Result of FASTA (ccds) for pF1KB9993
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9993, 584 aa
  1>>>pF1KB9993 584 - 584 aa - 584 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5630+/-0.00088; mu= 6.5714+/- 0.053
 mean_var=238.3996+/-49.404, 0's: 0 Z-trim(115.4): 61  B-trim: 1040 in 2/50
 Lambda= 0.083066
 statistics sampled from 15900 (15961) to 15900 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.791), E-opt: 0.2 (0.49), width:  16
 Scan time:  4.290

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS44233.1 SHC1 gene_id:6464|Hs108|chr1           ( 584) 4040 497.1 2.6e-140
CCDS30881.1 SHC1 gene_id:6464|Hs108|chr1           ( 583) 4023 495.0 1.1e-139
CCDS1076.1 SHC1 gene_id:6464|Hs108|chr1            ( 474) 3277 405.5 7.5e-113
CCDS44234.1 SHC1 gene_id:6464|Hs108|chr1           ( 473) 3260 403.5 3.1e-112
CCDS45891.1 SHC2 gene_id:25759|Hs108|chr19         ( 582) 1632 208.5 1.9e-53
CCDS10130.1 SHC4 gene_id:399694|Hs108|chr15        ( 630) 1548 198.5 2.2e-50
CCDS6681.1 SHC3 gene_id:53358|Hs108|chr9           ( 594) 1201 156.8 6.9e-38


>>CCDS44233.1 SHC1 gene_id:6464|Hs108|chr1                (584 aa)
 initn: 4040 init1: 4040 opt: 4040  Z-score: 2632.5  bits: 497.1 E(32554): 2.6e-140
Smith-Waterman score: 4040; 100.0% identity (100.0% similar) in 584 aa overlap (1-584:1-584)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MDLLPPKPKYNPLRNESLSSLEEGASGSTPPEELPSPSASSLGPILPPLPGDDSPTTLCS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MDLLPPKPKYNPLRNESLSSLEEGASGSTPPEELPSPSASSLGPILPPLPGDDSPTTLCS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 FFPRMSNLRLANPAGGRPGSKGEPGRAADDGEGIVGAAMPDSGPLPLLQDMNKLSGGGGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 FFPRMSNLRLANPAGGRPGSKGEPGRAADDGEGIVGAAMPDSGPLPLLQDMNKLSGGGGR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 RTRVEGGQLGGEEWTRHGSFVNKPTRGWLHPNDKVMGPGVSYLVRYMGCVEVLQSMRALD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 RTRVEGGQLGGEEWTRHGSFVNKPTRGWLHPNDKVMGPGVSYLVRYMGCVEVLQSMRALD
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 FNTRTQVTREAISLVCEAVPGAKGATRRRKPCSRPLSSILGRSNLKFAGMPITLTVSTSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 FNTRTQVTREAISLVCEAVPGAKGATRRRKPCSRPLSSILGRSNLKFAGMPITLTVSTSS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 LNLMAADCKQIIANHHMQSISFASGGDPDTAEYVAYVAKDPVNQRACHILECPEGLAQDV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LNLMAADCKQIIANHHMQSISFASGGDPDTAEYVAYVAKDPVNQRACHILECPEGLAQDV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 ISTIGQAFELRFKQYLRNPPKLVTPHDRMAGFDGSAWDEEEEEPPDHQYYNDFPGKEPPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ISTIGQAFELRFKQYLRNPPKLVTPHDRMAGFDGSAWDEEEEEPPDHQYYNDFPGKEPPL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 GGVVDMRLREGAAPGAARPTAPNAQTPSHLGATLPVGQPVGGDPEVRKQMPPPPPCPAGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 GGVVDMRLREGAAPGAARPTAPNAQTPSHLGATLPVGQPVGGDPEVRKQMPPPPPCPAGR
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB9 ELFDDPSYVNVQNLDKARQAVGGAGPPNPAINGSAPRDLFDMKPFEDALRVPPPPQSVSM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ELFDDPSYVNVQNLDKARQAVGGAGPPNPAINGSAPRDLFDMKPFEDALRVPPPPQSVSM
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB9 AEQLRGEPWFHGKLSRREAEALLQLNGDFLVRESTTTPGQYVLTGLQSGQPKHLLLVDPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 AEQLRGEPWFHGKLSRREAEALLQLNGDFLVRESTTTPGQYVLTGLQSGQPKHLLLVDPE
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580    
pF1KB9 GVVRTKDHRFESVSHLISYHMDNHLPIISAGSELCLQQPVERKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 GVVRTKDHRFESVSHLISYHMDNHLPIISAGSELCLQQPVERKL
              550       560       570       580    

>>CCDS30881.1 SHC1 gene_id:6464|Hs108|chr1                (583 aa)
 initn: 2904 init1: 2904 opt: 4023  Z-score: 2621.5  bits: 495.0 E(32554): 1.1e-139
Smith-Waterman score: 4023; 99.8% identity (99.8% similar) in 584 aa overlap (1-584:1-583)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MDLLPPKPKYNPLRNESLSSLEEGASGSTPPEELPSPSASSLGPILPPLPGDDSPTTLCS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 MDLLPPKPKYNPLRNESLSSLEEGASGSTPPEELPSPSASSLGPILPPLPGDDSPTTLCS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 FFPRMSNLRLANPAGGRPGSKGEPGRAADDGEGIVGAAMPDSGPLPLLQDMNKLSGGGGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 FFPRMSNLRLANPAGGRPGSKGEPGRAADDGEGIVGAAMPDSGPLPLLQDMNKLSGGGGR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 RTRVEGGQLGGEEWTRHGSFVNKPTRGWLHPNDKVMGPGVSYLVRYMGCVEVLQSMRALD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 RTRVEGGQLGGEEWTRHGSFVNKPTRGWLHPNDKVMGPGVSYLVRYMGCVEVLQSMRALD
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 FNTRTQVTREAISLVCEAVPGAKGATRRRKPCSRPLSSILGRSNLKFAGMPITLTVSTSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 FNTRTQVTREAISLVCEAVPGAKGATRRRKPCSRPLSSILGRSNLKFAGMPITLTVSTSS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 LNLMAADCKQIIANHHMQSISFASGGDPDTAEYVAYVAKDPVNQRACHILECPEGLAQDV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 LNLMAADCKQIIANHHMQSISFASGGDPDTAEYVAYVAKDPVNQRACHILECPEGLAQDV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 ISTIGQAFELRFKQYLRNPPKLVTPHDRMAGFDGSAWDEEEEEPPDHQYYNDFPGKEPPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 ISTIGQAFELRFKQYLRNPPKLVTPHDRMAGFDGSAWDEEEEEPPDHQYYNDFPGKEPPL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 GGVVDMRLREGAAPGAARPTAPNAQTPSHLGATLPVGQPVGGDPEVRKQMPPPPPCPAGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::
CCDS30 GGVVDMRLREGAAPGAARPTAPNAQTPSHLGATLPVGQPVGGDPEVRKQMPPPPPCP-GR
              370       380       390       400       410          

              430       440       450       460       470       480
pF1KB9 ELFDDPSYVNVQNLDKARQAVGGAGPPNPAINGSAPRDLFDMKPFEDALRVPPPPQSVSM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 ELFDDPSYVNVQNLDKARQAVGGAGPPNPAINGSAPRDLFDMKPFEDALRVPPPPQSVSM
     420       430       440       450       460       470         

              490       500       510       520       530       540
pF1KB9 AEQLRGEPWFHGKLSRREAEALLQLNGDFLVRESTTTPGQYVLTGLQSGQPKHLLLVDPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 AEQLRGEPWFHGKLSRREAEALLQLNGDFLVRESTTTPGQYVLTGLQSGQPKHLLLVDPE
     480       490       500       510       520       530         

              550       560       570       580    
pF1KB9 GVVRTKDHRFESVSHLISYHMDNHLPIISAGSELCLQQPVERKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 GVVRTKDHRFESVSHLISYHMDNHLPIISAGSELCLQQPVERKL
     540       550       560       570       580   

>>CCDS1076.1 SHC1 gene_id:6464|Hs108|chr1                 (474 aa)
 initn: 3277 init1: 3277 opt: 3277  Z-score: 2139.5  bits: 405.5 E(32554): 7.5e-113
Smith-Waterman score: 3277; 100.0% identity (100.0% similar) in 474 aa overlap (111-584:1-474)

               90       100       110       120       130       140
pF1KB9 KGEPGRAADDGEGIVGAAMPDSGPLPLLQDMNKLSGGGGRRTRVEGGQLGGEEWTRHGSF
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10                               MNKLSGGGGRRTRVEGGQLGGEEWTRHGSF
                                             10        20        30

              150       160       170       180       190       200
pF1KB9 VNKPTRGWLHPNDKVMGPGVSYLVRYMGCVEVLQSMRALDFNTRTQVTREAISLVCEAVP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VNKPTRGWLHPNDKVMGPGVSYLVRYMGCVEVLQSMRALDFNTRTQVTREAISLVCEAVP
               40        50        60        70        80        90

              210       220       230       240       250       260
pF1KB9 GAKGATRRRKPCSRPLSSILGRSNLKFAGMPITLTVSTSSLNLMAADCKQIIANHHMQSI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GAKGATRRRKPCSRPLSSILGRSNLKFAGMPITLTVSTSSLNLMAADCKQIIANHHMQSI
              100       110       120       130       140       150

              270       280       290       300       310       320
pF1KB9 SFASGGDPDTAEYVAYVAKDPVNQRACHILECPEGLAQDVISTIGQAFELRFKQYLRNPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SFASGGDPDTAEYVAYVAKDPVNQRACHILECPEGLAQDVISTIGQAFELRFKQYLRNPP
              160       170       180       190       200       210

              330       340       350       360       370       380
pF1KB9 KLVTPHDRMAGFDGSAWDEEEEEPPDHQYYNDFPGKEPPLGGVVDMRLREGAAPGAARPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KLVTPHDRMAGFDGSAWDEEEEEPPDHQYYNDFPGKEPPLGGVVDMRLREGAAPGAARPT
              220       230       240       250       260       270

              390       400       410       420       430       440
pF1KB9 APNAQTPSHLGATLPVGQPVGGDPEVRKQMPPPPPCPAGRELFDDPSYVNVQNLDKARQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 APNAQTPSHLGATLPVGQPVGGDPEVRKQMPPPPPCPAGRELFDDPSYVNVQNLDKARQA
              280       290       300       310       320       330

              450       460       470       480       490       500
pF1KB9 VGGAGPPNPAINGSAPRDLFDMKPFEDALRVPPPPQSVSMAEQLRGEPWFHGKLSRREAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VGGAGPPNPAINGSAPRDLFDMKPFEDALRVPPPPQSVSMAEQLRGEPWFHGKLSRREAE
              340       350       360       370       380       390

              510       520       530       540       550       560
pF1KB9 ALLQLNGDFLVRESTTTPGQYVLTGLQSGQPKHLLLVDPEGVVRTKDHRFESVSHLISYH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ALLQLNGDFLVRESTTTPGQYVLTGLQSGQPKHLLLVDPEGVVRTKDHRFESVSHLISYH
              400       410       420       430       440       450

              570       580    
pF1KB9 MDNHLPIISAGSELCLQQPVERKL
       ::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MDNHLPIISAGSELCLQQPVERKL
              460       470    

>>CCDS44234.1 SHC1 gene_id:6464|Hs108|chr1                (473 aa)
 initn: 2141 init1: 2141 opt: 3260  Z-score: 2128.5  bits: 403.5 E(32554): 3.1e-112
Smith-Waterman score: 3260; 99.8% identity (99.8% similar) in 474 aa overlap (111-584:1-473)

               90       100       110       120       130       140
pF1KB9 KGEPGRAADDGEGIVGAAMPDSGPLPLLQDMNKLSGGGGRRTRVEGGQLGGEEWTRHGSF
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44                               MNKLSGGGGRRTRVEGGQLGGEEWTRHGSF
                                             10        20        30

              150       160       170       180       190       200
pF1KB9 VNKPTRGWLHPNDKVMGPGVSYLVRYMGCVEVLQSMRALDFNTRTQVTREAISLVCEAVP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 VNKPTRGWLHPNDKVMGPGVSYLVRYMGCVEVLQSMRALDFNTRTQVTREAISLVCEAVP
               40        50        60        70        80        90

              210       220       230       240       250       260
pF1KB9 GAKGATRRRKPCSRPLSSILGRSNLKFAGMPITLTVSTSSLNLMAADCKQIIANHHMQSI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 GAKGATRRRKPCSRPLSSILGRSNLKFAGMPITLTVSTSSLNLMAADCKQIIANHHMQSI
              100       110       120       130       140       150

              270       280       290       300       310       320
pF1KB9 SFASGGDPDTAEYVAYVAKDPVNQRACHILECPEGLAQDVISTIGQAFELRFKQYLRNPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SFASGGDPDTAEYVAYVAKDPVNQRACHILECPEGLAQDVISTIGQAFELRFKQYLRNPP
              160       170       180       190       200       210

              330       340       350       360       370       380
pF1KB9 KLVTPHDRMAGFDGSAWDEEEEEPPDHQYYNDFPGKEPPLGGVVDMRLREGAAPGAARPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 KLVTPHDRMAGFDGSAWDEEEEEPPDHQYYNDFPGKEPPLGGVVDMRLREGAAPGAARPT
              220       230       240       250       260       270

              390       400       410       420       430       440
pF1KB9 APNAQTPSHLGATLPVGQPVGGDPEVRKQMPPPPPCPAGRELFDDPSYVNVQNLDKARQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::
CCDS44 APNAQTPSHLGATLPVGQPVGGDPEVRKQMPPPPPCP-GRELFDDPSYVNVQNLDKARQA
              280       290       300        310       320         

              450       460       470       480       490       500
pF1KB9 VGGAGPPNPAINGSAPRDLFDMKPFEDALRVPPPPQSVSMAEQLRGEPWFHGKLSRREAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 VGGAGPPNPAINGSAPRDLFDMKPFEDALRVPPPPQSVSMAEQLRGEPWFHGKLSRREAE
     330       340       350       360       370       380         

              510       520       530       540       550       560
pF1KB9 ALLQLNGDFLVRESTTTPGQYVLTGLQSGQPKHLLLVDPEGVVRTKDHRFESVSHLISYH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ALLQLNGDFLVRESTTTPGQYVLTGLQSGQPKHLLLVDPEGVVRTKDHRFESVSHLISYH
     390       400       410       420       430       440         

              570       580    
pF1KB9 MDNHLPIISAGSELCLQQPVERKL
       ::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MDNHLPIISAGSELCLQQPVERKL
     450       460       470   

>>CCDS45891.1 SHC2 gene_id:25759|Hs108|chr19              (582 aa)
 initn: 1591 init1: 597 opt: 1632  Z-score: 1073.0  bits: 208.5 E(32554): 1.9e-53
Smith-Waterman score: 1729; 48.2% identity (69.3% similar) in 618 aa overlap (21-583:1-581)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MDLLPPKPKYNPLRNESLSSLEEGASGSTPPEELPSPSASSLGPILPPLPGDDSPTTLCS
                           . .: .: .::    .: :       :: :  ..:::.:.
CCDS45                     MTQGPGGRAPP----APPA-------PPEP--EAPTTFCA
                                   10                     20       

               70                 80            90            100  
pF1KB9 FFPRMSNLRLANPAG--GR-P------GSKG----EPGRAADDG-----EGIVGAAMPD-
       ..::: . ..: :.:  :: :      :..:    .:  :.  :      ...::  :  
CCDS45 LLPRMPQWKFAAPGGFLGRGPAAARAAGASGGADPQPEPAGPGGVPALAAAVLGACEPRC
        30        40        50        60        70        80       

             110       120       130             140       150     
pF1KB9 SGPLPLLQDMNKLSGGGGRRTRVEGGQLG-GE-----EWTRHGSFVNKPTRGWLHPNDKV
       ..: ::   ...  :.:.: .:   :  : :.     :: :.:::..::..:::::. .:
CCDS45 AAPCPL-PALSRCRGAGSRGSRGGRGAAGSGDAAAAAEWIRKGSFIHKPAHGWLHPDARV
        90        100       110       120       130       140      

         160       170       180       190       200       210     
pF1KB9 MGPGVSYLVRYMGCVEVLQSMRALDFNTRTQVTREAISLVCEAVPGAKGATRRRKPCSRP
       .::::::.::::::.:::.:::.::::::::::::::. . :::::..:. ... : .. 
CCDS45 LGPGVSYVVRYMGCIEVLRSMRSLDFNTRTQVTREAINRLHEAVPGVRGSWKKKAP-NKA
        150       160       170       180       190       200      

         220       230       240       250       260       270     
pF1KB9 LSSILGRSNLKFAGMPITLTVSTSSLNLMAADCKQIIANHHMQSISFASGGDPDTAEYVA
       :.:.::.:::.:::: :.. .::..:.: .   .:.:::::: ::::::::: : ..:::
CCDS45 LASVLGKSNLRFAGMSISIHISTDGLSLSVPATRQVIANHHMPSISFASGGDTDMTDYVA
         210       220       230       240       250       260     

         280       290       300       310       320       330     
pF1KB9 YVAKDPVNQRACHILECPEGLAQDVISTIGQAFELRFKQYLRNPPKLVTPHDRMAGFDGS
       ::::::.:::::::::: :::::..:::.::::::::::::..:::.. : .:.:: . :
CCDS45 YVAKDPINQRACHILECCEGLAQSIISTVGQAFELRFKQYLHSPPKVALPPERLAGPEES
         270       280       290       300       310       320     

         340       350       360       370       380       390     
pF1KB9 AWDEEEEEPPDHQYYNDFPGKEPPLGGVVDMRLREGAAPGAARPTAPNAQTPSHLGA-TL
       :: .::.   .:.:::..:::::::::.:: ::  . .   :  .  .. .::   : .:
CCDS45 AWGDEEDSL-EHNYYNSIPGKEPPLGGLVDSRL--ALTQPCALTALDQGPSPSLRDACSL
         330        340       350         360       370       380  

               400       410       420       430       440         
pF1KB9 P-----VGQPVGGDPEVRKQMPPPPPCPAGRELFDDPSYVNVQNLDKARQAVGGAGPPNP
       :     .:    ::  :. .   ::         ..  :::.:.::           :.:
CCDS45 PWDVGSTGTAPPGDGYVQADARGPPD-------HEEHLYVNTQGLDA----------PEP
            390       400              410       420               

     450       460       470                            480        
pF1KB9 AINGSAPRDLFDMKPFEDALRV--------------------PPPP-QSVSMA---EQLR
         . :  .:::::.::::::..                    : :: . . .:   ::::
CCDS45 --EDSPKKDLFDMRPFEDALKLHECSVAAGVTAAPLPLEDQWPSPPTRRAPVAPTEEQLR
           430       440       450       460       470       480   

         490       500       510       520       530       540     
pF1KB9 GEPWFHGKLSRREAEALLQLNGDFLVRESTTTPGQYVLTGLQSGQPKHLLLVDPEGVVRT
        :::.::..::: :: .:. .::::::.:.:.::::::::...:::::::::::::::::
CCDS45 QEPWYHGRMSRRAAERMLRADGDFLVRDSVTNPGQYVLTGMHAGQPKHLLLVDPEGVVRT
           490       500       510       520       530       540   

         550       560       570       580    
pF1KB9 KDHRFESVSHLISYHMDNHLPIISAGSELCLQQPVERKL
       ::  :::.::::..:..:  ::..: ::: :.  : :. 
CCDS45 KDVLFESISHLIDHHLQNGQPIVAAESELHLRGVVSREP
           550       560       570       580  

>>CCDS10130.1 SHC4 gene_id:399694|Hs108|chr15             (630 aa)
 initn: 1722 init1: 862 opt: 1548  Z-score: 1018.1  bits: 198.5 E(32554): 2.2e-50
Smith-Waterman score: 1638; 49.1% identity (69.9% similar) in 611 aa overlap (7-582:27-619)

                                   10        20         30         
pF1KB9                     MDLLPPKPKYNPLRNESLSSLEEGASG-STPPEELPSPSA
                                 . ::. .::::..::.::.:: :.  .  :.:  
CCDS10 MRERGQDSLAGLVLYVGLFGHPGMLHRAKYSRFRNESITSLDEGSSGGSVGNKGSPQPPH
               10        20        30        40        50        60

      40            50        60        70              80         
pF1KB9 SSLGPILPP----LPGDDSPTTLCSFFPRMSNLRLANPAGGRP------GSKGEPGRAAD
        .:.: ::     ::...::: ::...:::....:::::          :.:  :    .
CCDS10 PALAPHLPTEDATLPSQESPTPLCTLIPRMASMKLANPATLLSLKNFCLGTKEVPRLKLQ
               70        80        90       100       110       120

      90         100            110       120       130       140  
pF1KB9 DGE--GIVGAAMPD-----SGPLPLLQDMNKLSGGGGRRTRVEGGQLGGEEWTRHGSFVN
       ...  :  : . :.     ::  :  :  . : :  .     ..  : :     . .. .
CCDS10 ESRDPGSSGPSSPETSLSRSGTAPPPQ--QDLVGHRATALTPDSCPLPGPG---EPTLRS
              130       140         150       160          170     

            150       160       170       180       190       200  
pF1KB9 KPTRGWLHPNDKVMGPGVSYLVRYMGCVEVLQSMRALDFNTRTQVTREAISLVCEAVPGA
       .  : .:.   ...: :..: ::::::::::::::.:::. :::::::::: .:::::::
CCDS10 RQDRHFLQ---HLLGMGMNYCVRYMGCVEVLQSMRSLDFGMRTQVTREAISRLCEAVPGA
         180          190       200       210       220       230  

            210       220       230       240       250       260  
pF1KB9 KGATRRRKPCSRPLSSILGRSNLKFAGMPITLTVSTSSLNLMAADCKQIIANHHMQSISF
       .:: ..:::  . ::..::.:::.:.:: : ::.:: ::.::  : .:::::::::::::
CCDS10 NGAIKKRKPPVKFLSTVLGKSNLQFSGMNIKLTISTCSLTLMNLDNQQIIANHHMQSISF
            240       250       260       270       280       290  

            270       280       290       300       310       320  
pF1KB9 ASGGDPDTAEYVAYVAKDPVNQRACHILECPEGLAQDVISTIGQAFELRFKQYLRNPPKL
       ::::::::..:::::::::::::::::::: .:.::::::::::::::::::::.::   
CCDS10 ASGGDPDTTDYVAYVAKDPVNQRACHILECHNGMAQDVISTIGQAFELRFKQYLKNPSLN
            300       310       320       330       340       350  

            330       340       350       360       370        380 
pF1KB9 VTPHDRMAGFDGSAWDEEEEEPPDHQYYNDFPGKEPPLGGVVDMRLREGAAPGAAR-PTA
       .. ... . .:. :   ::.:  ::.:::..:::.::.::: :::..  :.   :  :  
CCDS10 TSCESEEVHIDSHA---EERE--DHEYYNEIPGKQPPVGGVSDMRIKVQATEQMAYCPIQ
            360          370         380       390       400       

                     390       400         410       420        430
pF1KB9 -------P-NAQTPSHLGATLPVGQPVGG-DPE-VRKQMPPPPPCPAGR-ELFDDPSYVN
              : :..  :     :  .. .:.  :. :..:        . : .::::: :.:
CCDS10 CEKLCYLPGNSKCSSVYENCLEQSRAIGNVHPRGVQSQRDTSLLKHTCRVDLFDDPCYIN
       410       420       430       440       450       460       

              440           450       460       470        480     
pF1KB9 VQNLDKARQAVGG---AGP-PNPAINGSAPRDLFDMKPFEDALRVPPPPQSVS-MAEQLR
       .: :...  ..:.   : :  .:   :.::.    ..:   :   :   .:.  . .:: 
CCDS10 TQALQSTPGSAGNQRSAQPLGSPWHCGKAPE---TVQP--GATAQPASSHSLPHIKQQLW
       470       480       490          500         510       520  

         490       500       510       520       530       540     
pF1KB9 GEPWFHGKLSRREAEALLQLNGDFLVRESTTTPGQYVLTGLQSGQPKHLLLVDPEGVVRT
       .:  .::::::. ::.::  .::::::::.:.::::::.:::.:: :::::::::: :::
CCDS10 SEECYHGKLSRKAAESLLVKDGDFLVRESATSPGQYVLSGLQGGQAKHLLLVDPEGKVRT
            530       540       550       560       570       580  

         550       560       570       580             
pF1KB9 KDHRFESVSHLISYHMDNHLPIISAGSELCLQQPVERKL         
       ::: :..:.::: ::::: :::::.:::. :.:::..           
CCDS10 KDHVFDNVGHLIRYHMDNSLPIISSGSEVSLKQPVRKDNNPALLHSNK
            590       600       610       620       630

>>CCDS6681.1 SHC3 gene_id:53358|Hs108|chr9                (594 aa)
 initn: 1562 init1: 965 opt: 1201  Z-score: 793.7  bits: 156.8 E(32554): 6.9e-38
Smith-Waterman score: 1717; 49.4% identity (68.8% similar) in 619 aa overlap (6-583:3-593)

               10        20                30        40          50
pF1KB9 MDLLPPKPKYNPLRNESLSSLEE--------GASGSTPPEELPSPSASSL--GPILPPLP
            :. ::: .::.:..:...        :..:..   .    .:  :  :  :   :
CCDS66    MLPRTKYNRFRNDSVTSVDDLLHSLSVSGGGGKVSAARATPAAAPYLVSGEALRKAP
                  10        20        30        40        50       

               60        70        80        90          100       
pF1KB9 GDDSPTTLCSFFPRMSNLRLANPAGGRPGSKGEPGRAADDGEGIVGA---AMPDSGPLPL
        ::.: .:  .. ..:.:.:.. .: :  :..   ::.    :  .:   : :: :  : 
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             .:..  :.     :. : :   :       : ::  : .:.:.::::.:.:.:.
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       ::.:::.:::.:::.::::.:::::: ::::::::::: ..::: :. ::::::.:::.:
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       ::: :.::.::.:::: . : :::::::::.::::::::::::..:::::::::::.:::
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       ::::: .:::::::..:::::::::::::. : :. . :::: ..:   : ::: .  ::
CCDS66 HILECCDGLAQDVIGSIGQAFELRFKQYLQCPTKIPALHDRMQSLD-EPWTEEEGDGSDH
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CCDS66 PYYNSIPSKMPPPGGFLDTRLKPRPHAPDTAQ-FAGKEQTYYQGRHLGDTF--GEDWQQT
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       : .:.        : :.       . :.:::.:      :    : :   .   :.:: :
CCDS66 P-LRQGSSDIYSTPEGKLHVAPTGEAPTYVNTQ------QIPPQAWPAAVSSAESSPRKD
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       :::::::::::.                   : :   ...: :.:..: :..:..::.::
CCDS66 LFDMKPFEDALKNQPLGPVLSKAASVECISPVSPRAPDAKMLEELQAETWYQGEMSRKEA
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CCDS66 EGLLEKDGDFLVRKSTTNPGSFVLTGMHNGQAKHLLLVDPEGTIRTKDRVFDSISHLINH
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CCDS66 HLESSLPIVSAGSELCLQQPVERKQ
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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