKRKLIEQNRERRRKEEMI-RSL---QQRPEPTPEEWDLIHIATEAHRSTNAQGSHWK
       ..  .:: .:..:. .   .  :.    :  :. .::.  .:.  . :... : ..  ..
CCDS79 QIRLKKLKRQEEEQAHATSLPPRASSPPQILPQLSPEQLGMIEKLVAAQQQCNRRS--FS
            180       190       200       210       220         230

        190       200       210       220       230       240      
pF1KB7 QRRKFLPDDIGQSPIVSMPDGDKVDLEAFSEFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFSELPCED
       .: .  :      :..  : . ..  . :..::..   .. ..:::::.:: : .:  ::
CCDS79 DRLRVTP-----WPMAPDPHSREARQQRFAHFTELAIVSVQEIVDFAKQLPGFLQLSRED
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pF1KB7 QIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESDTLTLSGEMAVKREQLKNGGLGV-VSDAIFELGKS
       :: :::   .:.: :... ::.: :...:.  ... .::.. ..:: :   . :::....
CCDS79 QIALLKTSAIEVMLLETSRRYNPGSESITFLKDFSYNREDFAKAGLQVEFINPIFEFSRA
         290       300       310       320       330       340     

         310       320       330       340       350        360    
pF1KB7 LSAFNLDDTEVALLQAVLLMSTDRSGLLCVDKIEKSQEAYLLAFEHYVN-HRKHNIPHFW
       .. ..:.:.: ::: :. ..:.:: ..    ..:. :..:. :.. ::. :. :.   : 
CCDS79 MNELQLNDAEFALLIAISIFSADRPNVQDQLQVERLQHTYVEALHAYVSIHHPHDRLMF-
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          370       380       390       400       410       420    
pF1KB7 PKLLMKEREVQSSILYKGAAAEGRPGGSLGVHPEGQQLLGMHVVQGPQVRQLEQQLGEAG
       :..:::                                                      
CCDS79 PRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE                 
          410       420       430       440                        

>>CCDS73285.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11             (453 aa)
 initn: 551 init1: 195 opt: 656  Z-score: 679.0  bits: 135.0 E(32554): 1.7e-31
Smith-Waterman score: 656; 34.2% identity (67.0% similar) in 336 aa overlap (41-370:93-416)

               20        30        40        50        60        70
pF1KB7 GSDPEENSARSPDGKRKRKNGQCSLKTSMSGYIPSYLDKDEQCVVCGDKATGYHYRCITC
                                     :  :..:  .: : ::::::.:.::  ..:
CCDS73 GLEAAEPTALLTRAEPPSEPTEIRPQKRKKGPAPKMLG-NELCSVCGDKASGFHYNVLSC
             70        80        90       100        110       120 

               80        90       100       110       120       130
pF1KB7 EGCKGFFRRTIQKNLHPTYSCKYDSCCVIDKITRNQCQLCRFKKCIAVGMAMDLVLDDSK
       :::::::::.. :. :  : :.  . : .:   : .:: ::..::  .::  . ::.. .
CCDS73 EGCKGFFRRSVIKGAH--YICHSGGHCPMDTYMRRKCQECRLRKCRQAGMREECVLSE-E
             130         140       150       160       170         

              140       150           160       170       180      
pF1KB7 RVAKRKLIEQNRERRRKEEMI-RSL---QQRPEPTPEEWDLIHIATEAHRSTNAQGSHWK
       ..  .:: .:..:. .   .  :.    :  :. .::.  .:.  . :... : ..  ..
CCDS73 QIRLKKLKRQEEEQAHATSLPPRASSPPQILPQLSPEQLGMIEKLVAAQQQCNRRS--FS
      180       190       200       210       220       230        

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pF1KB7 QRRKFLPDDIGQSPIVSMPDGDKVDLEAFSEFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFSELPCED
       .: .  :      :..  : . ..  . :..::..   .. ..:::::.:: : .:  ::
CCDS73 DRLRVTP-----WPMAPDPHSREARQQRFAHFTELAIVSVQEIVDFAKQLPGFLQLSRED
        240            250       260       270       280       290 

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pF1KB7 QIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESDTLTLSGEMAVKREQLKNGGLGV-VSDAIFELGKS
       :: :::   .:.: :... ::.: :...:.  ... .::.. ..:: :   . :::....
CCDS73 QIALLKTSAIEVMLLETSRRYNPGSESITFLKDFSYNREDFAKAGLQVEFINPIFEFSRA
             300       310       320       330       340       350 

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pF1KB7 LSAFNLDDTEVALLQAVLLMSTDRSGLLCVDKIEKSQEAYLLAFEHYVN-HRKHNIPHFW
       .. ..:.:.: ::: :. ..:.:: ..    ..:. :..:. :.. ::. :. :.   : 
CCDS73 MNELQLNDAEFALLIAISIFSADRPNVQDQLQVERLQHTYVEALHAYVSIHHPHDRLMF-
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pF1KB7 PKLLMKEREVQSSILYKGAAAEGRPGGSLGVHPEGQQLLGMHVVQGPQVRQLEQQLGEAG
       :..:::                                                      
CCDS73 PRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE                 
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>>CCDS55873.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12              (476 aa)
 initn: 506 init1: 216 opt: 542  Z-score: 561.4  bits: 113.3 E(32554): 6e-25
Smith-Waterman score: 555; 33.7% identity (58.3% similar) in 338 aa overlap (50-363:124-434)

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                                     :: ::::::.:.::::  .:::::::::::
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       .: ::   .:.::  . ::.:   : .:: ::..::  .::  . .           :::
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pF1KB7 VAKRKLIEQN-----------RERRRKEEMIRSLQQRPEPTPEEWDLIHIATEAHRSTNA
       .  :: ..:.           :. :.     .: ... : ::..  :.:.  .       
CCDS55 L--RKNVKQHADQTVNEDSEGRDLRQVTSTTKSCREKTELTPDQQTLLHFIMD-------
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         :. :::   .:..: .. .    ...    : :  .:.. :  .  .:.:.:::: :.
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        :  :::: ::::  .: : ::.:  .. .      ::.  . .:...:.:   .::   
CCDS55 TLDHEDQIALLKGSAVEAMFLRSAEIFNKKLP----SGHSDLLEERIRNSG---ISDEYI
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pF1KB7 --IFELGKSLSAFNLDDTEVALLQAVLLMSTDRSGLLCVDKIEKSQEAYLLAFEHYVN-H
         .: . ::.. ... . : ::: :....: ::. .   . .:: ::  : ....  . :
CCDS55 TPMFSFYKSIGELKMTQEEYALLTAIVILSPDRQYIKDREAVEKLQEPLLDVLQKLCKIH
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       . .:  ::                                                    
CCDS55 QPENPQHFACLLGRLTELRTFNHHHAEMLMSWRVNDHKFTPLLCEIWDVQ          
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>>CCDS55876.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12              (486 aa)
 initn: 506 init1: 216 opt: 542  Z-score: 561.3  bits: 113.3 E(32554): 6.1e-25
Smith-Waterman score: 555; 33.7% identity (58.3% similar) in 338 aa overlap (50-363:134-444)

      20        30        40        50        60        70         
pF1KB7 RSPDGKRKRKNGQCSLKTSMSGYIPSYLDKDEQCVVCGDKATGYHYRCITCEGCKGFFRR
                                     :: ::::::.:.::::  .:::::::::::
CCDS55 ETLYQGETEVAEMPVTKKPRMGASAGRIKGDELCVVCGDRASGYHYNALTCEGCKGFFRR
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pF1KB7 TIQKNLHPTYSCKYDSCCVIDKITRNQCQLCRFKKCIAVGMAMDLVLDD--------SKR
       .: ::   .:.::  . ::.:   : .:: ::..::  .::  . .           :::
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pF1KB7 VAKRKLIEQN-----------RERRRKEEMIRSLQQRPEPTPEEWDLIHIATEAHRSTNA
       .  :: ..:.           :. :.     .: ... : ::..  :.:.  .       
CCDS55 L--RKNVKQHADQTVNEDSEGRDLRQVTSTTKSCREKTELTPDQQTLLHFIMD-------
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         :. :::   .:..: .. .    ...    : :  .:.. :  .  .:.:.:::: :.
CCDS55 --SYNKQR---MPQEITNKILKEEFSAE----ENFLILTEMATNHVQVLVEFTKKLPGFQ
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        :  :::: ::::  .: : ::.:  .. .      ::.  . .:...:.:   .::   
CCDS55 TLDHEDQIALLKGSAVEAMFLRSAEIFNKKLP----SGHSDLLEERIRNSG---ISDEYI
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pF1KB7 --IFELGKSLSAFNLDDTEVALLQAVLLMSTDRSGLLCVDKIEKSQEAYLLAFEHYVN-H
         .: . ::.. ... . : ::: :....: ::. .   . .:: ::  : ....  . :
CCDS55 TPMFSFYKSIGELKMTQEEYALLTAIVILSPDRQYIKDREAVEKLQEPLLDVLQKLCKIH
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       . .:  ::                                                    
CCDS55 QPENPQHFACLLGRLTELRTFNHHHAEMLMSWRVNDHKFTPLLCEIWDVQ          
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>>CCDS9078.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12               (472 aa)
 initn: 516 init1: 216 opt: 530  Z-score: 549.1  bits: 111.0 E(32554): 2.9e-24
Smith-Waterman score: 572; 34.4% identity (59.6% similar) in 334 aa overlap (50-363:124-430)

      20        30        40        50        60        70         
pF1KB7 RSPDGKRKRKNGQCSLKTSMSGYIPSYLDKDEQCVVCGDKATGYHYRCITCEGCKGFFRR
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CCDS90 ETLYQGETEVAEMPVTKKPRMGASAGRIKGDELCVVCGDRASGYHYNALTCEGCKGFFRR
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pF1KB7 TIQKNLHPTYSCKYDSCCVIDKITRNQCQLCRFKKCIAVGMAMDLVLDD----SKRVAKR
       .: ::   .:.::  . ::.:   : .:: ::..::  .::  . .: .    :::.  :
CCDS90 SITKN--AVYKCKNGGNCVMDMYMRRKCQECRLRKCKEMGMLAECLLTEIQCKSKRL--R
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pF1KB7 KLIEQN-----------RERRRKEEMIRSLQQRPEPTPEEWDLIHIATEAHRSTNAQGSH
       : ..:.           :. :.     .: ... : ::..  :.:.  .         :.
CCDS90 KNVKQHADQTVNEDSEGRDLRQVTSTTKSCREKTELTPDQQTLLHFIMD---------SY
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pF1KB7 WKQRRKFLPDDIGQSPIVSMPDGDKVDLEAFSEFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFSELPC
        :::   .:..: .. .    ...    : :  .:.. :  .  .:.:.:::: :. :  
CCDS90 NKQR---MPQEITNKILKEEFSAE----ENFLILTEMATNHVQVLVEFTKKLPGFQTLDH
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pF1KB7 EDQIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESDTLTLSGEMAVKREQLKNGGLGVVSDA----IF
       :::: ::::  .: : ::.:  .. .      ::.  . .:...:.:   .::     .:
CCDS90 EDQIALLKGSAVEAMFLRSAEIFNKKLP----SGHSDLLEERIRNSG---ISDEYITPMF
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pF1KB7 ELGKSLSAFNLDDTEVALLQAVLLMSTDRSGLLCVDKIEKSQEAYLLAFEHYVN-HRKHN
        . ::.. ... . : ::: :....: ::. .   . .:: ::  : ....  . :. .:
CCDS90 SFYKSIGELKMTQEEYALLTAIVILSPDRQYIKDREAVEKLQEPLLDVLQKLCKIHQPEN
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         ::                                                        
CCDS90 PQHFACLLGRLTELRTFNHHHAEMLMSWRVNDHKFTPLLCEIWDVQ              
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490 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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