Result of FASTA (omim) for pF1KB9776
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9776, 716 aa
  1>>>pF1KB9776 716 - 716 aa - 716 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.5658+/-0.000425; mu= -7.2605+/- 0.027
 mean_var=414.9514+/-86.842, 0's: 0 Z-trim(123.1): 18  B-trim: 1137 in 1/57
 Lambda= 0.062962
 statistics sampled from 42415 (42433) to 42415 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.785), E-opt: 0.2 (0.498), width:  16
 Scan time: 14.450

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_004414 (OMIM: 601368,616894) segment polarity p ( 716) 4903 459.9 1.6e-128
XP_005247229 (OMIM: 601368,616894) PREDICTED: segm ( 718) 4858 455.8 2.6e-127
XP_011510815 (OMIM: 601368,616894) PREDICTED: segm ( 548) 3538 335.8 2.7e-91
NP_004413 (OMIM: 602151) segment polarity protein  ( 736) 3228 307.8   1e-82
XP_005256559 (OMIM: 602151) PREDICTED: segment pol ( 732) 3212 306.3 2.7e-82
NP_001317240 (OMIM: 180700,601365,616331) segment  ( 695) 2869 275.2 6.3e-73
XP_005244789 (OMIM: 180700,601365,616331) PREDICTE ( 574) 2708 260.5 1.4e-68
XP_016879787 (OMIM: 602151) PREDICTED: segment pol ( 476) 2188 213.1   2e-54
XP_005244790 (OMIM: 180700,601365,616331) PREDICTE ( 549) 1868 184.1 1.2e-45
NP_004412 (OMIM: 180700,601365,616331) segment pol ( 670) 1868 184.2 1.4e-45


>>NP_004414 (OMIM: 601368,616894) segment polarity prote  (716 aa)
 initn: 4903 init1: 4903 opt: 4903  Z-score: 2428.6  bits: 459.9 E(85289): 1.6e-128
Smith-Waterman score: 4903; 100.0% identity (100.0% similar) in 716 aa overlap (1-716:1-716)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MGETKIIYHLDGQETPYLVKLPLPAERVTLADFKGVLQRPSYKFFFKSMDDDFGVVKEEI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MGETKIIYHLDGQETPYLVKLPLPAERVTLADFKGVLQRPSYKFFFKSMDDDFGVVKEEI
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 SDDNAKLPCFNGRVVSWLVSAEGSHPDPAPFCADNPSELPPPMERTGGIGDSRPPSFHPH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SDDNAKLPCFNGRVVSWLVSAEGSHPDPAPFCADNPSELPPPMERTGGIGDSRPPSFHPH
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 AGGGSQENLDNDTETDSLVSAQRERPRRRDGPEHATRLNGTAKGERRREPGGYDSSSTLM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AGGGSQENLDNDTETDSLVSAQRERPRRRDGPEHATRLNGTAKGERRREPGGYDSSSTLM
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 SSELETTSFFDSDEDDSTSRFSSSTEQSSASRLMRRHKRRRRKQKVSRIERSSSFSSITD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SSELETTSFFDSDEDDSTSRFSSSTEQSSASRLMRRHKRRRRKQKVSRIERSSSFSSITD
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 STMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYIGSIMKGGAVAADGRIEPGDMLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 STMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYIGSIMKGGAVAADGRIEPGDMLL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 QVNEINFENMSNDDAVRVLREIVHKPGPITLTVAKCWDPSPRGCFTLPRSEPIRPIDPAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 QVNEINFENMSNDDAVRVLREIVHKPGPITLTVAKCWDPSPRGCFTLPRSEPIRPIDPAA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 WVSHTAAMTGTFPAYGMSPSLSTITSTSSSITSSIPDTERLDDFHLSIHSDMAAIVKAMA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 WVSHTAAMTGTFPAYGMSPSLSTITSTSSSITSSIPDTERLDDFHLSIHSDMAAIVKAMA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB9 SPESGLEVRDRMWLKITIPNAFIGSDVVDWLYHNVEGFTDRREARKYASNLLKAGFIRHT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SPESGLEVRDRMWLKITIPNAFIGSDVVDWLYHNVEGFTDRREARKYASNLLKAGFIRHT
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB9 VNKITFSEQCYYIFGDLCGNMANLSLHDHDGSSGASDQDTLAPLPHPGAAPWPMAFPYQY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 VNKITFSEQCYYIFGDLCGNMANLSLHDHDGSSGASDQDTLAPLPHPGAAPWPMAFPYQY
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB9 PPPPHPYNPHPGFPELGYSYGGGSASSQHSEGSRSSGSNRSGSDRRKEKDPKAGDSKSGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PPPPHPYNPHPGFPELGYSYGGGSASSQHSEGSRSSGSNRSGSDRRKEKDPKAGDSKSGG
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB9 SGSESDHTTRSSLRGPRERAPSERSGPAASEHSHRSHHSLASSLRSHHTHPSYGPPGVPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SGSESDHTTRSSLRGPRERAPSERSGPAASEHSHRSHHSLASSLRSHHTHPSYGPPGVPP
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710      
pF1KB9 LYGPPMLMMPPPPAAMGPPGAPPGRDLASVPPELTASRQSFRMAMGNPSEFFVDVM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LYGPPMLMMPPPPAAMGPPGAPPGRDLASVPPELTASRQSFRMAMGNPSEFFVDVM
              670       680       690       700       710      

>>XP_005247229 (OMIM: 601368,616894) PREDICTED: segment   (718 aa)
 initn: 5023 init1: 4858 opt: 4858  Z-score: 2406.5  bits: 455.8 E(85289): 2.6e-127
Smith-Waterman score: 4858; 99.6% identity (99.9% similar) in 712 aa overlap (1-712:1-712)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MGETKIIYHLDGQETPYLVKLPLPAERVTLADFKGVLQRPSYKFFFKSMDDDFGVVKEEI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MGETKIIYHLDGQETPYLVKLPLPAERVTLADFKGVLQRPSYKFFFKSMDDDFGVVKEEI
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 SDDNAKLPCFNGRVVSWLVSAEGSHPDPAPFCADNPSELPPPMERTGGIGDSRPPSFHPH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SDDNAKLPCFNGRVVSWLVSAEGSHPDPAPFCADNPSELPPPMERTGGIGDSRPPSFHPH
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 AGGGSQENLDNDTETDSLVSAQRERPRRRDGPEHATRLNGTAKGERRREPGGYDSSSTLM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 AGGGSQENLDNDTETDSLVSAQRERPRRRDGPEHATRLNGTAKGERRREPGGYDSSSTLM
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 SSELETTSFFDSDEDDSTSRFSSSTEQSSASRLMRRHKRRRRKQKVSRIERSSSFSSITD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SSELETTSFFDSDEDDSTSRFSSSTEQSSASRLMRRHKRRRRKQKVSRIERSSSFSSITD
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 STMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYIGSIMKGGAVAADGRIEPGDMLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 STMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYIGSIMKGGAVAADGRIEPGDMLL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 QVNEINFENMSNDDAVRVLREIVHKPGPITLTVAKCWDPSPRGCFTLPRSEPIRPIDPAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QVNEINFENMSNDDAVRVLREIVHKPGPITLTVAKCWDPSPRGCFTLPRSEPIRPIDPAA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 WVSHTAAMTGTFPAYGMSPSLSTITSTSSSITSSIPDTERLDDFHLSIHSDMAAIVKAMA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 WVSHTAAMTGTFPAYGMSPSLSTITSTSSSITSSIPDTERLDDFHLSIHSDMAAIVKAMA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB9 SPESGLEVRDRMWLKITIPNAFIGSDVVDWLYHNVEGFTDRREARKYASNLLKAGFIRHT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SPESGLEVRDRMWLKITIPNAFIGSDVVDWLYHNVEGFTDRREARKYASNLLKAGFIRHT
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB9 VNKITFSEQCYYIFGDLCGNMANLSLHDHDGSSGASDQDTLAPLPHPGAAPWPMAFPYQY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VNKITFSEQCYYIFGDLCGNMANLSLHDHDGSSGASDQDTLAPLPHPGAAPWPMAFPYQY
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB9 PPPPHPYNPHPGFPELGYSYGGGSASSQHSEGSRSSGSNRSGSDRRKEKDPKAGDSKSGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PPPPHPYNPHPGFPELGYSYGGGSASSQHSEGSRSSGSNRSGSDRRKEKDPKAGDSKSGG
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB9 SGSESDHTTRSSLRGPRERAPSERSGPAASEHSHRSHHSLASSLRSHHTHPSYGPPGVPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SGSESDHTTRSSLRGPRERAPSERSGPAASEHSHRSHHSLASSLRSHHTHPSYGPPGVPP
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710        
pF1KB9 LYGPPMLMMPPPPAAMGPPGAPPGRDLASVPPELTASRQSFRMAMGNPSEFFVDVM  
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.. :      
XP_005 LYGPPMLMMPPPPAAMGPPGAPPGRDLASVPPELTASRQSFRMAMGNPTKNFGLFDFL
              670       680       690       700       710        

>>XP_011510815 (OMIM: 601368,616894) PREDICTED: segment   (548 aa)
 initn: 3536 init1: 3536 opt: 3538  Z-score: 1760.0  bits: 335.8 E(85289): 2.7e-91
Smith-Waterman score: 3538; 99.2% identity (99.4% similar) in 522 aa overlap (195-716:27-548)

          170       180       190       200       210       220    
pF1KB9 ERRREPGGYDSSSTLMSSELETTSFFDSDEDDSTSRFSSSTEQSSASRLMRRHKRRRRKQ
                                     : .  :::::::::::::::::::::::::
XP_011     MGFVLGTQALQCLPSWGQGWASLVGNDCGPHRFSSSTEQSSASRLMRRHKRRRRKQ
                   10        20        30        40        50      

          230       240       250       260       270       280    
pF1KB9 KVSRIERSSSFSSITDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYIGSIMKG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KVSRIERSSSFSSITDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYIGSIMKG
         60        70        80        90       100       110      

          290       300       310       320       330       340    
pF1KB9 GAVAADGRIEPGDMLLQVNEINFENMSNDDAVRVLREIVHKPGPITLTVAKCWDPSPRGC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GAVAADGRIEPGDMLLQVNEINFENMSNDDAVRVLREIVHKPGPITLTVAKCWDPSPRGC
        120       130       140       150       160       170      

          350       360       370       380       390       400    
pF1KB9 FTLPRSEPIRPIDPAAWVSHTAAMTGTFPAYGMSPSLSTITSTSSSITSSIPDTERLDDF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FTLPRSEPIRPIDPAAWVSHTAAMTGTFPAYGMSPSLSTITSTSSSITSSIPDTERLDDF
        180       190       200       210       220       230      

          410       420       430       440       450       460    
pF1KB9 HLSIHSDMAAIVKAMASPESGLEVRDRMWLKITIPNAFIGSDVVDWLYHNVEGFTDRREA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 HLSIHSDMAAIVKAMASPESGLEVRDRMWLKITIPNAFIGSDVVDWLYHNVEGFTDRREA
        240       250       260       270       280       290      

          470       480       490       500       510       520    
pF1KB9 RKYASNLLKAGFIRHTVNKITFSEQCYYIFGDLCGNMANLSLHDHDGSSGASDQDTLAPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RKYASNLLKAGFIRHTVNKITFSEQCYYIFGDLCGNMANLSLHDHDGSSGASDQDTLAPL
        300       310       320       330       340       350      

          530       540       550       560       570       580    
pF1KB9 PHPGAAPWPMAFPYQYPPPPHPYNPHPGFPELGYSYGGGSASSQHSEGSRSSGSNRSGSD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PHPGAAPWPMAFPYQYPPPPHPYNPHPGFPELGYSYGGGSASSQHSEGSRSSGSNRSGSD
        360       370       380       390       400       410      

          590       600       610       620       630       640    
pF1KB9 RRKEKDPKAGDSKSGGSGSESDHTTRSSLRGPRERAPSERSGPAASEHSHRSHHSLASSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RRKEKDPKAGDSKSGGSGSESDHTTRSSLRGPRERAPSERSGPAASEHSHRSHHSLASSL
        420       430       440       450       460       470      

          650       660       670       680       690       700    
pF1KB9 RSHHTHPSYGPPGVPPLYGPPMLMMPPPPAAMGPPGAPPGRDLASVPPELTASRQSFRMA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RSHHTHPSYGPPGVPPLYGPPMLMMPPPPAAMGPPGAPPGRDLASVPPELTASRQSFRMA
        480       490       500       510       520       530      

          710      
pF1KB9 MGNPSEFFVDVM
       ::::::::::::
XP_011 MGNPSEFFVDVM
        540        

>>NP_004413 (OMIM: 602151) segment polarity protein dish  (736 aa)
 initn: 1746 init1: 1138 opt: 3228  Z-score: 1606.2  bits: 307.8 E(85289): 1e-82
Smith-Waterman score: 3228; 69.3% identity (84.2% similar) in 745 aa overlap (1-716:11-736)

                         10        20        30        40          
pF1KB9           MGETKIIYHLDGQETPYLVKLPLPAERVTLADFKGVLQRPS-YKFFFKSM
                 .::::.::::: .:::::::.:.::::.::.:::.:::::.  :.:::::
NP_004 MAGSSTGGGGVGETKVIYHLDEEETPYLVKIPVPAERITLGDFKSVLQRPAGAKYFFKSM
               10        20        30        40        50        60

      50        60        70        80        90       100         
pF1KB9 DDDFGVVKEEISDDNAKLPCFNGRVVSWLVSAEGSHPDPAPFCADNPSELPPPM------
       :.::::::::::::::.::::::::::::::... .:. ::   .  .:: ::       
NP_004 DQDFGVVKEEISDDNARLPCFNGRVVSWLVSSDNPQPEMAPPVHEPRAELAPPAPPLPPL
               70        80        90       100       110       120

             110       120       130       140       150           
pF1KB9 --ERTGGIGDSRPPSFHPHAGGGSQENLDNDTETDSLVSAQRERPRRRDGPEHAT---RL
         :::.::::::::::::.... :.:::. .:::.:.:: .::::::::. ::..   : 
NP_004 PPERTSGIGDSRPPSFHPNVSS-SHENLEPETETESVVSLRRERPRRRDSSEHGAGGHRT
              130       140        150       160       170         

      160       170       180       190       200       210        
pF1KB9 NGTAKGERRREPGGYDSSSTLMSSELETTSFFDSDEDDSTSRFSSSTEQSSASRLMRRHK
       .: .. ::.   .::.::::::.::::.::. ::::.:. :::::::::::::::..:: 
NP_004 GGPSRLERHL--AGYESSSTLMTSELESTSLGDSDEEDTMSRFSSSTEQSSASRLLKRH-
     180         190       200       210       220       230       

      220       230       240       250       260       270        
pF1KB9 RRRRKQKVSRIERSSSFSSITDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYI
       ::::::.  :.::.:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 RRRRKQRPPRLERTSSFSSVTDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYI
        240       250       260       270       280       290      

      280       290       300       310       320       330        
pF1KB9 GSIMKGGAVAADGRIEPGDMLLQVNEINFENMSNDDAVRVLREIVHKPGPITLTVAKCWD
       :::::::::::::::::::::::::..:::::::::::::::.::::::::.::::::::
NP_004 GSIMKGGAVAADGRIEPGDMLLQVNDMNFENMSNDDAVRVLRDIVHKPGPIVLTVAKCWD
        300       310       320       330       340       350      

      340       350       360       370       380       390        
pF1KB9 PSPRGCFTLPRSEPIRPIDPAAWVSHTAAMTGTFPAYGMSPSLSTITSTSSSITSSIPDT
       :::.. :::::.:::.::::::::::.::.:::::::  : :.:::::      ::.:: 
NP_004 PSPQAYFTLPRNEPIQPIDPAAWVSHSAALTGTFPAYPGSSSMSTITS-----GSSLPDG
        360       370       380       390       400            410 

      400       410       420       430       440       450        
pF1KB9 ERLDDFHLSIHSDMAAIVKAMASPESGLEVRDRMWLKITIPNAFIGSDVVDWLYHNVEGF
          .   ::.:.:::...::::.:::::::::::::::::::::.::::::::::.::::
NP_004 --CEGRGLSVHTDMASVTKAMAAPESGLEVRDRMWLKITIPNAFLGSDVVDWLYHHVEGF
               420       430       440       450       460         

      460       470       480       490       500           510    
pF1KB9 TDRREARKYASNLLKAGFIRHTVNKITFSEQCYYIFGDLCGN----MANLSLHDHDGSSG
        .:::::::::.:::::.::::::::::::::::.:::: :.    ..::::.:.:::::
NP_004 PERREARKYASGLLKAGLIRHTVNKITFSEQCYYVFGDLSGGCESYLVNLSLNDNDGSSG
     470       480       490       500       510       520         

          520       530         540       550         560       570
pF1KB9 ASDQDTLAPLPHPGAAPWPM--AFPYQYPPPPHPYNPHPG-FPELG-YSYGGGSASSQHS
       :::::::::::  ::.:::.  .: :::: : :::.:.:  . ::. :.:::::::::::
NP_004 ASDQDTLAPLP--GATPWPLLPTFSYQYPAP-HPYSPQPPPYHELSSYTYGGGSASSQHS
     530       540         550        560       570       580      

              580         590       600       610        620       
pF1KB9 EGSRSSGSNRS--GSDRRKEKDPKAGDSKSGGSGSESDHTTRS-SLRGPRERAPSERSGP
       ::::::::.::  :. :  . . .: .:::: :::::. ..:. :::   : . .  .::
NP_004 EGSRSSGSTRSDGGAGRTGRPEERAPESKSG-SGSESEPSSRGGSLRRGGEASGTSDGGP
        590       600       610        620       630       640     

       630       640        650       660        670           680 
pF1KB9 AASEHSHRSHHSLASSLRSHH-THPSYGPPGVPPLYGPPML-MMPPPPA----AMGPPGA
         :    :.  . : .::.:   ::   :::.   :.: :. ::::::     :. ::::
NP_004 PPS----RGSTGGAPNLRAHPGLHPYGPPPGMALPYNPMMVVMMPPPPPPVPPAVQPPGA
             650       660       670       680       690       700 

             690       700       710      
pF1KB9 PPGRDLASVPPELTASRQSFRMAMGNPSEFFVDVM
       :: :::.:::::::::::::.::::::::::::::
NP_004 PPVRDLGSVPPELTASRQSFHMAMGNPSEFFVDVM
             710       720       730      

>>XP_005256559 (OMIM: 602151) PREDICTED: segment polarit  (732 aa)
 initn: 1943 init1: 1014 opt: 3212  Z-score: 1598.4  bits: 306.3 E(85289): 2.7e-82
Smith-Waterman score: 3212; 69.3% identity (84.1% similar) in 742 aa overlap (1-716:11-732)

                         10        20        30        40          
pF1KB9           MGETKIIYHLDGQETPYLVKLPLPAERVTLADFKGVLQRPS-YKFFFKSM
                 .::::.::::: .:::::::.:.::::.::.:::.:::::.  :.:::::
XP_005 MAGSSTGGGGVGETKVIYHLDEEETPYLVKIPVPAERITLGDFKSVLQRPAGAKYFFKSM
               10        20        30        40        50        60

      50        60        70        80        90       100         
pF1KB9 DDDFGVVKEEISDDNAKLPCFNGRVVSWLVSAEGSHPDPAPFCADNPSELPPPM------
       :.::::::::::::::.::::::::::::::... .:. ::   .  .:: ::       
XP_005 DQDFGVVKEEISDDNARLPCFNGRVVSWLVSSDNPQPEMAPPVHEPRAELAPPAPPLPPL
               70        80        90       100       110       120

             110       120       130       140       150       160 
pF1KB9 --ERTGGIGDSRPPSFHPHAGGGSQENLDNDTETDSLVSAQRERPRRRDGPEHATRLNGT
         :::.::::::::::::.... :.:::. .:::.:.:: .::::::::.   . : .: 
XP_005 PPERTSGIGDSRPPSFHPNVSS-SHENLEPETETESVVSLRRERPRRRDST-GGHRTGGP
              130       140        150       160       170         

             170       180       190       200       210       220 
pF1KB9 AKGERRREPGGYDSSSTLMSSELETTSFFDSDEDDSTSRFSSSTEQSSASRLMRRHKRRR
       .. ::.   .::.::::::.::::.::. ::::.:. :::::::::::::::..:: :::
XP_005 SRLERHL--AGYESSSTLMTSELESTSLGDSDEEDTMSRFSSSTEQSSASRLLKRH-RRR
      180         190       200       210       220       230      

             230       240       250       260       270       280 
pF1KB9 RKQKVSRIERSSSFSSITDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYIGSI
       :::.  :.::.:::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RKQRPPRLERTSSFSSVTDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYIGSI
         240       250       260       270       280       290     

             290       300       310       320       330       340 
pF1KB9 MKGGAVAADGRIEPGDMLLQVNEINFENMSNDDAVRVLREIVHKPGPITLTVAKCWDPSP
       ::::::::::::::::::::::..:::::::::::::::.::::::::.:::::::::::
XP_005 MKGGAVAADGRIEPGDMLLQVNDMNFENMSNDDAVRVLRDIVHKPGPIVLTVAKCWDPSP
         300       310       320       330       340       350     

             350       360       370       380       390       400 
pF1KB9 RGCFTLPRSEPIRPIDPAAWVSHTAAMTGTFPAYGMSPSLSTITSTSSSITSSIPDTERL
       .. :::::.:::.::::::::::.::.:::::::  : :.:::::      ::.::    
XP_005 QAYFTLPRNEPIQPIDPAAWVSHSAALTGTFPAYPGSSSMSTITS-----GSSLPDG--C
         360       370       380       390       400               

             410       420       430       440       450       460 
pF1KB9 DDFHLSIHSDMAAIVKAMASPESGLEVRDRMWLKITIPNAFIGSDVVDWLYHNVEGFTDR
       .   ::.:.:::...::::.:::::::::::::::::::::.::::::::::.:::: .:
XP_005 EGRGLSVHTDMASVTKAMAAPESGLEVRDRMWLKITIPNAFLGSDVVDWLYHHVEGFPER
      410       420       430       440       450       460        

             470       480       490       500           510       
pF1KB9 REARKYASNLLKAGFIRHTVNKITFSEQCYYIFGDLCGN----MANLSLHDHDGSSGASD
       ::::::::.:::::.::::::::::::::::.:::: :.    ..::::.:.::::::::
XP_005 REARKYASGLLKAGLIRHTVNKITFSEQCYYVFGDLSGGCESYLVNLSLNDNDGSSGASD
      470       480       490       500       510       520        

       520       530         540       550         560       570   
pF1KB9 QDTLAPLPHPGAAPWPM--AFPYQYPPPPHPYNPHPG-FPELG-YSYGGGSASSQHSEGS
       ::::::::  ::.:::.  .: :::: : :::.:.:  . ::. :.::::::::::::::
XP_005 QDTLAPLP--GATPWPLLPTFSYQYPAP-HPYSPQPPPYHELSSYTYGGGSASSQHSEGS
      530         540       550        560       570       580     

           580         590       600       610        620       630
pF1KB9 RSSGSNRS--GSDRRKEKDPKAGDSKSGGSGSESDHTTRS-SLRGPRERAPSERSGPAAS
       :::::.::  :. :  . . .: .:::: :::::. ..:. :::   : . .  .::  :
XP_005 RSSGSTRSDGGAGRTGRPEERAPESKSG-SGSESEPSSRGGSLRRGGEASGTSDGGPPPS
         590       600       610        620       630       640    

              640        650       660        670           680    
pF1KB9 EHSHRSHHSLASSLRSHH-THPSYGPPGVPPLYGPPML-MMPPPPA----AMGPPGAPPG
           :.  . : .::.:   ::   :::.   :.: :. ::::::     :. :::::: 
XP_005 ----RGSTGGAPNLRAHPGLHPYGPPPGMALPYNPMMVVMMPPPPPPVPPAVQPPGAPPV
              650       660       670       680       690       700

          690       700       710      
pF1KB9 RDLASVPPELTASRQSFRMAMGNPSEFFVDVM
       :::.:::::::::::::.::::::::::::::
XP_005 RDLGSVPPELTASRQSFHMAMGNPSEFFVDVM
              710       720       730  

>>NP_001317240 (OMIM: 180700,601365,616331) segment pola  (695 aa)
 initn: 1957 init1: 1240 opt: 2869  Z-score: 1430.3  bits: 275.2 E(85289): 6.3e-73
Smith-Waterman score: 3038; 65.7% identity (83.6% similar) in 726 aa overlap (1-716:1-695)

               10        20        30         40          50       
pF1KB9 MGETKIIYHLDGQETPYLVKLPLPAERVTLADFKGVLQ-RP--SYKFFFKSMDDDFGVVK
       :.:::::::.: .:::::::::.  :::::::::.::. ::  .:::::::::.::::::
NP_001 MAETKIIYHMDEEETPYLVKLPVAPERVTLADFKNVLSNRPVHAYKFFFKSMDQDFGVVK
               10        20        30        40        50        60

        60        70        80        90       100       110       
pF1KB9 EEISDDNAKLPCFNGRVVSWLVSAEGSHPDPAPFCADNPSELPPPMERTGGIGDSRPPSF
       ::: :::::::::::::::::: :::.: : .   .:. ..::::.::::::::::::::
NP_001 EEIFDDNAKLPCFNGRVVSWLVLAEGAHSDAGSQGTDSHTDLPPPLERTGGIGDSRPPSF
               70        80        90       100       110       120

       120       130       140       150       160       170       
pF1KB9 HPHAGGGSQENLDNDTETDSLVSAQRERPRRRDGPEHATRLNGTAKGERRREPG-GYDSS
       ::.... :....::.: :.:.:: .::: :::.  :.:.: ::  .:.:::. :   ::.
NP_001 HPNVAS-SRDGMDNETGTESMVSHRRERARRRNR-EEAARTNGHPRGDRRRDVGLPPDSA
               130       140       150        160       170        

        180       190       200       210       220       230      
pF1KB9 STLMSSELETTSFFDSDEDDSTSRFSSSTEQSSASRLMRRHKRRRRKQKVSRIERSSSFS
       :: .:::::..:: ::::: ::::.:::::::..:::.:.::::::::.. . .:.::::
NP_001 STALSSELESSSFVDSDEDGSTSRLSSSTEQSTSSRLIRKHKRRRRKQRLRQADRASSFS
      180       190       200       210       220       230        

        240       250       260       270       280       290      
pF1KB9 SITDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYIGSIMKGGAVAADGRIEPG
       :::::::::::.:::::::...:::::::::::.::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SITDSTMSLNIVTVTLNMERHHFLGISIVGQSNDRGDGGIYIGSIMKGGAVAADGRIEPG
      240       250       260       270       280       290        

        300       310       320       330       340       350      
pF1KB9 DMLLQVNEINFENMSNDDAVRVLREIVHKPGPITLTVAKCWDPSPRGCFTLPRSEPIRPI
       :::::::..:::::::::::::::::: . :::.:::::::::.::. ::.::..:.:::
NP_001 DMLLQVNDVNFENMSNDDAVRVLREIVSQTGPISLTVAKCWDPTPRSYFTVPRADPVRPI
      300       310       320       330       340       350        

        360       370       380       390        400       410     
pF1KB9 DPAAWVSHTAAMTGTFPAYGMSPSLSTITSTSSS-ITSSIPDTERLDDFHLSIHSDMAAI
       :::::.:::::.::..: :: ::  :..: :::: .:::.: . .:..  :...:::.:.
NP_001 DPAAWLSHTAALTGALPRYGTSPCSSAVTRTSSSSLTSSVPGAPQLEEAPLTVKSDMSAV
      360       370       380       390       400       410        

         420       430       440       450       460       470     
pF1KB9 VKAMASPESGLEVRDRMWLKITIPNAFIGSDVVDWLYHNVEGFTDRREARKYASNLLKAG
       :..:  :.::::.:::::::::: :: ::.::::::: .:::: .:::::::::.::: :
NP_001 VRVMQLPDSGLEIRDRMWLKITIANAVIGADVVDWLYTHVEGFKERREARKYASSLLKHG
      420       430       440       450       460       470        

         480       490       500       510       520       530     
pF1KB9 FIRHTVNKITFSEQCYYIFGDLCGNMANLSLHDHDGSSGASDQDTLAPLPHPGAAPWPMA
       :.:::::::::::::::.:::::.:.:.:.:..  ::::.:::::::::::: :::::..
NP_001 FLRHTVNKITFSEQCYYVFGDLCSNLATLNLNS--GSSGTSDQDTLAPLPHP-AAPWPLG
      480       490       500       510         520        530     

           540       550       560       570       580          590
pF1KB9 --FPYQYPPPPHPYNPHPGFPELGYSYGGGSASSQHSEGSRSSGSNRSGSDRR---KEKD
         .::::: :: :  : :.. . :.:::.::..::.::::.::::.::  .::   .::.
NP_001 QGYPYQYPGPP-PCFP-PAYQDPGFSYGSGSTGSQQSEGSKSSGSTRS--SRRAPGREKE
         540        550        560       570       580         590 

              600       610       620       630       640       650
pF1KB9 PKAGDSKSGGSGSESDHTTRSSLRGPRERAPSERSGPAASEHSHRSHHSLASSLRSHHTH
        .:.   .::::::::::      .:   . : :  ::.       . : .:: ::.   
NP_001 RRAAG--AGGSGSESDHT------APSGVGSSWRERPAG-------QLSRGSSPRSQ---
               600             610       620              630      

              660       670       680       690       700       710
pF1KB9 PSYGPPGVPPLYGPPMLMMPPPPAAMGPPGAPPGRDLASVPPELTASRQSFRMAMGNPSE
        :   ::.::    :        .. ::::.:: :.::.::::::.:::::. ::::: :
NP_001 ASATAPGLPP----PHPTTKAYTVVGGPPGGPPVRELAAVPPELTGSRQSFQKAMGNPCE
           640           650       660       670       680         

             
pF1KB9 FFVDVM
       ::::.:
NP_001 FFVDIM
     690     

>>XP_005244789 (OMIM: 180700,601365,616331) PREDICTED: s  (574 aa)
 initn: 1577 init1: 1240 opt: 2708  Z-score: 1352.3  bits: 260.5 E(85289): 1.4e-68
Smith-Waterman score: 2708; 70.4% identity (88.9% similar) in 578 aa overlap (1-571:1-571)

               10        20        30         40          50       
pF1KB9 MGETKIIYHLDGQETPYLVKLPLPAERVTLADFKGVLQ-RP--SYKFFFKSMDDDFGVVK
       :.:::::::.: .:::::::::.  :::::::::.::. ::  .:::::::::.::::::
XP_005 MAETKIIYHMDEEETPYLVKLPVAPERVTLADFKNVLSNRPVHAYKFFFKSMDQDFGVVK
               10        20        30        40        50        60

        60        70        80        90       100       110       
pF1KB9 EEISDDNAKLPCFNGRVVSWLVSAEGSHPDPAPFCADNPSELPPPMERTGGIGDSRPPSF
       ::: :::::::::::::::::: :::.: : .   .:. ..::::.::::::::::::::
XP_005 EEIFDDNAKLPCFNGRVVSWLVLAEGAHSDAGSQGTDSHTDLPPPLERTGGIGDSRPPSF
               70        80        90       100       110       120

       120       130       140       150       160       170       
pF1KB9 HPHAGGGSQENLDNDTETDSLVSAQRERPRRRDGPEHATRLNGTAKGERRREPG-GYDSS
       ::.... :....::.: :.:.:: .::: :::.  :.:.: ::  .:.:::. :   ::.
XP_005 HPNVAS-SRDGMDNETGTESMVSHRRERARRRNR-EEAARTNGHPRGDRRRDVGLPPDSA
               130       140       150        160       170        

        180       190       200       210       220       230      
pF1KB9 STLMSSELETTSFFDSDEDDSTSRFSSSTEQSSASRLMRRHKRRRRKQKVSRIERSSSFS
       :: .:::::..:: ::::: ::::.:::::::..:::.:.::::::::.. . .:.::::
XP_005 STALSSELESSSFVDSDEDGSTSRLSSSTEQSTSSRLIRKHKRRRRKQRLRQADRASSFS
      180       190       200       210       220       230        

        240       250       260       270       280       290      
pF1KB9 SITDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYIGSIMKGGAVAADGRIEPG
       :::::::::::.:::::::...:::::::::::.::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SITDSTMSLNIVTVTLNMERHHFLGISIVGQSNDRGDGGIYIGSIMKGGAVAADGRIEPG
      240       250       260       270       280       290        

        300       310       320       330       340       350      
pF1KB9 DMLLQVNEINFENMSNDDAVRVLREIVHKPGPITLTVAKCWDPSPRGCFTLPRSEPIRPI
       :::::::..:::::::::::::::::: . :::.:::::::::.::. ::.::..:.:::
XP_005 DMLLQVNDVNFENMSNDDAVRVLREIVSQTGPISLTVAKCWDPTPRSYFTVPRADPVRPI
      300       310       320       330       340       350        

        360       370       380       390        400       410     
pF1KB9 DPAAWVSHTAAMTGTFPAYGMSPSLSTITSTSSS-ITSSIPDTERLDDFHLSIHSDMAAI
       :::::.:::::.::..: :: ::  :..: :::: .:::.: . .:..  :...:::.:.
XP_005 DPAAWLSHTAALTGALPRYGTSPCSSAVTRTSSSSLTSSVPGAPQLEEAPLTVKSDMSAV
      360       370       380       390       400       410        

         420       430       440       450       460       470     
pF1KB9 VKAMASPESGLEVRDRMWLKITIPNAFIGSDVVDWLYHNVEGFTDRREARKYASNLLKAG
       :..:  :.::::.:::::::::: :: ::.::::::: .:::: .:::::::::.::: :
XP_005 VRVMQLPDSGLEIRDRMWLKITIANAVIGADVVDWLYTHVEGFKERREARKYASSLLKHG
      420       430       440       450       460       470        

         480       490       500       510       520       530     
pF1KB9 FIRHTVNKITFSEQCYYIFGDLCGNMANLSLHDHDGSSGASDQDTLAPLPHPGAAPWPMA
       :.:::::::::::::::.:::::.:.:.:.:..  ::::.:::::::::::: :::::..
XP_005 FLRHTVNKITFSEQCYYVFGDLCSNLATLNLNS--GSSGTSDQDTLAPLPHP-AAPWPLG
      480       490       500       510         520        530     

           540       550       560       570       580       590   
pF1KB9 --FPYQYPPPPHPYNPHPGFPELGYSYGGGSASSQHSEGSRSSGSNRSGSDRRKEKDPKA
         .::::: :: :  : :.. . :.:::.::..::.::                      
XP_005 QGYPYQYPGPP-PCFP-PAYQDPGFSYGSGSTGSQQSEALD                   
         540        550        560       570                       

           600       610       620       630       640       650   
pF1KB9 GDSKSGGSGSESDHTTRSSLRGPRERAPSERSGPAASEHSHRSHHSLASSLRSHHTHPSY

>>XP_016879787 (OMIM: 602151) PREDICTED: segment polarit  (476 aa)
 initn: 1480 init1: 876 opt: 2188  Z-score: 1098.1  bits: 213.1 E(85289): 2e-54
Smith-Waterman score: 2188; 71.3% identity (83.7% similar) in 491 aa overlap (243-716:1-476)

            220       230       240       250       260       270  
pF1KB9 LMRRHKRRRRKQKVSRIERSSSFSSITDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERG
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016                               MSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERG
                                             10        20        30

            280       290       300       310       320       330  
pF1KB9 DGGIYIGSIMKGGAVAADGRIEPGDMLLQVNEINFENMSNDDAVRVLREIVHKPGPITLT
       :::::::::::::::::::::::::::::::..:::::::::::::::.::::::::.::
XP_016 DGGIYIGSIMKGGAVAADGRIEPGDMLLQVNDMNFENMSNDDAVRVLRDIVHKPGPIVLT
               40        50        60        70        80        90

            340       350       360       370       380       390  
pF1KB9 VAKCWDPSPRGCFTLPRSEPIRPIDPAAWVSHTAAMTGTFPAYGMSPSLSTITSTSSSIT
       :::::::::.. :::::.:::.::::::::::.::.:::::::  : :.::::: ::   
XP_016 VAKCWDPSPQAYFTLPRNEPIQPIDPAAWVSHSAALTGTFPAYPGSSSMSTITSGSS---
              100       110       120       130       140          

            400       410       420       430       440       450  
pF1KB9 SSIPDTERLDDFHLSIHSDMAAIVKAMASPESGLEVRDRMWLKITIPNAFIGSDVVDWLY
         .::    .   ::.:.:::...::::.:::::::::::::::::::::.:::::::::
XP_016 --LPDG--CEGRGLSVHTDMASVTKAMAAPESGLEVRDRMWLKITIPNAFLGSDVVDWLY
         150         160       170       180       190       200   

            460       470       480       490       500            
pF1KB9 HNVEGFTDRREARKYASNLLKAGFIRHTVNKITFSEQCYYIFGDLCGN----MANLSLHD
       :.:::: .:::::::::.:::::.::::::::::::::::.:::: :.    ..::::.:
XP_016 HHVEGFPERREARKYASGLLKAGLIRHTVNKITFSEQCYYVFGDLSGGCESYLVNLSLND
           210       220       230       240       250       260   

      510       520       530         540       550         560    
pF1KB9 HDGSSGASDQDTLAPLPHPGAAPWPM--AFPYQYPPPPHPYNPHPG-FPELG-YSYGGGS
       .:::::::::::::::  :::.:::.  .: :::: : :::.:.:  . ::. :.:::::
XP_016 NDGSSGASDQDTLAPL--PGATPWPLLPTFSYQYPAP-HPYSPQPPPYHELSSYTYGGGS
           270         280       290        300       310       320

          570       580         590       600       610        620 
pF1KB9 ASSQHSEGSRSSGSNRS--GSDRRKEKDPKAGDSKSGGSGSESDHTTRS-SLRGPRERAP
       ::::::::::::::.::  :. :  . . .: .:::: :::::. ..:. :::   : . 
XP_016 ASSQHSEGSRSSGSTRSDGGAGRTGRPEERAPESKSG-SGSESEPSSRGGSLRRGGEASG
              330       340       350        360       370         

             630       640        650       660        670         
pF1KB9 SERSGPAASEHSHRSHHSLASSLRSHH-THPSYGPPGVPPLYGPPML-MMPPPPA----A
       .  .::  :    :.  . : .::.:   ::   :::.   :.: :. ::::::     :
XP_016 TSDGGPPPS----RGSTGGAPNLRAHPGLHPYGPPPGMALPYNPMMVVMMPPPPPPVPPA
     380           390       400       410       420       430     

         680       690       700       710      
pF1KB9 MGPPGAPPGRDLASVPPELTASRQSFRMAMGNPSEFFVDVM
       . :::::: :::.:::::::::::::.::::::::::::::
XP_016 VQPPGAPPVRDLGSVPPELTASRQSFHMAMGNPSEFFVDVM
         440       450       460       470      

>>XP_005244790 (OMIM: 180700,601365,616331) PREDICTED: s  (549 aa)
 initn: 2498 init1: 1186 opt: 1868  Z-score: 940.2  bits: 184.1 E(85289): 1.2e-45
Smith-Waterman score: 2581; 68.3% identity (86.0% similar) in 577 aa overlap (1-571:1-546)

               10        20        30         40          50       
pF1KB9 MGETKIIYHLDGQETPYLVKLPLPAERVTLADFKGVLQ-RP--SYKFFFKSMDDDFGVVK
       :.:::::::.: .:::::::::.  :::::::::.::. ::  .:::::::::.::::::
XP_005 MAETKIIYHMDEEETPYLVKLPVAPERVTLADFKNVLSNRPVHAYKFFFKSMDQDFGVVK
               10        20        30        40        50        60

        60        70        80        90       100       110       
pF1KB9 EEISDDNAKLPCFNGRVVSWLVSAEGSHPDPAPFCADNPSELPPPMERTGGIGDSRPPSF
       ::: :::::::::::::::::: :::.: : .   .:. ..::::.::::::::::::::
XP_005 EEIFDDNAKLPCFNGRVVSWLVLAEGAHSDAGSQGTDSHTDLPPPLERTGGIGDSRPPSF
               70        80        90       100       110       120

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       ::.... :....::.: :.:.:: .::: :::.  :.:.: ::  .:.:::. :   ::.
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       :: .:::::..:: ::::: ::::.:::::::..:::.:.::::::::.. . .:.::::
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       :::::::::::.:::::::...:::::::::::.::::::::::::::::::::::::::
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       :::::::..:::::::::::::::::: . :::.:::::::::.::. ::.::..:.:::
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       :::::.:::::.::..: :                        .:..  :...:::.:.:
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       ..:  :.::::.:::::::::: :: ::.::::::: .:::: .:::::::::.::: ::
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       .:::::::::::::::.:::::.:.:.:.:..  ::::.:::::::::::: :::::.. 
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        .::::: :: :  : :.. . :.:::.::..::.::                       
XP_005 GYPYQYPGPP-PCFP-PAYQDPGFSYGSGSTGSQQSEALD                    
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       :::.:
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         670




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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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