Result of FASTA (ccds) for pF1KB0926
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB0926, 356 aa
  1>>>pF1KB0926 356 - 356 aa - 356 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8252+/-0.000754; mu= 7.2954+/- 0.046
 mean_var=155.7638+/-31.081, 0's: 0 Z-trim(114.5): 29  B-trim: 0 in 0/53
 Lambda= 0.102764
 statistics sampled from 15016 (15044) to 15016 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.786), E-opt: 0.2 (0.462), width:  16
 Scan time:  3.280

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS69163.1 SCML4 gene_id:256380|Hs108|chr6        ( 356) 2408 368.0 6.8e-102
CCDS5060.2 SCML4 gene_id:256380|Hs108|chr6         ( 414) 2408 368.0 7.7e-102
CCDS75500.1 SCML4 gene_id:256380|Hs108|chr6        ( 172) 1179 185.6 2.7e-47
CCDS53303.1 SCMH1 gene_id:22955|Hs108|chr1         ( 480)  648 107.2 3.1e-23
CCDS53301.1 SCMH1 gene_id:22955|Hs108|chr1         ( 577)  648 107.2 3.6e-23
CCDS461.1 SCMH1 gene_id:22955|Hs108|chr1           ( 591)  648 107.2 3.6e-23
CCDS53302.1 SCMH1 gene_id:22955|Hs108|chr1         ( 599)  648 107.2 3.7e-23
CCDS53304.1 SCMH1 gene_id:22955|Hs108|chr1         ( 648)  648 107.2 3.9e-23
CCDS30688.1 SCMH1 gene_id:22955|Hs108|chr1         ( 660)  648 107.2   4e-23
CCDS14185.1 SCML2 gene_id:10389|Hs108|chrX         ( 700)  386 68.4 2.1e-11


>>CCDS69163.1 SCML4 gene_id:256380|Hs108|chr6             (356 aa)
 initn: 2408 init1: 2408 opt: 2408  Z-score: 1942.7  bits: 368.0 E(32554): 6.8e-102
Smith-Waterman score: 2408; 100.0% identity (100.0% similar) in 356 aa overlap (1-356:1-356)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB0 MTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSLAAPQALTVCLYINKQANAGPYLERKKVQQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 MTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSLAAPQALTVCLYINKQANAGPYLERKKVQQL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB0 PEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLVFSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 PEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLVFSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB0 VNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFPRGCSASEKVQEKEEGRMESVKTVTTEEYLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 VNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFPRGCSASEKVQEKEEGRMESVKTVTTEEYLV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB0 NPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSLYCKRQNSGDSHLGGGPAATAGGPRTSPMSSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 NPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSLYCKRQNSGDSHLGGGPAATAGGPRTSPMSSG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB0 GPSAPGLRPPASSPKRNTTSLEGNRCASSPSQDAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 GPSAPGLRPPASSPKRNTTSLEGNRCASSPSQDAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350      
pF1KB0 DPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKSDMVMKYLGLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 DPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKSDMVMKYLGLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
              310       320       330       340       350      

>>CCDS5060.2 SCML4 gene_id:256380|Hs108|chr6              (414 aa)
 initn: 2408 init1: 2408 opt: 2408  Z-score: 1941.8  bits: 368.0 E(32554): 7.7e-102
Smith-Waterman score: 2408; 100.0% identity (100.0% similar) in 356 aa overlap (1-356:59-414)

                                             10        20        30
pF1KB0                               MTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSL
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 YSASAGSLPAVKIPKKRGRKPGYKIKSRVLMTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSL
       30        40        50        60        70        80        

               40        50        60        70        80        90
pF1KB0 AAPQALTVCLYINKQANAGPYLERKKVQQLPEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 AAPQALTVCLYINKQANAGPYLERKKVQQLPEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLV
       90       100       110       120       130       140        

              100       110       120       130       140       150
pF1KB0 FSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPVVNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 FSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPVVNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFP
      150       160       170       180       190       200        

              160       170       180       190       200       210
pF1KB0 RGCSASEKVQEKEEGRMESVKTVTTEEYLVNPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSLY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 RGCSASEKVQEKEEGRMESVKTVTTEEYLVNPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSLY
      210       220       230       240       250       260        

              220       230       240       250       260       270
pF1KB0 CKRQNSGDSHLGGGPAATAGGPRTSPMSSGGPSAPGLRPPASSPKRNTTSLEGNRCASSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 CKRQNSGDSHLGGGPAATAGGPRTSPMSSGGPSAPGLRPPASSPKRNTTSLEGNRCASSP
      270       280       290       300       310       320        

              280       290       300       310       320       330
pF1KB0 SQDAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKSDMV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 SQDAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKSDMV
      330       340       350       360       370       380        

              340       350      
pF1KB0 MKYLGLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
       ::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 MKYLGLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
      390       400       410    

>>CCDS75500.1 SCML4 gene_id:256380|Hs108|chr6             (172 aa)
 initn: 1179 init1: 1179 opt: 1179  Z-score: 962.6  bits: 185.6 E(32554): 2.7e-47
Smith-Waterman score: 1179; 100.0% identity (100.0% similar) in 172 aa overlap (185-356:1-172)

          160       170       180       190       200       210    
pF1KB0 ASEKVQEKEEGRMESVKTVTTEEYLVNPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSLYCKRQ
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75                               MNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSLYCKRQ
                                             10        20        30

          220       230       240       250       260       270    
pF1KB0 NSGDSHLGGGPAATAGGPRTSPMSSGGPSAPGLRPPASSPKRNTTSLEGNRCASSPSQDA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 NSGDSHLGGGPAATAGGPRTSPMSSGGPSAPGLRPPASSPKRNTTSLEGNRCASSPSQDA
               40        50        60        70        80        90

          280       290       300       310       320       330    
pF1KB0 QDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKSDMVMKYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 QDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKSDMVMKYL
              100       110       120       130       140       150

          340       350      
pF1KB0 GLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
       ::::::::::::::::::::::
CCDS75 GLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
              160       170  

>>CCDS53303.1 SCMH1 gene_id:22955|Hs108|chr1              (480 aa)
 initn: 881 init1: 361 opt: 648  Z-score: 530.7  bits: 107.2 E(32554): 3.1e-23
Smith-Waterman score: 1016; 51.0% identity (71.4% similar) in 357 aa overlap (1-356:165-480)

                                             10        20        30
pF1KB0                               MTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSL
                                     ..:   ::  :::::: :..::::::.:: 
CCDS53 ISAPSKTAEPLKFPKKRGPKPGSKRKPRTLLNPPPASPTTSTPEPDTSTVPQDAATIPS-
          140       150       160       170       180       190    

               40        50        60        70        80        90
pF1KB0 AAPQALTVCLYINKQANAGPYLERKKVQQLPEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLV
       .: :: :::.:.::....::.:..:::::::.:::: : :.:::::::::::::..:: :
CCDS53 SAMQAPTVCIYLNKNGSTGPHLDKKKVQQLPDHFGPARASVVLQQAVQACIDCAYHQKTV
           200       210       220       230       240       250   

              100       110       120       130       140       150
pF1KB0 FSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPVVNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFP
       ::..:::.:::..  :: :: .::  .::.:::: :::::: :::..:  :.::..::: 
CCDS53 FSFLKQGHGGEVI--SAVFDREQHTLNLPAVNSITYVLRFLEKLCHNLRSDNLFGNQPFT
           260         270       280       290       300       310 

              160       170       180       190       200       210
pF1KB0 RGCSASEKVQEKEEGRMESVKTVTTEEYLVNPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSLY
                        ..  ..:. ::     . .::     . ::   .::  . :: 
CCDS53 -----------------QTHLSLTAIEY---SHSHDRY---LPGETFVLGNSL--ARSLE
                              320             330       340        

              220       230        240       250       260         
pF1KB0 CKRQNSGDSHLGGGPAATAG-GPRTSPMSSGGPSAPGLRPPASSPKRNTTSLEGNRCASS
         ...: ::  ...:.  .. . :  :. :    . :: : ..:  :   :  ..:   :
CCDS53 -PHSDSMDS--ASNPTNLVSTSQRHRPLLS----SCGLPPSTASAVRRLCSRGSDRYLES
         350         360       370           380       390         

     270       280       290       300       310       320         
pF1KB0 PSQDAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKSDM
            .:: :  .:.::.::::::. ::..:::: ::::..:::::::::.:::::.:::
CCDS53 -----RDASRLSGRDPSSWTVEDVMQFVREADPQ-LGPHADLFRKHEIDGKALLLLRSDM
          400       410       420        430       440       450   

     330       340       350      
pF1KB0 VMKYLGLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
       .:::.:::::::::: ::::.:::.::
CCDS53 MMKYMGLKLGPALKLSYHIDRLKQGKF
           460       470       480

>>CCDS53301.1 SCMH1 gene_id:22955|Hs108|chr1              (577 aa)
 initn: 881 init1: 361 opt: 648  Z-score: 529.5  bits: 107.2 E(32554): 3.6e-23
Smith-Waterman score: 1016; 51.0% identity (71.4% similar) in 357 aa overlap (1-356:262-577)

                                             10        20        30
pF1KB0                               MTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSL
                                     ..:   ::  :::::: :..::::::.:: 
CCDS53 ISAPSKTAEPLKFPKKRGPKPGSKRKPRTLLNPPPASPTTSTPEPDTSTVPQDAATIPS-
             240       250       260       270       280       290 

               40        50        60        70        80        90
pF1KB0 AAPQALTVCLYINKQANAGPYLERKKVQQLPEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLV
       .: :: :::.:.::....::.:..:::::::.:::: : :.:::::::::::::..:: :
CCDS53 SAMQAPTVCIYLNKNGSTGPHLDKKKVQQLPDHFGPARASVVLQQAVQACIDCAYHQKTV
              300       310       320       330       340       350

              100       110       120       130       140       150
pF1KB0 FSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPVVNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFP
       ::..:::.:::..  :: :: .::  .::.:::: :::::: :::..:  :.::..::: 
CCDS53 FSFLKQGHGGEVI--SAVFDREQHTLNLPAVNSITYVLRFLEKLCHNLRSDNLFGNQPFT
              360         370       380       390       400        

              160       170       180       190       200       210
pF1KB0 RGCSASEKVQEKEEGRMESVKTVTTEEYLVNPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSLY
                        ..  ..:. ::     . .::     . ::   .::  . :: 
CCDS53 -----------------QTHLSLTAIEY---SHSHDRY---LPGETFVLGNSL--ARSLE
                       410          420          430         440   

              220       230        240       250       260         
pF1KB0 CKRQNSGDSHLGGGPAATAG-GPRTSPMSSGGPSAPGLRPPASSPKRNTTSLEGNRCASS
         ...: ::  ...:.  .. . :  :. :    . :: : ..:  :   :  ..:   :
CCDS53 -PHSDSMDS--ASNPTNLVSTSQRHRPLLS----SCGLPPSTASAVRRLCSRGSDRYLES
            450         460       470           480       490      

     270       280       290       300       310       320         
pF1KB0 PSQDAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKSDM
            .:: :  .:.::.::::::. ::..:::: ::::..:::::::::.:::::.:::
CCDS53 -----RDASRLSGRDPSSWTVEDVMQFVREADPQ-LGPHADLFRKHEIDGKALLLLRSDM
             500       510       520        530       540       550

     330       340       350      
pF1KB0 VMKYLGLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
       .:::.:::::::::: ::::.:::.::
CCDS53 MMKYMGLKLGPALKLSYHIDRLKQGKF
              560       570       

>>CCDS461.1 SCMH1 gene_id:22955|Hs108|chr1                (591 aa)
 initn: 881 init1: 361 opt: 648  Z-score: 529.4  bits: 107.2 E(32554): 3.6e-23
Smith-Waterman score: 1016; 51.0% identity (71.4% similar) in 357 aa overlap (1-356:276-591)

                                             10        20        30
pF1KB0                               MTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSL
                                     ..:   ::  :::::: :..::::::.:: 
CCDS46 ISAPSKTAEPLKFPKKRGPKPGSKRKPRTLLNPPPASPTTSTPEPDTSTVPQDAATIPS-
         250       260       270       280       290       300     

               40        50        60        70        80        90
pF1KB0 AAPQALTVCLYINKQANAGPYLERKKVQQLPEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLV
       .: :: :::.:.::....::.:..:::::::.:::: : :.:::::::::::::..:: :
CCDS46 SAMQAPTVCIYLNKNGSTGPHLDKKKVQQLPDHFGPARASVVLQQAVQACIDCAYHQKTV
          310       320       330       340       350       360    

              100       110       120       130       140       150
pF1KB0 FSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPVVNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFP
       ::..:::.:::..  :: :: .::  .::.:::: :::::: :::..:  :.::..::: 
CCDS46 FSFLKQGHGGEVI--SAVFDREQHTLNLPAVNSITYVLRFLEKLCHNLRSDNLFGNQPFT
          370         380       390       400       410       420  

              160       170       180       190       200       210
pF1KB0 RGCSASEKVQEKEEGRMESVKTVTTEEYLVNPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSLY
                        ..  ..:. ::     . .::     . ::   .::  . :: 
CCDS46 -----------------QTHLSLTAIEY---SHSHDRY---LPGETFVLGNSL--ARSLE
                             430          440          450         

              220       230        240       250       260         
pF1KB0 CKRQNSGDSHLGGGPAATAG-GPRTSPMSSGGPSAPGLRPPASSPKRNTTSLEGNRCASS
         ...: ::  ...:.  .. . :  :. :    . :: : ..:  :   :  ..:   :
CCDS46 -PHSDSMDS--ASNPTNLVSTSQRHRPLLS----SCGLPPSTASAVRRLCSRGSDRYLES
        460         470       480           490       500       510

     270       280       290       300       310       320         
pF1KB0 PSQDAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKSDM
            .:: :  .:.::.::::::. ::..:::: ::::..:::::::::.:::::.:::
CCDS46 -----RDASRLSGRDPSSWTVEDVMQFVREADPQ-LGPHADLFRKHEIDGKALLLLRSDM
                   520       530        540       550       560    

     330       340       350      
pF1KB0 VMKYLGLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
       .:::.:::::::::: ::::.:::.::
CCDS46 MMKYMGLKLGPALKLSYHIDRLKQGKF
          570       580       590 

>>CCDS53302.1 SCMH1 gene_id:22955|Hs108|chr1              (599 aa)
 initn: 770 init1: 364 opt: 648  Z-score: 529.3  bits: 107.2 E(32554): 3.7e-23
Smith-Waterman score: 1034; 49.9% identity (73.3% similar) in 359 aa overlap (1-356:262-599)

                                             10        20        30
pF1KB0                               MTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSL
                                     ..:   ::  :::::: :..::::::.:: 
CCDS53 ISAPSKTAEPLKFPKKRGPKPGSKRKPRTLLNPPPASPTTSTPEPDTSTVPQDAATIPS-
             240       250       260       270       280       290 

               40        50        60        70        80        90
pF1KB0 AAPQALTVCLYINKQANAGPYLERKKVQQLPEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLV
       .: :: :::.:.::....::.:..:::::::.:::: : :.:::::::::::::..:: :
CCDS53 SAMQAPTVCIYLNKNGSTGPHLDKKKVQQLPDHFGPARASVVLQQAVQACIDCAYHQKTV
              300       310       320       330       340       350

              100       110       120       130       140       150
pF1KB0 FSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPVVNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFP
       ::..:::.:::..  :: :: .::  .::.:::: :::::: :::..:  :.::..::: 
CCDS53 FSFLKQGHGGEVI--SAVFDREQHTLNLPAVNSITYVLRFLEKLCHNLRSDNLFGNQPFT
              360         370       380       390       400        

              160        170       180       190       200         
pF1KB0 RGCSASEKVQEKE-EGRMESVKTVTTEEYLVNPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSL
       .   .   .. .. . :.   .: .  . :.  .  .  :.: :::        .:.. .
CCDS53 QTHLSLTAIEYSHSHDRYLPGETFVLGNSLARSLEPHSDSMD-SAS--------NPTNLV
      410       420       430       440       450                  

     210       220       230       240       250       260         
pF1KB0 YCKRQNSGDSHLGGGPAATAGGPRTSPMSSGGPSAPGLRPPASSPKRNTTSL-EGNRCAS
         ....       : : .::.. :   . : :     :.  .:. .:.  :. . ::  .
CCDS53 STSQRHRPLLSSCGLPPSTASAVRR--LCSRGV----LK--GSNERRDMESFWKLNRSPG
     460       470       480         490             500       510 

      270        280       290       300       310       320       
pF1KB0 SPSQ-DAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKS
       :    ...:: :  .:.::.::::::. ::..:::: ::::..:::::::::.:::::.:
CCDS53 SDRYLESRDASRLSGRDPSSWTVEDVMQFVREADPQ-LGPHADLFRKHEIDGKALLLLRS
             520       530       540        550       560       570

       330       340       350      
pF1KB0 DMVMKYLGLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
       ::.:::.:::::::::: ::::.:::.::
CCDS53 DMMMKYMGLKLGPALKLSYHIDRLKQGKF
              580       590         

>>CCDS53304.1 SCMH1 gene_id:22955|Hs108|chr1              (648 aa)
 initn: 881 init1: 361 opt: 648  Z-score: 528.8  bits: 107.2 E(32554): 3.9e-23
Smith-Waterman score: 1016; 51.0% identity (71.4% similar) in 357 aa overlap (1-356:333-648)

                                             10        20        30
pF1KB0                               MTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSL
                                     ..:   ::  :::::: :..::::::.:: 
CCDS53 ISAPSKTAEPLKFPKKRGPKPGSKRKPRTLLNPPPASPTTSTPEPDTSTVPQDAATIPS-
            310       320       330       340       350       360  

               40        50        60        70        80        90
pF1KB0 AAPQALTVCLYINKQANAGPYLERKKVQQLPEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLV
       .: :: :::.:.::....::.:..:::::::.:::: : :.:::::::::::::..:: :
CCDS53 SAMQAPTVCIYLNKNGSTGPHLDKKKVQQLPDHFGPARASVVLQQAVQACIDCAYHQKTV
             370       380       390       400       410       420 

              100       110       120       130       140       150
pF1KB0 FSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPVVNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFP
       ::..:::.:::..  :: :: .::  .::.:::: :::::: :::..:  :.::..::: 
CCDS53 FSFLKQGHGGEVI--SAVFDREQHTLNLPAVNSITYVLRFLEKLCHNLRSDNLFGNQPFT
             430         440       450       460       470         

              160       170       180       190       200       210
pF1KB0 RGCSASEKVQEKEEGRMESVKTVTTEEYLVNPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSLY
                        ..  ..:. ::     . .::     . ::   .::  . :: 
CCDS53 -----------------QTHLSLTAIEY---SHSHDRY---LPGETFVLGNSL--ARSLE
                      480       490             500         510    

              220       230        240       250       260         
pF1KB0 CKRQNSGDSHLGGGPAATAG-GPRTSPMSSGGPSAPGLRPPASSPKRNTTSLEGNRCASS
         ...: ::  ...:.  .. . :  :. :    . :: : ..:  :   :  ..:   :
CCDS53 -PHSDSMDS--ASNPTNLVSTSQRHRPLLS----SCGLPPSTASAVRRLCSRGSDRYLES
           520         530       540           550       560       

     270       280       290       300       310       320         
pF1KB0 PSQDAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKSDM
            .:: :  .:.::.::::::. ::..:::: ::::..:::::::::.:::::.:::
CCDS53 -----RDASRLSGRDPSSWTVEDVMQFVREADPQ-LGPHADLFRKHEIDGKALLLLRSDM
            570       580       590        600       610       620 

     330       340       350      
pF1KB0 VMKYLGLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
       .:::.:::::::::: ::::.:::.::
CCDS53 MMKYMGLKLGPALKLSYHIDRLKQGKF
             630       640        

>>CCDS30688.1 SCMH1 gene_id:22955|Hs108|chr1              (660 aa)
 initn: 770 init1: 364 opt: 648  Z-score: 528.7  bits: 107.2 E(32554): 4e-23
Smith-Waterman score: 1034; 49.9% identity (73.3% similar) in 359 aa overlap (1-356:323-660)

                                             10        20        30
pF1KB0                               MTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSL
                                     ..:   ::  :::::: :..::::::.:: 
CCDS30 ISAPSKTAEPLKFPKKRGPKPGSKRKPRTLLNPPPASPTTSTPEPDTSTVPQDAATIPS-
            300       310       320       330       340       350  

               40        50        60        70        80        90
pF1KB0 AAPQALTVCLYINKQANAGPYLERKKVQQLPEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLV
       .: :: :::.:.::....::.:..:::::::.:::: : :.:::::::::::::..:: :
CCDS30 SAMQAPTVCIYLNKNGSTGPHLDKKKVQQLPDHFGPARASVVLQQAVQACIDCAYHQKTV
             360       370       380       390       400       410 

              100       110       120       130       140       150
pF1KB0 FSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPVVNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFP
       ::..:::.:::..  :: :: .::  .::.:::: :::::: :::..:  :.::..::: 
CCDS30 FSFLKQGHGGEVI--SAVFDREQHTLNLPAVNSITYVLRFLEKLCHNLRSDNLFGNQPFT
             420         430       440       450       460         

              160        170       180       190       200         
pF1KB0 RGCSASEKVQEKE-EGRMESVKTVTTEEYLVNPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSL
       .   .   .. .. . :.   .: .  . :.  .  .  :.: :::        .:.. .
CCDS30 QTHLSLTAIEYSHSHDRYLPGETFVLGNSLARSLEPHSDSMD-SAS--------NPTNLV
     470       480       490       500       510                520

     210       220       230       240       250       260         
pF1KB0 YCKRQNSGDSHLGGGPAATAGGPRTSPMSSGGPSAPGLRPPASSPKRNTTSL-EGNRCAS
         ....       : : .::.. :   . : :     :.  .:. .:.  :. . ::  .
CCDS30 STSQRHRPLLSSCGLPPSTASAVRR--LCSRGV----LK--GSNERRDMESFWKLNRSPG
              530       540         550             560       570  

      270        280       290       300       310       320       
pF1KB0 SPSQ-DAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKS
       :    ...:: :  .:.::.::::::. ::..:::: ::::..:::::::::.:::::.:
CCDS30 SDRYLESRDASRLSGRDPSSWTVEDVMQFVREADPQ-LGPHADLFRKHEIDGKALLLLRS
            580       590       600        610       620       630 

       330       340       350      
pF1KB0 DMVMKYLGLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
       ::.:::.:::::::::: ::::.:::.::
CCDS30 DMMMKYMGLKLGPALKLSYHIDRLKQGKF
             640       650       660

>>CCDS14185.1 SCML2 gene_id:10389|Hs108|chrX              (700 aa)
 initn: 743 init1: 348 opt: 386  Z-score: 318.4  bits: 68.4 E(32554): 2.1e-11
Smith-Waterman score: 772; 39.0% identity (66.4% similar) in 372 aa overlap (16-356:337-699)

                              10        20        30        40     
pF1KB0                MTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSLAAPQALTVCLYINKQ
                                     : . . .:.:. :   . .  :::.:.::.
CCDS14 RKKGPNSGKKEKPLPVICSTSAASLKSLTRDRGMLYKDVASGPCKIVMS--TVCVYVNKH
        310       320       330       340       350         360    

          50        60        70        80        90        100    
pF1KB0 ANAGPYLERKKVQQLPEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLVFSLVK-QGYGGEMVS
       .: ::.:. :..::::.::::   ..::.. ::::.::: . : ::. .: .. :::.. 
CCDS14 GNFGPHLDPKRIQQLPDHFGPGPVNVVLRRIVQACVDCALETKTVFGYLKPDNRGGEVI-
          370       380       390       400       410       420    

          110       120       130       140       150         160  
pF1KB0 VSASFDGKQHLRSLPVVNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFP--RGCSASEKVQEK
        .:::::. :  .:: ::: ...:::: ..:.:: ::.:.: :::   :: . :   ..:
CCDS14 -TASFDGETHSIQLPPVNSASFALRFLENFCHSLQCDNLLSSQPFSSSRGHTHSSAEHDK
            430       440       450       460       470       480  

            170       180       190            200        210      
pF1KB0 EEGRMESVKTVTTEEYLVNPVGMNRYSVDTS-----ASTFNHRGS-LHPSSSLYCKRQN-
       ...  :.:    . .   .:     : :  :     .. .  .:  :  ..:   :..: 
CCDS14 NQSAKEDVTERQSTKR--SPQQTVPYVVPLSPKLPKTKEYASEGEPLFAGGSAIPKEENL
            490         500       510       520       530       540

            220                     230       240       250        
pF1KB0 ---SGDSHLGGG----PA----------ATAGGPRTSPMSSGGPSAPGLRPPASSPKRNT
          : .: :..:    ::          ..    :. : ....: . :   : :::..  
CCDS14 SEDSKSSSLNSGNYLNPACRNPMYIHTSVSQDFSRSVPGTTSSPLV-GDISPKSSPHE--
              550       560       570       580        590         

      260       270           280       290       300       310    
pF1KB0 TSLEGNRCASSPSQ----DAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRK
       .... .: . .::     : .  ..  :..::.:.:..:. :.: .:::  :: ..:::.
CCDS14 VKFQMQRKSEAPSYIAVPDPSVLKQGFSKDPSTWSVDEVIQFMKHTDPQISGPLADLFRQ
       600       610       620       630       640       650       

          320       330       340       350       
pF1KB0 HEIDGNALLLLKSDMVMKYLGLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF 
       :::::.::.:::::..:::.::::::::::::.:.:::..:. 
CCDS14 HEIDGKALFLLKSDVMMKYMGLKLGPALKLCYYIEKLKEGKYS
       660       670       680       690       700




356 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Sat Nov  5 17:17:29 2016 done: Sat Nov  5 17:17:30 2016
 Total Scan time:  3.280 Total Display time:  0.030

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com