Result of FASTA (ccds) for pF1KB5407
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5407, 494 aa
  1>>>pF1KB5407 494 - 494 aa - 494 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3979+/-0.000801; mu= 17.8428+/- 0.048
 mean_var=74.6313+/-14.694, 0's: 0 Z-trim(108.5): 114  B-trim: 63 in 1/49
 Lambda= 0.148461
 statistics sampled from 10122 (10270) to 10122 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.688), E-opt: 0.2 (0.315), width:  16
 Scan time:  2.890

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS1676.1 KCNF1 gene_id:3754|Hs108|chr2           ( 494) 3301 716.4 1.7e-206
CCDS13418.1 KCNB1 gene_id:3745|Hs108|chr20         ( 858) 1243 275.8 1.3e-73
CCDS6209.1 KCNB2 gene_id:9312|Hs108|chr8           ( 911) 1223 271.5 2.7e-72
CCDS6314.1 KCNV1 gene_id:27012|Hs108|chr8          ( 500)  918 206.0 7.7e-53
CCDS12019.1 KCNG2 gene_id:26251|Hs108|chr18        ( 466)  874 196.6   5e-50
CCDS42674.1 KCNG3 gene_id:170850|Hs108|chr2        ( 425)  837 188.6 1.1e-47
CCDS844.1 KCND3 gene_id:3752|Hs108|chr1            ( 636)  769 174.2 3.8e-43
CCDS843.1 KCND3 gene_id:3752|Hs108|chr1            ( 655)  769 174.2 3.9e-43
CCDS1692.1 KCNS3 gene_id:3790|Hs108|chr2           ( 491)  766 173.5 4.8e-43
CCDS5776.1 KCND2 gene_id:3751|Hs108|chr7           ( 630)  764 173.1 7.9e-43
CCDS6279.1 KCNS2 gene_id:3788|Hs108|chr8           ( 477)  756 171.3 2.1e-42
CCDS14314.1 KCND1 gene_id:3750|Hs108|chrX          ( 647)  755 171.2 3.1e-42
CCDS828.2 KCNA3 gene_id:3738|Hs108|chr1            ( 575)  649 148.5 1.9e-35
CCDS827.1 KCNA2 gene_id:3737|Hs108|chr1            ( 499)  642 146.9 4.8e-35
CCDS6447.1 KCNV2 gene_id:169522|Hs108|chr9         ( 545)  633 145.0   2e-34
CCDS13342.1 KCNS1 gene_id:3787|Hs108|chr20         ( 526)  613 140.7 3.7e-33
CCDS8535.1 KCNA1 gene_id:3736|Hs108|chr12          ( 495)  612 140.5 4.1e-33
CCDS13436.1 KCNG1 gene_id:3755|Hs108|chr20         ( 513)  605 139.0 1.2e-32
CCDS12755.1 KCNA7 gene_id:3743|Hs108|chr19         ( 456)  588 135.3 1.3e-31
CCDS826.1 KCNA10 gene_id:3744|Hs108|chr1           ( 511)  584 134.5 2.7e-31
CCDS41629.1 KCNA4 gene_id:3739|Hs108|chr11         ( 653)  585 134.8 2.8e-31
CCDS10945.1 KCNG4 gene_id:93107|Hs108|chr16        ( 519)  575 132.6   1e-30
CCDS8536.1 KCNA5 gene_id:3741|Hs108|chr12          ( 613)  568 131.1 3.3e-30
CCDS1809.1 KCNG3 gene_id:170850|Hs108|chr2         ( 436)  526 122.0 1.3e-27
CCDS9006.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12          ( 558)  472 110.5 4.8e-24
CCDS58255.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12         ( 583)  472 110.5   5e-24
CCDS9005.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12          ( 613)  472 110.6 5.2e-24
CCDS58257.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12         ( 618)  472 110.6 5.2e-24
CCDS58256.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12         ( 629)  472 110.6 5.3e-24
CCDS9007.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12          ( 638)  472 110.6 5.3e-24
CCDS44193.1 KCNC4 gene_id:3749|Hs108|chr1          ( 626)  469 109.9 8.2e-24
CCDS821.1 KCNC4 gene_id:3749|Hs108|chr1            ( 635)  469 109.9 8.3e-24
CCDS12793.1 KCNC3 gene_id:3748|Hs108|chr19         ( 757)  464 108.9   2e-23
CCDS7827.1 KCNC1 gene_id:3746|Hs108|chr11          ( 511)  451 106.0   1e-22
CCDS44547.1 KCNC1 gene_id:3746|Hs108|chr11         ( 585)  451 106.0 1.1e-22
CCDS8534.1 KCNA6 gene_id:3742|Hs108|chr12          ( 529)  443 104.3 3.4e-22
CCDS456.1 KCNQ4 gene_id:9132|Hs108|chr1            ( 695)  307 75.3 2.5e-13
CCDS4976.1 KCNQ5 gene_id:56479|Hs108|chr6          ( 932)  280 69.6 1.7e-11
CCDS13521.1 KCNQ2 gene_id:3785|Hs108|chr20         ( 393)  274 68.0 2.1e-11
CCDS55035.1 KCNQ5 gene_id:56479|Hs108|chr6         ( 822)  277 68.9 2.4e-11
CCDS46629.1 KCNQ2 gene_id:3785|Hs108|chr20         ( 841)  277 68.9 2.5e-11
CCDS13519.1 KCNQ2 gene_id:3785|Hs108|chr20         ( 854)  277 68.9 2.5e-11
CCDS13520.1 KCNQ2 gene_id:3785|Hs108|chr20         ( 872)  277 68.9 2.6e-11
CCDS55037.1 KCNQ5 gene_id:56479|Hs108|chr6         ( 923)  276 68.7 3.1e-11
CCDS55034.1 KCNQ5 gene_id:56479|Hs108|chr6         ( 951)  276 68.7 3.2e-11
CCDS13518.1 KCNQ2 gene_id:3785|Hs108|chr20         ( 844)  274 68.2 3.9e-11
CCDS7736.1 KCNQ1 gene_id:3784|Hs108|chr11          ( 676)  267 66.7 9.2e-11


>>CCDS1676.1 KCNF1 gene_id:3754|Hs108|chr2                (494 aa)
 initn: 3301 init1: 3301 opt: 3301  Z-score: 3820.7  bits: 716.4 E(32554): 1.7e-206
Smith-Waterman score: 3301; 100.0% identity (100.0% similar) in 494 aa overlap (1-494:1-494)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MDGSGERSLPEPGSQSSAASDDIEIVVNVGGVRQVLYGDLLSQYPETRLAELINCLAGGY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 MDGSGERSLPEPGSQSSAASDDIEIVVNVGGVRQVLYGDLLSQYPETRLAELINCLAGGY
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 DTIFSLCDDYDPGKREFYFDRDPDAFKCVIEVYYFGEVHMKKGICPICFKNEMDFWKVDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 DTIFSLCDDYDPGKREFYFDRDPDAFKCVIEVYYFGEVHMKKGICPICFKNEMDFWKVDL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 KFLDDCCKSHLSEKREELEEIARRVQLILDDLGVDAAEGRWRRCQKCVWKFLEKPESSCP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 KFLDDCCKSHLSEKREELEEIARRVQLILDDLGVDAAEGRWRRCQKCVWKFLEKPESSCP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 ARVVAVLSFLLILVSSVVMCMGTIPELQVLDAEGNRVEHPTLENVETACIGWFTLEYLLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 ARVVAVLSFLLILVSSVVMCMGTIPELQVLDAEGNRVEHPTLENVETACIGWFTLEYLLR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 LFSSPNKLHFALSFMNIVDVLAILPFYVSLTLTHLGARMMELTNVQQAVQALRIMRIARI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 LFSSPNKLHFALSFMNIVDVLAILPFYVSLTLTHLGARMMELTNVQQAVQALRIMRIARI
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 FKLARHSSGLQTLTYALKRSFKELGLLLMYLAVGIFVFSALGYTMEQSHPETLFKSIPQS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 FKLARHSSGLQTLTYALKRSFKELGLLLMYLAVGIFVFSALGYTMEQSHPETLFKSIPQS
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 FWWAIITMTTVGYGDIYPKTTLGKLNAAISFLCGVIAIALPIHPIINNFVRYYNKQRVLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 FWWAIITMTTVGYGDIYPKTTLGKLNAAISFLCGVIAIALPIHPIINNFVRYYNKQRVLE
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 TAAKHELELMELNSSSGGEGKTGGSRSDLDNLPPEPAGKEAPSCSSRLKLSHSDTFIPLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 TAAKHELELMELNSSSGGEGKTGGSRSDLDNLPPEPAGKEAPSCSSRLKLSHSDTFIPLL
              430       440       450       460       470       480

              490    
pF1KB5 TEEKHHRTRLQSCK
       ::::::::::::::
CCDS16 TEEKHHRTRLQSCK
              490    

>>CCDS13418.1 KCNB1 gene_id:3745|Hs108|chr20              (858 aa)
 initn: 1193 init1: 895 opt: 1243  Z-score: 1435.0  bits: 275.8 E(32554): 1.3e-73
Smith-Waterman score: 1243; 41.9% identity (74.7% similar) in 442 aa overlap (1-437:5-443)

                       10        20        30        40        50  
pF1KB5     MDGSGERSL----PEPGSQSSAASDDIEIVVNVGGVRQVLYGDLLSQYPETRLAEL
           :   : ::     :::     . . . .. .::::. . .    :.. :.:::..:
CCDS13 MPAGMTKHGSRSTSSLPPEPMEIVRSKACSRRVRLNVGGLAHEVLWRTLDRLPRTRLGKL
               10        20        30        40        50        60

             60        70        80        90       100       110  
pF1KB5 INCLAGGYDTIFSLCDDYDPGKREFYFDRDPDAFKCVIEVYYFGEVHMKKGICPICFKNE
        .:  . .:... .::::.    :..::: : ::  ... :  :..:: . .: . :..:
CCDS13 RDC--NTHDSLLEVCDDYSLDDNEYFFDRHPGAFTSILNFYRTGRLHMMEEMCALSFSQE
                 70        80        90       100       110        

            120       130        140       150       160       170 
pF1KB5 MDFWKVDLKFLDDCCKSHLSEKREEL-EEIARRVQLILDDLGVDAAEGRWRRCQKCVWKF
       .:.: .:  .:..::...  .:.:.. ::. :... . .  : .  .    . .: .: .
CCDS13 LDYWGIDEIYLESCCQARYHQKKEQMNEELKREAETLREREGEEFDNTCCAEKRKKLWDL
      120       130       140       150       160       170        

             180       190       200       210       220       230 
pF1KB5 LEKPESSCPARVVAVLSFLLILVSSVVMCMGTIPELQVLDAEGNRVEHPTLENVETACIG
       ::::.::  :...:..:...:..:.... ..:.:::: ::  :. ...: : .::..::.
CCDS13 LEKPNSSVAAKILAIISIMFIVLSTIALSLNTLPELQSLDEFGQSTDNPQLAHVEAVCIA
      180       190       200       210       220       230        

             240       250       260       270       280       290 
pF1KB5 WFTLEYLLRLFSSPNKLHFALSFMNIVDVLAILPFYVSLTLTHLGARMMELTNVQQAVQA
       :::.:::::..:::.: .:  . .: .:.:::::.::.. ::. .  .... ::...:: 
CCDS13 WFTMEYLLRFLSSPKKWKFFKGPLNAIDLLAILPYYVTIFLTESNKSVLQFQNVRRVVQI
      240       250       260       270       280       290        

             300       310       320       330       340       350 
pF1KB5 LRIMRIARIFKLARHSSGLQTLTYALKRSFKELGLLLMYLAVGIFVFSALGYTMEQSHPE
       .::::: ::.::::::.:::.: ..:.::..:::::...::.::..::.: .  :... .
CCDS13 FRIMRILRILKLARHSTGLQSLGFTLRRSYNELGLLILFLAMGIMIFSSLVFFAEKDEDD
      300       310       320       330       340       350        

             360       370       380       390       400       410 
pF1KB5 TLFKSIPQSFWWAIITMTTVGYGDIYPKTTLGKLNAAISFLCGVIAIALPIHPIINNFVR
       : ::::: ::::: ::::::::::::::: :::. ...  . ::..:::::  :.::: .
CCDS13 TKFKSIPASFWWATITMTTVGYGDIYPKTLLGKIVGGLCCIAGVLVIALPIPIIVNNFSE
      360       370       380       390       400       410        

             420       430       440       450       460       470 
pF1KB5 YYNKQRVLETAAKHELELMELNSSSGGEGKTGGSRSDLDNLPPEPAGKEAPSCSSRLKLS
       .:..:.  : : :.. : .:  . .:                                  
CCDS13 FYKEQKRQEKAIKRR-EALERAKRNGSIVSMNMKDAFARSIEMMDIVVEKNGENMGKKDK
      420       430        440       450       460       470       

>>CCDS6209.1 KCNB2 gene_id:9312|Hs108|chr8                (911 aa)
 initn: 1196 init1: 873 opt: 1223  Z-score: 1411.4  bits: 271.5 E(32554): 2.7e-72
Smith-Waterman score: 1223; 40.6% identity (73.9% similar) in 463 aa overlap (10-466:22-481)

                           10        20        30        40        
pF1KB5             MDGSGERSLPEPGSQSSAASDDIEIVVNVGGVRQVLYGDLLSQYPETR
                            ::: .   . . . .. .::::. . .    :.. :.::
CCDS62 MAEKAPPGLNRKTSRSTLSLPPEPVDIIRSKTCSRRVKINVGGLNHEVLWRTLDRLPRTR
               10        20        30        40        50        60

       50        60        70        80        90       100        
pF1KB5 LAELINCLAGGYDTIFSLCDDYDPGKREFYFDRDPDAFKCVIEVYYFGEVHMKKGICPIC
       :..: .:  . ..... .::::. .. :..::: : ::  ... :  :..:: . .: . 
CCDS62 LGKLRDC--NTHESLLEVCDDYNLNENEYFFDRHPGAFTSILNFYRTGKLHMMEEMCALS
                 70        80        90       100       110        

      110       120       130        140       150       160       
pF1KB5 FKNEMDFWKVDLKFLDDCCKSHLSEKREEL-EEIARRVQLILDDLGVDAAEGRWRRCQKC
       : .:.:.: .:  .:..::...  .:.:.. ::. :... . .  : .  .      .: 
CCDS62 FGQELDYWGIDEIYLESCCQARYHQKKEQMNEELRREAETMREREGEEFDNTCCPDKRKK
      120       130       140       150       160       170        

       170       180       190       200       210       220       
pF1KB5 VWKFLEKPESSCPARVVAVLSFLLILVSSVVMCMGTIPELQVLDAEGNRVEHPTLENVET
       .: .::::.::  :...:..:.:.:..:.... ..:.::::  :  :.  ..  : .::.
CCDS62 LWDLLEKPNSSVAAKILAIVSILFIVLSTIALSLNTLPELQETDEFGQLNDNRQLAHVEA
      180       190       200       210       220       230        

       230       240       250       260       270       280       
pF1KB5 ACIGWFTLEYLLRLFSSPNKLHFALSFMNIVDVLAILPFYVSLTLTHLGARMMELTNVQQ
       .::.:::.:::::..::::: .:  . .:..:.:::::.::.. ::. .  .... ::..
CCDS62 VCIAWFTMEYLLRFLSSPNKWKFFKGPLNVIDLLAILPYYVTIFLTESNKSVLQFQNVRR
      240       250       260       270       280       290        

       290       300       310       320       330       340       
pF1KB5 AVQALRIMRIARIFKLARHSSGLQTLTYALKRSFKELGLLLMYLAVGIFVFSALGYTMEQ
       .:: .::::: ::.::::::.:::.: ..:.::..:::::...::.::..::.: .  :.
CCDS62 VVQIFRIMRILRILKLARHSTGLQSLGFTLRRSYNELGLLILFLAMGIMIFSSLVFFAEK
      300       310       320       330       340       350        

       350       360       370       380       390       400       
pF1KB5 SHPETLFKSIPQSFWWAIITMTTVGYGDIYPKTTLGKLNAAISFLCGVIAIALPIHPIIN
       ..  : : ::: ::::: ::::::::::::::: :::. ...  . ::..:::::  :.:
CCDS62 DEDATKFTSIPASFWWATITMTTVGYGDIYPKTLLGKIVGGLCCIAGVLVIALPIPIIVN
      360       370       380       390       400       410        

       410       420       430           440        450       460  
pF1KB5 NFVRYYNKQRVLETAAKHELELMELNSSSGG----EGKTGGSRS-DLDNLPPEPAGKEAP
       :: ..:..:.  : : :.. : .:  . .:.    . : . .:: .: ..  : ::. : 
CCDS62 NFSEFYKEQKRQEKAIKRR-EALERAKRNGSIVSMNLKDAFARSMELIDVAVEKAGESAN
      420       430        440       450       460       470       

            470       480       490                                
pF1KB5 SCSSRLKLSHSDTFIPLLTEEKHHRTRLQSCK                            
       . .:                                                        
CCDS62 TKDSADDNHLSPSRWKWARKALSETSSNKSFENKYQEVSQKDSHEQLNNTSSSSPQHLSA
       480       490       500       510       520       530       

>>CCDS6314.1 KCNV1 gene_id:27012|Hs108|chr8               (500 aa)
 initn: 914 init1: 428 opt: 918  Z-score: 1062.1  bits: 206.0 E(32554): 7.7e-53
Smith-Waterman score: 918; 37.5% identity (67.2% similar) in 424 aa overlap (27-435:43-457)

                   10        20        30        40        50      
pF1KB5     MDGSGERSLPEPGSQSSAASDDIEIVVNVGGVRQVLYGDLLSQYPETRLAELINCL
                                     ::::: : ::  . :: .:.:::..:   .
CCDS63 LDSGSLTSLDSSVFCSEGEGEPLALGDCFTVNVGGSRFVLSQQALSCFPHTRLGKLAVVV
             20        30        40        50        60        70  

              60           70        80        90       100        
pF1KB5 A-----GGYDTIFS---LCDDYDPGKREFYFDRDPDAFKCVIEVYYFGEVHMKKGICPIC
       :     :.  .. :   :::: .:   :..:::. .::. :.. :  :..:. . .: . 
CCDS63 ASYRRPGALAAVPSPLELCDDANPVDNEYFFDRSSQAFRYVLHYYRTGRLHVMEQLCALS
             80        90       100       110       120       130  

      110       120       130       140       150       160        
pF1KB5 FKNEMDFWKVDLKFLDDCCKSHLSEKREELEEIARRVQLILDDLGVDAAEGRWRR--C--
       : .:...: .:   .:.::...   .:.:: :     .   :. .   .:  . .  :  
CCDS63 FLQEIQYWGIDELSIDSCCRDRYF-RRKELSETLDFKKDTEDQESQHESEQDFSQGPCPT
            140       150        160       170       180       190 

           170       180       190       200       210       220   
pF1KB5 -QKCVWKFLEKPESSCPARVVAVLSFLLILVSSVVMCMGTIPELQVLDAEGNRVEHPTLE
        .. .:..:::: ::  ::. .:.:.....:: . : . .  ::. :: .        ::
CCDS63 VRQKLWNILEKPGSSTAARIFGVISIIFVVVSIINMALMSA-ELSWLDLQ-------LLE
             200       210       220       230        240          

           230       240       250       260       270         280 
pF1KB5 NVETACIGWFTLEYLLRLFSSPNKLHFALSFMNIVDVLAILPFYVSLTLTHLGARM--ME
        .: .::.::: :..::..   .. .:  .  ::.:.:::::::..: .  :.. .  .:
CCDS63 ILEYVCISWFTGEFVLRFLCVRDRCRFLRKVPNIIDLLAILPFYITLLVESLSGSQTTQE
           250       260       270       280       290       300   

             290       300       310       320       330       340 
pF1KB5 LTNVQQAVQALRIMRIARIFKLARHSSGLQTLTYALKRSFKELGLLLMYLAVGIFVFSAL
       : :: . ::.::..:  :..::.:::.::..: ... . ..:.::::..:.::: .::..
CCDS63 LENVGRIVQVLRLLRALRMLKLGRHSTGLRSLGMTITQCYEEVGLLLLFLSVGISIFSTV
           310       320       330       340       350       360   

             350       360       370       380       390       400 
pF1KB5 GYTMEQSHPETLFKSIPQSFWWAIITMTTVGYGDIYPKTTLGKLNAAISFLCGVIAIALP
        :  ::: :.: : :.: ..:::  .::::::::: : :: ::. : . .: :....:::
CCDS63 EYFAEQSIPDTTFTSVPCAWWWATTSMTTVGYGDIRPDTTTGKIVAFMCILSGILVLALP
           370       380       390       400       410       420   

             410       420       430       440       450       460 
pF1KB5 IHPIINNFVRYYNKQRVLETAAKHELELMELNSSSGGEGKTGGSRSDLDNLPPEPAGKEA
       :  : . :   :   .. :.:....  : .:...                          
CCDS63 IAIINDRFSACYFTLKLKEAAVRQREALKKLTKNIATDSYISVNLRDVYARSIMEMLRLK
           430       440       450       460       470       480   

             470       480       490    
pF1KB5 PSCSSRLKLSHSDTFIPLLTEEKHHRTRLQSCK
                                        
CCDS63 GRERASTRSSGGDDFWF                
           490       500                

>>CCDS12019.1 KCNG2 gene_id:26251|Hs108|chr18             (466 aa)
 initn: 709 init1: 250 opt: 874  Z-score: 1011.6  bits: 196.6 E(32554): 5e-50
Smith-Waterman score: 875; 32.5% identity (65.9% similar) in 452 aa overlap (10-447:3-449)

               10        20         30        40        50         
pF1KB5 MDGSGERSLPEPGSQSSAASDDIE-IVVNVGGVRQVLYGDLLSQYPETRLAELINCLAGG
                : : : .....   . ...:::: :  :    :.. : .:: .:  :   :
CCDS12        MEPWPCSPGGGGGTRARHVIINVGGCRVRLAWAALARCPLARLERLRACR--G
                      10        20        30        40        50   

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB5 YDTIFSLCDDYDPGKREFYFDRDPDAFKCVIEVYYFGEVHMKKGICPICFKNEMDFWKVD
       .: .. .::::: .. ::.:::.: ::. .. .   :.... .: : . :..:. .: .:
CCDS12 HDDLLRVCDDYDVSRDEFFFDRSPCAFRAIVALLRAGKLRLLRGPCALAFRDELAYWGID
              60        70        80        90       100       110 

     120       130       140       150           160       170     
pF1KB5 LKFLDDCCKSHLSEKREELEEIARRVQLILDDLGVDA----AEGRWRRCQKCVWKFLEKP
          :. ::  .: ...::  : ::         :  :     .:: .: .. .   ...:
CCDS12 EARLERCCLRRLRRREEEAAE-ARAGPTERGAQGSPARALGPRGRLQRGRRRLRDVVDNP
             120       130        140       150       160       170

         180       190       200       210        220       230    
pF1KB5 ESSCPARVVAVLSFLLILVSSVVMCMGTIPELQVLDAEGN-RVEHPTLENVETACIGWFT
       .:.  ... : .:  .. :..: .:..:.:.... . .:.   .  .:  .::.:..::.
CCDS12 HSGLAGKLFACVSVSFVAVTAVGLCLSTMPDIRAEEERGECSPKCRSLFVLETVCVAWFS
              180       190       200       210       220       230

          240       250       260       270           280       290
pF1KB5 LEYLLRLFSSPNKLHFALSFMNIVDVLAILPFYVSLTLTHL----GARMMELTNVQQAVQ
       .:.::: ... .:  :  . .::.:.::.::::::: :       :....: ...  ...
CCDS12 FEFLLRSLQAESKCAFLRAPLNIIDILALLPFYVSLLLGLAAGPGGTKLLERAGL--VLR
              240       250       260       270       280          

              300       310       320       330       340          
pF1KB5 ALRIMRIARIFKLARHSSGLQTLTYALKRSFKELGLLLMYLAVGIFVFSALGYTMEQS-H
        :: .:.  ...::::: ::..:  ...:  .:.::::..: :.. .:. : .  :.   
CCDS12 LLRALRVLYVMRLARHSLGLRSLGLTMRRCAREFGLLLLFLCVAMALFAPLVHLAERELG
      290       300       310       320       330       340        

     350       360       370       380       390       400         
pF1KB5 PETLFKSIPQSFWWAIITMTTVGYGDIYPKTTLGKLNAAISFLCGVIAIALPIHPIINNF
        .  :.:.: :.:::.:.::::::::. :..  :.. :  :.: :.. .:.:.  :...:
CCDS12 ARRDFSSVPASYWWAVISMTTVGYGDMVPRSLPGQVVALSSILSGILLMAFPVTSIFHTF
      350       360       370       380       390       400        

     410        420       430         440       450       460      
pF1KB5 VRYYNK-QRVLETAAKHELELME--LNSSSGGEGKTGGSRSDLDNLPPEPAGKEAPSCSS
        : :.. ..  . ::. :  :.:   .:... : .. :  :                   
CCDS12 SRSYSELKEQQQRAASPEPALQEDSTHSATATEDSSQGPDSAGLADDSADALWVRAGR  
      410       420       430       440       450       460        

        470       480       490    
pF1KB5 RLKLSHSDTFIPLLTEEKHHRTRLQSCK

>>CCDS42674.1 KCNG3 gene_id:170850|Hs108|chr2             (425 aa)
 initn: 857 init1: 334 opt: 837  Z-score: 969.4  bits: 188.6 E(32554): 1.1e-47
Smith-Waterman score: 837; 35.0% identity (65.7% similar) in 417 aa overlap (15-417:5-409)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MDGSGERSLPEPGSQSSAASDDIEIVVNVGGVRQVLYGDLLSQYPETRLAELINCLAGGY
                     .:.:::    .:.::::.:  :  .::...:  :...: .: .   
CCDS42           MTFGRSGAAS----VVLNVGGARYSLSRELLKDFPLRRVSRLHGCRS--E
                         10            20        30        40      

               70        80        90        100       110         
pF1KB5 DTIFSLCDDYDPGKREFYFDRDPDAFKCVI-EVYYFGEVHMKKGICPICFKNEMDFWKVD
         .. .:::::  . :..:::  .::  ..  :   :....   .: . : ::: .: ..
CCDS42 RDVLEVCDDYDRERNEYFFDRHSEAFGFILLYVRGHGKLRFAPRMCELSFYNEMIYWGLE
           50        60        70        80        90       100    

     120       130       140         150           160        170  
pF1KB5 LKFLDDCCKSHLSEKREELEEI--ARRVQLILDDL----GVDAAEGR-WRRCQKCVWKFL
          :. ::. .:...  .   .  : .  ..  :     :..:: .: : . ..   . .
CCDS42 GAHLEYCCQRRLDDRMSDTYTFYSADEPGVLGRDEARPGGAEAAPSRRWLERMR---RTF
          110       120       130       140       150          160 

            180       190       200       210       220       230  
pF1KB5 EKPESSCPARVVAVLSFLLILVSSVVMCMGTIPELQVLDAEGNRVEHPTLENVETACIGW
       :.: ::  :...: .: ....:: ::.: .:.:. .   :. ::      . .:. ::::
CCDS42 EEPTSSLAAQILASVSVVFVIVSMVVLCASTLPDWRNAAAD-NRSLDDRSRIIEAICIGW
             170       180       190       200        210       220

            240       250       260       270       280       290  
pF1KB5 FTLEYLLRLFSSPNKLHFALSFMNIVDVLAILPFYVSLTLTHLGARMMELTNVQQAVQAL
       :: : ..:.. : :: .:.   .::.:.::: :.:.:. .: . ..  .:  .  ....:
CCDS42 FTAECIVRFIVSKNKCEFVKRPLNIIDLLAITPYYISVLMTVFTGENSQLQRAGVTLRVL
              230       240       250       260       270       280

            300       310       320       330       340            
pF1KB5 RIMRIARIFKLARHSSGLQTLTYALKRSFKELGLLLMYLAVGIFVFSAL------GYTME
       :.:::  ..:::::  :::::  .::: ..:. .::... :.. .::::      :  .:
CCDS42 RMMRIFWVIKLARHFIGLQTLGLTLKRCYREMVMLLVFICVAMAIFSALSQLLEHGLDLE
              290       300       310       320       330       340

        350       360       370       380       390       400      
pF1KB5 QSHPETLFKSIPQSFWWAIITMTTVGYGDIYPKTTLGKLNAAISFLCGVIAIALPIHPII
        :. .  : ::: . ::.::.::::::::.:: :. :.. ...  . :.. .::::  : 
CCDS42 TSNKD--FTSIPAACWWVIISMTTVGYGDMYPITVPGRILGGVCVVSGIVLLALPITFIY
                350       360       370       380       390        

        410       420       430       440       450       460      
pF1KB5 NNFVRYYNKQRVLETAAKHELELMELNSSSGGEGKTGGSRSDLDNLPPEPAGKEAPSCSS
       ..::. :.. .                                                 
CCDS42 HSFVQCYHELKFRSARYSRSLSTEFLN                                 
      400       410       420                                      

>>CCDS844.1 KCND3 gene_id:3752|Hs108|chr1                 (636 aa)
 initn: 757 init1: 396 opt: 769  Z-score: 888.2  bits: 174.2 E(32554): 3.8e-43
Smith-Waterman score: 803; 32.3% identity (62.6% similar) in 486 aa overlap (9-486:27-478)

                                 10        20        30        40  
pF1KB5                   MDGSGERSLPEPGSQSSAASDDIEIVVNVGGVRQVLYGDLLS
                                 .:   ....  .:.. ::.::.: :   .   : 
CCDS84 MAAGVAAWLPFARAAAIGWMPVANCPMPLAPADKNKRQDEL-IVLNVSGRRFQTWRTTLE
               10        20        30        40         50         

             50        60        70        80        90       100  
pF1KB5 QYPETRLAELINCLAGGYDTIFSLCDDYDPGKREFYFDRDPDAFKCVIEVYYFGEVHMKK
       .::.:        : :. .  : . .:     .:..:::::..:.::.. :  :..:. .
CCDS84 RYPDT--------LLGSTEKEFFFNED----TKEYFFDRDPEVFRCVLNFYRTGKLHYPR
      60                70            80        90       100       

            110       120       130       140       150       160  
pF1KB5 GICPICFKNEMDFWKVDLKFLDDCCKSHLSEKREELEEIARRVQLILDDLGVDAAEGRWR
         :   . .:. :. .  ... :::  . .....:  :     .:. :. . .  :.   
CCDS84 YECISAYDDELAFYGILPEIIGDCCYEEYKDRKRENAE-----RLMDDNDSENNQESMPS
       110       120       130       140            150       160  

             170       180       190             200       210     
pF1KB5 -RCQKCVWKFLEKPESSCPARVVAVLSFLLILVSSV------VMCMGTIPELQVLDAEGN
          .. .:. .:.:..:  : :   .. ..: :: .      : : ::.:  . :   :.
CCDS84 LSFRQTMWRAFENPHTSTLALVFYYVTGFFIAVSVITNVVETVPC-GTVPGSKELPC-GE
            170       180       190       200        210        220

         220       230       240       250       260       270     
pF1KB5 RVEHPTLENVETACIGWFTLEYLLRLFSSPNKLHFALSFMNIVDVLAILPFYVSLTLTHL
       :    ..  ..:::.  ::.:::::::..:.. .:  : :.:.::.::.:.:..:..:. 
CCDS84 RYS-VAFFCLDTACVMIFTVEYLLRLFAAPSRYRFIRSVMSIIDVVAIMPYYIGLVMTNN
               230       240       250       260       270         

         280       290       300       310       320       330     
pF1KB5 GARMMELTNVQQAVQALRIMRIARIFKLARHSSGLQTLTYALKRSFKELGLLLMYLAVGI
               .:. :  .::..:. ::::..:::.::. : :.::   .:::.::. :...:
CCDS84 -------EDVSGAFVTLRVFRVFRIFKFSRHSQGLRILGYTLKSCASELGFLLFSLTMAI
            280       290       300       310       320       330  

         340       350       360       370       380       390     
pF1KB5 FVFSALGYTMEQSHPETLFKSIPQSFWWAIITMTTVGYGDIYPKTTLGKLNAAISFLCGV
       ..:... .  :..   . : ::: :::..:.::::.::::. :::  ::. ..:  : ::
CCDS84 IIFATVMFYAEKGSSASKFTSIPASFWYTIVTMTTLGYGDMVPKTIAGKIFGSICSLSGV
            340       350       360       370       380       390  

         400       410        420       430       440       450    
pF1KB5 IAIALPIHPIINNFVRYYNK-QRVLETAAKHELELMELNSSSGGEGKTGGSRSDLDNLPP
       ..::::.  :..:: : :.. ::. .  :... .: ..  .     :::.: . : .   
CCDS84 LVIALPVPVIVSNFSRIYHQNQRADKRRAQKKARLARIRVA-----KTGSSNAYLHS-KR
            400       410       420       430            440       

          460       470       480       490                        
pF1KB5 EPAGKEAPSCSSRLKLSHSDTFIPLLTEEKHHRTRLQSCK                    
       .   .::   ..  .  :      :.  ..::                            
CCDS84 NGLLNEALELTGTPEEEHMGKTTSLIESQHHHLLHCLEKTTNHEFIDEQMFEQNCMESSM
        450       460       470       480       490       500      

CCDS84 QNYPSTRSPSLSSHPGLTTTCCSRRSKKTTHLPNSNLPATRLRSMQELSTIHIQGSEQPS
        510       520       530       540       550       560      

>>CCDS843.1 KCND3 gene_id:3752|Hs108|chr1                 (655 aa)
 initn: 757 init1: 396 opt: 769  Z-score: 888.0  bits: 174.2 E(32554): 3.9e-43
Smith-Waterman score: 803; 32.3% identity (62.6% similar) in 486 aa overlap (9-486:27-478)

                                 10        20        30        40  
pF1KB5                   MDGSGERSLPEPGSQSSAASDDIEIVVNVGGVRQVLYGDLLS
                                 .:   ....  .:.. ::.::.: :   .   : 
CCDS84 MAAGVAAWLPFARAAAIGWMPVANCPMPLAPADKNKRQDEL-IVLNVSGRRFQTWRTTLE
               10        20        30        40         50         

             50        60        70        80        90       100  
pF1KB5 QYPETRLAELINCLAGGYDTIFSLCDDYDPGKREFYFDRDPDAFKCVIEVYYFGEVHMKK
       .::.:        : :. .  : . .:     .:..:::::..:.::.. :  :..:. .
CCDS84 RYPDT--------LLGSTEKEFFFNED----TKEYFFDRDPEVFRCVLNFYRTGKLHYPR
      60                70            80        90       100       

            110       120       130       140       150       160  
pF1KB5 GICPICFKNEMDFWKVDLKFLDDCCKSHLSEKREELEEIARRVQLILDDLGVDAAEGRWR
         :   . .:. :. .  ... :::  . .....:  :     .:. :. . .  :.   
CCDS84 YECISAYDDELAFYGILPEIIGDCCYEEYKDRKRENAE-----RLMDDNDSENNQESMPS
       110       120       130       140            150       160  

             170       180       190             200       210     
pF1KB5 -RCQKCVWKFLEKPESSCPARVVAVLSFLLILVSSV------VMCMGTIPELQVLDAEGN
          .. .:. .:.:..:  : :   .. ..: :: .      : : ::.:  . :   :.
CCDS84 LSFRQTMWRAFENPHTSTLALVFYYVTGFFIAVSVITNVVETVPC-GTVPGSKELPC-GE
            170       180       190       200        210        220

         220       230       240       250       260       270     
pF1KB5 RVEHPTLENVETACIGWFTLEYLLRLFSSPNKLHFALSFMNIVDVLAILPFYVSLTLTHL
       :    ..  ..:::.  ::.:::::::..:.. .:  : :.:.::.::.:.:..:..:. 
CCDS84 RYS-VAFFCLDTACVMIFTVEYLLRLFAAPSRYRFIRSVMSIIDVVAIMPYYIGLVMTNN
               230       240       250       260       270         

         280       290       300       310       320       330     
pF1KB5 GARMMELTNVQQAVQALRIMRIARIFKLARHSSGLQTLTYALKRSFKELGLLLMYLAVGI
               .:. :  .::..:. ::::..:::.::. : :.::   .:::.::. :...:
CCDS84 -------EDVSGAFVTLRVFRVFRIFKFSRHSQGLRILGYTLKSCASELGFLLFSLTMAI
            280       290       300       310       320       330  

         340       350       360       370       380       390     
pF1KB5 FVFSALGYTMEQSHPETLFKSIPQSFWWAIITMTTVGYGDIYPKTTLGKLNAAISFLCGV
       ..:... .  :..   . : ::: :::..:.::::.::::. :::  ::. ..:  : ::
CCDS84 IIFATVMFYAEKGSSASKFTSIPASFWYTIVTMTTLGYGDMVPKTIAGKIFGSICSLSGV
            340       350       360       370       380       390  

         400       410        420       430       440       450    
pF1KB5 IAIALPIHPIINNFVRYYNK-QRVLETAAKHELELMELNSSSGGEGKTGGSRSDLDNLPP
       ..::::.  :..:: : :.. ::. .  :... .: ..  .     :::.: . : .   
CCDS84 LVIALPVPVIVSNFSRIYHQNQRADKRRAQKKARLARIRVA-----KTGSSNAYLHS-KR
            400       410       420       430            440       

          460       470       480       490                        
pF1KB5 EPAGKEAPSCSSRLKLSHSDTFIPLLTEEKHHRTRLQSCK                    
       .   .::   ..  .  :      :.  ..::                            
CCDS84 NGLLNEALELTGTPEEEHMGKTTSLIESQHHHLLHCLEKTTGLSYLVDDPLLSVRTSTIK
        450       460       470       480       490       500      

CCDS84 NHEFIDEQMFEQNCMESSMQNYPSTRSPSLSSHPGLTTTCCSRRSKKTTHLPNSNLPATR
        510       520       530       540       550       560      

>>CCDS1692.1 KCNS3 gene_id:3790|Hs108|chr2                (491 aa)
 initn: 953 init1: 617 opt: 766  Z-score: 886.3  bits: 173.5 E(32554): 4.8e-43
Smith-Waterman score: 1013; 38.6% identity (71.4% similar) in 412 aa overlap (22-417:13-417)

               10        20         30        40        50         
pF1KB5 MDGSGERSLPEPGSQSSAASDDIEIV-VNVGGVRQVLYGDLLSQYPETRLAELINCLAGG
                            : :.: .:::: .: .  . : ..:.:::..:..: .  
CCDS16          MVFGEFFHRPGQDEELVNLNVGGFKQSVDQSTLLRFPHTRLGKLLTCHS--
                        10        20        30        40           

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB5 YDTIFSLCDDYDPGKREFYFDRDPDAFKCVIEVYYFGEVHMKKGICPICFKNEMDFWKVD
        ..:. :::::. . .:.::::.:. :. :.. :: :..:. . .: . : .:...: ..
CCDS16 EEAILELCDDYSVADKEYYFDRNPSLFRYVLNFYYTGKLHVMEELCVFSFCQEIEYWGIN
      50        60        70        80        90       100         

     120       130       140       150                      160    
pF1KB5 LKFLDDCCKSHLSEKREELEEIARRVQLILDDLGVDAA--EG-------------RWRRC
         :.:.::... .:..:: .:  .  .    :...:..  :.             :. . 
CCDS16 ELFIDSCCSNRYQERKEENHE--KDWDQKSHDVSTDSSFEESSLFEKELEKFDTLRFGQL
     110       120       130         140       150       160       

          170       180       190       200       210       220    
pF1KB5 QKCVWKFLEKPESSCPARVVAVLSFLLILVSSVVMCMGTIPELQVLDAEGNRVEHPTLEN
       .: .:  .:.:     :...:. :. ..:.: :.::. .. :.:  :.:   :. :.::.
CCDS16 RKKIWIRMENPAYCLSAKLIAISSLSVVLASIVAMCVHSMSEFQNEDGE---VDDPVLEG
       170       180       190       200       210          220    

          230       240       250       260       270       280    
pF1KB5 VETACIGWFTLEYLLRLFSSPNKLHFALSFMNIVDVLAILPFYVSLTLTHLGARMMELTN
       :: :::.::: :  .:: ..: . .:  . .::.: ..:.:::..:..     .  .. :
CCDS16 VEIACIAWFTGELAVRLAAAPCQKKFWKNPLNIIDFVSIIPFYATLAVDTKEEESEDIEN
          230       240       250       260       270       280    

          290       300       310       320       330       340    
pF1KB5 VQQAVQALRIMRIARIFKLARHSSGLQTLTYALKRSFKELGLLLMYLAVGIFVFSALGYT
       . ..:: ::.::: ::.:::::: ::..:  .:..:..:.::::..:.::: .::.: :.
CCDS16 MGKVVQILRLMRIFRILKLARHSVGLRSLGATLRHSYHEVGLLLLFLSVGISIFSVLIYS
          290       300       310       320       330       340    

          350       360       370       380       390       400    
pF1KB5 MEQSHPETLFKSIPQSFWWAIITMTTVGYGDIYPKTTLGKLNAAISFLCGVIAIALPIHP
       .:..   . . :::  .::: :.:::::::: .: :  ::: :.  ..::....::::  
CCDS16 VEKDDHTSSLTSIPICWWWATISMTTVGYGDTHPVTLAGKLIASTCIICGILVVALPITI
          350       360       370       380       390       400    

          410       420       430       440       450       460    
pF1KB5 IINNFVRYYNKQRVLETAAKHELELMELNSSSGGEGKTGGSRSDLDNLPPEPAGKEAPSC
       :.:.: .::.::.                                               
CCDS16 IFNKFSKYYQKQKDIDVDQCSEDAPEKCHELPYFNIRDIYAQRMHTFITSLSSVGIVVSD
          410       420       430       440       450       460    

>>CCDS5776.1 KCND2 gene_id:3751|Hs108|chr7                (630 aa)
 initn: 769 init1: 392 opt: 764  Z-score: 882.4  bits: 173.1 E(32554): 7.9e-43
Smith-Waterman score: 825; 34.5% identity (64.4% similar) in 441 aa overlap (9-438:27-439)

                                 10        20        30        40  
pF1KB5                   MDGSGERSLPEPGSQSSAASDDIEIVVNVGGVRQVLYGDLLS
                                 .: :  :    ..:  ::.::.:.:   . : : 
CCDS57 MAAGVAAWLPFARAAAIGWMPVASGPMPAPPRQERKRTQDALIVLNVSGTRFQTWQDTLE
               10        20        30        40        50        60

             50        60        70        80        90       100  
pF1KB5 QYPETRLAELINCLAGGYDTIFSLCDDYDPGKREFYFDRDPDAFKCVIEVYYFGEVHMKK
       .::.:        : :. .  :     : :  ....:::::: :. ... :  :..:. .
CCDS57 RYPDT--------LLGSSERDFF----YHPETQQYFFDRDPDIFRHILNFYRTGKLHYPR
                       70            80        90       100        

            110       120       130       140       150        160 
pF1KB5 GICPICFKNEMDFWKVDLKFLDDCCKSHLSEKREELEEIARRVQLILDDLGVDAA-EGRW
         :   . .:. :. .  ... :::  . ...:   .: :.:.:   ::  .:.: :.  
CCDS57 HECISAYDEELAFFGLIPEIIGDCCYEEYKDRR---RENAERLQ---DDADTDTAGESAL
      110       120       130       140             150       160  

               170       180       190       200       210         
pF1KB5 --RRCQKCVWKFLEKPESSCPARVVAVLSFLLILVSSVVMCMGTIPELQVLDAEGNRVEH
            .. ::. .:.:..:  : :   .. ..: :: ..  . :.:     .. :.  : 
CCDS57 PTMTARQRVWRAFENPHTSTMALVFYYVTGFFIAVSVIANVVETVP---CGSSPGHIKEL
            170       180       190       200          210         

     220              230       240       250       260       270  
pF1KB5 PTLEN-------VETACIGWFTLEYLLRLFSSPNKLHFALSFMNIVDVLAILPFYVSLTL
       :  :        ..:::.  ::.:::::: ..:.. .:. : :.:.::.::::.:..:..
CCDS57 PCGERYAVAFFCLDTACVMIFTVEYLLRLAAAPSRYRFVRSVMSIIDVVAILPYYIGLVM
     220       230       240       250       260       270         

            280       290       300       310       320       330  
pF1KB5 THLGARMMELTNVQQAVQALRIMRIARIFKLARHSSGLQTLTYALKRSFKELGLLLMYLA
       :       .  .:. :  .::..:. ::::..:::.::. : :.::   .:::.::. :.
CCDS57 T-------DNEDVSGAFVTLRVFRVFRIFKFSRHSQGLRILGYTLKSCASELGFLLFSLT
     280              290       300       310       320       330  

            340       350       360       370       380       390  
pF1KB5 VGIFVFSALGYTMEQSHPETLFKSIPQSFWWAIITMTTVGYGDIYPKTTLGKLNAAISFL
       ..:..:... .  :..   . : ::: .::..:.::::.::::. :::  ::. ..:  :
CCDS57 MAIIIFATVMFYAEKGSSASKFTSIPAAFWYTIVTMTTLGYGDMVPKTIAGKIFGSICSL
            340       350       360       370       380       390  

            400       410        420       430       440       450 
pF1KB5 CGVIAIALPIHPIINNFVRYYNK-QRVLETAAKHELELMELNSSSGGEGKTGGSRSDLDN
        ::..::::.  :..:: : :.. ::. .  :... .: .. ....:             
CCDS57 SGVLVIALPVPVIVSNFSRIYHQNQRADKRRAQKKARLARIRAAKSGSANAYMQSKRNGL
            400       410       420       430       440       450  

             460       470       480       490                     
pF1KB5 LPPEPAGKEAPSCSSRLKLSHSDTFIPLLTEEKHHRTRLQSCK                 
                                                                   
CCDS57 LSNQLQSSEDEQAFVSKSGSSFETQHHHLLHCLEKTTNHEFVDEQVFEESCMEVATVNRP
            460       470       480       490       500       510  




494 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Sat Nov  5 12:34:09 2016 done: Sat Nov  5 12:34:10 2016
 Total Scan time:  2.890 Total Display time:  0.090

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com