Result of FASTA (ccds) for pF1KB6555
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6555, 372 aa
  1>>>pF1KB6555 372 - 372 aa - 372 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8854+/-0.000809; mu= 10.0141+/- 0.050
 mean_var=100.4378+/-19.689, 0's: 0 Z-trim(110.1): 29  B-trim: 8 in 1/51
 Lambda= 0.127975
 statistics sampled from 11347 (11367) to 11347 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.702), E-opt: 0.2 (0.349), width:  16
 Scan time:  3.030

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS44541.2 PARVA gene_id:55742|Hs108|chr11        ( 412) 2390 451.3 6.8e-127
CCDS14056.1 PARVB gene_id:29780|Hs108|chr22        ( 364) 1777 338.1 7.2e-93
CCDS46724.1 PARVB gene_id:29780|Hs108|chr22        ( 397) 1614 308.1 8.9e-84
CCDS58808.1 PARVB gene_id:29780|Hs108|chr22        ( 327) 1610 307.3 1.2e-83
CCDS74874.1 PARVB gene_id:29780|Hs108|chr22        ( 289)  938 183.2 2.5e-46
CCDS14057.1 PARVG gene_id:64098|Hs108|chr22        ( 331)  850 167.0 2.2e-41


>>CCDS44541.2 PARVA gene_id:55742|Hs108|chr11             (412 aa)
 initn: 2390 init1: 2390 opt: 2390  Z-score: 2391.6  bits: 451.3 E(32554): 6.8e-127
Smith-Waterman score: 2390; 100.0% identity (100.0% similar) in 372 aa overlap (1-372:41-412)

                                             10        20        30
pF1KB6                               MATSPQKSPSVPKSPTPKSPPSRKKDDSFL
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 KPQPQSRRRPLRPPSASSASRPARGSLRRAMATSPQKSPSVPKSPTPKSPPSRKKDDSFL
               20        30        40        50        60        70

               40        50        60        70        80        90
pF1KB6 GKLGGTLARRKKAKEVSELQEEGMNAINLPLSPIPFELDPEDTMLEENEVRTMVDPNSRS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 GKLGGTLARRKKAKEVSELQEEGMNAINLPLSPIPFELDPEDTMLEENEVRTMVDPNSRS
               80        90       100       110       120       130

              100       110       120       130       140       150
pF1KB6 DPKLQELMKVLIDWINDVLVGERIIVKDLAEDLYDGQVLQKLFEKLESEKLNVAEVTQSE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 DPKLQELMKVLIDWINDVLVGERIIVKDLAEDLYDGQVLQKLFEKLESEKLNVAEVTQSE
              140       150       160       170       180       190

              160       170       180       190       200       210
pF1KB6 IAQKQKLQTVLEKINETLKLPPRSIKWNVDSVHAKSLVAILHLLVALSQYFRAPIRLPDH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 IAQKQKLQTVLEKINETLKLPPRSIKWNVDSVHAKSLVAILHLLVALSQYFRAPIRLPDH
              200       210       220       230       240       250

              220       230       240       250       260       270
pF1KB6 VSIQVVVVQKREGILQSRQIQEEITGNTEALSGRHERDAFDTLFDHAPDKLNVVKKTLIT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 VSIQVVVVQKREGILQSRQIQEEITGNTEALSGRHERDAFDTLFDHAPDKLNVVKKTLIT
              260       270       280       290       300       310

              280       290       300       310       320       330
pF1KB6 FVNKHLNKLNLEVTELETQFADGVYLVLLMGLLEGYFVPLHSFFLTPDSFEQKVLNVSFA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 FVNKHLNKLNLEVTELETQFADGVYLVLLMGLLEGYFVPLHSFFLTPDSFEQKVLNVSFA
              320       330       340       350       360       370

              340       350       360       370  
pF1KB6 FELMQDGGLEKPKPRPEDIVNCDLKSTLRVLYNLFTKYRNVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 FELMQDGGLEKPKPRPEDIVNCDLKSTLRVLYNLFTKYRNVE
              380       390       400       410  

>>CCDS14056.1 PARVB gene_id:29780|Hs108|chr22             (364 aa)
 initn: 1733 init1: 1733 opt: 1777  Z-score: 1780.8  bits: 338.1 E(32554): 7.2e-93
Smith-Waterman score: 1777; 75.1% identity (91.0% similar) in 365 aa overlap (10-372:3-364)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MATSPQKSPSVPKSPTPKSPPSRKKDDSFLGKLGGTLARRKKAKEVSELQEEGMNAINLP
                :.:.::::. :   :::.::::::::::::...:.:::.::::: :::: :
CCDS14        MSSAPRSPTPR-PRRMKKDESFLGKLGGTLARKRRAREVSDLQEEGKNAINSP
                      10         20        30        40        50  

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 LSPIPFELDPEDTMLEENEVRTMVDPNSRSDPKLQELMKVLIDWINDVLVGERIIVKDLA
       .::   .. ::::.::::: :::.::.:. :::..::.:::.:::::::: ::::::.: 
CCDS14 MSPALVDVHPEDTQLEENEERTMIDPTSKEDPKFKELVKVLLDWINDVLVEERIIVKQLE
             60        70        80        90       100       110  

              130       140       150       160       170          
pF1KB6 EDLYDGQVLQKLFEKLESEKLNVAEVTQSEIAQKQKLQTVLEKINETLKLPPR--SIKWN
       ::::::::::::.::: . ::::::::::::.:::::::::: ... :.  ::  ...:.
CCDS14 EDLYDGQVLQKLLEKLAGCKLNVAEVTQSEIGQKQKLQTVLEAVHDLLR--PRGWALRWS
            120       130       140       150       160         170

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB6 VDSVHAKSLVAILHLLVALSQYFRAPIRLPDHVSIQVVVVQKREGILQSRQIQEEITGNT
       :::.:.:.:::::::::.:...::::::::.::..:::::.::::.:.: .:.::.: .:
CCDS14 VDSIHGKNLVAILHLLVSLAMHFRAPIRLPEHVTVQVVVVRKREGLLHSSHISEELTTTT
              180       190       200       210       220       230

      240       250       260       270       280       290        
pF1KB6 EALSGRHERDAFDTLFDHAPDKLNVVKKTLITFVNKHLNKLNLEVTELETQFADGVYLVL
       : . :: ::::::::::::::::.::::.:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 EMMMGRFERDAFDTLFDHAPDKLSVVKKSLITFVNKHLNKLNLEVTELETQFADGVYLVL
              240       250       260       270       280       290

      300       310       320       330       340       350        
pF1KB6 LMGLLEGYFVPLHSFFLTPDSFEQKVLNVSFAFELMQDGGLEKPKPRPEDIVNCDLKSTL
       :::::: :::::: :.:::.::.::: ::::::::: ::::.::: ::::.:: ::::::
CCDS14 LMGLLEDYFVPLHHFYLTPESFDQKVHNVSFAFELMLDGGLKKPKARPEDVVNLDLKSTL
              300       310       320       330       340       350

      360       370  
pF1KB6 RVLYNLFTKYRNVE
       ::::::::::.:::
CCDS14 RVLYNLFTKYKNVE
              360    

>>CCDS46724.1 PARVB gene_id:29780|Hs108|chr22             (397 aa)
 initn: 1613 init1: 1613 opt: 1614  Z-score: 1617.6  bits: 308.1 E(32554): 8.9e-84
Smith-Waterman score: 1614; 76.0% identity (91.2% similar) in 329 aa overlap (46-372:71-397)

          20        30        40        50        60        70     
pF1KB6 TPKSPPSRKKDDSFLGKLGGTLARRKKAKEVSELQEEGMNAINLPLSPIPFELDPEDTML
                                     ::.::::: :::: :.::   .. ::::.:
CCDS46 SQALMASLAGSLLPGSDRSGVETSEYAQGGVSDLQEEGKNAINSPMSPALVDVHPEDTQL
               50        60        70        80        90       100

          80        90       100       110       120       130     
pF1KB6 EENEVRTMVDPNSRSDPKLQELMKVLIDWINDVLVGERIIVKDLAEDLYDGQVLQKLFEK
       :::: :::.::.:. :::..::.:::.:::::::: ::::::.: ::::::::::::.::
CCDS46 EENEERTMIDPTSKEDPKFKELVKVLLDWINDVLVEERIIVKQLEEDLYDGQVLQKLLEK
              110       120       130       140       150       160

         140       150       160       170         180       190   
pF1KB6 LESEKLNVAEVTQSEIAQKQKLQTVLEKINETLKLPPR--SIKWNVDSVHAKSLVAILHL
       : . ::::::::::::.:::::::::: ... :.  ::  ...:.:::.:.:.:::::::
CCDS46 LAGCKLNVAEVTQSEIGQKQKLQTVLEAVHDLLR--PRGWALRWSVDSIHGKNLVAILHL
              170       180       190         200       210        

           200       210       220       230       240       250   
pF1KB6 LVALSQYFRAPIRLPDHVSIQVVVVQKREGILQSRQIQEEITGNTEALSGRHERDAFDTL
       ::.:...::::::::.::..:::::.::::.:.: .:.::.: .:: . :: ::::::::
CCDS46 LVSLAMHFRAPIRLPEHVTVQVVVVRKREGLLHSSHISEELTTTTEMMMGRFERDAFDTL
      220       230       240       250       260       270        

           260       270       280       290       300       310   
pF1KB6 FDHAPDKLNVVKKTLITFVNKHLNKLNLEVTELETQFADGVYLVLLMGLLEGYFVPLHSF
       ::::::::.::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::: :
CCDS46 FDHAPDKLSVVKKSLITFVNKHLNKLNLEVTELETQFADGVYLVLLMGLLEDYFVPLHHF
      280       290       300       310       320       330        

           320       330       340       350       360       370  
pF1KB6 FLTPDSFEQKVLNVSFAFELMQDGGLEKPKPRPEDIVNCDLKSTLRVLYNLFTKYRNVE
       .:::.::.::: ::::::::: ::::.::: ::::.:: ::::::::::::::::.:::
CCDS46 YLTPESFDQKVHNVSFAFELMLDGGLKKPKARPEDVVNLDLKSTLRVLYNLFTKYKNVE
      340       350       360       370       380       390       

>>CCDS58808.1 PARVB gene_id:29780|Hs108|chr22             (327 aa)
 initn: 1609 init1: 1609 opt: 1610  Z-score: 1614.9  bits: 307.3 E(32554): 1.2e-83
Smith-Waterman score: 1610; 75.7% identity (91.2% similar) in 329 aa overlap (46-372:1-327)

          20        30        40        50        60        70     
pF1KB6 TPKSPPSRKKDDSFLGKLGGTLARRKKAKEVSELQEEGMNAINLPLSPIPFELDPEDTML
                                     .:.::::: :::: :.::   .. ::::.:
CCDS58                               MSDLQEEGKNAINSPMSPALVDVHPEDTQL
                                             10        20        30

          80        90       100       110       120       130     
pF1KB6 EENEVRTMVDPNSRSDPKLQELMKVLIDWINDVLVGERIIVKDLAEDLYDGQVLQKLFEK
       :::: :::.::.:. :::..::.:::.:::::::: ::::::.: ::::::::::::.::
CCDS58 EENEERTMIDPTSKEDPKFKELVKVLLDWINDVLVEERIIVKQLEEDLYDGQVLQKLLEK
               40        50        60        70        80        90

         140       150       160       170         180       190   
pF1KB6 LESEKLNVAEVTQSEIAQKQKLQTVLEKINETLKLPPR--SIKWNVDSVHAKSLVAILHL
       : . ::::::::::::.:::::::::: ... :.  ::  ...:.:::.:.:.:::::::
CCDS58 LAGCKLNVAEVTQSEIGQKQKLQTVLEAVHDLLR--PRGWALRWSVDSIHGKNLVAILHL
              100       110       120         130       140        

           200       210       220       230       240       250   
pF1KB6 LVALSQYFRAPIRLPDHVSIQVVVVQKREGILQSRQIQEEITGNTEALSGRHERDAFDTL
       ::.:...::::::::.::..:::::.::::.:.: .:.::.: .:: . :: ::::::::
CCDS58 LVSLAMHFRAPIRLPEHVTVQVVVVRKREGLLHSSHISEELTTTTEMMMGRFERDAFDTL
      150       160       170       180       190       200        

           260       270       280       290       300       310   
pF1KB6 FDHAPDKLNVVKKTLITFVNKHLNKLNLEVTELETQFADGVYLVLLMGLLEGYFVPLHSF
       ::::::::.::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::: :
CCDS58 FDHAPDKLSVVKKSLITFVNKHLNKLNLEVTELETQFADGVYLVLLMGLLEDYFVPLHHF
      210       220       230       240       250       260        

           320       330       340       350       360       370  
pF1KB6 FLTPDSFEQKVLNVSFAFELMQDGGLEKPKPRPEDIVNCDLKSTLRVLYNLFTKYRNVE
       .:::.::.::: ::::::::: ::::.::: ::::.:: ::::::::::::::::.:::
CCDS58 YLTPESFDQKVHNVSFAFELMLDGGLKKPKARPEDVVNLDLKSTLRVLYNLFTKYKNVE
      270       280       290       300       310       320       

>>CCDS74874.1 PARVB gene_id:29780|Hs108|chr22             (289 aa)
 initn: 937 init1: 937 opt: 938  Z-score: 945.2  bits: 183.2 E(32554): 2.5e-46
Smith-Waterman score: 1352; 68.8% identity (84.1% similar) in 314 aa overlap (61-372:1-289)

               40        50        60        70        80        90
pF1KB6 GKLGGTLARRKKAKEVSELQEEGMNAINLPLSPIPFELDPEDTMLEENEVRTMVDPNSRS
                                     .::   .. ::::.::::: :::.::.:. 
CCDS74                               MSPALVDVHPEDTQLEENEERTMIDPTSKE
                                             10        20        30

              100       110       120       130       140       150
pF1KB6 DPKLQELMKVLIDWINDVLVGERIIVKDLAEDLYDGQVLQKLFEKLESEKLNVAEVTQSE
       :::..::.:::.:::::::: ::::::.: ::::::::::::.::: . :::::::::::
CCDS74 DPKFKELVKVLLDWINDVLVEERIIVKQLEEDLYDGQVLQKLLEKLAGCKLNVAEVTQSE
               40        50        60        70        80        90

              160       170         180       190       200        
pF1KB6 IAQKQKLQTVLEKINETLKLPPR--SIKWNVDSVHAKSLVAILHLLVALSQYFRAPIRLP
       :.:::::::::: ... :.  ::  ...:.:::.:.:.:::::::::.:...::::::::
CCDS74 IGQKQKLQTVLEAVHDLLR--PRGWALRWSVDSIHGKNLVAILHLLVSLAMHFRAPIRLP
              100         110       120       130       140        

      210       220       230       240       250       260        
pF1KB6 DHVSIQVVVVQKREGILQSRQIQEEITGNTEALSGRHERDAFDTLFDHAPDKLNVVKKTL
       .::..:::::.::::.:.: .:.::.: .:: . :: ::::::::::::::::.::::  
CCDS74 EHVTVQVVVVRKREGLLHSSHISEELTTTTEMMMGRFERDAFDTLFDHAPDKLSVVKK--
      150       160       170       180       190       200        

      270       280       290       300       310       320        
pF1KB6 ITFVNKHLNKLNLEVTELETQFADGVYLVLLMGLLEGYFVPLHSFFLTPDSFEQKVLNVS
                            ::::::::::::::: :::::: :.:::.::.::: :::
CCDS74 ---------------------FADGVYLVLLMGLLEDYFVPLHHFYLTPESFDQKVHNVS
                             210       220       230       240     

      330       340       350       360       370  
pF1KB6 FAFELMQDGGLEKPKPRPEDIVNCDLKSTLRVLYNLFTKYRNVE
       :::::: ::::.::: ::::.:: ::::::::::::::::.:::
CCDS74 FAFELMLDGGLKKPKARPEDVVNLDLKSTLRVLYNLFTKYKNVE
         250       260       270       280         

>>CCDS14057.1 PARVG gene_id:64098|Hs108|chr22             (331 aa)
 initn: 885 init1: 427 opt: 850  Z-score: 856.5  bits: 167.0 E(32554): 2.2e-41
Smith-Waterman score: 850; 43.5% identity (78.1% similar) in 301 aa overlap (70-368:19-316)

      40        50        60        70        80        90         
pF1KB6 RKKAKEVSELQEEGMNAINLPLSPIPFELDPEDTMLEENEVRTMVDPNSRSDPKLQELMK
                                     : .  : ..  . .. :.::.:::..::.:
CCDS14             MEPEFLYDLLQLPKGVEPPAEEELSKGGKKKYLPPTSRKDPKFEELQK
                           10        20        30        40        

     100       110       120       130       140       150         
pF1KB6 VLIDWINDVLVGERIIVKDLAEDLYDGQVLQKLFEKLESEKLNVAEVTQSEIAQKQKLQT
       ::..::: .:. :.:.:..: ::..:: .:..::..: . ::.. ... .  .::.:: .
CCDS14 VLMEWINATLLPEHIVVRSLEEDMFDGLILHHLFQRLAALKLEAEDIALTATSQKHKLTV
       50        60        70        80        90       100        

     160       170       180       190       200       210         
pF1KB6 VLEKINETLKLPPRSIKWNVDSVHAKSLVAILHLLVALSQYFRAPIRLPDHVSIQVVVVQ
       ::: .:..:.:   . ::.:.:.  :.:.. :::::::.. :.  . :: .:...:....
CCDS14 VLEAVNRSLQLEEWQAKWSVESIFNKDLLSTLHLLVALAKRFQPDLSLPTNVQVEVITIE
      110       120       130       140       150       160        

     220       230       240         250       260       270       
pF1KB6 KREGILQSRQIQEEITGNTEALSGRHE--RDAFDTLFDHAPDKLNVVKKTLITFVNKHLN
       . .. :.:... :..:   :  . . :  .:.:: ::  ::.:.:.::.....:::..:.
CCDS14 STKSGLKSEKLVEQLT---EYSTDKDEPPKDVFDELFKLAPEKVNAVKEAIVNFVNQKLD
      170       180          190       200       210       220     

       280       290       300       310       320       330       
pF1KB6 KLNLEVTELETQFADGVYLVLLMGLLEGYFVPLHSFFLTPDSFEQKVLNVSFAFELMQDG
       .:.: : .:.::::::: :.::.: :::.:. :. :.:::.:  . . ::..:.::..: 
CCDS14 RLGLSVQNLDTQFADGVILLLLIGQLEGFFLHLKEFYLTPNSPAEMLHNVTLALELLKDE
         230       240       250       260       270       280     

       340       350       360       370             
pF1KB6 GLEKPKPRPEDIVNCDLKSTLRVLYNLFTKYRNVE           
       :: .    :::::: : ::::::::.:: :.               
CCDS14 GLLSCPVSPEDIVNKDAKSTLRVLYGLFCKHTQKAHRDRTPHGAPN
         290       300       310       320       330 




372 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Fri Nov  4 23:18:50 2016 done: Fri Nov  4 23:18:50 2016
 Total Scan time:  3.030 Total Display time:  0.010

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com