Result of FASTA (ccds) for pF1KE0379
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE0379, 794 aa
  1>>>pF1KE0379 794 - 794 aa - 794 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4178+/- 0.001; mu= 19.7407+/- 0.061
 mean_var=69.9862+/-14.002, 0's: 0 Z-trim(104.6): 193  B-trim: 6 in 1/49
 Lambda= 0.153309
 statistics sampled from 7806 (8004) to 7806 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.612), E-opt: 0.2 (0.246), width:  16
 Scan time:  3.640

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS4248.1 PCDHB6 gene_id:56130|Hs108|chr5         ( 794) 5157 1150.4       0
CCDS78067.1 PCDHB6 gene_id:56130|Hs108|chr5        ( 658) 4259 951.7       0
CCDS4247.1 PCDHB5 gene_id:26167|Hs108|chr5         ( 795) 4028 900.7       0
CCDS4245.1 PCDHB3 gene_id:56132|Hs108|chr5         ( 796) 3994 893.1       0
CCDS4246.1 PCDHB4 gene_id:56131|Hs108|chr5         ( 795) 3993 892.9       0
CCDS4244.1 PCDHB2 gene_id:56133|Hs108|chr5         ( 798) 3935 880.1       0
CCDS4257.1 PCDHB15 gene_id:56121|Hs108|chr5        ( 787) 3926 878.1       0
CCDS4251.1 PCDHB16 gene_id:57717|Hs108|chr5        ( 776) 3923 877.4       0
CCDS4256.1 PCDHB14 gene_id:56122|Hs108|chr5        ( 798) 3857 862.8       0
CCDS4255.1 PCDHB13 gene_id:56123|Hs108|chr5        ( 798) 3817 854.0       0
CCDS4250.1 PCDHB8 gene_id:56128|Hs108|chr5         ( 801) 3813 853.1       0
CCDS75328.1 PCDHB9 gene_id:56127|Hs108|chr5        ( 797) 3779 845.6       0
CCDS4253.1 PCDHB11 gene_id:56125|Hs108|chr5        ( 797) 3712 830.8       0
CCDS4252.1 PCDHB10 gene_id:56126|Hs108|chr5        ( 800) 3702 828.6       0
CCDS4254.1 PCDHB12 gene_id:56124|Hs108|chr5        ( 795) 3695 827.0       0
CCDS4249.1 PCDHB7 gene_id:56129|Hs108|chr5         ( 793) 3654 817.9       0
CCDS4243.1 PCDHB1 gene_id:29930|Hs108|chr5         ( 818) 2567 577.5  3e-164
CCDS54922.1 PCDHGA1 gene_id:56114|Hs108|chr5       ( 931) 2172 490.2 6.6e-138
CCDS47289.1 PCDHGA2 gene_id:56113|Hs108|chr5       ( 932) 2145 484.2 4.1e-136
CCDS75343.1 PCDHGA10 gene_id:56106|Hs108|chr5      ( 850) 2104 475.1 2.1e-133
CCDS47292.1 PCDHGA10 gene_id:56106|Hs108|chr5      ( 936) 2104 475.2 2.2e-133
CCDS75340.1 PCDHGB5 gene_id:56101|Hs108|chr5       ( 818) 2102 474.7 2.7e-133
CCDS75339.1 PCDHGB5 gene_id:56101|Hs108|chr5       ( 923) 2102 474.7  3e-133
CCDS75341.1 PCDHGA9 gene_id:56107|Hs108|chr5       ( 828) 2101 474.5 3.2e-133
CCDS58981.1 PCDHGA9 gene_id:56107|Hs108|chr5       ( 932) 2101 474.5 3.5e-133
CCDS75335.1 PCDHGA6 gene_id:56109|Hs108|chr5       ( 818) 2098 473.8  5e-133
CCDS54926.1 PCDHGA6 gene_id:56109|Hs108|chr5       ( 932) 2098 473.8 5.6e-133
CCDS75329.1 PCDHGA3 gene_id:56112|Hs108|chr5       ( 829) 2096 473.4 6.9e-133
CCDS47290.1 PCDHGA3 gene_id:56112|Hs108|chr5       ( 932) 2096 473.4 7.6e-133
CCDS75336.1 PCDHGA7 gene_id:56108|Hs108|chr5       ( 817) 2082 470.3 5.8e-132
CCDS54927.1 PCDHGA7 gene_id:56108|Hs108|chr5       ( 932) 2082 470.3 6.5e-132
CCDS75346.1 PCDHGA12 gene_id:26025|Hs108|chr5      ( 820) 2078 469.4 1.1e-131
CCDS4260.1 PCDHGA12 gene_id:26025|Hs108|chr5       ( 932) 2078 469.4 1.2e-131
CCDS75332.1 PCDHGB2 gene_id:56103|Hs108|chr5       ( 811) 2068 467.2 4.9e-131
CCDS54924.1 PCDHGB2 gene_id:56103|Hs108|chr5       ( 931) 2068 467.2 5.5e-131
CCDS75333.1 PCDHGA5 gene_id:56110|Hs108|chr5       ( 813) 2061 465.6 1.4e-130
CCDS54925.1 PCDHGA5 gene_id:56110|Hs108|chr5       ( 931) 2061 465.6 1.6e-130
CCDS75337.1 PCDHGB4 gene_id:8641|Hs108|chr5        ( 803) 2057 464.7 2.6e-130
CCDS54928.1 PCDHGB4 gene_id:8641|Hs108|chr5        ( 923) 2057 464.8  3e-130
CCDS75334.1 PCDHGB3 gene_id:56102|Hs108|chr5       ( 814) 2054 464.1 4.2e-130
CCDS58980.1 PCDHGB3 gene_id:56102|Hs108|chr5       ( 929) 2054 464.1 4.7e-130
CCDS75331.1 PCDHGA4 gene_id:56111|Hs108|chr5       ( 851) 2052 463.6  6e-130
CCDS58979.2 PCDHGA4 gene_id:56111|Hs108|chr5       ( 962) 2052 463.7 6.6e-130
CCDS75345.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5      ( 837) 2047 462.5 1.3e-129
CCDS47294.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5      ( 935) 2047 462.5 1.4e-129
CCDS75342.1 PCDHGB6 gene_id:56100|Hs108|chr5       ( 820) 2044 461.9  2e-129
CCDS54929.1 PCDHGB6 gene_id:56100|Hs108|chr5       ( 930) 2044 461.9 2.2e-129
CCDS75338.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5        ( 820) 2039 460.7 4.2e-129
CCDS47291.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5        ( 932) 2039 460.8 4.7e-129
CCDS75330.1 PCDHGB1 gene_id:56104|Hs108|chr5       ( 810) 2033 459.4 1.1e-128


>>CCDS4248.1 PCDHB6 gene_id:56130|Hs108|chr5              (794 aa)
 initn: 5157 init1: 5157 opt: 5157  Z-score: 6158.5  bits: 1150.4 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5157; 99.9% identity (100.0% similar) in 794 aa overlap (1-794:1-794)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MMQTKVQNKKRQVAFFILLMLWGEVGSESIQYSVLEETESGTFVANLTKDLGLRVGELAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MMQTKVQNKKRQVAFFILLMLWGEVGSESIQYSVLEETESGTFVANLTKDLGLRVGELAS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 RGARVVFKGNRQHLQFDPQTHDLLLNEKLDREELCGSTEPCVLPFQVLLENPLQFFQASL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 RGARVVFKGNRQHLQFDPQTHDLLLNEKLDREELCGSTEPCVLPFQVLLENPLQFFQASL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 RVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGLQRYTISSNPHFHVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 RVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGLQRYTISSNPHFHVL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 TRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSEIQIQVLDINDNVPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSEIQIQVLDINDNVPE
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE0 FAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQVDDVNQPFEINAITGEIR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 FAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQVDDVNQPFEINAITGEIR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE0 LRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELTMSFFISLIPENLPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELTMSFFISLIPENLPE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE0 ITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGALDRESRAEYNITIT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGALDRESRAEYNITIT
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE0 VTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNVPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDSGI
       :::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 VTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDSGI
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE0 NAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFEFRVGATDRGSPALS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 NAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFEFRVGATDRGSPALS
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE0 SEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNAWL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNAWL
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE0 SYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHVLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHVLL
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KE0 VDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAASV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 VDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAASV
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KE0 GRYSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYKVCLTGGSETNEFKFLKPIMPNFPPQGTERE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 GRYSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYKVCLTGGSETNEFKFLKPIMPNFPPQGTERE
              730       740       750       760       770       780

              790    
pF1KE0 MEETPTSRNSFPFS
       ::::::::::::::
CCDS42 MEETPTSRNSFPFS
              790    

>>CCDS78067.1 PCDHB6 gene_id:56130|Hs108|chr5             (658 aa)
 initn: 4259 init1: 4259 opt: 4259  Z-score: 5086.3  bits: 951.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4259; 99.8% identity (100.0% similar) in 658 aa overlap (137-794:1-658)

        110       120       130       140       150       160      
pF1KE0 VLLENPLQFFQASLRVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGL
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78                               MLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGL
                                             10        20        30

        170       180       190       200       210       220      
pF1KE0 QRYTISSNPHFHVLTRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 QRYTISSNPHFHVLTRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSE
               40        50        60        70        80        90

        230       240       250       260       270       280      
pF1KE0 IQIQVLDINDNVPEFAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQVDDV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 IQIQVLDINDNVPEFAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQVDDV
              100       110       120       130       140       150

        290       300       310       320       330       340      
pF1KE0 NQPFEINAITGEIRLRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 NQPFEINAITGEIRLRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELT
              160       170       180       190       200       210

        350       360       370       380       390       400      
pF1KE0 MSFFISLIPENLPEITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 MSFFISLIPENLPEITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGA
              220       230       240       250       260       270

        410       420       430       440       450       460      
pF1KE0 LDRESRAEYNITITVTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNVPAFTQTSYTLFVRENNSPAL
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::
CCDS78 LDRESRAEYNITITVTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPAL
              280       290       300       310       320       330

        470       480       490       500       510       520      
pF1KE0 HIGSVSATDRDSGINAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 HIGSVSATDRDSGINAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFE
              340       350       360       370       380       390

        530       540       550       560       570       580      
pF1KE0 FRVGATDRGSPALSSEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 FRVGATDRGSPALSSEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTK
              400       410       420       430       440       450

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pF1KE0 VVAVDGDSGQNAWLSYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 VVAVDGDSGQNAWLSYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNG
              460       470       480       490       500       510

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pF1KE0 EPPRSATATLHVLLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 EPPRSATATLHVLLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLF
              520       530       540       550       560       570

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pF1KE0 VAVRLCRRSRAASVGRYSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYKVCLTGGSETNEFKFLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 VAVRLCRRSRAASVGRYSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYKVCLTGGSETNEFKFLK
              580       590       600       610       620       630

        770       780       790    
pF1KE0 PIMPNFPPQGTEREMEETPTSRNSFPFS
       ::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 PIMPNFPPQGTEREMEETPTSRNSFPFS
              640       650        

>>CCDS4247.1 PCDHB5 gene_id:26167|Hs108|chr5              (795 aa)
 initn: 4023 init1: 4023 opt: 4028  Z-score: 4808.9  bits: 900.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4028; 78.6% identity (91.7% similar) in 784 aa overlap (9-791:10-792)

                10         20        30        40        50        
pF1KE0  MMQTKVQNKKRQVAFF-ILLMLWGEVGSESIQYSVLEETESGTFVANLTKDLGLRVGEL
                .:::: :. :::.:: :.:::...::. ::::::  ::::.::::: ::::
CCDS42 METALAKTPQKRQVMFLAILLLLW-EAGSEAVRYSIPEETESGYSVANLAKDLGLGVGEL
               10        20         30        40        50         

       60        70        80        90       100       110        
pF1KE0 ASRGARVVFKGNRQHLQFDPQTHDLLLNEKLDREELCGSTEPCVLPFQVLLENPLQFFQA
       :.::::. .:::.. ::.: .: .::: :::::: .::.::::.: ::.:::::.::::.
CCDS42 ATRGARMHYKGNKELLQLDIKTGNLLLYEKLDREVMCGATEPCILHFQLLLENPVQFFQT
      60        70        80        90       100       110         

      120       130       140       150       160       170        
pF1KE0 SLRVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGLQRYTISSNPHFH
       .:.. :::::::::: .:::::: : :.:: .::::.:.:.: ::: .: :::: : :::
CCDS42 DLQLTDINDHAPEFPEKEMLLKIPESTQPGTVFPLKIAQDFDIGSNTVQNYTISPNSHFH
     120       130       140       150       160       170         

      180       190       200       210       220       230        
pF1KE0 VLTRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSEIQIQVLDINDNV
       : :.::..:::.::::::: :::::.:.: ::: :::::.::::::. :.: ::: :::.
CCDS42 VATHNRGDGRKYPELVLDKALDREERPELSLTLTALDGGAPPRSGTTTIRIVVLDNNDNA
     180       190       200       210       220       230         

      240       250       260       270       280       290        
pF1KE0 PEFAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQVDDVNQPFEINAITGE
       ::: : .::.:::::.::.:::..:::::::::..:.:.::::: :.:.::: :.  :.:
CCDS42 PEFLQSFYEVQVPENSPLNSLVVVVSARDLDAGAYGSVAYALFQGDEVTQPFVIDEKTAE
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pF1KE0 IRLRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELTMSFFISLIPENL
       :::..:::::    :.:.. :::::::::::.....:.:::::::::::: . :  ::: 
CCDS42 IRLKRALDFEATPYYNVEIVATDGGGLSGKCTVAIEVVDVNDNAPELTMSTLSSPTPENA
     300       310       320       330       340       350         

      360       370       380       390       400       410        
pF1KE0 PEITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGALDRESRAEYNIT
       :: .:::::::: ::: : ..::::.:.:::::.:...:::::::. .:::::.::::::
CCDS42 PETVVAVFSVSDPDSGDNGRMICSIQNDLPFLLKPTLKNFYTLVTQRTLDRESQAEYNIT
     360       370       380       390       400       410         

      420       430       440       450       460       470        
pF1KE0 ITVTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNVPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
       :::::.:::::::...::: :::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ITVTDMGTPRLKTEHNITVLVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
     420       430       440       450       460       470         

      480       490       500       510       520       530        
pF1KE0 GINAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFEFRVGATDRGSPA
       : ::::::::::::.::: :.::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::
CCDS42 GTNAQVTYSLLPPQNPHLRLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQAFEFRVGATDRGSPA
     480       490       500       510       520       530         

      540       550       560       570       580       590        
pF1KE0 LSSEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
       ::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LSSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
     540       550       560       570       580       590         

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pF1KE0 WLSYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHV
       ::::::::::: :::..:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 WLSYQLLKATEPGLFSMWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHV
     600       610       620       630       640       650         

      660       670       680       690       700       710        
pF1KE0 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
     660       670       680       690       700       710         

      720       730       740       750       760       770        
pF1KE0 SVGRYSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYKVCLTGGSETNEFKFLKPIMPNFPPQGTE
        ::: ::::::::::::::::::::::::.:.::::: : ..::::::::.::. :::. 
CCDS42 PVGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYHYEVCLTGDSGAGEFKFLKPIIPNLLPQGAG
     720       730       740       750       760       770         

      780       790    
pF1KE0 REMEETPTSRNSFPFS
       .:. .: . ::::   
CCDS42 EEIGKTAAFRNSFGLN
     780       790     

>>CCDS4245.1 PCDHB3 gene_id:56132|Hs108|chr5              (796 aa)
 initn: 2828 init1: 2828 opt: 3994  Z-score: 4768.3  bits: 893.1 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 3994; 77.9% identity (90.1% similar) in 787 aa overlap (9-794:10-796)

                10        20        30        40        50         
pF1KE0  MMQTKVQNKKRQVAFFILLMLWGEVGSESIQYSVLEETESGTFVANLTKDLGLRVGELA
                ..::: ......  . .:::: .::: :: :.: ..:::.::::::: :::
CCDS42 MEAGGERFLRQRQVLLLFVFLGGSLAGSESRRYSVAEEKEKGFLIANLAKDLGLRVEELA
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KE0 SRGARVVFKGNRQHLQFDPQTHDLLLNEKLDREELCGSTEPCVLPFQVLLENPLQFFQAS
       .:::.:: :::.::.:.. :: ::::::::::::::: ::::.: ::.::.:::::    
CCDS42 ARGAQVVSKGNKQHFQLSHQTGDLLLNEKLDREELCGPTEPCILHFQILLQNPLQFVTNE
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KE0 LRVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGLQRYTISSNPHFHV
       ::. :.:::.: :   :: ::: : :.:: ..::  :.:::.: :.:: :::. : ::::
CCDS42 LRIIDVNDHSPVFFENEMHLKILESTLPGTVIPLGNAEDLDVGRNSLQNYTITPNSHFHV
              130       140       150       160       170       180

     180       190       200       210       220       230         
pF1KE0 LTRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSEIQIQVLDINDNVP
       :::.: .:::.::::::: :: ::::.: ::: ::::::::::::..:.:::::::::.:
CCDS42 LTRSRRDGRKYPELVLDKALDPEEQPELSLTLTALDGGSPPRSGTAQINIQVLDINDNAP
              190       200       210       220       230       240

     240       250       260       270       280        290        
pF1KE0 EFAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQV-DDVNQPFEINAITGE
       :::: :::. : ::.:..:...:::: :::.:::: .:::.:.. ... . :..: :::.
CCDS42 EFAQPLYEVAVLENTPVNSVIVTVSASDLDTGSFGTISYAFFHASEEIRKTFQLNPITGD
              250       260       270       280       290       300

      300       310       320       330       340       350        
pF1KE0 IRLRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELTMSFFISLIPENL
       ..: : :.:: :.::.::.:: :::::::: ...:.:.::::: ::::.:   : :::: 
CCDS42 MQLVKYLNFEAINSYEVDIEAKDGGGLSGKSTVIVQVVDVNDNPPELTLSSVNSPIPENS
              310       320       330       340       350       360

      360       370       380       390       400       410        
pF1KE0 PEITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGALDRESRAEYNIT
        : ..::::::: ::: : .:.:::::::::.:.::::::::::.:::::::.:.:::::
CCDS42 GETVLAVFSVSDLDSGDNGRVMCSIENNLPFFLKPSVENFYTLVSEGALDRETRSEYNIT
              370       380       390       400       410       420

      420       430       440       450       460       470        
pF1KE0 ITVTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNVPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
       ::.::::::::::. .::: :::::::.::::: ::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ITITDLGTPRLKTKYNITVLVSDVNDNAPAFTQISYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
              430       440       450       460       470       480

      480       490       500       510       520       530        
pF1KE0 GINAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFEFRVGATDRGSPA
       : :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::
CCDS42 GTNAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQAFEFRVGATDRGSPA
              490       500       510       520       530       540

      540       550       560       570       580       590        
pF1KE0 LSSEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
       ::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LSSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
              550       560       570       580       590       600

      600       610       620       630       640       650        
pF1KE0 WLSYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHV
       ::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 WLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHV
              610       620       630       640       650       660

      660       670       680       690       700       710        
pF1KE0 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
       :::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADLLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
              670       680       690       700       710       720

      720       730       740       750       760       770        
pF1KE0 SVGRYSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYKVCLTGGSETNEFKFLKPIMPNFPPQGTE
       :::: :::::::::..:::::::::::::::.::::::: ::::::::::.:::  ::.:
CCDS42 SVGRCSVPEGPFPGQMVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGGSGTNEFKFLKPIIPNFVAQGAE
              730       740       750       760       770       780

      780       790    
pF1KE0 REMEETPTSRNSFPFS
       :  : .:. :.:: ::
CCDS42 RVSEANPSFRKSFEFS
              790      

>>CCDS4246.1 PCDHB4 gene_id:56131|Hs108|chr5              (795 aa)
 initn: 2809 init1: 2809 opt: 3993  Z-score: 4767.1  bits: 892.9 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 3993; 77.7% identity (90.4% similar) in 785 aa overlap (11-794:11-795)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MMQTKVQNKKRQVAFFILLMLWGEVGSESIQYSVLEETESGTFVANLTKDLGLRVGELAS
                 :::  :::... ..:  : :.::::::::::.:::.:.::::: .:::::
CCDS42 MKKLGRIHPNRQVLAFILMVFLSQVRLEPIRYSVLEETESGSFVAHLAKDLGLGIGELAS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 RGARVVFKGNRQHLQFDPQTHDLLLNEKLDREELCGSTEPCVLPFQVLLENPLQFFQASL
       :.:::.   ..:.::.: :: :::: ::::::::::  ::::: :::.:: :.::::. :
CCDS42 RSARVLSDDDKQRLQLDRQTGDLLLREKLDREELCGPIEPCVLHFQVFLEMPVQFFQGEL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 RVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGLQRYTISSNPHFHVL
        ..:::::.: :: ::.:::: : ..:: .::: .:.:::.::::::.:::: : :::.:
CCDS42 LIQDINDHSPIFPEREVLLKILENSQPGTLFPLLIAEDLDVGSNGLQKYTISPNSHFHIL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 TRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSEIQIQVLDINDNVPE
       :::.:::.:.:.:: ::::::::::.. :::.::::::::::::  ..: ..:::::.::
CCDS42 TRNHSEGKKYPDLVQDKPLDREEQPEFSLTLVALDGGSPPRSGTVMVRILIMDINDNAPE
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280        290         
pF1KE0 FAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQV-DDVNQPFEINAITGEI
       :..  : .:: ::.:: : .. : :::.:::.::.:::.:::. :...: : :: .::::
CCDS42 FVHTPYGVQVLENSPLDSPIVRVLARDIDAGNFGSVSYGLFQASDEIKQTFSINEVTGEI
              250       260       270       280       290       300

     300       310       320       330       340       350         
pF1KE0 RLRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELTMSFFISLIPENLP
        :.: ::::.:.:: :..::::::::::: ..:..:.::::: ::: .: . : :::: :
CCDS42 LLKKKLDFEKIKSYHVEIEATDGGGLSGKGTVVIEVVDVNDNPPELIISSLTSSIPENAP
              310       320       330       340       350       360

     360       370       380       390       400       410         
pF1KE0 EITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGALDRESRAEYNITI
       : .:..: . : :::.: ..:::: .::::.:.:...::::::::  ::::. :::::::
CCDS42 ETVVSIFRIRDRDSGENGKMICSIPDNLPFILKPTLKNFYTLVTERPLDRETSAEYNITI
              370       380       390       400       410       420

     420       430       440       450       460       470         
pF1KE0 TVTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNVPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDSG
       .:::::::::::::.:::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 AVTDLGTPRLKTQQNITVQVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDSG
              430       440       450       460       470       480

     480       490       500       510       520       530         
pF1KE0 INAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFEFRVGATDRGSPAL
        ::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.:::::::.:::::::
CCDS42 TNAQVTYSLLPPQDPHLPLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQAFEFRVGASDRGSPAL
              490       500       510       520       530       540

     540       550       560       570       580       590         
pF1KE0 SSEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNAW
       :::::::.::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SSEALVRVLVLDTNDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNAW
              550       560       570       580       590       600

     600       610       620       630       640       650         
pF1KE0 LSYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHVL
       :::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHVL
              610       620       630       640       650       660

     660       670       680       690       700       710         
pF1KE0 LVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAAS
              670       680       690       700       710       720

     720       730       740       750       760       770         
pF1KE0 VGRYSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYKVCLTGGSETNEFKFLKPIMPNFPPQGTER
       ::: ::::::::::::::::::::::::::.::::: : :.::::::::.::.  : : :
CCDS42 VGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGDSGTGEFKFLKPIFPNLLVQDTGR
              730       740       750       760       770       780

     780       790    
pF1KE0 EMEETPTSRNSFPFS
       :..:.:  :::. ::
CCDS42 EVKENPKFRNSLVFS
              790     

>>CCDS4244.1 PCDHB2 gene_id:56133|Hs108|chr5              (798 aa)
 initn: 4093 init1: 2741 opt: 3935  Z-score: 4697.8  bits: 880.1 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 3935; 76.2% identity (89.6% similar) in 787 aa overlap (9-794:12-798)

                  10        20        30        40        50       
pF1KE0    MMQTKVQNKKRQVAFFILLMLWGEVGSESIQYSVLEETESGTFVANLTKDLGLRVGE
                  :.::: .:..:.  .... .  .::: ::::::.::::: :::::..::
CCDS42 MEAGEGKERVPKQRQVLIFFVLLGIAQASCQPRHYSVAEETESGSFVANLLKDLGLEIGE
               10        20        30        40        50        60

        60        70        80        90       100       110       
pF1KE0 LASRGARVVFKGNRQHLQFDPQTHDLLLNEKLDREELCGSTEPCVLPFQVLLENPLQFFQ
       :: :::::: ::...::::: :: ::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
CCDS42 LAVRGARVVSKGKKMHLQFDRQTGDLLLNEKLDREELCGPTEPCVLPFQVLLENPLQFFQ
               70        80        90       100       110       120

       120       130       140       150       160       170       
pF1KE0 ASLRVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGLQRYTISSNPHF
       : ::.::.:::.: :  .:.:::: :   ::  : .. :.:::.:.:.:: :::: : ::
CCDS42 AELRIRDVNDHSPVFLDKEILLKIPESITPGTTFLIERAQDLDVGTNSLQNYTISPNFHF
              130       140       150       160       170       180

       180       190       200       210       220       230       
pF1KE0 HVLTRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSEIQIQVLDINDN
       :.  ..  .:  .:.:::.. :::::::..:::: ::::::::::::. ..:.:.:::::
CCDS42 HLNLQDSLDGIILPQLVLNRALDREEQPEIRLTLTALDGGSPPRSGTALVRIEVVDINDN
              190       200       210       220       230       240

       240       250       260       270       280        290      
pF1KE0 VPEFAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQV-DDVNQPFEINAIT
       :::::. :::.:.::..:.:: :  ::::::: :. :..:::. :. .:. . :...: .
CCDS42 VPEFAKLLYEVQIPEDSPVGSQVAIVSARDLDIGTNGEISYAFSQASEDIRKTFRLSAKS
              250       260       270       280       290       300

        300       310       320       330       340       350      
pF1KE0 GEIRLRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELTMSFFISLIPE
       ::. ::. :::: ::.: :...::::::::: : . :.:.:.::: :::::: .:. :::
CCDS42 GELLLRQKLDFESIQTYTVNIQATDGGGLSGTCVVFVQVMDLNDNPPELTMSTLINQIPE
              310       320       330       340       350       360

        360       370       380       390       400       410      
pF1KE0 NLPEITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGALDRESRAEYN
       :: .  .::::::: ::: : ...:::...:::.:.::::::::::   :::::.:.:::
CCDS42 NLQDTLIAVFSVSDPDSGDNGRMVCSIQDDLPFFLKPSVENFYTLVISTALDRETRSEYN
              370       380       390       400       410       420

        420       430       440       450       460       470      
pF1KE0 ITITVTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNVPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDR
       :::::::.:::::::...::: :::::::.::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ITITVTDFGTPRLKTEHNITVLVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDR
              430       440       450       460       470       480

        480       490       500       510       520       530      
pF1KE0 DSGINAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFEFRVGATDRGS
       ::: ::::::::::::::::::.:::::::::::::::.::::::::.:::::::.::::
CCDS42 DSGTNAQVTYSLLPPQDPHLPLASLVSINADNGHLFALQSLDYEALQAFEFRVGAADRGS
              490       500       510       520       530       540

        540       550       560       570       580       590      
pF1KE0 PALSSEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQ
       ::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 PALSSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQ
              550       560       570       580       590       600

        600       610       620       630       640       650      
pF1KE0 NAWLSYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATL
       ::::::::::::: :::::::::::::::::: ::::::.::::::::::::::::::::
CCDS42 NAWLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLRERDAAKQRLVVLVKDNGEPPRSATATL
              610       620       630       640       650       660

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pF1KE0 HVLLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSR
       ::::::::::::: :::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 HVLLVDGFSQPYLLLPEAAPAQAQADLLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSR
              670       680       690       700       710       720

        720       730       740       750       760       770      
pF1KE0 AASVGRYSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYKVCLTGGSETNEFKFLKPIMPNFPPQG
       :::::: :::::::::..:::::::::::::::.::::::: ::::::::::.:::  ::
CCDS42 AASVGRCSVPEGPFPGQMVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGGSGTNEFKFLKPIIPNFVAQG
              730       740       750       760       770       780

        780       790    
pF1KE0 TEREMEETPTSRNSFPFS
       .::  : .:. :.:: :.
CCDS42 AERVSEANPSFRKSFEFT
              790        

>>CCDS4257.1 PCDHB15 gene_id:56121|Hs108|chr5             (787 aa)
 initn: 3916 init1: 2772 opt: 3926  Z-score: 4687.1  bits: 878.1 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 3926; 77.3% identity (90.6% similar) in 775 aa overlap (9-782:10-784)

                10        20        30        40        50         
pF1KE0  MMQTKVQNKKRQVAFFILLMLWGEVGSESIQYSVLEETESGTFVANLTKDLGLRVGELA
                ..::: ...::.    .: :  .:::.:::: :.:::::..:::: :::::
CCDS42 MEPAGERFPEQRQVLILLLLLEVTLAGWEPRRYSVMEETERGSFVANLANDLGLGVGELA
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KE0 SRGARVVFKGNRQHLQFDPQTHDLLLNEKLDREELCGSTEPCVLPFQVLLENPLQFFQAS
        :::::: . :.: ::.: :: .:.::::::::.::: ::::.. :::::..::. :.: 
CCDS42 ERGARVVSEDNEQGLQLDLQTGQLILNEKLDREKLCGPTEPCIMHFQVLLKKPLEVFRAE
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KE0 LRVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGLQRYTISSNPHFHV
       : : :::::.:::: ::: ::: : .  : .:::: :.:::.:::..: :.:: : ::::
CCDS42 LLVTDINDHSPEFPEREMTLKIPETSSLGTVFPLKKARDLDVGSNNVQNYNISPNSHFHV
              130       140       150       160       170       180

     180       190       200       210       220       230         
pF1KE0 LTRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSEIQIQVLDINDNVP
        ::.:..:::.::::::  :::::: .::::: :.:::::::::: .: : ::: :::.:
CCDS42 STRTRGDGRKYPELVLDTELDREEQAELRLTLTAVDGGSPPRSGTVQILILVLDANDNAP
              190       200       210       220       230       240

     240       250       260       270       280        290        
pF1KE0 EFAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALF-QVDDVNQPFEINAITGE
       ::.: :::.:::::.:.::::. :::::::.:. :..::.:. . .....:::.....::
CCDS42 EFVQALYEVQVPENSPVGSLVVKVSARDLDTGTNGEISYSLYYSSQEIDKPFELSSLSGE
              250       260       270       280       290       300

      300       310       320       330       340       350        
pF1KE0 IRLRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELTMSFFISLIPENL
       ::: : :::: ..:::.:.::.::::::::::. :.::::::: :::..: . : :::: 
CCDS42 IRLIKKLDFETMSSYDLDIEASDGGGLSGKCSVSVKVLDVNDNFPELSISSLTSPIPENS
              310       320       330       340       350       360

      360       370       380       390       400       410        
pF1KE0 PEITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGALDRESRAEYNIT
       ::  ::.: . : :::.: ..::::....:: :.::::::: ::::::::::.:::::::
CCDS42 PETEVALFRIRDRDSGENGKMICSIQDDVPFKLKPSVENFYRLVTEGALDRETRAEYNIT
              370       380       390       400       410       420

      420       430       440       450       460       470        
pF1KE0 ITVTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNVPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
       ::.::::::::::.::::: :::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ITITDLGTPRLKTEQSITVLVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
              430       440       450       460       470       480

      480       490       500       510       520       530        
pF1KE0 GINAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFEFRVGATDRGSPA
       : :::::::::::.::::::.::::::.::::::::.::::::::.::::::::::: ::
CCDS42 GTNAQVTYSLLPPRDPHLPLTSLVSINTDNGHLFALQSLDYEALQAFEFRVGATDRGFPA
              490       500       510       520       530       540

      540       550       560       570       580       590        
pF1KE0 LSSEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
       ::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LSSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
              550       560       570       580       590       600

      600       610       620       630       640       650        
pF1KE0 WLSYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHV
       ::::::::::: ::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::.:
CCDS42 WLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDVAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLQV
              610       620       630       640       650       660

      660       670       680       690       700       710        
pF1KE0 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::
CCDS42 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVFLFVAVRLCRRSRAA
              670       680       690       700       710       720

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pF1KE0 SVGRYSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYKVCLTGGSETNEFKFLKPIMPNFPPQGTE
       :::: ::::::::::::::::::::::::::.::::::::.:.:::::::.::.  : ..
CCDS42 SVGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGGSESNDFKFLKPIFPNIVSQDSR
              730       740       750       760       770       780

      780       790    
pF1KE0 REMEETPTSRNSFPFS
       :. :            
CCDS42 RKSEFLE         
                       

>>CCDS4251.1 PCDHB16 gene_id:57717|Hs108|chr5             (776 aa)
 initn: 4083 init1: 2729 opt: 3923  Z-score: 4683.6  bits: 877.4 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 3923; 77.7% identity (91.5% similar) in 768 aa overlap (9-774:10-776)

                10         20        30        40        50        
pF1KE0  MMQTKVQNKKRQV-AFFILLMLWGEVGSESIQYSVLEETESGTFVANLTKDLGLRVGEL
                ..::: .::.:: : : .:.:  .:::.:::: :.::::: ::::: . :.
CCDS42 MEIGWMHNRRQRQVLVFFVLLSLSG-AGAELGSYSVVEETERGSFVANLGKDLGLGLTEM
               10        20         30        40        50         

       60        70        80        90       100       110        
pF1KE0 ASRGARVVFKGNRQHLQFDPQTHDLLLNEKLDREELCGSTEPCVLPFQVLLENPLQFFQA
       ..: ::.. .::.::::.  :: :::.::::::::::: ::::.: ::::.::::..:::
CCDS42 STRKARIISQGNKQHLQLKAQTGDLLINEKLDREELCGPTEPCILHFQVLMENPLEIFQA
      60        70        80        90       100       110         

      120       130       140       150       160       170        
pF1KE0 SLRVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGLQRYTISSNPHFH
        ::: :::::.: :  .::.::: : .  :  :::. : :::.:::..: : :: . ::.
CCDS42 ELRVIDINDHSPMFTEKEMILKIPENSPLGTEFPLNHALDLDVGSNNVQNYKISPSSHFR
     120       130       140       150       160       170         

      180       190       200       210       220       230        
pF1KE0 VLTRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSEIQIQVLDINDNV
       :: ..  .:::.::::::: :::::.::::::: ::::::::::::....:.:.:::::.
CCDS42 VLIHEFRDGRKYPELVLDKELDREEEPQLRLTLTALDGGSPPRSGTAQVRIEVVDINDNA
     180       190       200       210       220       230         

      240       250       260       270       280        290       
pF1KE0 PEFAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQ-VDDVNQPFEINAITG
       ::: : .:..:.:::.:::::: ::::::::.:. ::.::.:::  .:... .:.: .::
CCDS42 PEFEQPIYKVQIPENSPLGSLVATVSARDLDGGANGKISYTLFQPSEDISKTLEVNPMTG
     240       250       260       270       280       290         

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pF1KE0 EIRLRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELTMSFFISLIPEN
       :.:::: .::: . ::.: ..:::::::::::.:...:.::::: :..::: . : ::::
CCDS42 EVRLRKQVDFEMVTSYEVRIKATDGGGLSGKCTLLLQVVDVNDNPPQVTMSALTSPIPEN
     300       310       320       330       340       350         

       360       370       380       390       400       410       
pF1KE0 LPEITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGALDRESRAEYNI
        :::.:::::::: :::.: ..: ::...:::::.:::.:::::::: :::::.::::::
CCDS42 SPEIVVAVFSVSDPDSGNNGKTISSIQEDLPFLLKPSVKNFYTLVTERALDREARAEYNI
     360       370       380       390       400       410         

       420       430       440       450       460       470       
pF1KE0 TITVTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNVPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRD
       :.::::.:::::::...::::.::::::.:.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TLTVTDMGTPRLKTEHNITVQISDVNDNAPTFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRD
     420       430       440       450       460       470         

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pF1KE0 SGINAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFEFRVGATDRGSP
       :: ::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS42 SGTNAQVTYSLLPPQDPHLPLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQAFEFRVGATDRGSP
     480       490       500       510       520       530         

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pF1KE0 ALSSEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQN
       ::: :::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ALSREALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQN
     540       550       560       570       580       590         

       600       610       620       630       640       650       
pF1KE0 AWLSYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLH
       :::::::::::: :::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::
CCDS42 AWLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKQRLVVLVKDNGEPPRSATATLH
     600       610       620       630       640       650         

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pF1KE0 VLLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRA
       ::::::::::.::::::::.:.::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 VLLVDGFSQPFLPLPEAAPGQTQANSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRA
     660       670       680       690       700       710         

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pF1KE0 ASVGRYSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYKVCLTGGSETNEFKFLKPIMPNFPPQGT
       ::::: :.:::::::.::::::::::::::::.:::::::::.::::::::.::: :   
CCDS42 ASVGRCSMPEGPFPGRLVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGGSETSEFKFLKPIIPNFSP   
     720       730       740       750       760       770         

       780       790    
pF1KE0 EREMEETPTSRNSFPFS

>>CCDS4256.1 PCDHB14 gene_id:56122|Hs108|chr5             (798 aa)
 initn: 2783 init1: 2783 opt: 3857  Z-score: 4604.5  bits: 862.8 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 3857; 75.4% identity (88.9% similar) in 784 aa overlap (9-791:10-793)

                10        20        30        40        50         
pF1KE0  MMQTKVQNKKRQVAFFILLMLWGEVGSESIQYSVLEETESGTFVANLTKDLGLRVGELA
                .:::: .:..:.  ...:.:: .::: :::: :.:::::..:::: : ::.
CCDS42 MEIRGALDLRKRQVLIFLVLLGLSRAGTESAHYSVAEETEIGSFVANLARDLGLGVEELS
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KE0 SRGARVVFKGNRQHLQFDPQTHDLLLNEKLDREELCGSTEPCVLPFQVLLENPLQFFQAS
       :: ::::   :...:..:  : .:::::::::.::::::::::: :::.::::::::.  
CCDS42 SREARVVSDDNKKYLHLDLLTGNLLLNEKLDRDELCGSTEPCVLHFQVVLENPLQFFRFE
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KE0 LRVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGLQRYTISSNPHFHV
       : :.:::::.: :  .:.:.:::: :  :  : .. :.:::.:::.:: :::: : ::..
CCDS42 LCVKDINDHSPTFLDKEILIKISEGTTVGATFLMESAQDLDVGSNSLQNYTISPNSHFYI
              130       140       150       160       170       180

     180       190       200       210       220       230         
pF1KE0 LTRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSEIQIQVLDINDNVP
          . :. . .::::::. :: :.. .::::: :.::::::.:::. . :.:::::::.:
CCDS42 KIPDSSDRKIYPELVLDRALDYEQEAELRLTLTAVDGGSPPKSGTTLVLIKVLDINDNAP
              190       200       210       220       230       240

     240       250       260       270       280        290        
pF1KE0 EFAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQV-DDVNQPFEINAITGE
       :: : :::.::::. :::: . :.::.:::::..::.::..:.. .:. . :::: :.::
CCDS42 EFPQSLYEVQVPEDRPLGSWIATISAKDLDAGNYGKISYTFFHASEDIRKTFEINPISGE
              250       260       270       280       290       300

      300       310       320       330       340       350        
pF1KE0 IRLRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELTMSFFISLIPENL
       . ::. :::: :::: ....:::::::::::.:.:.:.:.::: ::.:.: . . :::: 
CCDS42 VNLRSPLDFEVIQSYTINIQATDGGGLSGKCTLLVKVMDINDNPPEVTISSITKRIPENA
              310       320       330       340       350       360

      360       370       380       390       400       410        
pF1KE0 PEITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGALDRESRAEYNIT
        :  ::.::. : ::: : ..::::..::::.:.:. .::.:::.: ::::::.::::::
CCDS42 SETLVALFSILDQDSGDNGRMICSIQDNLPFFLKPTFKNFFTLVSEKALDRESQAEYNIT
              370       380       390       400       410       420

      420       430       440       450       460       470        
pF1KE0 ITVTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNVPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
       :::::::::::::. .::: .::::::.:.::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ITVTDLGTPRLKTEYNITVLLSDVNDNAPTFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
              430       440       450       460       470       480

      480       490       500       510       520       530        
pF1KE0 GINAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFEFRVGATDRGSPA
       : ::::.:::::::: ::::.:::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::
CCDS42 GTNAQVNYSLLPPQDRHLPLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQEFEFRVGATDRGSPA
              490       500       510       520       530       540

      540       550       560       570       580       590        
pF1KE0 LSSEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
       ::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LSSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
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       ::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       :::: ::::::::::::::::::::::::::.::::::: ::::::::::.:::  . : 
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       :.: :  . ::::     
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              790        

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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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