seq1 = pF1KB8722.tfa, 1560 bp
seq2 = pF1KB8722/gi568815576f_21569913.tfa (gi568815576f:21569913_21795487), 225575 bp

>pF1KB8722 1560
>gi568815576f:21569913_21795487 (Chr22)

1-32  (96188-96219)   100% ->
33-82  (100001-100050)   100% ->
83-128  (100654-100699)   100% ->
129-191  (101085-101147)   100% ->
192-243  (102418-102469)   100% ->
244-295  (105152-105203)   100% ->
296-387  (111387-111478)   100% ->
388-477  (112525-112614)   100% ->
478-553  (113270-113345)   100% ->
554-714  (114841-115001)   100% ->
715-790  (116571-116646)   100% ->
791-897  (116980-117086)   100% ->
898-987  (117731-117820)   100% ->
988-1021  (118161-118194)   100% ->
1022-1139  (118820-118937)   100% ->
1140-1196  (123904-123960)   100% ->
1197-1269  (124681-124753)   100% ->
1270-1332  (124843-124905)   100% ->
1333-1466  (125025-125158)   100% ->
1467-1560  (125482-125575)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAAGCGACAGCACCAAAAGGACAAAAT         GTACATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
  96188 ATGGGGAAGCGACAGCACCAAAAGGACAAAATGTA...CAGGTACATTAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTGTGCTGAATACACTCACTTTTATGGTGGCAAGAAGCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100010 CTGTGCTGAATACACTCACTTTTATGGTGGCAAGAAGCCAGGTA...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 ATCTCCCACAAACAAATTTTCGTCGTTTACCTTTTGACCACTGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100654 ATCTCCCACAAACAAATTTTCGTCGTTTACCTTTTGACCACTGCAGGTA.

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    129      TCTCTCTCTGCAGCCCTTTGTCTACCCAGTCTGCACTCCCGATGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100704 ..CAGTCTCTCTCTGCAGCCCTTTGTCTACCCAGTCTGCACTCCCGATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 CATCGTCTTTGACTTACT         GAACATTGTTCCATGGCTTAAGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101130 CATCGTCTTTGACTTACTGTG...CAGGAACATTGTTCCATGGCTTAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 AGTACGGGACCAACCCCAGCAATGGAGAG         AAGCTGGACGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102441 AGTACGGGACCAACCCCAGCAATGGAGAGGTA...CAGAAGCTGGACGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    256 AGGTCCCTGATCAAGCTGAACTTTTCCAAGAACAGTGAGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105164 AGGTCCCTGATCAAGCTGAACTTTTCCAAGAACAGTGAGGGTG...TAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    297 GAAGTACCACTGCCCAGTGCTGTTTACCGTGTTCACCAACAACACCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111388 GAAGTACCACTGCCCAGTGCTGTTTACCGTGTTCACCAACAACACCCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    347 TCGTGGCTGTGAGGACGACCGGCAACGTCTACGCCTATGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 111438 TCGTGGCTGTGAGGACGACCGGCAACGTCTACGCCTATGAGGTG...TAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    388 GCAGTGGAACAGCTAAATATCAAGGCCAAGAACTTCCGGGACCTGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112525 GCAGTGGAACAGCTAAATATCAAGGCCAAGAACTTCCGGGACCTGCTGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    438 CGACGAGCCCTTCTCCCGGCAGGACATCATCACCCTCCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 112575 CGACGAGCCCTTCTCCCGGCAGGACATCATCACCCTCCAGGTG...CAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    479 ACCCCACCAATTTGGACAAGTTCAATGTCTCTAACTTCTATCATGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113271 ACCCCACCAATTTGGACAAGTTCAATGTCTCTAACTTCTATCATGTGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    529 AATAACATGAAAATAATAGACCCAG         ATGAAGAGAAGGCCAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 113321 AATAACATGAAAATAATAGACCCAGGTA...TAGATGAAGAGAAGGCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    570 ACAGGACCCGTCTTATTATCTGAAAAATACAAATGCCGAGACCCGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114857 ACAGGACCCGTCTTATTATCTGAAAAATACAAATGCCGAGACCCGAGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    620 CCCTGCAGGAGCTCTACAAGGAGTTCAAAGGGGACGAGATTCTGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114907 CCCTGCAGGAGCTCTACAAGGAGTTCAAAGGGGACGAGATTCTGGCAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 ACCATGAAGGCCCCGGAGAAGAAGAAAGTGGACAAGCTGAACGCT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 114957 ACCATGAAGGCCCCGGAGAAGAAGAAAGTGGACAAGCTGAACGCTGTG..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715     GCCCACTATTCCACAGGGAAGGTCAGCGCTTCCTTCACCTCCACCG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115007 .CAGGCCCACTATTCCACAGGGAAGGTCAGCGCTTCCTTCACCTCCACCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 CGATGGTCCCGGAGACCACACATGAAGCAG         CTGCCATCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 116617 CGATGGTCCCGGAGACCACACATGAAGCAGGTA...TAGCTGCCATCGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802 GAGGATGTGCTGCGCTACCAGTTTGTGAAGAAGAAGGGCTACGTGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116991 GAGGATGTGCTGCGCTACCAGTTTGTGAAGAAGAAGGGCTACGTGCGGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852 GCACACCAACAAGGGCGACCTCAACCTGGAGCTGCACTGCGACCTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 117041 GCACACCAACAAGGGCGACCTCAACCTGGAGCTGCACTGCGACCTGGTG.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    898      ACACCAAAAACCTGCGAAAACTTCATCAGGCTTTGCAAGAAGCAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117091 ..CAGACACCAAAAACCTGCGAAAACTTCATCAGGCTTTGCAAGAAGCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943 TATTACGATGGCACCATCTTCCACAGATCCATCCGGAACTTTGTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 117776 TATTACGATGGCACCATCTTCCACAGATCCATCCGGAACTTTGTGGTG..

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988     ATCCAAGGGGGCGACCCCACAGGCACAGGCACGG         GTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 117826 .CAGATCCAAGGGGGCGACCCCACAGGCACAGGCACGGGTA...CAGGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1025 GGGAGTCATACTGGGGGAAGCCCTTCAAAGACGAGTTCCGGCCCAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118823 GGGAGTCATACTGGGGGAAGCCCTTCAAAGACGAGTTCCGGCCCAACCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1075 TCGCACACGGGCCGCGGCATCCTCAGCATGGCCAACTCCGGGCCCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118873 TCGCACACGGGCCGCGGCATCCTCAGCATGGCCAACTCCGGGCCCAACAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1125 CAACAGGTCTCAATT         CTTCATCACGTTTCGCTCCTGTGCCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 118923 CAACAGGTCTCAATTGTG...CAGCTTCATCACGTTTCGCTCCTGTGCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1166 ACCTGGACAAGAAGCATACCATCTTTGGACG         GGTTGTTGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 123930 ACCTGGACAAGAAGCATACCATCTTTGGACGGTA...CAGGGTTGTTGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1207 GGCTTTGACGTACTGACAGCCATGGAGAATGTGGAGAGTGACCCCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124691 GGCTTTGACGTACTGACAGCCATGGAGAATGTGGAGAGTGACCCCAAAAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1257 TGACCGCCCTAAG         GAGGAGATCCGCATTGATGCCACTACAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 124741 TGACCGCCCTAAGGTC...TAGGAGGAGATCCGCATTGATGCCACTACAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1298 TGTTCGTGGACCCCTATGAGGAGGCCGATGCCCAG         ATTGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 124871 TGTTCGTGGACCCCTATGAGGAGGCCGATGCCCAGGTG...CAGATTGCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1339 CAGGAGCGGAAGACACAGCTCAAGGTAGCCCCGGAGACCAAAGTGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125031 CAGGAGCGGAAGACACAGCTCAAGGTAGCCCCGGAGACCAAAGTGAAGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1389 CAGCCAGCCCCAGGCAGGGAGCCAGGGCCCCCAGACCTTCCGCCAGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125081 CAGCCAGCCCCAGGCAGGGAGCCAGGGCCCCCAGACCTTCCGCCAGGGCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1439 TGGGCAAGTACATCAACCCAGCAGCCAC         GAAGCGAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 125131 TGGGCAAGTACATCAACCCAGCAGCCACGTG...CAGGAAGCGAGCAGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1480 GAGGAAGAGCCCTCAACCAGTGCCACTGTCCCCATGTCCAAGAAGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125495 GAGGAAGAGCCCTCAACCAGTGCCACTGTCCCCATGTCCAAGAAGAAGCC

   1700     .    :    .    :    .    :
   1530 CAGTCGGGGTTTTGGGGACTTCAGCTCCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 125545 CAGTCGGGGTTTTGGGGACTTCAGCTCCTGG