Result of FASTA (ccds) for pF1KB9777
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9777, 788 aa
  1>>>pF1KB9777 788 - 788 aa - 788 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6206+/-0.00105; mu= 5.1845+/- 0.064
 mean_var=176.6067+/-36.342, 0's: 0 Z-trim(109.9): 82  B-trim: 83 in 1/50
 Lambda= 0.096510
 statistics sampled from 11145 (11227) to 11145 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.692), E-opt: 0.2 (0.345), width:  16
 Scan time:  2.800

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS32301.2 TBC1D2B gene_id:23102|Hs108|chr15      ( 914) 5244 743.1 4.8e-214
CCDS45314.1 TBC1D2B gene_id:23102|Hs108|chr15      ( 963) 5132 727.5 2.5e-209
CCDS75865.1 TBC1D2 gene_id:55357|Hs108|chr9        ( 928) 1600 235.7 2.7e-61
CCDS35080.1 TBC1D2 gene_id:55357|Hs108|chr9        ( 917) 1424 211.2 6.3e-54
CCDS59137.1 TBC1D2 gene_id:55357|Hs108|chr9        ( 468) 1344 199.9 8.1e-51
CCDS14002.1 SGSM3 gene_id:27352|Hs108|chr22        ( 749)  682 107.8 6.7e-23
CCDS14522.1 TBC1D8B gene_id:54885|Hs108|chrX       (1120)  516 84.8 8.4e-16
CCDS47136.1 TBC1D9 gene_id:23158|Hs108|chr4        (1266)  516 84.8 9.3e-16
CCDS46375.1 TBC1D8 gene_id:11138|Hs108|chr2        (1140)  508 83.7 1.9e-15
CCDS82486.1 TBC1D8 gene_id:11138|Hs108|chr2        (1155)  508 83.7 1.9e-15
CCDS9534.2 GRTP1 gene_id:79774|Hs108|chr13         ( 336)  490 80.9 3.8e-15
CCDS66591.1 GRTP1 gene_id:79774|Hs108|chr13        ( 344)  490 80.9 3.9e-15
CCDS4450.1 TBC1D9B gene_id:23061|Hs108|chr5        (1233)  476 79.3 4.3e-14
CCDS43408.1 TBC1D9B gene_id:23061|Hs108|chr5       (1250)  476 79.3 4.4e-14
CCDS8162.1 TBC1D10C gene_id:374403|Hs108|chr11     ( 446)  447 75.0 3.1e-13
CCDS10676.2 TBC1D10B gene_id:26000|Hs108|chr16     ( 808)  438 73.9 1.2e-12
CCDS13874.1 TBC1D10A gene_id:83874|Hs108|chr22     ( 508)  411 70.0 1.1e-11
CCDS56227.1 TBC1D10A gene_id:83874|Hs108|chr22     ( 515)  411 70.0 1.1e-11


>>CCDS32301.2 TBC1D2B gene_id:23102|Hs108|chr15           (914 aa)
 initn: 5244 init1: 5244 opt: 5244  Z-score: 3956.2  bits: 743.1 E(32554): 4.8e-214
Smith-Waterman score: 5244; 100.0% identity (100.0% similar) in 788 aa overlap (1-788:127-914)

                                             10        20        30
pF1KB9                               MTYWLQELQQKRWEYCNSLDMVKWDSRTSP
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 AAEPGTEPPAHFQVHSAGAVTVLKAPNRQLMTYWLQELQQKRWEYCNSLDMVKWDSRTSP
        100       110       120       130       140       150      

               40        50        60        70        80        90
pF1KB9 TPGDFPKGLVARDNTDLIYPHPNASAEKARNVLAVETVPGELVGEQAANQPAPGHPNSIN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TPGDFPKGLVARDNTDLIYPHPNASAEKARNVLAVETVPGELVGEQAANQPAPGHPNSIN
        160       170       180       190       200       210      

              100       110       120       130       140       150
pF1KB9 FYSLKQWGNELKNSMSSFRPGRGHNDSRRTVFYTNEEWELLDPTPKDLEESIVQEEKKKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 FYSLKQWGNELKNSMSSFRPGRGHNDSRRTVFYTNEEWELLDPTPKDLEESIVQEEKKKL
        220       230       240       250       260       270      

              160       170       180       190       200       210
pF1KB9 TPEGNKGVTGSGFPFDFGRNPYKGKRPLKDIIGSYKNRHSSGDPSSEGTSGSGSVSIRKP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TPEGNKGVTGSGFPFDFGRNPYKGKRPLKDIIGSYKNRHSSGDPSSEGTSGSGSVSIRKP
        280       290       300       310       320       330      

              220       230       240       250       260       270
pF1KB9 ASEMQLQVQSQQEELEQLKKDLSSQKELVRLLQQTVRSSQYDKYFTSSRLCEGVPKDTLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ASEMQLQVQSQQEELEQLKKDLSSQKELVRLLQQTVRSSQYDKYFTSSRLCEGVPKDTLE
        340       350       360       370       380       390      

              280       290       300       310       320       330
pF1KB9 LLHQKDDQILGLTSQLERFSLEKESLQQEVRTLKSKVGELNEQLGMLMETIQAKDEVIIK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LLHQKDDQILGLTSQLERFSLEKESLQQEVRTLKSKVGELNEQLGMLMETIQAKDEVIIK
        400       410       420       430       440       450      

              340       350       360       370       380       390
pF1KB9 LSEGEGNGPPPTVAPSSPSVVPVARDQLELDRLKDNLQGYKTQNKFLNKEILELSALRRN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LSEGEGNGPPPTVAPSSPSVVPVARDQLELDRLKDNLQGYKTQNKFLNKEILELSALRRN
        460       470       480       490       500       510      

              400       410       420       430       440       450
pF1KB9 AERRERDLMAKYSSLEAKLCQIESKYLILLQEMKTPVCSEDQGPTREVIAQLLEDALQVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 AERRERDLMAKYSSLEAKLCQIESKYLILLQEMKTPVCSEDQGPTREVIAQLLEDALQVE
        520       530       540       550       560       570      

              460       470       480       490       500       510
pF1KB9 SQEQPEQAFVKPHLVSEYDIYGFRTVPEDDEEEKLVAKVRALDLKTLYLTENQEVSTGVK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SQEQPEQAFVKPHLVSEYDIYGFRTVPEDDEEEKLVAKVRALDLKTLYLTENQEVSTGVK
        580       590       600       610       620       630      

              520       530       540       550       560       570
pF1KB9 WENYFASTVNREMMCSPELKNLIRAGIPHEHRSKVWKWCVDRHTRKFKDNTEPGHFQTLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 WENYFASTVNREMMCSPELKNLIRAGIPHEHRSKVWKWCVDRHTRKFKDNTEPGHFQTLL
        640       650       660       670       680       690      

              580       590       600       610       620       630
pF1KB9 QKALEKQNPASKQIELDLLRTLPNNKHYSCPTSEGIQKLRNVLLAFSWRNPDIGYCQGLN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QKALEKQNPASKQIELDLLRTLPNNKHYSCPTSEGIQKLRNVLLAFSWRNPDIGYCQGLN
        700       710       720       730       740       750      

              640       650       660       670       680       690
pF1KB9 RLVAVALLYLEQEDAFWCLVTIVEVFMPRDYYTKTLLGSQVDQRVFRDLMSEKLPRLHGH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RLVAVALLYLEQEDAFWCLVTIVEVFMPRDYYTKTLLGSQVDQRVFRDLMSEKLPRLHGH
        760       770       780       790       800       810      

              700       710       720       730       740       750
pF1KB9 FEQYKVDYTLITFNWFLVVFVDSVVSDILFKIWDSFLYEGPKVIFRFALALFKYKEEEIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 FEQYKVDYTLITFNWFLVVFVDSVVSDILFKIWDSFLYEGPKVIFRFALALFKYKEEEIL
        820       830       840       850       860       870      

              760       770       780        
pF1KB9 KLQDSMSIFKYLRYFTRTILDARSGTDAPTTWRKSGWS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KLQDSMSIFKYLRYFTRTILDARSGTDAPTTWRKSGWS
        880       890       900       910    

>>CCDS45314.1 TBC1D2B gene_id:23102|Hs108|chr15           (963 aa)
 initn: 5132 init1: 5132 opt: 5132  Z-score: 3871.6  bits: 727.5 E(32554): 2.5e-209
Smith-Waterman score: 5132; 100.0% identity (100.0% similar) in 773 aa overlap (1-773:127-899)

                                             10        20        30
pF1KB9                               MTYWLQELQQKRWEYCNSLDMVKWDSRTSP
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 AAEPGTEPPAHFQVHSAGAVTVLKAPNRQLMTYWLQELQQKRWEYCNSLDMVKWDSRTSP
        100       110       120       130       140       150      

               40        50        60        70        80        90
pF1KB9 TPGDFPKGLVARDNTDLIYPHPNASAEKARNVLAVETVPGELVGEQAANQPAPGHPNSIN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TPGDFPKGLVARDNTDLIYPHPNASAEKARNVLAVETVPGELVGEQAANQPAPGHPNSIN
        160       170       180       190       200       210      

              100       110       120       130       140       150
pF1KB9 FYSLKQWGNELKNSMSSFRPGRGHNDSRRTVFYTNEEWELLDPTPKDLEESIVQEEKKKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 FYSLKQWGNELKNSMSSFRPGRGHNDSRRTVFYTNEEWELLDPTPKDLEESIVQEEKKKL
        220       230       240       250       260       270      

              160       170       180       190       200       210
pF1KB9 TPEGNKGVTGSGFPFDFGRNPYKGKRPLKDIIGSYKNRHSSGDPSSEGTSGSGSVSIRKP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TPEGNKGVTGSGFPFDFGRNPYKGKRPLKDIIGSYKNRHSSGDPSSEGTSGSGSVSIRKP
        280       290       300       310       320       330      

              220       230       240       250       260       270
pF1KB9 ASEMQLQVQSQQEELEQLKKDLSSQKELVRLLQQTVRSSQYDKYFTSSRLCEGVPKDTLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 ASEMQLQVQSQQEELEQLKKDLSSQKELVRLLQQTVRSSQYDKYFTSSRLCEGVPKDTLE
        340       350       360       370       380       390      

              280       290       300       310       320       330
pF1KB9 LLHQKDDQILGLTSQLERFSLEKESLQQEVRTLKSKVGELNEQLGMLMETIQAKDEVIIK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LLHQKDDQILGLTSQLERFSLEKESLQQEVRTLKSKVGELNEQLGMLMETIQAKDEVIIK
        400       410       420       430       440       450      

              340       350       360       370       380       390
pF1KB9 LSEGEGNGPPPTVAPSSPSVVPVARDQLELDRLKDNLQGYKTQNKFLNKEILELSALRRN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LSEGEGNGPPPTVAPSSPSVVPVARDQLELDRLKDNLQGYKTQNKFLNKEILELSALRRN
        460       470       480       490       500       510      

              400       410       420       430       440       450
pF1KB9 AERRERDLMAKYSSLEAKLCQIESKYLILLQEMKTPVCSEDQGPTREVIAQLLEDALQVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 AERRERDLMAKYSSLEAKLCQIESKYLILLQEMKTPVCSEDQGPTREVIAQLLEDALQVE
        520       530       540       550       560       570      

              460       470       480       490       500       510
pF1KB9 SQEQPEQAFVKPHLVSEYDIYGFRTVPEDDEEEKLVAKVRALDLKTLYLTENQEVSTGVK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SQEQPEQAFVKPHLVSEYDIYGFRTVPEDDEEEKLVAKVRALDLKTLYLTENQEVSTGVK
        580       590       600       610       620       630      

              520       530       540       550       560       570
pF1KB9 WENYFASTVNREMMCSPELKNLIRAGIPHEHRSKVWKWCVDRHTRKFKDNTEPGHFQTLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 WENYFASTVNREMMCSPELKNLIRAGIPHEHRSKVWKWCVDRHTRKFKDNTEPGHFQTLL
        640       650       660       670       680       690      

              580       590       600       610       620       630
pF1KB9 QKALEKQNPASKQIELDLLRTLPNNKHYSCPTSEGIQKLRNVLLAFSWRNPDIGYCQGLN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 QKALEKQNPASKQIELDLLRTLPNNKHYSCPTSEGIQKLRNVLLAFSWRNPDIGYCQGLN
        700       710       720       730       740       750      

              640       650       660       670       680       690
pF1KB9 RLVAVALLYLEQEDAFWCLVTIVEVFMPRDYYTKTLLGSQVDQRVFRDLMSEKLPRLHGH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 RLVAVALLYLEQEDAFWCLVTIVEVFMPRDYYTKTLLGSQVDQRVFRDLMSEKLPRLHGH
        760       770       780       790       800       810      

              700       710       720       730       740       750
pF1KB9 FEQYKVDYTLITFNWFLVVFVDSVVSDILFKIWDSFLYEGPKVIFRFALALFKYKEEEIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 FEQYKVDYTLITFNWFLVVFVDSVVSDILFKIWDSFLYEGPKVIFRFALALFKYKEEEIL
        820       830       840       850       860       870      

              760       770       780                              
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       :::::::::::::::::::::::                                     
CCDS45 KLQDSMSIFKYLRYFTRTILDARKLISISFGDLNPFPLRQIRNRRAYHLEKVRLELTELE
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       .:   : . .: ..  :     .  ::  . .  :.: :: :::  :: :: :.  :   
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         :::. :.:..:.: ..   ::..... :           .:  .:  .:   : ... 
CCDS75 -ISLKHLGTEIQNTMHNI---RGNKQAQGTGH---------EPPGEDSPQS--GEPQREE
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CCDS75 QPLASDASTPGREPED---SPKPAPKPSLTISFAQKAKRQNNTFPFFSEG------ITRN
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       . :.:   .: . .... .: :.:.::::::..:.......: .:  .:. :  .  :: 
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       :::...:  ::  :  ..: .  :.::: . .   ...: ::.... .::.  .::..::
CCDS75 LELVRHKVRQIAELGRRVEALEQERESLAHTASLREQQVQELQQHVQLLMDKNHAKQQVI
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        ::::   .    ::  .:  :..  . ::    : ....:::....:.::: :::.:: 
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       ...::: :. :   ... ..:  .:.:: ::: :::. . :. ::.::..::. .. .: 
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         . :.  .. : . :     ... : :::.:.:::.:.::: .::.: :  : :  . .
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       : :: .: ::...  ...::..:::::: ::.:::::..::::   .::: :::::::.:
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       : ::::::::::.:.::: ::.:. ::::::.:::..:: ::: .:: .:::::::..::
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       .::::::: .:. :..:: .:.:::::::::.::..:.::...::.::::: ::.::.::
CCDS75 LSEKLPRLMAHLGQHHVDLSLVTFNWFLVVFADSLISNILLRVWDAFLYEGTKVVFRYAL
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       :.:::.:.:::.::... :..:::.::.:: ..:                          
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pF1KB9 TPGDFPKGLVARDNTDLIYPHPNASAEKARNVLAVETVPGELVGEQAANQPAPGHPNSIN
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CCDS35 APPATPDAALAGNGPVLHLELGQEEAELEEFLCPVKTPPG-LVGVAAALQPFPALQN---
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pF1KB9 FYSLKQWGNELKNSMSSFRPGRGHNDSRRTVFYTNEEWELLDPTPKDLEESIVQEEKKKL
         :::. :.:..:.: ..   ::..... :           .:  .:  .:   : ... 
CCDS35 -ISLKHLGTEIQNTMHNI---RGNKQAQGTGH---------EPPGEDSPQS--GEPQREE
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pF1KB9 TPEGNKGVTGSGFPFDFGRNPYKGKRPLKDIIGSYK-NRHSSGDPS-SEGTSGSGSVSIR
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CCDS35 QPLASDASTPGREPED---SPKPAPKPSLTISFAQKAKRQNNTFPFFSEG------ITRN
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pF1KB9 KPASEMQLQVQSQQEELEQLKKDLSSQKELVRLLQQTVRSSQYDKYFTSSRLCEGVPKDT
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CCDS35 RTAQE---KVAALEQQVLMLTKELKSQKELVKILHKALEAAQQEKRASSAYLAAAEDKDR
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       :::...:  ::  :  ..: .  :.::: . .   ...: ::.... .::.  .::..::
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       ... . :.. ..:. :..: . :.:. ::.:::::  :....  . ... .   :.. ::
CCDS35 QVTKIWRKVAEKEKALLTKCAYLQARNCQVESKYLAGLRRLQEAL-GDEASECSELLRQL
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pF1KB9 ENQEVSTGVKWENYFASTVNREMMCSPELKNLIRAGIPHEHRSKVWKWCVDRHTRKFKDN
         . :.  .. : . :     ... : :::.:.:::.:.::: .::.: :  : :  . .
CCDS35 GLEAVDRPLR-ERWAALG---DLVPSAELKQLLRAGVPREHRPRVWRWLV--HLRVQHLH
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pF1KB9 TEPGHFQTLLQKALEKQNPASKQIELDLLRTLPNNKHYSCPTSEGIQKLRNVLLAFSWRN
       : :: .: ::...  ...::..:::::: ::.:::::..::::   .::: :::::::.:
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pF1KB9 PDIGYCQGLNRLVAVALLYLEQED-AFWCLVTIVEVFMPRDYYTKTLLGSQVDQRVFRDL
       : ::::::::::.:.::: ::.:. ::::::.:::..:: ::: .:: .:::::::..::
CCDS35 PTIGYCQGLNRLAAIALLVLEEEESAFWCLVAIVETIMPADYYCNTLTASQVDQRVLQDL
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pF1KB9 MSEKLPRLHGHFEQYKVDYTLITFNWFLVVFVDSVVSDILFKIWDSFLYEGPKVIFRFAL
       .::::::: .:. :..:: .:.:::::::::.::..:.::...::.::::: :       
CCDS35 LSEKLPRLMAHLGQHHVDLSLVTFNWFLVVFADSLISNILLRVWDAFLYEGTK-------
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pF1KB9 ALFKYKEEEILKLQDSMSIFKYLRYFTRTILDARSGTDAPTTWRKSGWS           
           :.:.:::.::... :..:::.::.:: ..:                          
CCDS35 ----YNEKEILRLQNGLEIYQYLRFFTKTISNSRKLMNIAFNDMNPFRMKQLRQLRMVHR
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>>CCDS59137.1 TBC1D2 gene_id:55357|Hs108|chr9             (468 aa)
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        340       350       360       370       380       390      
pF1KB9 NGPPPTVAPSSPSVVPVARDQLELDRLKDNLQGYKTQNKFLNKEILELSALRRNAERRER
                                     ...:.::: :::.:: ... . :.. ..:.
CCDS59                               MEAYRTQNCFLNSEIHQVTKIWRKVAEKEK
                                             10        20        30

        400       410       420       430       440       450      
pF1KB9 DLMAKYSSLEAKLCQIESKYLILLQEMKTPVCSEDQGPTREVIAQLLEDALQVESQEQPE
        :..: . :.:. ::.:::::  :....  . ... .   :.. ::...::: :. :   
CCDS59 ALLTKCAYLQARNCQVESKYLAGLRRLQEAL-GDEASECSELLRQLVQEALQWEAGEASS
               40        50        60         70        80         

         460       470       480        490       500       510    
pF1KB9 QAF-VKPHLVSEYDIYGFRTVPEDDEEE-KLVAKVRALDLKTLYLTENQEVSTGVKWENY
       ... ..:  .:.:: ::: :::. . :. ::.::..::. .. .:   . :.  .. : .
CCDS59 DSIELSP--ISKYDEYGFLTVPDYEVEDLKLLAKIQALESRSHHLLGLEAVDRPLR-ERW
      90         100       110       120       130       140       

          520       530       540       550       560       570    
pF1KB9 FASTVNREMMCSPELKNLIRAGIPHEHRSKVWKWCVDRHTRKFKDNTEPGHFQTLLQKAL
        :     ... : :::.:.:::.:.::: .::.: :  : :  . .: :: .: ::... 
CCDS59 AALG---DLVPSAELKQLLRAGVPREHRPRVWRWLV--HLRVQHLHT-PGCYQELLSRGQ
        150          160       170         180        190       200

          580       590       600       610       620       630    
pF1KB9 EKQNPASKQIELDLLRTLPNNKHYSCPTSEGIQKLRNVLLAFSWRNPDIGYCQGLNRLVA
        ...::..:::::: ::.:::::..::::   .::: :::::::.:: ::::::::::.:
CCDS59 AREHPAARQIELDLNRTFPNNKHFTCPTSSFPDKLRRVLLAFSWQNPTIGYCQGLNRLAA
              210       220       230       240       250       260

          640        650       660       670       680       690   
pF1KB9 VALLYLEQED-AFWCLVTIVEVFMPRDYYTKTLLGSQVDQRVFRDLMSEKLPRLHGHFEQ
       .::: ::.:. ::::::.:::..:: ::: .:: .:::::::..::.::::::: .:. :
CCDS59 IALLVLEEEESAFWCLVAIVETIMPADYYCNTLTASQVDQRVLQDLLSEKLPRLMAHLGQ
              270       280       290       300       310       320

           700       710       720       730       740       750   
pF1KB9 YKVDYTLITFNWFLVVFVDSVVSDILFKIWDSFLYEGPKVIFRFALALFKYKEEEILKLQ
       ..:: .:.:::::::::.::..:.::...::.::::: ::.::.:::.:::.:.:::.::
CCDS59 HHVDLSLVTFNWFLVVFADSLISNILLRVWDAFLYEGTKVVFRYALAIFKYNEKEILRLQ
              330       340       350       360       370       380

           760       770       780                                 
pF1KB9 DSMSIFKYLRYFTRTILDARSGTDAPTTWRKSGWS                         
       ... :..:::.::.:: ..:                                        
CCDS59 NGLEIYQYLRFFTKTISNSRKLMNIAFNDMNPFRMKQLRQLRMVHRERLEAELRELEQLK
              390       400       410       420       430       440

>>CCDS14002.1 SGSM3 gene_id:27352|Hs108|chr22             (749 aa)
 initn: 674 init1: 592 opt: 682  Z-score: 524.7  bits: 107.8 E(32554): 6.7e-23
Smith-Waterman score: 694; 36.1% identity (66.9% similar) in 360 aa overlap (425-772:6-347)

          400       410       420       430       440         450  
pF1KB9 ERDLMAKYSSLEAKLCQIESKYLILLQEMKTPVCSEDQGPTREVIAQ--LLEDALQVESQ
                                     ::.:.  .. :  .  :  : . . . :: 
CCDS14                          MSGSHTPACGPFSALTPSIWPQEILAKYTQKEESA
                                        10        20        30     

            460       470       480         490               500  
pF1KB9 EQPEQAFVKPHLVSEYDIYGFRTVPEDDEEE--KLVAKVRALD-----LK---TLYLTEN
       ::::  :        :: .:::.  :. .:   .:.:.   ..     :.    : .:.:
CCDS14 EQPE--FY-------YDEFGFRVYKEEGDEPGSSLLANSPLMEDAPQRLRWQAHLEFTHN
            40               50        60        70        80      

            510       520       530       540       550       560  
pF1KB9 QEVSTGVKWENYFASTVNREMMCSPELKNLIRAGIPHEHRSKVWKWCVDRHTRKFKDNTE
       ..:.  . :.. .: .. :    : .:..:. :::::  : ..:   ..   .: : :.:
CCDS14 HDVGD-LTWDK-IAVSLPR----SEKLRSLVLAGIPHGMRPQLWMR-LSGALQK-KRNSE
         90         100           110       120        130         

            570       580       590       600       610       620  
pF1KB9 PGHFQTLLQKALEKQNPASKQIELDLLRTLPNNKHYSCPTSEGIQKLRNVLLAFSWRNPD
        . .. ..... . .. :.:::: :::::.:.:  ..   : :. .:: :: :..:  :.
CCDS14 LS-YREIVKNSSNDETIAAKQIEKDLLRTMPSNACFASMGSIGVPRLRRVLRALAWLYPE
      140        150       160       170       180       190       

            630       640       650       660       670       680  
pF1KB9 IGYCQGLNRLVAVALLYLEQEDAFWCLVTIVEVFMPRDYYTKTLLGSQVDQRVFRDLMSE
       :::::: . ..:  ::.::.::::: . .:.: ..: .:.. :::: :.::::.: :. .
CCDS14 IGYCQGTGMVAACLLLFLEEEDAFWMMSAIIEDLLPASYFSTTLLGVQTDQRVLRHLIVQ
       200       210       220       230       240       250       

            690       700       710       720       730       740  
pF1KB9 KLPRLHGHFEQYKVDYTLITFNWFLVVFVDSVVSDILFKIWDSFLYEGPKVIFRFALALF
        ::::   .... .. .:::..:::..:.. :   .:..::: :.::: .:.:...:...
CCDS14 YLPRLDKLLQEHDIELSLITLHWFLTAFASVVDIKLLLRIWDLFFYEGSRVLFQLTLGML
       260       270       280       290       300       310       

            750       760       770       780                      
pF1KB9 KYKEEEILKLQDSMSIFKYLRYFTRTILDARSGTDAPTTWRKSGWS              
       . ::::... ..: :::. :  .   . ::                              
CCDS14 HLKEEELIQSENSASIFNTLSDIPSQMEDAELLLGVAMRLAGSLTDVAVETQRRKHLAYL
       320       330       340       350       360       370       

>>CCDS14522.1 TBC1D8B gene_id:54885|Hs108|chrX            (1120 aa)
 initn: 319 init1: 205 opt: 516  Z-score: 397.1  bits: 84.8 E(32554): 8.4e-16
Smith-Waterman score: 524; 30.2% identity (61.8% similar) in 338 aa overlap (444-779:401-719)

           420       430       440       450       460       470   
pF1KB9 SKYLILLQEMKTPVCSEDQGPTREVIAQLLEDALQVESQEQPEQAFVKPHLVSEYDIYGF
                                     : :.. :: : : . :    :.:.      
CCDS14 FHEVKDFEQLVAKLRLRCGAASTQYHDISTELAISSESTE-PSDNFEVQSLTSQ------
              380       390       400       410        420         

           480       490       500       510        520       530  
pF1KB9 RTVPEDDEEEKLVAKVRALDLKTLYLTENQEVSTGVKWENYFAST-VNREMMCSPELKNL
       :   .  . : :..  .  .:.::     .:     .:.  ::    .  :. . . ..:
CCDS14 RECSKTVNTEALMTVFHPQNLETLNSKMLKEKMKEQSWKILFAECGRGVSMFRTKKTRDL
           430       440       450       460       470       480   

            540       550        560       570       580       590 
pF1KB9 IRAGIPHEHRSKVWKWCVDRHTRKFKD-NTEPGHFQTLLQKALEKQNPASKQIELDLLRT
       .  :::.  :...:       .   .:  :.: ..  .....:   : :...:: :: :.
CCDS14 VVRGIPETLRGELWML----FSGAVNDMATNPDYYTEVVEQSLGTCNLATEEIERDLRRS
           490           500       510       520       530         

             600       610       620       630       640       650 
pF1KB9 LPNNKHYSCPTSEGIQKLRNVLLAFSWRNPDIGYCQGLNRLVAVALLYLEQEDAFWCLVT
       ::  .: .  .. ::. :: :: :...::: :::::..: :..: ::: ..:.::: ::.
CCDS14 LP--EHPAFQSDTGISALRRVLTAYAYRNPKIGYCQAMNILTSVLLLYAKEEEAFWLLVA
     540         550       560       570       580       590       

             660       670       680       690       700       710 
pF1KB9 IVEVFMPRDYYTKTLLGSQVDQRVFRDLMSEKLPRLHGHFEQYKVDYTLITFNWFLVVFV
       . : ..: ::... ..:. ::: ::..:. ..::.:  :. ..   .. ....:::..:.
CCDS14 VCERMLP-DYFNRRIIGALVDQAVFEELIRDHLPQLTEHMTDMTF-FSSVSLSWFLTLFI
       600        610       620       630       640        650     

             720       730       740       750       760       770 
pF1KB9 DSVVSDILFKIWDSFLYEGPKVIFRFALALFKYKEEEILKLQDSMSIFKYLRYFTRTILD
       . .  .   .. : :.:.: :.:....::.. :. ...:  .:.      :  :    .:
CCDS14 SVLPIESAVNVVDCFFYDGIKAILQLGLAILDYNLDKLLTCKDDAEAVTALNRF----FD
         660       670       680       690       700           710 

             780                                                   
pF1KB9 ARSGTDAPTTWRKSGWS                                           
         .. :.:                                                    
CCDS14 NVTNKDSPLPSNVQQGSNVSDEKTSHTRVDITDLIRESNEKYGNIRYEDIHSMRCRNRLY
             720       730       740       750       760       770 

>>CCDS47136.1 TBC1D9 gene_id:23158|Hs108|chr4             (1266 aa)
 initn: 453 init1: 200 opt: 516  Z-score: 396.3  bits: 84.8 E(32554): 9.3e-16
Smith-Waterman score: 516; 34.0% identity (65.7% similar) in 265 aa overlap (511-774:489-746)

              490       500       510       520        530         
pF1KB9 EEEKLVAKVRALDLKTLYLTENQEVSTGVKWENYFASTVNREMMCSPE-LKNLIRAGIPH
                                     :. .::   .   :   :  ..:.  :::.
CCDS47 ATQTLMTMYRRRSPEEFNPKLAKEFLKEQAWKIHFAEYGQGICMYRTEKTRELVLKGIPE
      460       470       480       490       500       510        

     540       550       560       570       580       590         
pF1KB9 EHRSKVWKWCVDRHTRKFKDNTEPGHFQTLLQKALEKQNPASKQIELDLLRTLPNNKHYS
         :...:       ..:    :.::... :..:.. : : :...:: :: :.::  .: .
CCDS47 SMRGELWLLLSGAINEK---ATHPGYYEDLVEKSMGKYNLATEEIERDLHRSLP--EHPA
      520       530          540       550       560         570   

     600       610       620       630       640       650         
pF1KB9 CPTSEGIQKLRNVLLAFSWRNPDIGYCQGLNRLVAVALLYLEQEDAFWCLVTIVEVFMPR
         .  ::  :: :: :...:::.:::::..: ...: ::: ..:.::: ::.. : ..: 
CCDS47 FQNEMGIAALRRVLTAYAFRNPNIGYCQAMNIVTSVLLLYAKEEEAFWLLVALCERMLP-
           580       590       600       610       620       630   

     660       670       680       690       700       710         
pF1KB9 DYYTKTLLGSQVDQRVFRDLMSEKLPRLHGHFEQYKVDYTLITFNWFLVVFVDSVVSDIL
       :::.  ..:. ::: ::..:  . .:.:.  ...  :  . :...:::..:.. .  .  
CCDS47 DYYNTRVVGALVDQGVFEELARDYVPQLYDCMQDLGV-ISTISLSWFLTLFLSVMPFESA
            640       650       660        670       680       690 

     720       730       740       750       760       770         
pF1KB9 FKIWDSFLYEGPKVIFRFALALFKYKEEEILKLQDSMSIFKYLRYFTRTILDARSGTDAP
         . : :.::: ::::..:::..  . ...:. .:.   .  :  .  .. .  :     
CCDS47 VVVVDCFFYEGIKVIFQLALAVLDANVDKLLNCKDDGEAMTVLGRYLDSVTNKDSTLPPI
             700       710       720       730       740       750 

     780                                                           
pF1KB9 TTWRKSGWS                                                   
                                                                   
CCDS47 PHLHSLLSDDVEPYPEVDIFRLIRTSYEKFGTIRADLIEQMRFKQRLKVIQTLEDTTKRN
             760       770       780       790       800       810 

>>CCDS46375.1 TBC1D8 gene_id:11138|Hs108|chr2             (1140 aa)
 initn: 435 init1: 200 opt: 508  Z-score: 391.0  bits: 83.7 E(32554): 1.9e-15
Smith-Waterman score: 508; 33.0% identity (67.0% similar) in 270 aa overlap (511-779:479-737)

              490       500       510       520        530         
pF1KB9 EEEKLVAKVRALDLKTLYLTENQEVSTGVKWENYFASTVNREMMCSPE-LKNLIRAGIPH
                                     :...:.       :   : ...:.  :::.
CCDS46 HPDALVTAFQQSGSQSPDSRMSREQIKISLWNDHFVEYGRTVCMFRTEKIRKLVAMGIPE
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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