Result of FASTA (omim) for pF1KE0379
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE0379, 794 aa
  1>>>pF1KE0379 794 - 794 aa - 794 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5628+/-0.000429; mu= 18.8250+/- 0.027
 mean_var=72.8029+/-14.981, 0's: 0 Z-trim(111.3): 405  B-trim: 770 in 2/50
 Lambda= 0.150314
 statistics sampled from 19371 (19798) to 19371 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.598), E-opt: 0.2 (0.232), width:  16
 Scan time: 12.510

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_061762 (OMIM: 606332) protocadherin beta-6 isof ( 794) 5157 1128.4       0
NP_001290074 (OMIM: 606332) protocadherin beta-6 i ( 658) 4259 933.6       0
NP_056484 (OMIM: 606331) protocadherin beta-5 prec ( 795) 4028 883.6       0
NP_061760 (OMIM: 606329) protocadherin beta-3 prec ( 796) 4004 878.4       0
NP_061761 (OMIM: 606330) protocadherin beta-4 prec ( 795) 3993 876.0       0
NP_061759 (OMIM: 606328) protocadherin beta-2 prec ( 798) 3935 863.4       0
NP_061758 (OMIM: 606341) protocadherin beta-15 pre ( 787) 3926 861.4       0
NP_066008 (OMIM: 606345) protocadherin beta-16 pre ( 776) 3923 860.8       0
NP_061757 (OMIM: 606340) protocadherin beta-14 pre ( 798) 3857 846.5       0
NP_061756 (OMIM: 606339) protocadherin beta-13 pre ( 798) 3817 837.8       0
NP_061993 (OMIM: 606334) protocadherin beta-8 prec ( 801) 3813 836.9       0
NP_061992 (OMIM: 606335) protocadherin beta-9 prec ( 797) 3779 829.6       0
NP_061754 (OMIM: 606337) protocadherin beta-11 pre ( 797) 3712 815.0       0
NP_061753 (OMIM: 606336) protocadherin beta-10 pre ( 800) 3702 812.9       0
NP_061755 (OMIM: 606338) protocadherin beta-12 pre ( 795) 3695 811.4       0
NP_061763 (OMIM: 606333) protocadherin beta-7 prec ( 793) 3654 802.5       0
NP_037472 (OMIM: 606327) protocadherin beta-1 prec ( 818) 2567 566.7 1.4e-160
NP_114382 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 823) 2172 481.1 8.4e-135
NP_061735 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 931) 2172 481.1 9.3e-135
NP_114398 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 823) 2145 475.2 4.8e-133
NP_061738 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 932) 2145 475.3 5.4e-133
NP_114479 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 850) 2104 466.4 2.4e-130
NP_061736 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 936) 2104 466.4 2.6e-130
NP_115270 (OMIM: 606302) protocadherin gamma-B5 is ( 818) 2102 465.9 3.1e-130
NP_061748 (OMIM: 606302) protocadherin gamma-B5 is ( 923) 2102 465.9 3.4e-130
NP_114478 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 is ( 828) 2101 465.7 3.6e-130
NP_061744 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 is ( 932) 2101 465.7  4e-130
NP_114475 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 818) 2098 465.0 5.6e-130
NP_061742 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 932) 2098 465.1 6.3e-130
NP_114400 (OMIM: 606290) protocadherin gamma-A3 is ( 829) 2096 464.6 7.7e-130
NP_061739 (OMIM: 606290) protocadherin gamma-A3 is ( 932) 2096 464.6 8.5e-130
NP_114476 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 817) 2082 461.6 6.2e-129
NP_061743 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 932) 2082 461.6  7e-129
NP_115265 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 820) 2078 460.7 1.1e-128
NP_003726 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 932) 2078 460.7 1.3e-128
NP_115267 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 811) 2068 458.5 5.1e-128
NP_061746 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 931) 2068 458.6 5.7e-128
NP_114443 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 813) 2061 457.0 1.5e-127
NP_061741 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 931) 2061 457.0 1.6e-127
NP_115269 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 803) 2057 456.1 2.6e-127
NP_003727 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 923) 2057 456.2  3e-127
NP_115268 (OMIM: 606301) protocadherin gamma-B3 is ( 814) 2054 455.5 4.2e-127
NP_061747 (OMIM: 606301) protocadherin gamma-B3 is ( 929) 2054 455.5 4.7e-127
NP_114442 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 851) 2052 455.1 5.9e-127
NP_061740 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 962) 2052 455.1 6.5e-127
NP_114480 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 837) 2047 454.0 1.2e-126
NP_061737 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 935) 2047 454.0 1.3e-126
NP_115271 (OMIM: 606303) protocadherin gamma-B6 is ( 820) 2044 453.3 1.9e-126
NP_061749 (OMIM: 606303) protocadherin gamma-B6 is ( 930) 2044 453.4 2.1e-126
NP_054723 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 is ( 820) 2039 452.2  4e-126


>>NP_061762 (OMIM: 606332) protocadherin beta-6 isoform   (794 aa)
 initn: 5157 init1: 5157 opt: 5157  Z-score: 6039.8  bits: 1128.4 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 5157; 99.9% identity (100.0% similar) in 794 aa overlap (1-794:1-794)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MMQTKVQNKKRQVAFFILLMLWGEVGSESIQYSVLEETESGTFVANLTKDLGLRVGELAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 MMQTKVQNKKRQVAFFILLMLWGEVGSESIQYSVLEETESGTFVANLTKDLGLRVGELAS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 RGARVVFKGNRQHLQFDPQTHDLLLNEKLDREELCGSTEPCVLPFQVLLENPLQFFQASL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 RGARVVFKGNRQHLQFDPQTHDLLLNEKLDREELCGSTEPCVLPFQVLLENPLQFFQASL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 RVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGLQRYTISSNPHFHVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 RVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGLQRYTISSNPHFHVL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 TRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSEIQIQVLDINDNVPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 TRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSEIQIQVLDINDNVPE
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE0 FAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQVDDVNQPFEINAITGEIR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 FAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQVDDVNQPFEINAITGEIR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE0 LRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELTMSFFISLIPENLPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELTMSFFISLIPENLPE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE0 ITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGALDRESRAEYNITIT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGALDRESRAEYNITIT
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE0 VTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNVPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDSGI
       :::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 VTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDSGI
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE0 NAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFEFRVGATDRGSPALS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFEFRVGATDRGSPALS
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE0 SEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNAWL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNAWL
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE0 SYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHVLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHVLL
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KE0 VDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAASV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 VDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAASV
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KE0 GRYSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYKVCLTGGSETNEFKFLKPIMPNFPPQGTERE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GRYSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYKVCLTGGSETNEFKFLKPIMPNFPPQGTERE
              730       740       750       760       770       780

              790    
pF1KE0 MEETPTSRNSFPFS
       ::::::::::::::
NP_061 MEETPTSRNSFPFS
              790    

>>NP_001290074 (OMIM: 606332) protocadherin beta-6 isofo  (658 aa)
 initn: 4259 init1: 4259 opt: 4259  Z-score: 4988.5  bits: 933.6 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 4259; 99.8% identity (100.0% similar) in 658 aa overlap (137-794:1-658)

        110       120       130       140       150       160      
pF1KE0 VLLENPLQFFQASLRVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGL
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001                               MLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGL
                                             10        20        30

        170       180       190       200       210       220      
pF1KE0 QRYTISSNPHFHVLTRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QRYTISSNPHFHVLTRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSE
               40        50        60        70        80        90

        230       240       250       260       270       280      
pF1KE0 IQIQVLDINDNVPEFAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQVDDV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IQIQVLDINDNVPEFAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQVDDV
              100       110       120       130       140       150

        290       300       310       320       330       340      
pF1KE0 NQPFEINAITGEIRLRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NQPFEINAITGEIRLRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELT
              160       170       180       190       200       210

        350       360       370       380       390       400      
pF1KE0 MSFFISLIPENLPEITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSFFISLIPENLPEITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGA
              220       230       240       250       260       270

        410       420       430       440       450       460      
pF1KE0 LDRESRAEYNITITVTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNVPAFTQTSYTLFVRENNSPAL
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::
NP_001 LDRESRAEYNITITVTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPAL
              280       290       300       310       320       330

        470       480       490       500       510       520      
pF1KE0 HIGSVSATDRDSGINAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HIGSVSATDRDSGINAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFE
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pF1KE0 FRVGATDRGSPALSSEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FRVGATDRGSPALSSEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTK
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pF1KE0 VVAVDGDSGQNAWLSYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VVAVDGDSGQNAWLSYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNG
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pF1KE0 EPPRSATATLHVLLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EPPRSATATLHVLLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLF
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pF1KE0 VAVRLCRRSRAASVGRYSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYKVCLTGGSETNEFKFLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VAVRLCRRSRAASVGRYSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYKVCLTGGSETNEFKFLK
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pF1KE0 PIMPNFPPQGTEREMEETPTSRNSFPFS
       ::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PIMPNFPPQGTEREMEETPTSRNSFPFS
              640       650        

>>NP_056484 (OMIM: 606331) protocadherin beta-5 precurso  (795 aa)
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pF1KE0  MMQTKVQNKKRQVAFF-ILLMLWGEVGSESIQYSVLEETESGTFVANLTKDLGLRVGEL
                .:::: :. :::.:: :.:::...::. ::::::  ::::.::::: ::::
NP_056 METALAKTPQKRQVMFLAILLLLW-EAGSEAVRYSIPEETESGYSVANLAKDLGLGVGEL
               10        20         30        40        50         

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pF1KE0 ASRGARVVFKGNRQHLQFDPQTHDLLLNEKLDREELCGSTEPCVLPFQVLLENPLQFFQA
       :.::::. .:::.. ::.: .: .::: :::::: .::.::::.: ::.:::::.::::.
NP_056 ATRGARMHYKGNKELLQLDIKTGNLLLYEKLDREVMCGATEPCILHFQLLLENPVQFFQT
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pF1KE0 SLRVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGLQRYTISSNPHFH
       .:.. :::::::::: .:::::: : :.:: .::::.:.:.: ::: .: :::: : :::
NP_056 DLQLTDINDHAPEFPEKEMLLKIPESTQPGTVFPLKIAQDFDIGSNTVQNYTISPNSHFH
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pF1KE0 VLTRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSEIQIQVLDINDNV
       : :.::..:::.::::::: :::::.:.: ::: :::::.::::::. :.: ::: :::.
NP_056 VATHNRGDGRKYPELVLDKALDREERPELSLTLTALDGGAPPRSGTTTIRIVVLDNNDNA
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pF1KE0 PEFAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQVDDVNQPFEINAITGE
       ::: : .::.:::::.::.:::..:::::::::..:.:.::::: :.:.::: :.  :.:
NP_056 PEFLQSFYEVQVPENSPLNSLVVVVSARDLDAGAYGSVAYALFQGDEVTQPFVIDEKTAE
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pF1KE0 IRLRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELTMSFFISLIPENL
       :::..:::::    :.:.. :::::::::::.....:.:::::::::::: . :  ::: 
NP_056 IRLKRALDFEATPYYNVEIVATDGGGLSGKCTVAIEVVDVNDNAPELTMSTLSSPTPENA
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pF1KE0 PEITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGALDRESRAEYNIT
       :: .:::::::: ::: : ..::::.:.:::::.:...:::::::. .:::::.::::::
NP_056 PETVVAVFSVSDPDSGDNGRMICSIQNDLPFLLKPTLKNFYTLVTQRTLDRESQAEYNIT
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pF1KE0 ITVTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNVPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
       :::::.:::::::...::: :::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 ITVTDMGTPRLKTEHNITVLVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
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pF1KE0 GINAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFEFRVGATDRGSPA
       : ::::::::::::.::: :.::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::
NP_056 GTNAQVTYSLLPPQNPHLRLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQAFEFRVGATDRGSPA
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pF1KE0 LSSEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
       ::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 LSSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
     540       550       560       570       580       590         

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pF1KE0 WLSYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHV
       ::::::::::: :::..:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 WLSYQLLKATEPGLFSMWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHV
     600       610       620       630       640       650         

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pF1KE0 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
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pF1KE0 SVGRYSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYKVCLTGGSETNEFKFLKPIMPNFPPQGTE
        ::: ::::::::::::::::::::::::.:.::::: : ..::::::::.::. :::. 
NP_056 PVGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYHYEVCLTGDSGAGEFKFLKPIIPNLLPQGAG
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      780       790    
pF1KE0 REMEETPTSRNSFPFS
       .:. .: . ::::   
NP_056 EEIGKTAAFRNSFGLN
     780       790     

>>NP_061760 (OMIM: 606329) protocadherin beta-3 precurso  (796 aa)
 initn: 2828 init1: 2828 opt: 4004  Z-score: 4688.4  bits: 878.4 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 4004; 78.0% identity (90.2% similar) in 787 aa overlap (9-794:10-796)

                10        20        30        40        50         
pF1KE0  MMQTKVQNKKRQVAFFILLMLWGEVGSESIQYSVLEETESGTFVANLTKDLGLRVGELA
                ..::: ......  . .:::: .::: :: :.: ..:::.::::::: :::
NP_061 MEAGGERFLRQRQVLLLFVFLGGSLAGSESRRYSVAEEKEKGFLIANLAKDLGLRVEELA
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pF1KE0 SRGARVVFKGNRQHLQFDPQTHDLLLNEKLDREELCGSTEPCVLPFQVLLENPLQFFQAS
       .:::.:: :::.::.:.. :: ::::::::::::::: ::::.: ::.::.:::::    
NP_061 ARGAQVVSKGNKQHFQLSHQTGDLLLNEKLDREELCGPTEPCILHFQILLQNPLQFVTNE
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pF1KE0 LRVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGLQRYTISSNPHFHV
       ::. :.:::.: :   :: ::: : :.:: ..::  :.:::.: :.:: :::. : ::::
NP_061 LRIIDVNDHSPVFFENEMHLKILESTLPGTVIPLGNAEDLDVGRNSLQNYTITPNSHFHV
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pF1KE0 LTRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSEIQIQVLDINDNVP
       :::.: .:::.::::::: :::::::.: ::: ::::::::::::..:.:::::::::.:
NP_061 LTRSRRDGRKYPELVLDKALDREEQPELSLTLTALDGGSPPRSGTAQINIQVLDINDNAP
              190       200       210       220       230       240

     240       250       260       270       280        290        
pF1KE0 EFAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQV-DDVNQPFEINAITGE
       :::: :::. : ::.:..:...:::: :::.:::: .:::.:.. ... . :..: :::.
NP_061 EFAQPLYEVAVLENTPVNSVIVTVSASDLDTGSFGTISYAFFHASEEIRKTFQLNPITGD
              250       260       270       280       290       300

      300       310       320       330       340       350        
pF1KE0 IRLRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELTMSFFISLIPENL
       ..: : :.:: :.::.::.:: :::::::: ...:.:.::::: ::::.:   : :::: 
NP_061 MQLVKYLNFEAINSYEVDIEAKDGGGLSGKSTVIVQVVDVNDNPPELTLSSVNSPIPENS
              310       320       330       340       350       360

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pF1KE0 PEITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGALDRESRAEYNIT
        : ..::::::: ::: : .:.:::::::::.:.::::::::::.:::::::.:.:::::
NP_061 GETVLAVFSVSDLDSGDNGRVMCSIENNLPFFLKPSVENFYTLVSEGALDRETRSEYNIT
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pF1KE0 ITVTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNVPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
       ::.::::::::::. .::: :::::::.::::: ::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ITITDLGTPRLKTKYNITVLVSDVNDNAPAFTQISYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
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pF1KE0 GINAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFEFRVGATDRGSPA
       : :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::
NP_061 GTNAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQAFEFRVGATDRGSPA
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pF1KE0 LSSEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
       ::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LSSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
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       ::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 WLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHV
              610       620       630       640       650       660

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pF1KE0 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
       :::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADLLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
              670       680       690       700       710       720

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pF1KE0 SVGRYSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYKVCLTGGSETNEFKFLKPIMPNFPPQGTE
       :::: :::::::::..:::::::::::::::.::::::: ::::::::::.:::  ::.:
NP_061 SVGRCSVPEGPFPGQMVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGGSGTNEFKFLKPIIPNFVAQGAE
              730       740       750       760       770       780

      780       790    
pF1KE0 REMEETPTSRNSFPFS
       :  : .:. :.:: ::
NP_061 RVSEANPSFRKSFEFS
              790      

>>NP_061761 (OMIM: 606330) protocadherin beta-4 precurso  (795 aa)
 initn: 2809 init1: 2809 opt: 3993  Z-score: 4675.6  bits: 876.0 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 3993; 77.7% identity (90.4% similar) in 785 aa overlap (11-794:11-795)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MMQTKVQNKKRQVAFFILLMLWGEVGSESIQYSVLEETESGTFVANLTKDLGLRVGELAS
                 :::  :::... ..:  : :.::::::::::.:::.:.::::: .:::::
NP_061 MKKLGRIHPNRQVLAFILMVFLSQVRLEPIRYSVLEETESGSFVAHLAKDLGLGIGELAS
               10        20        30        40        50        60

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pF1KE0 RGARVVFKGNRQHLQFDPQTHDLLLNEKLDREELCGSTEPCVLPFQVLLENPLQFFQASL
       :.:::.   ..:.::.: :: :::: ::::::::::  ::::: :::.:: :.::::. :
NP_061 RSARVLSDDDKQRLQLDRQTGDLLLREKLDREELCGPIEPCVLHFQVFLEMPVQFFQGEL
               70        80        90       100       110       120

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pF1KE0 RVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGLQRYTISSNPHFHVL
        ..:::::.: :: ::.:::: : ..:: .::: .:.:::.::::::.:::: : :::.:
NP_061 LIQDINDHSPIFPEREVLLKILENSQPGTLFPLLIAEDLDVGSNGLQKYTISPNSHFHIL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 TRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSEIQIQVLDINDNVPE
       :::.:::.:.:.:: ::::::::::.. :::.::::::::::::  ..: ..:::::.::
NP_061 TRNHSEGKKYPDLVQDKPLDREEQPEFSLTLVALDGGSPPRSGTVMVRILIMDINDNAPE
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280        290         
pF1KE0 FAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQV-DDVNQPFEINAITGEI
       :..  : .:: ::.:: : .. : :::.:::.::.:::.:::. :...: : :: .::::
NP_061 FVHTPYGVQVLENSPLDSPIVRVLARDIDAGNFGSVSYGLFQASDEIKQTFSINEVTGEI
              250       260       270       280       290       300

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pF1KE0 RLRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELTMSFFISLIPENLP
        :.: ::::.:.:: :..::::::::::: ..:..:.::::: ::: .: . : :::: :
NP_061 LLKKKLDFEKIKSYHVEIEATDGGGLSGKGTVVIEVVDVNDNPPELIISSLTSSIPENAP
              310       320       330       340       350       360

     360       370       380       390       400       410         
pF1KE0 EITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGALDRESRAEYNITI
       : .:..: . : :::.: ..:::: .::::.:.:...::::::::  ::::. :::::::
NP_061 ETVVSIFRIRDRDSGENGKMICSIPDNLPFILKPTLKNFYTLVTERPLDRETSAEYNITI
              370       380       390       400       410       420

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pF1KE0 TVTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNVPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDSG
       .:::::::::::::.:::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 AVTDLGTPRLKTQQNITVQVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDSG
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pF1KE0 INAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFEFRVGATDRGSPAL
        ::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.:::::::.:::::::
NP_061 TNAQVTYSLLPPQDPHLPLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQAFEFRVGASDRGSPAL
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pF1KE0 SSEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNAW
       :::::::.::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SSEALVRVLVLDTNDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNAW
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pF1KE0 LSYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHVL
       :::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHVL
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pF1KE0 LVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAAS
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pF1KE0 VGRYSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYKVCLTGGSETNEFKFLKPIMPNFPPQGTER
       ::: ::::::::::::::::::::::::::.::::: : :.::::::::.::.  : : :
NP_061 VGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGDSGTGEFKFLKPIFPNLLVQDTGR
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     780       790    
pF1KE0 EMEETPTSRNSFPFS
       :..:.:  :::. ::
NP_061 EVKENPKFRNSLVFS
              790     

>>NP_061759 (OMIM: 606328) protocadherin beta-2 precurso  (798 aa)
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Smith-Waterman score: 3935; 76.2% identity (89.6% similar) in 787 aa overlap (9-794:12-798)

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pF1KE0    MMQTKVQNKKRQVAFFILLMLWGEVGSESIQYSVLEETESGTFVANLTKDLGLRVGE
                  :.::: .:..:.  .... .  .::: ::::::.::::: :::::..::
NP_061 MEAGEGKERVPKQRQVLIFFVLLGIAQASCQPRHYSVAEETESGSFVANLLKDLGLEIGE
               10        20        30        40        50        60

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pF1KE0 LASRGARVVFKGNRQHLQFDPQTHDLLLNEKLDREELCGSTEPCVLPFQVLLENPLQFFQ
       :: :::::: ::...::::: :: ::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
NP_061 LAVRGARVVSKGKKMHLQFDRQTGDLLLNEKLDREELCGPTEPCVLPFQVLLENPLQFFQ
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pF1KE0 ASLRVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGLQRYTISSNPHF
       : ::.::.:::.: :  .:.:::: :   ::  : .. :.:::.:.:.:: :::: : ::
NP_061 AELRIRDVNDHSPVFLDKEILLKIPESITPGTTFLIERAQDLDVGTNSLQNYTISPNFHF
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pF1KE0 HVLTRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSEIQIQVLDINDN
       :.  ..  .:  .:.:::.. :::::::..:::: ::::::::::::. ..:.:.:::::
NP_061 HLNLQDSLDGIILPQLVLNRALDREEQPEIRLTLTALDGGSPPRSGTALVRIEVVDINDN
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pF1KE0 VPEFAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQV-DDVNQPFEINAIT
       :::::. :::.:.::..:.:: :  ::::::: :. :..:::. :. .:. . :...: .
NP_061 VPEFAKLLYEVQIPEDSPVGSQVAIVSARDLDIGTNGEISYAFSQASEDIRKTFRLSAKS
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pF1KE0 GEIRLRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELTMSFFISLIPE
       ::. ::. :::: ::.: :...::::::::: : . :.:.:.::: :::::: .:. :::
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pF1KE0 NLPEITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGALDRESRAEYN
       :: .  .::::::: ::: : ...:::...:::.:.::::::::::   :::::.:.:::
NP_061 NLQDTLIAVFSVSDPDSGDNGRMVCSIQDDLPFFLKPSVENFYTLVISTALDRETRSEYN
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pF1KE0 ITITVTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNVPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDR
       :::::::.:::::::...::: :::::::.::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ITITVTDFGTPRLKTEHNITVLVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDR
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pF1KE0 DSGINAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFEFRVGATDRGS
       ::: ::::::::::::::::::.:::::::::::::::.::::::::.:::::::.::::
NP_061 DSGTNAQVTYSLLPPQDPHLPLASLVSINADNGHLFALQSLDYEALQAFEFRVGAADRGS
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       ::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PALSSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQ
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pF1KE0 NAWLSYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATL
       ::::::::::::: :::::::::::::::::: ::::::.::::::::::::::::::::
NP_061 NAWLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLRERDAAKQRLVVLVKDNGEPPRSATATL
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pF1KE0 HVLLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSR
       ::::::::::::: :::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 HVLLVDGFSQPYLLLPEAAPAQAQADLLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSR
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pF1KE0 AASVGRYSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYKVCLTGGSETNEFKFLKPIMPNFPPQG
       :::::: :::::::::..:::::::::::::::.::::::: ::::::::::.:::  ::
NP_061 AASVGRCSVPEGPFPGQMVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGGSGTNEFKFLKPIIPNFVAQG
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        780       790    
pF1KE0 TEREMEETPTSRNSFPFS
       .::  : .:. :.:: :.
NP_061 AERVSEANPSFRKSFEFT
              790        

>>NP_061758 (OMIM: 606341) protocadherin beta-15 precurs  (787 aa)
 initn: 3916 init1: 2772 opt: 3926  Z-score: 4597.1  bits: 861.4 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 3926; 77.3% identity (90.6% similar) in 775 aa overlap (9-782:10-784)

                10        20        30        40        50         
pF1KE0  MMQTKVQNKKRQVAFFILLMLWGEVGSESIQYSVLEETESGTFVANLTKDLGLRVGELA
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NP_061 MEPAGERFPEQRQVLILLLLLEVTLAGWEPRRYSVMEETERGSFVANLANDLGLGVGELA
               10        20        30        40        50        60

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pF1KE0 SRGARVVFKGNRQHLQFDPQTHDLLLNEKLDREELCGSTEPCVLPFQVLLENPLQFFQAS
        :::::: . :.: ::.: :: .:.::::::::.::: ::::.. :::::..::. :.: 
NP_061 ERGARVVSEDNEQGLQLDLQTGQLILNEKLDREKLCGPTEPCIMHFQVLLKKPLEVFRAE
               70        80        90       100       110       120

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pF1KE0 LRVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGLQRYTISSNPHFHV
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NP_061 LLVTDINDHSPEFPEREMTLKIPETSSLGTVFPLKKARDLDVGSNNVQNYNISPNSHFHV
              130       140       150       160       170       180

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pF1KE0 LTRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSEIQIQVLDINDNVP
        ::.:..:::.::::::  :::::: .::::: :.:::::::::: .: : ::: :::.:
NP_061 STRTRGDGRKYPELVLDTELDREEQAELRLTLTAVDGGSPPRSGTVQILILVLDANDNAP
              190       200       210       220       230       240

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pF1KE0 EFAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALF-QVDDVNQPFEINAITGE
       ::.: :::.:::::.:.::::. :::::::.:. :..::.:. . .....:::.....::
NP_061 EFVQALYEVQVPENSPVGSLVVKVSARDLDTGTNGEISYSLYYSSQEIDKPFELSSLSGE
              250       260       270       280       290       300

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pF1KE0 IRLRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELTMSFFISLIPENL
       ::: : :::: ..:::.:.::.::::::::::. :.::::::: :::..: . : :::: 
NP_061 IRLIKKLDFETMSSYDLDIEASDGGGLSGKCSVSVKVLDVNDNFPELSISSLTSPIPENS
              310       320       330       340       350       360

      360       370       380       390       400       410        
pF1KE0 PEITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGALDRESRAEYNIT
       ::  ::.: . : :::.: ..::::....:: :.::::::: ::::::::::.:::::::
NP_061 PETEVALFRIRDRDSGENGKMICSIQDDVPFKLKPSVENFYRLVTEGALDRETRAEYNIT
              370       380       390       400       410       420

      420       430       440       450       460       470        
pF1KE0 ITVTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNVPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
       ::.::::::::::.::::: :::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ITITDLGTPRLKTEQSITVLVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
              430       440       450       460       470       480

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pF1KE0 GINAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFEFRVGATDRGSPA
       : :::::::::::.::::::.::::::.::::::::.::::::::.::::::::::: ::
NP_061 GTNAQVTYSLLPPRDPHLPLTSLVSINTDNGHLFALQSLDYEALQAFEFRVGATDRGFPA
              490       500       510       520       530       540

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pF1KE0 LSSEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
       ::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LSSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
              550       560       570       580       590       600

      600       610       620       630       640       650        
pF1KE0 WLSYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHV
       ::::::::::: ::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::.:
NP_061 WLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDVAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLQV
              610       620       630       640       650       660

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pF1KE0 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::
NP_061 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVFLFVAVRLCRRSRAA
              670       680       690       700       710       720

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pF1KE0 SVGRYSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYKVCLTGGSETNEFKFLKPIMPNFPPQGTE
       :::: ::::::::::::::::::::::::::.::::::::.:.:::::::.::.  : ..
NP_061 SVGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGGSESNDFKFLKPIFPNIVSQDSR
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      780       790    
pF1KE0 REMEETPTSRNSFPFS
       :. :            
NP_061 RKSEFLE         
                       

>>NP_066008 (OMIM: 606345) protocadherin beta-16 precurs  (776 aa)
 initn: 4083 init1: 2729 opt: 3923  Z-score: 4593.7  bits: 860.8 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 3923; 77.7% identity (91.5% similar) in 768 aa overlap (9-774:10-776)

                10         20        30        40        50        
pF1KE0  MMQTKVQNKKRQV-AFFILLMLWGEVGSESIQYSVLEETESGTFVANLTKDLGLRVGEL
                ..::: .::.:: : : .:.:  .:::.:::: :.::::: ::::: . :.
NP_066 MEIGWMHNRRQRQVLVFFVLLSLSG-AGAELGSYSVVEETERGSFVANLGKDLGLGLTEM
               10        20         30        40        50         

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pF1KE0 ASRGARVVFKGNRQHLQFDPQTHDLLLNEKLDREELCGSTEPCVLPFQVLLENPLQFFQA
       ..: ::.. .::.::::.  :: :::.::::::::::: ::::.: ::::.::::..:::
NP_066 STRKARIISQGNKQHLQLKAQTGDLLINEKLDREELCGPTEPCILHFQVLMENPLEIFQA
      60        70        80        90       100       110         

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pF1KE0 SLRVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGLQRYTISSNPHFH
        ::: :::::.: :  .::.::: : .  :  :::. : :::.:::..: : :: . ::.
NP_066 ELRVIDINDHSPMFTEKEMILKIPENSPLGTEFPLNHALDLDVGSNNVQNYKISPSSHFR
     120       130       140       150       160       170         

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pF1KE0 VLTRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSEIQIQVLDINDNV
       :: ..  .:::.::::::: :::::.::::::: ::::::::::::....:.:.:::::.
NP_066 VLIHEFRDGRKYPELVLDKELDREEEPQLRLTLTALDGGSPPRSGTAQVRIEVVDINDNA
     180       190       200       210       220       230         

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pF1KE0 PEFAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQ-VDDVNQPFEINAITG
       ::: : .:..:.:::.:::::: ::::::::.:. ::.::.:::  .:... .:.: .::
NP_066 PEFEQPIYKVQIPENSPLGSLVATVSARDLDGGANGKISYTLFQPSEDISKTLEVNPMTG
     240       250       260       270       280       290         

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pF1KE0 EIRLRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELTMSFFISLIPEN
       :.:::: .::: . ::.: ..:::::::::::.:...:.::::: :..::: . : ::::
NP_066 EVRLRKQVDFEMVTSYEVRIKATDGGGLSGKCTLLLQVVDVNDNPPQVTMSALTSPIPEN
     300       310       320       330       340       350         

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pF1KE0 LPEITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGALDRESRAEYNI
        :::.:::::::: :::.: ..: ::...:::::.:::.:::::::: :::::.::::::
NP_066 SPEIVVAVFSVSDPDSGNNGKTISSIQEDLPFLLKPSVKNFYTLVTERALDREARAEYNI
     360       370       380       390       400       410         

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pF1KE0 TITVTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNVPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRD
       :.::::.:::::::...::::.::::::.:.:::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 TLTVTDMGTPRLKTEHNITVQISDVNDNAPTFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRD
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pF1KE0 SGINAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFEFRVGATDRGSP
       :: ::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
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pF1KE0 ALSSEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQN
       ::: :::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 ALSREALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQN
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pF1KE0 AWLSYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLH
       :::::::::::: :::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::
NP_066 AWLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKQRLVVLVKDNGEPPRSATATLH
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pF1KE0 VLLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRA
       ::::::::::.::::::::.:.::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 VLLVDGFSQPFLPLPEAAPGQTQANSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRA
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pF1KE0 ASVGRYSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYKVCLTGGSETNEFKFLKPIMPNFPPQGT
       ::::: :.:::::::.::::::::::::::::.:::::::::.::::::::.::: :   
NP_066 ASVGRCSMPEGPFPGRLVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGGSETSEFKFLKPIIPNFSP   
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       780       790    
pF1KE0 EREMEETPTSRNSFPFS

>>NP_061757 (OMIM: 606340) protocadherin beta-14 precurs  (798 aa)
 initn: 2783 init1: 2783 opt: 3857  Z-score: 4516.1  bits: 846.5 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 3857; 75.4% identity (88.9% similar) in 784 aa overlap (9-791:10-793)

                10        20        30        40        50         
pF1KE0  MMQTKVQNKKRQVAFFILLMLWGEVGSESIQYSVLEETESGTFVANLTKDLGLRVGELA
                .:::: .:..:.  ...:.:: .::: :::: :.:::::..:::: : ::.
NP_061 MEIRGALDLRKRQVLIFLVLLGLSRAGTESAHYSVAEETEIGSFVANLARDLGLGVEELS
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KE0 SRGARVVFKGNRQHLQFDPQTHDLLLNEKLDREELCGSTEPCVLPFQVLLENPLQFFQAS
       :: ::::   :...:..:  : .:::::::::.::::::::::: :::.::::::::.  
NP_061 SREARVVSDDNKKYLHLDLLTGNLLLNEKLDRDELCGSTEPCVLHFQVVLENPLQFFRFE
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KE0 LRVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGLQRYTISSNPHFHV
       : :.:::::.: :  .:.:.:::: :  :  : .. :.:::.:::.:: :::: : ::..
NP_061 LCVKDINDHSPTFLDKEILIKISEGTTVGATFLMESAQDLDVGSNSLQNYTISPNSHFYI
              130       140       150       160       170       180

     180       190       200       210       220       230         
pF1KE0 LTRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSEIQIQVLDINDNVP
          . :. . .::::::. :: :.. .::::: :.::::::.:::. . :.:::::::.:
NP_061 KIPDSSDRKIYPELVLDRALDYEQEAELRLTLTAVDGGSPPKSGTTLVLIKVLDINDNAP
              190       200       210       220       230       240

     240       250       260       270       280        290        
pF1KE0 EFAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQV-DDVNQPFEINAITGE
       :: : :::.::::. :::: . :.::.:::::..::.::..:.. .:. . :::: :.::
NP_061 EFPQSLYEVQVPEDRPLGSWIATISAKDLDAGNYGKISYTFFHASEDIRKTFEINPISGE
              250       260       270       280       290       300

      300       310       320       330       340       350        
pF1KE0 IRLRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELTMSFFISLIPENL
       . ::. :::: :::: ....:::::::::::.:.:.:.:.::: ::.:.: . . :::: 
NP_061 VNLRSPLDFEVIQSYTINIQATDGGGLSGKCTLLVKVMDINDNPPEVTISSITKRIPENA
              310       320       330       340       350       360

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pF1KE0 PEITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGALDRESRAEYNIT
        :  ::.::. : ::: : ..::::..::::.:.:. .::.:::.: ::::::.::::::
NP_061 SETLVALFSILDQDSGDNGRMICSIQDNLPFFLKPTFKNFFTLVSEKALDRESQAEYNIT
              370       380       390       400       410       420

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pF1KE0 ITVTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNVPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
       :::::::::::::. .::: .::::::.:.::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ITVTDLGTPRLKTEYNITVLLSDVNDNAPTFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
              430       440       450       460       470       480

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pF1KE0 GINAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFEFRVGATDRGSPA
       : ::::.:::::::: ::::.:::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::
NP_061 GTNAQVNYSLLPPQDRHLPLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQEFEFRVGATDRGSPA
              490       500       510       520       530       540

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pF1KE0 LSSEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
       ::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LSSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
              550       560       570       580       590       600

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pF1KE0 WLSYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHV
       ::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 WLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHV
              610       620       630       640       650       660

      660       670       680       690       700       710        
pF1KE0 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
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NP_061 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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