Result of FASTA (omim) for pF1KB8581
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8581, 522 aa
  1>>>pF1KB8581 522 - 522 aa - 522 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.7729+/-0.000438; mu= -22.3488+/- 0.027
 mean_var=395.7740+/-83.332, 0's: 0 Z-trim(120.7): 69  B-trim: 0 in 0/58
 Lambda= 0.064469
 statistics sampled from 36103 (36178) to 36103 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.73), E-opt: 0.2 (0.424), width:  16
 Scan time: 11.910

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_714941 (OMIM: 271930,605815) nuclear pore glyco ( 522) 3306 321.7 3.4e-87
NP_001180286 (OMIM: 271930,605815) nuclear pore gl ( 522) 3306 321.7 3.4e-87
NP_057637 (OMIM: 271930,605815) nuclear pore glyco ( 522) 3306 321.7 3.4e-87
NP_036478 (OMIM: 271930,605815) nuclear pore glyco ( 522) 3306 321.7 3.4e-87
NP_714940 (OMIM: 271930,605815) nuclear pore glyco ( 522) 3306 321.7 3.4e-87
NP_001291288 (OMIM: 158373) mucin-5AC precursor [H (5654)  322 44.5    0.01


>>NP_714941 (OMIM: 271930,605815) nuclear pore glycoprot  (522 aa)
 initn: 3306 init1: 3306 opt: 3306  Z-score: 1686.4  bits: 321.7 E(85289): 3.4e-87
Smith-Waterman score: 3306; 99.8% identity (100.0% similar) in 522 aa overlap (1-522:1-522)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLF
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 SLATQTPATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 SLATQTPATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSN
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 LTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 LTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 QPTAPATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 QPTAPATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLC
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 TPVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTTSSSTTGFALNLKPLAPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
NP_714 TPVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTSSSSTTGFALNLKPLAPA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 GIPSNTAAAVTAPPGPGAAAGAAASSAMTYAQLESLINKWSLELEDQERHFLQQATQVNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 GIPSNTAAAVTAPPGPGAAAGAAASSAMTYAQLESLINKWSLELEDQERHFLQQATQVNA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 WDRTLIENGEKITSLHREVEKVKLDQKRLDQELDFILSQQKELEDLLSPLEELVKEQSGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 WDRTLIENGEKITSLHREVEKVKLDQKRLDQELDFILSQQKELEDLLSPLEELVKEQSGT
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB8 IYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKDIIEHLNTSGAPADTSDPLQQICKILNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 IYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKDIIEHLNTSGAPADTSDPLQQICKILNA
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520  
pF1KB8 HMDSLQWIDQNSALLQRKVEEVTKVCEGRRKEQERSFRITFD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 HMDSLQWIDQNSALLQRKVEEVTKVCEGRRKEQERSFRITFD
              490       500       510       520  

>>NP_001180286 (OMIM: 271930,605815) nuclear pore glycop  (522 aa)
 initn: 3306 init1: 3306 opt: 3306  Z-score: 1686.4  bits: 321.7 E(85289): 3.4e-87
Smith-Waterman score: 3306; 99.8% identity (100.0% similar) in 522 aa overlap (1-522:1-522)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLF
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 SLATQTPATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SLATQTPATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSN
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 LTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 QPTAPATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QPTAPATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLC
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 TPVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTTSSSTTGFALNLKPLAPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
NP_001 TPVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTSSSSTTGFALNLKPLAPA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 GIPSNTAAAVTAPPGPGAAAGAAASSAMTYAQLESLINKWSLELEDQERHFLQQATQVNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GIPSNTAAAVTAPPGPGAAAGAAASSAMTYAQLESLINKWSLELEDQERHFLQQATQVNA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 WDRTLIENGEKITSLHREVEKVKLDQKRLDQELDFILSQQKELEDLLSPLEELVKEQSGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 WDRTLIENGEKITSLHREVEKVKLDQKRLDQELDFILSQQKELEDLLSPLEELVKEQSGT
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB8 IYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKDIIEHLNTSGAPADTSDPLQQICKILNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKDIIEHLNTSGAPADTSDPLQQICKILNA
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520  
pF1KB8 HMDSLQWIDQNSALLQRKVEEVTKVCEGRRKEQERSFRITFD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HMDSLQWIDQNSALLQRKVEEVTKVCEGRRKEQERSFRITFD
              490       500       510       520  

>>NP_057637 (OMIM: 271930,605815) nuclear pore glycoprot  (522 aa)
 initn: 3306 init1: 3306 opt: 3306  Z-score: 1686.4  bits: 321.7 E(85289): 3.4e-87
Smith-Waterman score: 3306; 99.8% identity (100.0% similar) in 522 aa overlap (1-522:1-522)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLF
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 SLATQTPATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 SLATQTPATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSN
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 LTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 LTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 QPTAPATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 QPTAPATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLC
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 TPVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTTSSSTTGFALNLKPLAPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
NP_057 TPVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTSSSSTTGFALNLKPLAPA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 GIPSNTAAAVTAPPGPGAAAGAAASSAMTYAQLESLINKWSLELEDQERHFLQQATQVNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 GIPSNTAAAVTAPPGPGAAAGAAASSAMTYAQLESLINKWSLELEDQERHFLQQATQVNA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 WDRTLIENGEKITSLHREVEKVKLDQKRLDQELDFILSQQKELEDLLSPLEELVKEQSGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 WDRTLIENGEKITSLHREVEKVKLDQKRLDQELDFILSQQKELEDLLSPLEELVKEQSGT
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB8 IYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKDIIEHLNTSGAPADTSDPLQQICKILNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 IYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKDIIEHLNTSGAPADTSDPLQQICKILNA
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520  
pF1KB8 HMDSLQWIDQNSALLQRKVEEVTKVCEGRRKEQERSFRITFD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 HMDSLQWIDQNSALLQRKVEEVTKVCEGRRKEQERSFRITFD
              490       500       510       520  

>>NP_036478 (OMIM: 271930,605815) nuclear pore glycoprot  (522 aa)
 initn: 3306 init1: 3306 opt: 3306  Z-score: 1686.4  bits: 321.7 E(85289): 3.4e-87
Smith-Waterman score: 3306; 99.8% identity (100.0% similar) in 522 aa overlap (1-522:1-522)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLF
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 SLATQTPATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 SLATQTPATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSN
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 LTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 LTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 QPTAPATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 QPTAPATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLC
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 TPVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTTSSSTTGFALNLKPLAPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
NP_036 TPVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTSSSSTTGFALNLKPLAPA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 GIPSNTAAAVTAPPGPGAAAGAAASSAMTYAQLESLINKWSLELEDQERHFLQQATQVNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 GIPSNTAAAVTAPPGPGAAAGAAASSAMTYAQLESLINKWSLELEDQERHFLQQATQVNA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 WDRTLIENGEKITSLHREVEKVKLDQKRLDQELDFILSQQKELEDLLSPLEELVKEQSGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 WDRTLIENGEKITSLHREVEKVKLDQKRLDQELDFILSQQKELEDLLSPLEELVKEQSGT
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB8 IYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKDIIEHLNTSGAPADTSDPLQQICKILNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 IYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKDIIEHLNTSGAPADTSDPLQQICKILNA
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520  
pF1KB8 HMDSLQWIDQNSALLQRKVEEVTKVCEGRRKEQERSFRITFD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 HMDSLQWIDQNSALLQRKVEEVTKVCEGRRKEQERSFRITFD
              490       500       510       520  

>>NP_714940 (OMIM: 271930,605815) nuclear pore glycoprot  (522 aa)
 initn: 3306 init1: 3306 opt: 3306  Z-score: 1686.4  bits: 321.7 E(85289): 3.4e-87
Smith-Waterman score: 3306; 99.8% identity (100.0% similar) in 522 aa overlap (1-522:1-522)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLF
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 SLATQTPATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 SLATQTPATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSN
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 LTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 LTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 QPTAPATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 QPTAPATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLC
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 TPVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTTSSSTTGFALNLKPLAPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
NP_714 TPVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTSSSSTTGFALNLKPLAPA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 GIPSNTAAAVTAPPGPGAAAGAAASSAMTYAQLESLINKWSLELEDQERHFLQQATQVNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 GIPSNTAAAVTAPPGPGAAAGAAASSAMTYAQLESLINKWSLELEDQERHFLQQATQVNA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 WDRTLIENGEKITSLHREVEKVKLDQKRLDQELDFILSQQKELEDLLSPLEELVKEQSGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 WDRTLIENGEKITSLHREVEKVKLDQKRLDQELDFILSQQKELEDLLSPLEELVKEQSGT
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB8 IYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKDIIEHLNTSGAPADTSDPLQQICKILNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 IYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKDIIEHLNTSGAPADTSDPLQQICKILNA
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520  
pF1KB8 HMDSLQWIDQNSALLQRKVEEVTKVCEGRRKEQERSFRITFD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 HMDSLQWIDQNSALLQRKVEEVTKVCEGRRKEQERSFRITFD
              490       500       510       520  

>>NP_001291288 (OMIM: 158373) mucin-5AC precursor [Homo   (5654 aa)
 initn: 960 init1: 194 opt: 322  Z-score: 170.0  bits: 44.5 E(85289): 0.01
Smith-Waterman score: 334; 28.5% identity (61.8% similar) in 330 aa overlap (9-331:2541-2855)

                                     10        20        30        
pF1KB8                       MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSG
                                     :.::: . :  .:  ..:: ::  : .:::
NP_001 APTTSTTSASTTSTTSGAGTTPSPVPTTSTTSAPTTSTT--SAPISSTTSATTTS-TTSG
             2520      2530      2540        2550      2560        

       40        50        60         70        80        90       
pF1KB8 TGGFNFGAPFQPATSTPSTGLFSLATQTP-ATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKL
        :     .:   .::.:.:.  :    :: :. ::..: . .: ....   :   ...  
NP_001 PGTTPSPVPTTSTTSAPTTSTTSGPGTTPSAVPTTSITSAPTTSTNSAPISSTTSATTTS
      2570      2580      2590      2600      2610      2620       

       100       110       120       130       140       150       
pF1KB8 NLSNTAATPAMANPSGFGLGSSNLTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVA-PATTSG
        .:.  .::.   :    . ... :.: ....::. ::.:.     :.:.... :.:.. 
NP_001 RISGPETTPS---P----VPTASTTSASTTSTTSGPGTTPSPV---PTTSTISVPTTSTT
      2630             2640      2650      2660         2670       

        160       170       180          190       200       210   
pF1KB8 GFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSAQP---TAPATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTPTAT
       . : :. ..:. .. . :  :.. .:   :. .. : : .: : ::.  . :.. : .::
NP_001 SASTTSTTSASTTSTTSGP-GTTPSPVPTTSTTSAPTTSTTSAPTTSTISAPTTSTTSAT
      2680      2690       2700      2710      2720      2730      

           220       230       240       250       260       270   
pF1KB8 ITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLCTPVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTST
        :::  .     ..:::.:. .. .  :  .:. . :..:   ...:: ...  : ::::
NP_001 TTSTTSAPTPRRTSAPTTSTISASTTSTTSATTTSTTSATTTSTISAPTTSTTLSPTTST
       2740      2750      2760      2770      2780      2790      

           280         290       300       310       320       330 
pF1KB8 AATATATTTTS--SSTTGFALNLKPLAPAGIPSNTAAAVTAPPGPGAAAGAAASSAMTYA
       ..:. ..::..  ::::.   .    ::.   .... ..:. : : ... .: ... : :
NP_001 TSTTITSTTSAPISSTTSTPQTSTTSAPT-TSTTSGPGTTSSPVPTTSTTSAPTTSTTSA
       2800      2810      2820       2830      2840      2850     

             340       350       360       370       380       390 
pF1KB8 QLESLINKWSLELEDQERHFLQQATQVNAWDRTLIENGEKITSLHREVEKVKLDQKRLDQ
                                                                   
NP_001 PTTRTTSVPTSSTTSTATTSTTSGPGTTPSPVPTTSTTSAPTTRTTSAPTTSTTSAPTTS
        2860      2870      2880      2890      2900      2910     




522 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Sat Nov  5 01:34:02 2016 done: Sat Nov  5 01:34:04 2016
 Total Scan time: 11.910 Total Display time:  0.060

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com