Result of FASTA (ccds) for pF1KB7179
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7179, 479 aa
  1>>>pF1KB7179 479 - 479 aa - 479 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5968+/-0.00109; mu= 16.1216+/- 0.065
 mean_var=68.5472+/-14.111, 0's: 0 Z-trim(102.6): 79  B-trim: 37 in 1/49
 Lambda= 0.154910
 statistics sampled from 6932 (7011) to 6932 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.582), E-opt: 0.2 (0.215), width:  16
 Scan time:  2.670

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4         ( 479) 3225 730.3 1.1e-210
CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11       ( 450) 1560 358.2 1.1e-98
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8          ( 494) 1137 263.6 3.3e-70
CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15        ( 502) 1070 248.7 1.1e-65
CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15        ( 531) 1051 244.4 2.2e-64
CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15        ( 489) 1020 237.5 2.5e-62
CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15        ( 505) 1020 237.5 2.5e-62
CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20        ( 627)  999 232.8 7.9e-61
CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8         ( 479)  988 230.3 3.4e-60
CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2          ( 457)  971 226.5 4.6e-59
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8          ( 529)  971 226.6 5.2e-59
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15        ( 498)  964 225.0 1.5e-58
CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1          ( 502)  949 221.6 1.5e-57
CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15        ( 468)  936 218.7 1.1e-56
CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8         ( 514)  895 209.6 6.6e-54
CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8          ( 458)  884 207.1 3.3e-53
CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2         ( 482)  835 196.1 6.8e-50
CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15     ( 412)  749 176.9 3.6e-44
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11         ( 463)  730 172.7 7.6e-43
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11          ( 484)  730 172.7 7.9e-43
CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11          ( 516)  623 148.8 1.3e-35
CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3        ( 456)  585 140.3 4.2e-33
CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3         ( 471)  585 140.3 4.4e-33
CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3         ( 447)  570 136.9 4.3e-32
CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15     ( 321)  563 135.3 9.5e-32
CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11          ( 441)  509 123.3 5.4e-28
CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2          ( 517)  507 122.9 8.4e-28
CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3        ( 441)  501 121.5 1.8e-27
CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3        ( 456)  501 121.5 1.9e-27
CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17         ( 493)  463 113.0 7.3e-25
CCDS58871.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3        ( 482)  426 104.7 2.2e-22
CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17        ( 501)  416 102.5 1.1e-21
CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2           ( 517)  409 101.0 3.3e-21
CCDS76786.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15        ( 160)  338 84.9 7.1e-17
CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5          ( 474)  339 85.3 1.6e-16
CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5          ( 512)  336 84.6 2.7e-16
CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4          ( 474)  334 84.2 3.4e-16
CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 473)  318 80.6   4e-15
CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 473)  318 80.6   4e-15
CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4          ( 451)  313 79.5 8.4e-15
CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4            ( 497)  310 78.8 1.5e-14
CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1             ( 452)  307 78.1 2.1e-14
CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2          ( 502)  305 77.7 3.2e-14
CCDS43980.2 GLRA4 gene_id:441509|Hs108|chrX        ( 417)  302 77.0 4.3e-14
CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX          ( 452)  302 77.0 4.6e-14
CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX          ( 452)  302 77.0 4.6e-14
CCDS58392.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15        ( 231)  298 76.0 4.8e-14
CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4         ( 511)  300 76.6   7e-14
CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX         ( 632)  301 76.9 7.2e-14
CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5           ( 440)  296 75.7 1.1e-13


>>CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4              (479 aa)
 initn: 3225 init1: 3225 opt: 3225  Z-score: 3896.0  bits: 730.3 E(32554): 1.1e-210
Smith-Waterman score: 3225; 100.0% identity (100.0% similar) in 479 aa overlap (1-479:1-479)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MNWSHSCISFCWIYFAASRLRAAETADGKYAQKLFNDLFEDYSNALRPVEDTDKVLNVTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MNWSHSCISFCWIYFAASRLRAAETADGKYAQKLFNDLFEDYSNALRPVEDTDKVLNVTL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 QITLSQIKDMDERNQILTAYLWIRQIWHDAYLTWDRDQYDGLDSIRIPSDLVWRPDIVLY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 QITLSQIKDMDERNQILTAYLWIRQIWHDAYLTWDRDQYDGLDSIRIPSDLVWRPDIVLY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 NKADDESSEPVNTNVVLRYDGLITWDAPAITKSSCVVDVTYFPFDNQQCNLTFGSWTYNG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NKADDESSEPVNTNVVLRYDGLITWDAPAITKSSCVVDVTYFPFDNQQCNLTFGSWTYNG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 NQVDIFNALDSGDLSDFIEDVEWEVHGMPAVKNVISYGCCSEPYPDVTFTLLLKRRSSFY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NQVDIFNALDSGDLSDFIEDVEWEVHGMPAVKNVISYGCCSEPYPDVTFTLLLKRRSSFY
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 IVNLLIPCVLISFLAPLSFYLPAASGEKVSLGVTILLAMTVFQLMVAEIMPASENVPLIG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 IVNLLIPCVLISFLAPLSFYLPAASGEKVSLGVTILLAMTVFQLMVAEIMPASENVPLIG
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 KYYIATMALITASTALTIMVMNIHFCGAEARPVPHWARVVILKYMSRVLFVYDVGESCLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KYYIATMALITASTALTIMVMNIHFCGAEARPVPHWARVVILKYMSRVLFVYDVGESCLS
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 PHHSRERDHLTKVYSKLPESNLKAARNKDLSRKKDMNKRLKNDLGCQGKNPQEAESYCAQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PHHSRERDHLTKVYSKLPESNLKAARNKDLSRKKDMNKRLKNDLGCQGKNPQEAESYCAQ
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470         
pF1KB7 YKVLTRNIEYIAKCLKDHKATNSKGSEWKKVAKVIDRFFMWIFFIMVFVMTILIIARAD
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 YKVLTRNIEYIAKCLKDHKATNSKGSEWKKVAKVIDRFFMWIFFIMVFVMTILIIARAD
              430       440       450       460       470         

>>CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11            (450 aa)
 initn: 1707 init1: 1540 opt: 1560  Z-score: 1885.4  bits: 358.2 E(32554): 1.1e-98
Smith-Waterman score: 1668; 55.4% identity (77.5% similar) in 453 aa overlap (26-478:25-449)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MNWSHSCISFCWIYFAASRLRAAETADGKYAQKLFNDLFEDYSNALRPVEDTDKVLNVTL
                                :.:. : ::: ::: .:..::::: :::..:::::
CCDS77  MGLRSHHLSLGLLLLFLLPAECLGAEGRLALKLFRDLFANYTSALRPVADTDQTLNVTL
                10        20        30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 QITLSQIKDMDERNQILTAYLWIRQIWHDAYLTWDRDQYDGLDSIRIPSDLVWRPDIVLY
       ..::::: :::::::.:: :::::: : :::: :: . : :::.:::::.::::::::::
CCDS77 EVTLSQIIDMDERNQVLTLYLWIRQEWTDAYLRWDPNAYGGLDAIRIPSSLVWRPDIVLY
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 NKADDESSEPVNTNVVLRYDGLITWDAPAITKSSCVVDVTYFPFDNQQCNLTFGSWTYNG
       :::: .    ..::::::.:: . :::::::.::: :::. :::: :.:.:::::::..:
CCDS77 NKADAQPPGSASTNVVLRHDGAVRWDAPAITRSSCRVDVAAFPFDAQHCGLTFGSWTHGG
     120       130       140       150       160       170         

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 NQVDIFNALDSGDLSDFIEDVEWEVHGMPAVKNVISYGCCSEPYPDVTFTLLLKRRSSFY
       .:.:.     ...:.::.:.:::.: :::: . :..:::::::::::::::::.::.. :
CCDS77 HQLDVRPRGAAASLADFVENVEWRVLGMPARRRVLTYGCCSEPYPDVTFTLLLRRRAAAY
     180       190       200       210       220       230         

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 IVNLLIPCVLISFLAPLSFYLPAASGEKVSLGVTILLAMTVFQLMVAEIMPASENVPLIG
       . :::.::::::.::::.:.::: ::::::::::.:::.:::::..:: :: .:.:::::
CCDS77 VCNLLLPCVLISLLAPLAFHLPADSGEKVSLGVTVLLALTVFQLLLAESMPPAESVPLIG
     240       250       260       270       280       290         

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 KYYIATMALITASTALTIMVMNIHFCGAEARPVPHWARVVILKYMSRVLFVYDVGESCLS
       :::.:::...: ::::::..::.:.::  .:::: :::...: ...: : : . :: :  
CCDS77 KYYMATMTMVTFSTALTILIMNLHYCGPSVRPVPAWARALLLGHLARGLCVRERGEPC--
     300       310       320       330       340       350         

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 PHHSRERDHLTKVYSKLPESNLKAARNKDLSRKKDMNKRLKNDLGCQGKNPQEAESYCAQ
         .::  .      :  :.:   .:                   :  .   .: .  : :
CCDS77 -GQSRPPE-----LSPSPQSPEGGA-------------------GPPAGPCHEPRCLCRQ
        360            370                          380       390  

              430       440       450       460       470         
pF1KB7 YKVLTRNIEYIAKCLKDHKATNSKGSEWKKVAKVIDRFFMWIFFIMVFVMTILIIARAD
        ..: ...  ::. ...:.:..    .::..:.:.::::. ::: :..::..:....: 
CCDS77 -EALLHHVATIANTFRSHRAAQRCHEDWKRLARVMDRFFLAIFFSMALVMSLLVLVQAL
             400       410       420       430       440       450

>>CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8               (494 aa)
 initn: 1150 init1: 901 opt: 1137  Z-score: 1373.9  bits: 263.6 E(32554): 3.3e-70
Smith-Waterman score: 1137; 36.9% identity (71.6% similar) in 447 aa overlap (32-468:35-477)

              10        20        30        40        50        60 
pF1KB7 NWSHSCISFCWIYFAASRLRAAETADGKYAQKLFNDLFEDYSNALRPVEDTDKVLNVTLQ
                                     ..::. ::  :.. .::::...  ..: ..
CCDS61 KGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLFSHYNQFIRPVENVSDPVTVHFE
           10        20        30        40        50        60    

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       ....:. ..:: :::. . ::.:.::.:  : ::  .:::....:.:.: .:.:::::::
CCDS61 VAITQLANVDEVNQIMETNLWLRHIWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKPDIVLYN
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pF1KB7 KADDESSEPVNTNVVLRYDGLITWDAPAITKSSCVVDVTYFPFDNQQCNLTFGSWTYNGN
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CCDS61 NAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGSWTYDKA
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pF1KB7 QVDIFNALDSGDLSDFIEDVEWEVHGMPAVKNVISYGCCSEPYPDVTFTLLLKRRSSFYI
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CCDS61 EIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDITYSFYIRRLPMFYT
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pF1KB7 VNLLIPCVLISFLAPLSFYLPAASGEKVSLGVTILLAMTVFQLMVAEIMPA-SENVPLIG
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CCDS61 INLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVVPLVG
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pF1KB7 KYYIATMALITASTALTIMVMNIHFCGAEARPVPHWARVVILKYMSRVLFVYDVGESCLS
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CCDS61 EYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFLKLLPQVLLM----RWPLD
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pF1KB7 PHHSRERDHLTKVYSKLPESNLKAARNKDLSRKKDMNKRLKNDLGCQGK----NPQ----
         ..   : . .  .. : ..  :....    :. .. . .:.:. . .    .:     
CCDS61 KTRGTGSDAVPRGLARRPAKGKLASHGEPRHLKECFHCHKSNELATSKRRLSHQPLQWVV
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pF1KB7 EAESYCAQYKVLTRNIEYIAKCLKDHKATNSKGSEWKKVAKVIDRFFMWIFFIM-VFVMT
       :   .  . . .  ....::. .:.:. :.   ..:: :: :.:: :.:.:.:. ::   
CCDS61 ENSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMVVDRVFLWVFIIVCVFGTA
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pF1KB7 ILIIARAD      
                     
CCDS61 GLFLQPLLGNTGKS
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>>CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15             (502 aa)
 initn: 1111 init1: 490 opt: 1070  Z-score: 1292.8  bits: 248.7 E(32554): 1.1e-65
Smith-Waterman score: 1115; 37.6% identity (69.9% similar) in 489 aa overlap (12-478:9-490)

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pF1KB7 MNWSHSCISFCWIYFAASRLRAAETADGKYAQKLFNDLFEDYSNALRPVEDTDKVLNVTL
                  :. .::: :..  . .:.. .::...: ..:.   ::: . .. :.: .
CCDS10    MRCSPGGVWLALAASLLHV--SLQGEFQRKLYKELVKNYNPLERPVANDSQPLTVYF
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pF1KB7 QITLSQIKDMDERNQILTAYLWIRQIWHDAYLTWDRDQYDGLDSIRIPSDLVWRPDIVLY
       ...: :: :.::.::.::. .:... : : :: :. ..: :. ..:.:.  .:.:::.::
CCDS10 SLSLLQIMDVDEKNQVLTTNIWLQMSWTDHYLQWNVSEYPGVKTVRFPDGQIWKPDILLY
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pF1KB7 NKADDESSEPVNTNVVLRYDGLITWDAPAITKSSCVVDVTYFPFDNQQCNLTFGSWTYNG
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CCDS10 NSADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFKSSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGG
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pF1KB7 NQVDIFNALDSGDLSDFIEDVEWEVHGMPAVKNVISYGCCSEPYPDVTFTLLLKRRSSFY
        ..:.   .. .:.: .: . ::.. :.:. ..   : ::.:::::::::. ..::. .:
CCDS10 WSLDL--QMQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYY
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pF1KB7 IVNLLIPCVLISFLAPLSFYLPAASGEKVSLGVTILLAMTVFQLMVAEIMPA-SENVPLI
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CCDS10 GLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLI
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pF1KB7 GKYYIATMALITASTALTIMVMNIHFCGAEARPVPHWARVVILKYMSRVLFVYDVGESCL
       ..:. .:: ..  :...:..:.. :    ..  .:.:.::..:.. .  : .   ::. .
CCDS10 AQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCAWFLRMKRPGEDKV
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pF1KB7 SP--HHSRERDHLTKV-YSKL---PESNLK----AARNKDLSR--KKDMNKRLKNDLGC-
        :  .:...:  :..: .: .   : :: .    . :. :  .      .  . . ..: 
CCDS10 RPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRGLDGVHCVPTPDSGVVCGRMACS
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pF1KB7 --------QGKNPQEAESYCAQYKVLTRNIEYIAKCLKDHKATNSKGSEWKKVAKVIDRF
               .: .: :..   :  :.: ....:::. .. .  ...  :::: .: :.::.
CCDS10 PTHDEHLLHGGQPPEGDPDLA--KIL-EEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDRL
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pF1KB7 FMWIFFIMVFVMTILIIARAD           
        .  : ..... :: :.  :            
CCDS10 CLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
              480       490       500  

>>CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15             (531 aa)
 initn: 1111 init1: 490 opt: 1051  Z-score: 1269.5  bits: 244.4 E(32554): 2.2e-64
Smith-Waterman score: 1096; 37.8% identity (70.0% similar) in 473 aa overlap (28-478:52-519)

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pF1KB7    MNWSHSCISFCWIYFAASRLRAAETADGKYAQKLFNDLFEDYSNALRPVEDTDKVLN
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CCDS53 TASPPSTPPWDPGHIPGASVRPAPGPVSLQGEFQRKLYKELVKNYNPLERPVANDSQPLT
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pF1KB7 VTLQITLSQIKDMDERNQILTAYLWIRQIWHDAYLTWDRDQYDGLDSIRIPSDLVWRPDI
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CCDS53 VYFSLSLLQIMDVDEKNQVLTTNIWLQMSWTDHYLQWNVSEYPGVKTVRFPDGQIWKPDI
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pF1KB7 VLYNKADDESSEPVNTNVVLRYDGLITWDAPAITKSSCVVDVTYFPFDNQQCNLTFGSWT
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CCDS53 LLYNSADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFKSSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWS
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pF1KB7 YNGNQVDIFNALDSGDLSDFIEDVEWEVHGMPAVKNVISYGCCSEPYPDVTFTLLLKRRS
       :.: ..:.   .. .:.: .: . ::.. :.:. ..   : ::.:::::::::. ..::.
CCDS53 YGGWSLDL--QMQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRT
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pF1KB7 SFYIVNLLIPCVLISFLAPLSFYLPAASGEKVSLGVTILLAMTVFQLMVAEIMPA-SENV
        .: .:::::::::: :: : : ::: ::::.:::.:.::..:::.:.::::::: :..:
CCDS53 LYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSV
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pF1KB7 PLIGKYYIATMALITASTALTIMVMNIHFCGAEARPVPHWARVVILKYMSRVLFVYDVGE
       :::..:. .:: ..  :...:..:.. :    ..  .:.:.::..:.. .  : .   ::
CCDS53 PLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCAWFLRMKRPGE
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pF1KB7 SCLSP--HHSRERDHLTKV-YSKL---PESNLK----AARNKDLSR--KKDMNKRLKNDL
       . . :  .:...:  :..: .: .   : :: .    . :. :  .      .  . . .
CCDS53 DKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRGLDGVHCVPTPDSGVVCGRM
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pF1KB7 GC---------QGKNPQEAESYCAQYKVLTRNIEYIAKCLKDHKATNSKGSEWKKVAKVI
       .:         .: .: :..   :  :.: ....:::. .. .  ...  :::: .: :.
CCDS53 ACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLA--KIL-EEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVV
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pF1KB7 DRFFMWIFFIMVFVMTILIIARAD           
       ::. .  : ..... :: :.  :            
CCDS53 DRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
        500       510       520       530 

>>CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15             (489 aa)
 initn: 1036 init1: 871 opt: 1020  Z-score: 1232.6  bits: 237.5 E(32554): 2.5e-62
Smith-Waterman score: 1020; 42.7% identity (75.4% similar) in 321 aa overlap (32-351:36-356)

              10        20        30        40        50        60 
pF1KB7 NWSHSCISFCWIYFAASRLRAAETADGKYAQKLFNDLFEDYSNALRPVEDTDKVLNVTLQ
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CCDS53 LSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVARASEAEHRLFERLFEDYNEIIRPVANVSDPVIIHFE
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pF1KB7 ITLSQIKDMDERNQILTAYLWIRQIWHDAYLTWDRDQYDGLDSIRIPSDLVWRPDIVLYN
       ...::.  .:: :::. . ::..:::.:  : :. ..: : . .:.:.. .:.:::::::
CCDS53 VSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKIWKPDIVLYN
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pF1KB7 KADDESSEPVNTNVVLRYDGLITWDAPAITKSSCVVDVTYFPFDNQQCNLTFGSWTYNGN
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CCDS53 NAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMKFGSWSYDKA
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pF1KB7 QVDIFNALDSGDLSDFIEDVEWEVHGMPAVKNVISYGCCSEPYPDVTFTLLLKRRSSFYI
       ..:.    .: .:.:. :. :: .   :. :. :.:.:: : :::.:..: ..:   :: 
CCDS53 KIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYSLYIRRLPLFYT
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pF1KB7 VNLLIPCVLISFLAPLSFYLPAASGEKVSLGVTILLAMTVFQLMVAEIMPA-SENVPLIG
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CCDS53 INLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVIPLIG
         250       260       270       280       290       300     

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 KYYIATMALITASTALTIMVMNIHFCGAEARPVPHWARVVILKYMSRVLFVYDVGESCLS
       .: . :: ..: : ..:..:.:.:.    .. .: :...:.:. . ::.:.         
CCDS53 EYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVFLNLLPRVMFMTRPTSNEGN
         310       320       330       340       350       360     

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 PHHSRERDHLTKVYSKLPESNLKAARNKDLSRKKDMNKRLKNDLGCQGKNPQEAESYCAQ
                                                                   
CCDS53 AQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKGCKEGYPCQDGMCGYCHHRRIKISNFSANLTRSSSS
         370       380       390       400       410       420     

>>CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15             (505 aa)
 initn: 1135 init1: 871 opt: 1020  Z-score: 1232.4  bits: 237.5 E(32554): 2.5e-62
Smith-Waterman score: 1086; 36.3% identity (68.9% similar) in 457 aa overlap (32-471:36-491)

              10        20        30        40        50        60 
pF1KB7 NWSHSCISFCWIYFAASRLRAAETADGKYAQKLFNDLFEDYSNALRPVEDTDKVLNVTLQ
                                     ..::. :::::.. .::: ...  . . ..
CCDS10 LSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVARASEAEHRLFERLFEDYNEIIRPVANVSDPVIIHFE
          10        20        30        40        50        60     

              70        80        90       100       110       120 
pF1KB7 ITLSQIKDMDERNQILTAYLWIRQIWHDAYLTWDRDQYDGLDSIRIPSDLVWRPDIVLYN
       ...::.  .:: :::. . ::..:::.:  : :. ..: : . .:.:.. .:.:::::::
CCDS10 VSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKIWKPDIVLYN
          70        80        90       100       110       120     

             130       140       150       160       170       180 
pF1KB7 KADDESSEPVNTNVVLRYDGLITWDAPAITKSSCVVDVTYFPFDNQQCNLTFGSWTYNGN
       .:  . .   .:...:.: : .::  ::: :::: .:::::::: :.:.. ::::.:.  
CCDS10 NAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMKFGSWSYDKA
         130       140       150       160       170       180     

             190       200       210       220       230       240 
pF1KB7 QVDIFNALDSGDLSDFIEDVEWEVHGMPAVKNVISYGCCSEPYPDVTFTLLLKRRSSFYI
       ..:.    .: .:.:. :. :: .   :. :. :.:.:: : :::.:..: ..:   :: 
CCDS10 KIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYSLYIRRLPLFYT
         190       200       210       220       230       240     

             250       260       270       280       290        300
pF1KB7 VNLLIPCVLISFLAPLSFYLPAASGEKVSLGVTILLAMTVFQLMVAEIMPA-SENVPLIG
       .::.:::.:::::. : ::::.  ::::.: ...::..::: :...: .:. :  .::::
CCDS10 INLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVIPLIG
         250       260       270       280       290       300     

              310       320       330       340       350          
pF1KB7 KYYIATMALITASTALTIMVMNIHFCGAEARPVPHWARVVILKYMSRVLFVY----DVGE
       .: . :: ..: : ..:..:.:.:.    .. .: :...:.:. . ::.:.     . :.
CCDS10 EYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVFLNLLPRVMFMTRPTSNEGN
         310       320       330       340       350       360     

        360        370       380        390       400        410   
pF1KB7 SCLS-PHHSRERDHLTKVYSKLPESNLKAARN-KDLSRKKDMNKRLK-NDLGCQGKNPQE
       .    : .. : ..:.  .:.   .. : .   .:       ..:.: .... .    . 
CCDS10 AQKPRPLYGAELSNLN-CFSRAESKGCKEGYPCQDGMCGYCHHRRIKISNFSANLTRSSS
         370       380        390       400       410       420    

                    420       430       440       450       460    
pF1KB7 AESYCA---------QYKVLTRNIEYIAKCLKDHKATNSKGSEWKKVAKVIDRFFMWIFF
       .::  :         . :   ....:::. .: .. ..   ..:: :: ::::.:.:.: 
CCDS10 SESVDAVLSLSALSPEIKEAIQSVKYIAENMKAQNEAKEIQDDWKYVAMVIDRIFLWVFT
          430       440       450       460       470       480    

          470               
pF1KB7 IMVFVMTILIIARAD      
       .. .. :              
CCDS10 LVCILGTAGLFLQPLMAREDA
          490       500     

>>CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20             (627 aa)
 initn: 1046 init1: 857 opt: 999  Z-score: 1205.6  bits: 232.8 E(32554): 7.9e-61
Smith-Waterman score: 999; 42.4% identity (73.7% similar) in 335 aa overlap (20-351:24-358)

                   10        20         30         40        50    
pF1KB7     MNWSHSCISFCWIYFAASRLRAAETADGK-YAQ-KLFNDLFEDYSNALRPVEDTDK
                              :::.  .. . .:. .:.. ::  :..  ::: . . 
CCDS13 MELGGPGAPRLLPPLLLLLGTGLLRASSHVETRAHAEERLLKKLFSGYNKWSRPVANISD
               10        20        30        40        50        60

           60        70        80        90       100       110    
pF1KB7 VLNVTLQITLSQIKDMDERNQILTAYLWIRQIWHDAYLTWDRDQYDGLDSIRIPSDLVWR
       :. : . ....:. :.::.::..:. .:..: :::  : ::  .:... ::::::.:.::
CCDS13 VVLVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWVKQEWHDYKLRWDPADYENVTSIRIPSELIWR
               70        80        90       100       110       120

          120       130       140       150       160       170    
pF1KB7 PDIVLYNKADDESSEPVNTNVVLRYDGLITWDAPAITKSSCVVDVTYFPFDNQQCNLTFG
       :::::::.:: . .    :.. : .:: . :  ::: :::: .:::.::::.:.:.. ::
CCDS13 PDIVLYNNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCTMKFG
              130       140       150       160       170       180

          180       190       200       210       220       230    
pF1KB7 SWTYNGNQVDIFNALDSGDLSDFIEDVEWEVHGMPAVKNVISYGCCSEPYPDVTFTLLLK
       ::::.  ..:. :  .  :  :: :. :: .    .. :. .: ::.: :::.:......
CCDS13 SWTYDKAKIDLVNMHSRVDQLDFWESGEWVIVDAVGTYNTRKYECCAEIYPDITYAFVIR
              190       200       210       220       230       240

          240       250       260       270       280       290    
pF1KB7 RRSSFYIVNLLIPCVLISFLAPLSFYLPAASGEKVSLGVTILLAMTVFQLMVAEIMPA-S
       :   :: .::.:::.::: :. : ::::.  :::..: ...::..::: :...::.:. :
CCDS13 RLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSECGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPSTS
              250       260       270       280       290       300

           300       310       320       330       340       350   
pF1KB7 ENVPLIGKYYIATMALITASTALTIMVMNIHFCGAEARPVPHWARVVILKYMSRVLFVYD
         .::::.: . :: ..: : ..:..:.:.:  . ... .: :.: :.:  . :.:..  
CCDS13 LVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPRTHTMPTWVRRVFLDIVPRLLLMKR
              310       320       330       340       350       360

           360       370       380       390       400       410   
pF1KB7 VGESCLSPHHSRERDHLTKVYSKLPESNLKAARNKDLSRKKDMNKRLKNDLGCQGKNPQE
                                                                   
CCDS13 PSVVKDNCRRLIESMHKMASAPRFWPEPEGEPPATSGTQSLHPPSPSFCVPLDVPAEPGP
              370       380       390       400       410       420

>>CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8              (479 aa)
 initn: 1071 init1: 752 opt: 988  Z-score: 1194.1  bits: 230.3 E(32554): 3.4e-60
Smith-Waterman score: 1037; 35.1% identity (68.9% similar) in 447 aa overlap (32-468:35-462)

              10        20        30        40        50        60 
pF1KB7 NWSHSCISFCWIYFAASRLRAAETADGKYAQKLFNDLFEDYSNALRPVEDTDKVLNVTLQ
                                     ..::. ::  :.. .::::...  ..: ..
CCDS56 KGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLFSHYNQFIRPVENVSDPVTVHFE
           10        20        30        40        50        60    

              70        80        90       100       110       120 
pF1KB7 ITLSQIKDMDERNQILTAYLWIRQIWHDAYLTWDRDQYDGLDSIRIPSDLVWRPDIVLYN
       ....:. ..               ::.:  : ::  .:::....:.:.: .:.:::::::
CCDS56 VAITQLANV---------------IWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKPDIVLYN
           70                       80        90       100         

             130       140       150       160       170       180 
pF1KB7 KADDESSEPVNTNVVLRYDGLITWDAPAITKSSCVVDVTYFPFDNQQCNLTFGSWTYNGN
       .:  . .   .:...:.:.:.:::  ::: :::: .:.:.::::.:.:.: ::::::.  
CCDS56 NAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGSWTYDKA
     110       120       130       140       150       160         

             190       200       210       220       230       240 
pF1KB7 QVDIFNALDSGDLSDFIEDVEWEVHGMPAVKNVISYGCCSEPYPDVTFTLLLKRRSSFYI
       ..:..   .. :..:: :. :::.    . :. :.:.:: : : :.:... ..:   :: 
CCDS56 EIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDITYSFYIRRLPMFYT
     170       180       190       200       210       220         

             250       260       270       280       290        300
pF1KB7 VNLLIPCVLISFLAPLSFYLPAASGEKVSLGVTILLAMTVFQLMVAEIMPA-SENVPLIG
       .::.:::..::::. : ::::.  ::::.: ...::..::: :...: .:. :  :::.:
CCDS56 INLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVVPLVG
     230       240       250       260       270       280         

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 KYYIATMALITASTALTIMVMNIHFCGAEARPVPHWARVVILKYMSRVLFVYDVGESCLS
       .: . :: ..: : ..:..:.:::.    .. .:.:...:.:: . .::..    .  :.
CCDS56 EYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFLKLLPQVLLM----RWPLD
     290       300       310       320       330       340         

              370       380       390       400           410      
pF1KB7 PHHSRERDHLTKVYSKLPESNLKAARNKDLSRKKDMNKRLKNDLGCQGK----NPQ----
         ..   : . .  .. : ..  :....    :. .. . .:.:. . .    .:     
CCDS56 KTRGTGSDAVPRGLARRPAKGKLASHGEPRHLKECFHCHKSNELATSKRRLSHQPLQWVV
         350       360       370       380       390       400     

            420       430       440       450       460        470 
pF1KB7 EAESYCAQYKVLTRNIEYIAKCLKDHKATNSKGSEWKKVAKVIDRFFMWIFFIM-VFVMT
       :   .  . . .  ....::. .:.:. :.   ..:: :: :.:: :.:.:.:. ::   
CCDS56 ENSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMVVDRVFLWVFIIVCVFGTA
         410       420       430       440       450       460     

                     
pF1KB7 ILIIARAD      
                     
CCDS56 GLFLQPLLGNTGKS
         470         

>>CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2               (457 aa)
 initn: 1046 init1: 586 opt: 971  Z-score: 1173.9  bits: 226.5 E(32554): 4.6e-59
Smith-Waterman score: 1045; 37.1% identity (69.1% similar) in 453 aa overlap (29-476:22-447)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MNWSHSCISFCWIYFAASRLRAAETADGKYAQKLFNDLFEDYSNALRPVEDTDKVLNVTL
                                   ..  .:   ::.:::...:::::  .:..::.
CCDS22        MEPWPLLLLFSLCSAGLVLGSEHETRLVAKLFKDYSSVVRPVEDHRQVVEVTV
                      10        20        30        40        50   

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 QITLSQIKDMDERNQILTAYLWIRQIWHDAYLTWDRDQYDGLDSIRIPSDLVWRPDIVLY
        . : :. ..:: :::.:. . ..: : :  : :. :.: :. .:.:::. .::::.:::
CCDS22 GLQLIQLINVDEVNQIVTTNVRLKQQWVDYNLKWNPDDYGGVKKIHIPSEKIWRPDLVLY
            60        70        80        90       100       110   

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 NKADDESSEPVNTNVVLRYDGLITWDAPAITKSSCVVDVTYFPFDNQQCNLTFGSWTYNG
       :.:: . .    :.:.:.: : :::  ::: :: : . ::.::::.:.:.. .:.:::.:
CCDS22 NNADGDFAIVKFTKVLLQYTGHITWTPPAIFKSYCEIIVTHFPFDEQNCSMKLGTWTYDG
           120       130       140       150       160       170   

              190       200       210       220        230         
pF1KB7 NQVDIFNALDSGDLSDFIEDVEWEVHGMPAVKNVISYGCCSE-PYPDVTFTLLLKRRSSF
       . : :    :. :::.:.:. :: ..   . :. ..:.:: . :: :.:. ....:   .
CCDS22 SVVAINPESDQPDLSNFMESGEWVIKESRGWKHSVTYSCCPDTPYLDITYHFVMQRLPLY
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