Result of FASTA (omim) for
pF1KB7012
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7012, 1040 aa
1>>>pF1KB7012 1040 - 1040 aa - 1040 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.7586+/-0.000508; mu= -0.6948+/- 0.031
mean_var=312.0514+/-64.521, 0's: 0 Z-trim(116.6): 656 B-trim: 33 in 1/57
Lambda= 0.072604
statistics sampled from 27126 (27910) to 27126 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.652), E-opt: 0.2 (0.327), width: 16
Scan time: 14.310
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001333012 (OMIM: 190197,615400) contactin-2 pre (1040) 6996 748.3 5.2e-215
NP_005067 (OMIM: 190197,615400) contactin-2 precur (1040) 6996 748.3 5.2e-215
XP_016857687 (OMIM: 190197,615400) PREDICTED: cont (1187) 6777 725.4 4.6e-208
XP_016857688 (OMIM: 190197,615400) PREDICTED: cont (1182) 6638 710.8 1.1e-203
XP_016874313 (OMIM: 600016,612540) PREDICTED: cont (1015) 3371 368.5 1e-100
XP_016874310 (OMIM: 600016,612540) PREDICTED: cont (1015) 3371 368.5 1e-100
XP_016874312 (OMIM: 600016,612540) PREDICTED: cont (1015) 3371 368.5 1e-100
XP_016874311 (OMIM: 600016,612540) PREDICTED: cont (1015) 3371 368.5 1e-100
XP_005268708 (OMIM: 600016,612540) PREDICTED: cont (1018) 3362 367.6 2e-100
XP_011536228 (OMIM: 600016,612540) PREDICTED: cont (1018) 3362 367.6 2e-100
XP_011536229 (OMIM: 600016,612540) PREDICTED: cont (1018) 3362 367.6 2e-100
NP_001834 (OMIM: 600016,612540) contactin-1 isofor (1018) 3362 367.6 2e-100
XP_006719304 (OMIM: 600016,612540) PREDICTED: cont (1018) 3362 367.6 2e-100
NP_778203 (OMIM: 600016,612540) contactin-1 isofor (1007) 3356 367.0 3e-100
XP_005264814 (OMIM: 601325) PREDICTED: contactin-3 (1028) 3084 338.5 1.2e-91
NP_065923 (OMIM: 601325) contactin-3 precursor [Ho (1028) 3084 338.5 1.2e-91
XP_011532070 (OMIM: 601325) PREDICTED: contactin-3 (1028) 3084 338.5 1.2e-91
XP_016861996 (OMIM: 601325) PREDICTED: contactin-3 (1028) 3084 338.5 1.2e-91
NP_780775 (OMIM: 607219) contactin-5 isoform 2 pre (1026) 3057 335.7 8.2e-91
XP_011541173 (OMIM: 607219) PREDICTED: contactin-5 (1026) 3057 335.7 8.2e-91
XP_016873415 (OMIM: 607219) PREDICTED: contactin-5 (1100) 3054 335.4 1.1e-90
NP_055176 (OMIM: 607219) contactin-5 isoform 1 pre (1100) 3054 335.4 1.1e-90
NP_001230199 (OMIM: 607219) contactin-5 isoform 1 (1100) 3054 335.4 1.1e-90
XP_011531733 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1015) 3050 334.9 1.4e-90
XP_016861272 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1026) 3050 334.9 1.4e-90
XP_011531729 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1026) 3050 334.9 1.4e-90
XP_011531728 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1026) 3050 334.9 1.4e-90
XP_011531730 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1026) 3050 334.9 1.4e-90
NP_001193884 (OMIM: 607280) contactin-4 isoform a (1026) 3050 334.9 1.4e-90
XP_011531727 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1026) 3050 334.9 1.4e-90
NP_783200 (OMIM: 607280) contactin-4 isoform a pre (1026) 3050 334.9 1.4e-90
XP_016861273 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1026) 3050 334.9 1.4e-90
XP_016861271 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1026) 3050 334.9 1.4e-90
XP_011531731 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1026) 3050 334.9 1.4e-90
XP_011531732 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1026) 3050 334.9 1.4e-90
XP_006713067 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1025) 3038 333.7 3.3e-90
XP_016861275 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1025) 3038 333.7 3.3e-90
XP_016861276 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1025) 3038 333.7 3.3e-90
XP_016861274 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1025) 3038 333.7 3.3e-90
XP_016861997 (OMIM: 601325) PREDICTED: contactin-3 ( 970) 2979 327.5 2.3e-88
XP_016861660 (OMIM: 607220) PREDICTED: contactin-6 (1028) 2912 320.5 3.1e-86
NP_001276009 (OMIM: 607220) contactin-6 isoform 1 (1028) 2912 320.5 3.1e-86
XP_005265115 (OMIM: 607220) PREDICTED: contactin-6 (1028) 2912 320.5 3.1e-86
NP_055276 (OMIM: 607220) contactin-6 isoform 1 pre (1028) 2912 320.5 3.1e-86
XP_011531892 (OMIM: 607220) PREDICTED: contactin-6 (1028) 2912 320.5 3.1e-86
XP_016861661 (OMIM: 607220) PREDICTED: contactin-6 (1028) 2912 320.5 3.1e-86
XP_016861663 (OMIM: 607220) PREDICTED: contactin-6 ( 956) 2762 304.7 1.6e-81
NP_001276010 (OMIM: 607220) contactin-6 isoform 2 ( 956) 2762 304.7 1.6e-81
XP_011531893 (OMIM: 607220) PREDICTED: contactin-6 ( 956) 2762 304.7 1.6e-81
NP_001230200 (OMIM: 607219) contactin-5 isoform 3 ( 911) 2653 293.3 4.1e-78
>>NP_001333012 (OMIM: 190197,615400) contactin-2 precurs (1040 aa)
initn: 6996 init1: 6996 opt: 6996 Z-score: 3981.1 bits: 748.3 E(85289): 5.2e-215
Smith-Waterman score: 6996; 99.9% identity (99.9% similar) in 1040 aa overlap (1-1040:1-1040)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MGTATRRKPHLLLVAAVALVSSSAWSSALGSQTTFGPVFEDQPLSVLFPEESTEEQVLLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MGTATRRKPHLLLVAAVALVSSSAWSSALGSQTTFGPVFEDQPLSVLFPEESTEEQVLLA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 CRARASPPATYRWKMNGTEMKLEPGSRHQLVGGNLVIMNPTKAQDAGVYQCLASNPVGTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CRARASPPATYRWKMNGTEMKLEPGSRHQLVGGNLVIMNPTKAQDAGVYQCLASNPVGTV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 VSREAILRFGFLQEFSKEERDPVKAHEGWGVMLPCNPPAHYPGLSYRWLLNEFPNFIPTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VSREAILRFGFLQEFSKEERDPVKAHEGWGVMLPCNPPAHYPGLSYRWLLNEFPNFIPTD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 GRHFVSQTTGNLYIARTNASDLGNYSCLATSHMDFSTKSVFSKFAQLNLAAEDTRLFAPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GRHFVSQTTGNLYIARTNASDLGNYSCLATSHMDFSTKSVFSKFAQLNLAAEDTRLFAPS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 IKARFPAETYALVGQQVTLECFAFGNPVPRIKWRKVDGSLSPQWTTAEPTLQIPSVSFED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IKARFPAETYALVGQQVTLECFAFGNPVPRIKWRKVDGSLSPQWTTAEPTLQIPSVSFED
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 EGTYECEAENSKGRDTVQGRIIVQAQPEWLKVISDTEADIGSNLRWGCAAAGKPRPTVRW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EGTYECEAENSKGRDTVQGRIIVQAQPEWLKVISDTEADIGSNLRWGCAAAGKPRPTVRW
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 LRNGELLASQNRVEVLAGDLRFSKLSLEDSGMYQCVAENKHGTIYASAELAVQALAPDFR
::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LRNGEPLASQNRVEVLAGDLRFSKLSLEDSGMYQCVAENKHGTIYASAELAVQALAPDFR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 LNPVRRLIPAARGGEILIPCQPRAAPKAVVLWSKGTEILVNSSRVTVTPDGTLIIRNISR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LNPVRRLIPAARGGEILIPCQPRAAPKAVVLWSKGTEILVNSSRVTVTPDGTLIIRNISR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 SDEGKYTCFAENFMGKANSTGILSVRDATKITLAPSSADINLGDNLTLQCHASHDPTMDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SDEGKYTCFAENFMGKANSTGILSVRDATKITLAPSSADINLGDNLTLQCHASHDPTMDL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 TFTWTLDDFPIDFDKPGGHYRRTNVKETIGDLTILNAQLRHGGKYTCMAQTVVDSASKEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TFTWTLDDFPIDFDKPGGHYRRTNVKETIGDLTILNAQLRHGGKYTCMAQTVVDSASKEA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 TVLVRGPPGPPGGVVVRDIGDTTIQLSWSRGFDNHSPIAKYTLQARTPPAGKWKQVRTNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TVLVRGPPGPPGGVVVRDIGDTTIQLSWSRGFDNHSPIAKYTLQARTPPAGKWKQVRTNP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 ANIEGNAETAQVLGLTPWMDYEFRVIASNILGTGEPSGPSSKIRTREAAPSVAPSGLSGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ANIEGNAETAQVLGLTPWMDYEFRVIASNILGTGEPSGPSSKIRTREAAPSVAPSGLSGG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 GGAPGELIVNWTPMSREYQNGDGFGYLLSFRRQGSTHWQTARVPGADAQYFVYSNESVRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GGAPGELIVNWTPMSREYQNGDGFGYLLSFRRQGSTHWQTARVPGADAQYFVYSNESVRP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 YTPFEVKIRSYNRRGDGPESLTALVYSAEEEPRVAPTKVWAKGVSSSEMNVTWEPVQQDM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YTPFEVKIRSYNRRGDGPESLTALVYSAEEEPRVAPTKVWAKGVSSSEMNVTWEPVQQDM
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB7 NGILLGYEIRYWKAGDKEAAADRVRTAGLDTSARVSGLHPNTKYHVTVRAYNRAGTGPAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NGILLGYEIRYWKAGDKEAAADRVRTAGLDTSARVSGLHPNTKYHVTVRAYNRAGTGPAS
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB7 PSANATTMKPPPRRPPGNISWTFSSSSLSIKWDPVVPFRNESAVTGYKMLYQNDLHLTPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSANATTMKPPPRRPPGNISWTFSSSSLSIKWDPVVPFRNESAVTGYKMLYQNDLHLTPT
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB7 LHLTGKNWIEIPVPEDIGHALVQIRTTGPGGDGIPAEVHIVRNGGTSMMVENMAVRPAPH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LHLTGKNWIEIPVPEDIGHALVQIRTTGPGGDGIPAEVHIVRNGGTSMMVENMAVRPAPH
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040
pF1KB7 PGTVISHSVAMLILIGSLEL
::::::::::::::::::::
NP_001 PGTVISHSVAMLILIGSLEL
1030 1040
>>NP_005067 (OMIM: 190197,615400) contactin-2 precursor (1040 aa)
initn: 6996 init1: 6996 opt: 6996 Z-score: 3981.1 bits: 748.3 E(85289): 5.2e-215
Smith-Waterman score: 6996; 99.9% identity (99.9% similar) in 1040 aa overlap (1-1040:1-1040)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MGTATRRKPHLLLVAAVALVSSSAWSSALGSQTTFGPVFEDQPLSVLFPEESTEEQVLLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MGTATRRKPHLLLVAAVALVSSSAWSSALGSQTTFGPVFEDQPLSVLFPEESTEEQVLLA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 CRARASPPATYRWKMNGTEMKLEPGSRHQLVGGNLVIMNPTKAQDAGVYQCLASNPVGTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 CRARASPPATYRWKMNGTEMKLEPGSRHQLVGGNLVIMNPTKAQDAGVYQCLASNPVGTV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 VSREAILRFGFLQEFSKEERDPVKAHEGWGVMLPCNPPAHYPGLSYRWLLNEFPNFIPTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 VSREAILRFGFLQEFSKEERDPVKAHEGWGVMLPCNPPAHYPGLSYRWLLNEFPNFIPTD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 GRHFVSQTTGNLYIARTNASDLGNYSCLATSHMDFSTKSVFSKFAQLNLAAEDTRLFAPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 GRHFVSQTTGNLYIARTNASDLGNYSCLATSHMDFSTKSVFSKFAQLNLAAEDTRLFAPS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 IKARFPAETYALVGQQVTLECFAFGNPVPRIKWRKVDGSLSPQWTTAEPTLQIPSVSFED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 IKARFPAETYALVGQQVTLECFAFGNPVPRIKWRKVDGSLSPQWTTAEPTLQIPSVSFED
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 EGTYECEAENSKGRDTVQGRIIVQAQPEWLKVISDTEADIGSNLRWGCAAAGKPRPTVRW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 EGTYECEAENSKGRDTVQGRIIVQAQPEWLKVISDTEADIGSNLRWGCAAAGKPRPTVRW
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 LRNGELLASQNRVEVLAGDLRFSKLSLEDSGMYQCVAENKHGTIYASAELAVQALAPDFR
::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LRNGEPLASQNRVEVLAGDLRFSKLSLEDSGMYQCVAENKHGTIYASAELAVQALAPDFR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 LNPVRRLIPAARGGEILIPCQPRAAPKAVVLWSKGTEILVNSSRVTVTPDGTLIIRNISR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LNPVRRLIPAARGGEILIPCQPRAAPKAVVLWSKGTEILVNSSRVTVTPDGTLIIRNISR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 SDEGKYTCFAENFMGKANSTGILSVRDATKITLAPSSADINLGDNLTLQCHASHDPTMDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 SDEGKYTCFAENFMGKANSTGILSVRDATKITLAPSSADINLGDNLTLQCHASHDPTMDL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 TFTWTLDDFPIDFDKPGGHYRRTNVKETIGDLTILNAQLRHGGKYTCMAQTVVDSASKEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 TFTWTLDDFPIDFDKPGGHYRRTNVKETIGDLTILNAQLRHGGKYTCMAQTVVDSASKEA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 TVLVRGPPGPPGGVVVRDIGDTTIQLSWSRGFDNHSPIAKYTLQARTPPAGKWKQVRTNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 TVLVRGPPGPPGGVVVRDIGDTTIQLSWSRGFDNHSPIAKYTLQARTPPAGKWKQVRTNP
610 620 630 640 650 660
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pF1KB7 ANIEGNAETAQVLGLTPWMDYEFRVIASNILGTGEPSGPSSKIRTREAAPSVAPSGLSGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 ANIEGNAETAQVLGLTPWMDYEFRVIASNILGTGEPSGPSSKIRTREAAPSVAPSGLSGG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 GGAPGELIVNWTPMSREYQNGDGFGYLLSFRRQGSTHWQTARVPGADAQYFVYSNESVRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 GGAPGELIVNWTPMSREYQNGDGFGYLLSFRRQGSTHWQTARVPGADAQYFVYSNESVRP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 YTPFEVKIRSYNRRGDGPESLTALVYSAEEEPRVAPTKVWAKGVSSSEMNVTWEPVQQDM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 YTPFEVKIRSYNRRGDGPESLTALVYSAEEEPRVAPTKVWAKGVSSSEMNVTWEPVQQDM
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB7 NGILLGYEIRYWKAGDKEAAADRVRTAGLDTSARVSGLHPNTKYHVTVRAYNRAGTGPAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 NGILLGYEIRYWKAGDKEAAADRVRTAGLDTSARVSGLHPNTKYHVTVRAYNRAGTGPAS
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB7 PSANATTMKPPPRRPPGNISWTFSSSSLSIKWDPVVPFRNESAVTGYKMLYQNDLHLTPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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