Result of FASTA (omim) for pF1KB7328
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7328, 1359 aa
  1>>>pF1KB7328 1359 - 1359 aa - 1359 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4937+/-0.000496; mu= 22.6521+/- 0.031
 mean_var=79.7763+/-16.306, 0's: 0 Z-trim(109.0): 293  B-trim: 220 in 2/50
 Lambda= 0.143594
 statistics sampled from 16761 (17084) to 16761 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.525), E-opt: 0.2 (0.2), width:  16
 Scan time: 14.940

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_150229 (OMIM: 607041) multidrug resistance-asso (1359) 8852 1844.9       0
XP_011510617 (OMIM: 605251) PREDICTED: multidrug r (1364) 1750 373.6 5.4e-102
XP_016878730 (OMIM: 158343) PREDICTED: multidrug r (1461) 1717 366.8 6.5e-100
XP_011520800 (OMIM: 158343) PREDICTED: multidrug r (1500) 1717 366.8 6.7e-100
XP_016878728 (OMIM: 158343) PREDICTED: multidrug r (1503) 1717 366.8 6.7e-100
XP_016878727 (OMIM: 158343) PREDICTED: multidrug r (1507) 1717 366.8 6.7e-100
XP_011520799 (OMIM: 158343) PREDICTED: multidrug r (1523) 1717 366.8 6.8e-100
NP_004987 (OMIM: 158343) multidrug resistance-asso (1531) 1717 366.8 6.8e-100
XP_016878726 (OMIM: 158343) PREDICTED: multidrug r (1549) 1717 366.8 6.8e-100
XP_011513285 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r (1048) 1681 359.2 8.8e-98
XP_016866944 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r (1063) 1681 359.2 8.9e-98
XP_016866943 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r (1063) 1681 359.2 8.9e-98
XP_016866941 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r (1339) 1681 359.3 1.1e-97
NP_258261 (OMIM: 612509) multidrug resistance-asso (1464) 1681 359.3 1.2e-97
NP_001185863 (OMIM: 612509) multidrug resistance-a (1492) 1681 359.3 1.2e-97
XP_016866935 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r (1507) 1681 359.3 1.2e-97
XP_016866936 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r (1507) 1681 359.3 1.2e-97
XP_011513276 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r (1543) 1681 359.3 1.2e-97
XP_016866934 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r (1558) 1681 359.3 1.2e-97
XP_011513287 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r ( 841) 1574 337.0 3.5e-91
XP_016866945 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r ( 841) 1574 337.0 3.5e-91
XP_011513288 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r ( 841) 1574 337.0 3.5e-91
NP_001162 (OMIM: 177850,264800,603234,614473) mult (1503) 1529 327.8 3.5e-88
XP_016878702 (OMIM: 177850,264800,603234,614473) P (1389) 1528 327.6 3.8e-88
XP_011520782 (OMIM: 177850,264800,603234,614473) P (1389) 1528 327.6 3.8e-88
XP_011520783 (OMIM: 177850,264800,603234,614473) P (1389) 1528 327.6 3.8e-88
NP_064693 (OMIM: 239850,601439,608569,614050) ATP- (1549) 1454 312.3 1.7e-83
XP_005253341 (OMIM: 239850,601439,608569,614050) P (1549) 1454 312.3 1.7e-83
XP_005253345 (OMIM: 239850,601439,608569,614050) P (1549) 1454 312.3 1.7e-83
XP_011518847 (OMIM: 239850,601439,608569,614050) P (1549) 1454 312.3 1.7e-83
XP_005253343 (OMIM: 239850,601439,608569,614050) P (1549) 1454 312.3 1.7e-83
XP_016875810 (OMIM: 605250) PREDICTED: multidrug r ( 820) 1432 307.6 2.5e-82
XP_011521700 (OMIM: 117800,607040) PREDICTED: ATP- ( 759) 1419 304.9 1.5e-81
XP_011521699 (OMIM: 117800,607040) PREDICTED: ATP- (1063) 1419 305.0   2e-81
XP_016879291 (OMIM: 117800,607040) PREDICTED: ATP- (1063) 1419 305.0   2e-81
XP_016879290 (OMIM: 117800,607040) PREDICTED: ATP- (1346) 1419 305.0 2.3e-81
XP_016879286 (OMIM: 117800,607040) PREDICTED: ATP- (1382) 1419 305.0 2.4e-81
XP_016879285 (OMIM: 117800,607040) PREDICTED: ATP- (1382) 1419 305.0 2.4e-81
XP_016879287 (OMIM: 117800,607040) PREDICTED: ATP- (1382) 1419 305.0 2.4e-81
XP_016879288 (OMIM: 117800,607040) PREDICTED: ATP- (1382) 1419 305.0 2.4e-81
XP_016879284 (OMIM: 117800,607040) PREDICTED: ATP- (1382) 1419 305.0 2.4e-81
NP_115972 (OMIM: 117800,607040) ATP-binding casset (1382) 1419 305.0 2.4e-81
XP_016879289 (OMIM: 117800,607040) PREDICTED: ATP- (1382) 1419 305.0 2.4e-81
NP_149163 (OMIM: 117800,607040) ATP-binding casset (1382) 1419 305.0 2.4e-81
XP_016866937 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r (1501) 1412 303.6   7e-81
XP_016866938 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r (1501) 1412 303.6   7e-81
NP_005682 (OMIM: 239850,601439,608569,614050) ATP- (1549) 1406 302.4 1.7e-80
XP_005253344 (OMIM: 239850,601439,608569,614050) P (1549) 1406 302.4 1.7e-80
XP_016878729 (OMIM: 158343) PREDICTED: multidrug r (1490) 1386 298.2 2.9e-79
XP_016873693 (OMIM: 125853,240800,256450,600509,60 ( 900) 1366 293.9 3.5e-78


>>NP_150229 (OMIM: 607041) multidrug resistance-associat  (1359 aa)
 initn: 8852 init1: 8852 opt: 8852  Z-score: 9903.5  bits: 1844.9 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 8852; 100.0% identity (100.0% similar) in 1359 aa overlap (1-1359:1-1359)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MVGEGPYLISDLDQRGRRRSFAERYDPSLKTMIPVRPCARLAPNPVDDAGLLSFATFSWL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 MVGEGPYLISDLDQRGRRRSFAERYDPSLKTMIPVRPCARLAPNPVDDAGLLSFATFSWL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 TPVMVKGYRQRLTVDTLPPLSTYDSSDTNAKRFRVLWDEEVARVGPEKASLSHVVWKFQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 TPVMVKGYRQRLTVDTLPPLSTYDSSDTNAKRFRVLWDEEVARVGPEKASLSHVVWKFQR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 TRVLMDIVANILCIIMAAIGPVILIHQILQQTERTSGKVWVGIGLCIALFATEFTKVFFW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 TRVLMDIVANILCIIMAAIGPVILIHQILQQTERTSGKVWVGIGLCIALFATEFTKVFFW
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 ALAWAINYRTAIRLKVALSTLVFENLVSFKTLTHISVGEVLNILSSDSYSLFEAALFCPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 ALAWAINYRTAIRLKVALSTLVFENLVSFKTLTHISVGEVLNILSSDSYSLFEAALFCPL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 PATIPILMVFCAAYAFFILGPTALIGISVYVIFIPVQMFMAKLNSAFRRSAILVTDKRVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 PATIPILMVFCAAYAFFILGPTALIGISVYVIFIPVQMFMAKLNSAFRRSAILVTDKRVQ
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 TMNEFLTCIRLIKMYAWEKSFTNTIQDIRRRERKLLEKAGFVQSGNSALAPIVSTIAIVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 TMNEFLTCIRLIKMYAWEKSFTNTIQDIRRRERKLLEKAGFVQSGNSALAPIVSTIAIVL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 TLSCHILLRRKLTAPVAFSVIAMFNVMKFSIAILPFSIKAMAEANVSLRRMKKILIDKSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 TLSCHILLRRKLTAPVAFSVIAMFNVMKFSIAILPFSIKAMAEANVSLRRMKKILIDKSP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB7 PSYITQPEDPDTVLLLANATLTWEHEASRKSTPKKLQNQKRHLCKKQRSEAYSERSPPAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 PSYITQPEDPDTVLLLANATLTWEHEASRKSTPKKLQNQKRHLCKKQRSEAYSERSPPAK
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB7 GATGPEEQSDSLKSVLHSISFVVRKGKILGICGNVGSGKSSLLAALLGQMQLQKGVVAVN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 GATGPEEQSDSLKSVLHSISFVVRKGKILGICGNVGSGKSSLLAALLGQMQLQKGVVAVN
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB7 GTLAYVSQQAWIFHGNVRENILFGEKYDHQRYQHTVRVCGLQKDLSNLPYGDLTEIGERG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 GTLAYVSQQAWIFHGNVRENILFGEKYDHQRYQHTVRVCGLQKDLSNLPYGDLTEIGERG
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB7 LNLSGGQRQRISLARAVYSDRQLYLLDDPLSAVDAHVGKHVFEECIKKTLRGKTVVLVTH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 LNLSGGQRQRISLARAVYSDRQLYLLDDPLSAVDAHVGKHVFEECIKKTLRGKTVVLVTH
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB7 QLQFLESCDEVILLEDGEICEKGTHKELMEERGRYAKLIHNLRGLQFKDPEHLYNAAMVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 QLQFLESCDEVILLEDGEICEKGTHKELMEERGRYAKLIHNLRGLQFKDPEHLYNAAMVE
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB7 AFKESPAEREEDAGIIVLAPGNEKDEGKESETGSEFVDTKVPEHQLIQTESPQEGTVTWK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 AFKESPAEREEDAGIIVLAPGNEKDEGKESETGSEFVDTKVPEHQLIQTESPQEGTVTWK
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB7 TYHTYIKASGGYLLSLFTVFLFLLMIGSAAFSNWWLGLWLDKGSRMTCGPQGNRTMCEVG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 TYHTYIKASGGYLLSLFTVFLFLLMIGSAAFSNWWLGLWLDKGSRMTCGPQGNRTMCEVG
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB7 AVLADIGQHVYQWVYTASMVFMLVFGVTKGFVFTKTTLMASSSLHDTVFDKILKSPMSFF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 AVLADIGQHVYQWVYTASMVFMLVFGVTKGFVFTKTTLMASSSLHDTVFDKILKSPMSFF
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB7 DTTPTGRLMNRFSKDMDELDVRLPFHAENFLQQFFMVVFILVILAAVFPAVLLVVASLAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 DTTPTGRLMNRFSKDMDELDVRLPFHAENFLQQFFMVVFILVILAAVFPAVLLVVASLAV
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB7 GFFILLRIFHRGVQELKKVENVSRSPWFTHITSSMQGLGIIHAYGKKESCITYHLLYFNC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 GFFILLRIFHRGVQELKKVENVSRSPWFTHITSSMQGLGIIHAYGKKESCITYHLLYFNC
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB7 ALRWFALRMDVLMNILTFTVALLVTLSFSSISTSSKGLSLSYIIQLSGLLQVCVRTGTET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 ALRWFALRMDVLMNILTFTVALLVTLSFSSISTSSKGLSLSYIIQLSGLLQVCVRTGTET
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KB7 QAKFTSVELLREYISTCVPECTHPLKVGTCPKDWPSRGEITFRDYQMRYRDNTPLVLDSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 QAKFTSVELLREYISTCVPECTHPLKVGTCPKDWPSRGEITFRDYQMRYRDNTPLVLDSL
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KB7 NLNIQSGQTVGIVGRTGSGKSSLGMALFRLVEPASGTIFIDEVDICILSLEDLRTKLTVI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 NLNIQSGQTVGIVGRTGSGKSSLGMALFRLVEPASGTIFIDEVDICILSLEDLRTKLTVI
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