Result of FASTA (ccds) for pF1KB0940
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB0940, 390 aa
  1>>>pF1KB0940 390 - 390 aa - 390 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4522+/-0.000832; mu= 13.3715+/- 0.051
 mean_var=136.6964+/-28.460, 0's: 0 Z-trim(111.6): 65  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.109697
 statistics sampled from 12454 (12519) to 12454 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.738), E-opt: 0.2 (0.385), width:  16
 Scan time:  3.050

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS46309.1 MEIS1 gene_id:4211|Hs108|chr2          ( 390) 2740 444.8  6e-125
CCDS45218.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15         ( 394) 2377 387.4 1.2e-107
CCDS42014.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15         ( 381) 2284 372.7 3.2e-103
CCDS10045.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15         ( 470) 2250 367.4 1.5e-101
CCDS45217.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15         ( 401) 2074 339.5 3.3e-93
CCDS10044.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15         ( 477) 2074 339.5 3.7e-93
CCDS45219.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15         ( 388) 1981 324.7 8.7e-89
CCDS45220.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15         ( 306) 1879 308.5 5.3e-84
CCDS74406.1 MEIS3 gene_id:56917|Hs108|chr19        ( 375) 1648 272.0 6.2e-73
CCDS33064.1 MEIS3 gene_id:56917|Hs108|chr19        ( 421) 1191 199.7   4e-51
CCDS46132.1 MEIS3 gene_id:56917|Hs108|chr19        ( 358)  994 168.5 8.6e-42
CCDS13692.1 PKNOX1 gene_id:5316|Hs108|chr21        ( 436)  443 81.4 1.8e-15
CCDS41730.1 PKNOX2 gene_id:63876|Hs108|chr11       ( 472)  386 72.4 9.7e-13
CCDS68211.1 PKNOX1 gene_id:5316|Hs108|chr21        ( 319)  375 70.5 2.5e-12


>>CCDS46309.1 MEIS1 gene_id:4211|Hs108|chr2               (390 aa)
 initn: 2740 init1: 2740 opt: 2740  Z-score: 2356.6  bits: 444.8 E(32554): 6e-125
Smith-Waterman score: 2740; 100.0% identity (100.0% similar) in 390 aa overlap (1-390:1-390)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB0 MAQRYDDLPHYGGMDGVGIPSTMYGDPHAARSMQPVHHLNHGPPLHSHQYPHTAHTNAMA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MAQRYDDLPHYGGMDGVGIPSTMYGDPHAARSMQPVHHLNHGPPLHSHQYPHTAHTNAMA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB0 PSMGSSVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALIFEKCELATCTPREPGVAGGDVCSSESFNED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 PSMGSSVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALIFEKCELATCTPREPGVAGGDVCSSESFNED
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB0 IAVFAKQIRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCHRYISCLKGK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 IAVFAKQIRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCHRYISCLKGK
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB0 MPIDLVIDDREGGSKSDSEDITRSANLTDQPSWNRDHDDTASTRSGGTPGPSSGGHTSHS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MPIDLVIDDREGGSKSDSEDITRSANLTDQPSWNRDHDDTASTRSGGTPGPSSGGHTSHS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB0 GDNSSEQGDGLDNSVASPSTGDDDDPDKDKKRHKKRGIFPKVATNIMRAWLFQHLTHPYP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 GDNSSEQGDGLDNSVASPSTGDDDDPDKDKKRHKKRGIFPKVATNIMRAWLFQHLTHPYP
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB0 SEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRAVSQGTPYNPDGQPMGGFVM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRAVSQGTPYNPDGQPMGGFVM
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390
pF1KB0 DGQQHMGIRAPGPMSGMGMNMGMEGQWHYM
       ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 DGQQHMGIRAPGPMSGMGMNMGMEGQWHYM
              370       380       390

>>CCDS45218.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15              (394 aa)
 initn: 1443 init1: 1141 opt: 2377  Z-score: 2046.1  bits: 387.4 E(32554): 1.2e-107
Smith-Waterman score: 2377; 85.8% identity (94.9% similar) in 394 aa overlap (1-390:1-394)

               10        20        30        40        50          
pF1KB0 MAQRYDDLPHYGGMDGVGIPSTMYGDPHAARSMQPVHHLNHGPPLHSHQY--PHTAHTNA
       ::::::.:::::::::::.:..::::::: : . ::::::::::::. :.   :. : :.
CCDS45 MAQRYDELPHYGGMDGVGVPASMYGDPHAPRPIPPVHHLNHGPPLHATQHYGAHAPHPNV
               10        20        30        40        50        60

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB0 MAPSMGSSVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALIFEKCELATCTPREPGVAGGDVCSSESFN
       :  ::::.:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.:::
CCDS45 MPASMGSAVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALVFEKCELATCTPREPGVAGGDVCSSDSFN
               70        80        90       100       110       120

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB0 EDIAVFAKQIRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCHRYISCLK
       :::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 EDIAVFAKQVRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCHRYISCLK
              130       140       150       160       170       180

      180       190       200        210        220       230      
pF1KB0 GKMPIDLVIDDREGGSKSDSEDIT-RSANLTDQ-PSWNRDHDDTASTRSGGTPGPSSGGH
       ::::::::::.:.:.:::: :...  :.::.:. ::  :::::..::.:.::::::::::
CCDS45 GKMPIDLVIDERDGSSKSDHEELSGSSTNLADHNPSSWRDHDDATSTHSAGTPGPSSGGH
              190       200       210       220       230       240

        240       250       260       270       280       290      
pF1KB0 TSHSGDNSSEQGDGLDNSVASPSTGDDDDPDKDKKRHKKRGIFPKVATNIMRAWLFQHLT
       .:.:::::::::::::::::::.:::::::::::::.:::::::::::::::::::::::
CCDS45 ASQSGDNSSEQGDGLDNSVASPGTGDDDDPDKDKKRQKKRGIFPKVATNIMRAWLFQHLT
              250       260       270       280       290       300

        300       310       320       330       340       350      
pF1KB0 HPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRAVSQGTPYNPDGQPMG
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. :.:.:::::
CCDS45 HPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRAVSQGAAYSPEGQPMG
              310       320       330       340       350       360

        360       370       380       390
pF1KB0 GFVMDGQQHMGIRAPGPMSGMGMNMGMEGQWHYM
       .::.:::::::::  ::::::::::::.::::::
CCDS45 SFVLDGQQHMGIRPAGPMSGMGMNMGMDGQWHYM
              370       380       390    

>>CCDS42014.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15              (381 aa)
 initn: 1350 init1: 1141 opt: 2284  Z-score: 1966.7  bits: 372.7 E(32554): 3.2e-103
Smith-Waterman score: 2284; 85.6% identity (94.8% similar) in 381 aa overlap (14-390:1-381)

               10        20        30        40        50          
pF1KB0 MAQRYDDLPHYGGMDGVGIPSTMYGDPHAARSMQPVHHLNHGPPLHSHQY--PHTAHTNA
                    :::::.:..::::::: : . ::::::::::::. :.   :. : :.
CCDS42              MDGVGVPASMYGDPHAPRPIPPVHHLNHGPPLHATQHYGAHAPHPNV
                            10        20        30        40       

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB0 MAPSMGSSVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALIFEKCELATCTPREPGVAGGDVCSSESFN
       :  ::::.:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.:::
CCDS42 MPASMGSAVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALVFEKCELATCTPREPGVAGGDVCSSDSFN
        50        60        70        80        90       100       

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB0 EDIAVFAKQIRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCHRYISCLK
       :::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 EDIAVFAKQVRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCHRYISCLK
       110       120       130       140       150       160       

      180       190       200        210        220       230      
pF1KB0 GKMPIDLVIDDREGGSKSDSEDIT-RSANLTDQ-PSWNRDHDDTASTRSGGTPGPSSGGH
       ::::::::::.:.:.:::: :...  :.::.:. ::  :::::..::.:.::::::::::
CCDS42 GKMPIDLVIDERDGSSKSDHEELSGSSTNLADHNPSSWRDHDDATSTHSAGTPGPSSGGH
       170       180       190       200       210       220       

        240       250       260       270       280       290      
pF1KB0 TSHSGDNSSEQGDGLDNSVASPSTGDDDDPDKDKKRHKKRGIFPKVATNIMRAWLFQHLT
       .:.:::::::::::::::::::.:::::::::::::.:::::::::::::::::::::::
CCDS42 ASQSGDNSSEQGDGLDNSVASPGTGDDDDPDKDKKRQKKRGIFPKVATNIMRAWLFQHLT
       230       240       250       260       270       280       

        300       310       320       330       340       350      
pF1KB0 HPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRAVSQGTPYNPDGQPMG
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. :.:.:::::
CCDS42 HPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRAVSQGAAYSPEGQPMG
       290       300       310       320       330       340       

        360       370       380       390
pF1KB0 GFVMDGQQHMGIRAPGPMSGMGMNMGMEGQWHYM
       .::.:::::::::  ::::::::::::.::::::
CCDS42 SFVLDGQQHMGIRPAGPMSGMGMNMGMDGQWHYM
       350       360       370       380 

>>CCDS10045.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15              (470 aa)
 initn: 2273 init1: 1004 opt: 2250  Z-score: 1936.5  bits: 367.4 E(32554): 1.5e-101
Smith-Waterman score: 2250; 83.0% identity (92.6% similar) in 393 aa overlap (1-383:1-393)

               10        20        30        40        50          
pF1KB0 MAQRYDDLPHYGGMDGVGIPSTMYGDPHAARSMQPVHHLNHGPPLHSHQY--PHTAHTNA
       ::::::.:::::::::::.:..::::::: : . ::::::::::::. :.   :. : :.
CCDS10 MAQRYDELPHYGGMDGVGVPASMYGDPHAPRPIPPVHHLNHGPPLHATQHYGAHAPHPNV
               10        20        30        40        50        60

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB0 MAPSMGSSVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALIFEKCELATCTPREPGVAGGDVCSSESFN
       :  ::::.:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.:::
CCDS10 MPASMGSAVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALVFEKCELATCTPREPGVAGGDVCSSDSFN
               70        80        90       100       110       120

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB0 EDIAVFAKQIRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCHRYISCLK
       :::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EDIAVFAKQVRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCHRYISCLK
              130       140       150       160       170       180

      180       190       200        210        220       230      
pF1KB0 GKMPIDLVIDDREGGSKSDSEDIT-RSANLTDQ-PSWNRDHDDTASTRSGGTPGPSSGGH
       ::::::::::.:.:.:::: :...  :.::.:. ::  :::::..::.:.::::::::::
CCDS10 GKMPIDLVIDERDGSSKSDHEELSGSSTNLADHNPSSWRDHDDATSTHSAGTPGPSSGGH
              190       200       210       220       230       240

        240       250       260       270       280       290      
pF1KB0 TSHSGDNSSEQGDGLDNSVASPSTGDDDDPDKDKKRHKKRGIFPKVATNIMRAWLFQHLT
       .:.:::::::::::::::::::.:::::::::::::.:::::::::::::::::::::::
CCDS10 ASQSGDNSSEQGDGLDNSVASPGTGDDDDPDKDKKRQKKRGIFPKVATNIMRAWLFQHLT
              250       260       270       280       290       300

        300       310       320       330       340       350      
pF1KB0 HPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRAVSQGTPYNPDGQPMG
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. :.:.:::::
CCDS10 HPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRAVSQGAAYSPEGQPMG
              310       320       330       340       350       360

        360       370             380       390                    
pF1KB0 GFVMDGQQHMGIRA------PGPMSGMGMNMGMEGQWHYM                    
       .::.:::::::::       :: . ..:  :::                           
CCDS10 SFVLDGQQHMGIRPAGLQSMPGDYVSQGGPMGMSMAQPSYTPPQMTPHPTQLRHGPPMHS
              370       380       390       400       410       420

CCDS10 YLPSHPHHPAMMMHGGPPTHPGMTMSAQSPTMLNSVDPNVGGQVMDIHAQ
              430       440       450       460       470

>>CCDS45217.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15              (401 aa)
 initn: 1548 init1: 947 opt: 2074  Z-score: 1786.8  bits: 339.5 E(32554): 3.3e-93
Smith-Waterman score: 2353; 84.3% identity (93.3% similar) in 401 aa overlap (1-390:1-401)

               10        20        30        40        50          
pF1KB0 MAQRYDDLPHYGGMDGVGIPSTMYGDPHAARSMQPVHHLNHGPPLHSHQY--PHTAHTNA
       ::::::.:::::::::::.:..::::::: : . ::::::::::::. :.   :. : :.
CCDS45 MAQRYDELPHYGGMDGVGVPASMYGDPHAPRPIPPVHHLNHGPPLHATQHYGAHAPHPNV
               10        20        30        40        50        60

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB0 MAPSMGSSVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALIFEKCELATCTPREPGVAGGDVCSSESFN
       :  ::::.:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.:::
CCDS45 MPASMGSAVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALVFEKCELATCTPREPGVAGGDVCSSDSFN
               70        80        90       100       110       120

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB0 EDIAVFAKQIRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCHRYISCLK
       :::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 EDIAVFAKQVRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCHRYISCLK
              130       140       150       160       170       180

      180       190       200        210        220       230      
pF1KB0 GKMPIDLVIDDREGGSKSDSEDIT-RSANLTDQ-PSWNRDHDDTASTRSGGTPGPSSGGH
       ::::::::::.:.:.:::: :...  :.::.:. ::  :::::..::.:.::::::::::
CCDS45 GKMPIDLVIDERDGSSKSDHEELSGSSTNLADHNPSSWRDHDDATSTHSAGTPGPSSGGH
              190       200       210       220       230       240

        240       250       260       270       280       290      
pF1KB0 TSHSGDNSSEQGDGLDNSVASPSTGDDDDPDKDKKRHKKRGIFPKVATNIMRAWLFQHLT
       .:.:::::::::::::::::::.:::::::::::::.:::::::::::::::::::::::
CCDS45 ASQSGDNSSEQGDGLDNSVASPGTGDDDDPDKDKKRQKKRGIFPKVATNIMRAWLFQHLT
              250       260       270       280       290       300

        300       310       320       330       340                
pF1KB0 HPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRA-------VSQGTPYN
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::       ::::. :.
CCDS45 HPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRAGFLLDPSVSQGAAYS
              310       320       330       340       350       360

     350       360       370       380       390
pF1KB0 PDGQPMGGFVMDGQQHMGIRAPGPMSGMGMNMGMEGQWHYM
       :.:::::.::.:::::::::  ::::::::::::.::::::
CCDS45 PEGQPMGSFVLDGQQHMGIRPAGPMSGMGMNMGMDGQWHYM
              370       380       390       400 

>>CCDS10044.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15              (477 aa)
 initn: 1444 init1: 947 opt: 2074  Z-score: 1785.9  bits: 339.5 E(32554): 3.7e-93
Smith-Waterman score: 2226; 81.5% identity (91.0% similar) in 400 aa overlap (1-383:1-400)

               10        20        30        40        50          
pF1KB0 MAQRYDDLPHYGGMDGVGIPSTMYGDPHAARSMQPVHHLNHGPPLHSHQY--PHTAHTNA
       ::::::.:::::::::::.:..::::::: : . ::::::::::::. :.   :. : :.
CCDS10 MAQRYDELPHYGGMDGVGVPASMYGDPHAPRPIPPVHHLNHGPPLHATQHYGAHAPHPNV
               10        20        30        40        50        60

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB0 MAPSMGSSVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALIFEKCELATCTPREPGVAGGDVCSSESFN
       :  ::::.:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.:::
CCDS10 MPASMGSAVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALVFEKCELATCTPREPGVAGGDVCSSDSFN
               70        80        90       100       110       120

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB0 EDIAVFAKQIRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCHRYISCLK
       :::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EDIAVFAKQVRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCHRYISCLK
              130       140       150       160       170       180

      180       190       200        210        220       230      
pF1KB0 GKMPIDLVIDDREGGSKSDSEDIT-RSANLTDQ-PSWNRDHDDTASTRSGGTPGPSSGGH
       ::::::::::.:.:.:::: :...  :.::.:. ::  :::::..::.:.::::::::::
CCDS10 GKMPIDLVIDERDGSSKSDHEELSGSSTNLADHNPSSWRDHDDATSTHSAGTPGPSSGGH
              190       200       210       220       230       240

        240       250       260       270       280       290      
pF1KB0 TSHSGDNSSEQGDGLDNSVASPSTGDDDDPDKDKKRHKKRGIFPKVATNIMRAWLFQHLT
       .:.:::::::::::::::::::.:::::::::::::.:::::::::::::::::::::::
CCDS10 ASQSGDNSSEQGDGLDNSVASPGTGDDDDPDKDKKRQKKRGIFPKVATNIMRAWLFQHLT
              250       260       270       280       290       300

        300       310       320       330       340                
pF1KB0 HPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRA-------VSQGTPYN
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::       ::::. :.
CCDS10 HPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRAGFLLDPSVSQGAAYS
              310       320       330       340       350       360

     350       360       370             380       390             
pF1KB0 PDGQPMGGFVMDGQQHMGIRA------PGPMSGMGMNMGMEGQWHYM             
       :.:::::.::.:::::::::       :: . ..:  :::                    
CCDS10 PEGQPMGSFVLDGQQHMGIRPAGLQSMPGDYVSQGGPMGMSMAQPSYTPPQMTPHPTQLR
              370       380       390       400       410       420

CCDS10 HGPPMHSYLPSHPHHPAMMMHGGPPTHPGMTMSAQSPTMLNSVDPNVGGQVMDIHAQ
              430       440       450       460       470       

>>CCDS45219.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15              (388 aa)
 initn: 1455 init1: 947 opt: 1981  Z-score: 1707.5  bits: 324.7 E(32554): 8.7e-89
Smith-Waterman score: 2260; 84.0% identity (93.0% similar) in 388 aa overlap (14-390:1-388)

               10        20        30        40        50          
pF1KB0 MAQRYDDLPHYGGMDGVGIPSTMYGDPHAARSMQPVHHLNHGPPLHSHQY--PHTAHTNA
                    :::::.:..::::::: : . ::::::::::::. :.   :. : :.
CCDS45              MDGVGVPASMYGDPHAPRPIPPVHHLNHGPPLHATQHYGAHAPHPNV
                            10        20        30        40       

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB0 MAPSMGSSVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALIFEKCELATCTPREPGVAGGDVCSSESFN
       :  ::::.:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.:::
CCDS45 MPASMGSAVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALVFEKCELATCTPREPGVAGGDVCSSDSFN
        50        60        70        80        90       100       

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB0 EDIAVFAKQIRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCHRYISCLK
       :::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 EDIAVFAKQVRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCHRYISCLK
       110       120       130       140       150       160       

      180       190       200        210        220       230      
pF1KB0 GKMPIDLVIDDREGGSKSDSEDIT-RSANLTDQ-PSWNRDHDDTASTRSGGTPGPSSGGH
       ::::::::::.:.:.:::: :...  :.::.:. ::  :::::..::.:.::::::::::
CCDS45 GKMPIDLVIDERDGSSKSDHEELSGSSTNLADHNPSSWRDHDDATSTHSAGTPGPSSGGH
       170       180       190       200       210       220       

        240       250       260       270       280       290      
pF1KB0 TSHSGDNSSEQGDGLDNSVASPSTGDDDDPDKDKKRHKKRGIFPKVATNIMRAWLFQHLT
       .:.:::::::::::::::::::.:::::::::::::.:::::::::::::::::::::::
CCDS45 ASQSGDNSSEQGDGLDNSVASPGTGDDDDPDKDKKRQKKRGIFPKVATNIMRAWLFQHLT
       230       240       250       260       270       280       

        300       310       320       330       340                
pF1KB0 HPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRA-------VSQGTPYN
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::       ::::. :.
CCDS45 HPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRAGFLLDPSVSQGAAYS
       290       300       310       320       330       340       

     350       360       370       380       390
pF1KB0 PDGQPMGGFVMDGQQHMGIRAPGPMSGMGMNMGMEGQWHYM
       :.:::::.::.:::::::::  ::::::::::::.::::::
CCDS45 PEGQPMGSFVLDGQQHMGIRPAGPMSGMGMNMGMDGQWHYM
       350       360       370       380        

>>CCDS45220.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15              (306 aa)
 initn: 1141 init1: 1141 opt: 1879  Z-score: 1621.5  bits: 308.5 E(32554): 5.3e-84
Smith-Waterman score: 1879; 88.2% identity (97.1% similar) in 306 aa overlap (87-390:1-306)

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB0 NAMAPSMGSSVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALIFEKCELATCTPREPGVAGGDVCSSES
                                     .::.::::::::::::::::::::::::.:
CCDS45                               MALVFEKCELATCTPREPGVAGGDVCSSDS
                                             10        20        30

        120       130       140       150       160       170      
pF1KB0 FNEDIAVFAKQIRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCHRYISC
       :::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 FNEDIAVFAKQVRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCHRYISC
               40        50        60        70        80        90

        180       190       200        210        220       230    
pF1KB0 LKGKMPIDLVIDDREGGSKSDSEDIT-RSANLTDQ-PSWNRDHDDTASTRSGGTPGPSSG
       ::::::::::::.:.:.:::: :...  :.::.:. ::  :::::..::.:.::::::::
CCDS45 LKGKMPIDLVIDERDGSSKSDHEELSGSSTNLADHNPSSWRDHDDATSTHSAGTPGPSSG
              100       110       120       130       140       150

          240       250       260       270       280       290    
pF1KB0 GHTSHSGDNSSEQGDGLDNSVASPSTGDDDDPDKDKKRHKKRGIFPKVATNIMRAWLFQH
       ::.:.:::::::::::::::::::.:::::::::::::.:::::::::::::::::::::
CCDS45 GHASQSGDNSSEQGDGLDNSVASPGTGDDDDPDKDKKRQKKRGIFPKVATNIMRAWLFQH
              160       170       180       190       200       210

          300       310       320       330       340       350    
pF1KB0 LTHPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRAVSQGTPYNPDGQP
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. :.:.:::
CCDS45 LTHPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRAVSQGAAYSPEGQP
              220       230       240       250       260       270

          360       370       380       390
pF1KB0 MGGFVMDGQQHMGIRAPGPMSGMGMNMGMEGQWHYM
       ::.::.:::::::::  ::::::::::::.::::::
CCDS45 MGSFVLDGQQHMGIRPAGPMSGMGMNMGMDGQWHYM
              280       290       300      

>>CCDS74406.1 MEIS3 gene_id:56917|Hs108|chr19             (375 aa)
 initn: 1087 init1: 584 opt: 1648  Z-score: 1422.9  bits: 272.0 E(32554): 6.2e-73
Smith-Waterman score: 1706; 65.0% identity (83.5% similar) in 400 aa overlap (1-390:1-375)

               10         20        30        40        50         
pF1KB0 MAQRYDDLPHYGGM-DGVGIPSTMYGDPHAARSMQPVHHLNHGPPLHSHQYPHTAHTNAM
       ::.:::.:::: :. ::   :... . :...    :.    .::    :. :.      .
CCDS74 MARRYDELPHYPGIVDG---PAALASFPETV----PAVPGPYGP----HRPPQP-----L
               10           20            30            40         

      60        70        80        90       100             110   
pF1KB0 APSMGSSVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALIFEKCELATCTPREPGVAG------GDVCS
        :.. :   :.:::.:: ::::::::::::.:::::::::.::. . ::      :::::
CCDS74 PPGLDS---DGLKREKDEIYGHPLFPLLALVFEKCELATCSPRDGAGAGLGTPPGGDVCS
           50           60        70        80        90       100 

           120       130       140       150       160       170   
pF1KB0 SESFNEDIAVFAKQIRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCHRY
       :.:::::::.::::.:.:.:::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::
CCDS74 SDSFNEDIAAFAKQVRSERPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHDLCDNFCHRY
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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