Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8970
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8970, 359 aa
1>>>pF1KB8970 359 - 359 aa - 359 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1634+/-0.000871; mu= 17.6515+/- 0.052
mean_var=81.9696+/-18.029, 0's: 0 Z-trim(107.5): 77 B-trim: 1134 in 2/47
Lambda= 0.141660
statistics sampled from 9521 (9614) to 9521 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.659), E-opt: 0.2 (0.295), width: 16
Scan time: 2.600
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9707.1 PTGDR gene_id:5729|Hs108|chr14 ( 359) 2409 502.1 3e-142
CCDS61454.1 PTGDR gene_id:5729|Hs108|chr14 ( 296) 1901 398.2 4.7e-111
CCDS9708.1 PTGER2 gene_id:5732|Hs108|chr14 ( 358) 773 167.7 1.3e-41
CCDS12686.1 PTGIR gene_id:5739|Hs108|chr19 ( 386) 533 118.7 8.3e-27
CCDS3930.1 PTGER4 gene_id:5734|Hs108|chr5 ( 488) 405 92.6 7.4e-19
CCDS655.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 418) 382 87.9 1.7e-17
CCDS44160.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 365) 376 86.6 3.6e-17
CCDS652.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 374) 373 86.0 5.7e-17
CCDS658.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 388) 372 85.8 6.7e-17
CCDS657.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 390) 372 85.8 6.7e-17
CCDS656.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 390) 372 85.8 6.7e-17
CCDS42467.1 TBXA2R gene_id:6915|Hs108|chr19 ( 343) 306 72.3 7e-13
CCDS54198.1 TBXA2R gene_id:6915|Hs108|chr19 ( 407) 306 72.3 8e-13
>>CCDS9707.1 PTGDR gene_id:5729|Hs108|chr14 (359 aa)
initn: 2409 init1: 2409 opt: 2409 Z-score: 2667.2 bits: 502.1 E(32554): 3e-142
Smith-Waterman score: 2409; 100.0% identity (100.0% similar) in 359 aa overlap (1-359:1-359)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MKSPFYRCQNTTSVEKGNSAVMGGVLFSTGLLGNLLALGLLARSGLGWCSRRPLRPLPSV
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CCDS97 MKSPFYRCQNTTSVEKGNSAVMGGVLFSTGLLGNLLALGLLARSGLGWCSRRPLRPLPSV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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CCDS97 FYMLVCGLTVTDLLGKCLLSPVVLAAYAQNRSLRVLAPALDNSLCQAFAFFMSFFGLSST
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LQLLAMALECWLSLGHPFFYRRHITLRLGALVAPVVSAFSLAFCALPFMGFGKFVQYCPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 LQLLAMALECWLSLGHPFFYRRHITLRLGALVAPVVSAFSLAFCALPFMGFGKFVQYCPG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 TWCFIQMVHEEGSLSVLGYSVLYSSLMALLVLATVLCNLGAMRNLYAMHRRLQRHPRSCT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 TWCFIQMVHEEGSLSVLGYSVLYSSLMALLVLATVLCNLGAMRNLYAMHRRLQRHPRSCT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 RDCAEPRADGREASPQPLEELDHLLLLALMTVLFTMCSLPVIYRAYYGAFKDVKEKNRTS
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CCDS97 RDCAEPRADGREASPQPLEELDHLLLLALMTVLFTMCSLPVIYRAYYGAFKDVKEKNRTS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB8 EEAEDLRALRFLSVISIVDPWIFIIFRSPVFRIFFHKIFIRPLRYRSRCSNSTNMESSL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 EEAEDLRALRFLSVISIVDPWIFIIFRSPVFRIFFHKIFIRPLRYRSRCSNSTNMESSL
310 320 330 340 350
>>CCDS61454.1 PTGDR gene_id:5729|Hs108|chr14 (296 aa)
initn: 1901 init1: 1901 opt: 1901 Z-score: 2107.3 bits: 398.2 E(32554): 4.7e-111
Smith-Waterman score: 1901; 100.0% identity (100.0% similar) in 282 aa overlap (1-282:1-282)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MKSPFYRCQNTTSVEKGNSAVMGGVLFSTGLLGNLLALGLLARSGLGWCSRRPLRPLPSV
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CCDS61 MKSPFYRCQNTTSVEKGNSAVMGGVLFSTGLLGNLLALGLLARSGLGWCSRRPLRPLPSV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 FYMLVCGLTVTDLLGKCLLSPVVLAAYAQNRSLRVLAPALDNSLCQAFAFFMSFFGLSST
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CCDS61 FYMLVCGLTVTDLLGKCLLSPVVLAAYAQNRSLRVLAPALDNSLCQAFAFFMSFFGLSST
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LQLLAMALECWLSLGHPFFYRRHITLRLGALVAPVVSAFSLAFCALPFMGFGKFVQYCPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 LQLLAMALECWLSLGHPFFYRRHITLRLGALVAPVVSAFSLAFCALPFMGFGKFVQYCPG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 TWCFIQMVHEEGSLSVLGYSVLYSSLMALLVLATVLCNLGAMRNLYAMHRRLQRHPRSCT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 TWCFIQMVHEEGSLSVLGYSVLYSSLMALLVLATVLCNLGAMRNLYAMHRRLQRHPRSCT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 RDCAEPRADGREASPQPLEELDHLLLLALMTVLFTMCSLPVIYRAYYGAFKDVKEKNRTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 RDCAEPRADGREASPQPLEELDHLLLLALMTVLFTMCSLPVIAFVPGVPAKTPGSR
250 260 270 280 290
310 320 330 340 350
pF1KB8 EEAEDLRALRFLSVISIVDPWIFIIFRSPVFRIFFHKIFIRPLRYRSRCSNSTNMESSL
>>CCDS9708.1 PTGER2 gene_id:5732|Hs108|chr14 (358 aa)
initn: 916 init1: 345 opt: 773 Z-score: 860.3 bits: 167.7 E(32554): 1.3e-41
Smith-Waterman score: 895; 44.1% identity (68.5% similar) in 356 aa overlap (8-357:13-350)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MKSPFYRCQNTTSVEKGNSAVMGGVLFSTGLLGNLLALGLLARSGLG--WCSRRP
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CCDS97 MGNASNDSQSEDCETRQWLPPGESPAISSVMFSAGVLGNLIALALLARRWRGDVGCSA-G
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 LRPLPSVFYMLVCGLTVTDLLGKCLLSPVVLAAYAQNRSLRVLAPALDNSLCQAFAFFMS
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CCDS97 RRSSLSLFHVLVTELVFTDLLGTCLISPVVLASYARNQTLVALAP--ESRACTYFAFAMT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 FFGLSSTLQLLAMALECWLSLGHPFFYRRHITLRLGALVAPVVSAFSLAFCALPFMGFGK
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CCDS97 FFSLATMLMLFAMALERYLSIGHPYFYQRRVSRSGGLAVLPVIYAVSLLFCSLPLLDYGQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 FVQYCPGTWCFIQMVHEEGSLSVLGYSVLYSSLMALLVLATVLCNLGAMRNLYAMHRRLQ
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CCDS97 YVQYCPGTWCFIR----HGRTAYLQ---LYATLLLLLIVSVLACNFSVILNLIRMHRRSR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 RH---PRSCTRDCAEPRADGREASPQPLEELDHLLLLALMTVLFTMCSLPVIYRAYYGAF
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CCDS97 RSRCGP-SLGSGRGGPGARRRGERVSMAEETDHLILLAIMTITFAVCSLPFTIFAYMNET
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340
pF1KB8 KDVKEKNRTSEEAEDLRALRFLSVISIVDPWIFIIFRSPVFRIFFHKIFIR-PLRYRSRC
.. ::: ::.::::::. ::.:::.: :.: ::.:.. . : :: ..
CCDS97 SSRKEK-------WDLQALRFLSINSIIDPWVFAILRPPVLRLMRSVLCCRISLRTQDAT
290 300 310 320 330 340
350
pF1KB8 SNSTNMESSL
..: . .:
CCDS97 QTSCSTQSDASKQADL
350
>>CCDS12686.1 PTGIR gene_id:5739|Hs108|chr19 (386 aa)
initn: 746 init1: 321 opt: 533 Z-score: 594.8 bits: 118.7 E(32554): 8.3e-27
Smith-Waterman score: 767; 42.8% identity (67.1% similar) in 325 aa overlap (8-332:5-301)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MKSPFYRCQNTTSVEKGNSAVMGGVLFSTGLLGNLLALGLLARSGLGWCSRRPLRPLPSV
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CCDS12 MADSCRNLTYVRGSVGPATSTLMFVAGVVGNGLALGILS-------ARRPARP--SA
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 FYMLVCGLTVTDLLGKCLLSPVVLAAYAQNRSLRVLAPALDNSLCQAFAFFMSFFGLSST
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CCDS12 FAVLVTGLAATDLLGTSFLSPAVFVAYARNSSLLGLARG-GPALCDAFAFAMTFFGLASM
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LQLLAMALECWLSLGHPFFYRRHITLRLGALVAPVVSAFSLAFCALPFMGFGKFVQYCPG
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CCDS12 LILFAMAVERCLALSHPYLYAQLDGPRCARLALPAIYAFCVLFCALPLLGLGQHQQYCPG
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 TWCFIQMVHEEGSLSVLGYSVLYSSLMALLVLATVLCNLGAMRNLYAMHRRLQRHPRSCT
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CCDS12 SWCFLRMRWAQPGGAA--FSLAYAGLVALLVAAIFLCNGSVTLSLCRMYRQQKRHQGSLG
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 RDCAEPRADGREASPQPLEELDHLLLLALMTVLFTMCSLPVIYRAYYGAFKDVKEKNRTS
:: : .:.:::.:::::::....::::. : . : .:
CCDS12 -----PRPRTGE------DEVDHLILLALMTVVMAVCSLPLTIRCFTQAVAP-----DSS
230 240 250 260
310 320 330 340 350
pF1KB8 EEAEDLRALRFLSVISIVDPWIFIIFRSPVFRIFFHKIFIRPLRYRSRCSNSTNMESSL
: :: :.:: . :.:::.::.::. ::.
CCDS12 SEMGDLLAFRFYAFNPILDPWVFILFRKAVFQRLKLWVCCLCLGPAHGDSQTPLSQLASG
270 280 290 300 310 320
CCDS12 RRDPRAPSAPVGKEGSCVPLSAWGEGQVEPLPPTQQSSGSAVGTSSKAEASVACSLC
330 340 350 360 370 380
>>CCDS3930.1 PTGER4 gene_id:5734|Hs108|chr5 (488 aa)
initn: 514 init1: 218 opt: 405 Z-score: 452.0 bits: 92.6 E(32554): 7.4e-19
Smith-Waterman score: 560; 32.0% identity (61.6% similar) in 391 aa overlap (1-359:1-373)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MKSPFYRCQNTTSVEKGNSAV-MGGVLFSTGLLGNLLALGLLARSGLGWCSRRPLRPLPS
:..: . . : .. :: : . .:.: :..:::.:. .: .: :. . .
CCDS39 MSTPGVNSSASLSPDRLNSPVTIPAVMFIFGVVGNLVAIVVLCKS------RKEQK--ET
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 VFYMLVCGLTVTDLLGKCLLSPVVLAAYAQNRSLRVLAPALDNSLCQAFAFFMSFFGLSS
.:: :::::.:::::: :.:::..:.: ... :. . ::. .:.. ::.::.
CCDS39 TFYTLVCGLAVTDLLGTLLVSPVTIATYMKGQ-----WPG-GQPLCEYSTFILLFFSLSG
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 TLQLLAMALECWLSLGHPFFYRRHITLRLGALVAPVVSAFSLAFCALPFMGFGKF-VQYC
. ::..: .:...: .:: ... ::..:. .: : .. ::::: ::.:. .::
CCDS39 LSIICAMSVERYLAINHAYFYSHYVDKRLAGLTLFAVYASNVLFCALPNMGLGSSRLQY-
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 PGTWCFIQMVHEEGSLSVLGYSVLYSSLMALLVLATVLCNLGAMRNLYAMHRRLQRHPRS
: :::::. . . . .. :: .:... ..:.:::::::. . : :::...:.
CCDS39 PDTWCFIDWTTNVTAHAA--YSYMYAGFSSFLILATVLCNVLVCGALLRMHRQFMRRTSL
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270
pF1KB8 CTRD-----CAEPRADGREASPQPLE-----------------ELDHLLLLALMTVLFTM
:.. : . :. :. : :.. ..:: ... .
CCDS39 GTEQHHAAAAASVASRGHPAASPALPRLSDFRRRRSFRRIAGAEIQMVILLIATSLVVLI
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 CSLPVIYRAYYGAFKDVKEKNRTSEEAEDLRALRFLSVISIVDPWIFIIFRSPVFRIFFH
::.:.. :.. . . . . . ..:.. ::.:.:. :: :.::::.:..:. :. ..
CCDS39 CSIPLVVRVFVNQLYQPSLEREVSKNP-DLQAIRIASVNPILDPWIYILLRKTVLSKAIE
290 300 310 320 330 340
340 350
pF1KB8 KI---FIR---PLRYRS--RCSNSTNMESSL
:: : : : :: .::.: :..
CCDS39 KIKCLFCRIGGSRRERSGQHCSDSQRTSSAMSGHSRSFISRELKEISSTSQTLLPDLSLP
350 360 370 380 390 400
CCDS39 DLSENGLGGRNLLPGVPGMGLAQEDTTSLRTLRISETSDSSQGQDSESVLLVDEAGGSGR
410 420 430 440 450 460
>>CCDS655.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 (418 aa)
initn: 347 init1: 193 opt: 382 Z-score: 427.5 bits: 87.9 E(32554): 1.7e-17
Smith-Waterman score: 383; 29.1% identity (54.7% similar) in 340 aa overlap (26-350:58-372)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MKSPFYRCQNTTSVEKGNSAVMGGVLFSTGLLGNLLALGLLARSGLGWCSRRPLR
.. ::..:: ::. :..:: ::
CCDS65 ERSAEARGNLTRPPGSGEDCGSVSVAFPITMLLTGFVGNALAMLLVSRS-----YRRRES
30 40 50 60 70 80
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 PLPSVFYMLVCGLTVTDLLGKCLLSPVVLAAYAQNRSLRVLAPALDNSLCQAFAFFMSFF
. : . . :..:::.:. : .:::...: ... . . :. . :: :.. :. :
CCDS65 KRKKSFLLCIGWLALTDLVGQLLTTPVVIVVYLSKQRWEHIDPS--GRLCTFFGLTMTVF
90 100 110 120 130 140
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 GLSSTLQLLAMALECWLSLGHPFFYRRHITLRLGALVAPVVSAFSLAFCALPFMGFGKFV
:::: . :::.: :.. : .: :. : : : ::: :: .: :...
CCDS65 GLSSLFIASAMAVERALAIRAPHWYASHMKTRATRAVLLGVWLAVLAFALLPVLGVGQYT
150 160 170 180 190 200
180 190 200 210 220
pF1KB8 QYCPGTWCFIQM---------VHEEGSLSVLGYSVLYSSLMALLVLATVLCNLGAMRNLY
:::::::. :. :.: .. . . .:.:: : : :::.... :
CCDS65 VQWPGTWCFISTGRGGNGTSSSHNWGNL-FFASAFAFLGLLALTV--TFSCNLATIKALV
210 220 230 240 250
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 AMHRRLQRHPRSCTRDCAEPRADGREASPQPLEELDHLLLLALMTVLFTMCSLPVIYRAY
. : :. :. :. . . :...: :: ..: :..
CCDS65 SRCR-------------AKATASQSSAQWGRITTETAIQLMGIMCVL-SVCWSPLLIMML
260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 YGAFKDVK-EKNRTSEEAED-----LRALRFLSVISIVDPWIFIIFRSPVFRIFFHKIFI
:.... :. .: : . : :.:. :. .:.:::.....:. ..: : ..
CCDS65 KMIFNQTSVEHCKTHTEKQKECNFFLIAVRLASLNQILDPWVYLLLRKILLRKFC-QMRK
310 320 330 340 350 360
350
pF1KB8 RPLRYRSRCSNSTNMESSL
: :: . ::
CCDS65 RRLREQLICSLQNSQIQRATAHCGQVQTYRVLNREEMEVLVSSINVYTRISTVKTE
370 380 390 400 410
>>CCDS44160.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 (365 aa)
initn: 351 init1: 193 opt: 376 Z-score: 421.7 bits: 86.6 E(32554): 3.6e-17
Smith-Waterman score: 377; 28.9% identity (55.0% similar) in 329 aa overlap (26-339:58-362)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MKSPFYRCQNTTSVEKGNSAVMGGVLFSTGLLGNLLALGLLARSGLGWCSRRPLR
.. ::..:: ::. :..:: ::
CCDS44 ERSAEARGNLTRPPGSGEDCGSVSVAFPITMLLTGFVGNALAMLLVSRS-----YRRRES
30 40 50 60 70 80
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 PLPSVFYMLVCGLTVTDLLGKCLLSPVVLAAYAQNRSLRVLAPALDNSLCQAFAFFMSFF
. : . . :..:::.:. : .:::...: ... . . :. . :: :.. :. :
CCDS44 KRKKSFLLCIGWLALTDLVGQLLTTPVVIVVYLSKQRWEHIDPS--GRLCTFFGLTMTVF
90 100 110 120 130 140
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 GLSSTLQLLAMALECWLSLGHPFFYRRHITLRLGALVAPVVSAFSLAFCALPFMGFGKFV
:::: . :::.: :.. : .: :. : : : ::: :: .: :...
CCDS44 GLSSLFIASAMAVERALAIRAPHWYASHMKTRATRAVLLGVWLAVLAFALLPVLGVGQYT
150 160 170 180 190 200
180 190 200 210 220
pF1KB8 QYCPGTWCFIQM---------VHEEGSLSVLGYSVLYSSLMALLVLATVLCNLGAMRNLY
:::::::. :. :.: .. . . .:.:: : : :::.... :
CCDS44 VQWPGTWCFISTGRGGNGTSSSHNWGNL-FFASAFAFLGLLALTV--TFSCNLATIKALV
210 220 230 240 250
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 AMHRRLQRHPRSCTRDCAEPRADGREASPQPLEELDHLLLLALMTVLFTMCSLPVIYRAY
. : :. :. :. . . :...: :: ..: :..
CCDS44 SRCR-------------AKATASQSSAQWGRITTETAIQLMGIMCVL-SVCWSPLLIMML
260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 YGAFKDVK-EKNRTSEEAED-----LRALRFLSVISIVDPWIFIIFRSPVFRIFFHKIFI
:.... :. .: : . : :.:. :. .:.:::.....:. ..: : .. :
CCDS44 KMIFNQTSVEHCKTHTEKQKECNFFLIAVRLASLNQILDPWVYLLLRKILLRKFCQEEFW
310 320 330 340 350 360
350
pF1KB8 RPLRYRSRCSNSTNMESSL
CCDS44 GN
>>CCDS652.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 (374 aa)
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: : :
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370
>>CCDS658.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 (388 aa)
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CCDS65 VSSCSNDGQKGQPISLSNEIIQTEA
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>>CCDS657.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 (390 aa)
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60 70 80 90 100 110
pF1KB8 PLPSVFYMLVCGLTVTDLLGKCLLSPVVLAAYAQNRSLRVLAPALDNSLCQAFAFFMSFF
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CCDS65 TNNYASSSTSLPCQCSSTLMWSDHLER
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359 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 16:46:01 2016 done: Fri Nov 4 16:46:02 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]