Result of FASTA (ccds) for pF1KB3382
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3382, 421 aa
  1>>>pF1KB3382 421 - 421 aa - 421 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0116+/-0.0009; mu= 13.1726+/- 0.054
 mean_var=66.8451+/-13.752, 0's: 0 Z-trim(105.8): 38  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.156870
 statistics sampled from 8596 (8630) to 8596 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.647), E-opt: 0.2 (0.265), width:  16
 Scan time:  2.790

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS323.1 RCC1 gene_id:1104|Hs108|chr1             ( 421) 2822 647.6 6.3e-186
CCDS41295.1 RCC1 gene_id:1104|Hs108|chr1           ( 452) 2676 614.6  6e-176
CCDS181.1 RCC2 gene_id:55920|Hs108|chr1            ( 522)  394 98.2   2e-20
CCDS82939.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4          ( 368)  310 79.1 7.6e-15
CCDS60541.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10        ( 979)  311 79.4 1.6e-14
CCDS7274.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10         (1049)  311 79.4 1.8e-14
CCDS41533.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10        (1057)  311 79.4 1.8e-14
CCDS34028.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4          (1050)  310 79.2 2.1e-14
CCDS7828.1 SERGEF gene_id:26297|Hs108|chr11        ( 458)  295 75.8 9.9e-14
CCDS45277.1 HERC1 gene_id:8925|Hs108|chr15         (4861)  298 76.6 5.7e-13
CCDS32597.1 NEK8 gene_id:284086|Hs108|chr17        ( 692)  273 70.8 4.6e-12
CCDS10021.1 HERC2 gene_id:8924|Hs108|chr15         (4834)  271 70.5 3.9e-11
CCDS54777.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4         ( 986)  261 68.1 4.2e-11
CCDS47098.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4         (1022)  261 68.1 4.4e-11


>>CCDS323.1 RCC1 gene_id:1104|Hs108|chr1                  (421 aa)
 initn: 2822 init1: 2822 opt: 2822  Z-score: 3451.4  bits: 647.6 E(32554): 6.3e-186
Smith-Waterman score: 2822; 100.0% identity (100.0% similar) in 421 aa overlap (1-421:1-421)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MSPKRIAKRRSPPADAIPKSKKVKVSHRSHSTEPGLVLTLGQGDVGQLGLGENVMERKKP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MSPKRIAKRRSPPADAIPKSKKVKVSHRSHSTEPGLVLTLGQGDVGQLGLGENVMERKKP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 ALVSIPEDVVQAEAGGMHTVCLSKSGQVYSFGCNDEGALGRDTSVEGSEMVPGKVELQEK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ALVSIPEDVVQAEAGGMHTVCLSKSGQVYSFGCNDEGALGRDTSVEGSEMVPGKVELQEK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 VVQVSAGDSHTAALTDDGRVFLWGSFRDNNGVIGLLEPMKKSMVPVQVQLDVPVVKVASG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VVQVSAGDSHTAALTDDGRVFLWGSFRDNNGVIGLLEPMKKSMVPVQVQLDVPVVKVASG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 NDHLVMLTADGDLYTLGCGEQGQLGRVPELFANRGGRQGLERLLVPKCVMLKSRGSRGHV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NDHLVMLTADGDLYTLGCGEQGQLGRVPELFANRGGRQGLERLLVPKCVMLKSRGSRGHV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 RFQDAFCGAYFTFAISHEGHVYGFGLSNYHQLGTPGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RFQDAFCGAYFTFAISHEGHVYGFGLSNYHQLGTPGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGFS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 GGQHHTVCMDSEGKAYSLGRAEYGRLGLGEGAEEKSIPTLISRLPAVSSVACGASVGYAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GGQHHTVCMDSEGKAYSLGRAEYGRLGLGEGAEEKSIPTLISRLPAVSSVACGASVGYAV
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 TKDGRVFAWGMGTNYQLGTGQDEDAWSPVEMMGKQLENRVVLSVSSGGQHTVLLVKDKEQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TKDGRVFAWGMGTNYQLGTGQDEDAWSPVEMMGKQLENRVVLSVSSGGQHTVLLVKDKEQ
              370       380       390       400       410       420

        
pF1KB3 S
       :
CCDS32 S
        

>>CCDS41295.1 RCC1 gene_id:1104|Hs108|chr1                (452 aa)
 initn: 2808 init1: 2665 opt: 2676  Z-score: 3272.3  bits: 614.6 E(32554): 6e-176
Smith-Waterman score: 2750; 93.1% identity (93.1% similar) in 452 aa overlap (1-421:1-452)

               10        20                                        
pF1KB3 MSPKRIAKRRSPPADAIPKSKKVK-------------------------------VSHRS
       ::::::::::::::::::::::::                               :::::
CCDS41 MSPKRIAKRRSPPADAIPKSKKVKDTRAAASRRVPGARSCQGACGPSPPDQKTRPVSHRS
               10        20        30        40        50        60

      30        40        50        60        70        80         
pF1KB3 HSTEPGLVLTLGQGDVGQLGLGENVMERKKPALVSIPEDVVQAEAGGMHTVCLSKSGQVY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 HSTEPGLVLTLGQGDVGQLGLGENVMERKKPALVSIPEDVVQAEAGGMHTVCLSKSGQVY
               70        80        90       100       110       120

      90       100       110       120       130       140         
pF1KB3 SFGCNDEGALGRDTSVEGSEMVPGKVELQEKVVQVSAGDSHTAALTDDGRVFLWGSFRDN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SFGCNDEGALGRDTSVEGSEMVPGKVELQEKVVQVSAGDSHTAALTDDGRVFLWGSFRDN
              130       140       150       160       170       180

     150       160       170       180       190       200         
pF1KB3 NGVIGLLEPMKKSMVPVQVQLDVPVVKVASGNDHLVMLTADGDLYTLGCGEQGQLGRVPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NGVIGLLEPMKKSMVPVQVQLDVPVVKVASGNDHLVMLTADGDLYTLGCGEQGQLGRVPE
              190       200       210       220       230       240

     210       220       230       240       250       260         
pF1KB3 LFANRGGRQGLERLLVPKCVMLKSRGSRGHVRFQDAFCGAYFTFAISHEGHVYGFGLSNY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LFANRGGRQGLERLLVPKCVMLKSRGSRGHVRFQDAFCGAYFTFAISHEGHVYGFGLSNY
              250       260       270       280       290       300

     270       280       290       300       310       320         
pF1KB3 HQLGTPGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGFSGGQHHTVCMDSEGKAYSLGRAEYGRLGLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 HQLGTPGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGFSGGQHHTVCMDSEGKAYSLGRAEYGRLGLG
              310       320       330       340       350       360

     330       340       350       360       370       380         
pF1KB3 EGAEEKSIPTLISRLPAVSSVACGASVGYAVTKDGRVFAWGMGTNYQLGTGQDEDAWSPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EGAEEKSIPTLISRLPAVSSVACGASVGYAVTKDGRVFAWGMGTNYQLGTGQDEDAWSPV
              370       380       390       400       410       420

     390       400       410       420 
pF1KB3 EMMGKQLENRVVLSVSSGGQHTVLLVKDKEQS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EMMGKQLENRVVLSVSSGGQHTVLLVKDKEQS
              430       440       450  

>>CCDS181.1 RCC2 gene_id:55920|Hs108|chr1                 (522 aa)
 initn: 272 init1: 111 opt: 394  Z-score: 480.1  bits: 98.2 E(32554): 2e-20
Smith-Waterman score: 394; 24.8% identity (58.1% similar) in 387 aa overlap (50-421:132-506)

      20        30        40        50         60        70        
pF1KB3 SKKVKVSHRSHSTEPGLVLTLGQGDVGQLGLGENVM-ERKKPALVSIPEDVVQAEAGGMH
                                     ::.:.   ..   :...   .: . . . :
CCDS18 CKGQLLIFGATNWDLIGRKEVPKQQAAYRNLGQNLWGPHRYGCLAGVRVRTVVSGSCAAH
             110       120       130       140       150       160 

       80        90       100         110       120       130      
pF1KB3 TVCLSKSGQVYSFGCNDEGALGR-DTS-VEGSEMVPGKVELQEKVVQVSAGDSHTAALTD
       .. ..  :...:.: :..: ::. ::. ::. ... :    .: .:... : .:: :::.
CCDS18 SLLITTEGKLWSWGRNEKGQLGHGDTKRVEAPRLIEGLS--HEVIVSAACGRNHTLALTE
             170       180       190       200         210         

        140       150       160       170        180       190     
pF1KB3 DGRVFLWGSFRDNNGVIGLLEPMKKSMVPVQVQLD-VPVVKVASGNDHLVMLTADGDLYT
        : :: .:  ... : .:: .       :.:.. .  :..:.: : .  ...   :.::.
CCDS18 TGSVFAFG--ENKMGQLGLGNQTDAVPSPAQIMYNGQPITKMACGAEFSMIMDCKGNLYS
     220         230       240       250       260       270       

         200        210       220       230              240       
pF1KB3 LGCGEQGQLGRVPE-LFANRGGRQGLERLLVPKCVML---KSRGSR----GHVRFQDAFC
       .:: : ::::.  .  :  :. :   .  :::. : .   :.. ..     .:  .:. :
CCDS18 FGCPEYGQLGHNSDGKFIARAQRIEYDCELVPRRVAIFIEKTKDGQILPVPNVVVRDVAC
       280       290       300       310       320       330       

       250       260       270       280       290       300       
pF1KB3 GAYFTFAISHEGHVYGFGLSNYHQLGTPGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGFSGGQHHTV
       ::  :.... . .:...:...: .::    .. ..:. .  :    ..   . .:   . 
CCDS18 GANHTLVLDSQKRVFSWGFGGYGRLGHAEQKDEMVPRLVKLFDFPGRGASQIYAGYTCSF
       340       350       360       370       380       390       

       310       320       330       340         350       360     
pF1KB3 CMDSEGKAYSLGRAEYGRLGLGEGAEEKSIPTLISRLPA--VSSVACGASVGYAVTKDGR
        ..  :  .  : .. .:       :    :  .. : .  . :.::: : .  :. :  
CCDS18 AVSEVGGLFFWGATNTSR-------ESTMYPKAVQDLCGWRIRSLACGKS-SIIVAADES
       400       410              420       430       440          

         370        380       390       400       410       420    
pF1KB3 VFAWGMGTNY-QLGTGQDEDAWSPVEMMGKQLENRVVLSVSSGGQHTVLLVKDKEQS   
       ...:: . .. .:: :. .   : . .  : :..    .:. : .:......:. ..   
CCDS18 TISWGPSPTFGELGYGDHKPKSSTAAQEVKTLDGIFSEQVAMGYSHSLVIARDESETEKE
     450       460       470       480       490       500         

CCDS18 KIKKLPEYNPRTL
     510       520  

>>CCDS82939.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4               (368 aa)
 initn: 268 init1: 191 opt: 310  Z-score: 380.0  bits: 79.1 E(32554): 7.6e-15
Smith-Waterman score: 362; 30.4% identity (57.3% similar) in 286 aa overlap (127-407:92-357)

        100       110       120       130       140       150      
pF1KB3 GALGRDTSVEGSEMVPGKVELQEKVVQVSAGDSHTAALTDDGRVFLWGSFRDNNGVIGLL
                                     :.::. ::.: :..: ::.  :  : .::.
CCDS82 TKGQLGHEREGNKPEQIGALADQHIIHVACGESHSLALSDRGQLFSWGAGSD--GQLGLM
              70        80        90       100       110           

        160        170        180       190       200       210    
pF1KB3 EPMKKSMVPVQVQ-LDVP-VVKVASGNDHLVMLTADGDLYTLGCGEQGQLGRVPELFANR
           .  ::  .: :.   ...:. :: : . :.:::...: : . .::::   : : ..
CCDS82 TTEDSVAVPRLIQKLNQQTILQVSCGNWHCLALAADGQFFTWGKNSHGQLGLGKE-FPSQ
     120       130       140       150       160       170         

          220       230       240       250       260       270    
pF1KB3 GGRQGLERLLVPKCVMLKSRGSRGHVRFQDAFCGAYFTFAISHEGHVYGFGLSNYHQLGT
       .. :             . :. .:    : :  ::. .::.:  : :.:.:..:  ::: 
CCDS82 ASPQ-------------RVRSLEGIPLAQVAAGGAH-SFALSLSGAVFGWGMNNAGQLGL
      180                    190       200        210       220    

          280       290       300       310       320       330    
pF1KB3 PGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGFSGGQHHTVCMDSEGKAYSLGRAEYGRLGLGEGAEE
          ..   : ..  ..  :.. : .: :..::. . . : ....: .  :.::     .:
CCDS82 SDEKDRESPCHVKLLR--TQKVVYISCGEEHTAVLTKSGGVFTFGAGSCGQLGHDSMNDE
          230       240         250       260       270       280  

          340         350        360       370       380       390 
pF1KB3 KSIPTLISRL--PAVSSVACGASVGYA-VTKDGRVFAWGMGTNYQLGTGQDEDAWSPVEM
        . :  . .:    :...::: .   : : ..: ..:.: :.  :::::.  ..  :  .
CCDS82 VN-PRRVLELMGSEVTQIACGRQHTLAFVPSSGLIYAFGCGARGQLGTGHTCNVKCPSPV
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             400       410       420 
pF1KB3 MGKQLENRVVLSVSSGGQHTVLLVKDKEQS
        :    .   ::. .:              
CCDS82 KGYWAAHSGQLSARAGKNDCLWNLKVF   
             350       360           

>>CCDS60541.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10             (979 aa)
 initn: 308 init1: 155 opt: 311  Z-score: 374.0  bits: 79.4 E(32554): 1.6e-14
Smith-Waterman score: 515; 31.1% identity (60.2% similar) in 367 aa overlap (37-393:1-343)

         10        20        30        40        50            60  
pF1KB3 AKRRSPPADAIPKSKKVKVSHRSHSTEPGLVLTLGQGDVGQLGLG----ENVMERKKPAL
                                     .:  :... ::::::    : :.: .:  .
CCDS60                               MLCWGNASFGQLGLGGIDEEIVLEPRKSDF
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pF1KB3 VSIPEDVVQAEAGGMHTVCLSKSGQVYSFGCNDEGALGRDTSVEGSEMVPGKVELQ-EKV
         : . : ..  :  ::: .  .: ::. :::: : ::.. : .  :.:   : :. ...
CCDS60 F-INKRVRDVGCGLRHTVFVLDDGTVYTCGCNDLGQLGHEKSRKKPEQV---VALDAQNI
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pF1KB3 VQVSAGDSHTAALTDDGRVFLWGSFRDNNGVIGLLEPMKKSMVPVQVQL--DVPVVKVAS
       : :: :..:: ::.: :.:. ::   :..: .::.   .   :: ...   :. .:.:: 
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pF1KB3 GNDHLVMLTADGDLYTLGCGEQGQLGRVPELFANRGGRQGLERLLVPKCVMLKSRGSRGH
       :  : . :.  ....  : .. ::::     ...   .:   .::  : ..    :    
CCDS60 GYYHSLALSKASEVFCWGQNKYGQLG-----LGTDCKKQTSPQLL--KSLL----G----
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pF1KB3 VRFQDAFCGAYFTFAISHEGHVYGFGLSNYHQLGTPGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGF
       . :...  :.  .:...  : ..:.: ... :::    .. ..:. : :..  ... : .
CCDS60 IPFMQVAAGGAHSFVLTLSGAIFGWGRNKFGQLGLNDENDRYVPNLLKSLR--SQKIVYI
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pF1KB3 SGGQHHTVCMDSEGKAYSLGRAEYGRLGLGEGAEEKSIPTLISRL--PAVSSVACGASVG
         :. ::. . .:: ....: . ::.:: .  ..: . :  . .:    :. .::: .  
CCDS60 CCGEDHTAALTKEGGVFTFGAGGYGQLGHNSTSHEIN-PRKVFELMGSIVTEIACGRQHT
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pF1KB3 YA-VTKDGRVFAWGMGTNYQLGTGQDEDAWSPVEMMGKQLENRVVLSVSSGGQHTVLLVK
        : : ..::....:.: : :::::.  .  ::  . :                       
CCDS60 SAFVPSSGRIYSFGLGGNGQLGTGSTSNRKSPFTVKGNWYPYNGQCLPDIDSEEYFCVKR
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pF1KB3 DKEQS                                                       
                                                                   
CCDS60 IFSGGDQSFSHYSSPQNCGPPDDFRCPNPTKQIWTVNEALIQKWLSYPSGRFPVEIANEI
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>>CCDS7274.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10              (1049 aa)
 initn: 308 init1: 155 opt: 311  Z-score: 373.5  bits: 79.4 E(32554): 1.8e-14
Smith-Waterman score: 515; 31.1% identity (60.2% similar) in 367 aa overlap (37-393:1-343)

         10        20        30        40        50            60  
pF1KB3 AKRRSPPADAIPKSKKVKVSHRSHSTEPGLVLTLGQGDVGQLGLG----ENVMERKKPAL
                                     .:  :... ::::::    : :.: .:  .
CCDS72                               MLCWGNASFGQLGLGGIDEEIVLEPRKSDF
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pF1KB3 VSIPEDVVQAEAGGMHTVCLSKSGQVYSFGCNDEGALGRDTSVEGSEMVPGKVELQ-EKV
         : . : ..  :  ::: .  .: ::. :::: : ::.. : .  :.:   : :. ...
CCDS72 F-INKRVRDVGCGLRHTVFVLDDGTVYTCGCNDLGQLGHEKSRKKPEQV---VALDAQNI
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pF1KB3 VQVSAGDSHTAALTDDGRVFLWGSFRDNNGVIGLLEPMKKSMVPVQVQL--DVPVVKVAS
       : :: :..:: ::.: :.:. ::   :..: .::.   .   :: ...   :. .:.:: 
CCDS72 VAVSCGEAHTLALNDKGQVYAWGL--DSDGQLGLVGSEECIRVPRNIKSLSDIQIVQVAC
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pF1KB3 GNDHLVMLTADGDLYTLGCGEQGQLGRVPELFANRGGRQGLERLLVPKCVMLKSRGSRGH
       :  : . :.  ....  : .. ::::     ...   .:   .::  : ..    :    
CCDS72 GYYHSLALSKASEVFCWGQNKYGQLG-----LGTDCKKQTSPQLL--KSLL----G----
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pF1KB3 VRFQDAFCGAYFTFAISHEGHVYGFGLSNYHQLGTPGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGF
       . :...  :.  .:...  : ..:.: ... :::    .. ..:. : :..  ... : .
CCDS72 IPFMQVAAGGAHSFVLTLSGAIFGWGRNKFGQLGLNDENDRYVPNLLKSLR--SQKIVYI
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pF1KB3 SGGQHHTVCMDSEGKAYSLGRAEYGRLGLGEGAEEKSIPTLISRL--PAVSSVACGASVG
         :. ::. . .:: ....: . ::.:: .  ..: . :  . .:    :. .::: .  
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pF1KB3 YA-VTKDGRVFAWGMGTNYQLGTGQDEDAWSPVEMMGKQLENRVVLSVSSGGQHTVLLVK
        : : ..::....:.: : :::::.  .  ::  . :                       
CCDS72 SAFVPSSGRIYSFGLGGNGQLGTGSTSNRKSPFTVKGNWYPYNGQCLPDIDSEEYFCVKR
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pF1KB3 DKEQS                                                       
                                                                   
CCDS72 IFSGGDQSFSHYSSPQNCGPPDDFRCPNPTKQIWTVNEALIQKWLSYPSGRFPVEIANEI
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>>CCDS41533.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10             (1057 aa)
 initn: 308 init1: 155 opt: 311  Z-score: 373.4  bits: 79.4 E(32554): 1.8e-14
Smith-Waterman score: 515; 31.1% identity (60.2% similar) in 367 aa overlap (37-393:1-343)

         10        20        30        40        50            60  
pF1KB3 AKRRSPPADAIPKSKKVKVSHRSHSTEPGLVLTLGQGDVGQLGLG----ENVMERKKPAL
                                     .:  :... ::::::    : :.: .:  .
CCDS41                               MLCWGNASFGQLGLGGIDEEIVLEPRKSDF
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pF1KB3 VSIPEDVVQAEAGGMHTVCLSKSGQVYSFGCNDEGALGRDTSVEGSEMVPGKVELQ-EKV
         : . : ..  :  ::: .  .: ::. :::: : ::.. : .  :.:   : :. ...
CCDS41 F-INKRVRDVGCGLRHTVFVLDDGTVYTCGCNDLGQLGHEKSRKKPEQV---VALDAQNI
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pF1KB3 VQVSAGDSHTAALTDDGRVFLWGSFRDNNGVIGLLEPMKKSMVPVQVQL--DVPVVKVAS
       : :: :..:: ::.: :.:. ::   :..: .::.   .   :: ...   :. .:.:: 
CCDS41 VAVSCGEAHTLALNDKGQVYAWGL--DSDGQLGLVGSEECIRVPRNIKSLSDIQIVQVAC
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pF1KB3 GNDHLVMLTADGDLYTLGCGEQGQLGRVPELFANRGGRQGLERLLVPKCVMLKSRGSRGH
       :  : . :.  ....  : .. ::::     ...   .:   .::  : ..    :    
CCDS41 GYYHSLALSKASEVFCWGQNKYGQLG-----LGTDCKKQTSPQLL--KSLL----G----
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pF1KB3 VRFQDAFCGAYFTFAISHEGHVYGFGLSNYHQLGTPGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGF
       . :...  :.  .:...  : ..:.: ... :::    .. ..:. : :..  ... : .
CCDS41 IPFMQVAAGGAHSFVLTLSGAIFGWGRNKFGQLGLNDENDRYVPNLLKSLR--SQKIVYI
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pF1KB3 SGGQHHTVCMDSEGKAYSLGRAEYGRLGLGEGAEEKSIPTLISRL--PAVSSVACGASVG
         :. ::. . .:: ....: . ::.:: .  ..: . :  . .:    :. .::: .  
CCDS41 CCGEDHTAALTKEGGVFTFGAGGYGQLGHNSTSHEIN-PRKVFELMGSIVTEIACGRQHT
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pF1KB3 YA-VTKDGRVFAWGMGTNYQLGTGQDEDAWSPVEMMGKQLENRVVLSVSSGGQHTVLLVK
        : : ..::....:.: : :::::.  .  ::  . :                       
CCDS41 SAFVPSSGRIYSFGLGGNGQLGTGSTSNRKSPFTVKGNWYPYNGQCLPDIDSEEYFCVKR
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pF1KB3 DKEQS                                                       
                                                                   
CCDS41 IFSGGDQSFSHYSSPQNCGPPDDFRCPNPTKQIWTVNEALIQKWLSYPSGRFPVEIANEI
        370       380       390       400       410       420      

>>CCDS34028.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4               (1050 aa)
 initn: 268 init1: 191 opt: 310  Z-score: 372.3  bits: 79.2 E(32554): 2.1e-14
Smith-Waterman score: 367; 29.9% identity (56.9% similar) in 311 aa overlap (127-419:92-382)

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pF1KB3 GALGRDTSVEGSEMVPGKVELQEKVVQVSAGDSHTAALTDDGRVFLWGSFRDNNGVIGLL
                                     :.::. ::.: :..: ::.  :  : .::.
CCDS34 TKGQLGHEREGNKPEQIGALADQHIIHVACGESHSLALSDRGQLFSWGAGSD--GQLGLM
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pF1KB3 EPMKKSMVPVQVQ-LDVP-VVKVASGNDHLVMLTADGDLYTLGCGEQGQLGRVPELFANR
           .  ::  .: :.   ...:. :: : . :.:::...: : . .::::   : : ..
CCDS34 TTEDSVAVPRLIQKLNQQTILQVSCGNWHCLALAADGQFFTWGKNSHGQLGLGKE-FPSQ
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          220       230       240       250       260       270    
pF1KB3 GGRQGLERLLVPKCVMLKSRGSRGHVRFQDAFCGAYFTFAISHEGHVYGFGLSNYHQLGT
       .. :             . :. .:    : :  ::. .::.:  : :.:.:..:  ::: 
CCDS34 ASPQ-------------RVRSLEGIPLAQVAAGGAH-SFALSLSGAVFGWGMNNAGQLGL
      180                    190       200        210       220    

          280       290       300       310       320       330    
pF1KB3 PGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGFSGGQHHTVCMDSEGKAYSLGRAEYGRLGLGEGAEE
          ..   : ..  ..  :.. : .: :..::. . . : ....: .  :.::  .. ..
CCDS34 SDEKDRESPCHVKLLR--TQKVVYISCGEEHTAVLTKSGGVFTFGAGSCGQLG-HDSMND
          230       240         250       260       270        280 

          340         350        360       370       380       390 
pF1KB3 KSIPTLISRL--PAVSSVACGASVGYA-VTKDGRVFAWGMGTNYQLGTGQDEDAWSPVEM
       .  :  . .:    :...::: .   : : ..: ..:.: :.  :::::.  ..  :  .
CCDS34 EVNPRRVLELMGSEVTQIACGRQHTLAFVPSSGLIYAFGCGARGQLGTGHTCNVKCPSPV
             290       300       310       320       330       340 

                          400       410       420                  
pF1KB3 MGK------QLENR-------VVLSVSSGGQHTVLLVKDKEQS                 
        :       ::  :       .: .. :::..: .: .  :                   
CCDS34 KGYWAAHSGQLSARADRFKYHIVKQIFSGGDQTFVLCSKYENYSPAVDFRTMNQAHYTSL
             350       360       370       380       390       400 

CCDS34 INDETIAVWRQKLSEHNNANTINGVVQILSSAACWNGSFLEKKIDEHFKTSPKIPGIDLN
             410       420       430       440       450       460 

>>CCDS7828.1 SERGEF gene_id:26297|Hs108|chr11             (458 aa)
 initn: 238 init1: 154 opt: 295  Z-score: 360.0  bits: 75.8 E(32554): 9.9e-14
Smith-Waterman score: 304; 27.5% identity (51.8% similar) in 367 aa overlap (82-416:64-401)

              60        70        80        90       100       110 
pF1KB3 ENVMERKKPALVSIPEDVVQAEAGGMHTVCLSKSGQVYSFGCNDEGALGRDTSVEGSEMV
                                     .. .:...  : : .: ::   . .   ..
CCDS78 EDVLLPQQLNDFCKPRSVRRITGGGGHSAVVTDGGDLFVCGLNKDGQLGLGHTEDIPYFT
            40        50        60        70        80        90   

             120       130       140       150       160       170 
pF1KB3 PGKVELQEKVVQVSAGDSHTAALTDDGRVFLWGSFRDNNGVIGLLEPMKKSMVPVQVQLD
       : :  .   . ::. : . :  ::..:.:.  ::  .. : .:. .  .. .::  ..: 
CCDS78 PCKSLFGCPIQQVACGWDFTIMLTENGQVLSCGS--NSFGQLGVPHGPRRCVVPQAIELH
           100       110       120         130       140       150 

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pF1KB3 VP-VVKVASGNDHLVMLTADGDLYTLG-----CGEQGQLGRVPELF--ANRGGR-QGLER
          :: .:.:  : :  ::.: ..  :     ::..   :..  ::  :.. .:  ::: 
CCDS78 KEKVVCIAAGLRHAVAATASGIVFQWGTGLASCGRRLCPGQTLPLFFTAKEPSRVTGLEN
             160       170       180       190       200       210 

            230       240       250       260       270       280  
pF1KB3 LLVPKCVMLKSRGSRGHVRFQDAFCGAYFTFAISHEGHVYGFGLSNYHQLGTPGTESCF-
         .  ::.    ::   . . ::             :.:: .: :: :  :  ..:. : 
CCDS78 SKA-MCVLA---GSDHSASLTDA-------------GEVYVWG-SNKH--GQLANEAAFL
                 220       230                     240         250 

                290         300       310       320           330  
pF1KB3 -IPQNLTS--FKNS--TKSWVGFSGGQHHTVCMDSEGKAYSLGRAEYGRLG----LGEGA
        .::.. .  :.:   :  : :..    : : .   :: .. :::.::.::      :: 
CCDS78 PVPQKIEAHCFQNEKVTAIWSGWT----HLVAQTETGKMFTWGRADYGQLGRKLETYEGW
             260       270           280       290       300       

                         340       350       360       370         
pF1KB3 E-EK------------SIPTLISRLPAVSSVACGASVGYAVTKDGRVFAWGMGTNYQLGT
       . ::            :.:.    : ... :.::.  . :.   :  ..:: . . . : 
CCDS78 KLEKQDSFLPCSRPPNSMPSSPHCLTGATEVSCGSEHNLAII-GGVCYSWGWNEHGMCGD
       310       320       330       340        350       360      

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pF1KB3 GQDEDAWSPVEMMGKQLENRVVLSVSSGGQHTVLLVKDKEQS                  
       : . ..:.:  .  . : .   : :. :. :.. : .                       
CCDS78 GTEANVWAPKPV--QALLSSSGLLVGCGAGHSLALCQLPAHPALVQDPKVTYLSPDAIED
        370         380       390       400       410       420    

CCDS78 TESQKAMDKERNWKERQSETSTQSQSDWSRNGGL
          430       440       450        

>>CCDS45277.1 HERC1 gene_id:8925|Hs108|chr15              (4861 aa)
 initn: 220 init1: 164 opt: 298  Z-score: 346.3  bits: 76.6 E(32554): 5.7e-13
Smith-Waterman score: 375; 28.0% identity (58.3% similar) in 357 aa overlap (35-378:4046-4377)

           10        20        30        40        50            60
pF1KB3 RIAKRRSPPADAIPKSKKVKVSHRSHSTEPGLVLTLGQGDVGQLGLGEN----VMERKKP
                                     : ::. :.:. :.:: :..    :.   . 
CCDS45 NVMVPAAAPSFSQAQQVICGQNCTFVIQANGTVLACGEGSYGRLGQGNSDDLHVLTVISA
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pF1KB3 ALVSIPEDVVQAEAGGMHTVCLSKSGQVYSFGCNDEGALGRDTSVEGSEMVPGKVE-LQ-
           .  ..: . ..  :.. :..::.:.:.: .: : ::. .:    .  : ..: :: 
CCDS45 LQGFVVTQLVTSCGSDGHSMALTESGEVFSWGDGDYGKLGHGNS--DRQRRPRQIEALQG
        4080      4090      4100      4110        4120      4130   

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pF1KB3 EKVVQVSAGDSHTAALTDDGRVFLWGSFRDNNGVIGLLEPMKKSMVPVQVQLD-VPVVKV
       :.:::.: : .:.:..:.::..: .:.   . : .:: .  .:..    . :.   . .:
CCDS45 EEVVQMSCGFKHSAVVTSDGKLFTFGN--GDYGRLGLGNTSNKKLPERVTALEGYQIGQV
          4140      4150      4160        4170      4180      4190 

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pF1KB3 ASGNDHLVMLTADGDL-YTLGCGEQGQLGRVPELFANRGGRQGLERLLVPKCVMLKSRGS
       : : .: . ..:::.. ...: :. :.::     ..:  .... ... :  :        
CCDS45 ACGLNHTLAVSADGSMVWAFGDGDYGKLG-----LGNSTAKSSPQKIDV-LC--------
            4200      4210      4220           4230                

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pF1KB3 RGHVRFQDAFCGAYFTFAISHEGHVYGFGLSNYHQLGTPGTESCFIPQNLTSFKNSTKSW
        : . .. . ::. :. :....:::: :: .    :    ...   ::..  . .     
CCDS45 -G-IGIKKVACGTQFSVALTKDGHVYTFGQDRLIGLPEGRARNHNRPQQIPVLAGVIIED
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        300       310       320       330       340            350 
pF1KB3 VGFSGGQHHTVCMDSEGKAYSLGRAEYGRLGLGEGAEEKSIPTLISRLPA-----VSSVA
       :.   : .::. . :.: .:. :    :.::::.  . .  :::.. : .     .:.  
CCDS45 VAV--GAEHTLALASNGDVYAWGSNSEGQLGLGHTNHVRE-PTLVTGLQGKNVRQISAGR
          4300      4310      4320      4330       4340      4350  

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pF1KB3 CGASVGYAVTKDGRVFAWGMGTNYQLGTGQDEDAWSPVEMMGKQLENRVVLSVSSGGQHT
       : ...  :     :  : :...  :::                                 
CCDS45 CHSAAWTAPPVPPR--APGVSVPLQLGLPDTVPPQYGALREVSIHTVRARLRLLYHFSDL
           4360        4370      4380      4390      4400      4410




421 residues in 1 query   sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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