Result of FASTA (omim) for
pF1KE0632
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0632, 376 aa
1>>>pF1KE0632 376 - 376 aa - 376 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5919+/-0.000358; mu= 6.3784+/- 0.022
mean_var=167.0980+/-34.626, 0's: 0 Z-trim(120.1): 69 B-trim: 2138 in 2/58
Lambda= 0.099218
statistics sampled from 34848 (35015) to 34848 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.749), E-opt: 0.2 (0.411), width: 16
Scan time: 8.570
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_115899 (OMIM: 608976) partitioning defective 6 ( 376) 2525 373.3 5.1e-103
NP_115910 (OMIM: 608975) partitioning defective 6 ( 372) 1331 202.4 1.4e-51
NP_058644 (OMIM: 607484) partitioning defective 6 ( 346) 1084 167.0 5.9e-41
NP_001032358 (OMIM: 607484) partitioning defective ( 345) 1081 166.6 7.9e-41
XP_016878750 (OMIM: 607484) PREDICTED: partitionin ( 341) 1045 161.4 2.8e-39
XP_011521398 (OMIM: 607484) PREDICTED: partitionin ( 353) 796 125.8 1.5e-28
XP_011521397 (OMIM: 607484) PREDICTED: partitionin ( 356) 796 125.8 1.6e-28
XP_005256034 (OMIM: 607484) PREDICTED: partitionin ( 357) 796 125.8 1.6e-28
>>NP_115899 (OMIM: 608976) partitioning defective 6 homo (376 aa)
initn: 2525 init1: 2525 opt: 2525 Z-score: 1970.5 bits: 373.3 E(85289): 5.1e-103
Smith-Waterman score: 2525; 100.0% identity (100.0% similar) in 376 aa overlap (1-376:1-376)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MNRSFHKSQTLRFYDCSAVEVKSKFGAEFRRFSLDRHKPGKFEDFYKLVVHTHHISNSDV
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NP_115 MNRSFHKSQTLRFYDCSAVEVKSKFGAEFRRFSLDRHKPGKFEDFYKLVVHTHHISNSDV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 TIGYADVHGDLLPINNDDNFCKAVSSANPLLRVFIQKREEAERGSLGAGSLCRRRRALGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 TIGYADVHGDLLPINNDDNFCKAVSSANPLLRVFIQKREEAERGSLGAGSLCRRRRALGA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 LRDEGPRRRAHLDIGLPRDFRPVSSIIDVDLVPETHRRVRLHRHGCEKPLGFYIRDGASV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 LRDEGPRRRAHLDIGLPRDFRPVSSIIDVDLVPETHRRVRLHRHGCEKPLGFYIRDGASV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 RVTPHGLEKVPGIFISRMVPGGLAESTGLLAVNDEVLEVNGIEVAGKTLDQVTDMMIANS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 RVTPHGLEKVPGIFISRMVPGGLAESTGLLAVNDEVLEVNGIEVAGKTLDQVTDMMIANS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 HNLIVTVKPANQRNNVVRGGRALGSSGPPSDGTAGFVGPPAPRVLQNFHPDEAESDEDND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 HNLIVTVKPANQRNNVVRGGRALGSSGPPSDGTAGFVGPPAPRVLQNFHPDEAESDEDND
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 VVIEGTLEPARPPQTPGAPAGSLSRVNGAGLAQRLQRDLALDGGLQRLLSSLRADPRHSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 VVIEGTLEPARPPQTPGAPAGSLSRVNGAGLAQRLQRDLALDGGLQRLLSSLRADPRHSL
310 320 330 340 350 360
370
pF1KE0 ALPPGGVEEHGPAVTL
::::::::::::::::
NP_115 ALPPGGVEEHGPAVTL
370
>>NP_115910 (OMIM: 608975) partitioning defective 6 homo (372 aa)
initn: 1306 init1: 802 opt: 1331 Z-score: 1046.9 bits: 202.4 E(85289): 1.4e-51
Smith-Waterman score: 1331; 64.2% identity (86.4% similar) in 316 aa overlap (1-314:1-309)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MNRSFHKSQTLRFYDC-SAVEVKSKFGAEFRRFSLDRHKPGKFEDFYKLVVHTHHISNSD
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NP_115 MNRS-HRHGAGS--GCLGTMEVKSKFGAEFRRFSLERSKPGKFEEFYGLLQHVHKIPNVD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 VTIGYADVHGDLLPINNDDNFCKAVSSANPLLRVFIQKREEAERGSLGAGSLCRRRRAL-
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NP_115 VLVGYADIHGDLLPINNDDNYHKAVSTANPLLRIFIQKKEEADYSAFGTDTLIKKKNVLT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 GALRDEGPRRRAHLDIGLPRDFRPVSSIIDVDLVPETHRRVRLHRHGCEKPLGFYIRDGA
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NP_115 NVLRPDNHRKKPHIVISMPQDFRPVSSIIDVDILPETHRRVRLYKYGTEKPLGFYIRDGS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 SVRVTPHGLEKVPGIFISRMVPGGLAESTGLLAVNDEVLEVNGIEVAGKTLDQVTDMMIA
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NP_115 SVRVTPHGLEKVPGIFISRLVPGGLAQSTGLLAVNDEVLEVNGIEVSGKSLDQVTDMMIA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 NSHNLIVTVKPANQRNNVVRGGRALGSSGPPSDGTAGFVGPPAPRVLQNFHPDEAESDED
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NP_115 NSRNLIITVRPANQRNNVVRNSRTSGSSGQSTDNS--LLGYPQ-QIEPSFEPEDEDSEED
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 NDVVIEGTLEPARPPQTPGAPAGSLSRVNGAGLAQRLQRDLALDGGLQRLLSSLRADPRH
:..:: . : . :.
NP_115 -DIIIEDNGVPQQIPKAVPNTESLESLTQIELSFESGQNGFIPSNEVSLAAIASSSNTEF
300 310 320 330 340 350
>>NP_058644 (OMIM: 607484) partitioning defective 6 homo (346 aa)
initn: 776 init1: 749 opt: 1084 Z-score: 856.2 bits: 167.0 E(85289): 5.9e-41
Smith-Waterman score: 1110; 59.6% identity (77.9% similar) in 312 aa overlap (17-323:14-307)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MNRSFHKSQTLRFYDCSAVEVKSKFGAEFRRFSLDRHKPGKFEDFYKLVVHTHHISNSDV
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NP_058 MARPQRTPARSPDSIVEVKSKFDAEFRRFALPRASVSGFQEFSRLLRAVHQIPGLDV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE0 TIGYADVHGDLLPINNDDNFCKAVSSANPLLRVFIQKREEAERGSLG--AGSLCRRRRAL
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NP_058 LLGYTDAHGDLLPLTNDDSLHRALASGPPPLRLLVQKRAEADSSGLAFASNSLQRRKKGL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 GALRDEGP-RRRAHLDIGLPRDFRPVSSIIDVDLVPETHRRVRLHRHGCEKPLGFYIRDG
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NP_058 -LLRPVAPLRTRPPLLISLPQDFRQVSSVIDVDLLPETHRRVRLHKHGSDRPLGFYIRDG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 ASVRVTPHGLEKVPGIFISRMVPGGLAESTGLLAVNDEVLEVNGIEVAGKTLDQVTDMMI
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NP_058 MSVRVAPQGLERVPGIFISRLVRGGLAESTGLLAVSDEILEVNGIEVAGKTLDQVTDMMV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 ANSHNLIVTVKPANQRNNVVRGGRALGS-SGPPSDGTAGFVGPPAPRVLQNFHPDEAESD
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NP_058 ANSHNLIVTVKPANQRNNVVRG--ASGRLTGPPSAGP----GPAEP-----------DSD
240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 EDN-DVVIEGTLEPARPPQTPGAPAGSLSRVNGAGLAQRLQRDLALDGGLQRLLSSLRAD
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NP_058 DDSSDLVIENRQPPSSNGLSQGPPCWDLHPGCRHPGTRSSLPSLDDQEQASSGWGSRIRG
280 290 300 310 320 330
>>NP_001032358 (OMIM: 607484) partitioning defective 6 h (345 aa)
initn: 756 init1: 756 opt: 1081 Z-score: 853.9 bits: 166.6 E(85289): 7.9e-41
Smith-Waterman score: 1107; 59.5% identity (77.5% similar) in 311 aa overlap (17-323:14-306)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MNRSFHKSQTLRFYDCSAVEVKSKFGAEFRRFSLDRHKPGKFEDFYKLVVHTHHISNSDV
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NP_001 MARPQRTPARSPDSIVEVKSKFDAEFRRFALPRASVSGFQEFSRLLRAVHQIPGLDV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE0 TIGYADVHGDLLPINNDDNFCKAVSSANPLLRVFIQKREEAERG-SLGAGSLCRRRRALG
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NP_001 LLGYTDAHGDLLPLTNDDSLHRALASGPPPLRLLVQKREADSSGLAFASNSLQRRKKGL-
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 ALRDEGP-RRRAHLDIGLPRDFRPVSSIIDVDLVPETHRRVRLHRHGCEKPLGFYIRDGA
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NP_001 LLRPVAPLRTRPPLLISLPQDFRQVSSVIDVDLLPETHRRVRLHKHGSDRPLGFYIRDGM
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 SVRVTPHGLEKVPGIFISRMVPGGLAESTGLLAVNDEVLEVNGIEVAGKTLDQVTDMMIA
::::.:.:::.::::::::.: ::::::::::::.::.::::::::::::::::::::.:
NP_001 SVRVAPQGLERVPGIFISRLVRGGLAESTGLLAVSDEILEVNGIEVAGKTLDQVTDMMVA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 NSHNLIVTVKPANQRNNVVRGGRALGS-SGPPSDGTAGFVGPPAPRVLQNFHPDEAESDE
::::::::::::::::::::: : : .:::: : :: : .::.
NP_001 NSHNLIVTVKPANQRNNVVRG--ASGRLTGPPSAGP----GPAEP-----------DSDD
240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 DN-DVVIEGTLEPARPPQTPGAPAGSLSRVNGAGLAQRLQRDLALDGGLQRLLSSLRADP
:. :.:::. :. . : : .:
NP_001 DSSDLVIENRQPPSSNGLSQGPPCWDLHPGCRHPGTRSSLPSLDDQEQASSGWGSRIRGD
280 290 300 310 320 330
>>XP_016878750 (OMIM: 607484) PREDICTED: partitioning de (341 aa)
initn: 756 init1: 756 opt: 1045 Z-score: 826.2 bits: 161.4 E(85289): 2.8e-39
Smith-Waterman score: 1071; 58.6% identity (77.3% similar) in 304 aa overlap (24-323:17-302)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MNRSFHKSQTLRFYDCSAVEVKSKFGAEFRRFSLDRHKPGKFEDFYKLVVHTHHISNSDV
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XP_016 MARPQRTPARSPDSIVEFDAEFRRFALPRASVSGFQEFSRLLRAVHQIPGLDV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE0 TIGYADVHGDLLPINNDDNFCKAVSSANPLLRVFIQKREEAERG-SLGAGSLCRRRRALG
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XP_016 LLGYTDAHGDLLPLTNDDSLHRALASGPPPLRLLVQKREADSSGLAFASNSLQRRKKGL-
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 ALRDEGP-RRRAHLDIGLPRDFRPVSSIIDVDLVPETHRRVRLHRHGCEKPLGFYIRDGA
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XP_016 LLRPVAPLRTRPPLLISLPQDFRQVSSVIDVDLLPETHRRVRLHKHGSDRPLGFYIRDGM
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 SVRVTPHGLEKVPGIFISRMVPGGLAESTGLLAVNDEVLEVNGIEVAGKTLDQVTDMMIA
::::.:.:::.::::::::.: ::::::::::::.::.::::::::::::::::::::.:
XP_016 SVRVAPQGLERVPGIFISRLVRGGLAESTGLLAVSDEILEVNGIEVAGKTLDQVTDMMVA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 NSHNLIVTVKPANQRNNVVRGGRALGS-SGPPSDGTAGFVGPPAPRVLQNFHPDEAESDE
::::::::::::::::::::: : : .:::: : :: : .::.
XP_016 NSHNLIVTVKPANQRNNVVRG--ASGRLTGPPSAGP----GPAEP-----------DSDD
240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 DN-DVVIEGTLEPARPPQTPGAPAGSLSRVNGAGLAQRLQRDLALDGGLQRLLSSLRADP
:. :.:::. :. . : : .:
XP_016 DSSDLVIENRQPPSSNGLSQGPPCWDLHPGCRHPGTRSSLPSLDDQEQASSGWGSRIRGD
280 290 300 310 320 330
>>XP_011521398 (OMIM: 607484) PREDICTED: partitioning de (353 aa)
initn: 1018 init1: 749 opt: 796 Z-score: 633.3 bits: 125.8 E(85289): 1.5e-28
Smith-Waterman score: 1047; 57.3% identity (74.4% similar) in 316 aa overlap (24-323:17-314)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MNRSFHKSQTLRFYDCSAVEVKSKFGAEFRRFSLDRHKPGKFEDFYKLVVHTHHISNSDV
.: ::::::.: : . . :..: .:. .:.: . ::
XP_011 MARPQRTPARSPDSIVEFDAEFRRFALPRASVSGFQEFSRLLRAVHQIPGLDV
10 20 30 40 50
70 80 90 100
pF1KE0 TIGYADVHGDLLPINNDDNFCKAVSSANPLLRVFIQKREE---------AERGSLG----
.::.:.::::::..:::.. .:..:. : ::...::: : :: : :
XP_011 LLGYTDAHGDLLPLTNDDSLHRALASGPPPLRLLVQKRGEEGYSGQPLWAEADSSGLAFA
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 AGSLCRRRRALGALRDEGP-RRRAHLDIGLPRDFRPVSSIIDVDLVPETHRRVRLHRHGC
..:: ::...: :: .: : : : :.::.::: :::.:::::.::::::::::.::
XP_011 SNSLQRRKKGL-LLRPVAPLRTRPPLLISLPQDFRQVSSVIDVDLLPETHRRVRLHKHGS
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 EKPLGFYIRDGASVRVTPHGLEKVPGIFISRMVPGGLAESTGLLAVNDEVLEVNGIEVAG
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XP_011 DRPLGFYIRDGMSVRVAPQGLERVPGIFISRLVRGGLAESTGLLAVSDEILEVNGIEVAG
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 KTLDQVTDMMIANSHNLIVTVKPANQRNNVVRGGRALGS-SGPPSDGTAGFVGPPAPRVL
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XP_011 KTLDQVTDMMVANSHNLIVTVKPANQRNNVVRG--ASGRLTGPPSAGP----GPAEP---
240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 QNFHPDEAESDEDN-DVVIEGTLEPARPPQTPGAPAGSLSRVNGAGLAQRLQRDLALDGG
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XP_011 --------DSDDDSSDLVIENRQPPSSNGLSQGPPCWDLHPGCRHPGTRSSLPSLDDQEQ
290 300 310 320 330
350 360 370
pF1KE0 LQRLLSSLRADPRHSLALPPGGVEEHGPAVTL
XP_011 ASSGWGSRIRGDGSGFSL
340 350
>>XP_011521397 (OMIM: 607484) PREDICTED: partitioning de (356 aa)
initn: 1054 init1: 749 opt: 796 Z-score: 633.3 bits: 125.8 E(85289): 1.6e-28
Smith-Waterman score: 1083; 57.8% identity (75.5% similar) in 322 aa overlap (17-323:14-317)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MNRSFHKSQTLRFYDCSAVEVKSKFGAEFRRFSLDRHKPGKFEDFYKLVVHTHHISNSDV
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XP_011 MARPQRTPARSPDSIVEVKSKFDAEFRRFALPRASVSGFQEFSRLLRAVHQIPGLDV
10 20 30 40 50
70 80 90 100
pF1KE0 TIGYADVHGDLLPINNDDNFCKAVSSANPLLRVFIQKR-EEAERG-----------SLGA
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XP_011 LLGYTDAHGDLLPLTNDDSLHRALASGPPPLRLLVQKRGEEGYSGQPLWEADSSGLAFAS
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 GSLCRRRRALGALRDEGP-RRRAHLDIGLPRDFRPVSSIIDVDLVPETHRRVRLHRHGCE
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XP_011 NSLQRRKKGL-LLRPVAPLRTRPPLLISLPQDFRQVSSVIDVDLLPETHRRVRLHKHGSD
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 KPLGFYIRDGASVRVTPHGLEKVPGIFISRMVPGGLAESTGLLAVNDEVLEVNGIEVAGK
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XP_011 RPLGFYIRDGMSVRVAPQGLERVPGIFISRLVRGGLAESTGLLAVSDEILEVNGIEVAGK
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 TLDQVTDMMIANSHNLIVTVKPANQRNNVVRGGRALGS-SGPPSDGTAGFVGPPAPRVLQ
:::::::::.:::::::::::::::::::::: : : .:::: : :: :
XP_011 TLDQVTDMMVANSHNLIVTVKPANQRNNVVRG--ASGRLTGPPSAGP----GPAEP----
240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 NFHPDEAESDEDN-DVVIEGTLEPARPPQTPGAPAGSLSRVNGAGLAQRLQRDLALDGGL
.::.:. :.:::. :. . : : .:
XP_011 -------DSDDDSSDLVIENRQPPSSNGLSQGPPCWDLHPGCRHPGTRSSLPSLDDQEQA
290 300 310 320 330
350 360 370
pF1KE0 QRLLSSLRADPRHSLALPPGGVEEHGPAVTL
XP_011 SSGWGSRIRGDGSGFSL
340 350
>>XP_005256034 (OMIM: 607484) PREDICTED: partitioning de (357 aa)
initn: 1054 init1: 749 opt: 796 Z-score: 633.3 bits: 125.8 E(85289): 1.6e-28
Smith-Waterman score: 1083; 58.2% identity (74.6% similar) in 323 aa overlap (17-323:14-318)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MNRSFHKSQTLRFYDCSAVEVKSKFGAEFRRFSLDRHKPGKFEDFYKLVVHTHHISNSDV
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XP_005 MARPQRTPARSPDSIVEVKSKFDAEFRRFALPRASVSGFQEFSRLLRAVHQIPGLDV
10 20 30 40 50
70 80 90 100
pF1KE0 TIGYADVHGDLLPINNDDNFCKAVSSANPLLRVFIQKREE---------AERGSLG----
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